4OFLA

Crystal structure of ynta from yersinia pestis in complex with ni(l-his)2
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
HTLQLAIGDEPTEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWKWTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Yersinia pestis
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
total genus 144
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oflA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oflA01
3G3KA 5J1DA 4BLAA 3IJXB 4BDQA 3IB2A 3DRGA 2WOKA 4OENA 2DWIA 5FHMA 1ZKBA 1O63A 1B6HA 3FIRA 2NUVA 4Q8RA 1DTZA 4OFJA 1NL5A 1OIBA 1ATGA 3E9XA 3W9WA 4ECFA 4Q30B 3FGSA 4F18A 2O1LA 3QIMA 3M3FA 3R26A 5AA2B 3UK4A 1FQFA 1B7HA 3CIJA 1DPEA 2XXWA 2VGQA 3H6WA 2FYIA 3VLWA 5KZTA 4LP2B 2A5SA 1S50A 4H8JA 3K2DA 3LVUA 2ZNUA 4KFQA 4U22A 4FEBA 3FUZA 4G4PA 4R74A 2HQ0A 2O7IA 4OEVA 2P0SA 4R9FA 1N84A 1QJMA 1MQGA 3MUQA 4KQPA 1XHYA 4I8CA 1DTGA 3G3HA 4F1UA 1POTA 4U1ZA 4F29A 2A5TA 4LATA 1MS7A 1GV8A 5I57A 3FXQA 5H8FA 5AA2D 1AOVA 2HEUA 1MH4A 3TAJA 1MY0A 2V3UA 2DE3A 2QJEA 2NVUB 4I1DA 3G7WA 4XXUA 3GBBA 3KZGA 3PU5A 4EQ9A 1M5EA 1FCKA 2GH9A 3RT8A 4DIGA 3PMVA 5ISUA 5ITOA 3FATA 3IO6A 3RGYA 3B6WA 3EHTA 5AA2A 1R9LA 1PB7A 1R6ZA 5HM4B 4KYEA 4O3AA 4KYDA 1PB8A 4QF9A 1FQBA 2P2AA 3H6TA 1MXUA 2Y7RA 4OXVA 4LA9A 3K00A 4R2BA 4U4XA 3TYHA 1QULA 4ZS9A 3FJGA 1M5FA 2O6AA 1WVJA 1ZTYA 4EQBA 3BFTA 4RK9A 1B3LA 2GRVA 3HSTA 5ITPA 3T22A 3O28A 1LBBA 3KOSA 4LQ2A 4YZZA 3T93B 3D4CA 1M5CA 5I2KA 3KBRA 1Y3QA 3PD8A 1QUJA 1EZ9A 3MVWA 2OCUA 3P7IA 2F5XA 2RKMA 1Q35A 2HXWA 4N6PA 5BUUA 4ONYA 5I58B 3U93A 2PT2A 4X1DA 4RK2A 5CC2A 4BDOA 1N76A 2IEEA 2AYSA 4F19A 2LAOA 2Y7IA 3K1NA 1DMBA 1Z7NE 1B2HA 3VVFA 3VXCA 3M3KA 3DP8A 1O7TA 4H65A 5H8QB 3PPQA 2D5WA 3KFMA 3ILTB 4GD5A 1I6BA 3C35A 4AB6A 5EYFA 2VP1A 4KHZE 3C9HA 4OWDA 4EF2A 4C1UA 4GIZA 1BP5A 1OMPA 3THIA 4M1VA 3TKDA 3C32A 4JWXA 1IUDA 2DVCA 4K3FA 1Y4CA 1ZU0A 1SW1A 2XXQA 2VD3A 3C33A 1VE4A 3QYTA 1B9JA 1ZJLA 2O51A 4EDPA 3TMGA 1IZ1A 5H8NB 1BIYA 4OYVA 4JSDA 4ESXA 5B70A 3CSBA 3V89B 3QUJA 2ESNA 3RN8A 1B1HA 2X7PA 5I58A 4QHQA 1MXXA 4FJPA 3SESA 5KCJB 1D9YA 3DM0A 3MPKA 4YB6A 3Q28A 1SI0A 1LFHA 3RPWA 2B4LA 2O68A 4JXIA 1SD3A 1CE2A 4DLDA 3RTWB 2HAUA 3VXBA 2YLNA 4GL0A 5H8QA 5FHOA 4EUOA 4ELRA 1B1XA 3IORA 4HW8A 3USDA 3CFLA 1Z7ME 2RF1A 1FQDA 3CFZA 3O9PA 4OTEA 4H6DA 4ZE9A 3B6TA 2O84X 3FV2A 2F97A 1N3XA 2OWSA 1VSOA 3IOVA 4R75A 3HHFA 1EZOA 5H8NA 3DP6A 4R6YA 1AIVA 1A8EA 4R73A 1HSJA 4THIA 5TPAB 3AXFA 5K2XA 2GHBA 3PUYE 3U94A 1B5JA 3VLVA 3TODA 3MC2A 3CI8A 3BFUA 1LAHE 5KCJA 1SDXA 4F3GA 3S9LC 2OK2A 3O6HA 1MXWA 2ALUA 3LSWA 1JW4A 1NNPA 1MQDA 1NMUA 1BTJA 1YTVA 3PMWA 4H5GA 2UVJA 1GR2A 4I62A 3ZKLA 4AQ4A 4DZ1A 3QK6A 2THIA 1Y9UA 2Q2CA 2DE4A 1JNFA 3R7XA 2RINA 2H98A 2QS1A 3O66A 1S9TA 4QFOA 3GLBA 4WXJA 3G3FA 2QS2A 2X7QA 2V3TA 4RYAA 3T9XB 5K2YA 3OEKA 1VFDA 2OLBA 4IGRA 1LCTA 1TXFA 4P0IA 3MJNA 1EZPA 3MZ1A 2NWJA 1RYXA 4JDFA 3HPIA 4IO5A 2BJJX 3A09A 2HZLA 3W9VA 5TPAA 1QW0A 3DRJA 3OENA 5ICTA 3KEIA 2F7AA 4NF5B 1A54A 3GZGA 4IB2A 3SEWA 3H3GA 1NNFA 4ELOA 2QRYA 3TTNA 1B40A 3O6GA 3LBSA 4F2QA 2I48A 4YKPA 2NOOA 5AA1A 5H8HB 4YB5A 1B58A 1H45A 2XXRA 3PPPA 4XKNA 1FTOA 3CFXA 1N7XA 1LAXA 2PX1A 5DT6A 5IKBA 3KSXA 4PQJA 4NF8B 4YKIA 4IGTA 2REGA 2QMWA 2F35A 2E0SA 3UA8A 4OESA 4F3PA 2I4CA 2Y7PA 4GLIA 2XHDA 1Y1ZA 2PMSA 4GOTA 4RY1A 3PPNA 3LC8A 5CBSA 4DE8A 1PDAA 4G68C 4QFNA 3O29A 1B0HA 3OD7A 4LONB 3GXAA 2Z8FA 5CI5A 2V84A 1HSEA 3DRHA 1F9BA 4NF5A 3RYAA 3OO6A 2XXPA 3SEXA 4MLQA 1NH8A 2F6PA 2D21A 1Y20A 1N3WA 1Y1MA 2O1MA 5DVIA 4YAHX 3I5OA 5H8HA 1EU8A 5CRYA 4GL8A 5BWJA 2DWJA 4KCCA 3JZJA 2RCBA 3U1OA 1D9VA 3U8QA 4TLLB 1SYIA 3FJMA 3DP4A 1B7UA 4DDDA 3UGWA 4O3CA 1O64A 3JV9A 4XKPA 4NF8A 3T66A 2GFEA 4NMYA 1B0LA 4H5FA 4HCYA 3RLFE 1CB6A 5I59B 2F7BA 1L5TA 1M5DA 3CRBA 4E0XA 4ND9A 3DELB 1JETA 1QUIA 3K4UA 3CSGA 3HV1A 5CBRA 4YMAA 3K02A 3ECRA 1MQIA 1BLFA 4FIMA 4ZZAA 3R6UA 2I0BA 4PE5B 1XC1A 2RC8A 3PAMA 4ZZEA 4R2FA 1P1QA 4NE4A 3KSJA 2QMXA 3FASA 4KPTA 2WKYA 4PFYA 3IX1A 3U72A 3RYBA 3G3IA 3RUMA 4QFLA 4F22A 2DXRA 4KCDA 1B3FA 1QKAA 1B52A 1P99A 3SETA 5FHNA 3RTFB 4YB7A 2QSXA 4FECA 4MBPA 1H76A 1PBQA 2XX8A 3VFJA 4R6KA 5B7DA 3QSLA 2XXTA 3PUXE 3I6VA 3MAMA 1MY4A 3TTLA 4C0RA 5CMKA 3L6HA 3RQTA 2UVHA 1MH3A 4OZ9A 1D3KA 2VD2A 2DQVA 4H67A 1Q1KA 2IA4A 1IITA 1FQEA 1LAFE 1IXHA 4PFUA 3K6XA 2Y84A 2H99A 2ZXTA 4WKMA 3T96B 4RPNA 4PFTA 5TP9B 2V3QA 1VFEA 4UACA 4EF1A 3SEUA 3V83A 3TTMA 5I59A 3WAFA 2XXXA 1IXGA 3PGFA 4NWDA 4OHNA 3OO8A 1XOCA 3A3CA 1A8FA 1IXIA 1D4NA 3LUYA 4L17A 2ONKE 2XD3A 1N7WA 2Y7WA 2DP8A 3E13X 3FXRA 1MXYA 2AIXA 1P1NA 4TOZA 1MDP1 1J1NA 1MY3A 2G93A 3K1MA 3MZBA 4Z7EA 3EHSA 1ZBMA 5A5XB 2FA7A 4ELQA 3MBPA 4NF4B 1LB9A 1A40A 4MH5A 3UORA 1GGGA 1MQJA 3S2VA 2PYYA 2DWAA 3TELA 3ZS6A 4XIGQ 3L6GA 1JW5A 3N6UA 1MQHA 3M8UA 4F3SA 4BDLA 4BDRA 5M2VA 2Z22A 4ZDMA 2Q8JA 2I3VA 5CMBA 3GBAA 4POWA 2W7YA 4R6HA 1ELJA 1M5BA 3H4ZA 4OFLA 4HCWA 2RC7A 1SW5A 3O6PA 2DYXA 3K6VA 1WODA 3VVEA 4POXA 2F6GA 1JVXA 3WAEA 1S7YA 1MRPA 3DRIA 2Q89A 2V93A 5TP9A 3TCFA 1RKMA 4ZECA 4IO3A 3K6WA 3KOTA 3VLUA 4IO6A 1OVBA 1B3GA 4P11A 2I58A 3IB1A 1FQCA 2ABHA 3VDFA 5F7VA 3A3UA 4U1OA 5JK4A 2I4BA 4IO4A 2XXHA 2UVIA 4Z0IA 4U4SA 5A5XA 3S9NC 4NF4A 4FE8A 3PUWE 4JBZA 4GXAA 1US5A 1UTHB 1GTKA 1NH7A 5I56B 2Y7KA 4F1VA 4XKQA 1N0TA 5EHMA 1MM6A 5DVJA 3OOAA 4LQ5A 3OEMA 4N13A 1Y3NA 3TCHA 2QL3A 4ZEIA 3H7MA 3H6VA 3M3LA 4EXLA 3ZSFA 5CM6A 3KG2A 4QSDA 4KI0E 3OXNA 2Q9TA 3ONMA 4GQOA 1ZMGA 3IOWA 3E4RA 2Z23A 5JEIA 1OQGA 4F1YA 1LLSA 2VHAA 1URSA 4IY6A 3S9EA 3SEVA 1R1NA 3D4GA 4RXLA 3IK6B 4OVJA 3FZVA 2F36A 2XX7A 1NFTA 1POY1 2M8CA 4H8IA 4G8HA 4R72A 2ONRA 2OZZA 3LSLA 2YJPA 5LOMA 1I6QA 1YAEA 3Q27A 3SDFA 3KN8A 1B32A 2ZYNA 3IOTA 4RJZA 3ZKKA 2R71A 3BKIB 3OO7A 4F3BA 3C34A 2VOZA 3KJ7A 1UTHA 1SVXB 4KYSA 5KDTB 3FJ7A 5I56A 3CR9A 4KR5A 3G3JA 3HCQA 5DVFA 3S4UA 4GWOA 4AB5A 4LUBA 3PPRA 2E1SA 2XX9A 4DXBA 1QKBA 2ZYKA 2HZKA 4MF3A 1NNKA 1TWYA 1SYHA 3MWBA 4HS7A 1FW0A 4OETA 4GF8A 4XTCQ 1OVTA 2G29A 4ZEFA 3CHGA 5JTYB 1A7LA 2WOPA 3C36A 1UTBB 1JQFA 1MY2A 5L9SA 2I3WA 1H43A 3B6QA 2WOLA 3K01A 1SQYA 4JSOA 3DLNA 1PEBA 3C4MA 2X26A 1MXVA 4F2OA 1FTLA 3HN0A 2I49A 2HCAA 3PUVE 4U23A 1B46A 3KN7A 3O97A 4U21A 4ESWA 4QFPA 3TQWA 4YKKA 4LVQA 3T9UA 2DVZA 4OFOA 3SERA 3E3KA 3F11A 2HAVA 4GVOA 4OEUA 5KDTA 3Q25A 1B3HA 1IEJA 1UIUA 2R9JA 1ANFA 1B7ZA 1FTJA 1LBCA 4G77A 4GXSB 4YMBA 3T9VA 4BDMA 3SKPA 4TLMB 1UIVA 4QSCA 1XS5A 1PB9A 1XVYA 5ICQA 2AL4A 3HHGA 5I84A 4G8NA 3RNNA 2UXAA 1I69A 1FTKA 3V8XB 1B51A 4FATA 2DXYA 5I2KB 3PV0E 3EHUA 2Q2AA 3Q26A 3MPLA 2ZYMA 2B3BA 1URGA 5JTYA 4LZ5A 3OSQA 1UTBA 5I2NB 2O69A 3TUSA 2ONSA 2DS9A 4M4GA 4LZ8A 5H8SA 1H3DA 1A99A 5L9OA 1MM7A 1IIWA 3MW0A 5CMCA 3LR1A 4UA8A 2DOJA 4KD5A 5CMMA 4PFWA 3TTKA 3BBRA 4JWOA 3FXUA 4QFKA 5DTBA 3Q29A 4PETA 2UYEA 3O2AA 4DCXA 3UN6A 1OLAA 2OJTA 4ZEKA 4F39A 1BKAA 4H0WA 1B4ZA 5FTIA 4LZ7A 3G3GA 4WEDA 3FVOA 1TFDA 3MVXA 2PBWA 3VVDA 1RYOA 1OLCA 2GHAA 4QRZA 2ANJA 3FVNA 3N94A 3C31A 2PVUA 3K1PA 2AL5A 2OBGA 1LAGE 2I0CA 3O6IA 5DEXB 3TQLA 4NEDA 4N07A 3TPAA 1YPNA 2H5YA 2F78A 4G2ZA 2YPNA 3FTOA 4I9DA 1P1OA 1I6AA 3KGCA 1B05A 4Q5TA 3CG1A 4RPOA 2QS4A 1MG1A 3TFLA 3IR1A 1LGBC 4NWCA 5EHSA 2CZLA 2DE2A 5AA4B 2FNCA 5I2NA 3FD3A 3PD9A 3W15C 2O7UA 4ZEDA 3FVGA 3IB0A 3IOUA 1AL3A 2B65A 3EQ1A 1MPCA 3MQ9A 4G68B 3T9HB 3H06B 4JWYA 4PP0A 3MP6A 3KN3A 3PMXA 4U2RA 2F34A 3EF7A 4NTLA 1T0KA 2R6GE 1URDA 3IJOB 2NXOA 4F31B 2CMOA 4Q0CA 4NF6B 2XXYA 1JVYA 2B4MA 1ZIUA 2QS3A 3RT6B 1AMFA 1B5HA 1R9QA 1US4A 5DEXA 2DSFA 3LSFB 1LSTA 1N04A 1NKXA 3IO4A 2RC9A 2RCAA 1JEVA 2B3FA 2H25A 3KJTA 4G8MA 3EPEA 3OO9A 2P1SA 3N6TA 4DCYA 3VE1B 1USYH 1QVSA 4GRKA 4OMBA 4H1XA 4OQOA 3DRKA 1EH3A 1QUKA 5AA4A 3U92A 1LFGA 5F1QA 5AE4A 5L8DA 1KWHA 1XVXA 1YCJA 3S9MC 4IO2A 1IXCA 2D3IA 4IY5A 5HPQA 2XXIA 3JYRA 4IO7A 2Q88A 4G68A 3RY3A 4X48A 2H9BA 4JB7A 1SI1A 1Y4TA 3PPOA 1JW1A 3ODBA 4ZE8A 3MP1A 4E0WA 5ELVA 3QUFA 4P0GA 1LB8A 1MXZA 3TDJA 1ZLQA 3H03A 4RNSA 4DXUA 1VR5A 1JEUA 1HSLA 4X1BA 1DPPA 4FEDA 3MVZA 1B3EA 2ZNTA 4NF6A 1OQHA 3B7DA 1MPBA 3K0VA 2V25A 4TQUQ 3UP9A 3TEPA 3MZ9A 3DRFA 3OMBA 4WEPA 3QAXA 1AH5A 1GVCA 1P1WA 1II5A 2XXUA 3TTRA 1NNTA 3HO7A 2OWTA 4YICA 1UQWA 5TU0A 2H4IA 4BDNA 1B4HA 1SBPA 1SW4A 4EXKA 1LFIA 2ZYOA 4X9TA 3CVGA 3OSRA 3UIFA 4OERA 2DWHA 4FORA 2UVGA 1IQ7A 3LSXA 2QPQA 3N26A 3FVKA 1PBPA 1MPDA 3MVYA 2F8DA 1LCFA 4MLVA 3ILUB 4MFIA 1WDNA 4DXCA 1MY1A 5L9MA 1DSNA 2KLFA 1TFAA 4HTGA 2I6EA 1USYE 1XT8A 3CG3A 3OELA 5AA3A 1DOTA 2HFBA 2XXVA 2ZMBA 4RA1A 3MP8A 2XD2A 3PUZE 3K6UA 1A55A 4GFRA 5IAIA 4ISUA 1B5IA 4YU0A 4R9GA 2Z8DA 5HBCA 4ELPA 4C1TA 3TCGA 1H44A 2REJA 3H6UA 3SEYA 4XKRA 2F7CA 1MDQA 1Y3PA 3I3VA 1TT1A 4FAJA 4YKJA 2ZNSA 2PT1A 2UYFA 2Z8EA 1P1UA 3QXMA 4O3BA 3IAZA 3IL1B 4QSEA 1PC3A 5DYHA 4EQ7A 1SW2A 1FQAA 5FTHA 2A5TB 3VV5A 3TZAA 3FV1A 3EN3A 5I57B 3N5LA 1FTMA 3V5AA 5H8FB 4ZEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3KA 5J1DA 4BLAA 3IJXB 4BDQA 4GX3A 3IB2A 3DRGA 2WOKA 4OENA 4OA4A 3IFAA 2DWIA 5IZ3B 5FHMA 1ZKBA 1O63A 1B6HA 2R8TA 3FIRA 2NUVA 4Q8RA 1DTZA 4OFJA 1NL5A 4KXPA 1OIBA 1ATGA 3SZPA 3E9XA 3W9WA 4ECFA 1FPIA 4Q30B 3FGSA 4F18A 2O1LA 3QIMA 3M3FA 3R26A 5AA2B 1FTAA 3UK4A 1FQFA 1B7HA 3CIJA 1DPEA 2XXWA 2VGQA 3H6WA 5ET8A 2FYIA 1DK4A 3VLWA 5KZTA 4LP2B 2A5SA 1S50A 4H8JA 3KC0A 3K2DA 3LVUA 2ZNUA 4KFQA 4U22A 4FEBA 3FUZA 4G4PA 4R74A 2HQ0A 2O7IA 4OEVA 2P0SA 4R9FA 1N84A 4N81A 4PE3A 1QJMA 1MQGA 3MUQA 4KQPA 1XHYA 4I8CA 1DTGA 3G3HA 4F1UA 1POTA 4U1ZA 4F29A 2A5TA 4LATA 1MS7A 1GV8A 2XWKA 5I57A 3FXQA 5H8FA 5AA2D 1AOVA 2HEUA 1MH4A 3TAJA 1MY0A 2V3UA 2DE3A 2QJEA 2NVUB 4I1DA 3G7WA 4XXUA 3GBBA 3KZGA 3PU5A 5IZ3A 4EQ9A 1M5EA 1FCKA 4OVQA 2GH9A 3RT8A 4DIGA 3PMVA 5ISUA 5ITOA 3FATA 3IO6A 2WBDA 3RGYA 3B6WA 3EHTA 1FBPA 5AA2A 1R9LA 1PB7A 1R6ZA 5HM4B 4KYEA 4O3AA 4KYDA 1PB8A 4QF9A 1FQBA 2P2AA 3H6TA 1MXUA 2Y7RA 4OXVA 4LA9A 3K00A 4R2BA 4U4XA 3TYHA 3RPLB 1QULA 4ZS9A 3FJGA 1M5FA 2O6AA 1WVJA 1ZTYA 4EQBA 3BFTA 4RK9A 1B3LA 2GRVA 3HSTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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