4OPJA

Bh-rnaseh:tcda-dna complex
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*(TCY)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opjA00
1C0MA 2VWKA 1KLMA 1NKCA 1JXEA 3OYEA 4FJMA 3RRGA 3CM6A 4KV8A 1SUQA 3ZSWA 1WSEA 3K58A 3VA0A 1NK7A 1HNIA 3LWMA 1JLEA 3TARA 2B6AA 4RW6A 4C8LA 4CJKA 3KK3A 3QLHA 4ID5A 1CXQA 1QQCA 3V9WA 4CJUA 3ZSYA 2I5JA 3ZT0A 3AVNA 4O4GA 1D9FA 4NCBA 4KHUA 3IG1A 3LP1A 4CJFA 5KGWA 2GV9A 4CFBA 3KK1A 1ZBFA 4W5QA 1KVAA 3LWLA 1Q8IA 5CZ2A 2IC3A 3G10A 4W5OA 2G8IA 2HHSA 4CF9A 5CZ1A 4N56A 1B92A 1IKWA 2BANA 2XRIA 3AO3A 3VQ4A 4CESA 3TANA 3QIPA 4CF2A 3THVA 1U04A 2BGGA 1SKSA 3AO2A 4Z4EA 3F9KA 3QNOA 1FKOA 1GOAA 3NH2A 4OGCA 3QNNA 3ULDA 1Y97A 1WSFA 2YNHA 4LY7A 4DFJA 4FW1A 4J2BA 2X6NA 3AV9A 1WNSA 2QKKA 2P51A 1EETA 1NKBA 2PZSA 5HRSA 4KHWA 4Z4IA 2GBZA 4E7LA 3RR8A 2ZD1A 4IG0A 3M8RA 1S1XA 4CJSA 3CFOA 3NF9A 1RT4A 1RTIA 1UOCA 2GUIA 4YNQA 2XHBA 1BIUA 2VG5A 4N76A 4KTWA 4NCGA 3KLIA 3CFRA 5CY4A 3LPTA 4OKJA 3V1QA 4Z4HA 1XHZA 2HHTA 2G8VA 3HO1A 2D0BA 1G15A 4PWDA 3MEGA 1KCFA 4K8ZA 4CJTA 4FZZA 1KFSA 3AO5A 4FLVA 4DU3A 4M3YA 1TL3A 4HVJA 1QSLA 3AA2A 4CEQA 4DFPA 4FXDA 3T3FA 4M45A 4DQRA 4CJEA 3OYIA 1JLQA 3SJJA 3TABA 4DSKA 4RW7A 5C42A 5HBMA 1A5XA 5KTQA 3QEWA 3PY8A 4M3TA 1XC9A 4FJIA 2ZE2A 2XY7A 4QOZB 3KKSA 4DMNA 3I0RA 3C6UA 5JS2A 3P5JA 4NYFA 3WNHA 4CEAA 3NGZA 3NBPA 4CHNA 3OYFA 3NCIA 1SKRA 3QETA 3SUNA 3H08A 4BE2A 3RMCA 1RT3A 3OYLA 3SUOA 4FZYA 3VQ8A 1XWLA 1RBSA 3ZSQA 1GOBA 2IAJA 4K8XA 3AVKA 3OYJA 1UAXA 5KRSA 1S9EA 4CJ4A 1S5JA 3A2FA 2DTUA 4CJ5A 5FRMA 1NK0A 1LV5A 1L3UA 1RDCA 3MXMA 2ATQA 5CYMA 3VQBA 3ITHA 3DOLA 1I39A 4O5BA 4IDKA 1HQEA 1L3SA 4FLZA 3LALA 5J1EA 3AVLA 4O44A 4OPKA 5JS1A 3NF6A 3B6OA 4KHQA 2XO7A 4FM2A 3T19A 4KAZA 3KD5E 1YTUA 3O3FA 2B4JA 4GVMA 4CGIA 1VSLA 4PUOA 5C25A 4FYDA 1ZBIA 2WOMA 1JKHA 4DF4A 1BISA 3DRPA 1RBRA 3MAQA 1QE1A 3ZSVA 4F3OA 3AVGA 1N5YA 2HVHA 4H4OA 3G0ZA 4CEDA 3TAPA 4KFBA 4W5TA 1C1CA 5HRNA 3L2VA 3DLBA 1VSEA 1FK9A 4FJ9A 3V1OA 1LAVA 1W9HA 3U3GA 3OS0A 4FK4A 2G8HA 4H8KA 1C1AA 4FJHA 1Z26A 2X74A 4IFVA 4AHUA 3M8PA 1HNVA 4Y1DA 3EY1A 1YT3A 3PX6A 3LP2A 4FJ8A 3HM9A 2X6SA 3SI6A 2FBVA 2YNGA 3VQ6A 4FM1A 1RDBA 4M3ZA 3RMDA 4ICLA 2HVIA 2R7YA 4CEOA 3HVRA 1F21A 3ZT3A 1UA1A 3DLEA 5SWMA 4BWJA 1SL2A 3M8QA 4RG8A 3NE6A 3MEDA 3MXJA 4DSFA 2X78A 1HMVA 1NK5A 4HUEA 4CJ3A 4W5RA 3K59A 4KB0A 4FJGA 4Q0BA 4NCAA 5KGXA 1VSDA 1VK0A 2DFEA 1TKTA 3VQCA 4CGJA 4FCYA 2YKMA 4HUGA 4M3XA 4UQGA 2KFNA 4JS5A 1NJWA 3T1AA 2KFZA 4I2PA 1RT2A 5CYQA 2FBTA 5J2MA 1HPZA 3HVTA 1LW0A 3S3MA 4LSNA 3RMBA 4L8RB 1BCOA 4DFKA 2RF2A 1NK8A 1RDDA 2O4IA 2HNZA 3OS2A 1QS4A 4CERA 4DLEA 1BQNA 4MFBA 4O0JA 4DFMA 4E1NA 2HHWA 1DTQA 5DMRA 1QSSA 4GW6A 4E7IA 2BE2A 3KLGA 3RRHA 3AO1A 4IBNA 4M3RA 1LWCA 4ID1A 2FBXA 1RNHA 4G1QA 3SNNA 4ELVA 4NYNA 3OVNA 4AILC 3QEVA 1RTDA 1QHTA 1NK9A 5HRRA 1C0TA 4BWMA 4CGFA 3MECA 4RW9A 3CM5A 3ALYA 1REVA 1RT1A 4KHYA 4Z4CA 3PV8A 5J2NA 1VSIA 4DWIA 2IDOA 3AA4A 4IKFA 1SV5A 3TAFA 2YKNA 1EP4A 4LD0A 4B9VA 1RILA 3WNGA 5J2PA 3JYTA 4Z0UA 4FM0A 3L3UA 2P5GA 5FROA 3VQPA 3M8SA 2FC0A 3S3NA 4Z4FA 4MQ3A 4CJVA 3ISNC 3SCXA 3UIQA 3V9UA 2KZMA 3TAMA 4CIFA 1LWFA 3VQ5A 3NH1A 3L8BA 4FLWA 3VA3A 4TSXA 1WAFA 1CZ9A 1I3AA 4DTOA 2G8KA 3DI6A 4HCCA 4AHCA 4DSIA 3QEPA 1RTJA 3C6TA 3AVCA 1BIZA 3AVBA 3HPHA 1WSIA 5EU7A 2PYJA 1CXUA 1TKDA 1IG9A 1T8EA 3DYAA 5I42A 4DQPA 3JSMA 1TKZA 3HYFA 1NJYA 2FBYA 4CFAA 4DTPA 1WLJA 2E6MA 2KQ2A 2B5JA 3SPZA 4FK0A 1U49A 4QAGA 4HHTA 3NFAA 3HJFA 3B6PA 3OYHA 1U47A 1HYZA 4CK2A 4DSEA 3K57A 3NGIA 3TI0A 3VQ9A 1D9DA 3HK2A 4N5SA 3L3VA 4B9LA 1T7PA 1J54A 3V9ZA 2BDPA 4FJLA 4O0IA 3SZ2A 3KK2A 1S9GA 2D0CA 4BE1A 2VG6A 3QEXA 4OLAA 4J2AA 4ELTA 4B8CA 4HTUA 2F96A 1C6VA 1C1BA 4ELUA 3ZSXA 3IS9A 1JL2A 4B8AB 3OYNA 2ITGA 1VRTA 3ZCMA 4E7JA 2PYLA 4FJ7A 4PQUA 3O4QA 1LWEA 1BI4A 4IG3A 4BE0A 2ZQBA 3U6FA 3SUQA 1KTQA 1TK5A 3ZSZA 4EZ9A 4AHTA 2KTQA 4FJXA 3P1GA 2G8FA 3HP6A 5I3UA 3AVJA 2QXFA 3VQQA 3KLHA 4OPJA 1BQMA 4N47A 3PX4A 1ASWA 3K2PA 1W0HA 3KIOA 3DLKA 3SUPA 4CCHA 3OYMA 4HCBA 3WNFA 1IH7A 2HHQA 1U45A 4FJNA 1L3VA 1ASVA 4CF0A 5HRPA 4CHZA 1TAQA 3V9XA 1WSGA 4FLUA 2HW3A 4KB1A 4E0DA 4GMJB 1IKYA 4YFUA 3TAEA 2KZZA 1R0AA 3EZ5A 4CFDA 4I9QA 4KTQA 2YHAA 4M3UA 1EX4A 2RPIA 4F2RA 1TKXA 4LSLA 2OPPA 4E19A 1KLNA 4E89A 4M41A 3LAKA 3HL8A 4CIGA 1IO2A 2XY8A 4DU1A 1X9WA 1QTMA 2ETJA 4FLXA 3QESA 1TK0A 1ZYQA 1NK6A 4AHVA 1K6YA 2EHGA 1RBUA 1KFDA 4O55A 4DTSA 3D45A 4B9SA 4B9NA 4QCLA 4E7KA 4CK1A 3PUFA 4C8KA 4F4KA 4J2DA 4CIEA 4FLYA 3QO9A 1VSFA 3HP9A 3DRSA 1IKVA 1VRUA 4RW4A 4OGEA 4H4MA 3KLEA 3O4NA 4E7HA 4B9UA 3HPGA 4CEBA 3K5OA 4LH4A 4DQSA 4DTXA 1BGXT 4FZXC 1S1VA 2IOCA 4OJRA 2YHBA 3ZT1A 4CF8A 3SV3A 4F8RA 1CLQA 1TVRA 1JXBA 2XY5A 4CGGA 1VSJA 2IS3A 4JRPA 4FJ5A 2Z1HA 1UWBA 1BHLA 5FDLA 4KI4A 3TAQA 3OY9A 2P5OA 1UA0A 3OYKA 4JS4A 1EXQA 2OYQA 2HMIA 1EKEA 1FXXA 3AVMA 4EP5A 4DTMA 4M3WA 4DF8A 3ZSRA 3DMJA 1HYVA 1RDAA 1SL0A 2DY4A 1BCMA 1ZBLA 2D0AA 4DQIA 4OKKA 3NH0A 3MEEA 2OPRA 4CJPA 4B9MA 4Z4GA 2YNIA 2Z1JA 2OZSA 2OPQA 3L2QA 4BDYA 1A5VA 5HROA 5KI6A 3HPOA 3V9SA 3KJVA 1NOZA 1ZBHA 1BI4B 1TGOA 3DM2A 2VWJA 3BDPA 2DFHA 3VQDA 4CGDA 3SQ2A 4CJWA 1BL3A 3S3OA 1L5UA 1A5WA 3S9HA 3DOKA 2E4LA 3U3YA 4EZ6A 3K5MA 4B3OA 1KVBA 5DK5A 3LP0A 4JRQA 4CHQA 4KREA 1YTAA 3BGRA 3OYBA 4DTJA 2KW4A 1TK8A 1YVUA 4FK2A 2Q3SA 3NAEA 1JLBA 3DLRA 3RWUA 1T05A 1NJZA 4CHYA 4CK3A 3OYAA 5HP1A 1Q9XA 1RBTA 3VN5A 1HYSA 3NF8A 5J2QA 2VG7A 1X9MA 3DLHA 3VQEA 5K14A 5C24A 4BDZA 1U48A 1RCHA 1D5AA 4M42A 1LW2A 1JLAA 3SQ4A 4I7FA 2RKIA 2HHXA 1B9FA 1DTTA 3CG7A 4CEFA 1J9AA 2W42A 4DS4A 2OPSA 3OYDA 1DLOA 2XY6A 3SPYA 1S1UA 2EX3A 1X9SA 2O4GA 3LPUA 4CEEA 1MU2A 4PA1A 3NGYA 4OKEA 4AHSA 4DTRA 4CHPA 4WE1A 2RN2A 4CJQA 1N6QA 1HQUA 3AA3A 4IFYA 3SYZA 2F8SA 3IRXA 4E1MA 4JLHA 4FLTA 3V6DA 4KI6A 3MXIA 1VSKA 3QINA 1TAUA 1IKXA 4OLBA 3LZIA 4DS5A 4DG1A 4AHRA 3EYZA 4DTUA 3OJSA 1U4BA 1VSMA 4CHOA 4OVLA 1RT6A 4KRFA 4CECA 1RBVA 1WSHA 1KSPA 1RT5A 4DTNA 2HHUA 3OYCA 3PO5A 4ZHRA 4KPYA 4CE9A 2E6LA 3ZT4A 5KRTA 3AVFA 1NKEA 3V1RA 3OYGA 3RTVA 3LAMA 1Q9YA 1TL1A 4FJJA 3FFIA 3KKRA 2YV0X 5E41A 1QSYA 4Y1CA 2Y1JA 3HSTB 4C8OA 5D3GA 4DU4A 4KO0A 3TAGA 1CZBA 3L2WA 4DLGA 3C95A 3QEIA 2AJQA 1B9DA 4KKOA 4CJRA 4I9LA 2Y1IA 3HT3A 3AVAA 4Q5VA 2A1RA 3TR8A 3E01A 2D5RA 1NK4A 1JLGA 3NDKA 3F73A 5FRNA 4CJLA 1S6QA 4C8MA 1TV6A 5T7BA 4DQQA 2WONA 3RMAA 4ZTFA 1NOYA 3SQ1A 4LH5A 3AA5X 4E3SA 1NJXA 3KLFA 2G8WA 1WAJA 3AVHA 4PY5A 1WN7A 3AVIA 4DSLA 4DSJA 4KTZA 3K5NA 1L3TA 3KD1E 2Z1IA 4C8NA 4FJKA 4N41A 2QKBA 1X1PA 3LDSA 3PO4A 1KVCA 1RTHA 1VSHA 3NHGA 2IGIA 2OA8A 3NF7A 2YNFA 5HLFA 2P1JA 3PX0A 2F8TA 3CFPA 3LANA 4CF1A 1KRPA 4F3TA 1HJRA 1SL1A 3WNEA 3TWHA 1J53A 4RW8A 3LZJA 3AO4A 3LP3A 2A1SA 1WSJA 4CFCA 3OS1A 1JLCA 3CQ8A 1RT7A 1S1TA 2LSNA 2HNYA 1JLFA 1XHXA 4B9TA 2JLEA 4CEZA 3IAYA 3QERA 2HB5A 3I8DA 2HNDA 1C0UA 4BDPA 2JGUA 3DRRA 1JL1A 4HUFA 4CGHA 1D8YA 3OJUA 3SQ0A 4F2SA 1ZBUA 3O3HA 4XIUA 3DLGA 4R5PA 1O1WA 3D0PA 1ASUA 1SKWA 2OZMA 3ZT2A 3SV4A 3QIOA 4B08A 5SZTA 1XI1A 1J5OA 3VQ7A 4AH9A 4ZTJA 1HRHA 3C94A 3P83D 3HXMA 1S6PA 3V81A 2G8UA 2HHVA 2Z1GA 2DFFA 1ITGA 3L2RA 3RR7A 3VQAA 4KHSA 3V4IA 1T03A 4J2EA 4KHNA 4I2QA 3O3GA 3ZSOA 3CYMA 2QK9A 1Z25A 1LAWA 1GOCA 1FKPA 4W5NA 4FVMA 2PY5A 4BACA 3L2UA 4FW2A 2NUBA 3KTQA 3I0SA 4EP4A 1S1WA 3K5LA 3ASMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0MA 4BR0A 4RWTA 1JXEA 4FOIA 4A5AA 4BRGA 3OYEA 3K58A 4LF9K 1SUQA 1HNZK 2B6AA 4C8LA 4CJKA 3O9QA 3QLHA 3KK3A 4DV1K 3ZX0A 5GAEP 2HHHK 4IFEA 3WUHA 2GV9A 2WUSA 4CFBA 3KK1A 3I8BA 4DR1K 5CZ2A 4N56A 3TANA 1IKWA 3AO3A 3TSQA 3VQ4A 3ID8A 3F9KA 2P9KB 3QNOA 2QA4N 3E9OA 1GLCG 1ZXOA 3MCPA 1WSFA 2YNHA 4J2BA 4FW1A 4KHWA 1WNSA 4YOVA 1CZAN 3D2EA 1XNQK 4CD3A 4FWOA 1S1XA 5GIPA 4MO5A 1RTIA 2XHBA 1BIUA 2CH5A 1BU6O 3SK3A 4B1XB 5AQXA 2P9LB 5CY4A 4OKJA 3HZ6A 5BREA 4K41A 4LC9B 3HO1A 3B8AX 1G15A 4K8ZA 5GAHP 4M3YA 1NGJA 3T69A 4HVJA 3VESA 4DFPA 2O8FB 2H3GX 2NRRA 3TABA 2VWBA 4RW7A 4KHPK 4M3TA 1DKGD 3KKSA 3WNHA 3JAMO 4NYFA 3OYFA 2KKZA 3NBPA 3H08A 4LF5K 4JI4K 1OVYA 2A5XA 3KZBA 3OYLA 4FZYA 1XWLA 1RBSA 4JI5K 1YJNN 4K8XA 4BRQA 3EEQA 3AVKA 1YJ9N 2UUCK 1S9EA 4CJ4A 5AQNA 4CJ5A 3PSIA 4PKGA 1S72N 1LV5A 1RDCA 2ATQA 4H0OA 5J1EA 4OPKA 4O44A 3ZX2A 3B6OA 2XO7A 3AAQA 1EO1A 3A5OC 1TYQA 5AQOA 1YTUA 3KHYA 4GVMA 1ZBIA 1BISA 1RBRA 3EL2A 1V4TA 2W6KA 1N5YA 4H4OA 4K0KK 4CEDA 1VQ9N 4LF8K 3L2VA 3P38A 5AQRA 1VQ6N 4JYAK 1W9HA 3OS0A 3U9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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