4OPKA

Bh-rnaseh:2'-sme-dna complex
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 38
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opkA00
3CFPA 4FLTA 4AHSA 3SCXA 4ELVA 1C0MA 3VQ8A 3QEPA 1EKEA 1RBTA 3K5LA 3KLHA 1X9WA 4O0IA 1NK0A 3KK1A 4CEEA 2OPPA 4YFUA 3RWUA 2D0CA 4KPYA 1UWBA 4CJLA 4NCAA 2QKBA 4Z4IA 5DMRA 4CEFA 1TL3A 3L3UA 2B5JA 3VQ4A 4Z0UA 1J54A 5HBMA 1N6QA 4JS5A 3HPGA 4HCBA 2QXFA 1TAUA 4IFVA 4DSIA 3OYBA 5J1EA 1RCHA 3TARA 4QOZB 3CFRA 4FZZA 3DM2A 2HHVA 2HHQA 4CIEA 1W0HA 3LZJA 3AVHA 4HVJA 4O0JA 3VQPA 3QERA 1W9HA 3PX6A 4DTMA 1NKCA 1NK5A 2XY5A 3OYEA 4E0DA 1VSEA 2YV0X 3KD1E 3ZSXA 3G0ZA 3LPUA 1A5XA 4E3SA 2IDOA 2ATQA 3VQDA 4CESA 5SWMA 4C8MA 4FK0A 1S6QA 4DTSA 4BE2A 2BGGA 3VQ5A 3DMJA 4CGIA 3T3FA 4CGHA 4CE9A 1D8YA 5HRSA 1WSGA 5C24A 1RT2A 4DLGA 4KO0A 2ZQBA 4BE0A 1EETA 3HVRA 5HRRA 2DY4A 3TAPA 4W5QA 1TGOA 3S3OA 1NK8A 2OA8A 3QO9A 3JSMA 3NF6A 4BACA 2HVIA 3L2VA 5HROA 3QESA 3P5JA 3ALYA 1KSPA 4DF8A 5J2MA 3QIPA 1BCOA 4HUFA 1RDAA 3KK3A 4CJQA 4BE1A 3CFOA 3S3NA 2F8TA 4IFYA 1J53A 4CJEA 5KRTA 2EHGA 2F96A 2D5RA 4OVLA 1TL1A 2Z1IA 4FJNA 2A1SA 1BQMA 3O4NA 4ID1A 4FW2A 4CF9A 4CHYA 4DTNA 3B6PA 1U47A 1LW2A 5FRNA 4ELTA 4DTOA 1FXXA 1GOAA 4CF0A 4CJVA 4CJPA 3OYGA 1ZBIA 1SKWA 2KTQA 4DFJA 5HLFA 3OYMA 2YNHA 1RT6A 3MEGA 4CEOA 3TAQA 4UQGA 3AO1A 3SZ2A 2OPRA 4BWMA 3VQEA 4CEDA 1HQEA 3SUNA 3IAYA 2F8SA 4IG3A 2VG6A 1LWFA 1KCFA 5J2PA 4B9SA 4KB0A 4MQ3A 4KTWA 3OS0A 4DLEA 3RR8A 2AJQA 3JYTA 3C6UA 2IOCA 3T1AA 2HW3A 3AA5X 4CHQA 4ZHRA 4CEQA 4CJWA 3KLIA 1IKYA 4FJHA 2O4IA 1JLCA 3O3HA 3CM6A 3PO4A 4NCBA 4FLWA 4DS5A 4CJTA 4ZTFA 1S5JA 1HRHA 4OGEA 3LWLA 3RR7A 1NJWA 3ZT0A 3AVCA 2YKNA 1A5VA 4E89A 4M45A 3TI0A 2X74A 4RW4A 3HP9A 4G1QA 1B9FA 3OYDA 5J2NA 4M41A 3HJFA 3MEEA 4N56A 4FJIA 1ZBHA 1LAVA 3NF7A 4J2DA 1X9SA 4BWJA 3QINA 5KI6A 3F73A 4LH5A 3NFAA 1RBVA 3V9XA 4FK2A 3EY1A 4F3TA 1HYSA 4DU3A 1HYZA 2RKIA 1Y97A 4PUOA 4FYDA 3OYHA 1CZ9A 4CFCA 2PZSA 3HO1A 3AVIA 4PWDA 4CERA 4H4MA 4HTUA 1BI4B 4EP5A 3TAGA 1TKDA 4KRFA 2JGUA 3ZT3A 3MECA 1KTQA 1TV6A 4CECA 3DRRA 3BDPA 4E1MA 4FLYA 1RDBA 4F3OA 3TAFA 4DSEA 4KHYA 1TKTA 4HUEA 1XI1A 4KHUA 1O1WA 3C95A 1ITGA 3AVAA 4KFBA 4LH4A 3AVKA 1DTQA 5FROA 4AH9A 3DLBA 4Z4EA 1BI4A 4O44A 3HYFA 4I2PA 3VQCA 4JRQA 2D0AA 4J2AA 4N47A 5J2QA 4C8KA 1HMVA 1UOCA 1IH7A 3ASMA 1IO2A 2NUBA 4NYFA 3AA3A 4CGJA 1N5YA 4LY7A 4FJKA 1RTHA 2KFZA 1VSJA 4LD0A 4J2BA 1NK7A 3MAQA 1NK6A 1WSJA 4CIFA 1Z25A 3OYAA 2HHTA 4CEBA 2HVHA 4DSLA 2RN2A 4DTUA 2VWJA 4DTXA 2E4LA 2G8FA 3ZT2A 1CXQA 2G8WA 4M3ZA 1SUQA 1IKWA 1L5UA 1EXQA 1VSFA 2P5OA 1BIUA 3NE6A 3D45A 1CLQA 3TR8A 1VSDA 4CEZA 1HQUA 2EX3A 2X78A 4GW6A 1JLEA 3QEVA 3NGIA 4B8CA 4DSKA 1LW0A 4NYNA 1BHLA 1FKPA 3SQ4A 1SKSA 3V9SA 3FFIA 1RT7A 3DLGA 1I39A 1XC9A 3K59A 2HMIA 3O3FA 4HCCA 4J2EA 1SL0A 4FVMA 2BDPA 1RDDA 3QEIA 4CGGA 4B08A 1RT4A 3TAMA 3KIOA 3DYAA 1EX4A 1WSFA 3HL8A 3LZIA 2FC0A 3WNGA 2ITGA 4CFAA 4ELUA 5D3GA 3O4QA 3U3GA 3K58A 5HRPA 1Q9YA 2OPSA 4KI6A 3AA2A 1JLAA 3M8PA 4EP4A 5JS1A 3KLFA 2OZSA 2QKKA 4FLUA 4ID5A 4OKJA 1RBSA 4Y1CA 1QQCA 1Z26A 4HHTA 2P51A 3PY8A 3U6FA 3SNNA 1WSIA 3L8BA 1WAJA 3V1OA 4E7HA 1L3TA 1G15A 3OYJA 4CF8A 4B9TA 3ZSYA 1HJRA 1TAQA 1XHZA 4FLVA 1XHXA 3H08A 5HRNA 5KTQA 1FKOA 2RF2A 3I0SA 4W5TA 3K57A 4JS4A 4FLZA 4ZTJA 1ZBFA 4CJ5A 4KB1A 1GOBA 4R5PA 4DWIA 4DTPA 4M3WA 4FM0A 3DRPA 3AV9A 3OJUA 4M3RA 3SPYA 3D0PA 3U3YA 1LV5A 4OJRA 4DSJA 3NGYA 4CCHA 1RTIA 3M8QA 3P83D 2KZZA 4JRPA 3VQBA 1YTAA 2PYJA 2P5GA 4OLBA 3RRGA 1JLBA 1FK9A 3AA4A 1YTUA 2KZMA 4CHPA 1B92A 1F21A 2Y1JA 2GBZA 3AO4A 4O55A 1T05A 4W5NA 1BQNA 5FDLA 4IDKA 4KHSA 2YNIA 1Q9XA 5FRMA 4ICLA 4DTRA 3O3GA 3ZSVA 4M42A 3SQ1A 1VSKA 4CHZA 2KFNA 4CFBA 4RW6A 4FXDA 2HHXA 2XY7A 1RT1A 4FJXA 3E01A 3BGRA 3HSTB 1S1XA 1UA1A 3KTQA 3KD5E 3PUFA 1R0AA 4GVMA 3L2WA 1VSMA 3WNEA 4CGDA 4DG1A 5HP1A 1I3AA 4RW8A 4CEAA 3HPHA 3ZSOA 4E19A 3L2RA 4F2RA 3UIQA 3M8SA 3CG7A 3ZT1A 1HNIA 4MFBA 3DI6A 1SKRA 1BGXT 3DOLA 2G8UA 3ZT4A 2HNZA 3S9HA 2HHSA 1UAXA 3QIOA 3TAEA 2IGIA 4CF1A 3L2QA 3LALA 2R7YA 1JL2A 1KLMA 4FJ5A 1S1TA 1QS4A 2HHWA 4H8KA 1C6VA 1REVA 4CJFA 4PQUA 1VSHA 3VA0A 1SV5A 2DFHA 2ETJA 1RDCA 3HPOA 1J9AA 2Y1IA 4I2QA 4W5OA 2FBTA 4FJMA 2IAJA 3LAMA 4E7LA 4E7IA 4B9MA 4FJLA 4RG8A 4CK1A 3EZ5A 1T03A 1NKBA 4CK3A 1X9MA 2Z1HA 4CJUA 4DU1A 1D9FA 2GV9A 1J5OA 4Q5VA 3VQ9A 1BCMA 4N5SA 3SUOA 5KGWA 3OYLA 3KLGA 4OPJA 3RMBA 2OYQA 5CYMA 4CFDA 2XY8A 4DMNA 4M3YA 1JLGA 4B9NA 2VG7A 2G8IA 4O5BA 3VQ6A 3OYIA 4CJ4A 1TK0A 4FJ9A 2BANA 1QTMA 1KRPA 2DTUA 2XRIA 4KTZA 3M8RA 1UA0A 1YVUA 3QLHA 4FJJA 4FM2A 4E7JA 2FBVA 1JLQA 1NOYA 1KVAA 2QK9A 3NCIA 4DQQA 1IKXA 1WSHA 4OKEA 1S9EA 3K5MA 3SQ0A 2RPIA 1SL2A 2G8HA 3I0RA 2IC3A 3NGZA 3LWMA 3THVA 4M3XA 1XWLA 1X1PA 3LPTA 1CZBA 4FW1A 1QHTA 1JKHA 4OKKA 4B9UA 2B6AA 4DQIA 3RMCA 2LSNA 5DK5A 4DQRA 5KGXA 4BDYA 3PO5A 1TKZA 4LSNA 4OPKA 3L2UA 4DS4A 4DF4A 3K5OA 1L3SA 3LP2A 4KHWA 1IG9A 4KTQA 3V9UA 4KV8A 1C1CA 4B9VA 3B6OA 2XO7A 1TK8A 3NF9A 2BE2A 1NK4A 3L3VA 4FZYA 4C8LA 4H4OA 2OZMA 5I42A 1TK5A 1S1UA 4RW9A 1KVCA 2IS3A 4IKFA 4FJ8A 3DLRA 4KHNA 3AO3A 4F8RA 1EP4A 3NF8A 4E1NA 3IS9A 3KLEA 3IRXA 3KK2A 5T7BA 1NK9A 1VSIA 4DFMA 4W5RA 4WE1A 3V9ZA 3OYCA 3DLKA 2DFFA 3OYNA 5CY4A 3C6TA 3G10A 3AVBA 3NBPA 3NH1A 3SV3A 1NJYA 2YNFA 3SI6A 4LSLA 1JL1A 4L8RB 4AILC 1KFSA 3VQQA 1JXBA 1DTTA 3ZCMA 3HT3A 3MXMA 1TKXA 4I9LA 3T19A 2JLEA 1IKVA 4E7KA 5I3UA 4C8OA 3S3MA 3CM5A 2VWKA 3SQ2A 4FK4A 3QETA 3PV8A 1S1WA 3HXMA 1NKEA 2KW4A 3AVGA 4FCYA 3V81A 2PYLA 3HP6A 2Z1JA 3HK2A 1S1VA 4PA1A 1C1AA 1L3UA 2E6MA 3IG1A 3WNHA 3KKSA 2Q3SA 1ASVA 4KREA 1QE1A 2OPQA 3MXIA 1K6YA 3PX4A 5CYQA 4CJSA 1NJXA 1SL1A 1WSEA 5EU7A 4AHTA 4YNQA 5K14A 1RT3A 3ZSZA 1S6PA 3RMDA 3DLHA 2P1JA 1RBRA 1JLFA 3VN5A 4KHQA 2O4GA 4CK2A 4B9LA 2KQ2A 4QCLA 3F9KA 1T7PA 4DSFA 2PY5A 4KKOA 2VG5A 4OGCA 4DQPA 4Z4GA 1HYVA 4Q0BA 5KRSA 1CXUA 1S9GA 2X6SA 3HM9A 1WNSA 1VRUA 3V4IA 1RNHA 3ZSQA 1HPZA 2Z1GA 3LDSA 2YHAA 4Z4HA 3LANA 4CGFA 1BISA 2WONA 3KKRA 4CJRA 3OYFA 3RTVA 2DFEA 3QNOA 2XHBA 4FM1A 3RRHA 1ZBLA 3ULDA 4N41A 3MEDA 4DU4A 3OS1A 3OS2A 1L3VA 4BDZA 4K8XA 1VK0A 4IBNA 1U04A 4KI4A 4NCGA 3VQAA 2GUIA 3WNFA 4CIGA 3PX0A 3SJJA 2YHBA 1C0TA 1A5WA 3QNNA 3SUQA 1D9DA 3AO2A 1MU2A 4F2SA 4N76A 4CJKA 3AO5A 3VA3A 1HNVA 4AHUA 3NH2A 3AVMA 1QSLA 1RTJA 4I7FA 4CF2A 3VQ7A 1U4BA 4K8ZA 1QSYA 4EZ9A 1ASUA 3NDKA 3LP0A 4KAZA 2YNGA 2E6LA 1U48A 1ASWA 4BDPA 3ITHA 4RW7A 3NH0A 1C1BA 3HVTA 3MXJA 3V9WA 2HNDA 2HNYA 3QEXA 4HUGA 1B9DA 3DOKA 5C25A 2G8KA 2G8VA 4DTJA 4AHVA 4DFPA 1NJZA 4AHCA 3I8DA 3ZSWA 3CQ8A 4DQSA 3DRSA 1BIZA 2ZE2A 3AVJA 4Z4FA 4F4KA 3TANA 3ISNC 1GOCA 4Z4CA 4FZXC 4PY5A 3V6DA 1WN7A 1BL3A 1Q8IA 3P1GA 1TVRA 3LP3A 1LWEA 2I5JA 3OVNA 1T8EA 3LAKA 1WAFA 1NOZA 1RT5A 3KJVA 3TABA 2D0BA 2X6NA 4FJGA 5SZTA 3NAEA 3OYKA 5CZ2A 3EYZA 4CJ3A 4IG0A 1U49A 4B3OA 5E41A 4JLHA 3QEWA 2XY6A 1ZBUA 3C94A 1RILA 3K5NA 1JXEA 1KVBA 4TSXA 4XIUA 3OJSA 3SYZA 3DLEA 3SUPA 1ZYQA 3A2FA 4OLAA 3LP1A 1VRTA 4CHNA 2HHUA 3RMAA 1RBUA 3TWHA 4GMJB 2HB5A 3AVFA 1LWCA 4O4GA 3V1RA 3ZSRA 3V1QA 4B8AB 4QAGA 2ZD1A 2W42A 1WLJA 2WOMA 4DFKA 4M3TA 5C42A 2FBYA 4EZ6A 4FLXA 1QSSA 2B4JA 4M3UA 3CYMA 5JS2A 3NHGA 4I9QA 4Y1DA 5CZ1A 1VSLA 1DLOA 4FJ7A 4C8NA 3SPZA 3SV4A 3AVLA 3AVNA 1KFDA 2FBXA 2YKMA 3K2PA 2A1RA 1RTDA 1KLNA 1C0UA 4AHRA 1U45A 1LAWA 4CHOA 1YT3A 3OY9A 1D5AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AA4A 3M5RA 1NNEA 3K5LA 4AQYK 2P9IA 4WFBL 2P9UB 3RWUA 3DWLA 5HOOA 4CEFA 5EY4A 3CMEN 3WXLA 3VQ4A 2CH6A 1J54A 2QXFA 4JKFA 1RCHA 1X3MA 3DM2A 3LZJA 3AY9A 3QERA 1W9HA 1NK5A 1VSEA 4CD3A 3CMAN 3ZSXA 2VQFK 3VQDA 4C8MA 3UKRB 3VGLA 3I8BA 4XEIA 3VQ5A 3F5TA 3VEVA 1YVNA 3GBTA 2ZQBA 3THWB 2DY4A 1NK8A 3QO9A 3NF6A 4IOCL 4BACA 3L2VA 4DV6K 1KSPA 5J2MA 3FGUA 4HUFA 2BUPA 4DV7K 5AQMA 4H0YB 2D5RA 3TU5A 1CZAN 1RFQA 2D1KA 4FWKA 4CF9A 4CHYA 2CH5A 1GLBG 4ELTA 3OYGA 3MEGA 4UQGA 2OPRA 1QZ6A 1HQEA 4CEDA 2AP1A 4IG3A 1VQ8N 1SAZA 1KCFA 4B9SA 1Y64A 3MCAB 2AJQA 3RR8A 3JYTA 3C6UA 2IOCA 3HOTA 3AA5X 4CHQA 2O4IA 1IKYA 3P38A 3CM6A 3WEEB 3D2EB 4FLWA 4LF8K 3I55N 4CJTA 4FO0A 1HRHA 4A59A 5LY3A 4E89A 2V7YA 4G1QA 1B9FA 1VQ4N 3E9LA 3HJFA 1HNWK 1LAVA 4J2DA 2Q2RA 3ZYYX 3QINA 4NB4A 5KI6A 4LH5A 4CZEA 3EY1A 3DXMA 4DU3A 5CE3A 5CHIA 4PUOA 4MO5A 4CFCA 3HOSA 3AVIA 1YI2N 3FFKB 3CJ7A 4H4MA 1BI4B 4JKGA 3MECA 3ZT3A 1NJIO 1KTQA 2QM1A 4CW7B 4FLYA 4F3OA 3TAFA 4DSEA 4HUEA 3C95A 3EZ5A 1NKBA 4LH4A 3AVKA 3HYFA 4I2PA 4JI3K 3E9PA 1HMVA 1N5YA 3N4QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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