4OPKA

Bh-rnaseh:2'-sme-dna complex
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 38
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opkA00
3JYTA 1GOBA 1HRHA 4CHQA 3V9WA 2YNIA 4M41A 3ULDA 4DTJA 3SZ2A 4KHQA 4B9LA 2RKIA 2X78A 5J2MA 3QIOA 4FJ8A 4GVMA 1HMVA 4DG1A 3OYGA 1DTQA 3V9SA 2KW4A 4FJMA 4DTOA 5T7BA 4BWMA 1XHXA 2HVIA 3LP3A 2XY7A 4B9SA 1GOAA 3S3NA 5HRPA 3AVLA 2IDOA 2XY6A 4AHCA 4R5PA 4FLWA 4JLHA 1NOZA 3AO5A 3NGZA 4F3TA 2VG5A 3SQ0A 1J5OA 5J1EA 3MEGA 1BISA 4CJRA 3CG7A 1NJZA 2JLEA 3AA3A 2B5JA 5C24A 4KTZA 2W42A 4FYDA 1JLBA 2IOCA 3V1OA 3NGYA 1FKOA 4O44A 4J2EA 3HVRA 2A1SA 1NJWA 3TAQA 4F2SA 2HB5A 1O1WA 5E41A 2QKBA 4CIEA 3KJVA 2ZE2A 1HQEA 1WLJA 3AVIA 3HYFA 4WE1A 4N47A 1T03A 1TK5A 3K58A 4FJJA 4FJKA 4BE1A 1LW2A 4K8XA 4DSJA 2F8TA 3IS9A 3AO4A 3B6OA 1WAJA 4I7FA 4DLEA 3ZSXA 2GV9A 4LD0A 4HHTA 1TKDA 1N6QA 3DLRA 2VWKA 4DS4A 3QLHA 3MECA 3K5NA 2XY5A 3L2RA 1TAQA 4RW4A 3L8BA 1ASVA 4FJIA 4AHRA 1FKPA 4FM0A 2QXFA 3DLGA 1RNHA 4LSNA 3V9XA 3HO1A 3LP1A 2ETJA 3DYAA 5HBMA 2G8KA 4B9VA 1UA0A 2R7YA 4E7HA 3V6DA 4FJGA 3QESA 4IDKA 4IBNA 4HCCA 2RN2A 2F96A 1IO2A 4DFMA 2YKMA 3WNHA 1WSHA 3RMAA 3NDKA 1R0AA 3DM2A 4DTPA 3F9KA 3PUFA 3G0ZA 4EP5A 4ZTFA 2GUIA 2O4IA 1YT3A 4KHWA 1G15A 2B6AA 4JS4A 2EHGA 3FFIA 4GMJB 3SUPA 1ZBIA 3L2WA 1QS4A 1LAWA 3E01A 3AVNA 4CGFA 4I9LA 3CM5A 4HUEA 2G8HA 3PV8A 1SV5A 3NCIA 3KKRA 4Z4GA 4RW6A 3ZCMA 4FLXA 4B3OA 4E1MA 3KLGA 1KRPA 3OYDA 4CHYA 4I2QA 2IS3A 3P5JA 4AHTA 1NK4A 3LAKA 1B9DA 1ZBUA 1CZBA 4ID5A 4PA1A 5KTQA 3TAGA 3RRGA 5HRRA 4CIGA 3RMBA 1ZBLA 2HHWA 3M8SA 3NGIA 1QHTA 1VSEA 3AVCA 4M3ZA 5I3UA 1BIZA 4M3UA 1KLNA 3HPGA 4PY5A 1C1CA 1UWBA 3K5LA 1TAUA 1TL3A 2DFHA 2Q3SA 1S9GA 1LWCA 3HM9A 2YKNA 3AA4A 1LWFA 3C6TA 1TK8A 3QEXA 1F21A 3ZT4A 4FJ9A 4G1QA 1TKXA 3AVHA 4IFYA 1RT1A 2VG7A 4BWJA 4FLZA 3TAEA 2EX3A 4CEAA 2VWJA 3HT3A 1U49A 1L3TA 4KI4A 3DLEA 4CJWA 1L3VA 2YNHA 1S1VA 4M3TA 1JKHA 4H4OA 3P83D 4DTSA 1WSJA 4RG8A 4DTNA 4KB0A 1X1PA 3ISNC 3VQ4A 1KTQA 4CK1A 4DFKA 3KD5E 2XY8A 4OKJA 4IG0A 3WNFA 3L2VA 4FZZA 5D3GA 1JL2A 3AV9A 4M3WA 2OPPA 5KGWA 1NJYA 4ICLA 4HUFA 3HSTB 3WNGA 4I2PA 2LSNA 4OLAA 2NUBA 2VG6A 1NKCA 4E1NA 4CJTA 4DTXA 4DF8A 1RDBA 4CEBA 4FLTA 2KFZA 3TAFA 2YNFA 1SL1A 1KSPA 4Z4EA 3DLKA 1VSMA 4O4GA 3M8RA 3AO3A 4CIFA 3WNEA 3TI0A 2FBTA 4O0JA 3DI6A 3OYLA 4DU3A 1EXQA 3ZT1A 1S5JA 3AVJA 5HRSA 3HP6A 1SKWA 5DMRA 3L3UA 4ELTA 3KLIA 4FJLA 1D5AA 1IKWA 3VA3A 2XRIA 4O5BA 1IKYA 3OYFA 4FZXC 3M8QA 1RBRA 3EZ5A 1N5YA 2DY4A 4CJEA 3K5MA 2D0BA 4FZYA 3OVNA 3ASMA 1SL0A 3U3YA 3G10A 1RBVA 4CEDA 1A5WA 3SQ4A 3LP2A 3SUNA 3ZSRA 3THVA 1FK9A 3VN5A 2P5OA 4FXDA 2ZD1A 4KFBA 3AVKA 5K14A 3LAMA 1RDAA 3V1RA 2D0CA 3VQBA 3K57A 4KTWA 4M3XA 4MQ3A 4KB1A 4FVMA 4CF9A 4E0DA 4BACA 4E19A 1RDDA 2XO7A 3CYMA 3OYAA 4KHUA 1HYVA 3SNNA 4FLVA 4KI6A 1I3AA 1YTAA 4CFAA 2Z1JA 4FLUA 4DQRA 4LSLA 4NYFA 3LWMA 1S1TA 4FLYA 3QNOA 1SKRA 1S6QA 1RT5A 2OZMA 1LW0A 1IG9A 3SPYA 4M3YA 1VSKA 2BANA 3ZT0A 3EYZA 3MXMA 1JXBA 4CJKA 3SYZA 3SQ1A 4CGIA 4CJVA 4HVJA 3OYEA 4FW1A 2PY5A 4CEFA 3CQ8A 4KAZA 1RILA 1BL3A 4M42A 2Z1IA 3KLHA 2KTQA 2E6MA 1ZBHA 5J2PA 1S1WA 1J54A 1MU2A 5FRNA 3TANA 1J53A 3QNNA 4F8RA 3SPZA 1B92A 1S9EA 4N56A 2E6LA 2HNDA 5HLFA 1QSLA 1C0UA 1RT7A 4OGCA 4DSFA 1W0HA 3NAEA 3V1QA 1NJXA 4HCBA 3D0PA 4L8RB 4Z4IA 2KZMA 1SKSA 3V9ZA 4DTMA 1NK5A 3C94A 3LPUA 4I9QA 1BI4B 2Y1IA 3PX4A 4CFDA 1TVRA 2E4LA 2YNGA 4E7JA 2PYJA 4CJUA 4FK4A 1WSFA 2OA8A 2YHAA 4RW9A 4DFJA 4C8LA 4ELUA 4CJSA 2YHBA 1VRTA 3M8PA 3ZT3A 1VK0A 1X9MA 4FCYA 4IFVA 3U3GA 4Q5VA 4OPJA 4HUGA 1TV6A 3NF6A 1UAXA 3VQDA 3LWLA 4DFPA 1NKEA 3BDPA 3CFRA 2AJQA 3LPTA 2HHVA 1CXUA 4CECA 4CK3A 3LALA 3AVMA 2G8WA 1NKBA 4CCHA 4MFBA 4FJXA 3RMDA 1NK0A 4AHSA 3QERA 3NFAA 3CFOA 3I0RA 1C6VA 1YVUA 1NOYA 3IG1A 2HMIA 3ZSQA 4N5SA 2Z1HA 1LV5A 3EY1A 4DSIA 2G8IA 1KFDA 1SL2A 4O0IA 4PQUA 4AHVA 4JRPA 3DRSA 4CERA 2BE2A 5KRTA 3V9UA 3PO4A 1I39A 4F2RA 4FK0A 4CJ3A 3SI6A 3SUQA 5HRNA 3AA2A 3VQQA 4DSEA 3O3HA 1RBSA 5FDLA 3I0SA 4M3RA 2WONA 1U45A 3HVTA 4GW6A 3O3GA 3OYJA 1JLQA 3LZJA 3L2QA 3OYIA 3DLBA 2OPQA 2I5JA 4CK2A 4W5TA 4DQIA 4KV8A 4NCAA 4H8KA 4CJFA 4KTQA 3VQ5A 4DSKA 4O55A 4Q0BA 4KRFA 4FK2A 1IKXA 5JS1A 5HROA 3AVAA 1X9WA 2KFNA 1K6YA 3MEEA 3B6PA 2HHUA 3K2PA 1UOCA 1TKZA 1Q9XA 2OPSA 4KO0A 1WNSA 3S9HA 4OLBA 2G8UA 3ZT2A 1KLMA 4BE0A 1B9FA 4ZHRA 3RMCA 5FRMA 2Z1GA 1HPZA 2OZSA 1UA1A 4QCLA 5KI6A 2D5RA 4YFUA 5SZTA 2B4JA 1U48A 4W5RA 1NK8A 5CYQA 1DLOA 4XIUA 1RDCA 1BI4A 3QEWA 5CZ2A 4N76A 3IAYA 5SWMA 3KK3A 1IH7A 4NYNA 4CGHA 2PYLA 3C6UA 4FW2A 4E7IA 1EETA 4IKFA 1JLEA 2FBVA 5JS2A 5CYMA 1VRUA 5EU7A 1W9HA 1DTTA 4B9UA 5KRSA 1Z26A 3NHGA 1BIUA 5CZ1A 2G8FA 1S6PA 2OPRA 2P51A 3TARA 3SQ2A 1U04A 4DSLA 3VA0A 4FJ5A 4DF4A 1JLFA 1HYSA 1REVA 5HP1A 3TAPA 2DFFA 4FM1A 1T05A 3U6FA 4ZTJA 2FBYA 3OYBA 4J2AA 3S3OA 2HW3A 3NE6A 1XHZA 3ZSYA 3KLEA 1Q9YA 3ZSWA 1QTMA 4PWDA 1VSDA 2OYQA 3AVBA 1QSYA 1T7PA 3T1AA 1GOCA 2KQ2A 2WOMA 1JLGA 4KHSA 3HK2A 1BQMA 3KK1A 1RT4A 1EKEA 3AO2A 3VQ9A 3NH2A 5CY4A 4CGJA 2BGGA 1ASUA 1ASWA 4CFCA 3HL8A 4CHPA 2D0AA 2G8VA 2FC0A 4OKKA 4CEEA 1RTJA 3NBPA 4J2DA 4LH5A 2X74A 3VQPA 3JSMA 3SCXA 1BQNA 3NF8A 4CF1A 3O4NA 1TK0A 1BCOA 1CZ9A 3HP9A 4EP4A 4PUOA 4CHOA 1YTUA 2HHQA 1C0MA 5I42A 4DQQA 2XHBA 4W5OA 4BDZA 4DQPA 3SJJA 3KKSA 1JLCA 2IAJA 4B8CA 1TKTA 4C8OA 3KD1E 2YV0X 4Y1DA 1L5UA 4Z4CA 3TABA 3MEDA 3SV4A 1Y97A 2Y1JA 1EP4A 3PO5A 3QO9A 1ZYQA 1WSEA 4AILC 1D8YA 3OYCA 3HXMA 4FJHA 1C1AA 1VSJA 3O3FA 4QOZB 3RR7A 3PX6A 4QAGA 3LANA 3RRHA 1ITGA 1HJRA 1S1UA 3QIPA 3I8DA 3RWUA 2ITGA 4RW8A 2KZZA 3TAMA 1A5VA 4IG3A 5C25A 4C8NA 4LH4A 3NH0A 3ALYA 4DU4A 3KIOA 3AO1A 3P1GA 4CJQA 2GBZA 4OKEA 4CE9A 3CFPA 4KHYA 2HVHA 4UQGA 3ZSVA 4DTRA 4DLGA 3OYMA 2X6SA 1SUQA 3HPOA 4FM2A 1KVAA 4TSXA 4W5NA 1RTDA 3RR8A 1KVCA 3MXIA 4EZ9A 4CJ5A 5KGXA 1A5XA 4CF2A 3OJSA 3A2FA 4E3SA 1HYZA 4EZ6A 1EX4A 3KLFA 1HNIA 4CJLA 4Z4HA 1NK7A 4OVLA 4W5QA 3VQ8A 1RT2A 5DK5A 4CEOA 1NK6A 4BDYA 2HHXA 2O4GA 4CGDA 5C42A 1WSIA 3V81A 4B9MA 1QQCA 3VQCA 1QSSA 1FXXA 1JXEA 2ZQBA 3ZSOA 4AH9A 4E7LA 3H08A 3VQEA 4DTUA 1U47A 4F3OA 2F8SA 4CF0A 2HNZA 1WSGA 4OGEA 3MAQA 1L3SA 4B9NA 2X6NA 1CLQA 3UIQA 3OS2A 4AHUA 4C8MA 1HQUA 1KVBA 2IC3A 3LZIA 3NF7A 4CJ4A 2JGUA 4BE2A 3VQ7A 4JS5A 4HTUA 1ZBFA 1S1XA 3QEIA 4RW7A 1XC9A 4F4KA 4KPYA 3QEVA 1JLAA 4CEZA 3CM6A 4CESA 4CEQA 2DFEA 4Y1CA 4CHZA 3K59A 5J2QA 3DOKA 1U4BA 2P1JA 1BGXT 1J9AA 1RCHA 4CHNA 3OS0A 3SV3A 4FJNA 1BHLA 1CXQA 1TGOA 1VSHA 3OYHA 3AA5X 4DWIA 3L3VA 4BDPA 3PY8A 3OYKA 4B8AB 1XWLA 4OJRA 1RT3A 2FBXA 3DOLA 3ZSZA 1D9FA 2QKKA 3DRPA 3PX0A 2QK9A 1Z25A 4CGGA 1QE1A 5FROA 4DS5A 3MXJA 1LWEA 3HPHA 3VQ6A 4DQSA 3LDSA 1LAVA 1VSIA 4CF8A 3QEPA 3V4IA 3O4QA 4K8ZA 1XI1A 3TR8A 3TWHA 2RF2A 1HNVA 3OY9A 2BDPA 3ITHA 1RTIA 3DRRA 2RPIA 3AVGA 3DMJA 3T19A 4M45A 3OJUA 4FJ7A 3SUOA 1X9SA 4YNQA 1RT6A 4KREA 1C0TA 1Q8IA 5J2NA 1C1BA 1KFSA 3L2UA 3S3MA 4Z4FA 4ID1A 3LP0A 1D9DA 4H4MA 4N41A 4NCBA 3T3FA 2A1RA 4JRQA 1WAFA 2ATQA 3QINA 1TL1A 3NF9A 4LY7A 1T8EA 4C8KA 3OYNA 1VSFA 1JL1A 4CJPA 1NK9A 3K5OA 1VSLA 4KHNA 3HJFA 4E89A 1L3UA 2HNYA 3KTQA 4NCGA 2HHSA 4CFBA 4DMNA 3BGRA 2PZSA 2DTUA 2HHTA 3AVFA 4OPKA 4DU1A 3QETA 1WN7A 3DLHA 4B9TA 2IGIA 3IRXA 4ELVA 3OS1A 4B08A 3D45A 4Z0UA 3KK2A 1BCMA 1RBTA 4KKOA 4J2BA 3C95A 1RTHA 4E7KA 3F73A 3RTVA 3NH1A 1RBUA 2P5GA 1KCFA 1IKVA 3VQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNIA 3ULDA 4YOWA 2FSKA 1LCUA 4B9LA 2RKIA 4JD2B 4FJ8A 1HMVA 4H5WA 5T7BA 3H3OB 1IJJA 3CMEN 2HVIA 2XY7A 5HRPA 4BG9A 3AVLA 4R5PA 3HTVA 3SQ0A 4NXNK 5J1EA 2NRWA 3CG7A 3LDLA 1NJZA 3AA3A 5AZJA 3DXKA 4CW7B 1FKOA 3MCAB 4IDHA 4J2EA 4B3SK 3HVRA 1GLAG 3TAQA 3KWGA 2QKBA 4XH4A 4KBOA 2ZE2A 4WCEL 1WLJA 3G25A 2RHKA 1TK5A 2F8TA 4K8XA 3IS9A 3AO4A 4BR4A 1WAJA 1BOTO 3VENA 1TKDA 4HHTA 4JK7A 2VWKA 3CERA 3R1XA 4FJIA 1IBLK 4X65K 1FKPA 3WT0A 1RNHA 3V9XA 3LP1A 3DYAA 4L3QA 3VMFB 4E7HA 1QZ5A 4IBNA 1NGJA 1IO2A 4DFMA 3ULEB 3THXA 4H03B 3IUCA 1HR0K 1YT3A 4JS4A 2EHGA 3FFIA 3T1YK 1ZBIA 3L2WA 3AVNA 3P38A 3CM5A 4Z4GA 4RW6A 3ZCMA 4FLXA 3F2KA 4DV2K 2J4RA 1B9DA 3LM2A 5M1FA 4BROA 3FZLA 4CIGA 2HHWA 3NGIA 3ENHA 4M3ZA 1C1CA 1UWBA 4DV3K 2DFHA 3CCMN 2A6AA 2Q3SA 4CZEA 3Q7CA 1LWCA 1ATSA 4B1ZA 1LWFA 1FW6A 4WFAL 1WB9A 1RT1A 4BWJA 3LDPA 4G9ZA 2EX3A 3SBGA 4CEAA 3F5TA 3DLEA 4CJWA 3O5BA 4M3TA 1VHXA 4RG8A 4KB0A 1X1PA 3ISNC 4DFKA 2XY8A 4IG0A 5D3GA 4JKCA 4M3WA 5KGWA 3SBTA 2OCEA 3HSTB 2ZJPL 5BPNA 1MWKA 1RDBA 4FLTA 1SL1A 4Z4EA 1VSMA 3M8RA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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