4PGJB

Human heavy-chain domain antibody in complex with hen egg-white lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fully Human VH Single Domains That Rival the Stability and Cleft Recognition of Camelid Antibodies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Human heavy chain domain antibody
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 127
sequence length 128
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pgjB00
1KIPC 135LA 1FDLY 1Z55A 1D9UA 1JTTL 1UIAA 4H9HA 3K3TA 3G3BB 4QDNA 4DD2A 8LYZA 1JJ0A 3M3UA 4OWEA 1CNSA 1A4VA 3TXHA 3WUNA 4LYCA 2ZNXY 1LZBA 4R0FA 1HHLA 4CJ2A 1IP3A 4WM5A 1WTMA 3TXBA 4GLVA 1REYA 4Z98A 3A67Y 4LT0A 1GFTA 1GB0A 1CKCA 1GF7A 4J0LA 4XJGA 2MEIA 1BVXA 2XJWA 1OUFA 1BB6A 5APEA 5EBHA 3LYTA 1KIQC 1D0MA 1FLQA 4KT3A 3A94A 2MEBA 1LSZA 2DQEY 3IWRA 4RW1A 1LJEA 1RFPA 1BWHA 3RNXA 4B49A 1LZ8A 2BQMA 5FSTA 3A91A 4DDBA 3P4ZA 1O23A 4NSHA 2YBNA 3AGHA 4WL6A 1GE0A 2Z2FA 5FELA 3WPLA 1LSNA 1B7QA 2BAAA 2RSCA 2FYDA 1AM7A 7LYZA 4NHPA 2A7DA 4ETBA 2XBSA 4NHTA 5E9RA 1WQMA 1GFGA 2D6BA 5D5FA 5FEKA 3WUAA 3WXUA 1LZCA 2ZQ3A 3AB6A 3ATNA 3CT5A 3WU9A 4GCEA 1LJ3A 4C3WA 1OQMA 2DBTA 1LMAA 1UIDA 1LSAA 4WM6A 2F2NA 5LA8A 4MR1A 3WVXA 1GB3A 1D6QA 3D3DA 1HEOA 4LYTA 4HPIA 2BQNA 4TX7A 4DD9A 2HU1A 4A7DA 2YBHA 2MEGA 1B7RA 5LVGA 1AT5A 4NGKA 4U3XB 3LYZA 2HECA 1YL1X 1YILA 4RW2A 3A34A 4W94A 1BB4A 1KIRC 1AZFA 1BB7A 1QUSA 2BQCA 3WMKA 3WW6A 4Z3MA 4B1AA 1HFZA 2WARA 4YEOA 1B2KA 4NGOA 133LA 3WU8A 5B1FA 1UICA 2ZYCA 5I53A 4B4EA 1IP1A 1AKIA 1IY3A 2DQJY 3P64A 1JKDA 4WO9A 1B7PA 5A3ZA 5KXWA 1LZYA 1INUA 2HU3A 4LYBA 1LZTA 1G7LC 4HV1A 1HERA 4ET8A 3ATOA 1XGTC 2BQBA 9LYZA 5LVJA 3RZ4A 1B0DA 2HEFA 4H94A 5KXXA 2ZYPA 3AW7A 5F9UA 1VDQA 2D4IA 4KXIA 2D4KA 1LJIA 2I25L 4H9FA 5C6JA 1CKDA 2I6ZA 2BQLA 4NGYA 2BQEA 5DN4A 4H8XA 1UIGA 1GB5A 4GCDA 1QTEA 4KL7A 2LZTA 1IR9A 1JSFA 1NDGC 3LYOA 4H92A 3LZ2A 1GHLA 4LGKA 4HSFA 1JUGA 1GFKA 2ZNWY 4WM4A 1LYSA 3TXKA 4Z41A 5FHWA 1D0LA 2BPUA 1IC7Y 2IFFY 4GCBA 6LYZA 2W1LA 3AJNA 1HF4A 1DI5A 5F16A 1HENA 3EMSA 1XFPL 2BLXA 3W6EA 4WOAA 1LCNA 5FCPA 1IWZA 1IP7A 2XTHA 4YF2A 4DD0A 1WVVA 1G7IC 1GBYA 2CGIA 5I4WA 1GAZA 3CQLA 1JITA 1CJ6A 1JJ1A 3TMUA 4M4OA 4LT1A 3EBAB 4LYMA 4ZIXA 1DQJC 1LSMA 2H5ZA 2X0AA 1IOQA 1WQOA 4H9EA 1LJ4A 5HMJA 4H9BA 4RLMA 3WUMA 1HEQA 1LYOA 1LMTA 1BB3A 1WQRA 1B7SA 4BS7A 5DM9A 2G4PA 5B59A 1EQEA 1NF5A 1XEJA 153LA 193LA 1VDPA 3AGIA 5M1YA 3M18B 4I8SA 3TMVA 1OUCA 1LHKA 1SQ2L 2H9KA 2A7FA 3AYQA 4XYYA 3BKVA 2DQDY 3HBEX 3P68A 4DD7A 1CKGA 2MEFA 1LTMA 1LSBA 1LHJA 1IC4Y 1I56A 3A8ZA 4G4BA 4GN4A 4XADA 1VFBC 3TMWA 3B72A 3WXTA 1RJCB 1V7TA 1FLUA 1CJ8A 3IJVA 1IOSA 1IEEA 1GD6A 1LHHA 3IJUA 1DI4A 4WO6A 5LXWA 3N9CA 2XBRA 1GFHA 5LYTA 2CWIA 5I4XA 4MSTA 3OJPA 4XJHA 4N8ZA 3AZ6A 1JPOA 3N9EA 1LJNA 3VWOA 4TSCA 1BHZA 1F6SA 4CFOA 1UIBA 2ZIKA 1YANA 1GF5A 5I4YA 4OW1A 1LSCA 4XJDA 4DC4A 4W96A 1GB7A 2LZ2A 2CDSA 2DQGY 4HTKA 1FKQA 1HEPA 1GBOA 1GBXA 5KXOA 4NGVA 1GE2A 1HFXA 1CKHA 2FBDA 5D5CA 2YVBA 3WL2A 4OOOA 5KXKA 1LSFA 4YENA 4DDCA 1G7JC 2MEDA 4KPMA 4NSIA 1LMNA 2LHMA 1REMA 1BB5A 4H8ZA 4IATA 1QDRA 4LT2A 4LZTA 4NG8A 2FYCA 1DI3A 3GXRA 3LZTA 3W6DA 1LJJA 2DQFC 2BQFA 3MGWA 1TAYA 5LVKA 1IO5A 4RDSA 2W1MA 5HQ1A 5I54A 4NHIA 4C5FA 1B5ZA 1FLWA 3TXEA 4XJBA 1XGPC 5KXNA 1IWYA 2W1XA 5KKJA 1IORA 1F6RA 1FKVA 4YEMA 3G3AB 4XENA 4DDAA 1BQLY 1B7OA 5KXYA 5LYMA 1GWDA 4B0DA 1FBIX 1JKAA 2ZQ4A 3J6KA 4LYOA 1GB8A 4DD3A 1N4FA 4PGJB 1HNLA 1C46A 1UIHA 1XEIA 207LA 2BLYA 2EQLA 5II3A 6LYTA 1IR7A 1IWWA 4HTQA 4TTDA 1OP9B 4CGEA 2ZIJA 1LZ6A 1HC0A 5L9JA 1GPQC 1QSAA 1WQQA 4PRUA 1LHLA 2ZILA 1LSPA 1EQ4A 3RT5X 4ETAA 3RW8A 3TXDA 3B0IA 1LYYA 1YKZX 3AZ5A 1YKXX 2MEAA 4NWHA 2MECA 1OUBA 1GE3A 4B4IA 3F6ZA 1IX0A 1H6MA 4HJVA 1PZYA 2F4AA 1B7MA 4ANRA 1GBWA 1DPWA 1JSEA 1NBZC 1SLYA 1UIEA 4NGJA 3LN2A 1LYZA 1HMLA 4BAPA 5HNCA 1DKJA 1UIFA 1GB9A 3A92A 1IP4A 4WL7A 3KAMA 4N0JA 1DXJA 194LA 1LZAA 3FE0A 1YAOA 5F81A 3TMXA 2HEAA 1IY4A 3QNGA 1D6PA 4Z46A 5B07A 4AGAA 1REZA 1NHEA 1EL1A 1LZ5A 1I20A 4UWVA 1UBZA 4WM3A 1P2CC 208LA 2F30A 1GXXA 1YIKA 3QY4A 2Y8PA 1OUIA 2YBMA 1W6ZA 4H90A 4P2EA 1WQPA 1KXYA 2DQAA 3CSZA 3A96A 5FDJA 5AMYA 1A2YC 3T36A 4IASA 5IELA 1LZ4A 3EXDA 1LJGA 1GDWA 3W6FA 2Q0MX 4UWUA 4UWNA 2F4GA 4OOTA 4WMGA 4XJFA 3QE8A 3AZ7A 4PHIA 3B6LA 1GE4A 3CB7A 4CFPA 2YDGA 4BADA 5KXLA 4N1EI 4LFPA 1ZVYB 1JTOL 4O34A 1LZSA 2DQCY 2VB1A 1YROA 5KXZA 4ETCA 3WYHA 1GAYA 4ML7A 4DWXA 134LA 1BVKC 2I26L 4ETDA 3AW6A 1T6VL 4RLNA 5DLAA 1GEVA 5I5QA 3LYMA 1JIYA 1LHIA 2N5ZA 2BQDA 1LZDA 2BQHA 1GEZA 1GFUA 2FBBA 1TDYA 2YBIA 2NWDX 2Z37A 1NDMC 4ZFPA 132LA 1IP2A 4J7VA 4WLYA 3RU5A 5HLLA 1KXXA 4FJRA 5LIOA 5L3HA 5KJ9A 3N9AA 2D91A 4G4HA 1GFEA 3A3QA 1QTKA 5APFA 1YAQA 2H9JA 1LJFA 5LA5A 1NMMA 1DKKA 4OWCA 4H8YA 1LZGA 1WVUA 2YBJA 4J1BA 2W1YA 4HPEA 4D9ZA 1REXA 1YAMA 1LPIA 1YL0X 4NHSA 1XGRC 4N5RA 2BQAA 5B06A 4ET9A 2Z12A 1WQNA 3AZ4A 1GF4A 4WM1A 5C6LA 3WULA 1F0WA 3ZVQA 3ZVQB 3P65A 5B1GA 5F14A 3A3RX 1RCMA 1UC0A 1LZ9A 1IOCA 4NG1A 5LAGA 4NEBA 4AXTA 1IC5Y 5L3IA 1JHLA 4G4CA 4IJ4A 4NSJA 3SP3A 3A90A 4GLAA 4NSGA 1HSWA 3T6UA 3A95A 3GXKA 1IVMA 1IR8A 4NFVA 4CHXA 1LZNA 1NWGA 1C43A 1G7MC 1UUZC 1LJHA 1XGQC 2DQHY 1DPXA 2LYOA 4G9SA 1F10A 4HP0A 3A6BY 1QSWA 1ZV5L 3HBDA 4N9RA 1HMKA 1V7SA 1MLCE 2MEHA 4EOFA 1YAPA 3CSQA 4LT3A 4FDYA 2LYZA 4ZEEA 4XJIA 4DT3A 5DL9A 4I0CA 1E8LA 1B5XA 4R6CA 5KXPA 5KY1A 4WLDA 2C8PA 4NGIA 4ETEA 1XEKA 5C6IA 4H9AA 3W6AA 4NGLA 2C8OA 1B5VA 3P66A 4QGZA 5JENB 2G4NA 4QEQA 2BQIA 1B5YA 1B9OA 2HEDA 1OUEA 1CJ7A 1LKSA 1LMPA 1W08A 5HMVA 5KKIA 5LVIA 1LMOA 1OUAA 1GF9A 1TBYA 4OWAA 3W3EA 1LOZA 5A3EA 1IWTA 2EPEA 1ALCA 2MEEA 1LKRA 1H87A 5DN5A 1XSFA 1J1PY 3TXIA 1DZBX 5KXSA 1IOTA 1FN5A 5B05A 1GFRA 4GN5C 1GFAA 4H93A 4WLXA 1LAAA 1OUDA 3TXJA 1RI8B 3A6CY 4OWBA 3D9AC 3B0KA 3EO5A 1GF8A 1B7LA 1GXV2 2YSSC 2HEBA 4OWHA 5IDDA 1OUHA 3TXGA 3HFMY 4YM8A 1FLYA 2Z39A 4HJZA 1IP5A 5ILCA 3J4GA 1J1XY 1PS5A 4PJ2C 5KXMA 3E3DA 2HUBA 1GF6A 1JTPL 4BAFA 4WLTA 3ZEKA 4HJYA 4E3UA 1LZEA 2EKSC 2Z2EA 3OK0A 5E4PA 5J7CA 4MCKA 1WTNA 4NWEA 1HEMA 1GBZA 5LYZA 4GCCA 1GF3A 2Z18A 5HNLA 4M6DA 2Z19A 1LSEA 2G4QA 2DQIY 1VDTA 2EIZC 2HEEA 2AUBA 1MELL 5ILFA 5T3FA 1LZRA 4NHQA 1B7NA 2BQOA 4NGZA 1B5UA 3B0OA 1QUTA 2DKVA 1GBSA 5F9XA 5APDA 154LA 1C08C 1VAUA 2GV0A 4TUNA 3WPKA 4GN3A 2BQJA 4WM2A 4H9IA 3WVYA 1YQVY 1QQYA 1HELA 1B5WA 1IIZA 4H9CA 1GFVA 1GE1A 1HFYA 3AGGG 1ZMYL 5KXRA 1JJ3A 1GB2A 1JKBA 1LSYA 1LZ1A 1C45A 4PPOA 5K7OA 4WG7A 1C10A 1BWJA 1GFJA 1GDXA 1I1ZA 1LJKA 4HV2A 1AT6A 4DYGA 1KXWA 4II8A 2B5ZA 3FI7A 4QY9A 3CT0A 3WH1A 5LINA 5APCA 2CJLA 3TXFA 4XN6A 3HBHA 1XGUC 3A93A 3CT1A 1VATA 1QIOA 1IWXA 1CJ9A 1CKFA 1BWIA 1NQIA 2IHLA 1IWUA 1LHMA 4NY5A 4DD1A 4EMNA 1JWRA 2YBLA 1ZVHL 3BKHA 4PRQA 1UA6Y 1LSGA 3WU7A 1OUJA 2LYMA 4NIJA 2PC2A 3W6CA 3WPJA 4B4JA 1LMCA 4TSBA 1TCYA 4LFXA 5KXTA 1HSXA 4X3BA 4NGWA 5LAFA 1JKCA 1GB6A 2Z38A 5IHGA 1UACY 3CSRA 1G7HC 1T3PA 1C7PA 1YKYX 4H91A 4J1AA 1RE2A 4N1CC 4TWSA 4H1PA 1GF0A 1VDSA 1BGIA 1HEWA 1J1OY 1NKHA 1UCOA 2BQGA 2HTXA 4GCFA 1IP6A 2ZWBA 3LHMA 4LYZA 4HTNA 4L41A 4YOPA 1TEWA 4G49A 1JEFA 5LVHA 1NBYC 1D0KA 1JISA 3ULRA 1EQ5A 2D4JA 3WW5A 1QDTA 1IWVA 1LMQA 1VEDA 3W6BA 1OUGA 1LSDA 2BQKA 4WG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KIPC 1L65A 1UIAA 187LA 1PQJA 4QDNA 1CNSA 3WUNA 4LYCA 1LZBA 4R0FA 4CJ2A 1L97A 1REYA 3A67Y 1GB0A 1BVXA 4AQNA 1FLQA 1QT3A 1QT8A 1LJEA 1RFPA 1LZ8A 5FSTA 4DDBA 191LA 3SBAA 2YBNA 5FELA 2B74A 1GE0A 2Z2FA 3WPLA 1LI6A 2RBQA 2RSCA 2FYDA 4NHPA 2XBSA 3WUAA 1C6KA 1L93A 2ZQ3A 2B75A 3CT5A 1L52A 1QS5A 1QT6A 4WM6A 1QSBA 1SWYA 3D3DA 3LZMA 4LYTA 4HPIA 2BQNA 2HU1A 1B7RA 1L08A 1YILA 1BB4A 4I7KA 3HTBA 3WMKA 3HH4A 188LA 1HFZA 4YEOA 1L34A 4NGOA 4W58A 5B1FA 2ZYCA 5I53A 1IP1A 1T97A 1IY3A 1JKDA 3G3XA 5A3ZA 1LZYA 1INUA 2HU3A 183LA 4LYBA 168LA 1G7LC 4HV1A 1XGTC 2BQBA 1CU0A 4H94A 3SB7A 3C80A 5KXXA 1QUGA 3SB6A 205LA 2D4KA 190LA 141LA 162LA 4NGYA 4H8XA 1UIGA 2RBRA 2LZTA 1IR9A 4KL7A 163LA 4HSFA 1JUGA 1GFKA 2BPUA 1G0QA 3OE0A 3EMSA 1CV0A 4WOAA 1D2WA 4YF2A 4DD0A 5I4WA 3TMUA 1JITA 1CJ6A 1SX7A 4LYMA 2B73A 2H5ZA 2X0AA 4H9EA 4RLMA 1LMTA 1B7SA 1PQMA 3M18B 200LA 3BKVA 2DQDY 1QT4A 1L69A 1IC4Y 4GN4A 1G0GA 1C6LA 1L19A 1IOSA 1DYFA 1GD6A 3IJUA 4WO6A 1DI4A 5LXWA 1C6IA 1L10A 2CWIA 1OVKA 3OJPA 1LSCA 1FKQA 1CKHA 4K5YA 5D5CA 3DN8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KIP C;  135L A;  1FDL Y;  1Z55 A;  1D9U A;  1JTT L;  1UIA A;  4H9H A;  3K3T A;  3G3B B;  4QDN A;  4DD2 A;  8LYZ A;  1JJ0 A;  3M3U A;  4OWE A;  1CNS A;  1A4V A;  3TXH A;  3WUN A;  4LYC A;  2ZNX Y;  1LZB A;  4R0F A;  1HHL A;  4CJ2 A;  1IP3 A;  4WM5 A;  1WTM A;  3TXB A;  4GLV A;  1REY A;  4Z98 A;  3A67 Y;  4LT0 A;  1GFT A;  1GB0 A;  1CKC A;  1GF7 A;  4J0L A;  4XJG A;  2MEI A;  1BVX A;  2XJW A;  1OUF A;  1BB6 A;  5APE A;  5EBH A;  3LYT A;  1KIQ C;  1D0M A;  1FLQ A;  4KT3 A;  3A94 A;  2MEB A;  1LSZ A;  2DQE Y;  3IWR A;  4RW1 A;  1LJE A;  1RFP A;  1BWH A;  3RNX A;  4B49 A;  1LZ8 A;  2BQM A;  5FST A;  3A91 A;  4DDB A;  3P4Z A;  1O23 A;  4NSH A;  2YBN A;  3AGH A;  4WL6 A;  1GE0 A;  2Z2F A;  5FEL A;  3WPL A;  1LSN A;  1B7Q A;  2BAA A;  2RSC A;  2FYD A;  1AM7 A;  7LYZ A;  4NHP A;  2A7D A;  4ETB A;  2XBS A;  4NHT A;  5E9R A;  1WQM A;  1GFG A;  2D6B A;  5D5F A;  5FEK A;  3WUA A;  3WXU A;  1LZC A;  2ZQ3 A;  3AB6 A;  3ATN A;  3CT5 A;  3WU9 A;  4GCE A;  1LJ3 A;  4C3W A;  1OQM A;  2DBT A;  1LMA A;  1UID A; 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 5APD A;  154L A;  1C08 C;  1VAU A;  2GV0 A;  4TUN A;  3WPK A;  4GN3 A;  2BQJ A;  4WM2 A;  4H9I A;  3WVY A;  1YQV Y;  1QQY A;  1HEL A;  1B5W A;  1IIZ A;  4H9C A;  1GFV A;  1GE1 A;  1HFY A;  3AGG G;  1ZMY L;  5KXR A;  1JJ3 A;  1GB2 A;  1JKB A;  1LSY A;  1LZ1 A;  1C45 A;  4PPO A;  5K7O A;  4WG7 A;  1C10 A;  1BWJ A;  1GFJ A;  1GDX A;  1I1Z A;  1LJK A;  4HV2 A;  1AT6 A;  4DYG A;  1KXW A;  4II8 A;  2B5Z A;  3FI7 A;  4QY9 A;  3CT0 A;  3WH1 A;  5LIN A;  5APC A;  2CJL A;  3TXF A;  4XN6 A;  3HBH A;  1XGU C;  3A93 A;  3CT1 A;  1VAT A;  1QIO A;  1IWX A;  1CJ9 A;  1CKF A;  1BWI A;  1NQI A;  2IHL A;  1IWU A;  1LHM A;  4NY5 A;  4DD1 A;  4EMN A;  1JWR A;  2YBL A;  1ZVH L;  3BKH A;  4PRQ A;  1UA6 Y;  1LSG A;  3WU7 A;  1OUJ A;  2LYM A;  4NIJ A;  2PC2 A;  3W6C A;  3WPJ A;  4B4J A;  1LMC A;  4TSB A;  1TCY A;  4LFX A;  5KXT A;  1HSX A;  4X3B A;  4NGW A;  5LAF A;  1JKC A;  1GB6 A;  2Z38 A;  5IHG A;  1UAC Y;  3CSR A;  1G7H C;  1T3P A;  1C7P A;  1YKY X;  4H91 A;  4J1A A;  1RE2 A;  4N1C C;  4TWS A;  4H1P A;  1GF0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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