4PKHA

Complex of adp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
chains with identical sequence D, F, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkhA03
2FSKA 3CJBA 3DXKB 1BG3A 2FSNA 2E2QA 3FLCO 3A8YA 1XQSC 3ENHA 2VCPA 5JLHA 3HZ6A 4HTLA 1X3MA 1NM1A 2D4WA 3VOVA 3U9ZA 4H5TA 4IO8A 3A5OC 3EKUA 3W0LA 5LY3A 1E4GT 3H6EA 4NO7A 3M6GA 4FOEA 1GLLO 4JN4A 5AQIA 4CZMA 2QWOA 2P9PB 4K25A 3TU5A 1MWKA 5AQFA 4GY2B 2E1YA 3LM9A 1JCEA 1BOTO 2FLOA 4EHTA 1TUUA 4BQLA 1QQOA 4FWRA 3RSEA 3WQTA 1NLVA 4XH4A 3CJCA 3ATVA 3MN9A 3DAWA 3J8AA 4BRAA 2CGJA 3QFUA 1KAZA 3I33A 4I6MB 3G25A 4EHUA 3O08A 4FWNA 4CZIA 1BO5O 2F9WA 1WOQA 3IUCA 2P9LB 3VPZA 3HI0A 4IZ9A 2P9IB 4JD2B 3EO3A 4AM6A 3BP8A 1ATRA 1HJOA 2V51B 3EKSA 5F2RA 4FWQA 4CBXA 5AZJA 2ASPA 1H1VA 4O5FA 1J6ZA 1X3NA 2ASMA 4BG9A 3MCPA 4H0VB 1YXQA 3UKRA 2Q36A 3VF2A 3CJ7A 4H0PA 4FOIA 2Q31A 3R9PA 2I7PA 2E2PA 5E26A 1LOTB 3ENOA 4H0XB 3FZMA 4A62A 5EVZA 4BRDA 5AQZA 1V4TA 3P4IA 1NGJA 5EOYA 4DCHA 4YDUC 3O1BA 3BEXA 4CI6A 1KXPA 2QW9A 4FWPA 1RFQA 3S41A 3VF4A 3JXUA 4FWLA 1KAXA 5AFUH 5EX5A 5EXWA 4BRPA 4B1ZA 1T44A 1XC3A 4CD3A 4B9QA 3QB0A 5AQUA 3L6QA 1ZC6A 2IVOA 3U8XA 4BRFA 2HF4A 5LJVA 3O6WA 4BRNA 4FO0A 1DEJA 4BRMA 3UKUB 2J4RA 2BUPA 4B1VA 3QFPA 5AQVA 3EZWA 2Q97A 3R8EA 4KBOA 4B1YB 3LDQA 4MO5A 3WT0A 2AP1A 4YDUA 4B1UB 3L0QA 1NMDA 1NGFA 2W41A 3D2EB 5AQMA 3ZETB 2E2OA 1JCGA 4CD1A 2A42A 3CJ9A 4BRIA 1NGIA 2A6AA 4H03B 4PKIA 2E2NA 4DQ8A 4A2AA 1NGAA 1BDGA 5ADXH 5AQOA 4BC3A 1V4SA 1ZBSA 2YCHA 4CBWA 3HBTA 4DHYA 4XH1A 4QS9A 5AQWA 4H0YB 4H5WA 3CJ1A 4F9OA 3WXJA 2V7ZA 1Y64A 3SK3A 3VF6A 2QWRA 4BVOA 4BRKA 2QM1A 3WQUA 1QZ6A 1HPMA 1E4FT 1BA1A 3MDQA 3UB5A 1JCFA 2UYTA 4RCHA 3GOIA 3VEZA 2KHOA 1T6CA 4BRQA 1C0FA 2ZGZA 3RSEB 3ULEA 1ZXOA 2Q0UA 2V52B 4FL9A 5AQYA 1DKGD 4WQ5C 2Q1NA 1HKCA 4BREA 4FSVA 2AA4A 2CH5A 1BWFO 4JNEA 3IMXA 1NGEA 5BPMA 5BREA 3M3ZA 3OHRA 4BQZA 3VESA 4MLHA 1C0GA 1GLDG 4BRHA 1QQNA 3B8AX 4WYBA 4BRCA 4XH5A 5AZJB 1X9JA 4BGAA 1NGGA 4ISGA 3A5LC 3MN5A 3KHYA 1RDWX 4BR4A 4WQ4C 3VEWA 3MMVA 3UKRB 2E1ZA 5BR9A 4WQ5A 3VETA 2CH6A 5BN8A 3W3DA 5JMVA 3MN7A 2Q0RA 3VEXA 4L3QA 1BU6O 3D7EO 5B8HA 5KPZA 5AQJA 5BN9A 3CHWA 1QZ5A 3QMLA 2A3ZA 2YI1A 5FPMA 4CZHA 3ZX3A 1Q18A 2P9SA 3I8BA 5F1XA 1GLJO 1LCUA 3QDKA 4PL7A 3CI5A 4CZFA 1GLCG 3VGLA 3WEEA 3ID8A 3VEYA 4PKHA 1HX1A 4BC5A 1NGDA 3H46O 4WQ4A 4GNIA 2VWBA 5JICA 5LJWA 2IIRA 4JHDA 4C23A 2A41A 3O8MA 5CE3A 2PBDA 3A0IX 3IDHA 1XUPO 3GBTA 4BRLA 4CBUA 3H3NO 1TUYA 5AQQA 4K42A 2V7YA 4FWMA 5AZIA 3FZLA 2D1KA 3SLCA 2YJFA 5AFUA 5I9EB 4Y0WA 4FPAA 3FZHA 1HKBA 3H1VX 3U4LA 3GDQA 2YHWA 4EAHD 2P9KA 4IWVA 2HF3A 3WXLA 5AQSA 5AQPA 2NLXA 1NGCA 2FF6A 4K43A 5E84A 4BVPA 1NGBA 3EL2A 5EY4A 4EFHA 4H0OA 2NZTA 2CGLA 4BRGA 2EWSA 3O4WA 2IVNA 2D0PA 1OKJA 3ZX0A 2P9NA 3BUZB 5AQTA 3DJCA 3ZEUA 4FWSA 3QBWA 2P9UA 3LDNA 1QHAA 4H5RA 4QS7A 3C7NA 3H1QA 1K8KA 2FF3B 4PKGA 1T6DA 1TYQA 4JAXA 3ULEB 1S3XA 5AQLA 5BRDA 5ADXA 3AAQA 4BC4A 2DPNA 1BA0A 2QWQA 4CZEA 3IFRA 4K41A 3DXMA 3C0BA 3H45C 3VEVA 3VERA 4B1XB 2YJEA 5KPTA 3VGMA 2CGKA 2YHYA 5FPEA 2QWLA 3AARA 4QS8A 1G99A 3FFKB 3VEOA 3LDPA 2I7NA 4CZLA 5BRHA 5FPDA 3MK6A 3D2FA 4A61A 1ATNA 3DWLA 4ISFA 3O80A 4E1JA 4NB4A 4BC2A 4FWOA 2D0OA 4M63C 3SJHA 1P8ZA 2Q2RA 3BF1A 2PAVA 5BRFA 3WXIA 1U2VA 3L4IA 1GLEG 3VENA 1GLFO 1NGHA 1DGKN 1ESVA 2FXUA 2QWPA 3FR0A 3H3OB 5KQ8A 2QWNA 1SZ2A 3GL1A 2ZWHA 3SMPA 2BTFA 3WUHA 4BR2A 1SQKA 2P9SB 4H5VA 1NWKA 4DB3A 3FE1A 3DXKA 3KZBA 3FZFA 2W40A 5AQHA 3WEEB 1HLUA 2GUPA 3MN6A 4RTFD 4IXCA 4JHDB 5KQDA 5AQRA 2E88A 2IVPA 3O5BA 4BROA 3BF3A 4CZKA 4A2BA 3GG4A 1ATSA 2GEMA 2P9PA 3A5MC 3WXKA 3CETA 1NBWA 3FGUA 2GELA 3M1FA 3QICA 2A5XA 2GWJA 4BR9A 4PL8A 4AM7A 2ITMA 5AZIB 1HUXA 4IJAA 3JS6A 2ZGYA 1S22A 1Z6RA 3LDLA 2ZF5O 2P9KB 1EQYA 5AR0A 5BPLA 2WUSA 3HSCA 1CZAN 4I6MA 3ATUA 4CZGA 1HKGA 1Z05A 1U6ZA 3HTVA 5KPRA 2OANA 2P9LA 3GE1A 3R6MA 1IG8A 5AQKA 2P9IA 4JD2A 2QWMA 3LM2A 5FPNA 5JLFA 2NRHA 4MO4A 5ELZA 3AAPA 4IJNA 2P9NB 2FSJA 1MWMA 4BR5A 4MLEA 3ZEUB 3CQYA 2GWKA 3HM8A 2P9UB 3LL3A 2E8AA 4H0TB 3C7NB 1YAGA 1K8KB 1R59O 1TYQB 1MA9B 4HWIA 1RGIA 3ZX2A 1IJJA 5TKYA 4RWTA 4M7XA 3VGKA 4ISEA 4EIAA 1GLAG 1MDUB 2YHXA 3DXMB 1YVNA 3AY9A 4Z94A 2H3GX 3UE5A 3CERA 4CJ7A 4BGBA 4LC9B 2A40A 4M7YA 3U9DA 3FZKA 1GLBG 2ASOA 1SAZA 1KAYA 3D2FB 3O1WA 2VYPA 3TPQA 4BG8A 3QBXA 1YUWA 4XEIA 2HOEA 5BPNA 1QQMA 2E20A 2QXLA 3UKUA 5AQXA 3CJAA 4FWKA 4CZJA 1WUAA 4J8FA 1U2VB 4FPBA 4BR7A 4B1WB 3SMSA 3KVGA 1BUPA 4BR0A 3EN9A 5F0XA 3F9MA 3D2EA 3ZETA 2F9TA 5AQNA 5AQGA 2HMPA 3A5NC 4O8KA 3CQXA 3CIPA 4H5NA 3LDOA 1D4XA 2GTDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKRA 3OYBA 3DXKB 1QTMA 4K0KK 1BG3A 3S9HA 4CJWA 3KLFA 4HUFA 3FLCO 3ENHA 1YT3A 1BGXT 1DLOA 4HTLA 4CEBA 1X9SA 4DR4K 4CEQA 4KHYA 4IO8A 4DR5K 3H6EA 4NO7A 4CGFA 4DTOA 2QWOA 3TU5A 4K25A 2R7YA 2VGNA 2RE2A 4ID5A 2E1YA 4FM1A 2ZQBA 4CHNA 4DFKA 4OLAA 3M8RA 1IKWA 1TUUA 4BQLA 1NK4A 4BWMA 3RSEA 1ILYA 1K8AO 3HL8A 3I8DA 3CJCA 2ZE2A 3ATVA 4I9QA 3K9JA 3VQCA 2CGJA 1F21A 4FJNA 2ITGA 1UAXA 1J5EK 3I33A 4I6MB 4IO9L 4FWNA 5J2PA 3VQ4A 1BO5O 2KKZA 3HI0A 1IKXA 4JD2B 4JKAA 3EO3A 4J2DA 3HOSA 2HHQA 1R0AA 4M42A 1VHXA 4CBXA 5GAEP 3CCVN 1H1VA 4O5FA 1J6ZA 1RTIA 1KLNA 2D5RA 4H0VB 1N34K 4RW9A 3CJ7A 1YJNN 4FOIA 1BL3A 3CCEN 1BCOA 3OYGA 3K5OA 1VQ8N 3FZMA 5EVZA 5AQZA 3P4IA 4DCHA 4B9LA 4FWPA 3H08A 3ISNC 4RW7A 4FWLA 1KAXA 3OYJA 2KW4A 4KI4A 5DK5A 1T44A 1XC3A 2WTUA 4B9QA 5AQUA 3U8XA 5JVHL 4Z4CA 4BRFA 3J7ZO 2OZMA 1CXUA 1NK5A 4I2QA 1NG9A 3UKUB 4KHSA 3QFPA 5AQVA 4NLCA 3WXMB 3I0RA 1RT6A 4KV8A 3EZWA 3O3FA 3TTFA 5C0YA 1EX4A 5DMRA 3RMDA 2Q3SA 4JKCA 5KGXA 4L8RB 2E2OA 2HMIA 3VN5A 4M3WA 2A42A 5FLXO 3DRSA 1KTQA 4I2PA 2A6AA 3AVLA 3SQ1A 3OJSA 4A2AA 4DV1K 3N4PA 3N4QA 3THYB 1V4SA 4XH1A 4H5WA 1BCMA 3K0SA 1RNHA 1Q86O 2OPSA 2XRIA 5BR8K 4DFJA 4F8RA 2C1IA 4B9TA 2QM1A 3WQUA 3CCQN 5LL6Z 4LF4K 4JI1K 4CEDA 4Z4FA 1NKBA 1JLQA 4W5OA 2KHOA 4BRQA 4BDYA 3QNOA 3MEEA 3QEWA 1SL0A 3OA9A 3SV4A 4FJXA 4J2BA 1RILA 4JI8K 2ZJRL 2VGMA 2FBTA 3SQ2A 3IMXA 5BPMA 1I3AA 5BREA 1XC9A 4DS4A 3OHRA 4MLHA 1C0GA 3MWPA 3BGRA 1QQNA 1OH7A 3G6EN 1VSJA 3A5LC 3MN5A 3KHYA 1RDWX 3MEGA 4CESA 3CFPA 3TR8A 3MMVA 3F73A 5BR9A 1S1WA 1W0HA 4NCGA 4WQ5A 2CH6A 4L3QA 1VSFA 2QA4N 3D7EO 5M1OA 5B8HA 2A1RA 1Z26A 4C1NK 2YI1A 5FPMA 4JK7A 4N76A 1Q18A 3I8BA 5F1XA 1GLJO 4CZFA 4CGIA 1GLCG 3VGLA 3WEEA 4FZXC 1RTJA 4GNIA 1K6YA 3NF6A 4IOCL 4JHDA 1JJ2M 4C23A 2A41A 5M1PA 1JLBA 1N33K 3V9XA 1REVA 3IDHA 1XUPO 2D0CA 3NBPA 4BRLA 3H3NO 4K42A 2IDOA 2D1KA 3SLCA 3K58A 2YJFA 5AFUA 4IFVA 5HROA 3CM5A 1HKBA 4MQ3A 3U4LA 3GDQA 4LSNA 3NF9A 4CFAA 3L3UA 3TI0A 5AQPA 4CEOA 4Z4IA 2IGIA 4QAGA 1JL2A 4PA1A 4BRGA 1VQPN 2O8BB 1SS6A 3SV3A 2D0PA 4DSKA 2RN2A 3BUZB 4FLVA 5C15A 3DJCA 4B9NA 2XY5A 1RDBA 5CZ2A 2P9UA 1QHAA 4KH6A 2HHIA 1K8KA 3V6DA 1EO1A 3C6HA 3U3YA 3HSTB 5AQLA 1FJGK 1BA0A 2QWQA 3AVCA 4JK8A 3QNNA 2OPQA 3IFRA 2YKNA 4CZEA 4K41A 3HPOA 3T69A 3C0BA 3I55N 1D9DA 3VERA 1Q8IA 3OS1A 2XY7A 2ETJA 2YHYA 1NK8A 2O8EB 5BRHA 1SL1A 3MK6A 4DTRA 2KZZA 1ATNA 3BY5A 1VSKA 2WONA 1D5AA 2VWJA 1VK0A 3OW2M 2BH1A 3DRPA 4FWOA 3NVKA 5BRFA 2F96A 1WAFA 3VENA 4KHUA 2KFZA 2VQEK 1DGKN 2FXUA 1HR0K 3P83D 5K14A 3GL1A 4B3RK 2YHBA 4CJQA 3DMJA 1ZBFA 3SMPA 2YKMA 3Q7BA 4BR2A 2P9SB 4J2AA 4H5VA 1JKHA 3DXKA 3KZBA 4RW6A 3AO4A 2W40A 4R79A 4RTFD 3ZT0A 3SAFA 3JSMA 4IXCA 3PX0A 1X9WA 4RG8A 3KK2A 3OYIA 4CZKA 4A2BA 3WXKA 1IH7A 3E66A 2GWJA 3L2WA 3LP0A 1IO2A 3VQAA 4CW7B 4Y1CA 3JS6A 5A2QO 2P9KB 5BPLA 4N5SA 1KRPA 2BANA 2P5OA 3OYMA 2QKKA 3ENBA 4I6MA 3AVJA 5KPRA 3IKMA 3MAQA 1IBLK 4AHCA 4FK0A 4JD2A 2QWMA 2NRHA 4E7JA 4MO4A 3PLAA 2P9NB 1MWMA 4BR5A 1TAQA 1VRTA 3CQYA 3QEVA 5FRNA 5HBMA 3EZ5A 3CC4N 4DLGA 3OBYA 4H0TB 4FJLA 1YAGA 3OBWA 1MA9B 3CC7N 4JEPA 4OKKA 5TKYA 4RWTA 3T1YK 4C8OA 3O9SA 1MDUB 2YHXA 3DXMB 2NUBA 3SBTA 2GUIA 5M1NA 4O8UA 3SNNA 4M7YA 4E3SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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