4PL8A

Structure of rabbit skeletal muscle actin in complex with a hybrid peptide comprising thymosin beta4 and the lysine-rich region of cordon-bleu
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
370
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of thymosin-beta 4/profilin exchange leading to actin filament polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein/structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 123
structure length 356
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl8A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pl8A03
5EXWA 1C0FA 1OKJA 3A5NC 1TUUA 2E2NA 3ZETB 4FWMA 2GUPA 1BA0A 3HZ6A 4AM7A 5AQMA 4I6MB 3UB5A 3VOVA 3ZEUB 3L6QA 4BVPA 2ZGZA 4BG9A 4CBXA 3WT0A 4H0VB 3GL1A 1V4TA 1GLAG 3CJ9A 5AQXA 3O8MA 4EHTA 5FPEA 3DAWA 1GLCG 3WXIA 4FO0A 4PKHA 1GLDG 4XH1A 1XC3A 4ISEA 2P9KA 3C0BA 5AQHA 4FL9A 4WYBA 3QICA 4GY2B 3BP8A 5BPLA 4WQ5A 4B1ZA 1HUXA 4BR5A 1QZ5A 3SMSA 1RFQA 1HLUA 4AM6A 3KHYA 4PKIA 5AQQA 5AR0A 3G25A 1P8ZA 5AZIB 1NGGA 1LCUA 3DXMA 1NM1A 2CGJA 3A5OC 3QBXA 3A5LC 4BRQA 2ASPA 1KAYA 3FZFA 3R6MA 3MMVA 1TUYA 3IFRA 1DGKN 4IJNA 1NMDA 4H5WA 2VWBA 3DWLA 4FOIA 1X3NA 1IJJA 4GNIA 1MDUB 1BWFO 3H1VX 4IO8A 4MO4A 5JMVA 1TYQB 5JLHA 3ZETA 4H0TB 3D7EO 3ZEUA 2FLOA 4YDUC 3VEZA 1IG8A 2Q31A 4CD3A 4BREA 1KAXA 3SJHA 5AQGA 2P9UB 1QQOA 5E84A 4BR0A 2IVPA 2YHXA 5FPDA 3BUZB 4H5RA 4CJ7A 1XUPO 5BN8A 2V51B 4ISFA 4CZMA 4BRPA 3QBWA 4WQ5C 4H5TA 4BQZA 1BUPA 4RTFD 4XH4A 5FPNA 2ZF5O 4WQ4A 1K8KB 3QFUA 3RSEB 4B1YB 4BRKA 3QB0A 4FOEA 1JCGA 3MDQA 4K42A 5AZIA 2H3GX 4B1XB 3U9DA 4F9OA 3L0QA 4E1JA 2HF3A 4H5VA 2FF3B 3H46O 3VGKA 4Z94A 1T6CA 2D1KA 4HTLA 1H1VA 5ADXH 5F1XA 3JXUA 1SZ2A 3VEYA 3H1QA 4IWVA 1U6ZA 3MN9A 3A8YA 4EIAA 1BG3A 3IMXA 4CZEA 3VEOA 1TYQA 3D2EB 3IUCA 4RCHA 1Y64A 2FXUA 3OHRA 3J8AA 4EHUA 1NLVA 2YJFA 2IIRA 1GLLO 3MN5A 5LJVA 2DPNA 5BPNA 4BRLA 3VENA 3H45C 4JHDB 3S41A 3VGLA 4CZLA 3BF1A 3ENHA 4FSVA 2P9NB 4O8KA 2P9UA 3CQXA 2D0OA 2D4WA 3R8EA 1U2VB 2E2QA 3WQTA 2E1YA 1WOQA 3O1BA 3WXJA 1E4GT 4IXCA 1WUAA 3EO3A 5I9EB 3A5MC 4WQ4C 4M63C 3LDNA 3VGMA 2Q0RA 1K8KA 1Z05A 3RSEA 2A41A 3H3OB 5EX5A 2OANA 3LDLA 2QWRA 1D4XA 2CH5A 4M7YA 3EL2A 3CIPA 3ULEB 4BVOA 4BQLA 4BR4A 4CZFA 2VYPA 4K25A 4A62A 2Q2RA 5AQLA 4H0YB 1SAZA 3CERA 3VESA 2V7ZA 5LJWA 1ATSA 3CJAA 3D2EA 3FGUA 5ADXA 4FWSA 3WEEB 2D0PA 1GLFO 1NGJA 3HBTA 4HWIA 1X3MA 3SLCA 4CZIA 1NGFA 4CBWA 1LOTB 1NWKA 4JHDA 4MO5A 2A42A 3EN9A 1GLEG 3GOIA 2P9NA 3UKUB 3WXLA 2E88A 4JD2B 4DHYA 4FWRA 3ENOA 4BG8A 1ATRA 1ZBSA 4B1VA 1MA9B 1J6ZA 3WQUA 1NGHA 5AQVA 1NBWA 3ATVA 2P9LB 4CD1A 5F2RA 3FLCO 3H6EA 3HI0A 4I6MA 3UKRB 3M1FA 3LM9A 2F9TA 2BUPA 4XH5A 3UE5A 2QM1A 1GLBG 4L3QA 2A5XA 4B1UB 4BRFA 1RDWX 1JCFA 1YVNA 2YHWA 3ID8A 3ULEA 4H03B 4BRIA 2Q0UA 5AZJB 3JS6A 3WXKA 4CZJA 4RWTA 3CETA 3C7NB 2PAVA 2HOEA 2NZTA 3O4WA 1YAGA 3O1WA 5FPMA 2V7YA 1CZAN 2FSKA 4DQ8A 4B1WB 4H5NA 3IDHA 2QWLA 4QS8A 2E2PA 2I7PA 3WEEA 4QS9A 2CGKA 5KQ8A 3GBTA 3MCPA 1QQNA 5B8HA 1X9JA 3U4LA 4CZKA 3DXKB 5BPMA 3BEXA 4C23A 2QWPA 3HM8A 2P9PB 3GG4A 4PL8A 3ZX0A 1QQMA 3UKUA 3FZHA 4ISGA 5BRHA 3P4IA 5BREA 2AP1A 4M7XA 2ASOA 2BTFA 3VETA 2QWOA 1SQKA 2W40A 3FFKB 3GDQA 4QS7A 2CGLA 3SMPA 2E2OA 3EKSA 2P9LA 1R59O 1NGAA 2GTDA 2V52B 5AQYA 5AQUA 3UKRA 5EOYA 3CJ7A 2YI1A 3M3ZA 4BC5A 2P9SB 2PBDA 4CZHA 2VCPA 4BRNA 4BRDA 1HPMA 1QHAA 3WUHA 3F9MA 1ZC6A 4IJAA 5AQFA 3A0IX 4KBOA 5AZJA 2FF6A 3VEXA 3EKUA 5BRFA 1XQSC 4FWKA 3C7NA 4H0XB 1NGIA 3O6WA 4LC9B 3L4IA 4K41A 4FWNA 3LDPA 2AA4A 4CI6A 3MN6A 2Q36A 2ITMA 1E4FT 4BR9A 1G99A 2W41A 5AQRA 4BC2A 1BOTO 3KZBA 3U9ZA 5KPTA 1BU6O 3LL3A 5KQDA 1S3XA 1QZ6A 1YUWA 3DXKA 2P9PA 5F0XA 4Y0WA 4BGBA 4H0OA 3AAPA 3CJ1A 2QWQA 3AY9A 5TKYA 1ESVA 2QXLA 5CE3A 1MWMA 1KAZA 3I33A 4NO7A 1YXQA 4A2BA 3U8XA 4BRGA 2A6AA 2HF4A 2YHYA 4DB3A 2QW9A 5AQZA 1BO5O 4YDUA 3H3NO 4CZGA 5BRDA 2QWNA 3LDOA 3O80A 5BN9A 2P9SA 4PL7A 1T6DA 4FWLA 3CQYA 5AQJA 3W3DA 5AQWA 4BRMA 3CJBA 5KPZA 3HSCA 4MLHA 1U2VA 4BR2A 4CBUA 4NB4A 4JAXA 3VF2A 5AFUA 2E1ZA 2FSNA 4FPAA 1C0GA 1HJOA 3GE1A 3ATUA 2ZWHA 3MK6A 4J8FA 3QDKA 3VEWA 1KXPA 5AQSA 2NRHA 4BGAA 3CJCA 1HKCA 2J4RA 1NGDA 3AARA 3O5BA 3SK3A 5AQKA 1HKGA 2A40A 4JNEA 5AQIA 2E20A 1EQYA 1ZXOA 5AQPA 1Q18A 2CH6A 2YCHA 4PKGA 2HMPA 3FZLA 2P9IB 4H0PA 4BROA 1NGBA 4K43A 3O08A 2UYTA 4A61A 4XEIA 2GEMA 4BRCA 1HKBA 3FR0A 3B8AX 4EAHD 3CI5A 2IVNA 4FWPA 3HTVA 3MN7A 5AQTA 4BRAA 4BR7A 3D2FB 5AQOA 5LY3A 2Q1NA 3KVGA 2GWKA 1JCEA 2A3ZA 2YJEA 4EFHA 2QWMA 4JD2A 3VERA 4MLEA 4DCHA 2KHOA 3VEVA 3ZX3A 3FE1A 3FZKA 3QFPA 2GELA 3VF4A 1BA1A 1HX1A 1ATNA 1GLJO 3LDQA 1NGCA 2Q97A 3VPZA 3FZMA 5BR9A 1T44A 1NGEA 5KPRA 2IVOA 5JICA 4O5FA 3TU5A 3LM2A 3CHWA 3M6GA 4BRHA 2EWSA 5AFUH 5AQNA 3W0LA 5EY4A 4FWOA 4BC3A 2P9KB 3ZX2A 2ZGYA 2P9IA 4A2AA 3DJCA 4FPBA 5EVZA 5ELZA 4JN4A 3R9PA 1MWKA 2NLXA 4B9QA 4FWQA 2WUSA 4IZ9A 2I7NA 1DEJA 1RGIA 5JLFA 3EZWA 3BF3A 3DXMB 1DKGD 3D2FA 1S22A 3QMLA 1BDGA 3I8BA 2ASMA 2E8AA 2FSJA 5E26A 2GWJA 3AAQA 4BC4A 3TPQA 1V4SA 3VF6A 2F9WA 1Z6RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJZA 2VQFK 2O8EB 2AJQA 4CHPA 4OLBA 2XY7A 1TUUA 2E2NA 3SPYA 4MDAA 4KHPK 1C0TA 3L6QA 4L8RB 4BVPA 3QESA 3HT3A 4NLCA 3BGRA 3AV9A 3C95A 2KKZA 3VQDA 4K8ZA 3NDKA 1GLCG 1UWBA 3THWA 4CHOA 1GLDG 2WOMA 3P38A 1RT5A 3O9RA 1U49A 3TAQA 5HROA 4CFCA 2WFBA 2QI2A 4IEIA 4FL9A 1VSDA 4WYBA 3QICA 4NCBA 3BP8A 1QZ5A 4B9MA 1FKPA 1SKRA 3V9SA 3CQ8A 3G25A 3S3NA 3CCMN 2W6KA 4DTRA 4O4GA 3DLBA 2IAJA 1SV5A 3HP9A 3FZFA 3R6MA 1TUYA 4IJNA 4FLXA 4B8AB 1NMDA 5M1OA 4FOIA 1X3NA 3H1VX 4MO4A 4CJKA 4H0TB 1F21A 2P5GA 3RR7A 3G4SN 4YDUC 5DMRA 1IBLK 4NCGA 4DR4K 4RW6A 3VQQA 4DU3A 3DOKA 2IVPA 2ZQBA 4PWDA 5AJ3K 2O8CB 1ZBHA 2BDPA 2GBZA 2VG7A 4BRPA 3QBWA 3QO9A 3VQBA 2PZSA 5GAEP 3TARA 3SQ2A 1S72N 3WNGA 4E89A 2QKBA 4BRKA 1C1BA 3QB0A 4B3OA 1SKSA 5AZIA 3MDQA 4HUFA 3TAEA 4FJXA 3F73A 4BE2A 3WNFA 4E1JA 1L3UA 3HPOA 3U3YA 4FYDA 3TAFA 3H46O 4KHSA 4Z94A 3K57A 4M3YA 4HTLA 4JLHA 3G10A 3QNNA 4DV3K 3V9XA 3DMJA 3VEYA 4IO9L 3MN9A 4IEEA 3IMXA 1NJIO 4LF9K 1TYQA 3D2EB 5J2MA 4RCHA 1Y64A 2FXUA 3OHRA 4IFEA 3V6DA 1NLVA 2OZSA 3OS1A 1VQ8N 5KI6A 1FKOA 3SPZA 4JI8K 4NYNA 5BPNA 4BRLA 4JHDB 3VGLA 1RTDA 4CJEA 4GV9A 3CQXA 2D0OA 3AO2A 2R7YA 1XHXA 1MU2A 1U2VB 2E2QA 3O1BA 3KTQA 3WXJA 4CIEA 2B6AA 1WUAA 2ZJQL 3EO3A 2HHWA 4AHVA 2Q0RA 1K8KA 1UA0A 1BCOA 4DR5K 1TK0A 2E6MA 1N34K 1XNQK 3NBPA 1JL2A 4BVOA 1RCHA 4K25A 1VQLN 5C42A 4DWIA 4O8UA 1Q86O 3VQ9A 4HUGA 4E72A 1SAZA 3NCIA 3VTIA 5J2NA 5ADXA 1GLFO 1NGJA 4CJ3A 1HNWK 1X3MA 3SLCA 3M8RA 4OX9K 3O4NA 1NGFA 3KK7A 1LOTB 4OPJA 1K6YA 4FW2A 1VSLA 4IDKA 2P9NA 1VQ7N 4JI5K 4DHYA 4M3ZA 3ENOA 1O1WA 3SUNA 1SL0A 3E01A 3ASMA 2HHSA 3OYEA 3CMEN 2C1IA 5F2RA 3FLCO 3H6EA 1VSIA 4I6MA 3A2FA 2IS3A 3UKRB 4DFMA 3VA0A 2HVIA 1BL3A 4XH5A 1RILA 4FJ5A 2ZM6K 2KW4A 2PYJA 3L2QA 1YVNA 2YHWA 4H03B 3T19A 2Q0UA 4EP5A 2E5LK 4JV5K 4RWTA 3K5MA 5C2FA 2YNFA 4CGHA 3CPWM 4J2BA 5LL6Z 4HCCA 3MXMA 2G8KA 3O4WA 3L2UA 1T3VA 3PSIA 4DQ8A 2E4LA 4B1WB 2NRXA 3AO3A 3IDHA 4LH5A 3L3UA 2VG6A 3T7ZA 4JS5A 3DLLL 2CGKA 5B8HA 4BY9C 3OTOK 1X9JA 4C1NK 5BPMA 4C23A 2P9PB 5FDLA 2NNWA 4K0KK 4BE7B 3SNNA 5FRNA 3VQ6A 4Y1DA 3VA3A 4M7XA 3SJJA 3VETA 1A5XA 4W5OA 4YY3K 4CVNE 4JI6K 1TKDA 2CGLA 3U3GA 1R59O 2GTDA 1VSFA 2P9SB 4CZHA 4DF8A 5AQFA 4KBOA 5AZJA 2FF6A 3EKUA 3R3LA 1XQSC 2D0BA 5JS2A 3N4QA 1RTIA 5CYQA 4C1NI 1S9EA 1BQMA 4K41A 2C1GA 4OPKA 2AA4A 1VSHA 4DS5A 4LF6K 1I3AA 4B3SK 4IG3A 4F2SA 3KKSA 4B9NA 1G99A 3K2PA 2W41A 5HLFA 4WFBL 3U9ZA 5KQDA 2A1SA 1U48A 1QZ6A 4DFPA 3V1OA 4YOWA 4H0OA 3CD6N 3J7AP 2KZMA 3QEXA 3KD5E 3CJ1A 1GOCA 3AY9A 5TKYA 2QXLA 5CE3A 3TAPA 4JK8A 3J7ZO 2RN2A 3U8XA 4KHYA 1X9WA 2GV9A 2YHYA 1BO5O 4PQUA 3H3NO 4NYFA 1REVA 3OYCA 5KRSA 2G8WA 4FCYA 5HRRA 4FLZA 3W3DA 1TL1A 5AQWA 3D0PA 5KPZA 4LY7A 4MLHA 4A59A 3AVMA 1RDAA 4LFCK 4CK1A 2FSNA 3MK6A 2FBYA 3IKMA 5AQSA 5HRNA 3SBTA 3WXMB 4I9QA 1WNSA 4C8LA 2E6LA 5MLCQ 1TKTA 4DSFA 2OCEA 3O3GA 2HMPA 3HOTA 4N76A 1W97L 3C6AA 5IT9O 2GEMA 1EWRA 4CK3A 3ISNC 4FJ8A 2G8VA 3CI5A 4DTMA 3KLIA 2O4IA 3HTVA 5AQTA 1WSEA 4BRAA 4BR7A 4YOTA 4OGCA 2YX6A 1JLAA 3ENBA 1L5UA 1NKCA 4ID5A 3K9JA 1FW6A 4KB0A 1IH7A 2RE2A 3VERA 4DQRA 3AA2A 3NH0A 1BA1A 1GLJO 3KWGA 3PIPL 3OS0A 2ETJA 4CJ4A 4DR6K 4B3MK 1TKZA 2GUIA 3WNEA 2YHAA 4O5FA 3TU5A 3CHWA 3TSUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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