4PTV | Genus

Total Genus 172

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	172
sequence length	445
structure length	445
Chain Sequence	IIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMEDRPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Halothermothrix orenii
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 1
total genus	172
structure length	445
sequence length	445
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2014-03-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4ptvA00

2YL6A 3BSHA 4MB3A 1B90A 4TXEA 3T2QA 1PAMA 4ATDA 4P8XA 2UY2A 1DEDA 1GNXA 2RGMA 2VMFA 1C90A 2WVUA 1E6QM 3IJ9A 4AD1A 1J0HA 4P7LA 3DYOA 3VMPA 1E70M 2FH8A 4KRTA 2CIPA 1BGAA 1V6UA 3VX0A 4C7FA 1UWIA 2CHOA 4D1IA 2VQUA 3WDRA 2OSWA 4BZYA 1W9VA 4X0VA 3UEQA 1OB0A 6TAAA 4ATLA 3AJ7A 4AY1A 3SCWA 1TA3B 2YL8A 3UCQA 1Y7VA 2VZSA 3BH4A 1ISWA 5A95A 1CGXA 3U5YA 5E6YA 2WMJA 1XV8A 4HA4A 4OJYA 1OGGA 4ML4A 4AZIA 4AZCB 2WLYA 1KXQA 1UWTA 2JFEX 3PZMA 2YDSA 4PTVA 2WC7A 2WHKA 3WUGA 1EDGA 1E3ZA 4BQ3A 3UG4A 3L2LA 3OLDA 4WJXA 2ZXAA 4JFSA 1DHKA 1UUQA 2VR4A 3GTNA 1C7SA 2EPNA 4AZBA 4HOZA 1UWSA 4X9YA 2WCGA 1JG9A 1OSEA 1JIBA 4EK7A 2A3HA 1NP0A 3BCDA 1EO5A 2AMGA 1MXGA 2E8YA 2XFFA 3BAJA 3AROA 2VC9A 1MW3A 3GZAA 4H41A 2EJ1A 3UERA 5A6MA 2WHJA 2Z1KA 2XJ7A 4KWUA 1XD1A 2O9PA 1G94A 2XTKA 3OG2A 3WNNA 2DSWA 2YBUA 2BY0A 2ESCA 4LXFA 3WEZA 1LLOA 4AZ7A 4DM1A 1A3HA 5BRPA 1GZJA 2XSBA 4WSJA 4BA0A 3U7BA 2XFYA 1G9HA 3EDKA 4CN1A 4PMUA 1J12A 5JIWA 3O9NA 2HVMA 3FAWA 1QHOA 1E6NA 4F9JA 2VCCA 5M03A 2ZIDA 4UQCA 3WUFA 2A3BA 1XCXA 1H41A 1WPCA 4OUEA 4KMQA 3LPGA 5IFPA 3FAXA 1LJYA 2ZWZA 1PZ3A 1WZKA 3ARVA 3VO0A 5BXRA 1QI2A 3PTMA 1UD8A 1HVXA 1E43A 2ZUTA 8CGTA 4UOJA 1W9DM 2XIBA 5GPRA 4LQ1A 2W5FA 1XC6A 1UD4A 3WL1A 1EO7A 4UFJA 5EB8A 1EA9C 1UA3A 2ZX5A 2XSAA 1OT1A 4F66A 1HX0A 1MQPA 2WW5A 3ALFA 5A94A 2EBNA 3AHYA 2E40A 2EPOA 2YJQA 5A6LA 1JDDA 4L4PA 3ARWA 3VIGA 1ISXA 1HKJA 3BXWA 4KRUA 3CUGA 5GNZA 1CXIA 3SCQA 3WDHA 4PMQA 3ZSTA 1FA2A 3HMCA 3W38A 3MS8A 3W0KA 4CN6A 5IDIA 4CUCA 2UWFA 1PBGA 3THDA 3QHMA 1MW1A 2GDUA 3AYRA 3WENA 1AQMA 2FGZA 1B3WA 1TA3A 2G41A 2YLLA 3BMWA 4QFUA 1QHZA 4W86A 3SCNA 1E4LA 2WMHA 1HL9A 3GXFA 3OBAA 2WCAA 1EDTA 2VO5A 1KXVA 1ZB5A 2Y8KA 4WK9A 1C3FA 5E6ZA 5C8BB 4JKKA 3MANA 3SCUA 4Z2HA 4IPNB 1J01A 3I3EA 1GQIA 2GDVA 3LPPA 1UR8A 4CU8A 2J25A 3ARYA 2YKKA 2CEQA 2GUYA 1DWGM 1UR9A 3N12A 4BQ2A 2OSXA 5DFAA 2VZVA 2GVYA 3VIJA 1VJSA 3BCFA 2D22A 1KBKA 1L8NA 3ARPA 2WXDM 2EXOA 4RE2A 1WZMA 1H49A 1Q6GA 3DYMA 1NOWA 5CZKA 1OIMA 1O7AA 4TVCA 3VGDA 2VX7A 1JAEA 3MMDA 1H3GA 1UD2A 3AI0A 2FDMA 3F5KA 1QI0A 2G3JA 1JXKA 2WCSA 2J7CA 1DWAM 3ZR6A 1JNEA 4HPHA 4PMRA 1V6VA 4RE4A 2F61A 1UWRA 2BHUA 2V3FA 2D20A 3WNOA 3DC0A 1GUVA 4TVUA 3WY1A 2BXZA 1XSKA 4D6CA 1I1XA 3EBVA 3OLGA 5M17A 4TTGA 3BLPX 5JBEA 2DH3A 3L2MA 1J0JA 1SYTA 2DQXA 4U2ZA 4KGLA 4FLRA 4HU8A 4WKAA 1GQJA 2J79A 1MQQA 3SUUA 8A3HA 1VBUA 1AQ0A 4W7VA 4W5ZA 4UQ9A 4J27A 1HNYA 2YBTA 3II1A 5D9PA 3TTOA 4TUFA 2DH2A 4KGJA 3VGHA 1GVYA 1NWRA 3GDBA 3L4TA 4N42A 4TX6A 2J4GA 3VIHA 1EIBA 1XCWA 4F79A 1WP6A 4MJ2A 3K46A 3AIBA 3WELA 5BRQA 3CZKA 3W28A 5A8OA 4JFWA 1D7FA 5ECUA 3TTQA 1E6ZA 1B0IA 3ZT6A 5D9MA 1J18A 1E40A 4NRSA 4U5KA 3WDPP 1F4HA 5D9OA 2YA0A 2DSKA 2FGLA 2OYKA 1F4AA 1NQ6A 4D6HA 3SCSA 4B16A 2E8ZA 1PX4A 5DT5A 4BCEA 4UTFA 3QOKA 3SCVA 4LPCA 1DWIM 4CKQA 3GH5A 3VGGA 4URIA 3OGSA 3T08A 4LX4A 4PCTA 3I3DA 4NI3A 5I23A 2OYMA 4AIUA 1E0WA 4W85A 5ABHA 1WDRA 1NP2A 1UZ4A 1CZ1A 1J9YA 4ACYA 2D0HA 3RDKA 1CDGA 3K8MA 4QP0A 4UFHA 4M8UA 1LWHA 1Q4NX 3N13A 2CXGA 1QHPA 2OYLA 4GIAA 2XWDA 3CBWA 2JIWA 1BYAA 1H5VA 5KZ6A 3L4ZA 4AEEA 5A69A 1H1NA 4A4AA 3WEOA 4S3KA 1MWOA 4JIEA 4DWSD 4GXPA 1E4MM 2D3NA 3CMJA 1G0CA 4W8LA 2ZUSA 1ZBVA 2Y2WA 3KL5A 5A6AA 1QBBA 4PTMA 4NF7A 3IAQA 1MYRA 4XUYA 1UH3A 4MNKA 1HKMA 4B9ZA 1W1PA 5C71A 4UQBA 1GHRA 1K9EA 4OBRA 2V38A 5C70A 2BS9A 4JL1A 4OBSA 2G8ZA 4P7NA 1ODUA 4HP5A 4AMCA 4BS0A 2OLHA 3KE0A 3VM7A 5EBAA 3WH8A 5KEZA 1JI1A 3WDQA 5AYBA 5A6KA 1TZ7A 4OOZA 5BCAA 3IJ7A 4P7QA 1KGXA 2WK2A 4N0RA 5BXTA 4QLJA 1CGUA 4CD7A 3WUBA 3AHZA 3W37A 3EDEA 3W27A 1LL7A 3SCTA 2J77A 2DSUA 4IM4A 1XH0A 4W8AA 3QGVA 1EOKA 3FY1A 3RMEA 4U33A 4D1JA 4U5IA 3QHOA 1PIFA 3WN6A 2AOSA 3PZVA 2OWXA 4GINA 1JZ4A 3ZO9A 2ZUWA 2VRKA 4BF7A 1UD3A 1DWJM 4UQDA 3F4VA 4AD5A 4RL3A 3A6OA 1PJ9A 4JHZA 1M04A 4CVWA 3PZOA 2V3DA 1BG9A 1V0NA 3VIIA 3WH5A 3AOFA 1EGZA 3WF2A 2V3EA 2J75A 2W62A 4MAVA 1EH9A 4R5EA 3WMSA 1HP5A 1MFUA 4YHGA 4HZ8A 4IPLA 4CU6A 5A2AA 2VZUA 1JF5A 2V5DA 5HXMA 5DEZA 4AZ6A 2FHCA 4NRRA 4P8WA 1HIZA 3K4AA 1JYWA 2EQDA 5I78A 2VRQA 3AXXA 1TE1A 4Z2GA 3E1F1 4JAWA 4PTWA 3WDJA 3W24A 2XM1A 5D8WA 3KWXA 4HPGA 2WAGA 3CMGA 2VVNA 2Y8VA 3VIPA 4EKJA 4DUVA 3WD4A 3W6MA 2Y24A 3BMVA 4F9DA 3AZTA 1E0XA 4DWSA 5TD4A 1QNSA 2CESA 5IFTA 4U3AA 3SUSA 1US3A 4MNLA 4GQRA 3BAIA 3VIFA 1QNQA 1XSIA 2X8RA 1JL8A 4HU0A 1NOFA 4UFKA 2AAAA 2YA2A 4PMOA 1JNDA 1TG7A 1PIGA 4D6EA 1OWQA 1GORA 4RE3A 2JF6A 4M81A 3EDDA 1VBRA 1QNRA 1V6YA 2MANA 4MB4A 3KL0A 2VQTA 2W66A 5A8MA 1WE5A 3ZM8A 2VT0A 3EDFA 4CCEA 3VGEA 3AQUA 2XFRA 3GNRA 4P8VA 5I3DA 3WQ6A 3VVGA 1GJWA 2VUYA 2J7HA 2X2YA 3BLKA 3U5UA 5GNYA 2EPMX 1JZ5A 2BY1A 3WH9A 1ECEA 1ZL1A 3AIWA 1XH1A 5IHSA 3CZLA 4Z2JA 1CGVA 1OGBA 1U2YA 1W9PA 3AMLA 1E9LA 1ISZA 3RM4A 4EAMA 1LWJA 3A4WA 1XH2A 3MO4A 2WMGA 2Y4SA 1ITXA 4NZCA 2BY3A 2ZX6A 3MUAA 4P7RA 1H09A 1CBGA 3CIVA 4W87A 3VDHA 1GOOA 3L4UA 3EDJA 5A2CA 2XWEA 4CD5A 2WBGA 1HT6A 3RIKA 5HNNA 1RP9A 3U7VA 3F5LA 2D2OA 4UNIA 1WKYA 4OZOA 4FLOA 4U3CA 1JFXA 4CD4A 1TFVA 3GH4A 5CGTA 4OOUA 4W84A 1G01A 2XVLA 5CQ1A 1UWQA 1R85A 1E6PA 3T2OA 1HKIA 1JGIA 3AFBA 2NSXA 1EHAA 1E3XA 5I79A 1CWYA 2DGAA 2QPSA 1KWGA 3ECQA 2XHYA 1JZ8A 2Q8XA 2C7FA 3QHNA 2JF7A 2WVSA 1ZBKA 5A3HA 3WQ8A 1PPIA 4WIWA 1J0YA 1KXTA 4PMVA 4DM2A 2VURA 1KR1A 4LYRA 3WBAA 5HPOA 5CPQA 1PX3A 4AW7A 3N18A 1C91A 5D9NA 4W8BA 4AD2A 2WVVB 2X05A 1VIWA 3ALGA 2Y5EA 3NDYA 3PBGA 1K9FA 1WDSA 2YL5A 4Z2IA 1JDCA 1GOQA 2W61A 3QR3A 1OIFA 7TAAA 2E9BA 4H8UA 1K9TA 4C7DA 1OT2A 5I5RA 1CXLA 3EMCA 2UY5A 3VU2A 3W53A 1QNPA 3AIUA 3QOMA 3AIRA 1HKKA 2GK1B 4UFLA 1CIUA 3T2PA 4BQ5A 3OLIA 1MQRA 1GCYA 1TR1A 4AC1X 5I2UA 1GOKA 3ZMRA 4MNMA 4PMZA 3VPLA 4CN4A 3EMZA 2OWCA 1HJQA 1UQZA 2FHFA 1UOKA 2FH6A 1AVAA 1HJWA 4D6GA 4ZXLA 3GBDA 3GXDA 4DUXA 1K6AA 4AWEA 4XB3A 6CGTA 1OINA 4XZWA 3VD5A 1CECA 3ZSSA 4ZE5A 1BYCA 4AZCA 4WKFA 3DHUA 1R87A 1VAHA 4CVUA 1WO2A 2CKRA 2NW0A 3WQ5A 3VM5A 4JCMA 5CPTA 5BXSA 1K9DA 3CUFA 1WDPA 1KXHA 2ZUUA 1NH6A 3VGFA 1KFWA 4FLQA 4CCDA 5HPCA 3TTSA 1SFSA 2C8NA 1ZJBA 1W2VA 2GFTA 3CGTA 3CZGA 4PUEA 2QV4A 5E70A 3T0AA 1W91A 2WPGA 1L0PA 3A3HA 3PHAA 1H0GA 3ARZA 3UESA 1EXPA 1CENA 3K4DA 5I0DA 3FXYA 2J62A 3ARUA 1WDQA 1QVBA 2W92A 1H0IA 3WIJA 1QI3A 2CETA 2WHMA 3N1AA 3FN9A 1B9ZA 3CUIA 4GO9A 3VDAA 1CGYA 1SMAA 3TP4A 2BHZA 2PC8A 3K8KA 3POCA 2G3MA 2W91A 3WDIA 4MADA 4MTVA 1XHGA 3WQVA 2BFGA 3WNMA 2WVTA 2WZHA 1UD6A 4JKLA 5FKYA 3N11A 1ODZA 3RCNA 1X6NA 4PMDA 1FP8A 2DT3A 4PEEA 3WBEA 4W93A 3MMUA 3POHA 5FCZA 3VIMA 3BAWA 4AISA 5A6BD 1M7XA 3GNPA 2E0PA 5BXPA 5JBDA 1UR0A 4Y7EA 4QLLA 1DWFM 4JFVA 4TX8A 4A3HA 1KGWA 3WH6A 2WVVA 1LG1A 5I6SA 1XYZA 1X1NA 4MB1A 4F8XA 4DWSC 1E73M 2X09A 2QPUA 4TVDA 1CPUA 1Q6CA 1WZAA 3M7SA 2PBOA 3VIOA 5CLWA 5FD0A 5JIPA 1QBAA 1JI2A 4GZJA 2WWCA 2J8FA 1WAWA 1CXKA 4GZEA 1TCMA 1XRVA 2W4XA 5CXPA 5D8ZA 4ATWA 2CCRA 2WSKA 3VINA 3VUPA 1QPKA 1UR1A 3BGAA 2GK1A 2GJXB 2WMKA 4A3YA 2XVKA 2VCBA 2WANA 4D6FA 3KEHA 3W82A 3SEPA 2CITA 2ZWYA 4ZEPA 2J7GA 3AIQA 3ZIZA 3MUIA 1B2YA 1U33A 1O6IA 2DEPA 3ZOAA 4V28A 5EFFA 3O2LA 2G3NA 4P8UA 5CGMA 3AICA 5BWFA 1TUXA 1W3HA 2ZUVA 3PZIA 3VOCA 5DO8A 4XZBA 4ZXOA 3HJEA 3VIKA 2PB1A 2JIEA 4R27A 3VGBA 1EQPA 1FHDA 3AS0A 4AEFA 1FP9A 1B31A 2E9LA 3MU7A 3BAYA 3VNYA 5ABFB 1D3CA 3DHPA 2JEPA 1D2KA 3PZTA 2CYGA 3N04A 5FOOA 1JZ7A 4CD6A 1V3JA 2E3ZA 1Q6EA 4ZENA 4CU7A 1VENA 3WFLA 1P6WA 2ZE0A 1J0ZA 1LL6A 3PZGA 5DT7A 1V3IA 2WZEA 4AD0A 4CCCA 2PI6A 4JZ5A 4YPJA 1B3YA 4JL2A 2ZXQA 2IUZA 4EANA 1EDQA 5AC4A 2NT1A 9CGTA 4MJ4A 3OB8A 1FFQA 3K1DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3SUW A;  2BXY A;  4HA3 A;  1CXH A;  4UFM A;  4J28 A;  4PMN A;  3F5J A;  4MNJ A;  3CTT A;  3GXM A;  1W3L A;  1NAR A;  4WLC A;  5A8P A;  3AS2 A;  3SCR A;  1VFF A;  2WB5 A;  1E55 A;  1VEO A;  2CBU A;  5DMY A;  3IAP A;  5BYW A;  3SUT A;  3AHX A;  5CPS A;  1VFU A;  1IZK A;  2VOT A;  1ITC A;  1TMQ A;  3W4R A;  1E15 A;  1NWT A;  1MFV A;  1W3J A;  3MSD A;  4H7V A;  4FK9 A;  1JYN A;  2WYS A;  4J3S A;  3CHF A;  4M24 A;  3WNL A;  1BSI A;  1DP0 A;  1E72 M;  3TA9 A;  4J3U A;  1BYB A;  1YHT A;  5M5D A;  3UG3 A;  1GON A;  1BPL B;  1QOX A;  1OD0 A;  2X0Y A;  1M03 A;  5A6S A;  3M6D A;  3WUE A;  4H8H A;  4J3W A;  3MUY 1;  1R7O A;  3DEC A;  3A4X A;  3GNO A;  1VF8 A;  3D5H A;  3CO4 A;  1VJZ A;  1GOI A;  3PZQ A;  3WMC A;  1B3X A;  4JKM A;  5D4Y A;  2J78 A;  1VEP A;  3NSN A;  4MPK A;  3VDB A;  1JD9 A;  5EFD A;  3OA5 A;  4AYS A;  2YOC A;  2UY3 A;  3SUV A;  4D6J A;  4E8D A;  2O9O A;  3ARQ A;  4D6I A;  1H2J A;  1C92 A;  1DWH M;  1NWS A;  1WCG A;  3TON A;  3UG5 A;  1V0M A;  1E6S M;  2CBJ A;  1BF2 A;  4QDM A;  3BAX A;  5AY7 A;  3T0B A;  1BFN A;  2XVN A;  3M07 A;  2J47 A;  2E9M A;  4M29 A;  3VMO A;  1IV8 A;  1UZ1 A;  1W9U A;  4HMC A;  4X0N A;  2G3I A;  3MSG A;  2ZIC A;  3WQW A;  3W25 A;  2YA1 A;  2XG9 A;  4OIF A;  1UYQ A;  3CHC A;  4BQ4 A;  3NCO A;  1V3H A;  2XII A;  1M53 A;  3S6T A;  3AXH A;  1UA7 A;  1KGU A;  1LQ0 A;  3WNP A;  1ZBW A;  1UQY A;  3AMK A;  1KQZ A;  2W67 A;  4UQE A;  4DUW A;  4E2O A;  1GQL A;  1QI4 A;  2HIS A;  1OD8 A;  2FHB A;  3NSM A;  2VZO A;  5A6J A;  3T0D A;  5FIP A;  1JXJ A;  4Q22 A;  2WM0 A;  2J7D A;  1JDA A;  1XYF A;  3L4V A;  1C7T A;  1JFH A;  3VIL A;  5JBF A;  2VTF A;  3BAK A;  3O6A A;  2ZXD A;  4MAZ A;  2UY4 A;  3CLW A;  5E0F A;  3CUJ A;  3WD2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PTVA

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