4PTW | Genus

Total Genus 167

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	167
sequence length	445
structure length	445
Chain Sequence	IIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMEDRPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Halothermothrix orenii
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 1
total genus	167
structure length	445
sequence length	445
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2014-03-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4ptwA00

2WVVA 5EB8A 2WXDM 3ARTA 3WH6A 4EKJA 4E4PA 1KR1A 4U3CA 7TAAA 5CPQA 3MSDA 5KZ6A 2OSWA 2X8RA 1RP9A 3VU2A 1JI1A 3BC9A 1JXKA 1W9BM 3IJ8A 3CPUA 3SCWA 4GXPA 1UKTA 2VJXA 5CGMA 4J3WA 1BTCA 2DT0A 3WN6A 4DUVA 2ZUMA 1UWUA 3U7VA 4AZ7A 2YA1A 2VQUA 4P7QA 1EDQA 1HL9A 4EANA 1JXJA 3FNDA 4HA3A 3K8KA 3W28A 2AMGA 3BAWA 3T0AA 3N15A 1E6ZA 2XFRA 1LG2A 1GUVA 1CGUA 8CGTA 1BYDA 2D20A 4CU7A 3K4AA 3NJ3A 1QNSA 1NWSA 2GDUA 1PZ2A 3MUIA 2WSPA 1H09A 1E4LA 4NSBA 1A47A 2ZX8A 1LWHA 3JUGA 3L2MA 3WNNA 2VCBA 5BRQA 1JYXA 1ECEA 4PBGA 5C70A 5AC5A 1JNEA 4AZ6A 3VX1A 2CHOA 2O9RA 1DEDA 1V3JA 2XIBA 4AIEA 3FW6A 5F7UA 2F61A 2J78A 1B30A 2XUCA 4ATLA 2GDVA 5GQBA 2FHBA 5DMYA 5HDRA 3KL3A 2DSUA 1VEOA 5M03A 3AZRA 4CN4A 2ZE0A 1V03A 4DM1A 3D3AA 4UCFA 8A3HA 3GH5A 4NF7A 1XSIA 2ZICA 4MJ4A 1C8YA 2D23A 4PEEA 1E1EA 2WZIA 3N18A 5CG0A 1C8QA 4IPLA 1H3GA 2DIEA 6TAAA 1ISYA 2GK1A 3OA5A 4GQRA 4PCTA 4ZE4A 3BAYA 4HZ6A 3AMKA 1GNXA 2A3HA 4B15A 2XG9A 4KGJA 3PN8A 4IISA 3WDRA 4F9DA 4PMQA 3ZQ9A 4OBSA 5LYRA 4J3VA 4C7DA 1G01A 1GJWA 3UG4A 5CQ1A 1TG7A 3BSHA 1CDGA 1QNPA 3II1A 4Y7EA 5BXSA 2ZX5A 3WSUA 2QHAA 1XYZA 2ESCA 3AZSA 1BYCA 4CCEA 3THDA 4D6EA 2CETA 1HT6A 2CBIA 4AD1A 2JIEA 3WQ5A 1XCXA 5EFFA 3W6LA 2PF0A 4DWSB 1UZ1A 1P6WA 2WKLA 3POCA 5LA0A 2BHUA 4Z2IA 1VENA 2V3GA 3ALGA 1GHRA 1R87A 1KCKA 4RE4A 3KEHA 3N12A 4CD6A 5HXMA 3OG2A 2WCGA 1VFUA 3OGVA 5CPSA 3WDIA 2NT1A 1US2A 2FH6A 1JYNA 3HMCA 1OWQA 3DECA 4S3JA 3U5YA 3UERA 3DHUA 2CXGA 2J7DA 3DC0A 1C3FA 1NOFA 4UOQA 2A3EA 4KWUA 1VBUA 4C7GA 2JF6A 4UFKA 3QR3A 4EE9A 3WNMA 1Q6EA 1QNQA 3WNKA 1UWIA 3I3EA 5A2BA 1EQCA 1WDPA 1VFOA 3VIHA 1WAWA 3WD3A 5AY7A 1SMAA 5BXPA 1MQPA 5FL1A 3GH7A 4OZOA 2ZXQA 4UQEA 1MW3A 2ZOXA 4JKMA 4GI8A 3WKZA 1QI4A 4JZ5A 4WKFA 1UD3A 4HMDA 2CIPA 3QGVA 2WKGA 3AISA 1BVNP 4XZWA 2E40A 4TVDA 4CKQA 1HJUA 1CGYA 2FH8A 3ZJ8A 3W38A 2BVDA 3BAJA 2ZXBA 3AHZA 4UZSA 3QOKA 5E6ZA 1TMQA 3WIJA 4B9YA 2VRJA 2GSJA 1XC6A 2E9MA 1U33A 3GXDA 2RGLA 4ZFMA 4U2ZA 4URIA 1QW8A 3AS0A 2W92A 3WUEA 1SFSA 3WF0A 4AZCA 1NWUA 1W3JA 4FLRA 5AC4A 2YKKA 3EDDA 2W91A 2YL5A 1BG9A 1LL4A 2VZUA 4HTYA 1Q6GA 2HISA 1KBBA 1ZBCA 4MNJA 4CCCA 1QI3A 3ARPA 1GOIA 1ISXA 5CGTA 3ECQA 2VQTA 5C71A 5BRPA 2CPUA 2J7CA 1JDCA 2DIJA 3WD0A 4GINA 3AXHA 5GNYA 1LJYA 1TA3B 3J7HA 1EQPA 2YDQA 3UCQA 1HJQA 1DWFM 1S46A 5E70A 2DSWA 2IXUA 3FN9A 3K4DA 5A6JA 4ZXOA 2PB1A 4V27A 1WB0A 2CBUA 1V0LA 1EO5A 1LF1A 1UA7A 2CITA 4MAVA 5FL0A 3TTQA 1QI5A 3SCSA 3O2LA 1W9PA 3GTNA 3OLEA 1HXJA 2YJQA 2JIWA 3NDYA 1XGZA 1GQIA 2VZSA 3ZSTA 4HZ7A 3AOFA 1GOOA 1FFRA 1CGWA 3VMPA 3G6MA 5A6BA 1O7AA 1JYVA 1WO2A 3F4VA 1V6WA 1MW0A 1BYBA 1JIBA 2X0HA 3WDJA 1EXPA 2DDXA 2F2HA 1UWQA 3RM4A 6CGTA 4LQ1A 1Q6CA 5E0CA 1R86A 3W26A 1WPCA 2QV4A 1UZ4A 2DH2A 1ZBWA 4HA1A 4JFSA 1PJ9A 3WF4A 4H2CA 1D2KA 4D6DA 3ZJ7A 3CUJA 2C0HA 3EMQA 4QCEA 2XYLA 5BXRA 4M80A 1JF5A 1V3IA 4H8UA 1NOWA 1JYWA 2PWEA 2Z1KA 5LA2A 3OLGA 4Z2KA 3AQUA 4AIUA 3WQVA 1DWIM 4W5UA 3AHYA 2VL4A 1OD0A 5FOOA 1QNRA 4A3HA 1K9FA 2GVYA 2CCRA 2WC4A 1MFUA 3SCPA 4ACZB 3WELA 4HPHA 5A94A 1F4AA 3A47A 2FGLA 3K1DA 4JL1A 3EMZA 2VNCA 1CXHA 1V08A 1PZ3A 1GW1A 3CZLA 3EDFA 4UFJA 3UESA 2PI6A 2VO5A 4P8UA 3MUY1 3LPPA 1UQYA 3GBEA 4PMZA 4MTVA 3WUBA 1G9HA 2YDSA 4CVWA 4HA4A 3OIHA 3AIRA 3B9DA 4F8XA 3W4RA 9CGTA 3EBVA 3ZJKA 1KGXA 3VM5A 1OT1A 4HMEA 1FH9A 1JZ3A 1ZS2A 3LPOA 1JAKA 2QPUA 1K9TA 2D22A 2FGZA 1CXIA 2W62A 2V5CA 1MQRA 1W9XA 3B8SA 4UFMA 3RMEA 2VRKA 3A4WA 2EJ1A 1OCQA 1V0NA 3WD2A 2CESA 1UR9A 1WE5A 5A8QA 5DT5A 4PN2A 1W1VA 3VGGA 3CZJA 2JFEX 4PYSA 4YN5A 4HPGA 3W24A 1G5AA 3I3BA 5I77A 4CD5A 3NDZA 5A6KA 1TVNA 4BS0A 5I78A 4LXFA 1B3YA 3WQ4A 1CZ1A 3N1AA 1GORA 2JEQA 1W91A 1JGIA 1UH4A 1ITCA 1E6QM 3ZR5A 1JFHA 2OWWA 3GNOA 3FHAA 1HL8A 3AYSA 2XVKA 3VILA 4KRTA 3VDBA 2EEXA 1CEOA 5A69A 2EBNA 3HJEA 1AQHA 4OOZA 4GZIA 3ZOAA 4UZUA 1CTNA 3MMUA 2VI0A 2QLYA 1G1YA 3OGSA 3WNLA 2XVGA 1AQMA 4AZIA 1E3XA 4ACYA 3VIKA 7CGTA 1JZ7A 3VD7A 3SCOA 2VR4A 3TONA 2EPMX 1M03A 4IM4A 1FA2A 4BCEA 4YHGA 2BVYA 5ABFA 2X1IA 1CXEA 1PIGA 2Q8XA 1GJUA 1KB3A 3FAWA 4TOQA 2AAAA 4HOWA 1SR0A 1R85A 4MDOA 2XSAA 1TZ7A 1B9ZA 4H7VA 3WMBA 4KRUA 3T2QA 3S2CA 1U2YA 1W9VA 1UKPA 4F66A 1HP5A 2JF7A 4MDPA 4AYSA 1YHTA 4PCSA 1SYTA 4GI9A 2PWHA 1HKMA 1XSKA 4U2YA 1PAMA 1GQKA 1M01A 4JIEA 5LA1A 4J3TA 3GNRA 2W67A 1VFMA 4BQ2A 2BY1A 3IAQA 5A2AA 2DSZA 3PZGA 5CSYA 1JFXA 2EXOA 1H49A 3AHVA 3MV11 1E72M 4CN1A 4D71A 3UR8A 1X1NA 3PTQA 5E6YA 1UWRA 2XVLA 1NOUA 1IV8A 1GOQA 1J0ZA 4E8CA 3L4XA 4MNKA 1EOKA 3WEMA 3ZR6A 4AC1X 2OLHA 1WDQA 3LPGA 5D9PA 4AZHA 4XV0A 2O92A 1VAHA 2WCAA 2YBUA 2WPGA 3ARVA 5I2UA 1QNOA 1FH8A 1NP0A 2J25A 2E8ZA 3ZT6A 3ARUA 1KCLA 4V28A 3ZO9A 3VMNA 1BSIA 2BY3A 1CLXA 1Q4NX 2WYSA 3BGAA 3ARWA 3ARSA 3WUGA 3AYRA 5HPCA 1JAEA 4D6FA 4JHOA 2CBJA 1DWAM 4PUEA 3U57A 4JCMA 3VIMA 3CZEA 1EO7A 4UR9A 2WBKA 1CENA 4GQQA 3AJ7A 4H04A 4CVUA 1DTUA 4OBRA 3CUHA 1FH7A 2C7FA 3AMDA 2WMHA 4ZE5A 3T2OA 3AXXA 2VMFA 3U5UA 3LPFA 3ZM8A 2UY4A 4WSKA 1CXFA 3IAPA 4Z2GA 3VGDA 2WVTA 1RP8A 1GVYA 1HNYA 1Q6FA 1DWHM 5FCZA 4DUXA 3PZTA 1Y7VA 1J10A 2WK2A 3CBWA 3BLPX 2XFYA 2WVSA 2X05A 1OD8A 2FHFA 3ARZA 1PPIA 4BA0A 4EAMA 3W25A 1CGTA 1KBKA 1OBAA 1VRXA 3WF1A 4AWEA 1OIMA 4QP0A 3BAXA 4X0VA 3MANA 4M24A 1J9YA 2D3NA 3QHOA 1NM9A 1ZU8A 2YL8A 4WIWA 1UYQA 3WDQA 3AMCA 4MB3A 2WAGA 2VVNA 4TTGA 3M7SA 4ACZA 1KR0A 1D7FA 1R7AA 5CZKA 3SUTA 1UD2A 4BQ5A 2GJXB 1J12A 1E71M 3CHFA 4M56A 2WZHA 1HX0A 1CECA 1HVXA 2XM1A 5A6SA 3VIPA 1ZL1A 5M3WA 4FLOA 2MANA 1J0HA 5IXEA 2G3JA 3BLKA 1LG1A 3VGHA 1ZB5A 1LLOA 2WWDA 2CBVA 3NIYA 4ATDA 1QHPA 4MNMA 1JDDA 4N42A 3RIKA 2V5DA 5CLTA 2ZIDA 5EMYA 1WP6A 4AZGA 2CYGA 1LL6A 4U31A 5BXTA 4W5ZA 2NW0A 4D6JA 1HKIA 2WSKA 3SUSA 5A6BD 1V3LA 2Y8VA 1V0KA 3ARRA 3PZVA 1PIFA 5DT7A 4PMDA 1XH1A 2UY3A 3M6DA 2DGAA 4BZYA 3AIUA 1E40A 1UD5A 3NSNA 3NSMA 2E4TA 3ZMRA 4Z2HA 5D4YA 4WKAA 5A1AA 4N0RA 5IFPA 4W7VA 4UFHA 4W84A 1H1NA 2ZX6A 2W4XA 1J18A 5ABEA 5D9NA 4CUCA 3K8MA 1LL7A 3E1F1 5A6AA 1UD4A 1DWGM 1C93A 3GM8A 1RH9A 3TA9A 4P7NA 1HF6A 4OOUA 1KXHA 1YQ2A 3VX0A 1W9UA 3ZT7A 4L4PA 3RO8A 1IZJA 2WANA 5I23A 1UH2A 1V6YA 4Q22A 2E0PA 2Z1SA 1UA3A 1WDSA 2J8GA 4XZBA 3FAXA 1HJXA 2OWXA 2Y2WA 2D24A 2WNWA 5A8OA 1BAGA 1E5NA 3MMDA 2V38A 1E6PA 4QLKA 2ZUTA 2VURA 1BG4A 4HMCA 3WQWA 1E6SM 3OLDA 1W2PA 4MB1A 1MXGA 5I6SA 2ZX9A 3T08A 4M1RA 4D1JA 1E6RA 1ZJBA 3FY1A 1B1YA 4BF7A 1RPKA 1QI2A 2WMFA 2YL9A 4Q7NA 3AIBA 1MW2A 3TP4A 2VCAA 4AD3A 5BYWA 3N9KA 3VD3A 1GHSA 4UOZA 3A4XA 1R7OA 1ODZA 5M17A 3VGEA 3MU7A 3NSXA 2VR5A 3ZJ6A 1WZKA 3N13A 4ML4A 1H0IA 1WZLA 2J4GA 1I75A 5DEZA 2V3EA 3CUIA 3RM8A 3EMCA 1Z32X 4MNLA 1HIZA 2Y24A 1V6UA 3VIIA 4GIAA 2XVNA 2ZWYA 1MQQA 4X9YA 3KL5A 5FD0A 3PZQA 2G41A 4UFIA 4W8AA 4W8BA 5TD4A 2UWFA 1TUXA 3DYMA 3PZ9A 3WQ6A 1UQZA 1VIWA 1VEMA 2D0FA 5GNZA 2WWCA 2XM2A 4KH2A 3DHPA 5JBEA 1D3CA 3SUVA 4XB3A 1EDTA 3BCFA 2PWGA 4W87A 3PTMA 1NQ6A 5D8ZA 5AYIA 2TAAA 2W61A 1VJZA 4OUEA 3POHA 3AIEA 2XFFA 4JL2A 4WLCA 3F5JA 4ATWA 2WVUA 1N82A 3SCNA 2W63A 5JIPA 3AMLA 3UEQA 4JKLA 4PSPA 1QHOA 4WKHA 4P7LA 2ZUSA 4X0NA 4P8WA 4D6CA 3S6TA 3IANA 4TVUA 4OKDA 1JG9A 3L4WA 1CXKA 1JZ6A 2QPSA 1E3ZA 3WBAA 1V0MA 3GXMA 3N17A 4QLJA 5E09A 1G94A 3RDKA 3L4ZA 4M81A 3A4AA 4JFUA 1E56A 3WFLA 2BXZA 5IFTA 2G4FA 1TVPA 3AHXA 3VINA 3A6OA 3BH4A 3L4YA 4GKLA 3VGBA 4W7UA 3MV01 2ZUVA 3IJ7A 1OINA 3RILA 3VVGA 1OM0A 2CKRA 3WEOA 3VKKA 3DYPA 4P8XA 2WMJA 1BFNA 3GH4A 2E9BA 5DFAA 4NI3A 4H8VA 3WL1A 2IUZA 3PTKA 1H0GA 3WH9A 1FFQA 2YL6A 1QOXA 3BMWA 2VT0A 3AZTA 3W6MA 2O9PA 3NCOA 3OZPA 1W3KA 2XJ7A 4U5KA 3A3HA 1E55A 3OBAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VIO A;  1XV8 A;  2WBG A;  3OZO A;  2FHC A;  4J3X A;  1CPU A;  4GO9 A;  3VM7 A;  1GCY A;  2J7H A;  1JZ2 A;  2VOT A;  1HKJ A;  4GZE A;  4AZC B;  1W3H A;  3CZ8 A;  4PTM A;  3QHN A;  2AOS A;  3EDK A;  5A8P A;  5A8N A;  2QMK A;  1JZ4 A;  5A6M A;  3BSG A;  4PMY A;  1XYF A;  3AHT A;  4P7R A;  3F5K A;  4UQ9 A;  3N04 A;  1V02 A;  1KFW A;  1JI2 A;  4UFL A;  4HOX A;  1MFV A;  3FHQ A;  3PHA A;  3VD4 A;  1V3H A;  4QDM A;  1NWR A;  1M04 A;  1KXT A;  2VZT A;  3WF3 A;  1ISZ A;  4V2X A;  3FXY A;  3ZT5 A;  1CLV A;  1V6V A;  1UR1 A;  2PBO A;  1UD8 A;  2WLZ A;  4HZ8 A;  1UKS A;  4PTV A;  1SMD A;  4QCF A;  3T09 A;  4UQB A;  4JFV A;  2D0G A;  3M07 A;  1UR8 A;  2BHY A;  1UWS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PTWA

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