4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
4CZEA 2V7ZA 2E20A 5AFUA 2BUPA 2QWPA 2FF6A 4A2AA 4BRDA 1RFQA 1Y64A 1QQOA 2AP1A 4EHUA 3QFUA 3GG4A 3M1FA 1BG3A 4BC2A 4BG9A 4H03B 2QWOA 1X3MA 3QBXA 5KQDA 2D1KA 2E2PA 4FWPA 3CJCA 2QWQA 2D0OA 2Q0UA 4QS8A 4RWTA 2Q1NA 2CGLA 3VGKA 4BR2A 4BRLA 1E4FT 2V52B 3H6EA 4QS9A 1NGEA 3BUZB 2GWKA 4XEIA 1ZBSA 4JNEA 2GUPA 2P9KA 1LOTB 1U6ZA 5AQPA 3WEEA 3IDHA 2P9KB 3AAPA 1BWFO 4BRQA 3MK6A 4FOEA 3IMXA 4MO5A 4PKHA 5ELZA 3WEEB 5CE3A 3H3OB 1GLEG 4M7YA 5JLFA 3EL2A 3VF6A 4E1JA 2I7PA 3C7NA 3LDQA 4FSVA 3C7NB 3SLCA 5E26A 1JCFA 3KZBA 4MLEA 4BQZA 1MA9B 3M6GA 2VCPA 3VETA 4FWRA 2YJFA 1DGKN 3MCPA 2IIRA 5AQUA 2A5XA 2V51B 1NGGA 1MWMA 5E84A 4O8KA 2QWLA 1BA0A 3D2FB 1NGDA 3GL1A 2A6AA 1NM1A 2E2OA 3CJ7A 4RTFD 5AQSA 4GY2B 4CZGA 5AZJA 1Z6RA 3DXKA 5AQWA 4BG8A 3SMPA 2H3GX 5KPTA 5AZJB 5AQHA 4DB3A 3S41A 1S22A 2F9WA 1K8KA 4BC4A 3DXKB 5AQIA 3FZKA 1DEJA 3H3NO 3ZX2A 2P9NA 4O5FA 4KBOA 5I9EB 1NGFA 3ZEUA 3F9MA 4H0TB 4AM7A 4FWNA 3B8AX 3ZEUB 5BRFA 1BDGA 2ZGZA 2ASPA 3DAWA 2Q97A 4FWLA 3SK3A 3A0IX 3O5BA 4WYBA 4JAXA 4B1UB 1R59O 4FL9A 3VEXA 2HMPA 1HKCA 2YHXA 3ENOA 3VGMA 4JD2A 4FPBA 1BOTO 3EN9A 3R8EA 3L0QA 3VPZA 3CI5A 3AARA 4CZHA 3A8YA 4B9QA 4H5TA 5AQZA 3H1QA 1SAZA 2GELA 2IVPA 1JCGA 1T44A 4WQ5C 2CH6A 3EO3A 1KXPA 2YHYA 3CJBA 3WXIA 2A41A 4PKIA 3ZX3A 1NWKA 1T6CA 3L6QA 1E4GT 3QMLA 3UE5A 2QM1A 3H45C 2P9SA 5LJWA 3R6MA 2P9PA 3BEXA 3MN7A 1HJOA 1HX1A 3CJAA 1J6ZA 3KHYA 1ZC6A 2P9SB 5FPEA 2ITMA 5AQRA 1TUUA 1IG8A 2A42A 4K42A 4C23A 1YUWA 4DCHA 3M3ZA 5B8HA 4Z94A 3MDQA 4FWQA 3W0LA 2D4WA 2FSJA 1NGCA 3QFPA 3A5OC 4H0YB 3VEYA 1JCEA 3CIPA 3O8MA 1QHAA 2QWRA 2ZGYA 2QWNA 1NGHA 3VF4A 1NLVA 2E1YA 5EX5A 3FZMA 1HUXA 3FGUA 3LDNA 4BRNA 5BR9A 4B1ZA 4DHYA 3CERA 1WUAA 3A5NC 4PL7A 2Q0RA 5F0XA 2DPNA 5F1XA 5AQGA 2FXUA 4B1WB 2BTFA 1SQKA 3UB5A 2CGKA 3VEWA 4JN4A 5BRDA 2D0PA 2Q36A 4H5NA 1C0GA 4B1YB 2VWBA 4CZFA 4MLHA 3WXKA 4FWKA 2P9LA 4BR7A 5AQVA 1QZ6A 2P9LB 3GDQA 3QB0A 5EOYA 4BC3A 2A40A 1ESVA 4M7XA 3CETA 3BP8A 3DWLA 4XH4A 4BRFA 2FSNA 3FZLA 4IO8A 1YVNA 3KVGA 3O4WA 4XH5A 4BGBA 1NMDA 2FLOA 3JXUA 2Q2RA 4IJNA 1DKGD 4BRHA 4CBXA 2EWSA 1ATSA 3VEZA 2PAVA 1XUPO 4BRAA 2ASOA 4DQ8A 4XH1A 3MN5A 3WXJA 1GLDG 2CGJA 4CI6A 3HZ6A 2PBDA 1K8KB 3U4LA 4H0XB 5ADXH 3G25A 2P9NB 3VENA 3GE1A 4WQ4A 2IVOA 4IWVA 5JMVA 2CH5A 3CQYA 3LM2A 1IJJA 3DJCA 3R9PA 3VERA 5EXWA 3LDOA 4YDUA 1TUYA 3MMVA 3FFKB 3UKUA 4CD3A 4EHTA 3U9ZA 2YI1A 4A61A 2YCHA 1P8ZA 1GLLO 3UKUB 3SJHA 3I33A 1GLCG 3EZWA 5AQNA 5F2RA 2HF4A 4FWSA 4JD2B 3CHWA 5AFUH 4FO0A 3QICA 5AQYA 1KAXA 4H5WA 4BR4A 5BN9A 2ZF5O 5KPZA 4ISEA 1CZAN 2FSKA 5AQJA 1MWKA 1XQSC 2E88A 1MDUB 3UKRA 2AA4A 4CBWA 3MN9A 1GLJO 4FWMA 3UKRB 1RDWX 4H0OA 4IZ9A 3DXMA 2HF3A 4PKGA 3FE1A 3DXMB 2VYPA 4Y0WA 1BO5O 3EKSA 3D7EO 4GNIA 3HI0A 5BN8A 2GTDA 3FZFA 1S3XA 2P9PB 1KAZA 3GBTA 1HKGA 3ENHA 3LL3A 3SMSA 3HTVA 3O80A 2NRHA 2W41A 3TPQA 3FR0A 5AQQA 4BRPA 4BR5A 4BROA 1NGIA 5BRHA 2I7NA 2NZTA 3EKUA 3L4IA 1NGAA 3VESA 3O6WA 4B1VA 4EFHA 4CD1A 1XC3A 3VGLA 3LDLA 1SZ2A 1NBWA 5LJVA 2E1ZA 3AAQA 4BRGA 3AY9A 5FPMA 1OKJA 3LDPA 1V4SA 3HSCA 3ATVA 3FLCO 4B1XB 4BRCA 3TU5A 1TYQA 5AZIA 1NGJA 4I6MA 1TYQB 5AZIB 2QW9A 5KPRA 3D2EA 4I6MB 5AR0A 4BREA 4BRMA 1BUPA 4QS7A 3QBWA 3D2EB 4L3QA 4H0PA 3VOVA 4F9OA 4BRIA 3C0BA 3P4IA 4LC9B 4CZKA 1BU6O 4RCHA 3WQUA 3GOIA 1GLAG 4BVPA 3ZETA 4CBUA 2UYTA 1ATRA 3I8BA 3U8XA 1YXQA 3ZETB 1QQNA 3BF3A 4BC5A 1RGIA 1X3NA 2E8AA 4ISFA 3WT0A 2P9UA 4CZMA 3HBTA 2NLXA 1KAYA 2P9UB 5EY4A 4K43A 1GLBG 2GWJA 3CJ1A 1Z05A 3VF2A 4FPAA 4H0VB 4J8FA 1ZXOA 5TKYA 1QQMA 1NGBA 3JS6A 4MO4A 5AQMA 2A3ZA 3BF1A 5BPLA 1C0FA 3IUCA 2FF3B 3D2FA 1V4TA 4M63C 5AQXA 4EIAA 2P9IA 3ID8A 5JLHA 5BREA 3HM8A 4FOIA 4NO7A 2ASMA 3J8AA 5KQ8A 4AM6A 3U9DA 1U2VA 2P9IB 4K25A 3VEOA 4ISGA 5JICA 2OANA 1U2VB 4CZIA 3W3DA 2HOEA 3CJ9A 1H1VA 2QXLA 3ULEA 4A2BA 2YHWA 4WQ4C 2E2QA 3IFRA 2IVNA 3A5MC 4BQLA 5AQOA 2V7YA 3ULEB 2KHOA 1ATNA 4YDUC 4PL8A 4IXCA 4BGAA 1X9JA 1T6DA 1BA1A 3O1WA 4CJ7A 3O08A 5AQFA 1YAGA 3WXLA 3H1VX 1LCUA 1G99A 4CZJA 2J4RA 1D4XA 4K41A 2ZWHA 3RSEA 5AQTA 3LM9A 4BRKA 5AQLA 3RSEB 3ATUA 2F9TA 4JHDA 3QDKA 5AQKA 5FPNA 5BPNA 4H5RA 1GLFO 4JHDB 3VEVA 3A5LC 1EQYA 2QWMA 3OHRA 4WQ5A 3H46O 3ZX0A 2YJEA 5FPDA 3MN6A 5ADXA 4BVOA 4IJAA 3O1BA 4HWIA 1WOQA 3FZHA 4BR0A 1HKBA 2WUSA 4H5VA 4NB4A 2W40A 5LY3A 5EVZA 1HPMA 4HTLA 4FWOA 2GEMA 2Q31A 1HLUA 1QZ5A 1Q18A 4A62A 4EAHD 3WQTA 4BR9A 2E2NA 3CQXA 5BPMA 4CZLA 3WUHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UIQA 1VQ5N 5AFUA 5JS1A 2QWPA 3KIOA 4YOTA 2QTDA 3AA4A 3KK7A 3V9ZA 2HHVA 1RDDA 3HK2A 5GAGP 3QBXA 4DSJA 4C1NK 4NCBA 2Q0UA 5GIPA 5M1FA 1RT7A 4BRLA 4N56A 3SV3A 3SQ1A 2EHGA 3H6EA 4DKWA 3HO1A 1C6VA 1ZBSA 2GUPA 1U6ZA 5I3UA 1KRPA 4PKHA 3WEEB 3K57A 3H3OB 4QAGA 4DTSA 3HPOA 4ZTFA 3EL2A 4KHPK 4RW7A 4ID1A 2NRRA 4I2QA 4C8OA 3C7NB 1OH7A 5C25A 5JS2A 4CF2A 3CG7A 1VQON 3VETA 3WNHA 3F2KA 4JI8K 2YJFA 1DGKN 2IIRA 2A5XA 1RT6A 2QXFA 4DMNA 4JI7K 1MWMA 1BIUA 4HUEA 1J54A 1FXXA 4BDPA 1WN7A 1VRTA 5LMUK 1Z6RA 1LWFA 5AQWA 4BG8A 2D0CA 3TSUA 3THYB 4DQSA 1DEJA 3SAHA 3MCAB 3V4IA 3H3NO 3ZX2A 3VQQA 1HRHA 4U67L 4KBOA 3NF8A 1SUQA 2X6SA 4AM7A 3T3FA 4GW6A 3KWGA 3B8AX 3ZEUB 2ZGZA 2C1IA 4FWLA 4KHUA 1VSEA 4JAXA 1XMQK 3V9UA 1R59O 3K9KA 2HMPA 5DK5A 5DM6L 4DV5K 3RMAA 2BANA 1CXUA 5HP1A 3ZT3A 5CYQA 4DF8A 1KD1O 1D9FA 4KTWA 4JI3K 4Z4IA 1OVQA 1NK0A 3AARA 3C65A 3OYDA 2QA4N 1U49A 1NK5A 5GIOA 4DR3K 1JCGA 1T44A 4AHRA 3EO3A 1WSFA 4KV8A 1VQ6N 4JRQA 4KH6A 5I42A 1BIZA 3WXIA 2VGMA 3J7ZO 1RTHA 2FBVA 3CPWM 1L3SA 4JK7A 5CYMA 1N6QA 3BEXA 1Z25A 4DR2K 2HHUA 3VA3A 3P39A 4KHNA 1YUWA 3OS2A 1CZBA 3M3ZA 3I8DA 4Z94A 1Y97A 2P5OA 3W0LA 3L8BA 3VEYA 3CIPA 4JKCA 5DMRA 4WFBL 4DUZK 2QWRA 3K2PA 2HBLA 2Z1HA 1RBUA 4F8RA 2YNGA 4CHYA 2E1YA 4G1QA 4WCEL 4LF9K 4ID5A 5IWAK 3LPUA 1RDAA 1S1UA 3PY8A 1QHTA 3AO5A 3CERA 2NRXA 3A5NC 4PL7A 4CGIA 3P5JA 3ZT0A 4IFYA 4YNQA 2OTJN 4B1WB 2D5RA 1BL3A 1IO2A 3CM5A 3UB5A 4NLBA 3CCMN 1C0GA 4B1YB 3AVKA 4GKJK 3DI6A 3WXKA 4XJXA 3VQ9A 2P9LA 3OW2M 4BR7A 3SNNA 4I2PA 3L2UA 3U3YA 5LMNK 2A40A 1XWLA 3VQ4A 2O8BB 1IKVA 3DWLA 1RBTA 2F7TA 1JXBA 4XH5A 3TAEA 3PIPL 4KRFA 1IBMK 2KKZA 3PX6A 3S3NA 3JYTA 3CC4N 2PAVA 3HL8A 4O44A 3SBTA 4BRAA 4CECA 1RT5A 3MN5A 1J9AA 1WSHA 1GLDG 4CI6A 4JI5K 2VWJA 4OPAA 3QERA 3I55N 3HZ6A 4FJKA 4CHPA 4KI6A 1ASUA 4LY7A 3VENA 2O8CA 2IVOA 3LM2A 5M1OA 4FJXA 3VERA 4YDUA 3MMVA 1O13A 4U7BA 3FFKB 5M1QA 4B9LA 2IS3A 4K0KK 3JSMA 4A61A 3NVMA 3SV4A 4CGDA 3O3HA 5AQYA 1R0AA 3ZT2A 3V81A 1KAXA 5KPZA 1IKYA 2HB5A 1T03A 2RE2A 5M1NA 4BY9C 1XNQK 3QETA 2E88A 1U47A 1MDUB 2AA4A 4V19S 3MN9A 2O4GA 3KKRA 1K6YA 3OJSA 1RDWX 4AILC 4PKGA 3K58A 2VYPA 1BO5O 5J2QA 1QSYA 2OA8A 1RT3A 3ULDA 5BN8A 2GTDA 3FZFA 3QO9A 3GBTA 4NXMK 3LL3A 3BZKA 3O80A 4FJ8A 2W41A 3TPQA 1XMOK 3THXB 2OZMA 3SBGA 3V1QA 5C24A 1VQMN 2I7NA 1TV6A 2YKNA 1XC3A 1UAXA 2HSTA 4OGCA 5LJVA 1VK0A 4IDKA 2JWKA 1S6PA 4BE7B 4DTOA 1W97L 3FLCO 4PWDA 3QIPA 1VSKA 4JKGA 1TYQB 5AZIB 2QW9A 3ZLJA 4FVMA 1N8RO 1BUPA 5CHIA 1FKOA 1K9MO 3D2EB 4L3QA 4H0PA 4PY5A 3DLGA 1NU0A 1JLQA 3P4IA 3OYJA 1RBRA 2Z1IA 1W9HA 2VG5A 3NMUA 1IV0A 2UYTA 3U8XA 3TTDA 1YXQA 4BC5A 1X3NA 1LW0A 2E8AA 4IEIA 1BI4A 1QVGM 3ZSXA 1S5JA 4ILJA 1C0TA 4TSXA 2XY6A 5EY4A 4K43A 1GLBG 1X9SA 4O4GA 4OPJA 2G8WA 4B9TA 1Q9XA 5HRPA 4OLBA 3NDKA 2FF3B 5AQXA 4FM1A 3LZJA 5KQ8A 4MDBA 3G71N 1U2VA 2P9IB 3O4NA 3ASMA 2OPPA 2KTQA 4KPYA 3W3DA 4WFNL 2HOEA 4E7LA 3U6FA 2QXLA 2PYJA 4E1MA 3K5OA 1ASVA 2PZSA 4NLCA 4BEBA 3HM9A 2GX9A 4CJ7A 5CZ1A 3H1VX 2XY7A 4CZJA 3SUQA 4K41A 2B6AA 4IG0A 3LM9A 2F9TA 5FPNA 4FM0A 4FLXA 4JHDB 3PSIA 1EQYA 4K8XA 3OHRA 2B4JA 1REVA 3AGRA 4ZHRA 4YOYA 4F4KA 3ZX0A 4BVOA 3I56N 3VTIA 2O8FB 4DFMA 4BR0A 1HYZA 3D6RA 1S72N 1HKBA 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4FJHA 1TAUA 3CI5A 4B9NA 4CZHA 4OGEA 3H1QA 1SAZA 4B3MK 4YY3K 3AVLA 3PLAA 1JXEA 1LWEA 4WQ5C 4MQ3A 4CIEA 1JLGA 4J2BA 1EXQA 1SL1A 4M3YA 1TGOA 3CJBA 1U48A 1C1BA 1IG9A 1NOZA 2A41A 1X9MA 5J1EA 3PIOL 2QK9A 4IOAL 3ZX3A 3RRHA 2B5JA 4B3RK 4KTQA 3L6QA 2XHBA 2P9PA 4M3UA 3OBYA 3LZIA 1ZC6A 3TI0A 4OKEA 1RDCA 4DCHA 1TL1A 1C0MA 3MDQA 3KLEA 1JLAA 3QFPA 1JL2A 2O4IA 3DLKA 1NGHA 4W5TA 1EKEA 4DTNA 3FZMA 3EYZA 3LDNA 2I5JA 1B9FA 3ZSOA 4BRNA 4B1ZA 4DLGA 4N41A 5F0XA 4F2SA 1W2BM 3EEQA 3DLLL 4GKKK 4H4MA 2BTFA 4FZXC 4JI6K 5BRDA 4IDHA 1YHQN 3MWPA 3ISNC 4NYFA 2VWBA 4CJTA 3SUOA 1QSLA 3NH0A 4FJ9A 4OX9K 1EO1A 3E9LA 4WFAL 4DS5A 2O8BA 5EOYA 1KC8O 4FJ5A 1RNHA 5GAHP 1ESVA 4M7XA 4JKHA 3CETA 2GV9A 4BRFA 4DV0K 4IO8A 2HBJA 3O4WA 4BGBA 3MWTA 2XY5A 1NMDA 1VAZA 2FLOA 3JXUA 2Q2RA 4BRHA 1DKGD 3VQCA 3T1YK 2EWSA 4KI4A 3VQEA 1SKWA 4BWJA 3O9SA 3V9XA 3FFIA 3WXJA 3G0ZA 1TKZA 1EWQA 3LP3A 4ICLA 3DOLA 3OYCA 4G9ZA 1K8KB 3RRGA 4CHOA 3AGKA 3OYLA 1K8AO 4DR7K 3P83D 3SPZA 4FLYA 1IJJA 3DJCA 3LDOA 3SJJA 4CD3A 3VQDA 4ELTA 2YCHA 3F5TA 1P8ZA 3UKUB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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