4S0WA

Wild type t4 lysozyme structure
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Wild type T4 lysozyme structure
rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4s0wA00
138LA 1C6NA 3DN6A 1QTBA 3CDTA 1G0LA 141LA 1OVKA 1CVKA 2LC9A 227LA 3HT8A 183LA 4W53A 1JTNA 184LA 2B73A 1C6GA 4I7LA 1LYFA 1TLAA 1L75A 3DN0A 3DN4A 1L71A 149LA 3HT6A 3SB6A 1LWGA 4I7QA 1L04A 4I7PA 1OV7A 1P36A 2B70A 4DKLA 3DKEX 3HT9A 232LA 3HUAA 1L11A 3DMVA 3C81A 1QSQA 254LA 1L76A 2OU8A 198LA 220LA 1D2YA 174LA 3HH5A 1KW5A 226LA 1L02A 228LA 111LA 169LA 261LA 3V2YA 168LA 4LDEA 1L13A 1QUHA 1L44A 2B72A 172LA 4W52A 1L87A 255LA 3NY9A 3LZMA 1XJTA 147LA 1L46A 3DN1A 3V2WA 1L88A 1L97A 1L03A 221LA 1KNIA 4DJHA 1L19A 190LA 3HTGA 122LA 1CU2A 1L29A 243LA 4EXMA 1L22A 3GUJA 2RAZX 3GUKA 1P6YA 164LA 1G0MA 1OV5A 216LA 229LA 1L64A 2A4TA 3C83A 110LA 156LA 3GUNA 1P56A 1L51A 219LA 120LA 1JQUA 2OE4X 140LA 137LA 1L99A 1P3NA 157LA 180LA 1OVJA 1JTMA 1L37A 1L06A 247LA 1L26A 1XJUA 1L95A 3HH6A 1CUPA 2RH1A 1D3NA 1L00A 4I7MA 4YXAC 4I7OA 2B6XA 1SSWA 2B75A 4LZMA 1LPYA 1L20A 1DYAA 4OO9A 1PQDA 1L82A 1C6PA 3D4SA 1L74A 1L0KA 1L83A 1L59A 2O7AA 1C6EA 248LA 1DYEA 3SB5A 1DYDA 1K28A 213LA 1L34A 3HH4A 1G0GA 3NY8A 1C62A 1D3MA 2RBPA 1QTCA 3G3XA 1G0QA 1P2RA 2OU0X 1CV3A 144LA 1L67A 197LA 1SX2A 1SX7A 1L84A 223LA 2ANVA 2B6ZA 1L63A 1P46A 3OE8A 1C6AA 1L16A 1LW9A 1L14A 3G3WA 2Q9EA 260LA 4I7NA 210LA 1PQKA 1L15A 127LA 1QUDA 4EPIA 1LGWA 1QUOA 1LYIA 1C6FA 107LA 1L48A 1L36A 143LA 148LE 3HDFA 1SSYA 1L61A 1P7SA 246LA 1L53A 185LA 1L85A 151LA 6LZMA 189LA 1C64A 3HT7A 4W56A 1QS5A 253LA 2LCBA 4I7TA 1L90A 175LA 1C60A 1XEPA 258LA 2QARC 152LA 1CV0A 1LWKA 1SWYA 1OWYA 1D3FA 4EJ4A 4EPFA 1G1VA 1L10A 205LA 2ANXA 1LI6A 4ARMA 1L21A 1C6HA 1L49A 2OEAX 1PQOA 1LLHA 233LA 1KY0A 4EKRA 1QT4A 1CV4A 1L41A 155LA 4DAJA 4W54A 206LA 1LYGA 242LA 245LA 1QT7A 125LA 103LA 3RUNA 192LA 2B6YA 4YXCA 201LA 1C6DA 1CX6A 1LYDA 4LDLA 1QT8A 162LA 222LA 1WTHA 1C61A 3DN3A 1CUQA 126LA 4I7KA 4S0WA 1LYJA 3C8QA 3DN8A 1C6TA 1L72A 3K2RA 256LA 3HU8A 1C6QA 4K5YA 3CDRA 187LA 2HUMA 1L17A 2B74A 3NYAA 1L57A 1DYFA 167LA 1P37A 1L05A 3SB7A 7LZMA 1L80A 1T8AA 211LA 1L68A 1OYUA 2Q9DA 1CU6A 200LA 1C6MA 1PQIA 1CU3A 178LA 1L70A 1L07A 1LI3A 182LA 3C7YA 3GUOA 3FA0A 215LA 2OE9X 2OTZX 130LA 1B6IA 1L52A 3C8SA 1G06A 3HWLA 1C6LA 4EKSA 142LA 1C69A 3HTFA 237LA 3C8RA 1L28A 4ARJA 165LA 249LA 3RZEA 1C6BA 1KW7A 235LA 4YX7C 1T8GA 1KS3A 1QT3A 139LA 3DNAA 1P64A 241LA 218LA 4I7SA 3C82A 3UONA 2HULA 4ARLA 2CUUA 4LDOA 252LA 4PK0A 4W55A 2QB0B 4I7JA 2RBSA 3G3VA 1C6KA 2RBNA 160LA 2OTYX 259LA 131LA 1T97A 3HTBA 225LA 239LA 3C80A 177LA 3HU9A 4ARMB 2B7XA 1G0JA 4W51A 1L23A 1L98A 238LA 251LA 257LA 1G0KA 1ZWNA 146LA 102LA 3CDOA 159LA 250LA 1L39A 3C7ZA 1P5CA 3CDVA 171LA 2LZMA 1L40A 1KY1A 2IGCA 5I14A 2RBRA 176LA 1L50A 3GUMA 1L31A 1L45A 1QSBA 1L25A 3DMXA 1I6SA 3SB8A 1CV5A 1L43A 1DYGA 4GBRB 104LA 166LA 240LA 3FI5A 3HH3A 2Z6BA 4E97A 1L69A 186LA 1L91A 1T6HA 214LA 1C68A 234LA 1C65A 1C6JA 1L33A 3L2XA 1L27A 2RBOA 1L93A 128LA 1CTWA 1D9WA 115LA 113LA 3F9LA 1QS9A 3JR6A 188LA 4AQNA 109LA 1L38A 114LA 1G0PA 1L09A 1G07A 2RB1X 3PBLA 2NTGA 3CDQA 1L65A 5LZMA 191LA 1QUGA 108LA 1L56A 4ARQA 181LA 2F2QA 236LA 3SB9A 4W57A 3L64A 1L47A 3F8VA 1C6IA 1QTZA 2RBQA 1QTVA 1CU5A 230LA 1C67A 1P2LA 1L55A 3GUIA 1L73A 161LA 3VW7A 1L35A 1NHBA 3HTDA 2O4WA 1C66A 2OU9A 158LA 1LGUA 1L54A 1OWZA 3OE6A 1G1WA 1L89A 199LA 4I7RA 4EKPA 1QT6A 2NTHA 1L08A 3HUQA 2OE7X 2RAYX 1T8FA 1L01A 2RB2X 2B6TA 196LA 163LA 4IAPA 1LGXA 212LA 1L81A 1L60A 1ZYTA 1L12A 3GUPA 3DN2A 173LA 1LYEA 2F32A 1L18A 1L0JA 1CX7A 1LYHA 3QAKA 1L86A 3ODUA 3C7WA 3PDSA 3SN6R 1QTHA 1L77A 1DYCA 1LI2A 1CV1A 244LA 2F47A 112LA 1PQMA 150LA 1EPYA 4W59A 231LA 1PQJA 3SBBC 3OE0A 129LA 3DMZA 1L58A 1D3JA 3SBAA 1ZURA 3HDEA 1L32A 1L79A 1L66A 170LA 2HUKA 4GRVA 4ARPA 1C63A 2B6WA 1L30A 4W58A 1C6CA 4ZPUA 118LA 262LA 1DYBA 123LA 195LA 1CV6A 3EMLA 217LA 3FADA 1D2WA 2O79A 1L62A 2L78A 3OE9A 1L92A 4PJZA 4EKQA 3HUKA 1QTDA 1OVHA 209LA 4ARQB 224LA 145LA 1L24A 119LA 1QT5A 1CU0A 1L42A 3GULA 2RB0X 1L94A 1SWZA 1L96A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUTA 1E8LA 1IP1A 1CVKA 2LC9A 1LKSA 4BADA 1UIDA 1LJJA 3TMUA 4CJ2A 1XGUC 3WPJA 1LMOA 1LYFA 1F0WA 4GLAA 4PGJB 1YIKA 1LZBA 1GBWA 3A94A 2DQHY 1AZFA 1P36A 3C81A 1UIBA 1L76A 198LA 1HSWA 2EIZC 174LA 1KW5A 4M4OA 228LA 3RW8A 1L13A 4XJGA 4MSTA 5B1GA 3OJPA 1LCNA 255LA 1ZVHL 153LA 5LXWA 147LA 4G4BA 5KKJA 3DN1A 1GE3A 4ETDA 5JENB 3HTGA 122LA 1CU2A 4EXMA 1L22A 4H8YA 3WULA 1EQ5A 1B5YA 4DYGA 1GF6A 156LA 4WO9A 1B5XA 2OE4X 137LA 207LA 5FELA 1P3NA 2DQAA 157LA 180LA 1GE4A 1GF5A 247LA 4XADA 4OWBA 1CUPA 5B59A 1GB8A 4I7OA 1IWZA 1QTKA 1LZ8A 2B6XA 1LZGA 4LZTA 1CKFA 1LSZA 1LTMA 5LVKA 3B6LA 4ETEA 1CKHA 3IWRA 1QSWA 2H5ZA 3D4SA 1JKCA 3TXDA 1FDLY 4GN5C 5APFA 1DYDA 1LYOA 3AJNA 1HERA 1QTCA 1H87A 3N9CA 4XYYA 3A67Y 2H9JA 1CV3A 1B5VA 1WQQA 1SX7A 1I20A 2ANVA 5KXWA 1C6AA 1LYSA 1KXYA 1OUBA 1PQKA 1QUDA 5I53A 1ALCA 2BAAA 3TXFA 1WQMA 1L36A 3RZ4A 1JKAA 5L3IA 1L85A 2BQBA 5IDDA 4EMNA 4GLVA 189LA 4TUNA 1INUA 5LIOA 253LA 1D0LA 5FEKA 1L90A 258LA 3F6ZA 4WL6A 152LA 1SWYA 1G7JC 1OWYA 208LA 4HSFA 1G1VA 2D6BA 1B7LA 4ARMA 1AKIA 1L21A 5APCA 3WU8A 4CHXA 4EKRA 4DAJA 4UWUA 5I4XA 4GCDA 1IC5Y 3MGWA 1LYGA 2HEEA 3LYMA 1QT7A 125LA 103LA 3P64A 4QDNA 4II8A 1FN5A 1LYDA 1QT8A 162LA 1C61A 3P66A 1HEPA 4NSIA 3CT5A 1NHEA 2C8OA 4H8XA 1C6TA 3K2RA 1QDTA 2RSCA 3NYAA 1DYFA 167LA 1B7PA 2BQEA 7LZMA 1T8AA 1CJ8A 1L68A 1DI5A 1ZV5L 1C6MA 1CU3A 1L70A 182LA 2G4NA 3GUOA 4H9AA 1G7LC 3WMKA 2OE9X 2BLYA 130LA 4YEMA 1DI3A 1BB4A 3C8SA 4MCKA 1C69A 4LYZA 3C8RA 4ARJA 2YBLA 3RZEA 235LA 3A90A 4J1BA 1KS3A 218LA 1CKGA 3IJUA 3RT5X 5L9JA 4W55A 4LYBA 4I7JA 2RBSA 3CT0A 3LYZA 5FHWA 2VB1A 5DLAA 160LA 225LA 4IATA 239LA 1LSEA 3LHMA 2DQIY 2LZ2A 1G0JA 1L23A 1NKHA 4H8ZA 1OUIA 2I25L 250LA 3C7ZA 1IR8A 3CDVA 3BKHA 5K7OA 2LZMA 5KJ9A 1GFEA 1L40A 1KY1A 1RFPA 1KIPC 4GCFA 1LMTA 1L50A 1L25A 1DZBX 1I6SA 6LYZA 5C6IA 1DYGA 240LA 3FI5A 3HH3A 1HEQA 4N1EI 4OWCA 1GXXA 2FYDA 1L69A 1L91A 3AZ5A 1BB3A 1YKXX 3FI7A 128LA 4B1AA 115LA 1REMA 3F9LA 5HQ1A 4NHQA 1TDYA 1L09A 4ZIXA 5KXTA 4WO6A 1LSBA 1GFHA 2F2QA 5E9RA 1B0DA 1LKRA 2RBQA 4G49A 4B4JA 3TMWA 5LVGA 2Z38A 1XGRC 4DDBA 158LA 1QIOA 1G1WA 4EKPA 2D91A 1L08A 1QDRA 2OE7X 4BS7A 2RB2X 196LA 163LA 4IAPA 1GBZA 4NGJA 3ATNA 3A6CY 1ZYTA 1GF3A 4WG7A 9LYZA 1WVVA 1L86A 1J1OY 3C7WA 3PDSA 2MEEA 4DDCA 1OUCA 5KKIA 2HEAA 3TXJA 2HTXA 1QTEA 2IHLA 4DD7A 1EPYA 4W59A 3SBBC 4N1CC 2CJLA 1D6PA 129LA 3EXDA 1LZRA 3HDEA 1CJ7A 4OWEA 3N9AA 3KAMA 170LA 2HUKA 4GRVA 4XJHA 3CB7A 1BQLY 118LA 2F2NA 1AT6A 1W6ZA 5D5FA 4WM3A 1IP4A 4UWNA 1YQVY 4Z3MA 1L92A 5KXOA 1LZ6A 224LA 3ULRA 5E4PA 1JTOL 1LSPA 2CGIA 1L42A 2BQKA 3GULA 1L94A 5LA5A 1BGIA 1YAPA 138LA 1B5WA 2BQIA 3DN6A 1QTBA 3CDTA 5DN4A 4DD3A 4C3WA 2XQOA 3ZVQA 1UUZC 227LA 1VDQA 183LA 4W53A 4QY9A 1F6RA 4GCEA 3WH1A 1TLAA 1J1XY 1L75A 4XENA 4NGZA 3DN4A 5LAGA 4I7QA 1HSXA 1OV7A 5M1YA 4DKLA 2OU8A 254LA 5LYMA 1BB6A 1D2YA 4J0LA 3HH5A 261LA 169LA 3WW6A 1SQ2L 3SP3A 4LDEA 1QUHA 1GFVA 2B72A 1L87A 1VAUA 3NY9A 3WVYA 1T3PA 3LZMA 4WLXA 4HP0A 2FBDA 3V2WA 4B4IA 4ET9A 1UIEA 4Z98A 3TMVA 4WLTA 190LA 1OUEA 1BVKC 3GUJA 1BWIA 5B05A 3GUKA 1P6YA 1AT5A 1G0MA 194LA 2BQAA 4WMGA 2BQLA 2HEFA 1OUGA 3GUNA 2ZQ4A 1JQUA 4DD9A 1LSCA 1L06A 5L3HA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QUT A;  1E8L A;  1IP1 A;  1CVK A;  2LC9 A;  1LKS A;  4BAD A;  1UID A;  1LJJ A;  3TMU A;  4CJ2 A;  1XGU C;  3WPJ A;  1LMO A;  1LYF A;  1F0W A;  4GLA A;  4PGJ B;  1YIK A;  1LZB A;  1GBW A;  3A94 A;  2DQH Y;  1AZF A;  1P36 A;  3C81 A;  1UIB A;  1L76 A;  198L A;  1HSW A;  2EIZ C;  174L A;  1KW5 A;  4M4O A;  228L A;  3RW8 A;  1L13 A;  4XJG A;  4MST A;  5B1G A;  3OJP A;  1LCN A;  255L A;  1ZVH L;  153L A;  5LXW A;  147L A;  4G4B A;  5KKJ A;  3DN1 A;  1GE3 A;  4ETD A;  5JEN B;  3HTG A;  122L A;  1CU2 A;  4EXM A;  1L22 A;  4H8Y A;  3WUL A;  1EQ5 A;  1B5Y A;  4DYG A;  1GF6 A;  156L A;  4WO9 A;  1B5X A;  2OE4 X;  137L A;  207L A;  5FEL A;  1P3N A;  2DQA A;  157L A;  180L A;  1GE4 A;  1GF5 A;  247L A;  4XAD A;  4OWB A;  1CUP A;  5B59 A;  1GB8 A;  4I7O A;  1IWZ A;  1QTK A;  1LZ8 A;  2B6X A;  1LZG A;  4LZT A;  1CKF A;  1LSZ A;  1LTM A;  5LVK A;  3B6L A;  4ETE A;  1CKH A;  3IWR A;  1QSW A;  2H5Z A;  3D4S A;  1JKC A;  3TXD A;  1FDL Y;  4GN5 C;  5APF A;  1DYD A;  1LYO A;  3AJN A;  1HER A;  1QTC A;  1H87 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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