4TSBA

Structure of a lysozyme antibody complex
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a lysozyme antibody complex
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4tsbA00
4R0FA 1TBYA 2H5ZA 4CFOA 4WG1A 1D0LA 1GXV2 4NY5A 1NBYC 1BWJA 1QQYA 1XEIA 2HUBA 4XJIA 4YM8A 1JKDA 1UICA 5IDDA 4N8ZA 4DC4A 3CB7A 4IJ4A 5LYTA 4TWSA 2BQDA 2ZNWY 2Z12A 1KXYA 1LJIA 4LT0A 3D3DA 1YL1X 4NHQA 4H94A 3A8ZA 1GDWA 1LKSA 1D6PA 1CKDA 1NF5A 3AZ4A 2FYDA 4NFVA 1GF3A 2BQAA 4EOFA 4CGEA 1JKCA 3TXGA 4WMGA 4H90A 5KXYA 3ZVQA 5KXNA 1QUTA 4NEBA 4B49A 4PRQA 1GF5A 3WL2A 5LA5A 1AT5A 1BHZA 1CKGA 4LYZA 1V7SA 5EBHA 2BQNA 1WVUA 1YIKA 2D6BA 4HJVA 3A91A 7LYZA 1LCNA 4NHPA 5DM9A 1DZBX 1OUHA 3OJPA 4H1PA 1TCYA 3A3QA 3AYQA 3LHMA 1KIRC 4YEOA 3ULRA 1EQEA 4TX7A 4XJDA 1GAYA 1QUSA 5K7OA 1LYOA 1WQOA 1ZMYL 1YKYX 1FN5A 1OP9B 2CWIA 4RLMA 1EQ4A 3WULA 5L9JA 1DKKA 2BPUA 1LJKA 2LYMA 3T36A 3W6AA 1ZVYB 3HFMY 1LYZA 2F4AA 4R6CA 2YVBA 3OK0A 3TXHA 5FSTA 3AGGG 2ZYCA 2Z2FA 1GD6A 1T3PA 2MEEA 1HFYA 2LHMA 1JITA 4NGVA 4ETAA 4IASA 4N0JA 5FDJA 5KXMA 2A7FA 4GCBA 2D4IA 1LJ4A 4NWHA 4B1AA 1VDQA 1GB8A 2BQJA 3EBAB 4H8ZA 1VDTA 4HV1A 2GV0A 4GCEA 1CJ8A 1IX0A 1GWDA 1HELA 1LTMA 2W1LA 2BQGA 2ZQ4A 4H9AA 5DN4A 4A7DA 4WO9A 1GF9A 1JJ0A 1GFHA 1LJEA 1REMA 5LVJA 3WU7A 5I5QA 5D5CA 5B07A 1HEMA 1GE0A 1RI8B 1GBZA 1JTTL 4OWCA 134LA 5APDA 4KT3A 4RW2A 2CGIA 3WPJA 1REXA 4NGKA 1B5YA 1IC4Y 1VATA 2CDSA 4LGKA 1LAAA 1RJCB 1LSNA 1UIGA 4ANRA 1GF7A 1OUFA 4LT3A 5B06A 6LYZA 4KXIA 4DD7A 5HMVA 5ILCA 2XTHA 2Z2EA 1RE2A 5C6JA 1IOQA 4J1AA 4B4JA 4LFPA 5M1YA 1FBIX 1IP6A 1V7TA 3BKVA 4WM6A 1DI3A 5DL9A 3TXFA 1GBSA 4DD0A 5I54A 4DT3A 5HLLA 1GE2A 1MLCE 1LYYA 1DXJA 3M3UA 1GE4A 3AB6A 1B5ZA 1G7LC 4GCCA 133LA 1LZNA 4NHSA 1YAPA 3WUMA 1FDLY 4MR1A 1UIBA 3AW6A 3LZ2A 1PZYA 4P2EA 4IATA 2LZ2A 4Z46A 5LAGA 5F9UA 1LZDA 4GN3A 4RLNA 1EL1A 4TSCA 5LVIA 4YOPA 1Z55A 1AT6A 1YAQA 2MEDA 1REZA 4W94A 1BWIA 4ET9A 3A90A 5C6IA 2AUBA 2YBJA 2LYZA 1NKHA 1LZEA 1VFBC 1WQQA 4RW1A 1KXXA 1VEDA 2DBTA 2MECA 2Q0MX 2LYOA 4LYCA 1IWZA 4DD9A 1DQJC 4Z41A 1YANA 3B0IA 4NG1A 4OWAA 5J7CA 3B6LA 1JUGA 4WM4A 4ZIXA 2ZIJA 4LZTA 1LZSA 1I20A 2BQOA 1LZ6A 1LZCA 2HEFA 1B7SA 4DDAA 1UACY 4B0DA 1LMPA 5LIOA 1GDXA 4NWEA 3B0KA 4HTNA 1JIYA 2YDGA 1HHLA 1LMQA 3AZ6A 4NHTA 4PJ2C 3D9AC 2I6ZA 2DQAA 4LT2A 3WUAA 1HC0A 1LMTA 4HSFA 4XN6A 1LJJA 2BQKA 4CJ2A 1C7PA 4AGAA 2X0AA 5F16A 5L3IA 1FKQA 1GB5A 2Z37A 2I26L 1FLYA 1KIPC 8LYZA 1JEFA 1D0MA 1ZV5L 3IWRA 1HF4A 2F30A 1MELL 1GFEA 2D91A 3CT0A 3QE8A 4NGWA 1UIFA 1D6QA 4PHIA 1IP3A 2Z19A 1HMKA 1LZYA 5KXPA 1GBYA 5KXLA 1C46A 3EXDA 4ETEA 1VDPA 1QSWA 5LXWA 4C5FA 3WXUA 1ALCA 1HEOA 2FBBA 2B5ZA 1GE1A 2HEBA 2YBHA 2HEDA 1JHLA 3TXEA 154LA 5I53A 3WW6A 4CFPA 4XADA 4FDYA 3IJVA 2ZWBA 1XGQC 4WLDA 4LYMA 2ZQ3A 1DPXA 9LYZA 1YKZX 194LA 3A67Y 4PGJB 1IR8A 3TXDA 1T6VL 5FELA 1B0DA 5APFA 4GN4A 1IWWA 1IO5A 1IOSA 1LHJA 3N9EA 4UWVA 2DQHY 1LSYA 1GB9A 4H9BA 4HJZA 3E3DA 2BQMA 1C45A 4GLVA 4LFXA 1IWTA 2XBSA 1WQMA 3ZEKA 3W3EA 1IC7Y 4O34A 2Y8PA 1IWYA 2NWDX 5IELA 1QDTA 1WTMA 4J7VA 1AM7A 1BVXA 2EPEA 3FE0A 4MCKA 2MEFA 5APEA 4B4IA 6LYTA 4BAPA 5HNCA 2W1YA 1W08A 4HJYA 5LVKA 3WMKA 4J0LA 2FBDA 1JISA 4WO6A 3WU9A 3P68A 4DD2A 4ET8A 1QTEA 1B7NA 4N1EI 1LSPA 1GBWA 1W6ZA 3AW7A 4E3UA 3KAMA 207LA 1GFUA 2BQIA 1EQ5A 1LZBA 1IP7A 5F81A 2MEAA 5A3ZA 3CT5A 1JPOA 1VDSA 1G7HC 1GF8A 1B5VA 2BQLA 4NGYA 5T3FA 1LJNA 3MGWA 1LHHA 1OUIA 5LINA 5KXXA 1LSAA 1GB6A 1IWVA 4YF2A 2D4JA 1C43A 3RT5X 1XGUC 1NMMA 4I8SA 3ATOA 2XBRA 5DN5A 1GB2A 1OUDA 3RZ4A 4G9SA 1JWRA 3HBDA 2Z18A 1DKJA 1HNLA 1HMLA 3A92A 1GHLA 4TUNA 1IP1A 2G4QA 2A7DA 3LYTA 4I0CA 4Z98A 5LAFA 3QNGA 4DD3A 2BQBA 1G7JC 1XSFA 2D4KA 2HEEA 4QGZA 4GCFA 1B7OA 2DQJY 4NSJA 3A93A 4WM2A 3TMUA 1HEPA 4NG8A 1BVKC 3CQLA 3CSZA 1OUBA 208LA 1LMAA 3A34A 3B72A 1J1XY 1OUAA 5B59A 4OOTA 3FI7A 1BGIA 4DYGA 5KXTA 5LVHA 1IOCA 1RFPA 1UBZA 3LYMA 4NSGA 1JTOL 3AGIA 3WUNA 3GXKA 4UWNA 5HQ1A 4H93A 1IP4A 4B4EA 1JSFA 1OUGA 1QSAA 4C3WA 5B1GA 4BADA 1F10A 3SP3A 1IWUA 1D0KA 1GFRA 3G3BB 1UIEA 4G4HA 3EMSA 1JTPL 2DQIY 3J4GA 1LKRA 3AZ5A 1HENA 3AJNA 1JKAA 1LSDA 4OWBA 3TXKA 1CNSA 1BB6A 4RDSA 4DD1A 1G7MC 1XGRC 4H8XA 3RW8A 4GN5C 1LOZA 1CJ6A 4N1CC 4YEMA 2IFFY 2XJWA 1HFZA 2YBIA 3ZVQB 5IHGA 2MEHA 1WTNA 4H9HA 3HBHA 4YENA 4NSIA 3TMWA 1PS5A 3HBEX 4HV2A 1FKVA 1IC5Y 1YAMA 2Z39A 2ZILA 3M18B 3TMVA 3P64A 4QY9A 4HTQA 4W96A 4WOAA 4OWEA 4ETBA 2I25L 1LSBA 2HU1A 2EKSC 5L3HA 1UA6Y 1XEKA 193LA 3LZTA 4G4CA 1GFKA 3WW5A 1UIHA 3T6UA 4ZEEA 1YROA 4WLYA 1WQNA 1B5UA 3A6CY 1UC0A 5KKJA 1XGTC 1LMCA 2G4PA 4II8A 5FEKA 4NGZA 5FHWA 1FLWA 3J6KA 1OUCA 1XFPL 3ATNA 1AZFA 1LMNA 1LZAA 2C8OA 2HEAA 3CSQA 4LT1A 1FLUA 5I4WA 2YSSC 2MEIA 4DDBA 3QY4A 4H9CA 4OOOA 1LHLA 1AKIA 1BB4A 1LZ8A 3W6DA 4LYTA 1LZ4A 1LSGA 4EMNA 5I4XA 1D9UA 1JJ3A 3EO5A 4DDCA 1CJ7A 1HEQA 4WLXA 1P2CC 4WL7A 3WXTA 2HECA 1HEWA 2DQDY 2HU3A 1F6SA 4J1BA 1LHIA 2BLXA 2CJLA 3RNXA 3WPLA 2DQCY 1ZVHL 4NGLA 1CJ9A 5D5FA 1GXXA 1GB3A 1LSMA 2BQEA 2ZYPA 2DQGY 4TTDA 2LZTA 3LYZA 5LYZA 5B1FA 2BQFA 2HTXA 3TXIA 4XENA 3B0OA 5AMYA 4N9RA 3WVXA 1DPWA 3LYOA 1KIQC 4NGIA 1F0WA 4BS7A 1GBOA 4FJRA 5APCA 1LZRA 1I1ZA 2WARA 4GLAA 1LHMA 5B05A 4LYOA 1WQRA 1IEEA 3A6BY 4ML7A 1IR9A 1IOTA 3WH1A 4HP0A 1NDMC 1I56A 2G4NA 5A3EA 4XJGA 4XJBA 1LZTA 1GE3A 4BAFA 1GFJA 4D9ZA 1DI5A 5KXZA 1IP2A 4KL7A 1JSEA 4HPIA 1GF6A 1H6MA 5LA8A 4H9IA 1LSFA 1OUEA 1LSCA 2MEBA 1GF4A 1GB0A 3A96A 2BLYA 3A3RX 4XJFA 1YQVY 3A94A 3F6ZA 1YL0X 1C10A 4WM3A 1LJFA 1LMOA 2PC2A 5KJ9A 4ZFPA 1KXWA 1INUA 1GB7A 1SLYA 1WVVA 4UWUA 4NHIA 1BQLY 5HMJA 1GFTA 3WYHA 5F14A 5I4YA 1CKCA 1LJ3A 4G4BA 3VWOA 1IWXA 1B9OA 2EQLA 1IVMA 1IIZA 1HERA 1LHKA 1XGPC 4WL6A 5KXRA 4XYYA 1LJHA 3N9AA 1GF0A 4H9EA 4H9FA 2DQFC 1DI4A 3AGHA 1B2KA 5JENB 4NGJA 1CKHA 3P66A 1JKBA 1GFAA 4H8YA 3WPKA 1G7IC 5C6LA 1B7RA 3A95A 4Z3MA 1B7MA 3GXRA 4AXTA 5KKIA 3W6FA 4U3XB 1E8LA 5ILFA 4M4OA 1A4VA 1J1OY 1NQIA 1TEWA 2FYCA 2W1MA 2RSCA 5F9XA 2Z38A 5E4PA 153LA 1A2YC 1GFVA 1HSWA 1GPQC 1LYSA 1IY4A 3N9CA 3CT1A 4OW1A 1B7PA 4WLTA 4ETDA 2W1XA 1BWHA 1NBZC 2YBNA 4G49A 4HTKA 1UUZC 1LZ1A 1N4FA 1B5XA 4QDNA 2IHLA 1BB3A 1OQMA 1WQPA 1GFGA 1HFXA 5KXSA 2F2NA 1OUJA 4H91A 3WU8A 4CHXA 5KXOA 1FLQA 1IR7A 4TSBA 5DLAA 5II3A 1LZ5A 1SQ2L 4QEQA 1GEZA 2H9JA 3IJUA 3P4ZA 1BB5A 135LA 1GBXA 1B5WA 4NSHA 4OWHA 2BAAA 3RU5A 3TXJA 5KY1A 1IY3A 1LPIA 4X3BA 1UIDA 1IORA 1GEVA 2ZNXY 1TAYA 3WVYA 4M6DA 5FCPA 132LA 5HNLA 1YKXX 4WM5A 4LYBA 4WM1A 1LZGA 3TMXA 1IP5A 1NHEA 1NWGA 4XJHA 2H9KA 1CKFA 4PRUA 1RCMA 1LSZA 2YBLA 4WG7A 3W6BA 1BB7A 1LSEA 3W6CA 1H87A 1O23A 1YAOA 2ZIKA 4N5RA 3LN2A 4L41A 3CSRA 3G3AB 5KXWA 4KPMA 1B7LA 4NIJA 1QTKA 3P65A 4DWXA 2N5ZA 1XEJA 2BQHA 1VAUA 2DKVA 1YILA 2DQEY 4H92A 3AZ7A 2BQCA 2MEGA 1GAZA 4ETCA 1UCOA 4HPEA 1NDGC 1HSXA 2YBMA 2C8PA 1F6RA 1QDRA 3BKHA 4PPOA 1J1PY 5KXKA 4GCDA 1REYA 3K3TA 2EIZC 4NGOA 1UIAA 1LZ9A 1C08C 4MSTA 1JJ1A 5E9RA 3TXBA 3W6EA 2F4GA 1LJGA 1TDYA 5LYMA 5LVGA 2VB1A 1QIOA 1B7QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUOA 1G0MA 4NY5A 3SB7A 1BWJA 1QQYA 4LDOA 4YM8A 1JKDA 3C8QA 4N8ZA 245LA 4TWSA 2BQDA 2Z12A 4LT0A 3D3DA 244LA 1CU3A 1CKDA 3AZ4A 4W59A 1JKCA 3ZVQA 5KXNA 4PRQA 1C6LA 1GF5A 141LA 1CKGA 3HH6A 2OTZX 4HJVA 1L73A 4H1PA 1C6PA 3A3QA 3AYQA 3LHMA 144LA 3ULRA 1EQEA 1FN5A 1OP9B 2CWIA 115LA 1EQ4A 1DKKA 1L53A 3W6AA 1LYZA 2F4AA 3GUOA 3AGGG 2Z2FA 1GD6A 2MEEA 1JITA 4IASA 126LA 2A7FA 4NWHA 1GB8A 1VDTA 2BQGA 4A7DA 3DMZA 1JJ0A 1GFHA 1REMA 1L09A 5B07A 1DYBA 1GE0A 1RI8B 2B73A 1JTTL 134LA 2ANXA 5APDA 1VATA 4LGKA 1RJCB 1LSNA 139LA 1UIGA 2Q9EA 1OUFA 5B06A 4KXIA 4DD7A 5ILCA 2XTHA 3TXFA 1CX7A 1L32A 249LA 1C6NA 1DXJA 1G7LC 3WUMA 4MR1A 1UIBA 3LZ2A 1P46A 4Z46A 1QUDA 1LZDA 1C69A 4YOPA 1AT6A 1L16A 4W94A 4W53A 3A90A 2AUBA 1WQQA 187LA 4RW1A 4NG1A 1L08A 2BQOA 1C6FA 2O7AA 2HEFA 1B7SA 1UACY 5LIOA 4NWEA 3B0KA 4W51A 4ARJA 1LMQA 4PJ2C 2I6ZA 4HSFA 2X0AA 2I26L 4I7JA 111LA 1MELL 1GBYA 2Z6BA 184LA 1L82A 1P3NA 1QSWA 211LA 1DYAA 1LYHA 190LA 1KNIA 1SWZA 4LYMA 3A67Y 3TXDA 1D2WA 3N9EA 4UWVA 4LFXA 3W3EA 1G1WA 1IC7Y 5IELA 253LA 1WTMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R0F A;  1TBY A;  2H5Z A;  4CFO A;  4WG1 A;  1D0L A;  1GXV 2;  4NY5 A;  1NBY C;  1BWJ A;  1QQY A;  1XEI A;  2HUB A;  4XJI A;  4YM8 A;  1JKD A;  1UIC A;  5IDD A;  4N8Z A;  4DC4 A;  3CB7 A;  4IJ4 A;  5LYT A;  4TWS A;  2BQD A;  2ZNW Y;  2Z12 A;  1KXY A;  1LJI A;  4LT0 A;  3D3D A;  1YL1 X;  4NHQ A;  4H94 A;  3A8Z A;  1GDW A;  1LKS A;  1D6P A;  1CKD A;  1NF5 A;  3AZ4 A;  2FYD A;  4NFV A;  1GF3 A;  2BQA A;  4EOF A;  4CGE A;  1JKC A;  3TXG A;  4WMG A;  4H90 A;  5KXY A;  3ZVQ A;  5KXN A;  1QUT A;  4NEB A;  4B49 A;  4PRQ A;  1GF5 A;  3WL2 A;  5LA5 A;  1AT5 A;  1BHZ A;  1CKG A;  4LYZ A;  1V7S A;  5EBH A;  2BQN A;  1WVU A;  1YIK A;  2D6B A;  4HJV A;  3A91 A;  7LYZ A;  1LCN A;  4NHP A;  5DM9 A;  1DZB X;  1OUH A;  3OJP A;  4H1P A;  1TCY A;  3A3Q A;  3AYQ A;  3LHM A;  1KIR C;  4YEO A;  3ULR A;  1EQE A;  4TX7 A;  4XJD A;  1GAY A;  1QUS A;  5K7O A;  1LYO A;  1WQO A;  1ZMY L;  1YKY X;  1FN5 A;  1OP9 B;  2CWI A;  4RLM A;  1EQ4 A;  3WUL A;  5L9J A;  1DKK A;  2BPU A;  1LJK A;  2LYM A;  3T36 A;  3W6A A;  1ZVY B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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