4TSCA

Structure of a lysozyme antibody complex
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a lysozyme antibody complex
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4tscA00
2GV0A 5L9JA 2ZWBA 4LT2A 4ETEA 1NDGC 4WM1A 3CB7A 4LT1A 4CJ2A 2BQAA 4Z41A 3ULRA 3EMSA 2FBDA 1GFHA 1HFYA 1DKKA 3KAMA 1C08C 4TX7A 1V7TA 2ZILA 5C6JA 1LZ1A 1RFPA 1LYZA 1OUFA 4GN5C 3A91A 1GDXA 4DDCA 3ATOA 4ETDA 4FDYA 4NGKA 4XADA 5A3ZA 1GE3A 4DD7A 5B59A 1GF7A 4PJ2C 3WVYA 4Z46A 4OWAA 7LYZA 3VWOA 1NHEA 1B9OA 3AZ6A 1OQMA 2BQGA 3RT5X 1BWIA 3TXKA 1LJGA 1HELA 4II8A 2BQJA 4J1BA 132LA 5LYMA 3W6CA 2NWDX 5KY1A 3CT5A 3MGWA 1B5YA 2D4IA 1GPQC 4MR1A 1YAPA 1H87A 2BQMA 4G4HA 1GBOA 4HJVA 3TMWA 4XYYA 4NWHA 1GBXA 3P65A 1XFPL 4NGWA 3W3EA 4DT3A 1GFJA 1LMNA 4ML7A 153LA 1LSMA 2DQEY 1GE0A 3WL2A 2IFFY 1LJJA 3A94A 1LSDA 4NG8A 3TXJA 4HSFA 1YILA 1FKVA 4PGJB 4G49A 3ZEKA 1LMQA 1GEVA 3QE8A 4NGYA 2LYZA 4A7DA 1LJIA 1IP7A 1LJKA 1QUTA 4NHQA 1JJ3A 4R0FA 2YBLA 4W96A 1GB9A 1REXA 3AGIA 4HV1A 1UIEA 1VAUA 3OJPA 1LKRA 4H8XA 1HFXA 3EXDA 1LJ4A 1OUDA 4WLDA 3RNXA 1UIFA 1LMTA 1IR7A 1WQOA 1GF4A 1IX0A 2BLYA 1GF5A 4N1EI 5APCA 1INUA 1LSGA 1IEEA 1T3PA 1YKZX 1WQNA 4HJZA 3HBHA 2BQKA 2BQFA 4WMGA 4H9BA 2C8PA 3BKVA 5LVGA 1BB3A 1DPWA 1LSYA 1UICA 3HFMY 4H8ZA 5HNLA 4UWUA 1GBWA 2CWIA 3WMKA 1PS5A 1KIPC 1B7RA 5LYTA 1XGRC 4WG1A 2HEEA 1ALCA 3B0IA 1BHZA 4LZTA 1NMMA 3LN2A 4PRUA 3TMXA 4R6CA 1GDWA 2Y8PA 1ZVHL 4RW2A 1EQ5A 2LHMA 4E3UA 1UIHA 2CGIA 4DYGA 1IC4Y 1IWTA 1B7NA 1UIDA 3B0OA 3TXEA 1UUZC 4OWHA 1REZA 1JTPL 1TBYA 4ETBA 1GWDA 1JHLA 2W1YA 1LZDA 194LA 4H90A 2EKSC 1NKHA 3P68A 4J0LA 5HMJA 4DD9A 4XJGA 4WM6A 5D5CA 5B05A 1VDPA 4NGOA 1NBYC 3AZ5A 2FYCA 4NSIA 1IC7Y 2LYMA 5IHGA 2ZYCA 1QSWA 2C8OA 5F14A 1LSZA 4IATA 4OOOA 4UWVA 1OUIA 5C6IA 2DQGY 2ZYPA 1HMKA 1JWRA 6LYZA 1HERA 1XEKA 1WQMA 1NQIA 2G4PA 3CSZA 1MELL 4ZIXA 2DQHY 5JENB 3M18B 4LYCA 4WM3A 1YQVY 1LZYA 1KXYA 3M3UA 2F4AA 1I1ZA 4G4CA 1HEPA 1HFZA 3CQLA 1LZRA 1E8LA 1GB8A 2BQIA 1KXXA 5E4PA 2BQEA 5ILFA 1C10A 3A3RX 4LYZA 2Z39A 1RE2A 1G7LC 1DZBX 4CFPA 5F9XA 4NGJA 2YSSC 1FLUA 2D4KA 2I25L 1GBYA 2XBSA 4H91A 3ATNA 1XGQC 5KXTA 1LTMA 1FDLY 1DPXA 2EIZC 2H9JA 3EBAB 4WG7A 5B07A 3B72A 1RJCB 1B7PA 4P2EA 4L41A 1Z55A 5DN4A 5B1GA 1GE2A 4WL6A 1J1PY 4WLTA 1W6ZA 2LZTA 1B7QA 4LGKA 1T6VL 2DBTA 4H92A 1LZAA 1IY3A 4XJIA 1AKIA 3WUMA 3AW7A 1SLYA 1JKCA 3N9EA 1QUSA 3WW5A 5DLAA 1UIGA 1REYA 5LA5A 1JTOL 2XBRA 4H9IA 1LSFA 4LYTA 2DQDY 4ANRA 1CKGA 5KXXA 2LYOA 2MECA 1WTNA 3D3DA 1DI4A 2Z12A 3IJVA 1GBZA 5II3A 1WVVA 2DQFC 1CKHA 3J6KA 1OUGA 1H6MA 2HTXA 4DC4A 2BLXA 5KXOA 1LHKA 3A6CY 1LYYA 5D5FA 1JSEA 3A92A 3FE0A 1IOTA 1YAQA 1IWZA 5IDDA 1D9UA 4H1PA 4LFXA 1LZ4A 3SP3A 3AGHA 2W1LA 1IR9A 2B5ZA 4NIJA 1IVMA 3GXKA 1JIYA 3AZ4A 4XN6A 5A3EA 1N4FA 1IP1A 5APDA 5LAGA 1KXWA 2FBBA 2Z2FA 5KXRA 4FJRA 5ILCA 4J7VA 3WUAA 2F2NA 1QIOA 1B5UA 1G7MC 5M1YA 4WM5A 1IWVA 3WU8A 2Z37A 1GAYA 4B0DA 1D0MA 2BQHA 1GF8A 2HEFA 1DKJA 4NHTA 1IIZA 3IWRA 4N5RA 4WOAA 2MEDA 1B5WA 3WXTA 3B0KA 1LZGA 1LJHA 1B2KA 3TXDA 1JTTL 3RU5A 2BQLA 5DM9A 4LYMA 4C5FA 1IR8A 1HENA 1UIAA 3BKHA 4KT3A 1XEIA 2DQJY 1LHJA 3CSQA 4HTNA 5KXKA 4TUNA 1EQEA 1BWJA 1NWGA 4NY5A 1IO5A 4LFPA 1EL1A 3CSRA 1OUJA 2HEAA 1LYOA 4WLXA 3RW8A 3W6FA 4XENA 1YAMA 2LZ2A 4H8YA 4GLAA 1AT5A 4ETCA 1GFUA 2VB1A 1IOSA 4BAFA 1B5XA 1YANA 1LMAA 1BB6A 4OWBA 1TEWA 3P4ZA 4B49A 4NHSA 4YOPA 1J1XY 2FYDA 3A8ZA 1PZYA 1VEDA 4OW1A 4EMNA 3TXBA 3W6AA 1YKYX 4NGLA 4O34A 4HV2A 5HQ1A 1V7SA 4LT0A 5LXWA 1HEOA 1LZNA 1YIKA 1TCYA 4TWSA 5FCPA 1HC0A 1LMPA 1FLQA 1JPOA 1CKDA 1NF5A 2Z2EA 4XJHA 1LZTA 1JJ1A 3HBDA 2ZIJA 4HTQA 5B06A 4DD3A 1LMCA 4NSHA 5DL9A 2IHLA 5LVKA 1IP3A 1F6SA 1LPIA 4NHPA 1SQ2L 4NGVA 2A7DA 5APEA 5LVIA 4GLVA 4WLYA 1GE1A 4B4EA 1IOCA 1NBZC 1VDQA 4KXIA 1UCOA 1GEZA 1GB2A 3W6BA 2H5ZA 1IOQA 1AT6A 4ETAA 4AXTA 3J4GA 1GHLA 1ZVYB 4NFVA 1YROA 4HJYA 1GXXA 4NGIA 3TXIA 1LZBA 1VDTA 4N8ZA 4ET8A 1JISA 2DQIY 1D0KA 1TAYA 2HU1A 1IY4A 1C45A 4DD0A 6LYTA 1BB4A 3RZ4A 5LA8A 4D9ZA 4Z98A 1C46A 4QDNA 4QY9A 1GAZA 1ZMYL 5E9RA 2XJWA 1YL1X 3LYMA 4RW1A 1BWHA 5I53A 1HEMA 1DXJA 1VDSA 5LAFA 1GF3A 4DDAA 4YF2A 2BPUA 2BQBA 4LYBA 3TMVA 1DQJC 3WULA 1IP5A 5KJ9A 1HEQA 2MEGA 3LZTA 1JJ0A 4OWCA 3LYTA 3D9AC 4RLMA 3LHMA 4H93A 4CFOA 1UBZA 1I56A 1OUHA 4ET9A 5C6LA 1GB6A 4PRQA 1WQPA 1JKAA 2CJLA 1LHMA 4PPOA 1QTKA 4XJBA 5KXNA 4NSGA 3WU7A 4B4IA 207LA 1XGPC 5I4XA 4BAPA 4GCFA 1FBIX 1LJ3A 5I4YA 1G7HC 1LSPA 5KXSA 3QY4A 3N9CA 1KIQC 3QNGA 5LVJA 1YKXX 1IWUA 3OK0A 1GF9A 1LMOA 2Z18A 1GB3A 1LHIA 1CJ8A 2DKVA 1IP6A 3WU9A 2I26L 3WVXA 8LYZA 5HNCA 4RLNA 1B5VA 3T6UA 1A2YC 1IP4A 1GF0A 1GFRA 5F81A 4LYOA 1GB7A 4N9RA 2DQAA 4X3BA 5J7CA 1OUBA 4DDBA 4WM2A 1B5ZA 1F0WA 4H9HA 2MEBA 2Q0MX 3TXGA 1FLWA 1GFKA 4XJDA 3ZVQB 4BS7A 1NDMC 1CJ6A 2ZQ4A 4H9CA 154LA 1GB0A 1LZSA 4CHXA 3A93A 1LSBA 5I5QA 133LA 1AZFA 4HP0A 135LA 1IWYA 1RCMA 1P2CC 3AZ7A 1XEJA 1JUGA 1B7OA 1GE4A 1O23A 1YAOA 4H94A 4GCEA 3LZ2A 4C3WA 2CDSA 4TTDA 1LZ5A 1BQLY 3T36A 3TXHA 1LHHA 2ZNWY 4YM8A 1QSAA 2MEAA 4MSTA 1C7PA 2W1XA 4U3XB 2F30A 3CT0A 1D0LA 1ZV5L 2X0AA 1HF4A 4NSJA 9LYZA 1DI5A 3HBEX 2MEFA 4IASA 4NG1A 1UA6Y 2HEDA 3FI7A 1CJ7A 4N1CC 4WL7A 5KKJA 1HSWA 1BB5A 4GN4A 134LA 2A7FA 2D6BA 3A67Y 3CT1A 1LJFA 1LSNA 4GCCA 4I8SA 1WQRA 4EOFA 1FLYA 4ZEEA 4NHIA 3WW6A 1YL0X 2PC2A 3N9AA 4HPEA 4B4JA 1A4VA 5LVHA 1RI8B 3WPJA 1EQ4A 1LKSA 1GBSA 1IC5Y 1MLCE 3AJNA 1IORA 1OUCA 3A95A 3P66A 1QDTA 1B7MA 5KXZA 1QQYA 1GFEA 1OUEA 2XTHA 1GD6A 1XGTC 1JKDA 1CJ9A 1LAAA 3A3QA 5FEKA 3A96A 3EO5A 4PHIA 2YBJA 1F10A 4NWEA 4H9FA 4B1AA 5AMYA 2G4NA 5KXWA 1HNLA 4W94A 1TDYA 4GCDA 4MCKA 1CNSA 3WYHA 2BAAA 4KL7A 2D91A 4OOTA 5KXPA 2HUBA 2ZQ3A 3LYZA 4M6DA 5L3HA 1HEWA 1FKQA 4RDSA 3TMUA 1LZ6A 2HECA 1LJEA 5FSTA 5HLLA 4QGZA 4TSCA 1G7IC 4XJFA 3IJUA 1LSAA 4LT3A 3ZVQA 2H9KA 3LYOA 1IWXA 2YBHA 1CKFA 1LZCA 2Z38A 4DD1A 4N0JA 1XGUC 5L3IA 1W08A 2W1MA 4QEQA 4I0CA 4ZFPA 1LZ9A 2BQNA 5APFA 1HHLA 5LIOA 5KXYA 1LSEA 2BQCA 2HEBA 1GF6A 4HPIA 2WARA 1FN5A 5B1FA 1BVXA 2MEEA 3A90A 2YVBA 3A34A 2MEHA 1F6RA 4GN3A 1HMLA 1JITA 2YDGA 1LOZA 1GB5A 2HU3A 2F4GA 2G4QA 4G4BA 5LINA 1OP9B 4GCBA 1IP2A 1BVKC 1C43A 5DN5A 4WM4A 5FELA 5IELA 4G9SA 1JSFA 208LA 3F6ZA 3A6BY 3E3DA 2YBMA 2BQOA 5F16A 5HMVA 1B0DA 1XSFA 4HTKA 1GFAA 1AM7A 4WO6A 1JEFA 3AW6A 3WPLA 1UC0A 5FHWA 1I20A 4YENA 3WUNA 4YEOA 1LZEA 3G3BB 2N5ZA 5T3FA 4BADA 4KPMA 1CKCA 3AGGG 3GXRA 2D4JA 2ZNXY 1D6QA 4DD2A 3AYQA 1WTMA 5F9UA 1KIRC 5KKIA 1HSXA 4M4OA 5KXLA 5FDJA 1G7JC 2MEIA 1VFBC 1WQQA 1LYSA 4J1AA 4NGZA 193LA 4UWNA 1IWWA 4NEBA 1LJNA 4CGEA 1UIBA 3G3AB 3B6LA 5I4WA 2AUBA 3WH1A 3WPKA 1B7SA 2EQLA 3W6DA 4WO9A 1LHLA 3K3TA 3TXFA 4H9EA 2DQCY 4YEMA 4H9AA 5LYZA 1JKBA 1LSCA 2YBNA 1REMA 1UACY 2RSCA 1BB7A 1GFVA 2Z19A 5EBHA 1QDRA 1GFTA 3W6EA 1BGIA 2YBIA 4AGAA 1VATA 2I6ZA 4IJ4A 5K7OA 1QTEA 1WVUA 3P64A 4OWEA 4DWXA 2BQDA 1GFGA 3AB6A 1D6PA 5I54A 2EPEA 1LZ8A 1B7LA 1OUAA 4TSBA 5KXMA 4Z3MA 1LCNA 3WXUA 1J1OY 1GXV2 1DI3A 2ZIKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CB7A 4TX7A 1RFPA 1LYZA 3A91A 149LA 4XADA 4PJ2C 7LYZA 1QTCA 3TXKA 1ZYTA 4II8A 2LZMA 132LA 1CV0A 3MGWA 4MR1A 3TMWA 4PK0A 4ML7A 153LA 1LSMA 1PQOA 3WL2A 3HT6A 2B72A 1LSDA 3TXJA 4HSFA 1L91A 1T8AA 1GEVA 4NGYA 5I14A 1IP7A 3EMLA 1LYJA 2QB0B 4R0FA 2YBLA 4W96A 1GB9A 1REXA 3AGIA 3OJPA 1LKRA 3DN6A 1GF4A 1IX0A 5APCA 1GF5A 4I7RA 1INUA 1LSGA 1T3PA 3L64A 4LDOA 4HJZA 3HBHA 1P2LA 2BQFA 3VW7A 5LVGA 1UICA 3WMKA 2B70A 1B7RA 115LA 4WG1A 1ALCA 3SN6R 1L93A 4RW2A 2Y8PA 1ZVHL 235LA 3B0OA 1B7NA 215LA 3NY8A 1LZDA 1JQUA 252LA 2EKSC 5HMJA 4DD9A 1OV5A 4WM6A 5B05A 1VDPA 4NGOA 1NBYC 3AZ5A 1L83A 3V2YA 2LYMA 3OE9A 2ZYCA 1QSWA 4IATA 5C6IA 1HMKA 1JWRA 1XEPA 1HERA 1XEKA 2G4PA 1MELL 4ZIXA 4ARMA 3HU9A 2OE9X 2F4AA 1I1ZA 123LA 1OVKA 5E4PA 4CFPA 5F9XA 1PQMA 4NGJA 2ANXA 2XBSA 4AQNA 4H91A 1L69A 1LWGA 1L35A 1XGQC 1D2YA 1FDLY 2EIZC 3B72A 4WLTA 4YX7C 1QSQA 3CDOA 1SWYA 1LZAA 1AKIA 3AW7A 3N9EA 1G0KA 5DLAA 1UIGA 1REYA 5LA5A 1CV1A 3HT9A 5II3A 1CKHA 3NYAA 107LA 1LYYA 1JSEA 3FE0A 3HWLA 4H1PA 4LFXA 1CX6A 2B5ZA 1IVMA 5A3EA 1N4FA 1IP1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2GV0 A;  5L9J A;  2ZWB A;  4LT2 A;  4ETE A;  1NDG C;  4WM1 A;  3CB7 A;  4LT1 A;  4CJ2 A;  2BQA A;  4Z41 A;  3ULR A;  3EMS A;  2FBD A;  1GFH A;  1HFY A;  1DKK A;  3KAM A;  1C08 C;  4TX7 A;  1V7T A;  2ZIL A;  5C6J A;  1LZ1 A;  1RFP A;  1LYZ A;  1OUF A;  4GN5 C;  3A91 A;  1GDX A;  4DDC A;  3ATO A;  4ETD A;  4FDY A;  4NGK A;  4XAD A;  5A3Z A;  1GE3 A;  4DD7 A;  5B59 A;  1GF7 A;  4PJ2 C;  3WVY A;  4Z46 A;  4OWA A;  7LYZ A;  3VWO A;  1NHE A;  1B9O A;  3AZ6 A;  1OQM A;  2BQG A;  3RT5 X;  1BWI A;  3TXK A;  1LJG A;  1HEL A;  4II8 A;  2BQJ A;  4J1B A;  132L A;  5LYM A;  3W6C A;  2NWD X;  5KY1 A;  3CT5 A;  3MGW A;  1B5Y A;  2D4I A;  1GPQ C;  4MR1 A;  1YAP A;  1H87 A;  2BQM A;  4G4H A;  1GBO A;  4HJV A;  3TMW A;  4XYY A;  4NWH A;  1GBX A;  3P65 A;  1XFP L;  4NGW A;  3W3E A;  4DT3 A;  1GFJ A;  1LMN A;  4ML7 A;  153L A;  1LSM A;  2DQE Y;  1GE0 A;  3WL2 A;  2IFF Y;  1LJJ A;  3A94 A;  1LSD A;  4NG8 A;  3TXJ A;  4HSF A;  1YIL A;  1FKV A;  4PGJ B;  4G49 A;  3ZEK A;  1LMQ A;  1GEV A;  3QE8 A;  4NGY A;  2LYZ A; 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 2MEE A;  3A90 A;  2YVB A;  3A34 A;  2MEH A;  1F6R A;  4GN3 A;  1HML A;  1JIT A;  2YDG A;  1LOZ A;  1GB5 A;  2HU3 A;  2F4G A;  2G4Q A;  4G4B A;  5LIN A;  1OP9 B;  4GCB A;  1IP2 A;  1BVK C;  1C43 A;  5DN5 A;  4WM4 A;  5FEL A;  5IEL A;  4G9S A;  1JSF A;  208L A;  3F6Z A;  3A6B Y;  3E3D A;  2YBM A;  2BQO A;  5F16 A;  5HMV A;  1B0D A;  1XSF A;  4HTK A;  1GFA A;  1AM7 A;  4WO6 A;  1JEF A;  3AW6 A;  3WPL A;  1UC0 A;  5FHW A;  1I20 A;  4YEN A;  3WUN A;  4YEO A;  1LZE A;  3G3B B;  2N5Z A;  5T3F A;  4BAD A;  4KPM A;  1CKC A;  3AGG G;  3GXR A;  2D4J A;  2ZNX Y;  1D6Q A;  4DD2 A;  3AYQ A;  1WTM A;  5F9U A;  1KIR C;  5KKI A;  1HSX A;  4M4O A;  5KXL A;  5FDJ A;  1G7J C;  2MEI A;  1VFB C;  1WQQ A;  1LYS A;  4J1A A;  4NGZ A;  193L A;  4UWN A;  1IWW A;  4NEB A;  1LJN A;  4CGE A;  1UIB A;  3G3A B;  3B6L A;  5I4W A;  2AUB A;  3WH1 A;  3WPK A;  1B7S A;  2EQL A;  3W6D A;  4WO9 A;  1LHL A;  3K3T A;  3TXF A;  4H9E A;  2DQC Y;  4YEM A;  4H9A A;  5LYZ A;  1JKB A;  1LSC A;  2YBN A;  1REM A;  1UAC Y;  2RSC A;  1BB7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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