4YCOA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnaphe
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
315
structure length
311
Chain Sequence
SMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPSGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 120
structure length 311
sequence length 315
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycoA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycoA01
3HG3A 3LV5A 4UTJA 4O15A 4H6KA 4FX7A 3W1XA 4DPPA 1PCKA 4AHQA 1TTPA 3DU0A 1I2NA 1ADOA 2YXGA 4IWWA 1KM4A 2B4GA 3B06A 1R2RA 1LTDA 2Y7DA 4GJ1A 4M6PA 1ONRA 3T40A 4OV9A 2YFOA 3OBKA 2E09A 4FNSA 2XN0A 4K7VA 1VPXA 4HNTA 5C5YA 3TE9A 3HPZA 3LTSA 3QH2A 4Z1CA 1J4EA 4CNNA 3SFKA 3NQDA 2ZA2A 2DJXA 5TQLA 1UCWA 4YXGA 1KBIA 4E2DA 1J2WA 4ML9A 3H53A 2RH9A 3BW4A 1GVFA 1I2QA 3NL6A 3DFTA 1LM1A 2C6QA 1R30A 2JGYA 1RQEA 3MI6A 3FYOA 3GVGA 3QW4B 4JTUA 3CEPA 3LCHA 1FCVA 1DQWA 1YTDA 1FY6A 2NWRA 5D2YA 3CC1A 4O57A 1S5VA 4PTNA 2Q3OA 2LLEA 2YZRA 1VS1A 3TCEA 2ZZ2A 2QUVA 5D02A 3TSMA 1LDCA 3MHUA 1OJXA 5G4WA 1FQ0A 2C3ZA 4NX5A 4JYFA 1KW1A 3C0JA 3NYZA 4DO6A 3H55A 1XL9A 3GLCA 3W7RA 1JJKA 1H7XA 3G8EA 4EWND 5LGXA 3P8IA 3TJLA 3Q2DA 4XTIA 3EX6A 2QAPA 2V5BA 2C15A 3UNDA 5EKYA 3G24A 5I3GA 4MPQA 4QJ1A 4YCPA 1KTCA 4I7WA 4Q33A 3LRKA 3TAOA 2NUXA 3QYQA 3FKRA 5TBOA 6ALDA 4BK9A 1MO0A 5G5IA 5D09A 2ZRUA 4O1BA 4RXGA 4IXXA 4I7UA 4G1KA 3SIZA 1F76A 2VEMA 3L5MA 2CZ5A 2H90A 2JK2A 2Q3RA 3NXFA 2NV2A 4NXKA 4O4VA 1OX4A 1EEPA 1ME9A 5LGZA 3PF3A 2NZLA 4JY8A 2J27A 2ALDA 2VFDA 1AL8A 3UWWA 3WJZA 1G4TA 2B7PA 4DO4A 1GVRA 4NUWA 1TMHA 2C0AA 1FDZA 5MHBA 1OYAA 1TSIA 3B03A 4PA8A 2NX3A 3TQVA 4YWIA 3NR0A 4O54A 3MP5A 5FI8A 1W8SA 5HNRA 4HNUA 4JGDA 3BG3A 3EB2A 3QZEA 4JXCA 3UPWA 3LLDA 4O1AA 2EHHA 3DHFA 1H5YA 3SI9A 1TPWA 1WYIA 5DELA 3WJXA 4O10A 3HQ1A 4GFSA 4IMFA 4GC4A 1SPQA 1LORA 1PL9A 5HWNA 3LCGA 1H62A 2WO5A 1UB3A 3PBUA 4WY0B 3DFQA 3OVQA 4E38A 3EXSA 3BLFA 3M0ZA 4AHOA 3H54A 3UYCA 2NUWA 4JTKA 3TXZA 3GNNA 2E5BA 3LI1A 3W1UA 3INPA 1WBJA 1GOXA 1OFDA 4WOQA 3G1DA 2WSQA 3PY2A 1Q45A 3KHJA 1GTEA 4CCDA 1OABA 2BZNA 1HUVA 3PSVA 1U5JA 3T55A 4JEQA 4E2BA 1SSDA 4FNRA 3W85A 4AWUA 2RDUA 3DH7A 3FA5A 5K9CA 1IXPA 1H1ZA 2QAFA 3DFSA 4RV8A 1A50A 4OHQA 5C6MA 3W22A 4KWWA 2QCFA 1B57A 4NXSA 1LROA 4ZQMA 3AJXA 3W1MA 4GWEA 1THFD 4TR9A 4O18A 3WFAA 3R89A 1YXCA 1S3HA 4NQ1A 3IRDA 4R7JA 4ALDA 1ICQA 4UMCA 5D05A 2GVLA 3V1PA 2FB2A 3I7RA 3G1AA 3NEVA 3ABSA 1KM0A 4LRTA 2EAWA 5LHFA 4QISA 4YLWA 3RF9A 3GR8A 2NXGA 3P60A 3PBWA 3ZWTA 1QPQA 4UIOA 4K38A 1OVDA 1TTJA 1W54A 4ZQRA 4I7VA 1XCFA 2OMAA 4RX0A 1VLIA 4B5NA 4N2YA 4BF9A 2Y6ZA 3GAKA 3LCLA 4JN6A 1VHNA 3EX1A 1O5XA 5G2WA 1T96A 1OX5A 4PODA 3O6CA 4TU1A 4UMAA 3FJ6A 1FXQA 4IPIA 1FWSA 1WA3A 3MP4A 3WJSA 5EMUA 3W1QA 3EWYA 1MSSA 4HPXA 2CZFA 1K7FA 6TIMA 5C54A 3NL5A 2ZYFA 4MYXA 3RMJA 2QCNA 3M41A 5CGQA 1YTKA 1JUKA 4LUIA 4R53A 4RXFA 1F7BA 4FX6M 1G4SA 5F2GA 5EA9A 2P0OA 1KBJA 4XKYB 1GVOA 4OV4A 4JX5A 3SECA 1VZWA 1GPWA 4CCCA 2A4AA 2V8ZA 4FEZA 1HG3A 1L6SA 1TPUA 3B0UX 5D30A 4FNQA 3GDKA 3M5VA 3P5ZA 2FFCA 3NPVA 4PEKA 3B4UA 4Q32A 4LC8A 4MZ1A 4E0CA 3CQ0A 4N9BA 2ISVA 3BO9A 3G0XA 2NXHA 4MKNA 3TR2A 3PWAA 3JRKA 3T78A 2WSRA 2CLIA 1X8FA 1EIXA 2PRHA 4A21A 3W88A 2I9EA 3BGJA 4UMBA 3GDMA 2EPHA 4QIUA 2Y89A 4IMGA 3OVPA 1ZENA 1L9WA 5AHIA 1F6PA 3LBCA 2E6DA 3KVKA 1PHWA 2GOUA 2X2GA 5I3KA 2YGYA 4M6VA 4M5PA 1B4EA 1X1OA 1EWEA 4ADUA 4K36A 5IBXC 3HG2A 1GJPA 1G4PA 1W0MA 3V75A 1ZAJA 3C2EA 4IJBA 4M6QA 5G2HA 1TYGA 2YYTA 3M16A 3RNDA 5DXXA 3R8RA 1LBFA 3N19B 4A2RA 5I3FA 2VC6A 3G3DA 3W2MA 2ZZ1A 3BARA 1NVMA 3STCA 5FEXA 2JKPA 1MZHA 1GYLA 3LHTA 1FWWA 1UASA 1ME7A 1R2TA 3C3NA 3GDRA 4UNKA 1FCBA 1DORA 1H7PA 1GTHA 2BLEA 3G8RA 1LYXA 3P82A 1UJPA 2X1TA 3C52A 2FIQA 3W3OA 2OZ0A 3GDTA 3NQEA 1G7UA 1KM6A 5TIMA 3ABOA 3QMRA 3S8HA 4MY9A 2V82A 4EVZA 5KSWA 2UV8G 1HO4A 4O0ZA 4LTSA 5U7SA 1GZGA 4FHAA 3W2KA 2EGZA 3PB2A 4MZ8A 4O50A 4FNTA 1H7WA 1B3OA 3GAYA 3P5YA 1H7RA 3NQCA 5BW6A 3C56A 4FX8A 3EWWA 4LW7A 3LM7A 2VFIA 1QPNA 4DELA 3S5OA 3W1TA 3W7LA 3IVSA 4RK8A 2FPVA 5DY3A 5F4XA 3KVLA 3CM4A 2QCHA 4AHPA 3IIZA 2CWNA 2A1YA 4NZJA 4UR8A 2DU2A 3N9RA 1FDYA 1UUMA 3P80A 3QF0A 4RZ6A 5IBXA 5AB3A 2WV8A 2Y62A 5FEZA 4PCFA 3G1YA 3SY5A 2ZRXA 3EWZA 4A29A 3MHGA 1LBLA 3LRLA 2ABAA 3B0VC 3CT7A 3F4WA 1OK6A 4Y6GA 3KRSA 3UZ5A 1A5AA 4OE7A 2OT1A 1K7XA 3M5XA 2A7PA 1HO1A 4A3UA 3W72A 1RR2A 3P67A 1JUBA 1Q6QA 4TO8A 3HBLA 2X1UA 3WK3A 2YDAA 1MXSA 2P10A 4HN4A 2RDWA 2GQ9A 1D3GA 3E9AA 3BG9A 2QUUA 1FXPA 3TIMA 2NX9A 2VKZG 3PVFA 1OFAA 3NQ8A 3U2OA 1FUYA 5I3HA 1DV7A 1KFJA 1IXNA 2QDGA 4CCEA 5F1VA 3TK7A 2EF9A 1PVNA 1FDJA 1I45A 2PC4A 3C2OA 4LV4A 1LOLA 4UC5A 3NVTA 3EWUA 3PUDA 4HNNA 4O19A 1WBHA 4POCA 5EY5A 1QWGA 1PE1A 4FIQA 1TV8A 1QNVA 3BK0A 4JTJA 3NZ1A 3PBYA 4N4PA 5AHFA 3W7OA 4FF7A 4S1FA 3W7NA 2R8WA 3QMSA 1XBYA 3PUEA 1W3NA 3I7SA 3UWVA 1XC4A 4YMZA 3SZ8A 4NNBA 2GVGA 5CKSA 1JCMP 3DKJA 1VYSX 1F73A 4IUOA 4O14A 4P2VA 1LLWA 1AL7A 4EIVA 5HQEA 3S0CA 4OT7A 3QJAA 1LRTA 3W7JA 3SR7A 3P61A 3PSWA 4ONVA 3PUOA 4OWGA 4U4MA 1LLZA 2ZRVA 3HGSA 4OU1A 1V7YA 2VFHA 4MJMA 2WOQA 2HSAA 3MBFA 3LXAA 4M7SA 2TPSA 3A5VA 4OBTA 4AB4A 3C6CA 3MHFA 3TUUA 5AOUA 3F4NA 5D37A 3O06A 3AO0A 4JTGA 1K8YA 1KM1A 1GVSA 3TQ0A 5HWMA 1EP3A 2QCDB 2AQWA 1JVNA 2FPYA 1G7VA 3GDLA 3W1LA 5K3VA 1OFPA 5K9XA 1H1YA 3HGOA 4L4MA 1CI1A 2YW4A 3W76A 4AF0B 3OA3A 4IOTA 1ZJIA 2V2DA 3FIGA 5DCDA 3QSTA 4Y9AA 4N02A 3MWAA 2WJZA 3L9CA 3W75A 3RU6A 5C55A 4O28A 1Q6OA 4BI6A 1VJIA 4XTDA 1AK5A 3FEMA 2QR6A 2VENA 4JYEA 4UR7A 2E6FA 2PURA 1O60A 1XBXA 2A5HA 4KFPA 1VCVA 4ADTA 1SZGA 5AYYA 1FX6A 4DO5A 1JRCA 3DBPA 3JR2A 3E96A 5AFDA 1T99A 3W9ZA 5LNSA 2A6NA 4X2RA 3T7VA 3NDOA 2A7RA 1JR1A 3W23A 4HSNA 1XDMA 2FLIA 1P4CA 3B04A 3STFA 1ZCOA 3CU2A 3S1WA 3W86A 3HMJG 3NNTA 5I3IA 1Z44A 3IIVA 3N2MA 3GYEA 5E93A 1LOQA 3W1PA 1W5QA 2QF7A 3GX9A 4MUZA 4IXHA 3TW7A 4K6AA 1K7EA 1XUZA 3NO5A 4N4QA 3EX3A 3QM3A 1YADA 1DJQA 1BTMA 1XDLA 1SO5A 1YPIA 4JTFA 1M5WA 1JCLA 4CNOA 3W1RA 1BWKA 3QQ0A 4JTTA 2X16A 5D38A 2WNZA 2NXIA 2ZA3A 3WK1A 5HJLA 4XKYA 3DENA 3E49A 3N9SA 3BLIA 4LS2A 5HMSA 4TMBA 3W74A 1IGSA 4X22A 1EP2A 2QKFA 5K7JA 5EL1A 1WOBA 5C2XA 4IQLA 1I2RA 3ELFA 1GG0A 2ZRYA 1ZFJA 2QEZA 3G22A 3O6YX 4LUJA 1TV7A 3L2IA 3L0GA 2WPBA 3ZFHA 2DJLA 3OHIA 3W7MA 3E02A 3LHWA 3W2LA 5L9FA 1ICSA 5EYWA 5LNVA 4K8EA 3UQNA 1QMLA 1ZALA 5KTLA 4LS0A 1S5WA 3S5YA 1P5BA 1TPC1 3QC3A 3R13A 4UTTC 1FWNA 1U83A 3GKFA 1ZAHA 1Q6RA 3HO8A 4QAIA 4HT3A 1P1XA 1YLVA 1ZY9A 1IXQA 2CZEA 4O52A 3M44A 5H91A 4GUHA 4L4LA 2QCCA 2NV1A 4UFLA 4GUFA 4FNPA 3UY7A 4RLIA 5AHEA 4ZL1A 2AGKA 5BNKA 1ICPA 3MMTA 1F2JA 2F84A 3OIXA 5A5WA 3A21A 4NJGA 3B05A 3BW2A 4XQ6A 5A8GA 3TROA 5CPMA 1JQVA 5AHNA 4ZQPA 2Y63A 2ATSA 3TU9A 1IXOA 4JNMA 5CZSA 3KX6A 4X9SA 4WD0A 1RQBA 3LI0A 3NA8A 1SR9A 3NL2A 3W7QA 1ML1A 1Z41A 3IIXA 3BGGA 2ZRWA 2FDSA 3E0IA 2KZHA 4N6FA 3W7GA 1VGAA 3HB9A 2X1RA 2ZDRA 3TJXA 3PS7A 2ISSA 4LVAA 3ZR4A 1EPXA 3PULA 3A22A 3HG4A 1SQ7A 3M6YA 2C16A 3W2UA 1VQTA 2BXVA 1OFOA 3UWQA 1KFEA 1Y0EA 2YYUA 1SO4A 4HHPA 3QW3A 1L2UA 1KA9F 3B0PA 2NWSA 1RPXA 2P1FA 2CW6A 4LRSA 2DZPA 3N73A 1C29A 4JTSA 4PL1A 3SGZA 5FF4A 1P0KA 1TTQA 2JKAA 3STGA 5F1UA 4JTIA 1AW2A 3DHDA 4LS1A 5CZTA 3THQA 2C1HA 2E6AA 1QR7A 4UTTA 1P0NA 1H7NA 5D33A 1YXDA 2BWGA 5U4NA 2W6RA 5F2IA 1XKYA 3TDFA 1W3IA 4DQWA 1DL3A 2YFNA 3C2VA 4LVFA 5FF3A 1JULA 1OG0A 1A5BA 4UNLA 1KM2A 3UZJA 4CQ8A 3O63A 3W2NA 5CG7A 4WQ6A 2NX1A 1EX5A 3FFSA 2FTPA 2V81A 4MZYA 3VFLA 4TX9A 5CPNA 1OX4B 4AVFA 4CNPA 1BKSA 4JICA 2V2CA 3UWUA 2WNNA 1DVJA 2A85A 5DCBA 3I65A 3QEZA 1F05A 2J9YA 2G5WA 3TFXA 1CX9A 3EXTA 2Y88A 3HGRA 4JDYA 1K3UA 2CLHA 3TSBA 4WJEA 1OFRA 1KV5A 3PB0A 5K4ZA 2ATMA 3L68A 1SZNA 3ZWSA 3LRMA 4EF9A 5KINA 4LVDA 3KFTA 4O13A 4O17A 3L66A 5F2MA 1QFEA 3K30A 5G2IA 5DN1A 4UFJA 4K8HA 2PCQA 4IX0A 3IIOA 3NAVA 5DBTA 3W7HA 5EBUA 5KMYA 5CZ0A 3LB0A 3CEUA 4NJKA 1KFCA 3P62A 3VI2A 3L65A 4NJJA 1H61A 4EF8A 3L0NA 4Z1DA 2GJNA 3G0UA 5FF7A 2OT0A 3A23A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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