4YM8A

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of hen egg-white lysozyme
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ym8A00
4DWXA 3AJNA 4H9FA 1ZVHL 1XEJA 3ATNA 3EBAB 3N9EA 4ANRA 1OUBA 4HJVA 4B0DA 3B0IA 2DQGY 2BLYA 4KT3A 4PGJB 1IWUA 4NGVA 3IJUA 3WU7A 5KXMA 1GWDA 5KJ9A 1B7SA 1F6RA 1VDTA 4MSTA 4NIJA 1INUA 4LYOA 4AGAA 3W6DA 1JEFA 4YM8A 5T3FA 1QDRA 1VDPA 4HPIA 3WL2A 3RW8A 2B5ZA 3AGGG 2IFFY 4EOFA 4RDSA 1B5UA 5DN5A 3LYTA 3W6FA 3AW7A 1QTEA 1HSXA 2VB1A 3A67Y 4G49A 4PPOA 4DC4A 3WPJA 1B7NA 4DD7A 2BAAA 1IY4A 1B5YA 1YILA 4ET9A 2N5ZA 5HNCA 4XJGA 1GF4A 4GN5C 5B1GA 3LZTA 1JSEA 1QSAA 3AYQA 3T36A 1NWGA 5DLAA 2H9KA 3D3DA 3WW5A 2YDGA 1IIZA 4UWNA 5KKIA 1IR8A 4HJYA 1FLYA 1UUZC 2DKVA 5B05A 1YKYX 2BQAA 4WO6A 2DQAA 4G4CA 1YKXX 1LSMA 1G7IC 1GE4A 1JJ0A 5APCA 3TXGA 2HUBA 4NHQA 5LXWA 1BB7A 1ZVYB 4YENA 4YF2A 1G7HC 1RE2A 1B5WA 4NWEA 1C7PA 1LZ5A 4WLTA 3TXEA 4YEOA 5ILFA 3E3DA 4IJ4A 5IHGA 2Z2EA 4LZTA 1HELA 1B0DA 2BQJA 1YROA 5KXNA 3WULA 1GFEA 1JHLA 1LJKA 1T6VL 4HV2A 4WM1A 1J1OY 3HBDA 2WARA 4XYYA 4MCKA 1BQLY 1OUAA 2DQFC 5KXTA 2DQJY 1GE0A 3QY4A 1VDQA 2C8PA 5KXWA 4DT3A 1REXA 1LMCA 3K3TA 1YKZX 1OUCA 4HSFA 4HV1A 2BPUA 5HMJA 5KXXA 1BB3A 1GHLA 4TSBA 2BQLA 4Z98A 1KXYA 4WM4A 2BQEA 4N8ZA 1HSWA 5EBHA 1LZRA 1B7MA 1GB0A 1SQ2L 2ZNWY 5A3ZA 2Z37A 4LT3A 207LA 1B5VA 2BQFA 3N9CA 1LJNA 4WL7A 4E3UA 5F14A 1YAPA 3A6BY 3P4ZA 1OUHA 1GFGA 3A91A 2CGIA 3A3QA 1VDSA 5D5CA 4Z41A 2BQMA 4ZIXA 4KXIA 1BVXA 1NF5A 1GBZA 4GLAA 1B7PA 4UWVA 1I20A 3A8ZA 1Z55A 5LA8A 3RU5A 4R0FA 1JTTL 1REYA 4HTNA 3TMUA 1IP4A 1F0WA 5KXYA 1LSGA 3WXTA 5KY1A 1AM7A 2F4AA 1YAQA 3FI7A 5F9UA 4G4HA 2I26L 2HECA 1XGTC 1BGIA 1GFJA 2NWDX 4HTQA 4KL7A 4X3BA 4LT0A 5D5FA 1FKVA 1LZ1A 2BQNA 2XTHA 1GBSA 2YBMA 4N1EI 8LYZA 5LINA 2LYMA 4H1PA 5B07A 1GDXA 1C45A 1F10A 4HP0A 4WLDA 1BHZA 4BADA 5HQ1A 2F4GA 4H8YA 1IP2A 4PJ2C 1UICA 5LVKA 1QIOA 1G7LC 1UC0A 3HBEX 2CWIA 1XEKA 4I0CA 1GFRA 2I6ZA 3W6BA 1HEQA 1W6ZA 3A34A 1B5XA 1GF3A 4LFXA 5FDJA 3WUMA 4C3WA 1GFVA 4ZEEA 2MEFA 4R6CA 4TSCA 4YEMA 2Z39A 1D6PA 1JITA 1HEPA 1LHIA 5LVIA 1KXXA 1HNLA 2HU3A 194LA 2D6BA 3HFMY 4NWHA 1IX0A 1AKIA 4ZFPA 2XJWA 3TXFA 1IP5A 4H9CA 3RT5X 4OOTA 2DQIY 1LPIA 5LAGA 1G7MC 4H9HA 1GE2A 1H6MA 4M6DA 4GCDA 1UIEA 3GXKA 2D91A 1IEEA 4WLYA 3G3AB 4CHXA 5L9JA 1UCOA 1HMLA 4OWCA 2HEFA 4H9BA 1ZMYL 4NGZA 3T6UA 1JKAA 1IC7Y 1LSCA 1GBXA 1YAOA 2A7DA 2MECA 2H9JA 3B6LA 1EQEA 2DQDY 1RI8B 1IO5A 1XGPC 1UIFA 1YL1X 1DZBX 2ZWBA 1CKGA 1HEMA 4HJZA 4EMNA 1WTNA 4OWEA 2G4PA 1LMOA 2RSCA 1IC4Y 1HMKA 4H9EA 4IATA 2BQGA 1BWJA 1FDLY 4NSIA 4WM2A 4B49A 1HEOA 5II3A 1DI5A 1IORA 1YL0X 4DDBA 3F6ZA 4WG7A 1VEDA 4GLVA 1CJ6A 1XGUC 3CT1A 154LA 4J0LA 1AZFA 1TCYA 2BQCA 5KXRA 5E4PA 3ATOA 1LZAA 2ZIJA 5DL9A 6LYTA 1LZDA 1LJIA 1GBYA 1QQYA 2X0AA 4LYTA 1HFYA 1QDTA 3LYMA 1B2KA 4N9RA 1OUGA 4OW1A 1LJGA 1LZTA 1NDMC 1XFPL 4NHPA 3WU8A 3BKHA 4B1AA 2DQHY 3MGWA 4H9AA 3IWRA 4IASA 1LMQA 1GFAA 4GN3A 4OOOA 1FLUA 3A90A 1VFBC 4WM5A 5A3EA 4QY9A 1GB2A 3WXUA 2HEDA 1LSNA 3CSRA 1YQVY 4NHIA 1CJ7A 1LSBA 2BQKA 4O34A 3EO5A 2ZQ4A 3EXDA 1TDYA 1HFXA 4GCBA 1DPXA 4HPEA 1J1PY 4LYBA 1DPWA 4H92A 4II8A 5KKJA 3WUAA 4DD3A 1GAZA 4G9SA 1IP3A 2EIZC 5KXSA 3HBHA 3LYZA 1BWIA 4DD1A 4TX7A 4FJRA 3G3BB 4BS7A 1CKCA 2Z12A 1LMPA 3ULRA 2W1LA 3TXIA 5HLLA 1D0MA 1GAYA 1JTOL 1SLYA 1GEVA 3EMSA 1OUFA 3CSQA 4I8SA 1A2YC 1LJ3A 2Q0MX 1LCNA 3A93A 1LKRA 1IR7A 5I4YA 3WVYA 1GB6A 1GDWA 1LYYA 3AGIA 1JJ3A 4XJBA 2LYOA 2ZIKA 5KXOA 3J4GA 1LHKA 2YBLA 2MEAA 1QUSA 4FDYA 1GB7A 4D9ZA 3A94A 3QNGA 5LYZA 5C6JA 2LZ2A 1RFPA 4M4OA 1GF8A 1B7OA 3N9AA 1GFUA 5ILCA 1GB3A 3A6CY 4DDAA 4NEBA 1XGQC 4J1BA 7LYZA 3WVXA 1DI4A 1GEZA 5M1YA 2YSSC 5APDA 3B72A 2GV0A 1A4VA 1PS5A 1WVUA 1B9OA 1LJ4A 2MEEA 1XSFA 3RZ4A 1JSFA 3ZVQA 4GCCA 4UWUA 4HTKA 3TMWA 1UIGA 3P65A 5LA5A 2MEBA 1LSYA 4NG8A 4XJIA 5APEA 3WPKA 4NHSA 1IOTA 4ETDA 4ET8A 3QE8A 1LHJA 1GB5A 4W94A 2DQCY 1CKDA 1CNSA 1KIRC 2W1MA 4MR1A 5APFA 1BVKC 5B59A 4NGIA 4OWHA 5F16A 1CKHA 1GF6A 1E8LA 1GBOA 3J6KA 1IP1A 4C5FA 1GBWA 1IWTA 3W6EA 5DN4A 4QGZA 1JWRA 3OJPA 1D0LA 1B7LA 4YOPA 6LYZA 1GB8A 1WQRA 2HU1A 3BKVA 4QDNA 2BQHA 5LVJA 1LZNA 4RW2A 5I4XA 4H91A 1LZBA 1XEIA 3OK0A 3SP3A 1IVMA 4RLNA 2D4JA 1KIPC 1EQ5A 1LJFA 1CKFA 3AGHA 2W1XA 1IY3A 4WOAA 1LJJA 1JKCA 4Z46A 1MLCE 3AW6A 3VWOA 2F30A 3WUNA 1LZ9A 4XADA 1LOZA 3TMXA 4ETCA 1LSZA 4CGEA 3FE0A 208LA 2EPEA 5I5QA 1I56A 1DKJA 4PRUA 1ZV5L 5F9XA 3A92A 2XBSA 4QEQA 4NGLA 2C8OA 2D4IA 5FEKA 1C10A 2BQOA 1C43A 4P2EA 1HF4A 2Z38A 5E9RA 4H8XA 1LZ8A 5IDDA 1HERA 4WG1A 4NGYA 1WQQA 1NQIA 1WQPA 2MEGA 1LJHA 5FELA 5J7CA 1F6SA 5HMVA 3LZ2A 1LZEA 1V7SA 4N0JA 5I53A 5DM9A 3TXHA 5I54A 5LAFA 4LGKA 4NGOA 1IC5Y 133LA 135LA 9LYZA 4AXTA 1PZYA 5L3HA 1FLWA 4NHTA 3WU9A 3ZEKA 4ETEA 3CT0A 5JENB 1UIHA 4WM6A 4XN6A 4NGWA 4NSGA 1QSWA 3AZ6A 4N5RA 1LSFA 5FSTA 1NHEA 1T3PA 4PHIA 2DBTA 5F81A 1JIYA 5AMYA 1LTMA 3AZ4A 3KAMA 2FBDA 2ZYPA 1W08A 153LA 3M18B 1OP9B 1LZ6A 5FHWA 1LMAA 1LZYA 1LSPA 4OWAA 1TAYA 1BWHA 1AT6A 2LHMA 1IWZA 1P2CC 2FBBA 1O23A 3AB6A 4BAFA 132LA 5KXZA 1B7QA 4NGKA 1I1ZA 5FCPA 4LT2A 3B0OA 1UIBA 2DQEY 2G4NA 1JTPL 1GF7A 1NBZC 1B5ZA 2FYCA 2ZQ3A 3AZ5A 4WMGA 3AZ7A 5LIOA 1H87A 1FBIX 1LMTA 2PC2A 1GB9A 1GF9A 1JUGA 1RJCB 1WTMA 1XGRC 1V7TA 2ZNXY 1RCMA 2YBNA 2XBRA 2F2NA 3W6CA 5B1FA 3TXKA 2LZTA 3WYHA 1OUDA 1AT5A 1EL1A 1UIDA 3D9AC 4OWBA 2D4KA 4TUNA 4LFPA 1BB4A 1LAAA 5B06A 4B4JA 2YBHA 1GPQC 4WM3A 4NGJA 1LHMA 1LYSA 4NY5A 1QUTA 1VAUA 4W96A 1UBZA 5LVHA 2IHLA 3CT5A 3P68A 4KPMA 3WPLA 3LHMA 4DD2A 5I4WA 1OUEA 1REZA 1JPOA 2Z19A 2MEIA 3ZVQB 5IELA 1IWWA 2CJLA 3A95A 2YBJA 4H90A 1QTKA 193LA 5C6IA 5HNLA 1C08C 1LYZA 134LA 4L41A 1WQOA 3M3UA 4GCFA 1EQ4A 2BLXA 1LZ4A 4LT1A 1KIQC 3CB7A 4ETBA 3B0KA 4WL6A 3TXDA 3TXJA 3WH1A 1KXWA 1DQJC 4H94A 1LZSA 1LMNA 3W3EA 2H5ZA 1J1XY 1IWXA 4DD0A 1HHLA 1LZGA 2G4QA 2YVBA 3P66A 1GFHA 5K7OA 1LSAA 1LJEA 1DI3A 1LHHA 3RNXA 5L3IA 1N4FA 1GE3A 3P64A 3LN2A 4J1AA 4XJHA 1NBYC 4H8ZA 4N1CC 1C46A 5LYMA 2BQDA 2LYZA 4NG1A 3WMKA 5KXKA 1CJ8A 3A3RX 1MELL 4GN4A 4WO9A 1LHLA 1D0KA 4XJDA 1D6QA 1GXV2 3IJVA 1GF0A 1OUJA 2MEHA 1HC0A 2YBIA 4XJFA 1IP7A 1D9UA 1UA6Y 1WVVA 2CDSA 3WW6A 4BAPA 1OQMA 5KXLA 1IOCA 1DXJA 1JKDA 1TEWA 1IWYA 1JJ1A 3GXRA 1NMMA 1TBYA 2Z18A 1LKSA 1HFZA 1YAMA 2A7FA 2Z2FA 1LSEA 4LYMA 4G4BA 2W1YA 4TWSA 1GFKA 1NKHA 2MEDA 1GFTA 2HEBA 2ZYCA 1OUIA 4CJ2A 2HEEA 1WQMA 1JKBA 3TMVA 4CFPA 1YIKA 1UIAA 4J7VA 5KXPA 4A7DA 1DKKA 1FLQA 4H93A 4B4IA 5LYTA 3TXBA 4DYGA 1IOQA 4Z3MA 2HTXA 1HEWA 2EKSC 5C6LA 2BQBA 1UACY 2HEAA 1BB6A 4CFOA 2EQLA 3W6AA 1GF5A 1LZCA 1ALCA 1CJ9A 4DD9A 1G7JC 4ML7A 1BB5A 1NDGC 4PRQA 4TTDA 4NFVA 1FN5A 3CQLA 1GD6A 4NSHA 4ETAA 2AUBA 3LYOA 1IP6A 1GXXA 1B7RA 1REMA 4U3XB 2FYDA 3A96A 3CSZA 4RW1A 4H9IA 1IR9A 1IWVA 5LVGA 2BQIA 4B4EA 1LSDA 2ZILA 2I25L 1IOSA 4NSJA 1GE1A 1JISA 1HENA 4LYCA 1LYOA 1WQNA 4RLMA 4DDCA 2Y8PA 4WLXA 1FKQA 4XENA 1VATA 4LYZA 4GCEA 1YANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ATNA 1C6IA 3N9EA 1OUBA 3B0IA 2DQGY 4PGJB 4NGVA 1L63A 1B7SA 1VDTA 1L25A 3F8VA 1INUA 2B6TA 3DMVA 144LA 1CV1A 1L02A 4HPIA 3RW8A 2B5ZA 3AGGG 2IFFY 3W6FA 1L12A 1L31A 2VB1A 4DD7A 2BAAA 1IY4A 1L05A 4ET9A 5HNCA 4XJGA 3LZTA 1QT6A 5DLAA 3WW5A 196LA 2RBSA 4HJYA 1FLYA 1KW5A 5B05A 1YKYX 1L96A 4ARMA 1LSMA 168LA 2HUBA 4NHQA 5LXWA 1L93A 1L45A 3FADA 4NWEA 1NHBA 1L14A 3C7WA 2Z2EA 114LA 3WULA 1T6VL 250LA 4WM1A 4I7MA 2DQFC 5KXTA 1GE0A 3QY4A 2C8PA 4EKPA 4DT3A 7LZMA 243LA 1LMCA 4HV1A 1OUCA 1DYDA 1GHLA 2BQLA 4Z98A 1KXYA 1L52A 5EBHA 2B7XA 1B7MA 1GB0A 1SQ2L 3N9CA 1D3FA 181LA 3A6BY 3P4ZA 2CGIA 3A3QA 5D5CA 4Z41A 1BVXA 3RU5A 1JTTL 1REYA 1F0WA 1PQMA 1LLHA 151LA 2I26L 4HTQA 1XGTC 4KL7A 5LINA 2BQNA 1GBSA 4N1EI 5B07A 5HQ1A 1F10A 4HP0A 1G7LC 2CWIA 1XEKA 1GFRA 3W6BA 1HEQA 1W6ZA 3A34A 3WUMA 4ZEEA 4TSCA 2Z39A 1LYEA 1HEPA 5LVIA 3FA0A 194LA 4AQNA 182LA 4H9CA 115LA 1UIEA 4WLYA 1OVHA 3G3AB 3HDFA 2HEFA 3T6UA 1IC7Y 1EQEA 4HJZA 1HEMA 4OWEA 231LA 1C62A 1HMKA 1FDLY 1P64A 3C80A 3HT8A 1IORA 1C6JA 1YL0X 1L35A 3F6ZA 1VEDA 1G0MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DWX A;  3AJN A;  4H9F A;  1ZVH L;  1XEJ A;  3ATN A;  3EBA B;  3N9E A;  4ANR A;  1OUB A;  4HJV A;  4B0D A;  3B0I A;  2DQG Y;  2BLY A;  4KT3 A;  4PGJ B;  1IWU A;  4NGV A;  3IJU A;  3WU7 A;  5KXM A;  1GWD A;  5KJ9 A;  1B7S A;  1F6R A;  1VDT A;  4MST A;  4NIJ A;  1INU A;  4LYO A;  4AGA A;  3W6D A;  1JEF A;  4YM8 A;  5T3F A;  1QDR A;  1VDP A;  4HPI A;  3WL2 A;  3RW8 A;  2B5Z A;  3AGG G;  2IFF Y;  4EOF A;  4RDS A;  1B5U A;  5DN5 A;  3LYT A;  3W6F A;  3AW7 A;  1QTE A;  1HSX A;  2VB1 A;  3A67 Y;  4G49 A;  4PPO A;  4DC4 A;  3WPJ A;  1B7N A;  4DD7 A;  2BAA A;  1IY4 A;  1B5Y A;  1YIL A;  4ET9 A;  2N5Z A;  5HNC A;  4XJG A;  1GF4 A;  4GN5 C;  5B1G A;  3LZT A;  1JSE A;  1QSA A;  3AYQ A;  3T36 A;  1NWG A;  5DLA A;  2H9K A;  3D3D A;  3WW5 A;  2YDG A;  1IIZ A;  4UWN A;  5KKI A;  1IR8 A;  4HJY A;  1FLY A;  1UUZ C;  2DKV A;  5B05 A;  1YKY X;  2BQA A;  4WO6 A;  2DQA A;  4G4C A;  1YKX X;  1LSM A;  1G7I C;  1GE4 A;  1JJ0 A;  5APC A;  3TXG A;  2HUB A;  4NHQ A;  5LXW A;  1BB7 A;  1ZVY B;  4YEN A;  4YF2 A;  1G7H C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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