4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
4GKYA 1FATA 1C4RA 5JVVA 1GV9A 2D3SA 1FV3A 4CPMA 2YV8A 3AJYA 4B7JA 3TI5A 1GICA 3MPPG 1FYUA 2ZHMA 1JOJA 3NV1A 1AF9A 1Q8SA 1SLIA 2F27A 1EUUA 3HMYA 3M1HA 3GALA 1UL9A 2D44A 5JLVA 5DZFA 3WCSA 3B01A 2UURA 4GXLA 5CBLA 4Y1VA 2F10A 4WEFA 3ZXFA 1LOBA 1ENQA 3LSDA 1LTEA 1WD4A 1LHOA 1ZA4A 1Z4WA 4FP3A 4Y24A 1QNWA 4Y1XA 2VY0A 2D6KA 2WSVA 4Y20B 1RITA 4LBLA 5DXDA 4U2AA 2D6PA 4ITCA 4B7QA 4H52A 1DBNA 2W39A 4LBKA 4MWUA 1JHNA 1NCBN 2HT5A 3IN9A 1AVBA 3IPVA 4XTPA 4YZ4A 1NLSA 2NP0A 1CR7A 4HZVA 1WW6A 4M4VA 3VV1A 1NN2A 2R16A 3WVJA 3UL2A 2ZKNA 1N3PA 2GDFA 1WW7A 4K21A 5CAZA 2QWDA 3TIBA 1F5FA 1OKQA 1B9VA 5B2DA 2ZACA 3PJQA 1IOAA 3IMNA 4GALA 1SLAA 3VKFC 1JYIA 4UW4A 3AXDA 4XJWA 1JYCA 4K1IA 5H9RA 1VAVA 1B09A 1SLLA 1DQ5A 2AREA 1S0DA 1UKGA 1F31A 4HZYA 1LOGA 2SLIA 3PMEA 3SILA 3OGGA 2CMLA 5DUWA 3KQRA 2WT2A 3AZXA 3U4XA 1AXKA 2DTYA 1WUVA 4TZDA 4LBOA 4HZWA 3WUCA 1DLLA 2D3PA 3RQ0A 2HTUA 1NNBA 4P9WA 1F8EA 1LGNA 2JECA 3VKNA 1Z4VA 4YGDA 4BM8A 5DZGA 3MW4A 4M3CB 1FNZA 2YA5A 2BF6A 1WBLA 4Z8BA 1NMBN 4BMBA 1F8DA 5GZFA 3M2MA 1QU0A 3TI6A 4BLJA 2ZBJA 4KS5A 3ZYRA 2VSMA 5GLWA 5KXBA 4YG0A 3N7KA 3TB0A 1JW6A 1W1XA 5HCBA 1W6QA 3M3EA 2P34A 1MS4A 4GZSA 2XZIA 2DYCA 1GLHA 1MS1A 3WDUA 1L7GA 3ILFA 1J1TA 4P14A 5JOWA 1W6NA 4GKXA 2DUOA 3WDXA 1MS9A 4YG3A 2GNBA 1BYHA 2NN8A 1QDOA 1Q8OA 2EXHA 4XBNA 4P9YA 2DVBA 4K1KA 1ENSA 5IT6A 4FJ6A 3AZVA 3AXEA 4BPZA 1LHNA 2DU1A 3ZXLA 3QLQA 1SLBA 3OYWB 2JE7A 3WG4A 4GZTA 5F5QA 4XTMA 2YA4A 5EYYA 3O9JA 3H0OA 1GZWA 1D0HA 1IVGA 4NN9A 4FPJA 3D12A 4M3MA 1S0JA 2GNDA 1LJ7A 2A6WA 3L2YA 4DS0A 2WKKA 2PHTA 2DU0A 3USUA 1Z4ZA 5IK4A 3CYEA 5T50A 3ZSKA 1TEIA 2XB6C 4OZXA 1V0ZA 4RL7A 1N1YA 1NCDN 1FX5A 2PHFA 3WOGA 4FOYA 3ZSJA 1ULEA 4MJVA 2EIGA 3BOPA 4YZ2A 4X47A 2BZDA 2D3RA 2YROA 4PCRA 2HU4A 2CTVA 3D4KA 2JJ6A 4HIZA 4MJUA 1V3CA 3B7EA 1USXA 3WUDA 1LCLA 3WDYA 2ZMLA 5E88A 5HUNA 2AENA 1JN2P 1GANA 4I00A 1IVCA 4K1ZA 1G9FA 4Y22A 3FUQA 4XJ9A 1N1SA 2UWCA 3WDVA 1LU2A 1NSBA 1KJLA 1W6MA 3ZPYA 2HU0A 1G9BA 1CVNA 2QWFA 2XCYA 3ZSLA 1VLNA 3T2TA 2F13A 4MWLA 4WZFA 1F8BA 3MW2A 2A6XA 3RMYA 3T1MA 7NN9A 3WCRA 1AJKA 4TYSA 3INBA 2W52A 1VCJA 3TI4A 5CA6A 2YA6A 1UN1A 2C4AA 4FPHA 1LOFA 5L73A 1INGA 1OFSA 2A5ZA 4ZXKA 1SACA 1Y7BA 1LESA 4NC5A 1G9CA 1GBGA 3FUOA 3JUUA 2F25A 2GMPA 1V00A 2W5NA 2DVDA 1F8CA 5CB7A 2LTNA 1LHVA 4YG6A 1IS4A 1BJIA 1PZ9A 4Q2FA 4KS2A 1Q56A 4D69A 2W68A 4GDJA 1GZCA 1IS5A 2VW0A 1AJOA 1CIWA 3AZWA 2XZJA 5H9QA 1V3DA 2NMOA 1N1VA 3R4SA 3PVNA 3AZYA 4LBQA 1UMZA 5GZCA 3AZZA 1MS8A 1R1ZA 1AZDA 4NCSA 2SIMA 2YA8A 1WW4A 1IVFA 3B69A 3I4IA 2W08A 1G8WA 4FPKA 1Z78A 3D11A 4XIOA 3I8TA 1VALA 1DHKB 3AP6A 4Q1RA 1QF3A 4WVVA 4NOTA 4X49A 1GZ9A 5HUKA 3LSEA 4PBOA 4ATEA 2EXKA 3BTAA 4FPYA 4JCKA 1BXHA 5SV8A 1IKQA 4XMAA 4HL0A 2ARBA 3OJBA 1N3OA 2D6LX 2QWIA 2R1DA 2WQZC 1RINA 4GZXA 2CYFA 3ALXA 1W6PA 2YXSA 4YM0A 2VVZA 1N47A 4SLIA 4R9DA 2KM2A 2DWRA 3RSJA 4HZZA 4FZHA 3NSSA 1QNYA 2X9MA 2SILA 1LECA 3WHTA 1YO8A 3AYDA 4XJAA 2P2KA 3SISA 2ZGOA 1CJPA 1PZ7A 4YFWA 5EWSA 2H0BA 1I3HA 4AYUA 1KRIA 3CKZA 1EPWA 2W38A 1S0GA 1S0BA 2AH2A 4J9TA 3H6JA 4JF7A 2A71A 1DQ2A 4YFZA 2QWGA 4XE9A 1W6OA 4K1JA 4K1HA 2QWAA 2ZGMA 3ASIA 2A6ZA 4YW5A 3B3QE 5FRAA 4LBJA 3K38A 1U0AA 1SNTA 2Q5TA 2CWMA 1NSCA 2AEQA 1CPNA 2AYHA 3WZ1A 1NNAA 2QWEA 4GZPA 5H9PA 1D2SA 3POYA 1SCSA 4UW5A 2PHRA 4MWJA 2WT0A 5GLTA 2QWHA 5HCFA 3OY8B 1NMAN 4FPGA 1MZ6A 3PVOA 2ZGTA 2QWKA 4D8SA 2F12A 3FLTA 2OVUA 3V64A 2G4IA 1SBFA 1LGBA 3SNMA 1KJRA 3V0BB 1V2IA 3SH5A 1FAYA 1HLCA 2PHUA 4WV8A 2UWBA 4MZEA 1KDMA 2RHPA 1DYPA 2ZHLA 3TIAA 2VW2A 3T1LA 2D6NA 3APBA 4PQ9A 1YI7A 2QWBA 2HTQA 1GZWB 1A14N 1IS3A 1N1TA 3A4UA 1V0FA 1SBDA 4GZQA 2DVGA 3WV6A 5IK7A 1YRZA 2P37A 3USUB 1F9KA 1X50A 4LBNA 2DTWA 2VSKA 2R49A 3WNXA 3GVLA 1LOFC 3SALA 2HTWA 2VK5A 1Z50A 2DV9A 3C2UA 2LALA 1ONAA 2OUJA 1CQ9A 1LOAA 3OPZA 4XXAA 3WLUA 2WJSA 4KS3A 2ZGQA 2P3JA 1AXZA 1S0CA 1A78A 3O9KA 5T54A 3OBRA 2A3WA 1EUTA 1IKPA 2GNTA 3N36A 4YGCA 3K39A 5JYYA 3POSA 3BIWE 3FFZA 4R9AA 1HKDA 2D43A 4CPOA 2DVFA 4Y1ZA 2CY6A 4AGGA 5EXOA 1YXWA 2C9AA 1WW5A 1NCCN 2YZ4A 3MEPA 1V3EA 2ZHKA 4XJUA 4Y22B 4FOQA 5JDBA 4P9XA 1HQLA 4XIKA 1E8UA 4QN6A 4Q8LA 2F11A 4WA5A 1W6MB 2A3XA 4AVTA 1DQ4A 2GALA 4R9BA 2ZAAA 4XZPA 3PVEA 4FPEA 1V6LA 5DZEA 4HZXA 2R0HA 1ULGA 1S0EA 3DUIA 1GYKA 3FLRA 2HT8A 2BATA 3O0XA 3N7LA 3AYAA 1Q8VA 2GN7A 2Z42A 3HR9A 1G9AA 2PHWA 2ZHNA 3KM5A 2NYYA 1V6JA 1HDKA 1INYA 1A4GA 2ZGKA 2W20A 5M1ZA 4AGRA 1DFQA 5AVAA 1SFYA 1VAMA 2QWCA 4U36A 2DUPA 1G86A 3NN9A 4DPNA 4UW6A 4GEZA 2E51A 3N7MA 3BODA 2YDPA 4F83A 4GJTA 2VH9A 2ZGSA 2ARXA 3A71A 1I1EA 3AFKA 1WCSA 2A7AA 4ATFA 3SITA 4FPFA 4K1YA 1A3KA 4WA3A 2D6OX 2F28A 1WD3A 1VCUA 4CPLA 4FPCA 3V0AA 5FREA 4BBWA 3AP4A 3GVJA 4JRAA 3TI8A 1W8NA 3GVKA 4L8QA 4HANA 4YW4A 3WDTA 2WT1A 1MS0A 5T52A 4Q26A 4MWWA 4B7MA 1LHUA 1E8VA 3WDWA 4H53A 2E7TA 5GZDA 4XJRA 5DG1A 4DRVA 4YZ5A 1DZQA 2A6VA 4YLZA 2P3KA 1DIMA 1CN1A 1MZ5A 2VK7A 1O4YA 2HTYA 3ZXKA 4YW3A 3R05A 1V0EA 4ISQA 3AP7A 4I30A 1BJQA 3QCWA 3SH4A 2JDZA 1SCRA 2CNAA 2EXIA 1W6PB 3ILNA 1ULFA 1UAIA 1APNA 3IPVB 3UJOA 3SANA 4QN7A 2GMMA 5IUQA 5T5JA 1EURA 1KITA 3M3CA 1DYKA 3AYCA 3ZSMA 1YYNA 3AP9A 5EYXA 2WLQA 4MWVA 1A8DA 1WBFA 5IK5A 2YMZA 1WLWA 4GZWA 4FP2A 1HQWA 2B8HA 1Z0HA 3POWA 1YIFA 3K3AA 1DQ6A 4UW3A 3RG0A 3DGTA 4YZ1A 1W6OB 2P3IA 3Q9OA 1CESA 4BQ1A 1Q8QA 2BQPA 1UPSA 1BKZA 5KXDA 1LGCA 1LODA 2FHRA 3SLIA 2ZGUA 2ZGNA 4WEGA 5H9SA 4Q8KA 3NV3A 4XHXA 4GWNA 3CL0A 4Q1PA 2PHXA 4KS1A 1CPMA 5JMCA 5GLZA 2JD4A 4GZOA 1BQPA 3N35A 4M4NA 3M3QA 3FLPA 1V6IA 4UF7A 5BYNA 2VXRA 5JOYA 1V6OA 4RA0A 4K3YA 4C1WA 1V6KA 2YA7A 3MW3A 3D6EA 3RRDA 1LEDA 4CPZA 1MACA 2NZ9A 1WLDA 4YGBA 3AJZA 4Y1YA 1G9DA 1LHWA 2A3YA 3W59A 1UZZA 3HN1A 1AX1A 4BOWA 1VIWB 1ZM1A 2AGSA 1MVEA 4Q6KA 1QKQA 1G7YA 1NNCA 3TICA 4W65A 2ZMKA 2D7FA 5B2CA 1GSLA 2F26A 1QOOA 1LOEA 1BZWA 2HYKA 3V65A 1W0PA 2EXJA 3SH3A 1USRA 2HT7A 3R4UA 1AX2A 3JU4A 2EF6A 5T5PA 2JE9A 2ZABA 1IVDA 1H9PA 2W5OA 1INFA 3UJQA 3RMXA 5GLVA 3K37A 1W6QB 6NN9A 4BMEA 2A6YA 4B7RA 4LBMA 4Q27A 1JUIA 3ATGA 2R0FA 3GNEA 2VK6A 3H71A 4FPLA 1C1FA 3ZXJA 5E8AA 2AUYA 5IK8A 4NO4A 3OBTA 1W6NB 4XJZA 1NMCA 2UWAA 2A75A 1V6MA 1INVA 2AR6A 4XBLA 1W8OA 4Y20A 4ASMB 2ZGPA 2GN3A 4FQ4A 2I2SA 4H55A 2ERFA 5GLUA 4XILA 5GM0A 1H30A 1W20A 1LU1A 3VKMA 1ENRA 1OQ1A 3WG3A 4AVSA 4X4AA 3NV4A 3ZYPA 4XYXA 1QOSA 1JBCA 2ZA9A 4KBBA 1MWEA 4IQPA 2C4LA 2EAKA 1QDCA 2WNEA 5T55A 1KDKA 3WHUA 3TI3A 2D6MA 2ZB6A 5E89A 5JOZA 4M01A 1QMJA 4QN3A 1NSDA 5GZGA 3H72A 1LULA 1QGLA 2TEPA 3B9CA 3O0WA 4Y1UA 5T5OA 4GB1A 1DILA 5F9TA 3A0KA 1JXNA 1ULCA 1UZYA 3AP5A 4XOGA 1LOCA 2ZGLA 2F29A 2XG3A 2OW4A 4Y26A 3H73A 1IVBA 2OUHA 4WA4A 1DQ1A 4YW2A 2DURA 2WSUA 1XQNA 2EALA 4YM1A 1C1LA 1LENA 1NCAN 4C1XA 1C57A 1FNYA 2JKBA 3ILRA 1W0OA 2YDTA 4MX0A 2DUQA 2VWDA 4QNPA 3WG2A 4B7NA 3INAA 4M00A 1V3BA 3AX4A 3ZVXA 1Z4XA 1WCQA 2CWSA 4DQAA 2V73A 4GA9A 3UK9A 1S0IA 1O4ZA 3OY8A 1Z4YA 5CNAA 2ZMNA 3O0VA 4ISRA 3ALWA 1DIWA 1SBEA 5T5LA 1H9WA 1UX6A 3ENRA 3K36A 2XZKA 1MR5A 4CTEA 4M4UA 1N3QA 3LCPA 1GNHA 1A4QA 1MS5A 4M3CA 3AYEA 2FMDA 3W58A 5NN9A 5HUMA 1MVQA 3V0BA 3VKOA 4MYEA 5HUGA 4XXPA 1AX0A 1XOEA 1INXA 4CZSA 3A0NA 1B9SA 2F24A 4MWQA 4AVVA 3V0AB 3W09A 3CNAA 1Q8PA 1FV2A 3ZXEA 4GDIA 2VU9A 1GNZA 3AK0A 4XHBA 1KQRA 5DUUA 4YM2A 5KXEA 4KS4A 2V5YA 3D5OA 3FBYA 4CPYA 3VUOA 3A72A 2E53A 2NM1A 2SBAA 4M3CE 1S1AA 5KXCA 1DQ0A 4X6KA 5DUXA 4PF5A 4XJQA 1URXA 1L7HA 1RIRA 2ZZJA 2RKCA 2HTVA 3WG1A 1AXYA 1SLCA 2BERA 3O12A 2PELA 5LK5A 2GNMA 2HTRA 1W21A 4R9CA 4XDQA 2VW1A 2VUAA 4FPOB 2E6VA 4YGEA 1WLCA 1INHA 1EUSA 4K20A 1CONA 4FOVA 1DGLA 4BLIA 4YZ3A 5GJ6A 3N7JA 1ULDA 2ZB5A 4MWYA 2AEPA 4LBQB 2R1BA 3OYWA 4QN5A 4ZKTB 1E8TA 3BEQA 4XBQA 4AWDA 3M3OA 2A70A 4YW1A 1INWA 5DUVA 5HCAA 4CPNA 4DGRA 3IM0A 5HX0A 3IKWA 1MS3A 4PBPA 1LEMA 1V6NA 1PZ8A 2NMNA 2UU8A 4MZAA 4XMIA 2E7QA 4WVWA 1GKBA 1NXD1 3B00A 3RS6A 4CRQA 2ZGRA 5DG2A 4JC1A 2CL2A 1IS6A 4MC7A 5JOXA 2DVAA 4M3CF 2ES3A 4AGVA 1B9TA 2YY1A 3JU9A 4FOWA 4MWRA 1SO7A 1QOTA 4QN4A 5GZEA 2C5DA 5GALA 2QWJA 4DRRA 3NWKA 4GWMA 1S0FA 4FQZA 3NV2A 4LBQD 3CL2A 4MWXA 1L7FA 4FVKA 4FVVA 3O5SA 3T1EA 2ENRA 3N3HA 1XOGA 3VKLA 2F0ZA 1SLTA 1IVEA 4DFSA 3TAYA 2GMEA 4XJ8A 2B7YA 4YM3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WLPA 4GKYA 4GN8A 3GDBA 4RS5C 3JBG3 4MOAA 1FATA 1PMHX 1NZCA 2CDPA 3C8XA 1C4RA 5I0SA 3V65B 4QPGA 4R4XA 5JVVA 1K32A 3VDDA 5GX2A 5A3TA 5C8CA 1GV9A 4KWUA 5JR7B 5K0UB 2VZVA 2D3SA 4N90A 1FV3A 4CPMA 4LJHA 2YV8A 4AVCA 4RGAA 3C7HA 5A7OA 4A7YA 3AJYA 1WKYA 4A6OA 2XL7A 3THTA 4CU9A 1CAXB 3PUQA 4AQ6A 3SMHA 3TI5A 4AR2A 1GICA 2LW8A 3AM2A 3MPPG 5FZNA 1OKOA 1OC1A 1QQP2 4LNVA 1FYUA 2ZHMA 2F17A 1JOJA 1AF9A 3NV1A 4RYDA 1Q8SA 1VBC2 5LBCA 1SLIA 3T2OA 5JYYA 1OLME 1O3SA 4MV2A 3OEAA 3O1VA 2F27A 3IDEA 3LA3A 5I0UA 1EUUA 5KHGA 3HMYA 3LEMA 3M1HA 5FYIA 3GALA 4QKBA 4TSVA 3NRUA 5FZ1A 2R7EB 5FZCA 1UL9A 4CCMA 2D44A 3K4AA 3VZLA 5JLVA 1CIYA 3ZFFC 2RDNA 3M8LA 1Q43A 1GOGA 4NHLA 5DZFA 1RWLA 2IASA 3CJXA 5D8AB 5FNSA 3WCSA 4MSVA 1FOD3 1H8VA 4KL1A 3B01A 2UURA 4GXLA 3THDA 5CBLA 2WWUA 4JGYA 2XVKA 4Y1VA 3POJA 5F5CA 4A2UA 2F10A 1WLTA 2W8BA 2P6CA 1EV12 3CJIA 4Q4W1 5SV5A 4WEFA 1JYTA 4IEZA 4MX3A 3WW1A 3ZXFA 5L7OB 3S0MA 1LOBA 1ENQA 3LSDA 3GM8A 3BU7A 1TMF1 1LTEA 4B1MA 4LKDA 2CSGA 3ZR6A 1WD4A 1LHOA 1CZSA 4XFBA 1ZA4A 3U75A 4CCCA 1BLZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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