5A3EA

2.5a structure of lysozyme determined by microed with data from a single crystal
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title High-Resolution Structure Determination by Continuous-Rotation Data Collection in Microed.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 47
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5a3eA00
2LYOA 2DQHY 5DN5A 5D5CA 193LA 2FYCA 1LYZA 1NDMC 3CSZA 2I26L 4TTDA 2W1MA 1LCNA 3LYZA 5B59A 5FDJA 4NGIA 4B4IA 1IWWA 4CJ2A 2EQLA 2DBTA 1LJJA 1XSFA 1HMLA 5LYTA 5B07A 1IR8A 4CFPA 3N9EA 4N5RA 4H90A 1LSZA 1GDXA 1GE4A 1SQ2L 3WVYA 4TSBA 5DLAA 4ETEA 5KXRA 4WG7A 3P64A 4N8ZA 1ZVYB 1UIGA 1LMTA 1BWJA 3AW6A 4W96A 1HF4A 4HV1A 2BQBA 2LYMA 5DN4A 3TXIA 1OUEA 3WU9A 5HQ1A 1DPXA 1YAPA 4H8YA 4YEOA 3EXDA 154LA 1PZYA 1B7QA 4NGWA 3A3RX 1I1ZA 5APCA 2DKVA 1QDRA 2Z19A 4II8A 4NGYA 5I4WA 4GCCA 4J1AA 1D0MA 1LKSA 3QE8A 5LAGA 1OUBA 3TXHA 1NBYC 4J0LA 1IC5Y 5EBHA 1QIOA 5KKIA 5KXMA 1KXXA 3N9CA 1LHHA 1LSPA 2YSSC 1B5XA 1HEMA 4WM1A 3LYOA 1KXYA 3CT0A 2H9KA 1B7SA 4NEBA 4N1EI 3WULA 1QTKA 5HNCA 3BKVA 4WMGA 3VWOA 1LJGA 4AXTA 1GE2A 2EKSC 2VB1A 1IP4A 1GB7A 1GBXA 1GB3A 5A3EA 4OWHA 4GCBA 2F30A 4H9BA 1IY3A 3T36A 4J1BA 1G7MC 3MGWA 5KXNA 1XGTC 4PGJB 1QUSA 1B7LA 1JJ0A 3A92A 4NSGA 5LYZA 1LSDA 2MECA 2W1LA 3N9AA 4DYGA 1F10A 1XEKA 3RU5A 2MEFA 5APFA 4LGKA 1IORA 2Z2FA 3WH1A 1JKCA 4B4EA 4OOTA 2DQFC 2HECA 1REYA 4PRQA 1RJCB 4H9AA 3LYTA 1LMOA 2FYDA 3RZ4A 1HNLA 4XYYA 3IJUA 4OOOA 1LZ8A 5D5FA 5HNLA 2Z37A 4HP0A 1HHLA 1V7SA 1ZV5L 3RT5X 135LA 1GB5A 2Z18A 1GF4A 5LYMA 3WW5A 4ET8A 1GEVA 2BQCA 1DZBX 6LYTA 4NWHA 1D0KA 2BQHA 2LYZA 1IWZA 1HELA 1OQMA 1XEIA 3A34A 4NSHA 1GBWA 4NHPA 4G4HA 3W6FA 1H87A 4WM4A 4EOFA 1IIZA 1GAYA 5A3ZA 3QY4A 2C8OA 1LJ4A 1RI8B 1IOQA 1VFBC 1D0LA 4H91A 2Z2EA 4WOAA 4B4JA 1BQLY 1OP9B 1TCYA 4NHQA 3HBDA 2HUBA 5F9XA 3AZ6A 4NHSA 1JTTL 4IJ4A 4BAFA 1B0DA 4HJVA 1LSFA 3A3QA 2EPEA 2DQAA 1IEEA 1C43A 4HPIA 4Z41A 1HFXA 4NSJA 1G7HC 1BWHA 4B0DA 1D6QA 1IC4Y 1YL0X 2GV0A 1UIAA 4GN3A 1B9OA 1WQMA 3B72A 1LZCA 1GBSA 1OUHA 5JENB 1LZGA 2DQCY 4UWNA 5F9UA 5DM9A 1IOCA 5KXYA 1IWVA 1LMQA 4IASA 3FE0A 4W94A 2B5ZA 1LSMA 2PC2A 1O23A 1LSYA 1LZEA 2XBSA 1HSXA 4NGKA 4MSTA 4HTNA 3OJPA 1FLQA 1B7OA 1B5UA 1LJKA 1LZSA 1VEDA 2A7FA 2BQDA 4H9EA 4NFVA 3LZTA 4XJDA 1WTMA 1FBIX 3A93A 5B05A 1GEZA 5LAFA 4DC4A 3EO5A 3RW8A 3EBAB 3WU8A 2BQAA 1GBOA 2FBBA 1GDWA 2HU3A 4OWEA 5I53A 3D3DA 3AZ4A 4BS7A 1CJ7A 1REZA 3A91A 2BQNA 5B1FA 2XBRA 2Z12A 1JJ3A 5C6JA 4LT1A 1B5WA 1YKYX 2LZTA 2F4AA 5F81A 3WPJA 4YM8A 4DD3A 5C6IA 3CQLA 1GB8A 1LZDA 1UACY 1NWGA 1G7LC 1QTEA 3LN2A 4HTQA 4I0CA 2HEBA 4HPEA 3P4ZA 4TSCA 4M6DA 4EMNA 1LMPA 1P2CC 3W6BA 3AJNA 2YBJA 5IELA 1ZMYL 2G4QA 3AW7A 1B7PA 2Q0MX 1GF8A 1IR7A 1LSAA 3ZVQB 2DQGY 4A7DA 4ANRA 1GBZA 4CFOA 5KXLA 1CJ8A 1AZFA 1DKJA 3WXUA 3KAMA 4B49A 134LA 1UCOA 2Y8PA 3HBEX 5FELA 5E4PA 4Z3MA 4LT2A 4D9ZA 3LHMA 1REMA 1BB7A 1WTNA 1TEWA 3J6KA 5L3IA 4H8ZA 1LYOA 4OWAA 3W3EA 1LZ5A 5KXWA 1YQVY 2HEFA 3WUNA 1NKHA 4GN5C 6LYZA 1JTOL 3RNXA 1IP7A 1CJ9A 1WVVA 1LSGA 4WL6A 4ETAA 1CKFA 1OUCA 3AGHA 3HBHA 4LYCA 1D6PA 2D4KA 4XJIA 1LSBA 1AM7A 1JITA 1QQYA 2I25L 1D9UA 1GFHA 2F2NA 2ZWBA 3AGGG 2BQLA 3ATOA 1LZAA 4BADA 1UUZC 2YDGA 3ZEKA 1W6ZA 4H9CA 3QNGA 1C7PA 5LXWA 4KT3A 1GF7A 1AKIA 1UBZA 3G3BB 1HSWA 1NMMA 4DD2A 1F6SA 1IY4A 1KIRC 3T6UA 1YANA 1YAMA 4WLDA 4GCDA 2BAAA 4RLMA 1GBYA 2BQIA 5LVKA 1YKXX 4GLAA 1UIDA 1NBZC 5KXTA 5LINA 1OUFA 2IFFY 4IATA 1GFUA 1LSNA 1WQOA 4DT3A 4ETDA 2BPUA 1LMNA 2ZILA 1T6VL 2FBDA 2XTHA 4XN6A 4UWUA 4ETCA 5F14A 1VAUA 1NQIA 3ZVQA 2Z39A 3OK0A 1XGQC 1IC7Y 1B2KA 207LA 3M18B 1JIYA 1FN5A 4NWEA 2AUBA 1NHEA 1LZRA 1BHZA 4NGJA 2XJWA 1JISA 2D4IA 4QY9A 3WMKA 4YEMA 8LYZA 1C08C 4XJFA 4NGVA 1GFGA 1B7RA 1LJNA 1XGUC 1GB9A 1YIKA 3GXRA 4RDSA 4XJBA 3AZ5A 5DL9A 1NDGC 1BGIA 5KXOA 1DI3A 2DQEY 3AB6A 3M3UA 7LYZA 3A6BY 1IOTA 3AYQA 3B0IA 1UIFA 5I4YA 1DQJC 3G3AB 4H8XA 3TXJA 1IP2A 4NSIA 1GD6A 3CSQA 4LYZA 3D9AC 5B06A 4LYTA 4LYOA 1DI4A 1JKBA 1LZ4A 1OUJA 2ZIKA 1QDTA 2H9JA 3A8ZA 3CT1A 4DD7A 3LYMA 1B7MA 1HEOA 1QUTA 2MEBA 1WVUA 4XJGA 1HEPA 1TDYA 3CSRA 4H94A 1IP1A 1JKAA 1HEQA 2W1YA 3HFMY 1VDPA 3WUAA 1QSWA 1VDQA 1VDSA 2YBMA 1CKCA 3J4GA 4GCEA 5KJ9A 3W6CA 1EQ4A 1LHLA 1XEJA 1JPOA 2MEDA 3P65A 5IDDA 3TXKA 2BQMA 1A4VA 2I6ZA 4XJHA 4NGLA 3WL2A 2ZYPA 4C3WA 3E3DA 1IP6A 1FDLY 4NY5A 5F16A 1OUDA 4RW2A 1OUIA 5I4XA 1LZBA 2DQDY 4KL7A 4DD1A 2LHMA 3A6CY 1T3PA 5FEKA 4G9SA 1PS5A 4G4CA 1LHJA 5II3A 1IWYA 5J7CA 1HMKA 2DQIY 2DQJY 1INUA 4HSFA 1MELL 4WLYA 2ZIJA 1N4FA 4YENA 1UIBA 4LFXA 1GFKA 2BQKA 1SLYA 4MCKA 1BVXA 4WL7A 1GE3A 1HEWA 1JTPL 2BLXA 4LYBA 4U3XB 5KXZA 2CGIA 3AZ7A 4DD9A 2A7DA 5KXKA 5ILFA 3TMVA 5B1GA 2MEIA 1GF9A 1GB2A 3WU7A 4OWCA 9LYZA 4QGZA 5LVJA 4NG1A 1AT6A 208LA 4ETBA 4H9FA 1GPQC 4G49A 1DKKA 5L9JA 1DPWA 4R0FA 4RW1A 5LVIA 1GXV2 1LMCA 5T3FA 1LZ9A 4ZFPA 1LTMA 1EL1A 2YBNA 2BQEA 3GXKA 4ZIXA 3BKHA 1B5YA 5ILCA 1CKGA 1GFRA 1EQEA 1W08A 2CDSA 2YBLA 1WQQA 1F0WA 1WQPA 2N5ZA 1JHLA 1LZ6A 3CB7A 1GAZA 1JUGA 1LHMA 1UIHA 4CGEA 2Z38A 1BB4A 4WM5A 1BB5A 3A90A 1C46A 5FSTA 5K7OA 3F6ZA 4Z46A 1HENA 1YL1X 4HJYA 194LA 4M4OA 1QSAA 1BVKC 4WLTA 3CT5A 1LJIA 1BB6A 1REXA 1LJEA 1LPIA 4KXIA 3WYHA 5I54A 4PPOA 5AMYA 1GWDA 2BQGA 2EIZC 4PHIA 4PRUA 1FKQA 1GFEA 1FKVA 5HMJA 5I5QA 5FHWA 2CJLA 1LKRA 1IR9A 1OUAA 1HERA 1JWRA 4GN4A 1IOSA 1AT5A 1B5ZA 2W1XA 4HV2A 1LSEA 2BQOA 4QEQA 1IO5A 5HMVA 5APDA 1KIQC 3WVXA 1LJ3A 4C5FA 1J1PY 1IWTA 4OW1A 1DI5A 1LOZA 3WPLA 1A2YC 1GHLA 1GFJA 4G4BA 4N1CC 1GB6A 1G7JC 2ZNWY 5IHGA 3B0KA 3B6LA 2MEAA 2CWIA 2BLYA 1XFPL 1F6RA 1J1XY 3IJVA 5HLLA 5KY1A 4NG8A 4LT3A 4RLNA 3EMSA 4O34A 1H6MA 1LMAA 4ML7A 2MEEA 1UA6Y 3TXEA 4NHIA 4GCFA 133LA 4KPMA 2IHLA 4WM2A 1LAAA 3A95A 2LZ2A 153LA 2WARA 4H92A 1VDTA 4PJ2C 5LIOA 5L3HA 4Z98A 5KKJA 1BWIA 1IP3A 1LZTA 4XENA 3TXFA 1LSCA 4TX7A 4H9HA 3TMXA 1TBYA 4WM3A 1C45A 1IP5A 2HEAA 132LA 2YBIA 4QDNA 4WLXA 4E3UA 1KXWA 1LHIA 2MEHA 2YVBA 3SP3A 1JJ1A 4R6CA 5M1YA 1G7IC 1LYYA 3A96A 3TMWA 1UICA 4WG1A 3IWRA 1RE2A 3B0OA 4FDYA 4TWSA 4X3BA 1RFPA 1B7NA 4B1AA 1I56A 1IVMA 1EQ5A 4DDCA 4WO6A 5APEA 4MR1A 1LZYA 3P68A 1GFAA 4XADA 1CKDA 3ATNA 5C6LA 5LVGA 3TXGA 2HEDA 4YOPA 3W6AA 4TUNA 5KXXA 1YILA 2D91A 3A67Y 4BAPA 4NGZA 5LA8A 3WPKA 1GF3A 1GFTA 1WQRA 1B5VA 1GE0A 1NF5A 1YAOA 2ZQ4A 4HTKA 1E8LA 3WW6A 1GE1A 4N0JA 5FCPA 2G4NA 1HC0A 3AGIA 4LT0A 5E9RA 1ZVHL 4N9RA 4NHTA 1WQNA 4NGOA 3W6EA 5KXSA 1JKDA 3P66A 2HU1A 4L41A 3ULRA 1JSFA 1LHKA 4WO9A 4H1PA 1LZ1A 1UC0A 2F4GA 2X0AA 1V7TA 4LZTA 3A94A 4DWXA 4AGAA 2ZYCA 1HFZA 2D6BA 4CHXA 1FLWA 4J7VA 3WXTA 2BQFA 2D4JA 5LVHA 1YROA 1OUGA 4NIJA 1LJHA 4YF2A 4ZEEA 1TAYA 2G4PA 1Z55A 1ALCA 1GFVA 4UWVA 3TMUA 2NWDX 1BB3A 1HFYA 5LA5A 3FI7A 4H9IA 1UIEA 1FLYA 2BQJA 2H5ZA 1J1OY 4I8SA 1LZNA 4DDAA 1GF0A 1YAQA 1LJFA 2C8PA 1IWXA 2MEGA 1JEFA 4LFPA 1GF6A 4DDBA 1CNSA 2YBHA 1CKHA 4OWBA 4H93A 2HEEA 3W6DA 2ZNXY 1IX0A 3LZ2A 1GB0A 4ET9A 1I20A 1XGPC 1CJ6A 1IWUA 1JSEA 1C10A 4LYMA 1GF5A 4P2EA 3K3TA 3WUMA 4FJRA 1VATA 1XGRC 3TXBA 4DD0A 4GLVA 1DXJA 5KXPA 1KIPC 2HTXA 1GXXA 1RCMA 2RSCA 1YKZX 4WM6A 2ZQ3A 4HJZA 3TXDA 1LYSA 1FLUA 1MLCE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DN5A 2DQHY 5D5CA 1LYZA 3RUNA 1OVHA 2B6TA 1PQIA 2F2QA 4ARQA 5LYTA 1D3NA 4H90A 1GDXA 4TSBA 4ARPA 2RBRA 3P64A 1KW5A 1HF4A 1LYEA 4LDOA 4W58A 1QSBA 4NGWA 2IGCA 3A3RX 2DKVA 2Z19A 1L98A 4II8A 5KKIA 1QIOA 1LSPA 3F8VA 2YSSC 3LYOA 4NEBA 205LA 1L70A 3VWOA 1LW9A 215LA 1CU3A 1GBXA 1L47A 3DMVA 2F30A 4GCBA 172LA 3MGWA 1JJ0A 5LYZA 1IORA 3WH1A 4OOTA 2CUUA 2HECA 1REYA 2B74A 1RJCB 1LMOA 5D5FA 5HNLA 1HHLA 135LA 1GEVA 4NWHA 1QT5A 150LA 4NSHA 1XEIA 4G4HA 3W6FA 1GAYA 5I14A 174LA 3SB9A 1VFBC 1C6LA 1BQLY 1KS3A 5F9XA 1P64A 1T8GA 3AZ6A 4HJVA 1IEEA 1C43A 1BWHA 1SSYA 2GV0A 3B72A 1LZCA 2DQCY 5DM9A 258LA 1IWVA 1LSYA 1HSXA 3OJPA 4H9EA 4XJDA 4NFVA 3LZTA 5B05A 1GEZA 5LAFA 3EO5A 3RW8A 1L24A 3WU8A 1OV7A 1GDWA 1L89A 2HU3A 4OWEA 3D3DA 4IAPA 1REZA 3A91A 2BQNA 5B1FA 3WPJA 4DD3A 1LI6A 1L94A 1QTEA 4HTQA 1L48A 1T97A 170LA 1QT8A 2Z6BA 2Q0MX 255LA 139LA 1L49A 3G3XA 4I7JA 2DQGY 5KXLA 1CJ8A 1AZFA 247LA 3WXUA 220LA 134LA 5E4PA 3HT6A 5L3IA 1LYOA 5LZMA 2HEFA 3WUNA 6LYZA 3NY8A 4ETAA 1OUCA 4LYCA 4XJIA 1AM7A 125LA 4DQJA 1GFHA 2F2NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LYO A;  2DQH Y;  5DN5 A;  5D5C A;  193L A;  2FYC A;  1LYZ A;  1NDM C;  3CSZ A;  2I26 L;  4TTD A;  2W1M A;  1LCN A;  3LYZ A;  5B59 A;  5FDJ A;  4NGI A;  4B4I A;  1IWW A;  4CJ2 A;  2EQL A;  2DBT A;  1LJJ A;  1XSF A;  1HML A;  5LYT A;  5B07 A;  1IR8 A;  4CFP A;  3N9E A;  4N5R A;  4H90 A;  1LSZ A;  1GDX A;  1GE4 A;  1SQ2 L;  3WVY A;  4TSB A;  5DLA A;  4ETE A;  5KXR A;  4WG7 A;  3P64 A;  4N8Z A;  1ZVY B;  1UIG A;  1LMT A;  1BWJ A;  3AW6 A;  4W96 A;  1HF4 A;  4HV1 A;  2BQB A;  2LYM A;  5DN4 A;  3TXI A;  1OUE A;  3WU9 A;  5HQ1 A;  1DPX A;  1YAP A;  4H8Y A;  4YEO A;  3EXD A;  154L A;  1PZY A;  1B7Q A;  4NGW A;  3A3R X;  1I1Z A;  5APC A;  2DKV A;  1QDR A;  2Z19 A;  4II8 A;  4NGY A;  5I4W A;  4GCC A;  4J1A A;  1D0M A;  1LKS A;  3QE8 A;  5LAG A;  1OUB A;  3TXH A;  1NBY C;  4J0L A;  1IC5 Y;  5EBH A;  1QIO A;  5KKI A;  5KXM A;  1KXX A;  3N9C A;  1LHH A;  1LSP A;  2YSS C;  1B5X A;  1HEM A;  4WM1 A;  3LYO A;  1KXY A;  3CT0 A;  2H9K A;  1B7S A;  4NEB A;  4N1E I;  3WUL A;  1QTK A;  5HNC A;  3BKV A;  4WMG A; 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 3TXG A;  2HED A;  4YOP A;  3W6A A;  4TUN A;  5KXX A;  1YIL A;  2D91 A;  3A67 Y;  4BAP A;  4NGZ A;  5LA8 A;  3WPK A;  1GF3 A;  1GFT A;  1WQR A;  1B5V A;  1GE0 A;  1NF5 A;  1YAO A;  2ZQ4 A;  4HTK A;  1E8L A;  3WW6 A;  1GE1 A;  4N0J A;  5FCP A;  2G4N A;  1HC0 A;  3AGI A;  4LT0 A;  5E9R A;  1ZVH L;  4N9R A;  4NHT A;  1WQN A;  4NGO A;  3W6E A;  5KXS A;  1JKD A;  3P66 A;  2HU1 A;  4L41 A;  3ULR A;  1JSF A;  1LHK A;  4WO9 A;  4H1P A;  1LZ1 A;  1UC0 A;  2F4G A;  2X0A A;  1V7T A;  4LZT A;  3A94 A;  4DWX A;  4AGA A;  2ZYC A;  1HFZ A;  2D6B A;  4CHX A;  1FLW A;  4J7V A;  3WXT A;  2BQF A;  2D4J A;  5LVH A;  1YRO A;  1OUG A;  4NIJ A;  1LJH A;  4YF2 A;  4ZEE A;  1TAY A;  2G4P A;  1Z55 A;  1ALC A;  1GFV A;  4UWV A;  3TMU A;  2NWD X;  1BB3 A;  1HFY A;  5LA5 A;  3FI7 A;  4H9I A;  1UIE A;  1FLY A;  2BQJ A;  2H5Z A;  1J1O Y;  4I8S A;  1LZN A;  4DDA A;  1GF0 A;  1YAQ A;  1LJF A;  2C8P A;  1IWX A;  2MEG A;  1JEF A;  4LFP A;  1GF6 A;  4DDB A;  1CNS A;  2YBH A;  1CKH A;  4OWB A;  4H93 A;  2HEE A;  3W6D A;  2ZNX Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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