5A5NA

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with (2s)-2,6- diacetamido-n-methylhexanamide
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5nA00
4PY6A 5H1TA 4A9FA 5HFRA 3K2JA 5D3TA 4ALHA 5DW2A 4WHUA 5EK9A 5DLZA 5FBXA 4PCEA 5DYXA 2WP1A 5EV9A 4A9IA 4LDFA 5L8UA 4O74A 4A9LA 3P5OA 3DWYA 5EA1A 3I3JA 5KTUA 4UYFB 1JSPB 5IBNA 5KHMA 3QZSA 4YYKA 3MUKA 4QC3A 5DYCA 5E9MA 5FE6A 5CY9A 5DX4A 1E6IA 4Q0OA 4HBYA 3MULA 3DAIA 3U5JA 5I86A 3UV2A 4OUFA 5FB0A 4IR4A 4YATA 4QR5A 4TT4A 5ACYA 2R0YA 3IU5A 5EPBA 2I7KA 5L97A 2RI7A 5FFWA 4BHWA 4YYJA 3LJWA 4NYVA 3D7CA 4QUTA 4IOOA 4LYWA 4MENA 5D3RA 5HM0A 5D3LA 4YABA 2L84A 4LZRA 5LKZA 4MR5A 5EU1A 5I29A 5ENJA 3MQMA 5C87A 4QSRA 5EWDA 5A5SA 5CUGA 4FLPA 3MB3A 2OSSA 1ZS5A 3AADA 5F60A 5JWMA 3S91A 5LJ2A 4BW2A 5DFDA 4ZW1A 2D9EA 4PCIA 4UIVA 4O77A 5DW1A 5I40A 4KV4A 4O7EA 4OGIA 4XY9A 4NUEA 3MXFA 5EGUA 3NXBA 5A5OA 2RNXA 4O70A 5DYUA 5HELA 5FE4A 5A5RA 3U5MA 4TYLA 4J0RA 4YYHA 3ZYUA 5D3HA 5F5ZA 2OUOA 4NUCA 4YK0A 5IIDA 5EISA 4YYIA 5H1UA 4YBTA 2H60A 4N4IA 5DYAA 5FE5A 5FH8A 4Z93A 3U5NA 5F63A 3Q2EA 5EWCA 5D3SA 5FG5A 4TZ2A 4QSSA 5A83A 4QYLA 5AD3A 5EQ1A 1JM4B 4NQMA 4LZ2A 4X2IA 4PTBA 5IGNA 5LKXA 5CQ4A 2YQDA 4CUSA 4Q0NA 4CURA 1EQFA 5BT3A 5I80A 3P1EA 5ENBA 4TS8A 3TLPA 4NRCA 4O7FA 4LZSA 3HMHA 4O71A 4Z6IA 3HMFA 5TB6A 2RS9B 5EM3A 2F6JA 5FE2A 3Q2FA 3LQJA 4LYSA 4HXLA 4MR4A 5EPRA 5G4SA 5A5NA 5F1HA 4KV1A 5CGPA 1F68A 5FE8A 5HFQA 4YYGA 3FKMX 4GPJA 2L85A 2E7OA 5F61A 5CP5A 5LVQA 3UV4A 5CUEA 3G0LA 5CUAA 4NR8A 5FFVA 4ZC9A 4C66A 5EICA 4NQNA 5E9LA 3U5OA 4YBSA 5FE9A 5FB1A 4NRAA 5IGKA 5A5PA 4TQNA 4CUTA 5CUCA 4A9OA 4CUUA 2YDWA 5C7NA 5HQ6A 4QSUA 5D3NA 5BT5A 2MJVB 5HQ7A 5CRMA 4YAXA 4QUUA 5LVRA 5LKUA 5E73A 4QY4A 5ETBA 5HLSA 4YC9A 5HEMA 4AKNA 4NR7A 5HRVA 4PS5A 3SVHA 5KU3A 5CRZA 2E3KA 4XUBA 5A82A 3O33A 4UYGA 5FDZA 5EPSA 4MEOA 4TTEA 4NUDA 4QSWA 4Y03A 3LQHA 4N4GA 5A5QA 2DVRA 4HXMA 2RNWA 5CS8A 4Z1SA 5L98A 2YYNA 5DKDA 4WHWA 4KCXA 5FE0A 4A9NA 5CQ3A 4MEPA 5JI8A 4QEWA 4XYAA 4J3IA 4BW4A 4QSXA 5L8TA 4QSVA 5EWHA 3U5KA 3JVMA 5FE3A 3JVJA 2KTBB 4A9JA 4YYDA 4NR9A 2GRCA 4HBXA 5FFYA 5C8GA 5LUUA 5F62A 4UIYA 5KTWA 5LKTA 2DVQA 4NYWA 3U5LA 3LQIA 5EI4A 4QEVA 2RFJA 3UVYA 5FE7A 2YW5A 5I83A 5CQ6A 5A7CA 4YH3A 5A81A 5E9YA 4UYEA 4HXSA 4O7CA 5CU8A 4A9HA 3QZTA 5CQ8A 5E9IA 5COIA 2DKWA 4IR6A 2G4AA 5E3GA 3UVWA 5F3AA 1WUGA 4N4FA 5D0CA 2FSAA 4YH4A 5D3PA 4NRBA 5FG4A 5EP7A 3O37A 5FG6A 5TCMA 4J1PA 2YEKA 4HXNA 3GG3A 5L99A 5D7XA 4LC2A 5G4RA 3IU6A 2R10A 1N72A 4UIXA 3G0JA 4O78A 5IG6A 3O35A 4HXKA 4QC1A 5AMFA 4BJXA 5HQ5A 4IR5A 4CFLA 4UYDA 5ENFA 4CFKA 4ALGA 4O76A 2R0VA 5CZGA 5CQ7A 5D24A 5ENIA 4CLBA 5F2PA 5E0RA 3SVGA 3HMEA 3O34A 1X0JA 2RO1A 5I1QA 2DVSA 5CQTA 5I89A 4E96A 5D3JA 3RCWA 2R0SA 4QSPA 4NR5A 4WIVA 5DKCA 5DLXA 3UV5A 4TU4A 4LR6A 4TZ8A 5CUBA 5ETDA 4YYNA 5E74A 4F3IA 4RVRA 4PKLA 4YADA 5IGMA 5H85A 2L5EA 5E7DA 5A85A 3UVXA 2LSPB 4HBWA 3QZVA 4HXPA 1WUMA 2NXBA 4QEUA 5CPEA 3UVDA 5D26A 3JVLA 5EWVA 5HRXA 3P1CA 5I88A 2N9GA 4UIZA 4QSQA 4TT6A 5FE1A 4A9KA 5J0DA 5EVAA 5LJ0A 4MEQA 2DWWA 5F25A 4IORA 5E3DA 5I7XA 2D82A 2DVVA 4NR4A 2E7NA 4TU6A 4XUAA 4Z6HA 5C85A 5KO4A 4QR3A 5FH7A 5DFCA 5CTLA 3O36A 3LXJA 5HCLA 5F1LA 4BW3A 5FH6A 4A9EA 4HBVA 5L96A 2RNYA 4QBMA 5K29A 5CQAA 5E9VA 5IGLA 3P1FA 5DKHA 5I7YA 3JVKA 4TT2A 4UIUA 4UITA 4N3WA 5DY7A 4A9MA 5HJCA 4IR3A 4O7BA 5DBMA 3MB4A 4BW1A 4NR6A 5KTXA 4NXJA 4IOQA 4QB3A 4YBMA 5II1A 4YY6A 4CUPA 5HENA 2F6NA 4CUQA 4UIWA 4DONA 4XY8A 2YEMA 4NS5A 4UYHA 5C89A 4QNSA 5II2A 5ENEA 5ENHA 4N4HA 3SVFA 4YYMA 4O75A 2OO1A 5LJ1A 5DFBA 5ENGA 4CL9A 5CUDA 5AD2A 5E9KA 3AQAA 4YY4A 5HRWA 4ZQLA 4LYIA 4UYFA 5CFWA 2WP2A 4MR6A 4QYDA 5C4QA 4J0SA 3UW9A 4HXRA 4LRGA 5F36A 4QZSA 4C67A 3ONIA 4Z1QA 4HXOA 4O7AA 4OGJA 5ENCA 3S92A 5D25A 3P1DA 2YELA 2DATA 2I8NA 3U5PA 4MR3A 4QSTA 5CQ5A 5BT4A 5EWWA 4QR4A 5AMEA 5H1VA 4NYXA 4O72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PY6A 5H1TA 4A9FA 5HFRA 3K2JA 5D3TA 4ALHA 5DW2A 4WHUA 5EK9A 5DLZA 5FBXA 4PCEA 5DYXA 2WP1A 5EV9A 4A9IA 4LDFA 5L8UA 4O74A 4A9LA 3P5OA 3DWYA 5EA1A 3I3JA 5KTUA 4UYFB 1JSPB 5IBNA 5KHMA 3QZSA 4YYKA 3MUKA 4QC3A 5DYCA 5E9MA 5FE6A 5CY9A 5DX4A 1E6IA 4Q0OA 4HBYA 4AKHA 3MULA 3DAIA 3U5JA 5I86A 3UV2A 4OUFA 5FB0A 4IR4A 4YATA 4QR5A 4TT4A 5ACYA 2R0YA 3D1DA 3IU5A 5EPBA 2I7KA 5L97A 2RI7A 5FFWA 4BHWA 4YYJA 3LJWA 4NYVA 3D7CA 4QUTA 4IOOA 4LYWA 4MENA 5D3RA 5HM0A 5D3LA 4YABA 2L84A 3D1BA 4LZRA 5LKZA 4MR5A 5EU1A 5I29A 5ENJA 3MQMA 5C87A 4QSRA 5EWDA 5A5SA 5CUGA 4FLPA 3MB3A 2OSSA 1ZS5A 3AADA 5F60A 5JWMA 3S91A 5LJ2A 4BW2A 5DFDA 4ZW1A 2D9EA 4PCIA 4UIVA 4O77A 5DW1A 5I40A 4KV4A 4O7EA 4OGIA 4XY9A 4NUEA 3MXFA 5EGUA 3NXBA 5A5OA 2RNXA 4O70A 5DYUA 5HELA 5FE4A 5A5RA 3U5MA 4TYLA 4J0RA 4YYHA 3ZYUA 5D3HA 5F5ZA 2OUOA 4NUCA 4YK0A 5IIDA 5EISA 4YYIA 5H1UA 4YBTA 2H60A 4N4IA 5DYAA 5FE5A 5FH8A 4Z93A 3U5NA 5F63A 3Q2EA 5EWCA 5D3SA 5FG5A 4TZ2A 4QSSA 5A83A 4QYLA 5AD3A 5EQ1A 1JM4B 4NQMA 4LZ2A 4X2IA 4PTBA 5IGNA 5LKXA 5CQ4A 2YQDA 4CUSA 4Q0NA 4CURA 1EQFA 5BT3A 5I80A 3P1EA 5ENBA 4TS8A 3TLPA 4NRCA 4O7FA 4LZSA 3HMHA 4O71A 4Z6IA 3HMFA 5TB6A 2RS9B 5EM3A 2F6JA 5FE2A 3Q2FA 3LQJA 4LYSA 4HXLA 4MR4A 5EPRA 5G4SA 5A5NA 5F1HA 4KV1A 5CGPA 1F68A 5FE8A 5HFQA 4YYGA 3FKMX 4GPJA 2L85A 2E7OA 5F61A 5CP5A 5LVQA 3UV4A 5CUEA 3G0LA 5CUAA 4NR8A 5FFVA 4AKGA 4ZC9A 4C66A 5EICA 4NQNA 5E9LA 3U5OA 4YBSA 5FE9A 5FB1A 4NRAA 5IGKA 5A5PA 4TQNA 4CUTA 5CUCA 4A9OA 4CUUA 2YDWA 5C7NA 5HQ6A 4QSUA 5D3NA 5BT5A 2MJVB 5HQ7A 5CRMA 4YAXA 4QUUA 5LVRA 5LKUA 5E73A 3ERRA 4QY4A 5ETBA 5HLSA 4YC9A 5HEMA 4AKNA 4NR7A 5HRVA 4PS5A 3SVHA 5KU3A 5CRZA 2E3KA 4XUBA 5A82A 3O33A 4UYGA 5FDZA 5EPSA 4MEOA 4TTEA 4NUDA 4QSWA 4Y03A 3LQHA 4N4GA 5A5QA 2DVRA 4HXMA 2RNWA 5CS8A 4Z1SA 5L98A 2YYNA 5DKDA 4WHWA 4KCXA 5FE0A 4A9NA 5CQ3A 4MEPA 5JI8A 4QEWA 2EJNA 4XYAA 4J3IA 4BW4A 4QSXA 5L8TA 4QSVA 5EWHA 1PUOA 3U5KA 3JVMA 5FE3A 3JVJA 2KTBB 4A9JA 4YYDA 4NR9A 2GRCA 4HBXA 5FFYA 5C8GA 5LUUA 5F62A 4UIYA 5KTWA 5LKTA 2DVQA 4NYWA 3U5LA 3LQIA 5EI4A 4QEVA 2RFJA 3UVYA 5FE7A 2YW5A 5I83A 5CQ6A 5A7CA 4YH3A 5A81A 5E9YA 4UYEA 4HXSA 4O7CA 5CU8A 4A9HA 3QZTA 5CQ8A 5E9IA 5COIA 2DKWA 4IR6A 2G4AA 5E3GA 3UVWA 5F3AA 1WUGA 4N4FA 5D0CA 2FSAA 4YH4A 5D3PA 4NRBA 5FG4A 5EP7A 3O37A 5FG6A 5TCMA 4J1PA 2YEKA 4HXNA 3GG3A 5L99A 5D7XA 4LC2A 5G4RA 3IU6A 2R10A 1N72A 4UIXA 3G0JA 4O78A 5IG6A 3O35A 4HXKA 4QC1A 5AMFA 4BJXA 5HQ5A 4IR5A 4CFLA 4UYDA 5ENFA 4CFKA 4ALGA 4O76A 2R0VA 5CZGA 5CQ7A 5D24A 5ENIA 4CLBA 5F2PA 5E0RA 3SVGA 3HMEA 3O34A 1X0JA 2RO1A 5I1QA 2DVSA 5CQTA 5I89A 4E96A 1ZKRA 5D3JA 3RCWA 2R0SA 4QSPA 4NR5A 4WIVA 5DKCA 5DLXA 3UV5A 4TU4A 4LR6A 4TZ8A 5CUBA 5ETDA 4YYNA 5E74A 4F3IA 4RVRA 4PKLA 4YADA 5IGMA 5H85A 2L5EA 5E7DA 5A85A 3UVXA 2LSPB 4AI6A 4HBWA 3QZVA 4HXPA 1WUMA 2NXBA 4QEUA 5CPEA 3VKHA 3UVDA 5D26A 3JVLA 5EWVA 5HRXA 3P1CA 5I88A 2N9GA 4UIZA 4QSQA 4TT6A 5FE1A 4A9KA 5J0DA 5EVAA 5LJ0A 4MEQA 2DWWA 5F25A 4IORA 5E3DA 5I7XA 2D82A 2DVVA 4NR4A 2E7NA 4TU6A 4XUAA 4Z6HA 5C85A 5KO4A 4QR3A 5FH7A 5DFCA 5CTLA 3O36A 3LXJA 5HCLA 5F1LA 4BW3A 5FH6A 4A9EA 4HBVA 5L96A 2RNYA 4QBMA 5K29A 5CQAA 5E9VA 5IGLA 3P1FA 5DKHA 5I7YA 3JVKA 4TT2A 4UIUA 4UITA 4N3WA 5DY7A 4A9MA 5HJCA 4IR3A 4O7BA 5DBMA 3MB4A 4BW1A 4NR6A 5KTXA 3VKGA 4NXJA 4IOQA 4QB3A 4YBMA 5II1A 4YY6A 4CUPA 5HENA 2F6NA 4CUQA 4UIWA 4DONA 4XY8A 2YEMA 4NS5A 4UYHA 5C89A 4QNSA 5II2A 5ENEA 5ENHA 4N4HA 3SVFA 4AKIA 4YYMA 4O75A 2OO1A 5LJ1A 5DFBA 5ENGA 4CL9A 5CUDA 5AD2A 5E9KA 3AQAA 4YY4A 5HRWA 4ZQLA 4LYIA 4UYFA 5CFWA 2WP2A 4MR6A 4QYDA 5C4QA 4J0SA 3UW9A 4HXRA 4LRGA 5F36A 4QZSA 4C67A 3ONIA 4Z1QA 4HXOA 4O7AA 4OGJA 5ENCA 3S92A 5D25A 3P1DA 2YELA 2DATA 2I8NA 3U5PA 4MR3A 4QSTA 5CQ5A 5BT4A 5EWWA 4QR4A 5AMEA 5H1VA 4NYXA 4O72A
chains in the Genus database with same CATH topology
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