5AC5A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with glcnac
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 265
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac5A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac5A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac5A01
1UR8A 4M29A 1KB3A 2V3EA 1RH9A 3AHVA 4JIEA 3T0BA 3AZRA 3EDDA 1VEMA 1XV8A 3L2MA 4AY1A 5IFTA 1OCQA 3O2LA 3PZNA 1V3LA 4MTVA 4P7OA 3DHPA 3GXIA 4D71A 2ZUTA 4UFJA 2AAAA 4F66A 4CD8A 3CZEA 3DYOA 1DWFM 5LA1A 5DEZA 1E71M 4OOZA 2OSYA 4CUCA 3N9KA 1N82A 1FA2A 2G3IA 2X8RA 2V38A 4MJ2A 2WAGA 3PZOA 4PCSA 4CGTA 3EDKA 3DYMA 2BXZA 5CQ1A 1B31A 4PTXA 4BQ2A 1DWGM 4ATDA 2F2HA 4HA1A 2OWCA 2FHBA 2DSUA 2O9RA 4HA3A 1E4IA 4J7RA 2W66A 5M17A 2BVYA 3CUGA 1Y7VA 1PZ2A 4BQ3A 4MNJA 4ATWA 2J7GA 3M6DA 4AIEA 5BXRA 1TA3A 2WBGA 1H3GA 2C7FA 3BSHA 5A8NA 1ISVA 3FHAA 1EGZA 4DM2A 2WZEA 3L4WA 2XFRA 5E9AA 1W3HA 5A6KA 1C8QA 4AZ5A 2J79A 2OSXA 4GI6A 1R86A 1HJSA 1XH2A 1XRVA 1CDGA 1OIFA 1ZBCA 1CGUA 1P6WA 4Z2HA 3VVGA 3PZGA 1UKTA 3MMWA 1US3A 1EXPA 1OGGA 2ZWYA 5JBFA 1XH0A 3CZJA 4EE9A 2YDRA 4U5IA 2YIHA 3VGFA 3VNYA 4ZE5A 3D3AA 5FKYA 5I3DA 4AZGA 1ZL1A 2ZICA 5IHSA 2A3CA 3T08A 4PMOA 2WMHA 1HJWA 4CD5A 1I1WA 5BRQA 1U33A 4M1RA 2WC4A 1CECA 3AI0A 3WF0A 1I1XA 3VD7A 2BY2A 1K6AA 3W26A 3W4RA 1C3FA 4W7WA 2VJXA 3IJ9A 1JFHA 4PN2A 2WSPA 4ZXLA 1CXEA 2FHFA 1UR1A 4D6GA 4CN6A 1KGUA 1V3KA 1UR4A 1VIWA 1X6NA 4OKDA 3PTQA 5CGMA 4EKJA 2EXOA 3SURA 1AMYA 1MW2A 4MNKA 1CTNA 4C7DA 3AHTA 3CMJA 1V08A 4XB3A 3K4DA 1BGGA 3W53A 3VD9A 4U3AA 4TVDA 4FLQA 5E6YA 2NSXA 5BWFA 3WKZA 2VCBA 1W2PA 1BG9A 1DP0A 4PMRA 4NRSA 1M03A 3G6MA 2X0HA 2GJRA 2VC9A 4PRWA 2CHNA 3WFZA 1MVYA 5A69A 1W32A 1H41A 4MDOA 4B15A 1B30A 1R87A 7TAAA 4UZUA 4U2ZA 2BHZA 3AIVA 5A1AA 3BAWA 4AD0A 3ARWA 4AC1X 2D0HA 1FFQA 1KBKA 3WMSA 4W84A 3VGDA 4QCEA 3CHDA 2NT1A 3VPLA 1RP9A 4UQDA 3LPPA 2EPNA 3CTTA 3SUWA 2E8ZA 1V3HA 1PX8A 1R7OA 1PIFA 1V6UA 3GNOA 3VIGA 5A2AA 1GOWA 4KWUA 2BVTA 4DUWA 4S3JA 1KCLA 2CXGA 2OSWA 3A3HA 3KL0A 3OLGA 1XCXA 1V6VA 4Z2JA 2YDSA 2ZX7A 1KWKA 3N1AA 4QCFA 2WVTA 3ZJ8A 3WQWA 4TUFA 5HOSA 3APGA 2HISA 3RPMA 1FFRA 2GJXA 3CUFA 1UKOA 3CH9A 1GORA 3VTRA 5ABHA 3VILA 3UCQA 3SUUA 3MSDA 5I23A 3BC9A 1FOBA 2ZUUA 3MV01 2JIWA 3SCTA 1E4MM 5A95A 2WXDM 2NW0A 4ACZA 5A94A 2B31A 5FD0A 4UFKA 1UD4A 1US2A 5FL1A 2X0YA 3NDYA 1EDQA 5I6SA 4LYQA 5A3HA 1HKJA 3GH7A 4UFHA 4BA0A 1SMDA 4CN4A 1QHPA 4HPHA 2VZUA 3AYRA 4QFUA 4JFTA 4TX8A 3WF4A 3L4YA 5E0FA 3GH4A 3POHA 3MO4A 2QPUA 3WQ5A 1UZ4A 5A6MA 1E40A 3OBAA 4M82A 2DPEA 1LL7A 4X9YA 4RE3A 2PWHA 1GCYA 3WD1A 4D1IA 4A4AA 1Q6EA 2PWGA 2EPKX 2PI6A 2XM2A 4AISA 1WDPA 4UOZA 3AMLA 1J18A 2CKSA 3MUY1 1PEZA 1OM0A 3PN8A 2OWXA 3WEZA 3QOMA 3IK2A 4PTWA 3SEPA 1CLVA 4JCMA 1Z32X 4GO8A 3SCWA 2OLHA 3EMCA 2Y4SA 4UOJA 2VOTA 4ZE4A 1GW1A 2BY3A 4E8CA 2FHCA 2ZXBA 2WHKA 2GVYA 3AMCA 4QLJA 1D2KA 5IFPA 4AZIA 2BHUA 3WH5A 4AZ7A 3OLIA 2VCAA 1TA3B 2JEPA 3VIKA 1HT6A 1EQCA 3WF3A 1GOIA 3L4XA 1PX3A 4XZWA 3OA5A 1CEOA 2J7FA 2YLAA 2WK2A 4TVUA 4ATLA 1KGWA 3F5LA 3ARYA 1CNVA 5EMYA 2QLYA 2BXYA 4W7VA 4H7VA 2VURA 1EOMA 5A6BA 3NSXA 3B9AA 2J75A 5D9OA 3AS3A 1YHTA 5EB8A 3WY1A 5C8BB 5FOOA 1CGTA 3HJEA 3JUGA 3WL0A 4AZ6A 3GYCA 2OYLA 4AEFA 1RP8A 2ZXAA 1SMAA 1KFWA 4FF5A 3ARRA 1HN1A 1EDTA 3OG2A 2JE8A 2YA2A 3PZQA 4HZ8A 3ALGA 2VQUA 1C8XA 3WIJA 1OD8A 1E6NA 1VFMA 1BLIA 2D1ZA 4R5EA 1NH6A 1JL8A 2J77A 1E4LA 3WF1A 3AMDA 5D4YA 3ZJ6A 2YOCA 3S2CA 1ZU8A 2GK1A 3K46A 4J3UA 3ZIZA 4CCDA 1B0IA 3W81A 1UH2A 3RO8A 4GPNA 1IV8A 3OLDA 3L4TA 1Q6GA 2DIJA 2BY1A 2EPMX 1QW8A 2J74A 3VX0A 2EJ1A 1HF6A 4RE4A 3WN6A 4D6EA 1WDSA 2G8ZA 1UOKA 1EQPA 3UR7A 1E1EA 3QGVA 6A3HA 2EPLX 3CGTA 1GQKA 4JFVA 3CUJA 1F4AA 2J7HA 1OB0A 4N42A 3OB8A 5EBAA 2E9MA 4ZENA 3A47A 4NSBA 2QPSA 5I24A 5EFFA 1WB0A 1BVZA 4MNMA 1D3CA 4GIAA 2VZVA 1Q6CA 2VX4A 4UQAA 1WZLA 2CITA 3VIIA 5M03A 1G0CA 1UWSA 3WQ6A 5BYWA 4D6CA 4UZSA 1XHGA 1PPIA 3WF2A 3ARTA 5BXTA 1OBAA 3L4ZA 2BV9A 4AMCA 3AXXA 3S6TA 5M5DA 2NT0A 3GNRA 5I78A 3O6AA 3W28A 1X1NA 1XD0A 4CVWA 2J25A 2V5CA 1J0YA 1MW1A 1LLOA 2DT3A 3MMDA 3II1A 3K1DA 2WCAA 4HMEA 3SUSA 3T2OA 5C70A 4PSRA 1VBUA 1J0IA 1SYTA 4HZ6A 4H2CA 1E70M 1NWTA 3CBWA 1EH9A 3L4UA 1JYNA 1VFUA 2CCRA 4IM4A 1GQJA 1OT1A 2YA1A 4B9ZA 1OT2A 5KEZA 5A8QA 1J0KA 2BS9A 3AHYA 2UY3A 3U7BA 3VGEA 4C7FA 3L4VA 3PHAA 1ISWA 4GZEA 4JAWA 4PMDA 1UD2A 4PEEA 3PTMA 4NZCA 1HJQA 2W61A 4AD3A 3ARXA 1E72M 3IJ7A 2GJXB 4ZFMA 1BFNA 2CETA 2VI0A 2EEXA 2WMIA 1FH8A 2XFYA 3BGAA 4A3YA 1X6LA 2WVSA 4WK9A 4JZ5A 3GBDA 4DWSC 4NI3A 4ACZB 1IT0A 3BSGA 2FDMA 3BXWA 1EO5A 3EDFA 4P8WA 4HU8A 3N11A 4FK9A 2CYGA 2GUYA 1QI5A 2D3NA 3PZIA 3GXDA 4PMVA 4PSPA 5I2UA 1W1TA 1LL4A 4WSKA 5BXPA 2YBUA 1TMQA 1E9LA 1CXFA 1Q6FA 2J62A 4HTYA 5C71A 2DT2A 1L8NA 1V3MA 1MW0A 3A6OA 5D8ZA 3AS2A 3DC0A 3KWXA 4GQRA 1ZBVA 1UKQA 4HZ7A 3AISA 1VF8A 2J7EA 3NYDA 3ARZA 1WPCA 3GTNA 3N18A 3ZM8A 2VZOA 1Q4NX 4UTFA 4OOUA 5ABGA 3UERA 2VUYA 3W25A 2CNCA 2BFGA 4WSJA 5DMYA 5E0CA 3WDIA 3FNDA 4WKHA 3IAPA 4LYPA 2VRJA 5A6LA 2C0HA 3VINA 4Z2KA 4B3KA 2QF8A 3F5JA 1UWTA 3GDBA 1UH3A 2D24A 1AVAA 1FH7A 2RGLA 4LXFA 1UQZA 4MB1A 3MMUA 3SCPA 1B90A 4CCEA 2XPKA 2AMGA 1JD9A 2YBTA 3M46A 4GXPA 1LG2A 9CGTA 1BYBA 2D0GA 4HU0A 1V3IA 2QV4A 4YPJA 4CKQA 4B3LA 1J0HA 3FY1A 1DWIM 2WANA 1PJ9A 2WZIA 1WP6A 2XJ7A 3CLWA 4W86A 3WD2A 3BMVA 5BXSA 1HKKA 2G4FA 2WVVA 1OWQA 4HPGA 1UUQA 4YHEA 4HOXA 4ZEPA 3VD3A 1TVNA 3OLEA 4D6IA 3AXIA 1XD1A 5HDRA 4AWEA 3CHCA 5CLTA 1VBRA 1B3XA 1BTCA 1LL6A 2EQDA 3MUIA 1G01A 3WQ4A 5JIWA 3ARUA 1SR0A 2WYSA 4PMNA 2XWEA 1JDAA 4GI8A 2YJQA 2WWDA 2W5FA 1K9FA 2D3LA 2GK1B 4BCEA 1EA9C 4H8VA 3T0AA 3MS8A 1C7SA 2QHAA 1M04A 2DGAA 1D7FA 2XYLA 5E6ZA 4DM1A 1CPUA 1NWSA 4GZIA 1HVXA 3MV11 2DQXA 4OBRA 1W1VA 2G3MA 4P8XA 5AYBA 1NM9A 2XTKA 4HA4A 4MB3A 3M7SA 1CWYA 1GVYA 1OINA 3AHXA 4JHZA 3AIUA 2XGBA 3VGGA 1E6PA 4HOWA 5M3WA 3LPFA 4MADA 4TOQA 5EFDA 4A3HA 3N04A 3N13A 3VM7A 1EIBA 5A8PA 2WMGA 1XH1A 5E70A 2YA0A 3W37A 4MJ4A 5CPTA 1E56A 1E0VA 1R8LA 2PBOA 3CUIA 3NUKA 4HP5A 2W4XA 2JF6A 3AIWA 5GPRA 2XVPA 2WLZA 4JKMA 3OGRA 3ZT5A 4D6DA 1W3JA 2O92A 1ISYA 1JGIA 3LPGA 3RM4A 4QAWA 1JAKA 3SUTA 4EAMA 4QLLA 2WM0A 1F4HA 1E73M 2DH3A 2JEQA 3OGVA 5CZKA 3N15A 1UWIA 4TTGA 3MANA 3VMNA 1M53A 1QNOA 3DECA 4PMZA 1OSEA 3PZVA 4LPCA 3K4AA 3NDZA 2DIEA 3T2QA 3NSMA 1BQCA 2VX6A 1WCGA 1JF5A 3WQVA 4DWSA 2E40A 1BSIA 1H1NA 3ZT6A 2WZHA 5CG0A 4M56A 4PTVA 1MFVA 4AXNA 2QMJA 3T09A 5CLWA 3UG3A 2G3NA 1QHOA 2VO5A 3VKKA 1GNXA 1HNYA 4UOQA 1VEPA 1W2VA 3WUFA 1J12A 3WNMA 1ITXA 2A3EA 4GQQA 2W91A 5HBFA 1FP8A 2OYMA 5FCZA 1GHSA 2WMIB 3GNPA 5I0DA 1E4NA 4HMCA 1GUVA 2BY0A 1Q6DA 2E0PA 1MXDA 2ZXQA 3QOKA 1MW3A 3SUVA 4XX6A 3VX1A 2VCCA 4LQ1A 1HIZA 1GQIA 1HX0A 3ZR6A 1FHDA 3EYPA 1XSJA 4P8VA 1TG7A 4M81A 3UG5A 4OUEA 2YL8A 1K9EA 2CBVA 3TP4A 4WKFA 3VIMA 1B9ZA 3UESA 3UETA 1KXHA 1HP5A 1C93A 1KQZA 4FMVA 4FLRA 2WMJA 4L4PA 4U3CA 3TTOA 2WC3A 4IUGA 6CGTA 1QPKA 2F61A 2Q8XA 1B3YA 1TFVA 1UA3A 1GOKA 2PWEA 4JL1A 1PX4A 1ZBKA 3VMOA 2GJPA 4UFIA 1HL9A 4BQ4A 5HXMA 1WZMA 4HMDA 1O7AA 3RDKA 3WUGA 2CBIA 1QNQA 1WDRA 4D72A 4PMXA 3OIHA 2OWWA 5LYRA 3HMCA 3UG4A 2ZX6A 2WW5A 2D20A 3KEHA 1V02A 4J28A 5I77A 4TTUA 3W0KA 5FIPA 3CO4A 4WF7A 1H0IA 4BZYA 3RM9A 2D2OA 4D6FA 1QW9A 1XC6A 4WKAA 2EO7A 1GJUA 5ABEA 4CU6A 1W9VA 4UCFA 1CXLA 2VNCA 2D23A 1V0KA 1EHNA 3CZGA 3WH7A 5AY7A 3DHUA 1VAHA 3ARQA 1JF6A 1TUXA 1CLXA 4F8XA 3FAWA 1BYAA 4WJXA 1B3VA 5CSYA 3WMCA 2WVVB 3WELA 2CBUA 4H8HA 3VIPA 3LPOA 2XVGA 1CBGA 3AIEA 2Z1KA 5CPSA 1W91A 3VD5A 2J7BA 3GM8A 3ZJ7A 4AD1A 3WUEA 1HJXA 2E4TA 2QMKA 3VM5A 5BRPA 3RMEA 2VVSA 1LJYA 1E55A 3VDBA 4KGJA 3WNKA 1OGBA 4AD2A 4MDPA 5JBDA 3VOCA 1V02E 1E5JA 3W29A 1NQ6A 2A3HA 2O9TA 2ZUVA 1WO2A 2W63A 4UQBA 2XM1A 4CD6A 2BVDA 1KXTA 1CGYA 3QHOA 5BROA 3D5HA 3AIBA 4EK7A 2JF7A 1BHGA 2VZTA 1OD0A 1CGVA 3VMPA 4E2OA 1QBAA 2UWFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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