5ADXA

Cryoem structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
b'IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN RELATED PROTEIN 1
molecule tags Structural protein
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5adxA03
5ADXH 3BEXA 5TKYA 1SZ2A 3EN9A 3GOIA 1GLEG 4BRFA 4AM6A 2V7ZA 1E4FT 2NRHA 5E26A 1DGKN 1ATNA 4JD2B 3C0BA 4H03B 2A6AA 2ASMA 5AQRA 4ISEA 3CJBA 1HUXA 1XQSC 3A5NC 4JD2A 5AZJB 2AA4A 4BR2A 4Y0WA 3O8MA 2W41A 3MDQA 4CZKA 3VEVA 1IG8A 5AZJA 4K25A 3VF2A 3F9MA 3WXKA 4H5RA 2A5XA 4FWPA 3CHWA 3G25A 3H46O 4A2AA 3MK6A 2IVNA 5AQKA 4O5FA 2P9UB 1E4GT 2NLXA 3R9PA 4IO8A 3L0QA 1DKGD 1QZ6A 3W3DA 3ENOA 4QS7A 2I7PA 4WQ5A 2P9UA 2VWBA 5AQQA 2E1ZA 1NGHA 2QWQA 4RCHA 1QZ5A 3QFPA 4FWRA 4C23A 4BG8A 3WXJA 2QW9A 2P9LB 1ATRA 2D1KA 3CJ9A 3CJ7A 5AZIB 2QWOA 4MLHA 1BUPA 2Q36A 4BRMA 1QQMA 3VF6A 5JMVA 4BRHA 2P9LA 5EXWA 5FPMA 4B1ZA 5AZIA 5AFUA 4BROA 3U9ZA 1T44A 3FE1A 3A5OC 4M7XA 3SMSA 3U4LA 3MN9A 3VGMA 1C0GA 1SAZA 4CI6A 4MLEA 1YVNA 3QB0A 4CJ7A 2FF3B 4F9OA 2BTFA 2ZGYA 4BRDA 2FLOA 3H45C 1QHAA 3FLCO 1KAXA 2ZWHA 1MWMA 2ZF5O 5AQHA 1BG3A 3AY9A 4IZ9A 3ZX3A 5BN9A 4B1XB 4FWQA 1D4XA 2QWPA 4HWIA 5AQUA 3H1QA 3CJCA 1NBWA 2IVOA 3MN7A 4H0VB 5AQIA 1T6DA 4JAXA 3VEYA 2BUPA 4FWSA 4GNIA 1X3MA 1NGJA 4EIAA 2D4WA 3ATVA 4BRQA 1GLLO 3ZETB 3HBTA 5BN8A 3D2FB 4FOEA 4H5VA 5LY3A 2J4RA 3IMXA 1NLVA 1NGIA 1U2VB 4H0XB 3KVGA 3ZETA 3D2FA 1WUAA 2YHYA 5AR0A 4CZHA 2F9TA 4H0YB 4BRKA 1U2VA 3L6QA 3DXMB 1Y64A 1TUUA 3VF4A 5AQZA 3FZLA 3QFUA 2V52B 3DXMA 4YDUA 3IUCA 3DAWA 3B8AX 2ITMA 1BO5O 3M3ZA 4BR9A 5AQGA 3MN6A 4WQ5C 4XH5A 2Q97A 3WXIA 5AQMA 4QS8A 4B9QA 4CZIA 2E2QA 4B1YB 4EHUA 4PL7A 3ZX0A 2E20A 3ENHA 2Q2RA 4BRCA 1QQNA 2QWNA 2OANA 2EWSA 4DB3A 5AQOA 1YXQA 3VEOA 5BRDA 5BRHA 3HZ6A 4QS9A 2IIRA 4H5WA 2P9SB 4KBOA 5AQXA 4BQZA 4M7YA 4PL8A 5ELZA 2P9SA 1KXPA 3C7NB 4B1VA 4L3QA 1NGFA 2A40A 3ULEB 1HKBA 3C7NA 1BU6O 2VCPA 5FPDA 4O8KA 2YCHA 4WYBA 2WUSA 1XUPO 3ULEA 4BGBA 4FOIA 4DQ8A 4FWLA 3SMPA 3QBWA 1S3XA 1NWKA 2ASPA 3O08A 3VGLA 3P4IA 4FL9A 5LJWA 4CD1A 3EO3A 3OHRA 2I7NA 3DXKB 3LDPA 2P9NB 4H0OA 2QWRA 3WXLA 1V4SA 2CH5A 4NO7A 1X3NA 2NZTA 1NM1A 3IDHA 5FPEA 4MO4A 3DXKA 3EKSA 4FWMA 2P9NA 3KHYA 2AP1A 4EAHD 3R6MA 1NGCA 1MWKA 3HSCA 4XH1A 4IWVA 2F9WA 5KQ8A 2CGLA 5AQTA 1MA9B 2YJFA 5AQNA 3H3OB 1NMDA 5KPTA 3O4WA 4CBUA 3LM2A 4H0PA 1JCFA 2P9PB 5F2RA 4CBXA 5BPNA 2E8AA 5AFUH 4Z94A 5AQYA 4FPAA 2P9PA 4AM7A 5KPRA 1S22A 1TUYA 3IFRA 4BGAA 4YDUC 2V7YA 1BWFO 1ZC6A 1Z6RA 1LCUA 2PBDA 3M1FA 3VEZA 5AQPA 2FSNA 3LDOA 2YHWA 1MDUB 3FR0A 3VEWA 5KPZA 1GLCG 2FF6A 1SQKA 2GTDA 4JNEA 4BC2A 1NGAA 3S41A 3SLCA 3EKUA 3GG4A 4K42A 4CZFA 4IXCA 4BR0A 2GWKA 4IJAA 3UE5A 3J8AA 4CZMA 4XEIA 3FZMA 3D2EB 5AQSA 2CH6A 4M63C 4DCHA 3LDQA 4BC5A 2QWLA 3FGUA 1J6ZA 3JXUA 3CJAA 1GLBG 3D2EA 4A2BA 4CZGA 2GEMA 4EFHA 2HF4A 4A62A 1ATSA 5JLHA 3AAPA 3BP8A 5CE3A 3AARA 3VPZA 4CBWA 3TPQA 4FSVA 1U6ZA 4BR7A 1HKCA 3O80A 2Q31A 2V51B 3CJ1A 1CZAN 4BREA 1V4TA 2HF3A 2E88A 5AQWA 4BQLA 3LL3A 2H3GX 5EY4A 1Q18A 3KZBA 5AQFA 5KQDA 2Q1NA 4J8FA 3FFKB 1ZXOA 2CGKA 4FWNA 2A42A 4JN4A 3FZHA 3WT0A 4K43A 3MMVA 3SJHA 3LDLA 4GY2B 4BG9A 4K41A 2P9KB 3CI5A 3TU5A 3UKRB 3H1VX 3A0IX 4BRGA 2GUPA 5I9EB 1BDGA 2A41A 3O6WA 3FZFA 3ID8A 3QBXA 1BA1A 3UKRA 2P9KA 3VENA 1K8KB 5BPMA 1P8ZA 3GE1A 2E2NA 3VESA 2GWJA 3QDKA 5ADXA 1NGGA 4FWKA 4FPBA 1NGEA 1RDWX 1K8KA 2HOEA 5EX5A 4H0TB 1GLAG 4CZEA 3LDNA 1NGBA 1NGDA 4WQ4C 3WUHA 2FSJA 2FSKA 3WQUA 1HX1A 1XC3A 1EQYA 1ESVA 3BF3A 1YAGA 2P9IB 4FWOA 4H5NA 3LM9A 3O1WA 1C0FA 2CGJA 5BREA 1TYQB 2P9IA 1R59O 1RGIA 1ZBSA 1T6CA 2YJEA 5EVZA 4DHYA 2ASOA 1TYQA 4BRLA 5EOYA 3QMLA 2UYTA 5JICA 5JLFA 1DEJA 1GLJO 3BUZB 4EHTA 3CETA 3EL2A 3VOVA 1WOQA 2Q0UA 3M6GA 1Z05A 3O5BA 3R8EA 3GDQA 1OKJA 2YI1A 4A61A 1GLDG 3GL1A 4LC9B 2YHXA 3RSEB 1YUWA 3BF1A 1H1VA 3VETA 2FXUA 3I33A 4MO5A 5E84A 3RSEA 3HI0A 3JS6A 4WQ4A 1BOTO 2GELA 3A5LC 4HTLA 4PKIA 3ATUA 4CZJA 3DWLA 4IJNA 3W0LA 2HMPA 1HPMA 5LJVA 2QXLA 4I6MB 3HTVA 3SK3A 4CD3A 3GBTA 3FZKA 5BPLA 2KHOA 3UKUB 3ZEUB 4I6MA 1IJJA 1LOTB 3A5MC 4B1WB 5AQJA 3DJCA 4PKHA 3UKUA 2W40A 3ZEUA 1GLFO 3H3NO 3VEXA 3O1BA 1JCEA 5B8HA 3CIPA 3CERA 3I8BA 5F0XA 4BVPA 3MCPA 4ISFA 4CZLA 4BC3A 4NB4A 2IVPA 2D0PA 3WQTA 3MN5A 2DPNA 2E2OA 4BRNA 1JCGA 3WEEB 3HM8A 3H6EA 1KAZA 2QM1A 1KAYA 3L4IA 4XH4A 1X9JA 3U8XA 4RTFD 3WEEA 3A8YA 4H5TA 4BR4A 1HJOA 1RFQA 4E1JA 4B1UB 5BRFA 3UB5A 4BRIA 2VYPA 1G99A 2E1YA 3ZX2A 2D0OA 4JHDB 2ZGZA 3CQXA 5AQVA 5AQLA 3AAQA 4JHDA 3VERA 4BRAA 5F1XA 4BC4A 4FO0A 4BR5A 4BVOA 1HLUA 2A3ZA 2Q0RA 5BR9A 4ISGA 3D7EO 1HKGA 3QICA 2PAVA 4PKGA 4BRPA 3VGKA 3U9DA 2QWMA 4RWTA 5FPNA 1QQOA 1BA0A 3CQYA 3EZWA 2E2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSVA 3CPWM 5ADXH 5TKYA 2EX3A 3EN9A 3K58A 2WTUA 4X65K 1E4FT 2NRHA 1RBTA 3CQ8A 4H03B 5AQRA 2QKKA 1XQSC 4IBNA 4FLWA 4Y0WA 3V9WA 1BISA 3BY5A 3O8MA 1YI2N 3VEVA 1IG8A 1SKRA 1N33K 1RDAA 2NRZA 3F9MA 3G71N 3O4NA 3AGRA 2KQ2A 1K8AO 4OKJA 3CHWA 3G25A 3H46O 4OGCA 3TSUA 3MK6A 4J2DA 4O5FA 1KTQA 1YT3A 3L8BA 3OYHA 2NLXA 3R9PA 3LP3A 4CFAA 2VQFK 3TTCA 3W3DA 3F9KA 3RTVA 3CCLN 4QS7A 2XY6A 2I7PA 2G8KA 5AQQA 4DV1K 4CCHA 4QOZB 3AV9A 3QETA 1NGHA 2QWQA 5M1KA 3AVCA 1D5AA 2QW9A 4I2QA 2P9LB 4DV5K 1LWFA 5AZIB 1UA0A 1N32K 2Q36A 2P9LA 4B1ZA 5AZIA 1S9EA 4BROA 3JYTA 4CF1A 1REVA 3SCXA 3QNNA 3IKMA 1TVRA 3A5OC 4M7XA 5DK5A 1IBKK 3MN9A 4FW1A 1SAZA 4M3XA 4E7LA 4N76A 3AVIA 3OJUA 3OYDA 5AJ3K 4FXDA 4CJTA 4FLZA 1J53A 4AHRA 1MWMA 2ZF5O 2A1RA 4MDBA 1YITN 4IZ9A 4LF5K 1Y97A 1JJ2M 4B1XB 1S6PA 2O8FB 2QWPA 4CECA 4CJEA 1NBWA 1QSSA 4H0VB 3SBTA 2O8FA 4GNIA 1X3MA 5GADP 1NGJA 4EIAA 3L2WA 3ATVA 4BDPA 4PA1A 5BN8A 4WFNL 3RRGA 2J4RA 3IMXA 4BECA 2D0CA 4KRFA 1U2VB 1NJYA 1NJWA 1U4BA 2YHYA 4CZHA 2F9TA 4C1NI 4H0YB 4DFPA 1U2VA 1TUUA 2XHBA 3L2VA 1TKXA 4IG3A 1VQON 3IUCA 2IDOA 4R5PA 3G10A 4BE0A 1NK8A 4NCBA 2ZD1A 3AGKA 2E6MA 4DU4A 4XH5A 4OKEA 4B9QA 1EP4A 3K9JA 4KV8A 1RT3A 3K9KA 2DTUA 2R7YA 3OYKA 4M3UA 3O9UA 2OANA 2EWSA 4MQ3A 5AQOA 3VEOA 1EO1A 3HZ6A 3OYMA 4FLYA 1XC9A 3ZT3A 4FM2A 4PUOA 1QTMA 1HRHA 1OVYA 5C12A 1S1WA 4YOUA 4M7YA 4F8RA 2HW3A 4C8LA 3LWMA 4AQYK 1TKZA 3AA3A 4JKEA 2WBNA 5M1NA 4DR5K 4KHYA 5JVGL 3ULDA 4J2AA 3ZSXA 1IBMK 2HMIA 1NG9A 4JRPA 3QIOA 2G8VA 4FWLA 2FBXA 1NWKA 1NK9A 4DSLA 3P4IA 3OHRA 2HBMA 2I7NA 3DXKB 2HNDA 2QWRA 4MO4A 3DXKA 1VQ5N 4FWMA 3KHYA 3DM2A 4IWVA 4CERA 4KPYA 2CGLA 4BE1A 4HCCA 3VTHA 4LFCK 5KPTA 2F7TA 4RW7A 3SUNA 2OA8A 2QTDA 1RT5A 2E8AA 5AFUH 4FM0A 2VWKA 4KH6A 3TTDA 4B3SK 2UUBK 3BZCA 3PUFA 4BGAA 4YDUC 2PYJA 1ZC6A 1YJNN 4WF9L 1LCUA 3RVCA 4BACA 2G8FA 3M1FA 3VQBA 3KK1A 4CEFA 4FCYA 1KCFA 4CHZA 4DUZK 1LAWA 1TAQA 3M5RA 3E01A 1VQ7N 3ZSQA 3VEWA 5KPZA 1GLCG 2FF6A 4JS4A 4E1MA 3CCEN 4AH9A 4JK7A 3AA4A 3NFAA 1B92A 3DYAA 3EKUA 3GG4A 4O4GA 4BR0A 4IJAA 3SQ1A 4CZMA 3HJFA 1OVQA 4XEIA 2BDPA 2HBJA 3FGUA 1J5EK 4YOXA 1GLBG 4DLEA 4CZGA 2F8SA 2B5JA 4EFHA 2WOMA 4A62A 2OPPA 5CZ1A 5FRMA 1N6QA 3SUQA 1HKCA 3O80A 3LZJA 4BREA 3CCRN 2HF3A 2E88A 4BQLA 3LL3A 1SL0A 1RT7A 4B9MA 1Q18A 4RW6A 3R1XA 4GW6A 5KQDA 4BWJA 4CHQA 4DF8A 2FC0A 2Q1NA 3FFKB 1ZXOA 4KTWA 2Z1JA 3WT0A 3FZHA 2PFUA 4OPHA 3S3MA 3SJHA 3LDLA 3V81A 2NRRA 3TU5A 3NCIA 3H1VX 4JKCA 2B6AA 2GUPA 4FJLA 4O0IA 3MECA 2YHBA 4FJ9A 3FZFA 2HVHA 4CGGA 1WAFA 1IO2A 4IOCL 5ADXA 3QDKA 4E7HA 3MWTA 4H0TB 1GLAG 1NGBA 4JKBA 4B3MK 3F73A 1BQMA 3HL8A 4WQ4C 2ZQBA 2FSJA 4LF4K 3QESA 4KFBA 4KHQA 2Z1HA 3E1YA 5C10A 1XHXA 3THYB 3AVNA 1IH7A 1O13A 3BF3A 4LH5A 1C0FA 3VTIA 1VQLN 2GUIA 4PHTX 3ZSRA 3THYA 4NYNA 1TYQB 1U47A 4EZ9A 3ZCMA 4CEAA 1ZBSA 1T6CA 2ASOA 3HOTA 1TYQA 4L8RB 4BRLA 5JICA 5JLFA 1C1CA 3K0SA 4FLVA 5KRTA 4W5RA 3BUZB 4EHTA 1BL3A 3B6PA 1Z05A 4A61A 1GLDG 3ZT2A 2G8WA 4X62K 1YUWA 1KLMA 4JI0K 4DU3A 2Z1GA 1NOYA 1JKHA 3VQAA 1BIUA 3RMDA 3AO2A 3HI0A 3LPTA 1CLQA 4WQ4A 1BOTO 3AVMA 4PKIA 3NHGA 3KIOA 1UWBA 3DWLA 3KLHA 4NXNK 2RF2A 3NH1A 5LJVA 4K8XA 4C8MA 1L3TA 3SK3A 4CD3A 3GBTA 1LW0A 4DTRA 2ETJA 3ZEUB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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