5AFUA

Cryo-em structure of dynein tail-dynactin-bicd2n complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Motor protein
molecule keywords DYNEIN TAIL
publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5afuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5afuA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5afuA03
1U6ZA 4XH5A 1ATNA 2CH5A 2IVNA 3D2EA 1JCFA 3EKUA 2CGJA 4BC3A 4BRKA 4BRNA 4B1XB 3TU5A 5BPMA 4BG8A 2V51B 1R59O 3CJ9A 4I6MA 3WXIA 5AQQA 4ISEA 4CI6A 5FPDA 4BRFA 4BROA 1NGGA 1HJOA 5FPEA 2QM1A 2CH6A 2P9IB 2A42A 5AZJB 4FSVA 4H5NA 3ZEUB 5AQZA 4DB3A 3ULEB 1TYQB 5ADXH 2FF6A 1NGBA 2YHXA 2QWLA 3VEVA 4A61A 1BWFO 4FWQA 5ELZA 1NWKA 1OKJA 4BRHA 4RWTA 3RSEB 3GDQA 3U9ZA 1KAYA 3FLCO 3VEZA 1MDUB 3LM9A 1GLFO 3I8BA 4WQ5C 3CQXA 2A41A 3LDOA 1QQMA 1NGCA 4ISGA 3J8AA 1QZ6A 5AZIB 1K8KB 3MN9A 3WXKA 5BREA 1NGEA 4IJNA 2QWRA 1GLEG 4LC9B 1D4XA 2GTDA 1NGJA 2Q31A 2W41A 2ZF5O 2ITMA 3VENA 4JHDA 3QDKA 5AR0A 3R6MA 2P9PA 3BF1A 3CQYA 4MLEA 3AY9A 5JICA 2E8AA 1WUAA 3AAPA 3BEXA 1IG8A 1HLUA 4FWNA 4NO7A 2FSJA 5E26A 1ZBSA 3LDPA 3O5BA 2DPNA 4H5RA 1RDWX 4A2BA 4XH1A 3LM2A 4JAXA 4EHTA 4XH4A 2P9NA 5AQMA 3HSCA 4BR4A 2Q97A 5TKYA 3BF3A 4CZLA 2QWMA 2YCHA 1Z05A 4RTFD 5AQLA 3R9PA 4RCHA 3WEEA 3OHRA 3IDHA 2GEMA 4BREA 4HWIA 4CZMA 4B1UB 2D1KA 3A5LC 2FSKA 2ZGYA 2AA4A 3BUZB 4IZ9A 1RGIA 1BUPA 3VF6A 4H0YB 3VPZA 2FSNA 3VF4A 2BTFA 2WUSA 3KVGA 1T6CA 4FOEA 5KPTA 3AARA 3UB5A 3SMSA 3FZMA 3L4IA 2P9IA 3FZKA 4BR9A 3EL2A 5AFUH 3O80A 5AZJA 2P9KB 3WXLA 3ZEUA 1T44A 3DXMB 3HI0A 1TYQA 3ULEA 3QB0A 3HBTA 3R8EA 3EKSA 3M1FA 4B1YB 5JLHA 4CZJA 3BP8A 4YDUC 1KAXA 3IUCA 1HUXA 3GL1A 4XEIA 2AP1A 3UE5A 4BRAA 1E4GT 3RSEA 5KPRA 2HOEA 2HMPA 3VOVA 4FWMA 3VEWA 1Z6RA 3QFUA 1BA0A 4FWKA 1KXPA 2QXLA 3U4LA 5LJVA 4Z94A 4CZEA 3H45C 4B1VA 3FR0A 3VGLA 1ATRA 5FPNA 5AQUA 5AZIA 1GLLO 1K8KA 3O1WA 2ZWHA 5AQRA 3A5NC 2CGKA 5EX5A 4BRQA 4IO8A 4M7XA 1QZ5A 2OANA 4DQ8A 4M7YA 3ATVA 1HX1A 2A5XA 1H1VA 2P9UB 5BR9A 3CJAA 3KHYA 2IVPA 5AQHA 1YAGA 1DGKN 4BRLA 1ZC6A 3FGUA 4H0VB 2GWJA 1WOQA 4FPBA 4CZGA 2GWKA 3KZBA 3A5OC 3MCPA 3MK6A 3VETA 4A62A 4B1ZA 4PKIA 4BQZA 4FWPA 1TUYA 4H5TA 4BR5A 2BUPA 2NLXA 3O08A 5BRFA 1XC3A 2J4RA 3S41A 5EOYA 4BRDA 2W40A 3A0IX 3CJBA 3EO3A 4K25A 4WQ5A 3C7NB 1DEJA 3HTVA 4H0TB 3U8XA 3JXUA 4K43A 4GY2B 4QS7A 3WT0A 1LCUA 4E1JA 1YXQA 3MN7A 4CBUA 2ASMA 2FF3B 2E1ZA 2YJFA 3G25A 5AQNA 2F9WA 3W3DA 1X3NA 4MLHA 3ENOA 2Q0RA 3HZ6A 2P9KA 2P9LB 3EN9A 3DXMA 1DKGD 1S22A 2KHOA 3O6WA 4CBWA 3IFRA 5AQVA 3UKRB 1RFQA 4FO0A 1ATSA 1IJJA 3JS6A 3U9DA 3QFPA 4EFHA 2IIRA 2NRHA 2QW9A 4MO5A 2YHWA 1GLAG 3B8AX 3CIPA 4FWRA 1LOTB 2HF3A 2ZGZA 3A8YA 2Q36A 3LDNA 4QS9A 4BC5A 3HM8A 5I9EB 3ZX0A 5BRHA 4BRMA 2IVOA 1EQYA 5BRDA 2Q2RA 2HF4A 3LDQA 3QMLA 3WUHA 1X3MA 4BGAA 3A5MC 3DAWA 5KQDA 3UKUB 4AM6A 2Q1NA 2YJEA 4BC4A 5JMVA 3FZLA 1NMDA 2GUPA 3MN6A 4BGBA 4WQ4C 5AQJA 1NGHA 1NGAA 3M3ZA 4IXCA 4CZHA 3DJCA 3VERA 2V7ZA 3CJCA 1QQOA 2P9UA 1Q18A 4IJAA 4KBOA 1BG3A 3H46O 4WYBA 2E20A 3M6GA 1U2VB 4FOIA 3WXJA 1KAZA 3O1BA 4L3QA 4IWVA 3TPQA 4YDUA 3H1VX 1NGDA 2E88A 4CD1A 4EIAA 3AAQA 3H6EA 2F9TA 3D2FB 3MDQA 5EVZA 2D0PA 3DXKA 5AQWA 3MN5A 4CD3A 1Y64A 4FL9A 4CJ7A 3VEYA 2QWNA 3SLCA 5KPZA 2D0OA 3C7NA 1GLDG 2GELA 1GLBG 1YUWA 1TUUA 2NZTA 2FLOA 1HKGA 3O8MA 4BVPA 2E2PA 1NBWA 2VCPA 3H3OB 4MO4A 1BOTO 1QQNA 3VGMA 3H3NO 4BQLA 5BN9A 3W0LA 3ZETB 5KQ8A 3F9MA 3IMXA 4O8KA 4H5VA 2YI1A 2P9LA 3FFKB 4BRGA 3CJ7A 3GE1A 1ZXOA 5AQFA 3QICA 4H03B 2E2OA 5E84A 5F1XA 3UKRA 1MWKA 1XQSC 1YVNA 4JD2A 5LJWA 3C0BA 2VYPA 3WQTA 3CI5A 3MMVA 4GNIA 5AQSA 4H0XB 4CBXA 2ASOA 1MWMA 3WQUA 3DXKB 4A2AA 1SZ2A 4H0OA 4B9QA 1NM1A 2P9SB 2PBDA 5F0XA 2CGLA 1P8ZA 3LDLA 3P4IA 4PKGA 2VWBA 4K42A 4BRIA 1E4FT 4JNEA 4F9OA 5ADXA 1QHAA 1XUPO 5AQGA 5EY4A 3VESA 3UKUA 2I7PA 5BPNA 1J6ZA 2A40A 1X9JA 3D2EB 2FXUA 2V52B 3VEOA 4PKHA 4O5FA 2ASPA 4K41A 1GLJO 4BR2A 4CZFA 1S3XA 2D4WA 1GLCG 3VGKA 4BG9A 3I33A 5B8HA 4H0PA 1SAZA 3QBWA 4I6MB 5AQPA 3EZWA 4J8FA 5AQYA 1HPMA 2PAVA 4ISFA 1JCGA 1C0GA 1NGFA 2V7YA 1U2VA 3O4WA 4JD2B 4BRCA 1CZAN 1NLVA 2QWPA 1HKBA 3ATUA 4FWLA 4CZKA 3CJ1A 2QWQA 2QWOA 3H1QA 1SQKA 4CZIA 3CERA 1G99A 3ID8A 3VEXA 1T6DA 3ZX2A 4DCHA 5LY3A 3D2FA 4FWSA 4BVOA 1BDGA 3DWLA 5AQIA 3ZX3A 4NB4A 2E2NA 1MA9B 4DHYA 1BO5O 4B1WB 5AQTA 3CHWA 3FZHA 2A6AA 2YHYA 4H5WA 1HKCA 3FZFA 3GG4A 3QBXA 4QS8A 3L0QA 5CE3A 5AQKA 3SJHA 4BR7A 4WQ4A 3ZETA 1JCEA 2UYTA 4Y0WA 5AQOA 4EAHD 2I7NA 4AM7A 3L6QA 5AQXA 1C0FA 4FPAA 4JN4A 2E2QA 5FPMA 3D7EO 2H3GX 4JHDB 5EXWA 3FE1A 2P9PB 1BA1A 4HTLA 3GBTA 1BU6O 3SMPA 4BRPA 5BN8A 1NGIA 5BPLA 4BR0A 1V4TA 4FWOA 3LL3A 2P9SA 3CETA 4M63C 2P9NB 3SK3A 1V4SA 3ENHA 4BC2A 4EHUA 5AFUA 2EWSA 2A3ZA 5F2RA 4PL7A 3GOIA 2E1YA 3VF2A 1ESVA 4PL8A 4C23A 2Q0UA 5JLFA 3WEEB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP1A 3R3LA 3SQ0A 2QKBA 2ETJA 2G8VA 3SAHA 5T7BA 2CGJA 3TAGA 1J53A 2UU9K 4LF8K 4BC3A 3VQDA 3DMJA 1QSLA 4KHSA 5BPMA 2F4VK 1I39A 3CJ9A 1RTDA 4I6MA 3G10A 2UXBK 4BRFA 2E5LK 2QK9A 3I0RA 5FPEA 4IO9L 2QM1A 2NRXA 4H8KA 3EE8A 3BDPA 4DB3A 3AVFA 4Z4EA 1RBTA 2FF6A 2YHXA 3DRSA 4A61A 2X78A 5M1PA 1YJNN 3D6RA 2B5JA 1GOAA 2NUBA 4U7BA 4DTNA 3LP2A 3U9ZA 3RRHA 5GIOA 3LM9A 1GLFO 3QIPA 4B3SK 1U45A 2D0AA 3LDOA 3CFPA 5LMNK 3V9XA 3E9OA 4CESA 5AZIB 4DSEA 1RT6A 3C6TA 3HK2A 1HNVA 4DUZK 1KCFA 1NGEA 1JLQA 4MQ3A 4U67L 3OYNA 4G9ZA 1DTTA 1D4XA 4JKGB 3CC2N 2HNYA 2ZF5O 3VENA 3VTIA 1UA0A 3LZIA 1IBLK 5JICA 2E8AA 1S1TA 2FSJA 1ZBSA 3QLHA 1LAWA 1RDCA 4N5SA 1LAVA 4RW6A 4YOXA 3RWUA 4FJNA 4MDBA 4XH4A 4AH9A 4NCAA 1NK4A 1NK8A 3ZSXA 4DR5K 3ITHA 5AQLA 4DF8A 4RCHA 1XC9A 5H1SQ 2YNFA 1N36K 4BREA 4E89A 2KLAA 1HNZK 4IEIA 2YV0X 3F5TA 3VF6A 4JKAA 2WFBA 4CJTA 3NH1A 2A1RA 2WUSA 3KVGA 1KVBA 2RE2A 3PX0A 3NH2A 4DFKA 1P90A 4J2DA 3EL2A 5TKWA 3HI0A 3QB0A 4Y1DA 4BE0A 3HBTA 4JK8A 3M1FA 4M41A 4B1YB 4Z4FA 5JLHA 4CJEA 3IUCA 1HUXA 2IS3A 4DF4A 4IDHA 4BRAA 2DFFA 1LW2A 1NK0A 4AHCA 4JS5A 3TAFA 3P38A 4KH6A 4B1VA 3AGKA 4IFYA 1MU2A 1JLBA 1WSFA 4XIUA 1VK0A 4JKHA 5AZIA 1FKPA 3O1WA 4BDYA 2ZWHA 5EX5A 1OH6A 4JKGA 4BRQA 4RW8A 2Z1IA 4OKKA 1ASUA 1KRPA 3ZT0A 3ATVA 4DU3A 1NKEA 2A5XA 4ICLA 3T69A 3AVCA 4ILHA 5BR9A 5FLXO 3TAQA 5AQHA 2UXDK 1YAGA 3TR8A 3IAYA 3ZYYX 3PO5A 3DLLL 1C0TA 2DTUA 4O44A 3NF7A 3KD1E 4E7JA 2QKKA 3DYAA 4CZGA 2GWKA 3KZBA 4JS4A 3MK6A 1VQ8N 4JI1K 4JKDA 2W6LA 1XHXA 4H5TA 4DV1K 4IOXA 1WSEA 3NVMA 4HUGA 4DQSA 3S41A 3VQ5A 1QVGM 4WQ5A 3A0IX 3C7NB 3T1AA 4Z4GA 3HTVA 3U8XA 1NJWA 3PLAA 3AVBA 4GY2B 2VGMA 2QA4N 1YXQA 4C8OA 3MN7A 4LH4A 2ASMA 4CBUA 1N33K 4IBNA 3NGZA 3NVKA 1VSKA 3O9TA 2G8KA 4FLUA 4CF0A 4MLHA 3A2FA 3ENOA 4CJKA 1HYSA 1DKGD 1S22A 5AQVA 1RFQA 3AO5A 2IDOA 3MWTA 4FW2A 1UWBA 3JS6A 1CZ9A 3U9DA 1D5AA 4W5NA 3TI0A 3K9JA 2QW9A 3NF8A 4WFAL 3TAPA 4FWRA 2BH1A 3CIPA 3A8YA 4IOAL 5BRDA 3LDQA 3MX2A 3KK7A 3L2UA 1X9MA 1D9FA 4OJRA 1QSSA 3UKUB 4AM6A 3LALA 5CZ1A 3MEGA 2R7YA 2GUPA 2BGGA 3MN6A 4BGBA 4WQ4C 3DJCA 1EX4A 3RVCA 4IJAA 1BG3A 4JI0K 4R5PA 4JKFA 2JGUA 4DTUA 4M3ZA 3WXJA 5J2PA 2ZJRL 1KAZA 3TWHA 4CFAA 3HM9A 2HBMA 3TABA 1YITN 4DQPA 3C6AA 3AAQA 2F9TA 1UAXA 3VQ4A 3DXKA 4KFBA 3WNEA 4AQYK 1Y64A 3VEYA 2X74A 2F96A 2PY5A 3THYB 3BZKA 5KPZA 3C7NA 1CXQA 1GLBG 5DMRA 4YOYA 1O1WA 1X1PA 1TUUA 2NZTA 3L3VA 2E6LA 2FLOA 2VCPA 1WN7A 3H3OB 3CC4N 4CF8A 4ID1A 3ASMA 1NMNA 3H3NO 4BQLA 4CERA 5BN9A 5CHIA 2HBKA 1OVYA 1VQPN 3MEEA 1JLAA 3CJ7A 3AVAA 1VSIA 5HLFA 1VQMN 3CCSN 3KLFA 5E84A 2DFEA 5F1XA 2WOMA 1K73O 3CCLN 3P39A 3E01A 4A2AA 1SZ2A 4H0OA 4IDKA 1NM1A 1N34K 4PUOA 4KHNA 2JLEA 2CGLA 3D45A 3P4IA 3AVIA 2VWBA 4W5OA 4E7IA 3QESA 1RILA 1QHAA 4NCBA 1XUPO 5AQGA 1RTIA 3UKUA 4IKFA 1JL2A 1A5XA 3ID6A 4DR6K 3SYZA 3VEOA 3NCIA 1X9SA 3VA0A 2D4WA 1S6PA 3VGKA 3QNNA 5AQPA 5CY4A 5AQYA 3TAEA 3NGYA 3V81A 3HPGA 2KTQA 4ISFA 2FBYA 1C0GA 2WC9A 1BCOA 3RMCA 4M42A 1NLVA 1Q8IA 3K5OA 5M1FA 3ULDA 1CLQA 3ID8A 3K5NA 1T05A 3V9UA 5LY3A 4FWSA 1LWEA 4WCEL 1HNIA 4GV9A 3VN5A 1J9AA 3VQ9A 4QCLA 1XNRK 1T03A 3KWGA 3L2RA 3THYA 4O5BA 4E1MA 4KO0A 3CHWA 4JI4K 3NBPA 3FZHA 2A6AA 4H5WA 3NGIA 1VSFA 3GG4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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