5AH8A

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ah8A00
1ODYA 1A30A 5P4XA 1ME6A 3U6AA 1W51A 4GJ7A 2G1RA 2AQUA 5P8AA 4J0YA 3ER3E 1OEWA 3BC4A 3QPJA 5DQ5A 4QJ9A 3NU4A 5P2UA 5P5MA 5I3VA 3L5BA 3ZOVA 4Y5PA 5JODA 2BJUA 5P1KA 5P7KA 5P07A 2QNNA 2QU2A 5HCTA 4YHQA 4DQEA 5SY3A 1ZLFA 4J1EA 4FM6A 3TLHA 3R0WA 4DQBA 5P2CA 1YTHA 5DR3A 4A4QA 2P8HA 1ZPAA 2NR6A 6UPJA 4I0DA 5P7IA 1IBQA 5P20A 4JOOA 4HVPA 5P4YA 1WKRA 3NXNA 1K1UA 3LIQA 4EHCA 4Y3YA 4YE3A 5P5WA 1B6PA 1CZIE 5DR0A 4Y3TA 5OZYA 3EKQA 3SABA 3OQAA 3VG1A 1EPPE 4K8SA 3CKPA 5JG1A 5OZ8A 4DUSA 4OBKA 4LHHA 4GZFA 5C9BA 2Q63A 4Y6MA 3OOZA 1SDTA 5P6QA 1FMUA 1APTE 3CYXA 4LC7A 1C6YA 5P31A 3VEUA 1TZSA 3NU3A 2I1AA 1TSQA 1MVPA 5OZ1A 2VIEA 3OQKA 3LITA 2H6SA 5P6IA 2EWYA 4RRSA 4B72A 5HU1A 5COPA 3F9QA 4DI2A 1T7KA 3O9EA 4K9HA 5KR8A 5I3YA 5OZ7A 5P3DA 2G26A 2FNSA 3UHLA 4R92A 6APRE 3AUPA 1IIQA 1HIHA 3I25A 5OYWA 5P16A 4EJ8A 2VS2A 5P3OA 5P25A 1LYAA 5AH6A 3RTMA 5OYVA 4EJKA 2HS1A 1HPOA 2WF2A 3EL9A 3QBHA 2ZJJA 5OZZA 5P3VA 1D4LA 4CKUA 2IGYA 3OUBA 1SP5A 1NPVA 5OYTA 1ZJ7A 5APRE 4JECA 2PWRA 1EBKC 4TRWA 5IVQA 1FG6C 5P0ZA 5P60A 2AOHA 1QS8A 3KFPA 3GI0A 5P0SA 2G21A 4EQ0A 1M4HA 3O9IA 1E82E 1PSNA 4Y4EA 3PSYA 3UTLA 5P7OA 1PSAA 1BXQA 2JE4A 3UPJA 4NJUA 5P3LA 1SDUA 3ZPTA 2FGVA 5CONA 5P38A 2PQZA 5P8IA 1MT8A 4Y39A 2ZDZA 3O9HA 1MRXA 5P1IA 1M43A 1BXOA 2ASIA 2RMPA 4Y4JA 9HVPA 4M8XA 3RTHA 3R4BA 4OBZB 2VKMA 1HEFE 5P62A 1TCXA 4D89A 4Y9WA 5OZCA 2VIYA 5P55A 3RVIA 2A4FA 2ZE1A 2NXMA 5P1WA 3UDHA 5P5BA 3L59A 2PYMA 2IENA 1HIIA 4J1IA 5P8JA 2WEBA 5OYXA 4OC6B 4YCTA 3D1ZA 3UFNA 5P1TA 3KFNA 3PI0A 3K5GA 2B42A 5P1BA 2AVQA 5P75A 4Y3QA 1CMSA 5P7UA 1IZEA 2G20A 5P8FA 5P2JA 1QBSA 2JJIA 1MERA 3QRVA 3S8IA 5P8EA 3I7EA 5P2QA 1YM4A 2V12C 5P61A 5P5SA 1A8KA 4DVFA 5KAOA 1ENTE 1FF0C 2R5PA 5ISKA 3D1YA 4R95A 2QHZA 2HIZA 1LV1A 3MXEA 5P0GA 3QROA 5ER2E 5P3KA 1RV7A 5F00A 4XXSA 5P8NA 3UCBA 1AVFA 5OYRA 5P5EA 5P2WA 3OHHA 3O9BA 3OAGB 3NDUA 3ZKNA 4DQHA 1MPPA 3PGIA 1FQ5A 3L5EA 5P7SA 5AHBA 2FXEA 5P3JA 2FNTA 3ZLQA 3INDA 4FLGA 4TRYA 3Q4BA 1A94A 4ZIPA 5P77A 2NMYA 5AHAA 5SY2A 3WB4A 5P66A 3S45A 4IVTA 4FGXA 5P4VA 5OZOA 2I0DA 1B6JA 4HE9A 5P6VA 3SKGA 5SZ9A 2R5QA 4ZSRA 1T7IA 4OD9A 5P82A 1IVQA 2F3KA 4CP7A 5OZVA 4YD5A 3R2FA 4J0ZA 4MC2A 3RTNA 2XFJA 4D88A 1EBYA 3NU6A 4FAEA 2QMGA 1GVUA 4QJ7A 3ZMGA 1ODWA 1FQXA 3PSUA 4H3GA 3O9LA 3DV5A 5P8OA 2CEMA 4Y3MA 7UPJA 3CMSA 5P1LA 2VA7A 4Y5EA 5P0RA 4I0JA 3SAAA 1IZHA 3PJ6A 4FCOA 3UF3A 1QBRA 4EP3A 5P5IA 1SMEA 1B6MA 4DJPA 5OZAA 4RYCA 2BPXA 1G6LA 1FQ4A 2VJ9A 2QI1A 4KE0A 4Y51A 5P0HA 3PEPA 1BDLA 5KQYA 1SDVA 5P69A 1EPNE 1MT9A 4DQCA 5P4OA 5OZDA 3WZ7A 3BVBA 2IDWA 2CEJA 5P5CA 5P45A 4RCEA 5P3HA 2FGUA 2ZJKA 3SA7A 4Y4DA 1KJHA 3AIDA 2Z4OA 3KN0A 5P0YA 1T6EX 3NDWA 2H6TA 3NU5A 4DPIA 3URJA 5P7QA 5OZLA 3DM6A 5P8CA 4Y4ZA 3GI4A 3QP0A 5DPZA 1FKNA 4QJ8A 5P1JA 4Y4BA 1K6TA 5JFPA 3PBDA 5P22A 3QI1A 1ZP8A 3IGBA 3NWQA 5P57A 4CPUA 1HEGE 4GJ6A 4CPSA 2XYFA 3T7XA 5DQ2A 4HLAA 5P03A 3VSXA 3IN3A 5P5DA 5P0AA 2ZJLA 2WL0A 3IVIA 5P4GA 5P04A 2QD6A 5P8LA 2ER7E 4DH6A 2NNPA 4OBHA 1APVE 1IDAA 2WF0A 1B5FB 1EPRE 2OHRA 5P8HA 1VIKA 4EXHA 3N3IA 1META 3ST5A 5P2TA 4L7GA 5P19A 4F73A 3IVHA 4J1KA 5P4LA 5P3MA 2QAKA 3OU4A 4Y5AA 1MIQA 2NPHA 1HTRB 3PSGA 4Y3NA 3ZKMA 3K1WA 5P6OA 5P72A 3WSJA 3UQXA 2QI5A 2AZ8A 3SA5A 4YD6A 4B00A 5P6BA 3OQFA 3APRE 2G1SA 3TL9A 3T7PA 5EZXA 3FSMA 1HBVA 4Y37A 5P35A 5P3GA 5OZ0A 5P0WA 5HDUA 3L58A 1BAIA 1HWRA 1AZ5A 3HBOA 5P1CA 3Q5HA 3A2OA 2BKTA 5P65A 5P0DA 1K6CA 4YBIA 4I0IA 2P3DA 3OQDA 3OOTA 3KM4A 4L1AB 5P78A 5P5QA 5P4PA 3IXOA 5ENMA 2QHCA 5P2IA 1FLHA 1EPQE 2Q54A 1APUE 4HDPA 2OHTA 2QMDA 5P8GA 3ZKXA 5P39A 1K1TA 5P1YA 3IA9A 4GJ9A 1NSOA 3SA3A 1PPME 5P51A 3LZUA 2G1YA 1LYBB 1A9MA 2FIVA 4DFGA 5P4KA 1CPIA 2PK5A 3OTSA 5P4MA 2P3BB 5P4SA 3T6IA 1QDMA 4J55A 2P4JA 5P3FA 4QLHA 2CENA 5P1UA 2R8NA 4GIDA 4DJYA 3B80A 2RKGA 5P8SA 4NJVA 2B60A 5OYQA 4UPJA 2J9JB 5P27A 3IXJA 4Y5LA 5P2ZA 5P5XA 2BPZA 5P8TA 1T6GA 3KDDA 5P79A 3IN4A 1NH0A 2XFKA 3ZPUA 2QI3A 5HE7A 5P4FA 5P1QA 4Y3AA 4Z2ZA 1W5VA 4EJDA 4M8YA 1FMBA 5P6WA 2VA6A 5KQFA 5P74A 1XS7D 2APRA 2PSUA 2G69A 1G35A 5HDVA 1MSNA 4B77A 4DJOA 1ZTZA 5P0OA 5IVTA 3OADA 1MESA 4L6BA 5P2MA 5IVRA 2AVVA 5P84A 4EQJA 2AZCA 4J0PA 1N49A 3UQRA 3GW5A 2Q55A 3EM4A 3EKYA 1LF3A 3CIBA 1EBWA 5P29A 3BGCA 3DJKA 3C9XA 5DQ1A 2AOFA 4Y3RA 3EM3A 1LEEA 1AJVA 4Y3JA 2QMFA 3KYRA 3LPIA 3HAUA 4KE1A 3EXOA 1DW6C 5P28A 4HDFA 4I0HA 4NPUA 3DCRA 1F34A 1MUIA 2V10C 2AOJA 2Q3KA 5P0BA 1MTBA 4Y3FA 4HEGA 4ZPFA 4B1CA 5P58A 1HPXA 2QK5A 5P6NA 2AOEA 4LBTA 4I0EA 5P32A 5P2RA 2OHNA 5P14A 1ODXA 1KJFA 3EL5A 5P4UA 5P7RA 2OF0A 3RSVA 4RRNA 5P5KA 3TOGA 2BQVA 4K4RA 2QI6A 4FM7A 5P8UA 5P6MA 3NYGA 1W6IA 5P3QA 4B05A 2NNKA 3L38A 3KT5A 1QRPE 2WF1A 4TVGA 4Y5GA 4YCKA 5P01A 2JYSA 3UDYA 4KUPA 2PSGA 2PK6A 5OZJA 5KR1A 1HRNA 4FRIA 2AZBA 5P6AA 4RVIA 2I4XA 3VF5A 1YG9A 4COEA 5P10A 4YOBA 3OU1A 4R8YA 5PEPA 3K5DA 2ZHSA 3S54A 1DPJA 1AM5A 1XN2A 4ZEAA 4CPRA 3WZ6A 1B6KA 2WKZA 3G6ZA 4FS4A 2P3CA 4NPTA 5P24A 4DJQA 3SFCA 3SPKA 4RZ1A 2Q11A 5DQCA 3EL0A 3SO9A 2R3WA 5P52A 1C6XA 1TCWA 4IVSA 5P3EA 3UQUA 5IVSA 1APWE 5DR4A 5P0TA 1IZDA 4ACUA 5P5ZA 1UH8A 1LYWA 2ZHVA 5P3YA 5P7GA 4FRSA 1EEDP 2VA5A 3S7LA 4CPTA 3UDPA 4X2LA 4GMIA 5COKA 3VSWA 4LXKA 1FEJC 2QU3A 2PH6A 3WB5A 2F80A 1LS5A 4WY1A 4Q1YA 5P2BA 4Y3ZA 3Q6YA 4J1CA 4Y4XA 5P2AA 4APRE 5P8MA 2AODA 2NXLA 1T3RA 5P2DA 3U7SA 3EC0A 1BVGA 1LZQA 5P2HA 5P43A 1G0VA 4U7VA 1E5OE 2OHKA 4J54A 4DPFA 5AHCA 5OZKA 5HU0A 5P0IA 5C9DA 5P80A 2NXDA 5P3WA 5OYSA 5P7MA 5P3SA 4I11A 5P63A 5HDXA 1ZSRA 5OZ6A 5P2EA 1GKTA 3G72A 1WBKA 4Y45A 4X7IA 5P4EA 4Y3SA 1B11A 5P7TA 1VIJA 2UY0A 4RYGA 5COOA 4AUCA 2WF3A 3SA4A 3JVWA 3OHFA 1HXBA 4Y58A 5P0XA 2AOGA 2ZHUA 5P7XA 3LIYA 5OZBA 5P42A 1LYAB 5CLMA 1BDQA 2ZJMA 3INFA 3NU9A 3TH9A 1LF2A 4YD7A 2JXRA 1D4IA 4RCDA 1XE5A 2WEZA 1D4SA 3WZ8A 5P4ZA 5AGZA 2ZJHA 3L3AA 5OZNA 4Y3LA 3D91A 3OGQA 3PWRA 5P36A 5P8PA 5HCOA 4LXMA 5P1FA 5P0UA 4Y48A 3UQPA 5HE5A 5P8BA 4RCFA 5P4AA 4L7HA 1EC0A 3CKTA 5P0VA 3VV8A 4Y3EA 5P11A 5P1RA 1SBGA 5P7VA 5KOSA 4I1CA 5P2SA 1UPJA 1BBSA 4Z22A 4F75A 3OUDB 2FXDA 5P1VA 4XX3A 4R93A 3KF0A 3K4VA 4PZWA 3OXVA 1Z1HA 3OK9A 3D3TA 4GJDA 5P0LA 2ZYEA 5P8VA 3QBFA 3LPJA 5P09A 4DQFA 1KJ7A 5P6DA 5KQXA 5OZMA 3EL1A 5P4QA 3QRSA 3VLBA 5HVPA 3VYDA 4B70A 2I4DA 5I3XA 5P81A 5P41A 2IKOA 4J5JA 3HVGA 4U7QA 2AVOA 2HS2A 1W50A 4ACXA 1F7AA 3VLAA 5IE1A 2QI4A 3L5FA 2QD8A 1TW7A 5P7FA 1SIVA 2FMBA 3OUCA 2WECA 4D83A 2G1OA 3TPJA 3BGBA 3QVCA 4EPJA 3ZKGA 2AVSA 4Q1WA 5P5JA 5P7NA 3SA6A 1HVJA 4YA8A 5P05A 5AH8A 5IS4A 2QI0A 1TSUA 5P6XA 5P8RA 1UH7A 4EXGA 2V00A 4Q1NA 5P68A 5P7ZA 4ER2E 5DQ4A 5P06A 4YDFA 1HSHA 2RSPA 5HDZA 2BPYA 1RQ9A 3ZKSA 3VFAA 4Y4GA 5OYZA 4L1AA 1RPIA 4Y35A 3TTPA 2FDDA 1HXWA 3ZKIA 5DR7A 5P6RA 5JFUA 5P7HA 3FNUA 1BWAA 2QHYA 2PSVA 5P1DA 1NPWA 1OEXA 5P1OA 5P7BA 2OHSA 5P3NA 5P76A 1HPSA 5P26A 3T7QA 4RVXA 5P3UA 5P40A 1KJ4A 2V16C 3BUFA 1BV7A 5P4RA 4DJXA 1YTGA 2P3BA 5OZPA 3NXEA 1HPVA 3DUYA 5KQZA 3QVIA 3FKTA 1C70A 1YTJA 1D4YA 1K2CA 4Y54A 5P7WA 2J9JA 5P64A 3BVAA 3IAWA 4FSLA 4OBFA 1EC2A 3O99A 4LXAA 5P1NA 3VUCA 1D4HA 2PMAA 1QBUA 3GGUA 5P0JA 4Y5BA 2RKFA 2B8LA 3LIXA 4OD9B 3S43B 2VIJA 4B1EA 1JLDA 2HB4A 1YM2A 5P2XA 5P7LA 5P0EA 4ZSPA 1AJXA 3NSHA 4Y4AA 3PBZA 5P3ZA 4I10A 3CICA 3LIZA 3O9AA 5P48A 4A6BA 3UQWA 2O4LA 3BHEA 4YCYA 4ER4E 2F81A 3D20A 4QJ2A 4PHVA 1DMPA 3QIHA 3JW2A 5P02A 5C9FA 5P73A 3FNTA 4K4QA 5OZ9A 1GVXA 4EYRA 1T7JA 5P6JA 5P54A 1G2KA 4B1DA 1K6VA 3HW1A 5P1SA 1HSGA 5KR0A 5P3XA 4Y4WA 1AAQA 5P1XA 5P86A 2VNNA 2UPJA 3UDMA 5P7DA 4HA5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ODY A;  1A30 A;  5P4X A;  1ME6 A;  3U6A A;  1W51 A;  4GJ7 A;  2G1R A;  2AQU A;  5P8A A;  4J0Y A;  3ER3 E;  1OEW A;  3BC4 A;  3QPJ A;  5DQ5 A;  4QJ9 A;  3NU4 A;  5P2U A;  5P5M A;  5I3V A;  3L5B A;  3ZOV A;  4Y5P A;  5JOD A;  2BJU A;  5P1K A;  5P7K A;  5P07 A;  2QNN A;  2QU2 A;  5HCT A;  4YHQ A;  4DQE A;  5SY3 A;  1ZLF A;  4J1E A;  4FM6 A;  3TLH A;  3R0W A;  4DQB A;  5P2C A;  1YTH A;  5DR3 A;  4A4Q A;  2P8H A;  1ZPA A;  2NR6 A;  6UPJ A;  4I0D A;  5P7I A;  1IBQ A;  5P20 A;  4JOO A;  4HVP A;  5P4Y A;  1WKR A;  3NXN A;  1K1U A;  3LIQ A;  4EHC A;  4Y3Y A;  4YE3 A;  5P5W A;  1B6P A;  1CZI E;  5DR0 A;  4Y3T A;  5OZY A;  3EKQ A;  3SAB A;  3OQA A;  3VG1 A;  1EPP E;  4K8S A;  3CKP A;  5JG1 A;  5OZ8 A;  4DUS A;  4OBK A;  4LHH A;  4GZF A;  5C9B A;  2Q63 A;  4Y6M A;  3OOZ A;  1SDT A;  5P6Q A;  1FMU A;  1APT E;  3CYX A;  4LC7 A;  1C6Y A;  5P31 A;  3VEU A;  1TZS A;  3NU3 A;  2I1A A;  1TSQ A;  1MVP A;  5OZ1 A;  2VIE A;  3OQK A;  3LIT A;  2H6S A;  5P6I A;  2EWY A;  4RRS A;  4B72 A;  5HU1 A;  5COP A;  3F9Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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