5AH9A

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ah9A00
1W5VA 5P4JA 3N3IA 4RRSA 5P0CA 5P8HA 3URLA 2MIPA 4Y47A 5P8CA 5P3IA 4J1EA 5P8DA 5AHBA 3JW2A 4HE9A 5P8PA 4DH6A 3FSMA 2AIDA 1GVVA 4J0YA 1ZTZA 5P1QA 2G1YA 2ZJNA 1B6KA 2WEBA 1DPJA 3EL9A 2EWYA 3PCZA 4M8YA 3EKTA 4LBTA 5P87A 1SDVA 1OHRA 4RVJA 1K2CA 5AGZA 3PLDA 3UQUA 4K4PA 4QJ8A 4ZPFA 2P8HA 3IAWA 2QZLA 2I4XA 5OZCA 1FEJC 4FRKA 5OZEA 5P3PA 4I0ZA 5P7AA 5P81A 5E5KA 1XL2A 4Y37A 3SO9A 3HBOA 5P4LA 3TPLA 5P1DA 1BWAA 5P1PA 5DR7A 1LF2A 3PSYA 1QBSA 2G94A 3DM6A 3L5BA 5OYWA 4EQJA 3DV5A 3OWNA 3SA8A 5OYTA 1SBGA 2H6TA 3CKRA 1SDTA 3OTSA 3GW5A 1LEEA 2IS0A 4Y4DA 4B1CA 4DJOA 3OU4A 5P27A 1DAZC 4FLGA 3KMYA 4ZPEA 2BBBA 5AH8A 2FGUA 3NR6A 3VYEA 3B7VA 2R8NA 3SM1A 3FKTA 5HE4A 1IZDA 3UQRA 1YG9A 1OD1A 2HPFA 4EP2A 5P20A 3PHVA 4YD6A 3TOGA 5OZ3A 4Y3PA 5P05A 4B70A 1FFFC 1BILA 5P02A 1GVUA 1GVTA 3KM4A 4YA8A 5P0DA 1ENTE 3D1YA 5BS4A 3NXEA 4Y5KA 1F34A 4Y3XA 3S7LA 5P3QA 7UPJA 2R9BA 5P2RA 5HDVA 5DQ4A 5P7FA 2VS2A 3DUYA 3APRE 1GVXA 4Z2ZA 5P0MA 3G70A 5P33A 5P44A 3LIQA 4X2LA 4U8WA 4B0QA 4AA9A 4Y57A 5P8VA 3S56A 2H6SA 4X7IA 3OTYA 4OC6B 4RYCA 4OBJA 3OQFA 5P06A 3EKPA 4Y4GA 5P5HA 5P6CA 5P1OA 5OZVA 4L1AA 5P0QA 4Y3DA 1ZJ7A 4YD3A 1PPKE 2QI1A 5P22A 3K4VA 3EM3A 4A4QA 1TSQA 5DR1A 5P8BA 1IVQA 2J9KA 3VCMA 5CLMA 4Y41A 4Y3YA 5P3RA 4J55A 1QRPE 2ZJHA 1J71A 5APRE 5I3WA 2AVVA 5OZNA 3RTHA 2HM1A 3QBHA 4Q1XA 2ZE1A 4U7VA 4FRSA 3UDQA 3HW1A 5P4MA 5P0WA 4DJWA 5P64A 4DQCA 1W5XA 5P4AA 1MESA 2JXRA 4I0FA 2OHMA 1EPNE 1HRNA 1G35A 3NXNA 5P8TA 2ZHSA 3EM4A 1HHPA 2JYSA 2Q63A 2ZGAA 1EBKC 5P55A 5IVTA 4FL8A 3WB5A 2RSPA 4GIDA 1C6YA 2VA6A 5P3LA 1BDRA 4LXAA 2UPJA 3GGXA 3OADB 3NWXA 1EPQE 5COKA 3HAWA 3ER3E 2FNTA 4HZTA 2NXLA 3T3CA 1LYWB 3LZVA 3FV3A 1K6VA 2HS1A 5IVQA 4L7GA 4DUSA 4ACXA 5P58A 5OZ6A 4GB2A 4YHQA 3BRAA 1FQ7A 3VF5A 2F3KA 4EQ0A 4Z4XA 4FE6A 1MPPA 4CP7A 2OHTA 2BQVA 1B6JA 1MSNA 2V0ZC 3L5DA 3VYFA 4KE1A 5P39A 4UPJA 3PBZA 2HB4A 5OZKA 5BWYA 3EM6A 5P5CA 3EL5A 5P2AA 1W5YA 5E5JA 2WF2A 1EPPE 4DJVA 3R2FA 5P0LA 5P1FA 4I0EA 2IQGA 1IZIA 2IL2A 4FAFA 1ZPAA 1GVWA 1HIVA 4LC7A 2R3TA 4YE3A 1SIVA 4LXKA 4N00A 3UDHA 3BUHA 1LYAB 1PSNA 5P52A 2ZHTA 2AZBA 3OY4A 5P61A 3ECGA 2I4DA 4TRWA 3NDUA 5P3YA 1MT8A 1SP5A 3VSXA 1EBYA 1XE6A 2FXEA 3PM4A 4Y44A 2B8LA 4B72A 1HSGA 1OEXA 3OADA 5P6JA 1MRWA 2WF4A 3O9LA 4RRNA 5HDXA 5P46A 4Y5AA 3OQ7A 5OZ0A 2R43A 5F01A 4RCFA 3D1ZA 1FMXA 3LIXA 1W6IA 1IDAA 4DPFA 5P1BA 5I3VA 5P7EA 4OBFA 3SPKA 3O9DA 5P2QA 1D4IA 2HIZA 1META 1FMBA 5P59A 2G1OA 2QK5A 3LPJA 3K4VC 4YD5A 1PSAA 1A8KA 4Y38A 5DR4A 4Y4UA 4B78A 1WBKA 4CPRA 4CPQA 4Y5LA 4QJ7A 5P56A 5P6DA 1NH0A 1BDLA 5P2FA 4APRE 5P31A 1Z8CA 2VKMA 1APUE 3INFA 3T7XA 5OYZA 2P83A 4GJ7A 3VV8A 3DJKA 2PWCA 6FIVA 5P5KA 3KFNA 1C70A 4Y50A 5P3HA 1HIIA 1LYAA 1SMRA 5P3JA 2WL0A 1BXOA 5P4PA 5DR3A 1RV7A 4Y3GA 1APWE 3CKPA 4B05A 5P4UA 5P1NA 2CEJA 3Q70A 4I0HA 1HVHA 5P4QA 5P24A 1T6EX 3PWWA 5P5BA 1AM5A 4NJUA 3PLLA 5P13A 4J1IA 1KJHA 3ZKQA 2ER0E 4J0VA 5IVRA 1YX9A 1FB7A 3OU1B 4QGIA 5P5NA 2VIZA 3GI6A 3CIBA 4NJTA 4Y4TA 3UPJA 3EL4A 4RCEA 5P5IA 5P0EA 5P17A 3U71A 4EYRA 5COPA 1VIKA 5P2SA 3RU1A 4EWOA 2FMBA 1E80E 3UDMA 3OUDB 5KAOA 3UFLA 4CMSA 3GI0A 5JFUA 2AZ8A 5P8OA 3OOZA 5KR0A 1BBSA 3IXOA 4YBIA 5P45A 5P8QA 4Y3EA 3EKXA 1SGUA 5P6EA 1ER8E 1MIQA 1ZAPA 4JPEA 5OZDA 3TOFA 3QVIA 1JLDA 5HE7A 5OYRA 2IDWA 3ZPUA 1HPVA 3NDXA 3NYGA 2FS4A 4PHVA 5F00A 2I4VA 3ER5E 3WZ7A 2OHNA 5P2NA 5KQFA 1LF3A 5P0YA 2PSGA 5P8MA 3OGPA 3S43B 4B1DA 4AMTA 1UH9A 5I70A 5P8FA 4Y4ZA 4RGHA 4Q5MA 4APEA 5P0FA 4AA8A 1B6PA 1MSMA 5P72A 5P2GA 3IVIA 2Q5KA 5EZXA 5OZIA 5P35A 4LP9A 3ZKMA 3IN4A 5P14A 2QD6A 2XYEA 5OZWA 5P30A 2JE4A 2O4LA 5P15A 5P3DA 9HVPA 2BJUA 4Y51A 3OU1A 3LZUA 1QBRA 2ZHVA 4F73A 4QJ6A 5KR8A 5P1VA 3NU3A 4EXGA 3I2LA 1HSIA 4YDGA 5P86A 2NPHA 1FG8C 5P6WA 5P77A 2AOGA 3OUDA 3SABA 5P47A 3VV6A 2OHLA 4CPTA 2V00A 5P16A 4BFBA 5P5GA 2G1NA 4I10A 5P0IA 3QS1A 2FDPA 5P04A 3BXSA 1XE5A 1HTEA 5P82A 5P8RA 5P83A 3O9FA 4FRJA 5P0ZA 2ZJKA 5OZOA 5P4FA 5P70A 1HVKA 2NR6A 4Y4AA 4ZSMA 2Q55A 3OU4B 4R5NA 4DQEA 5P4ZA 5OZGA 1EC0A 5OYXA 1DMPA 1EPME 5P4YA 3T6IA 4FM6A 1K6TA 3EKWA 3S43A 3PRSA 5P37A 3SA6A 4Y5PA 5KOQA 1HVIA 1T6GA 4CPWA 3O9EA 1MT7A 5P5ZA 5P7WA 2PH8A 5P6KA 4Y39A 3O99A 5P6QA 3IN3A 3OAGA 1AVFA 4QJ2A 3VFBA 4I8ZA 5P10A 5P8GA 3KFRA 2AOEA 5AH9A 5OYYA 4JP9A 3RTMA 5P4BA 3APPA 4DQGA 2V12C 2G1RA 1FQ8A 3HLOA 5P4EA 1BXQA 3O9BA 5P7QA 1GNMA 1B5FA 3OU3A 1A30A 2QAKA 1FQXA 2NXDA 3IVHA 4BELA 3VF3A 5T4SA 5P18A 5P7TA 5P88A 4J1KA 4KUPA 5P7XA 3NU5A 2OHRA 5SY2A 4RYGA 4NJVA 1HPXA 3L5EA 5HDUA 3UDPA 5HE5A 5P1EA 5P4HA 4OBZB 5COOA 4R95A 1QBUA 4J5JA 4L1AB 1ZSFA 1E82E 4Y4JA 4Y3JA 1ZP8A 1F7AA 3VFAA 4HDFA 5P1SA 5P63A 1FKNA 4J1FA 2ANLA 2G20A 4OBHA 2J9JA 5P7ZA 3QBFA 5P4NA 1AJXA 5P65A 4HLAA 5P0TA 5P7IA 1APVE 3LIYA 2FDDA 1BV7A 5P7CA 5P7MA 1HXBA 5P51A 1GNOA 3KFSA 5P2TA 4EJ8A 5P6GA 3CICA 5P01A 5P5LA 3S7MA 5P0HA 2ER9E 5P2VA 5HCOA 3D1XA 3NDWA 1RPIA 5P2EA 5OYUA 5P1JA 1M4HA 5KQYA 5DPZA 4I0IA 4EJDA 4EJKA 4Q1WA 2AOIA 3HVGA 3KN0A 5P1UA 5P1MA 5DR8A 3SLZA 5B18A 2ZJJA 1HXWA 1G0VA 1MTRA 2IRZA 4DJXA 5P8EA 1ZSRA 3BXRA 4I8WA 5P12A 5P7JA 3VEUA 3FIVA 2OAHA 4F76A 5P4IA 3KT5A 3UQPA 2R5PA 2AOJA 1QDMA 2R5QA 4GJ9A 4Y5CA 4OBZA 2B7ZA 5P5UA 2B7FA 3LITA 4Y43A 5P1ZA 4L7JA 3EBZA 4IVSA 1HTGA 3QRVA 4OBDA 5P89A 3HDKA 3MXEA 3R4BA 3WZ8A 3M9FA 1W50A 4FSLA 1M0BA 3B80A 5P38A 4COEA 5P2BA 1W6HA 2ER6E 4Y4BA 5P5AA 5P2XA 5OZSA 5P6HA 2BPVA 1MRXA 3NSHA 4Y5MA 1M43A 3OK9A 4ACUA 5P4TA 1EPOE 5P85A 5P0XA 1TQFA 4Y6MA 5P3EA 4GYEA 2ZJIA 5OZFA 5AH6A 5P0GA 2QHZA 5P5TA 1FIVA 4Y56A 1WKRA 1TCWA 5OZLA 3GGUA 4QJAA 3O9LB 2RENA 1BV9A 5P6FA 5P62A 3UF3A 1K1TA 3EXOA 5DQ5A 4RVXA 4DPIA 5P4RA 3LHGA 6APRE 4K4RA 4CPXA 8HVPA 1OEWA 5P84A 4Y48A 4ZSPA 4TRZA 5P54A 3BGCA 3OQAA 4Y3FA 5P6MA 1SIPA 3VG1A 1BDQA 2Q64A 3KMXA 3JVWA 3L5FA 4QLHA 5OZ8A 4HVPA 5P2KA 3FNTA 3QVCA 4Y3HA 5KR2A 5BRYA 5P6NA 3HVPA 1BVGA 1Q9PA 1XL5A 3HZCA 3WSJA 2AZ9A 5P78A 5P7NA 2V10C 1ZPKA 1T7KA 4Y58A 3LPIA 3CMSA 4B77A 1IDBA 4FGXA 5P2JA 4Y5BA 3MWSA 3UQXA 4TRYA 2ASIA 2PWRA 5P6IA 3HAUA 1ODWA 1RNEA 3EKQA 3SA7A 4XX3A 4M8XA 1IZEA 3Q5HA 4Y4XA 5P08A 6UPJA 3PCWA 4YCYA 3ZKIA 3I25A 2P3CA 5P7GA 4D88A 2QU2A 1FGCC 3GGAA 3SA3A 4FCOA 5P74A 5P7PA 4GJ5A 3ZPTA 4KB9A 3RTNA 2NTRA 3OGQA 3KDDA 4FS4A 2BPZA 5P2MA 4B1EA 1HEGE 2IKUA 5P2LA 3R1GB 4J0PA 2O4PA 5OZYA 1MTBA 5ER2E 3F9QA 3INEA 5DGWA 1MT9A 1B6LA 2QNPA 3S85A 2I4QA 2O4NA 1KJ4A 2OHKA 4FM8A 2PSVA 3T7PA 4GJCA 3I7EA 2NNPA 3RVIA 2AOHA 3K5CA 3URJA 2P3BA 4FRIA 1EEDP 5EZZA 2VA5A 1YTIA 2AZCA 1TZSA 2RKGA 4A6CA 5DQ2A 3GI5A 4F75A 1LYBB 4GJAA 5P40A 4LL3A 4AUCA 2P3DA 1XN3A 3O9HA 3KT2A 5P5FA 3FNSA 3BUFA 1FQ5A 2FXDA 3NUJA 4QJ9A 2I4UA 5P6LA 3UHLA 2Q15A 2QI0A 3MSLA 4I1CA 3PJ6A 2AOFA 3ZKNA 3IXKA 5P5MA 5P0AA 2PK6A 3PSUA 2IENA 3PMYA 1KJGA 5P73A 3S53A 2WEDA 2NNKA 3MSJA 4Y3NA 3VLBA 5P5RA 1GKTA 5P8LA 1CPIA 3NUOA 5P26A 5P8SA 1SGZA 4RCDA 3PVKA 5P36A 4Y4EA 4EP3A 5P0VA 3I8WA 5P7DA 4D83A 1KZKA 2QNNA 4Q1NA 1HIHA 5P5WA 2BKTA 2QZKA 1MEUA 3TH9A 1D4JA 5P7YA 3SM2A 5OYVA 4ER1E 5P5QA 1G6LA 2QZWA 5P5EA 3RSXA 1DIFA 3EMYA 2QP8A 2R3WA 2HB3A 2PMAA 3U7SA 1CZIE 2RKFA 2F80A 5P8JA 4YCKA 1NPWA 5P3AA 4Y35A 2G24A 2O4SA 5P8AA 4RZ1A 3QROA 2JJIA 5P3MA 5P3FA 5P3NA 5AHCA 4RROA 2QI6A 1LYBA 1D4SA 4FIVA 5HVPA 3QRMA 5P07A 5OZXA 1U8GA 3SQFA 3PSGA 5P7KA 1HVLA 5IE1A 4Y3MA 1UPJA 5P0PA 5P4CA 2V16C 1E81E 2AVSA 2I4WA 4CPUA 3SA9A 2Z54A 3OAGB 2V13A 3INDA 5PEPA 4EJLA 4NPUA 1A94A 4ZPGA 1FG6C 3EKYA 1EBWA 5P1AA 2JJJA 4L7HA 3NWQA 1IIQA 5P2ZA 1C6XA 3UDJA 3N4LA 1B5FB 2B60A 2ZDZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W5V A;  5P4J A;  3N3I A;  4RRS A;  5P0C A;  5P8H A;  3URL A;  2MIP A;  4Y47 A;  5P8C A;  5P3I A;  4J1E A;  5P8D A;  5AHB A;  3JW2 A;  4HE9 A;  5P8P A;  4DH6 A;  3FSM A;  2AID A;  1GVV A;  4J0Y A;  1ZTZ A;  5P1Q A;  2G1Y A;  2ZJN A;  1B6K A;  2WEB A;  1DPJ A;  3EL9 A;  2EWY A;  3PCZ A;  4M8Y A;  3EKT A;  4LBT A;  5P87 A;  1SDV A;  1OHR A;  4RVJ A;  1K2C A;  5AGZ A;  3PLD A;  3UQU A;  4K4P A;  4QJ8 A;  4ZPF A;  2P8H A;  3IAW A;  2QZL A;  2I4X A;  5OZC A;  1FEJ C;  4FRK A;  5OZE A;  5P3P A;  4I0Z A;  5P7A A;  5P81 A;  5E5K A;  1XL2 A;  4Y37 A;  3SO9 A;  3HBO A;  5P4L A;  3TPL A;  5P1D A;  1BWA A;  5P1P A;  5DR7 A;  1LF2 A;  3PSY A;  1QBS A;  2G94 A;  3DM6 A;  3L5B A;  5OYW A;  4EQJ A;  3DV5 A;  3OWN A;  3SA8 A;  5OYT A;  1SBG A;  2H6T A;  3CKR A;  1SDT A;  3OTS A;  3GW5 A;  1LEE A;  2IS0 A;  4Y4D A;  4B1C A;  4DJO A;  3OU4 A;  5P27 A;  1DAZ C;  4FLG A;  3KMY A;  4ZPE A;  2BBB A;  5AH8 A;  2FGU A;  3NR6 A;  3VYE A;  3B7V A;  2R8N A;  3SM1 A;  3FKT A;  5HE4 A;  1IZD A;  3UQR A;  1YG9 A;  1OD1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PMU A;  5P66 A;  1TSU A;  5P6B A;  2QNQ A;  3CID A;  1W51 A;  3S54 A;  1YT9 A;  5P8K A;  2G26 A;  1CMS A;  4PZX A;  3H0B A;  5P79 A;  4DQB A;  1D4L A;  1LF4 A;  4DQF A;  4DV9 A;  2G1S A;  4AZY A;  5P1I A;  3S2O A;  5HU0 A;  2AVQ A;  4NJS A;  4FAE A;  4BEK A;  1K6P A;  5P3U A;  5P5J A;  4E43 A;  4MC1 A;  5OYQ A;  3O9G A;  5TOL A;  1NPA A;  5P60 A;  1HTF A;  4GZF A;  2R38 A;  2P3A A;  1PRO A;  4R93 A;  5P71 A;  4HDP A;  2XFJ A;  5P7O A;  3UDY A;  1HVS A;  2QZX A;  4ZEA A;  4ER4 E;  5P0R A;  1K6C A;  1PPL E;  4YDF A;  5P1W A;  4F74 A;  4YBF A;  3D91 A;  4YCT A;  3BHE A;  3OXX A;  3ST5 A;  1Z1R A;  3OUB A;  1ODY A;  3BUG A;  3CKT A;  3SAC A;  5P5O A;  1A9M A;  3TL9 A;  3ZKG A;  5P69 A;  5P6Y A;  3ZL7 A;  5P76 A;  5KR1 A;  2AVM A;  2AQU A;  1N49 A;  1MVP A;  5P2C A;  5P1T A;  1FLH A;  3LIV A;  1FMU A;  2OHS A;  4MC6 A;  3OXW A;  1HVR A;  2BPX A;  3OOT A;  2IEO A;  3ZMG A;  2HB2 A;  3CYW A;  2ER7 E;  5P42 A;  3NU4 A;  4J0Z A;  4Y5N A;  3KA2 A;  5P2O A;  1EC3 A;  5OZA A;  3QRS A;  3DV1 A;  3HD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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