5AHCA

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ahcA00
3T7QA 3VSWA 4Y53A 1PPKE 5P3KA 4EXHA 3R4BA 5AHAA 2WL0A 5OYVA 5P3ZA 5P3TA 9HVPA 4FCOA 5HE7A 1GNMA 3GGUA 3SACA 5P1RA 1AJVA 5P2JA 5P8UA 4EJDA 5P02A 3MWSA 4CKUA 1FQ6A 2RKGA 5P6FA 4A6CA 3VUCA 4EQ0A 4ZPEA 5OZUA 3MXDA 5P41A 4I0HA 1OEWA 2VS2A 2UPJA 1XN2A 2AIDA 1HTFA 4ER4E 5P3GA 2VJ7A 2QHCA 4B78A 1Q9PA 4D85A 3SM1A 2QMGA 2ZJMA 2BQVA 1EPLE 2V0ZC 3L5EA 4H3IA 2PH8A 5P7BA 1HIIA 3PSGA 2G69A 3TLHA 4J0ZA 1C70A 3UTLA 3AIDA 1BXQA 5P0PA 5P0GA 2QK5A 1PSAA 4NJTA 5P1LA 2WEDA 2PSUA 1OEXA 3MSLA 4HZTA 5P5BA 4GJAA 3FSMA 1EPQE 2RENA 5OZAA 5P7TA 5OZRA 1UH7A 5P0VA 2ZE1A 5OZVA 2F3FA 3ER3E 4IVTA 3DV1A 1GVXA 1ODXA 5P56A 5P7SA 4MC6A 2HS1A 5P11A 5P1MA 1YT9A 4DUSA 3DK1A 5OZZA 5P40A 3TTPA 5P8IA 4LXAA 1D4JA 1FMBA 3KYRA 3O9EA 1LYWA 4MC9A 2JXRA 4NPUA 5KR0A 4OBZA 5AH6A 3IN4A 5OZTA 4K4PA 5P2ZA 3KF0A 1HIVA 4CPQA 5COOA 4Y3ZA 5DR3A 2QNPA 1MPPA 1EPME 3INDA 1BBSA 3KA2A 2HB3A 5P4FA 2IEOA 6APRE 2QI3A 4FM6A 1ZSFA 4GYEA 2QI1A 4Y5KA 2HPEA 4ZSPA 2BKSA 5P0AA 1K2BA 1BV7A 5DR0A 3ZOVA 1HVIA 2FGUA 4I0FA 3OUDB 2I4XA 5P5ZA 5P60A 2PH6A 2B42A 2P3BB 5OYWA 5P2IA 3U71A 2IRZA 1IDAA 1UH8A 5DQ5A 2Q64A 1KJHA 4U7QA 5SY3A 2XYFA 2BBBA 4YD3A 3NUJA 1YTJA 4D88A 3PBDA 2G24A 4RGHA 4FGXA 3UQXA 5P1AA 4R5NA 4QJ9A 3L5BA 4FRSA 3S53A 5P4PA 2Q55A 1B6JA 3OOZA 4HE9A 1EC2A 2OHSA 4Y5BA 4Y3AA 5BS4A 5P2SA 4B70A 2OF0A 3N4LA 1MERA 2QMDA 4CMSA 3UDNA 4CPSA 4LAPA 2OHTA 3S43A 1SIPA 3NLSA 3K4VA 5P6VA 6FIVA 2ER6E 1A30A 5P08A 5P8FA 5P4VA 3DOXA 5E5KA 5P15A 3RTNA 2BPWA 2APRA 1GVWA 5OYUA 5P4BA 1LYAB 1D4KA 3LIYA 4QJ7A 5DPZA 2QI5A 4Z2ZA 5P1VA 2QCIA 5P0YA 4CP7A 5P8MA 1BWAA 3UDHA 4Y3PA 1UH9A 5P06A 5TOLA 4Y4UA 4EPJA 3OXWA 5P01A 2VJ6A 3KDCA 4Y54A 1B6PA 4H3FA 1SGUA 3UDPA 4Y4XA 3S7MA 4I1CA 1W5VA 1IZDA 1TQFA 2SAMA 6UPJA 5P35A 3O9AA 3TPLA 5COKA 4I12A 4X2LA 4ACXA 2R38A 4YDFA 3LITA 5P8SA 2G1NA 2R43A 4YA8A 1UPJA 3JVWA 3QVCA 4H3JA 4Y3MA 1ZAPA 3C9XA 1FFIC 4JPCA 3EM3A 3OUDA 3ZKGA 2RSPA 4M8YA 1B5FB 4Y4TA 2FS4A 1HWRA 5DR4A 2HAHA 1LV1A 5P3RA 5P8JA 2P3BA 4APEA 5OZ6A 1YM4A 4LP9A 3VF3A 1FKNA 5P4XA 4BELA 2ZHTA 3S7LA 1TZSA 3BUHA 5P4EA 3PM4A 4ZSMA 1HEFE 1D4YA 1K1TA 4DVFA 2PK5A 1FQ4A 2PYNA 1AAQA 1HPOA 2NXMA 2O4KA 5P5HA 3B80A 2NXDA 5P4UA 3ZMGA 2Q15A 4R92A 4OBJA 1A94A 1GVTA 3WZ8A 4BFDA 1AIDA 3TPRA 1BV9A 2VIYA 5P5LA 3T7PA 1GVUA 3U7SA 3EL0A 3VLBA 5P8LA 3OWNA 5P6IA 5P5RA 5KQYA 4Q1YA 4I0GA 5OZMA 5P85A 5P7AA 1IBQA 5P0SA 2ZJJA 5P2UA 1HXWA 2XFKA 2G27A 3FV3A 5P78A 4EJKA 5P37A 3WZ7A 3I8WA 5P8GA 1IVQA 1IZEA 3BGCA 5P7PA 1LYAA 3TOGA 4Y3HA 3EKXA 4EJLA 2B60A 4FM7A 2ER7E 1CPIA 1ZSRA 3OQDA 1OD1A 2HB2A 1B11A 4B1DA 5P1KA 2O4SA 4LC7A 1D4SA 2JYSA 2R3TA 3GGVA 4Y3WA 5P2QA 2AOCA 2WKZA 4YBIA 5P64A 5HTZA 1BVEA 3BXRA 1HSIA 5P6NA 1FFFC 1T6GA 5P8HA 3QBFA 2OHKA 4KB9A 5P6MA 5ISKA 5P3IA 3O99A 5P46A 1MSNA 4E43A 1HVHA 5JG1A 3MSJA 5P2LA 1SIVA 5P25A 5P80A 1AJXA 5P73A 3IVHA 4ER2E 5P0MA 1MRWA 1NH0A 5P24A 1QS8A 3VV8A 3IXJA 3SKFA 3AUPA 2QZKA 3KN0A 5IVRA 2ZHUA 3UDQA 1B5FA 3GI0A 3VCMA 2VIZA 3L59A 5AH9A 4MC1A 5P33A 4QJ2A 5P0FA 1T7IA 1MESA 5DR7A 4DPFA 3PLDA 4QGIA 4RRNA 1RNEA 1K1UA 3L58A 4HVPA 1FB7A 3HZCA 5P77A 4Y3DA 5P5EA 1LYBB 1SDTA 4DH6A 5P0KA 3INEA 4OBGA 4DJXA 3OUAA 5P8AA 4Y5MA 3SA8A 2I4UA 4Y3XA 3PCWA 4YD4A 2ZYEA 5P1ZA 5OYQA 2VNMA 1PPLE 1ZPKA 4A6BA 1W5YA 4ZSRA 1HVRA 4Y9WA 2FDPA 4ZPFA 4IVSA 2BPVA 3SA4A 4Y3RA 3O9BA 8HVPA 2ZJHA 3D1ZA 4I8WA 1FMXA 1EBKC 2NTRA 4Y51A 2QI4A 2AVOA 4HDPA 4J1IA 1SMEA 5P2GA 5OZ9A 1EPRE 4X7IA 2NNKA 2PQZA 5P4LA 4Z4XA 3UQUA 5DQ4A 5DGWA 3JVYA 1DMPA 5P8PA 2R9BA 3SAAA 3LIZA 3ZL7A 5P6PA 4Y58A 5OZ0A 4B1EA 4EQJA 3PEPA 5P2CA 5P5FA 4GB2A 5P7EA 2QU2A 4MC2A 5P3MA 5HDXA 4FRIA 1ZJ7A 2QD6A 1MT7A 3KFSA 5P79A 1W6IA 5P2RA 2BB9A 4H3GA 1J71A 4Q5MA 5P3EA 5P8DA 2IKUA 2IL2A 3ECGA 2I4VA 4BFBA 5AH7A 1BDRA 3H5BA 1AVFA 5P68A 1B6KA 1FQ7A 4J1HA 5P75A 4DI2A 1HHPA 4A4QA 3VYEA 2AOIA 5P4HA 4R91A 3CKPA 3EKPA 3D1XA 5P6KA 5P8KA 3O9LB 2WEBA 1ODYA 3PBZA 3VYFA 5P0OA 2AQUA 3FNTA 1FMUA 4RCEA 1K6VA 5KQZA 3IAWA 5P6RA 5P61A 5P5WA 5P5PA 1BVGA 1JLDA 1QDMA 3T3CA 1TSQA 1IVPA 4J17A 3OADA 5P6LA 5P7MA 1ER8E 3QAAA 5P4DA 4FLGA 5OZDA 2HC0A 2F3KA 1F7AA 5ER1E 4Y5CA 5P1YA 1Z1RA 3ZKXA 3TL9A 4F75A 5P4RA 2AZBA 3GI6A 2NMZA 4OBHA 3VSXA 2F80A 3UQPA 4I0EA 5P5JA 5P66A 1FG8C 2NMYA 3PWMA 5P2YA 3K4VC 3RSVA 2I4WA 3PMUA 4DQEA 5P3YA 2PSVA 5P09A 2ZJIA 1A9MA 4NJSA 3LPKA 5OYYA 4OC6A 1EPOE 1YX9A 5P5SA 5SZ9A 4TVHA 1QBTA 5ISJA 2PWRA 3UF3A 1QBSA 2VA5A 3UFLA 5P05A 5P3OA 2FIVA 3OY4A 2F3EA 4Y3JA 5P7FA 3VLAA 1M4HA 3TH9A 1GVVA 4K4RA 4Y44A 3VFBA 4R95A 3ZKIA 5P2EA 4WY1A 4OD9B 3BC4A 1FQ8A 4Y3NA 3NR6A 3EKYA 1IZHA 5P0WA 1GKTA 1TCXA 5P5MA 1AXAA 3S85A 3NWQA 3CMSA 5P7ZA 3K5CA 5P3HA 5P1UA 3PHVA 2ER0E 4J54A 4FAFA 5I70A 5P62A 4U7VA 4Y4ZA 4EWOA 2WF0A 3QIHA 3BRAA 1W6HA 5P7GA 5DGUA 1XN3A 3IA9A 1APTE 3KMYA 5P3QA 4OBDA 1HSHA 3HDKA 1ODWA 3UFNA 4GJCA 4FE6A 5P7UA 4HDBA 2FNSA 1HTGA 5JODA 5B18A 3QROA 4Y50A 2OHRA 5P7QA 1KJFA 5P8BA 4Y57A 4NPTA 1XL2A 3K5GA 4I0IA 1E80E 5P5XA 3URJA 3Q3TA 2OHNA 5KQXA 3O9LA 1KJ7A 1FG6C 3INFA 3IXOA 1EBWA 5OZ3A 3KMXA 2VA6A 2JJIA 5E5JA 5P1DA 1IIQA 5PEPA 4TVGA 4GMIA 3OAGB 5P2VA 2ZHVA 3KFNA 2NNPA 2WEZA 1LS5A 1SH9A 4DJWA 2I0DA 2F8GA 4Y43A 4DJYA 4Y3QA 1MTBA 3CYXA 1WBKA 5P1IA 4Q1WA 5P2TA 2JE4A 1W5WA 2RMPA 3CYWA 4COEA 1LF3A 1HPXA 1APWE 2V12C 4Y38A 1WKRA 4RZ1A 5HDVA 3IN3A 5P5TA 3UCBA 4Y3TA 5OZXA 2G26A 3TOFA 4WTUA 4YDGA 4B72A 2AVMA 2J9KA 5HU1A 3BGBA 4KE0A 4HEGA 3PGIA 1EC1A 1FQ5A 5AHCA 2FGVA 3HBOA 3PCZA 2V11C 5P7KA 5HCOA 3NU6A 5P70A 2I0AA 1A8KA 1MRXA 4RYGA 4B1CA 5P6AA 4AUCA 4NJVA 2FDEA 5C9DA 5P12A 3O9DA 1IDBA 1K6PA 4DJPA 5P6EA 5P5AA 3BUGA 3R0WA 3NSHA 5P4GA 4J0TA 3VF5A 5P48A 2HIZA 3Q4BA 5OZIA 5P5IA 5P86A 2ZJNA 5P6HA 5BWYA 3DJKA 4Q1NA 5DQ1A 5OZHA 3LIVA 3FNUA 5P2AA 5P55A 2FDDA 2QI7A 5OYZA 4BEKA 2IQGA 3OQFA 5P8OA 1APVE 3VEUA 4Y4GA 1KJ4A 3EL9A 2QNQA 4PZXA 1FLHA 2FNTA 5P81A 5IVQA 5P44A 2QZWA 3QBHA 5AGZA 3Q70A 5P6ZA 1XE6A 2R5PA 3I7EA 1D4HA 3URIA 2ZGAA 1T7KA 3QS1A 3GGXA 5P7DA 3I2LA 5P88A 5P7WA 4S1GA 3QPJA 3LZVA 3A2OA 4YCTA 3EKTA 4CPWA 4GJ9A 1CMSA 3PI0A 5P7RA 4DJRA 1ENTE 5P0ZA 1RV7A 2B8LA 3OAGA 4EP3A 2A4FA 4EHCA 5HU0A 3PSUA 5J25A 1AM5A 4OBFA 1N49A 5P4QA 3FIVA 3ZPUA 4AA8A 2IGXA 3LZSA 5P83A 5P2DA 5P0HA 3BVBA 5OZFA 1YTIA 5I3YA 3ZPTA 5P8RA 4Y4BA 5P17A 5P69A 1QRPE 2P8HA 5P0TA 2ER9E 3LNKA 5OZ8A 3SPKA 5P0CA 3NUOA 4F73A 3QN8A 5P4MA 5P39A 2QMFA 2ASIA 2IDWA 3O9GA 5P8EA 3HW1A 5P0LA 4Y45A 5OZJA 5P7VA 5P4YA 2QI6A 3D3TA 3T11A 4N00A 5APRE 4AA9A 4JECA 1BDQA 1FIVA 3G72A 3TKWA 5P7OA 1PROA 4YD7A 4FM8A 3FKTA 3FNSA 2QHZA 3NDXA 5P8CA 3VFAA 1SP5A 2I1AA 4XXSA 4FS4A 5OZNA 2XFJA 5P3AA 5P0BA 1NPVA 5P36A 5P16A 4B0QA 2ZJLA 7UPJA 3SFCA 3LIQA 3ZKNA 4PPHA 3PMYA 5P2BA 4Y3SA 4FL8A 2XYEA 5OZWA 4DQCA 5P07A 3TKGA 2FMBA 5P50A 5P27A 5P7HA 4RLDA 5P14A 3GI5A 4XX4A 1KZKA 5P3PA 4DQFA 1RL8A 5DR8A 5P4KA 3TNEA 3VV6A 3DCRA 2NR6A 2QZXA 4DJVA 2O4NA 2O4LA 7HVPA 1FGCC 5OZCA 1SDVA 4M8XA 3SA5A 5P71A 4DFGA 2WECA 3SA3A 3NWXA 4I0ZA 5P7JA 2G94A 3T6IA 5P7CA 4EYRA 1XL5A 5P6TA 4FRJA 3R0YA 2AOGA 3IVIA 2WF4A 3LHGA 5P6XA 5OYRA 5P3WA 5P6GA 2R8NA 1HVLA 5HE4A 3NU4A 5P6UA 1FQXA 3ER5E 3KDDA 3HD8A 2B7ZA 4LL3A 5OZEA 5BRYA 3VYDA 5OZ2A 3ZPSA 1ME6A 3RVIA 4D83A 4QJ8A 2FXEA 2V13A 2AVQA 3GW5A 3PLLA 2VKMA 4WY6A 3UPJA 3UDKA 4Y4DA 3WB4A 1BXOA 2B8VA 2OHQA 5P5UA 4KUPA 5P3VA 1QBUA 1PSNA 5IS4A 5P1HA 4Z22A 1G6LA 4FIVA 3NXNA 2G21A 1MT9A 1RPIA 5P7NA 5OYSA 3EM6A 3TOHA 1DPJA 1U8GA 2AVSA 5P3CA 5P72A 3HAWA 3O9CA 2QI0A 4XKXA 1MIQA 4GJDA 2FLEA 4K4QA 3OGPA 5P3SA 5P04A 4R8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Q A;  3VSW A;  4Y53 A;  1PPK E;  5P3K A;  4EXH A;  3R4B A;  5AHA A;  2WL0 A;  5OYV A;  5P3Z A;  5P3T A;  9HVP A;  4FCO A;  5HE7 A;  1GNM A;  3GGU A;  3SAC A;  5P1R A;  1AJV A;  5P2J A;  5P8U A;  4EJD A;  5P02 A;  3MWS A;  4CKU A;  1FQ6 A;  2RKG A;  5P6F A;  4A6C A;  3VUC A;  4EQ0 A;  4ZPE A;  5OZU A;  3MXD A;  5P41 A;  4I0H A;  1OEW A;  2VS2 A;  2UPJ A;  1XN2 A;  2AID A;  1HTF A;  4ER4 E;  5P3G A;  2VJ7 A;  2QHC A;  4B78 A;  1Q9P A;  4D85 A;  3SM1 A;  2QMG A;  2ZJM A;  2BQV A;  1EPL E;  2V0Z C;  3L5E A;  4H3I A;  2PH8 A;  5P7B A;  1HII A;  3PSG A;  2G69 A;  3TLH A;  4J0Z A;  1C70 A;  3UTL A;  3AID A;  1BXQ A;  5P0P A;  5P0G A;  2QK5 A;  1PSA A;  4NJT A;  5P1L A;  2WED A;  2PSU A;  1OEX A;  3MSL A;  4HZT A;  5P5B A;  4GJA A;  3FSM A;  1EPQ E;  2REN A;  5OZA A;  5P7T A;  5OZR A;  1UH7 A;  5P0V A;  2ZE1 A;  5OZV A;  2F3F A;  3ER3 E;  4IVT A;  3DV1 A;  1GVX A;  1ODX A;  5P56 A;  5P7S A;  4MC6 A;  2HS1 A;  5P11 A;  5P1M A;  1YT9 A;  4DUS A;  3DK1 A;  5OZZ A;  5P40 A;  3TTP A;  5P8I A;  4LXA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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