5APFA

Hen egg white lysozyme reference dataset even frames
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Terahertz Radiation Induces Non-Thermal Structural Changes Associated with Frohlich Condensation in a Protein Crystal
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5apfA00
3LHMA 1YAMA 4H94A 132LA 1FLYA 2HU1A 1QDTA 1LOZA 1GF3A 1OUBA 1UIEA 4FDYA 4EMNA 4LFXA 4U3XB 1LZSA 1V7TA 4L41A 4N9RA 2Z19A 2Z38A 2DQHY 3AGHA 1IP4A 4PRQA 3RT5X 1BB3A 3WPJA 1JKCA 4ETDA 6LYZA 1OUJA 1UC0A 4LT3A 1LJNA 4P2EA 4DT3A 3W6BA 1D6PA 2HEAA 5KXLA 2AUBA 3EMSA 1TBYA 4WM2A 3W6CA 1HC0A 1OQMA 1LMCA 1JTOL 2BQGA 3A6CY 4ML7A 2MEBA 3W6DA 4D9ZA 3WUAA 4TUNA 1G7LC 3RW8A 4M4OA 1RE2A 4NSIA 1B5VA 2DQEY 1DQJC 4J1BA 5KXRA 4HJYA 3BKVA 5F16A 5IELA 1IP6A 5C6IA 5I53A 1GDXA 1IC4Y 3HBHA 1IWXA 4IJ4A 5LVKA 1P2CC 1LSYA 1HHLA 4WOAA 4GLVA 4WO9A 3B0KA 1WVVA 4ET8A 1C08C 4NHTA 5I4YA 4H9AA 1IY3A 3W6EA 3RU5A 3AZ5A 1GFHA 5LXWA 5B1GA 3TXKA 4UWVA 4NEBA 5LIOA 1IC5Y 2X0AA 4B4IA 4YF2A 4ZEEA 5B06A 5LYMA 1CJ6A 2CGIA 3FE0A 2Z2FA 4AXTA 2ZQ3A 1NHEA 3P64A 4IASA 4NGVA 1DKJA 1IORA 1UA6Y 2ZNXY 5FEKA 1T6VL 1GB5A 2D4JA 2DQFC 4O34A 1IWYA 5B59A 2ZIKA 2D4KA 4B4EA 4A7DA 1GD6A 1LKRA 1MELL 1GE2A 2DBTA 1GB0A 4XJBA 4B49A 3E3DA 2Y8PA 1UIFA 3A95A 1LHIA 2YVBA 3CT0A 1GFAA 4GCCA 4LYMA 3LZ2A 3J6KA 3N9CA 2XBRA 2C8PA 1IIZA 5APCA 2DQCY 5LVHA 1EL1A 1JISA 1GAZA 1H6MA 1KXWA 1NMMA 2Z2EA 1GFTA 1TCYA 5KXWA 3LZTA 1GF6A 2F30A 4H9IA 1IC7Y 4MSTA 1VDSA 1RI8B 1GFKA 4CJ2A 1JSEA 1B5YA 3MGWA 3EXDA 2MEFA 3P68A 1HMLA 4NG8A 4ZFPA 5HQ1A 4WM1A 5L3HA 3EBAB 2MEEA 5KJ9A 1IEEA 1LZ9A 5I5QA 3LYZA 5F9XA 1IR7A 1UUZC 1H87A 1B2KA 1HEPA 3TMVA 4XENA 2MEDA 1DI4A 1LZYA 5KXMA 1XEJA 4HV1A 2ZYPA 4DDBA 1KIPC 3A67Y 3LYMA 4GLAA 1HSWA 3G3AB 1PZYA 2FBDA 5JENB 2H9JA 4J7VA 5M1YA 3J4GA 5F14A 5KXTA 1YAPA 3D9AC 4Z46A 2BQLA 3N9AA 1QQYA 2YBMA 1GEVA 3ZVQA 1WTNA 1BQLY 4DD2A 5HLLA 1ALCA 4GCFA 1YROA 3RNXA 1JIYA 4G4BA 2FYDA 4WO6A 1IP3A 1GFJA 1QUTA 1JSFA 3K3TA 4KT3A 153LA 1MLCE 4NHPA 4NGYA 1IX0A 3P66A 1LSPA 5T3FA 1JEFA 4TSCA 4B4JA 2VB1A 2ZNWY 4OW1A 1LSNA 4LYCA 1GPQC 4QY9A 1FLQA 1YL1X 1B7LA 1XGUC 1CJ7A 3P65A 3QE8A 4WLXA 4NSGA 3RZ4A 3SP3A 1JTTL 3N9EA 1GF7A 4QGZA 4I8SA 1OUFA 1IWZA 4N8ZA 1UACY 2BQIA 4W94A 1HF4A 1LTMA 2WARA 2Z37A 4H92A 3F6ZA 2ZYCA 1NF5A 3CT1A 5FELA 3WUMA 1G7HC 1VAUA 5HNCA 2DKVA 5DL9A 5F81A 4OWCA 2W1MA 1OUIA 1GAYA 2LYOA 1HENA 4WLDA 4J1AA 1REMA 2NWDX 1DZBX 5KXYA 1LMNA 1IOSA 4WM6A 1LSGA 2CDSA 5LYTA 1I1ZA 4XJGA 3WXUA 2YBHA 1IWWA 1Z55A 208LA 4BAPA 1VDTA 1VEDA 1RJCB 1LMOA 1A2YC 1LZEA 1GB3A 1WVUA 2BQKA 1LMPA 1DPXA 2HEEA 4G4HA 4NGIA 4PHIA 3WPLA 4C3WA 2DQIY 4PRUA 2D4IA 1B7MA 2HEDA 2GV0A 2W1LA 3ATNA 1LSDA 1LYYA 4NFVA 1UIAA 1D9UA 1HFYA 2W1YA 1QUSA 1GFUA 3AZ6A 2CJLA 5LVGA 4H8ZA 4LZTA 1E8LA 1N4FA 5FCPA 2HTXA 1VATA 2IFFY 7LYZA 3A91A 4QEQA 5KKJA 8LYZA 5HMVA 1LMTA 1UIHA 2EPEA 5LINA 1DI5A 5ILCA 3FI7A 2LZTA 2LHMA 4KL7A 1CKGA 3WW6A 3AGGG 1B7SA 1TDYA 4LGKA 4NSHA 5E9RA 5LAFA 4H8YA 3B0IA 4GN5C 3WU8A 1CJ8A 1D0MA 1WQOA 1WTMA 1LZGA 1REZA 2XTHA 1F0WA 4DDCA 4Z3MA 5A3ZA 1GFEA 1GWDA 4DD0A 1JITA 3HFMY 1BB6A 5E4PA 1LJJA 1BWIA 4N5RA 2MEIA 5I4XA 4DC4A 1FDLY 4ETBA 4DD7A 1LHKA 1LZAA 1INUA 4R0FA 5C6JA 4H93A 1LJIA 2D6BA 3ZEKA 1YANA 3M3UA 1JJ3A 2H9KA 2Q0MX 5FSTA 4NHQA 3D3DA 5J7CA 5I54A 1VDPA 5LA8A 2I26L 5LAGA 4MCKA 4DD9A 4LT2A 1LJ3A 1HELA 1BVKC 1QIOA 5K7OA 2Z12A 4LYTA 1LJFA 2EIZC 4YENA 4DWXA 2HEFA 3WU9A 2YBJA 3QY4A 1LPIA 4FJRA 1AT6A 1WQPA 4XJDA 1B7PA 1C43A 1HFXA 1BWJA 133LA 1LSBA 154LA 3GXRA 4GCEA 1GDWA 2BQJA 1LZCA 1B7RA 1XEIA 2A7FA 3WVXA 1T3PA 4BADA 3CQLA 1NQIA 5A3EA 4NWEA 1WQNA 2LZ2A 1GF5A 3G3BB 5L9JA 3CSZA 4H90A 1IP5A 1RCMA 4KXIA 3B6LA 5KY1A 1XEKA 1GB6A 1HMKA 4TTDA 2EQLA 3TXJA 4ET9A 4EOFA 3IJVA 5I4WA 4GCDA 1W08A 3A3QA 1OUAA 4OWAA 4HTKA 3IJUA 1YILA 3A94A 5ILFA 1HNLA 1GE0A 1WQQA 1LJKA 1GBYA 1OUEA 2G4QA 1LSCA 1UIBA 2IHLA 4WG7A 1KXXA 4HTNA 1LHMA 3B0OA 3TXBA 4LT0A 1OUDA 1IP7A 1LSFA 3HBDA 2I25L 3VWOA 1LYOA 1I20A 1LHHA 1YKYX 2H5ZA 4B0DA 5KXKA 1SLYA 4R6CA 4AGAA 1KIQC 1GB2A 4GN4A 1HEQA 1LZ4A 1C7PA 2LYZA 1BB4A 1WQRA 1ZVYB 1C45A 4HSFA 5LVIA 5HMJA 1LYZA 3CSQA 1BVXA 1XGQC 1JKAA 1CJ9A 1VDQA 207LA 4OWHA 4XYYA 4Z98A 5APEA 3WVYA 4YM8A 4WM3A 1AKIA 1CKCA 3TXEA 1YAOA 1UBZA 4UWNA 1F10A 2MEHA 4PPOA 3T6UA 2BQAA 5L3IA 1JHLA 5B05A 1IP2A 1CNSA 1J1PY 1LZ1A 1HEOA 2DQJY 5DN4A 1QTKA 4NHSA 2LYMA 4NG1A 4YEOA 1DPWA 1QDRA 4H8XA 4LFPA 3WXTA 2HU3A 4RDSA 4YEMA 2C8OA 5KXZA 1B7NA 1LZBA 4G9SA 3B72A 4WLTA 1IVMA 2BQCA 4ANRA 1NKHA 5B07A 1OUCA 4RLMA 1GF0A 4H9FA 1C46A 1GBXA 1AZFA 1ZMYL 5C6LA 5II3A 1NBZC 1LSMA 1LJ4A 2DQDY 2HUBA 4NIJA 4LYOA 3M18B 4J0LA 1JWRA 4TX7A 4NHIA 3AZ4A 4NY5A 5APFA 5KXOA 1YAQA 4LYBA 3AGIA 3W3EA 2PC2A 3ZVQB 3AB6A 4DDAA 1B5UA 2EKSC 4RLNA 3LN2A 1BB5A 1QTEA 1TEWA 4I0CA 4WL6A 1GFVA 1HERA 6LYTA 1JJ1A 1B0DA 1JKBA 1GF9A 2BQEA 2YBNA 5B1FA 3T36A 3WYHA 4H91A 1BB7A 1GE3A 1JKDA 2F4AA 5IHGA 4XJHA 5FHWA 5HNLA 1JJ0A 1IWVA 4NSJA 4ETCA 5AMYA 1LZ6A 1XSFA 4BS7A 4ETEA 1IO5A 2XJWA 5DN5A 2YBIA 1B7OA 4PJ2C 1GE1A 1W6ZA 1JTPL 1G7IC 4M6DA 1IOTA 1B9OA 1LZTA 2N5ZA 5DLAA 1EQ4A 1LSAA 3OK0A 1J1OY 3TXDA 4GCBA 1GBSA 1YIKA 3AJNA 1B5WA 1J1XY 3AW6A 4N0JA 4NGOA 1FBIX 1HEWA 1LZ8A 1WQMA 3WU7A 1IOCA 4XJIA 2BQFA 1LJHA 1LYSA 1IR8A 2F2NA 5LVJA 2Z39A 3CB7A 4IATA 4WLYA 4ZIXA 5KXNA 5KXPA 1HFZA 4HPIA 1XGTC 4Z41A 2XBSA 1GBZA 1NDGC 1QSAA 2BQBA 4CFPA 2FYCA 4N1EI 1BWHA 1G7JC 3OJPA 4X3BA 3TMWA 4H9BA 1GF4A 1YL0X 3W6AA 5EBHA 1F6SA 2DQGY 4G49A 1ZVHL 4NGWA 4TSBA 1OUGA 4H1PA 2BQDA 4NGJA 1AT5A 1YQVY 1SQ2L 1F6RA 1NDMC 3TXGA 2W1XA 2ZQ4A 2YSSC 2D91A 4HPEA 3TXHA 1GE4A 4NGLA 4TWSA 1IY4A 4II8A 3LYOA 1GBWA 4NGKA 2FBBA 1XGPC 2Z18A 1NBYC 4HJVA 1D6QA 5APDA 1UICA 4HP0A 1KXYA 2BQMA 2MEAA 2MECA 4MR1A 9LYZA 1OUHA 1VFBC 1GFRA 3AZ7A 4DD3A 1GEZA 4LT1A 5KXSA 1GB7A 3A6BY 1KIRC 3AW7A 3A93A 3TXIA 2BQHA 1DI3A 3W6FA 4DD1A 3AYQA 134LA 2BLXA 2HECA 4HTQA 2BLYA 2G4NA 3HBEX 1YKXX 3A34A 1JUGA 3A90A 4WMGA 3CT5A 4RW2A 3WL2A 1AM7A 4QDNA 1JPOA 3TMUA 3KAMA 4HV2A 3WULA 4RW1A 4GN3A 2I6ZA 1LSZA 4OOTA 1B7QA 4CFOA 2G4PA 1REYA 1CKDA 1C10A 1LMAA 1RFPA 4G4CA 1LJGA 2CWIA 4XN6A 2BAAA 1GXXA 2BQOA 1YKZX 4LYZA 1IOQA 1D0KA 1IP1A 1UCOA 3P4ZA 1XGRC 3EO5A 4OOOA 1OP9B 4HJZA 1LAAA 4NWHA 5D5FA 1LZRA 3ULRA 3LYTA 2A7DA 5KKIA 5KXXA 3BKHA 1UIDA 1FN5A 4KPMA 3CSRA 2MEGA 1LKSA 5D5CA 3IWRA 4H9CA 1ZV5L 1UIGA 1A4VA 1I56A 1GF8A 2ZILA 4CHXA 4WL7A 1DKKA 5FDJA 2BPUA 3A3RX 2HEBA 4UWUA 1LCNA 3A92A 4H9HA 1FKQA 3QNGA 3TXFA 2ZIJA 3A8ZA 5LA5A 5LYZA 1CKHA 1DXJA 1IWTA 4WG1A 4YOPA 3WW5A 4CGEA 1REXA 2BQNA 1LHJA 4WM4A 1GBOA 1GB8A 5IDDA 193LA 1TAYA 4NGZA 3WH1A 3WMKA 3WPKA 2ZWBA 2DQAA 4H9EA 1LMQA 1LJEA 1FKVA 1V7SA 1GHLA 1LZ5A 4XADA 1HEMA 1XFPL 1HSXA 2YDGA 1B5ZA 1LZDA 1D0LA 1PS5A 3TMXA 3GXKA 4DYGA 1LHLA 1EQ5A 1EQEA 3ATOA 1BGIA 4PGJB 5F9UA 2RSCA 4N1CC 4B1AA 1QSWA 2YBLA 4C5FA 1NWGA 1BHZA 1GB9A 1LZNA 135LA 3WUNA 4ETAA 2B5ZA 1GXV2 1LSEA 4BAFA 1IWUA 1G7MC 1O23A 3A96A 4OWBA 4OWEA 5DM9A 4XJFA 194LA 1B5XA 1IR9A 1FLUA 4WM5A 4E3UA 4W96A 1GFGA 1CKFA 2F4GA 1FLWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L10A 1QDTA 1QS9A 4LFXA 4I7RA 1G0KA 1P37A 3AGHA 4ARQB 3WPJA 1CV3A 1ZYTA 4ZPUA 1CVKA 4ETDA 2RH1A 147LA 4WM2A 1TBYA 1OQMA 3HH4A 4TUNA 1RE2A 4NSIA 209LA 5C6IA 5I53A 1IWXA 4IJ4A 1P2CC 4WOAA 229LA 4WO9A 1C08C 3GUJA 5LXWA 3HU9A 3C8SA 1IC5Y 3DMVA 5LYMA 2CGIA 4IAPA 1L85A 4IASA 217LA 4EJ4A 1DKJA 1UA6Y 5FEKA 1GB5A 2D4JA 2DQFC 5B59A 1QT8A 110LA 1GD6A 1MELL 3A95A 1QTBA 2C8PA 2DQCY 1XJTA 1CTWA 1JISA 1GAZA 1NMMA 2Z2EA 5KXWA 1TCYA 1C6LA 1GF6A 4H9IA 4CJ2A 1JSEA 1L75A 1LI2A 2MEFA 3EXDA 3HUQA 4ZFPA 2O7AA 2Q9EA 5KJ9A 5I5QA 1B2KA 1L92A 2O4WA 1DI4A 166LA 1G0GA 2ZYPA 1L98A 3A67Y 1HSWA 2FBDA 4J7VA 3OE8A 2BQLA 1QQYA 1DYDA 4I7PA 1G0PA 3RNXA 1DYCA 1L74A 1IP3A 245LA 4TSCA 2ZNWY 3UONA 1LSNA 1GPQC 1L0JA 4EKQA 1G1WA 1B7LA 1C63A 3P65A 1C6TA 4NSGA 1LI6A 1L94A 4YXAC 4W94A 1LTMA 3CT1A 3WUMA 1CV5A 1G7HC 1VAUA 4OWCA 257LA 1GAYA 1OYUA 1L45A 3G3XA 4I7OA 1L29A 1IOSA 4WM6A 1L27A 1C6GA 4XJGA 2YBHA 3HDFA 1T97A 208LA 4BAPA 2HEEA 4PHIA 1LMPA 2Q9DA 4PRUA 2HEDA 2OE4X 2GV0A 3ATNA 1LYYA 1UIAA 1D9UA 1HFYA 2B73A 1C6NA 2CJLA 4LZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LHM A;  1YAM A;  4H94 A;  132L A;  1FLY A;  2HU1 A;  1QDT A;  1LOZ A;  1GF3 A;  1OUB A;  1UIE A;  4FDY A;  4EMN A;  4LFX A;  4U3X B;  1LZS A;  1V7T A;  4L41 A;  4N9R A;  2Z19 A;  2Z38 A;  2DQH Y;  3AGH A;  1IP4 A;  4PRQ A;  3RT5 X;  1BB3 A;  3WPJ A;  1JKC A;  4ETD A;  6LYZ A;  1OUJ A;  1UC0 A;  4LT3 A;  1LJN A;  4P2E A;  4DT3 A;  3W6B A;  1D6P A;  2HEA A;  5KXL A;  2AUB A;  3EMS A;  1TBY A;  4WM2 A;  3W6C A;  1HC0 A;  1OQM A;  1LMC A;  1JTO L;  2BQG A;  3A6C Y;  4ML7 A;  2MEB A;  3W6D A;  4D9Z A;  3WUA A;  4TUN A;  1G7L C;  3RW8 A;  4M4O A;  1RE2 A;  4NSI A;  1B5V A;  2DQE Y;  1DQJ C;  4J1B A;  5KXR A;  4HJY A;  3BKV A;  5F16 A;  5IEL A;  1IP6 A;  5C6I A;  5I53 A;  1GDX A;  1IC4 Y;  3HBH A;  1IWX A;  4IJ4 A;  5LVK A;  1P2C C;  1LSY A;  1HHL A;  4WOA A;  4GLV A;  4WO9 A;  3B0K A;  1WVV A;  4ET8 A;  1C08 C;  4NHT A;  5I4Y A;  4H9A A;  1IY3 A;  3W6E A;  3RU5 A;  3AZ5 A;  1GFH A;  5LXW A;  5B1G A;  3TXK A;  4UWV A;  4NEB A;  5LIO A;  1IC5 Y;  2X0A A;  4B4I A;  4YF2 A;  4ZEE A;  5B06 A;  5LYM A; 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 1LMA A;  1RFP A;  4G4C A;  1LJG A;  2CWI A;  4XN6 A;  2BAA A;  1GXX A;  2BQO A;  1YKZ X;  4LYZ A;  1IOQ A;  1D0K A;  1IP1 A;  1UCO A;  3P4Z A;  1XGR C;  3EO5 A;  4OOO A;  1OP9 B;  4HJZ A;  1LAA A;  4NWH A;  5D5F A;  1LZR A;  3ULR A;  3LYT A;  2A7D A;  5KKI A;  5KXX A;  3BKH A;  1UID A;  1FN5 A;  4KPM A;  3CSR A;  2MEG A;  1LKS A;  5D5C A;  3IWR A;  4H9C A;  1ZV5 L;  1UIG A;  1A4V A;  1I56 A;  1GF8 A;  2ZIL A;  4CHX A;  4WL7 A;  1DKK A;  5FDJ A;  2BPU A;  3A3R X;  2HEB A;  4UWU A;  1LCN A;  3A92 A;  4H9H A;  1FKQ A;  3QNG A;  3TXF A;  2ZIJ A;  3A8Z A;  5LA5 A;  5LYZ A;  1CKH A;  1DXJ A;  1IWT A;  4WG1 A;  4YOP A;  3WW5 A;  4CGE A;  1REX A;  2BQN A;  1LHJ A;  4WM4 A;  1GBO A;  1GB8 A;  5IDD A;  193L A;  1TAY A;  4NGZ A;  3WH1 A;  3WMK A;  3WPK A;  2ZWB A;  2DQA A;  4H9E A;  1LMQ A;  1LJE A;  1FKV A;  1V7S A;  1GHL A;  1LZ5 A;  4XAD A;  1HEM A;  1XFP L;  1HSX A;  2YDG A;  1B5Z A;  1LZD A;  1D0L A;  1PS5 A;  3TMX A;  3GXK A;  4DYG A;  1LHL A;  1EQ5 A;  1EQE A;  3ATO A;  1BGI A;  4PGJ B;  5F9U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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