5AZJB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 178
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB01
2ITMA 3G25A 1V4SA 1U2VA 3GE1A 5AQMA 3L6QA 5KQDA 3WUHA 1NGEA 1ZC6A 1ATNA 5EXWA 3HZ6A 1DEJA 3O5BA 4FPAA 2D0PA 1MWKA 3IMXA 4CBUA 5BRHA 1JCFA 3WXLA 4BC2A 5I9EB 4GNIA 1NGBA 1YUWA 1HJOA 1HKCA 3A5NC 1BDGA 5ADXH 1C0GA 4B1YB 2GELA 3CJ1A 1NMDA 1TUYA 3C7NA 1NBWA 3RSEA 1YVNA 4F9OA 1HX1A 4H0PA 1YXQA 4PKHA 1SAZA 2Q0RA 4ISGA 2V7YA 4CZLA 5AQKA 4H5NA 1QHAA 2OANA 2E2NA 5F1XA 4O8KA 1KXPA 4BR5A 5BN9A 5EY4A 3O1WA 3VGLA 3CERA 5AZIA 3FZFA 3U4LA 4RTFD 3M6GA 4FOIA 1NGJA 3CJ7A 3WXKA 3MN7A 3VGMA 2FLOA 3MK6A 2D1KA 2DPNA 5AQVA 3ENOA 1CZAN 3UKUA 3QFPA 1V4TA 5AFUH 2H3GX 1S22A 3HM8A 4MLEA 3O80A 3VOVA 4PL7A 4EHTA 2P9PA 3IFRA 4FPBA 3FZHA 3ZETA 5BREA 5AQYA 1BWFO 2D0OA 5ADXA 4FWKA 3D7EO 2W40A 5AQXA 3SLCA 4H0TB 4MO5A 4BR0A 2BUPA 2D4WA 2HF3A 1HKBA 3WT0A 1HLUA 2A42A 1GLAG 3LDOA 3A5MC 5KPRA 4DB3A 1OKJA 2V51B 3U9DA 3A5OC 3AARA 1QZ6A 3MCPA 5E26A 3SJHA 3JXUA 5BPNA 1Y64A 1IJJA 4MLHA 3CQXA 3ZEUB 5AQSA 1KAYA 4CBXA 2GTDA 1D4XA 2ZF5O 4JAXA 4BVPA 2IVOA 4AM7A 1LOTB 3EKSA 2P9NA 2I7PA 4BGAA 3LDPA 1ZBSA 2PAVA 3VEXA 3LDNA 4IJNA 2P9LB 5AZJA 1U6ZA 1ESVA 3ID8A 2E1YA 3D2FA 2P9SA 3ULEA 2Q31A 2FXUA 2QWNA 3TU5A 3FE1A 5AFUA 2AP1A 4BRNA 3FFKB 3M1FA 5LJWA 3H6EA 5AQTA 2GWKA 2QWRA 2FSJA 4BRGA 4H5VA 2Q2RA 4FO0A 2IIRA 3MN5A 3CJ9A 2YJEA 4JHDB 3CI5A 4BRMA 5BPMA 1X3NA 4CJ7A 1NGHA 3L4IA 3B8AX 1NGAA 5BR9A 2E88A 3GBTA 4YDUA 3WXIA 3O1BA 3HTVA 2YHYA 1K8KB 3FZMA 4H03B 3H45C 3MMVA 4DCHA 2CGLA 2A5XA 3EL2A 4QS8A 4QS9A 1QQNA 5AQZA 3CQYA 5EVZA 3KHYA 1BA1A 3FZKA 1QQOA 1SZ2A 3GG4A 4HTLA 3QICA 1T6CA 4ISEA 4YDUC 1NGGA 5E84A 2Q1NA 4FWMA 4JD2B 3EO3A 4IO8A 4CZKA 3CJBA 5F0XA 2P9UB 1KAZA 3DJCA 4BC4A 4I6MA 2UYTA 3W3DA 5FPDA 3EN9A 1Z6RA 3BUZB 4HWIA 1Q18A 1BO5O 4CZMA 1P8ZA 2W41A 4FSVA 2QW9A 2V52B 4CZGA 2YI1A 3D2EB 3DXMB 4H5WA 2E2OA 2QXLA 2VWBA 3AAQA 3H46O 5AQHA 1GLBG 4A2BA 3QFUA 4EIAA 4BRPA 2YHWA 3O08A 3QMLA 3H3NO 3ENHA 4BG9A 3A0IX 1ZXOA 5AR0A 3I33A 5EOYA 2AA4A 2HOEA 3DXKB 4QS7A 3C0BA 4CZHA 4M63C 5AQOA 4AM6A 4CZJA 3S41A 5BRFA 4KBOA 4H5TA 4ISFA 4LC9B 3VF2A 3H1VX 3QDKA 5AQJA 2QWMA 5LJVA 3H1QA 4FWOA 3ZEUA 2ZGZA 2GEMA 3O8MA 4K42A 1R59O 3UKRA 1HKGA 3MN6A 4B1VA 5BN8A 3QBWA 1X9JA 3R6MA 2E2PA 3IDHA 1IG8A 2P9LA 5JLHA 3UB5A 4WQ4A 4BRIA 2QM1A 2A40A 2E8AA 2HF4A 1YAGA 1JCEA 2Q36A 3LM9A 4BC3A 3R9PA 3VEYA 1S3XA 4XH5A 4BRKA 3BF1A 4H0OA 3WQUA 1X3MA 1SQKA 4IZ9A 2YCHA 1E4GT 5AZIB 4WQ4C 4WYBA 2CGKA 3AAPA 4Z94A 4JHDA 1MDUB 1QZ5A 2J4RA 3U8XA 2CH5A 2HMPA 5BPLA 1HPMA 2A6AA 3O6WA 3GOIA 4FOEA 4H5RA 1WUAA 2ASOA 3UKUB 3VEZA 3SMPA 4BROA 4WQ5A 2GWJA 3W0LA 4BRLA 3LDLA 2NZTA 1J6ZA 1NGFA 3VF4A 3FZLA 2P9PB 5AQQA 3FLCO 3WEEB 2E20A 3ZETB 4BRDA 4CZFA 3EZWA 1RFQA 4NO7A 2ASPA 4BG8A 4EHUA 4BR7A 3VESA 4DHYA 1GLDG 2QWLA 5KPZA 3DWLA 3L0QA 2FSNA 3GL1A 4XH4A 3TPQA 2P9KB 5ELZA 4FWQA 2PBDA 2QWOA 3VEVA 5AQIA 3ZX0A 4A62A 5LY3A 1NGIA 4BREA 5AQNA 2VYPA 2YJFA 4NB4A 4BRAA 4FL9A 2YHXA 4A2AA 4BVOA 5AQGA 1NLVA 1JCGA 3DXMA 2FF6A 4IWVA 3M3ZA 4RCHA 4CBWA 1XQSC 3BEXA 5JLFA 4GY2B 1H1VA 2E1ZA 1BA0A 1GLFO 2VCPA 2FSKA 2P9IB 1TYQB 1GLJO 1LCUA 2P9SB 1KAXA 4FWPA 3VPZA 2EWSA 4CZEA 3LDQA 2ZGYA 2BTFA 3MDQA 2NLXA 1NWKA 3MN9A 3QBXA 3BF3A 3DXKA 3SK3A 5KQ8A 4K43A 1T6DA 2IVNA 3BP8A 3WXJA 1RDWX 3KZBA 3CIPA 3H3OB 4BRHA 1DKGD 4B1WB 1XC3A 4BRFA 3UE5A 1Z05A 4Y0WA 3U9ZA 3O4WA 3CHWA 4PL8A 3P4IA 3VEOA 1T44A 4CD1A 5JICA 1BU6O 4IXCA 5AQUA 4BRQA 1MWMA 1XUPO 4MO4A 4FWNA 4EAHD 1U2VB 1QQMA 3VETA 4BR4A 2ZWHA 5AQLA 3VERA 3DAWA 4BQZA 1ATRA 4FWSA 5FPEA 5FPMA 3SMSA 3HBTA 4L3QA 4B1XB 4BQLA 3QB0A 2F9TA 4O5FA 3CJAA 4BR9A 1BUPA 1ATSA 4CD3A 4A61A 1GLLO 4I6MB 2Q97A 4XH1A 1BG3A 3C7NB 4H0YB 2F9WA 3RSEB 5KPTA 3OHRA 5JMVA 1C0FA 1BOTO 2KHOA 3GDQA 3R8EA 4FWRA 4B1ZA 1G99A 2Q0UA 1HUXA 5B8HA 4JN4A 3WEEA 3JS6A 5AQPA 5EX5A 1TUUA 3KVGA 2A3ZA 3AY9A 3FR0A 5BRDA 4EFHA 4XEIA 4B9QA 3FGUA 1MA9B 5AQFA 2CH6A 4PKIA 2I7NA 4BGBA 3CETA 3VEWA 4M7XA 2IVPA 3CJCA 3ZX3A 2FF3B 2P9KA 3HSCA 1K8KA 4BRCA 4M7YA 3I8BA 1NGCA 3F9MA 3VENA 3ATUA 3UKRB 5FPNA 5TKYA 4FWLA 1E4FT 4PKGA 4JNEA 2E2QA 4IJAA 5F2RA 3VF6A 5CE3A 3LL3A 2QWPA 3LM2A 2P9IA 1TYQA 4E1JA 4JD2A 4WQ5C 1WOQA 4H0VB 4DQ8A 3J8AA 4BR2A 3A5LC 4B1UB 1NM1A 2NRHA 3IUCA 2P9UA 3ZX2A 4K25A 4J8FA 1GLCG 3EKUA 2V7ZA 1NGDA 4RWTA 3WQTA 4K41A 3VGKA 2WUSA 4C23A 4BC5A 2P9NB 1RGIA 3D2EA 2QWQA 3HI0A 4H0XB 5AQRA 2A41A 5AZJB 1EQYA 4CZIA 1GLEG 2ASMA 3A8YA 5AQWA 3D2FB 3ATVA 3ULEB 1DGKN 2GUPA 4CI6A 2CGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY7A 3GE1A 1VSEA 1BI4A 5M1OA 2G8WA 4DQIA 1D5AA 1SL0A 3WUHA 1WB9A 2KFZA 1IKVA 3L4QA 1QS4A 1ZC6A 4AHTA 1IKXA 3O5BA 2W42A 4DQQA 2D0PA 3AVNA 1MWKA 4Q5VA 1JCFA 3WXLA 3U3GA 1W7AA 3PY8A 4GNIA 1NGBA 1YUWA 1HJOA 4IEEA 1BDGA 2YV0X 1JLEA 5ADXH 1C0GA 4M3UA 2GELA 5GINA 1TK8A 3MWTA 3VQBA 3NMUA 1TUYA 4Y1DA 3C7NA 1VSKA 4M45A 3CD6N 4F9OA 3IKMA 4H0PA 3CPEA 2KLAA 2JLEA 3NVMA 3VQ6A 4CHZA 4CEFA 4FK0A 2Q0RA 2P1JA 3OJSA 2V7YA 3MXJA 4CZLA 5AQKA 4H5NA 2A1RA 1YJWN 3TSPA 1X9SA 3O1WA 3VQDA 1VQ7N 3FZFA 4JI2K 4FJXA 4OGEA 3CJ7A 4B9SA 3TAFA 4WCEL 3AO2A 4YOUA 4M41A 3AGRA 4K8XA 1QSSA 1IBMK 2E6MA 1RDUA 2D1KA 3DLGA 3KKRA 5AQVA 1CZAN 3MX2A 3K5NA 4DQRA 1JL2A 5AFUH 4FJ9A 1S22A 4PL7A 2QTDA 4DV5K 1XMOK 5ADXA 4FWKA 2W40A 4DFMA 4DR6K 3SLCA 4MO5A 5SZTA 4DV2K 3H08A 1WSIA 4W5RA 2ZE2A 3KD5E 5E26A 1RBUA 2HHSA 4ELUA 2O8EA 4CGJA 1O13A 1IJJA 2GTDA 4AHCA 4JAXA 4DR2K 2YHBA 2P9NA 3RMDA 2G8FA 3LDPA 3DRRA 1NOZA 2B6AA 2P9LB 1RTIA 4QAGA 5AZJA 4W5QA 1BQMA 4M42A 2NRZA 5GAEP 4CJ3A 2E1YA 4JI3K 3T1YK 3N4PA 2QWNA 3TU5A 5AFUA 1SL2A 2PYLA 3FFKB 2GX9A 1FXXA 2QWRA 4BE2A 4H5VA 4YHHK 2OZSA 4CK2A 2IIRA 3CJ9A 3C65A 4BE0A 1RBRA 5SWMA 4BRMA 4CJ7A 1NGHA 1QVGM 3B8AX 3VQAA 1NGAA 4CGGA 1ZBLA 4IKFA 3VA3A 2D0BA 1EX4A 2HB5A 2KQ2A 4KV8A 1S1XA 3E01A 4OPJA 2WOMA 2QKBA 3H45C 3KK2A 4BWJA 2QK9A 3KWGA 5KGXA 2XHBA 4Y1CA 4CJRA 1YHQN 3AVFA 3PIPL 2X78A 1T6CA 3QNOA 4DTSA 3SCXA 5E84A 2Q1NA 5JS2A 3EO3A 4IO8A 4DKWA 3KLGA 4ELVA 3DJCA 3W3DA 3EN9A 4E7KA 4CJPA 4CZMA 1P8ZA 3QESA 4FSVA 2QW9A 2V52B 4JI5K 1D9FA 2VGNA 4CZGA 2QXLA 4E7JA 4KI4A 3AAQA 3VQ7A 4PWDA 4GV9A 4HUEA 4G9ZA 3QFUA 1KVAA 3H3NO 4FVUA 3QLHA 3CM5A 1ASVA 3I33A 3DXKB 1OH7A 4NLCA 4CZHA 5JVHL 4AM6A 3K58A 4DTJA 4B3SK 4ID1A 5CR4A 4KO0A 3H1VX 5KI6A 4KHNA 2QWMA 5LJVA 3L3UA 2HVIA 4B9LA 3V1QA 4K42A 1R59O 4B1VA 3VTHA 1WBBA 3O9RA 1X9JA 2OA8A 1IG8A 2P9LA 4E1MA 3CMEN 3UB5A 4JKGB 2A40A 2E8AA 2HF4A 1O1WA 1IG9A 3PIOL 3HSTB 3HPOA 4BC3A 3R9PA 3TTFA 4DTNA 4JI4K 1KC8O 3VEYA 2EHGA 3D45A 4DTOA 4FCYA 3WQUA 2HBLA 5DM6L 3VMFB 4IZ9A 2YCHA 4CJ4A 3SPYA 1E4GT 5AZIB 4RW6A 3RRGA 4WYBA 1VQLN 3ALYA 4Z94A 4CFDA 3O4QA 2J4RA 3OY9A 2HMPA 5BPLA 4BWMA 3GOIA 3E9OA 4FVMA 1ITGA 1NK9A 2VG6A 1J6ZA 1S6PA 5HRRA 3NH0A 4BY9C 3VF4A 2P9PB 5AQQA 3CMAN 2E20A 3ZETB 4B3RK 1OVQA 1LWFA 4WF9L 2EX3A 4BG8A 1VSFA 4DHYA 1CLQA 1WSFA 2O8DB 2Z1HA 3DLEA 3AA2A 1NG9A 3LPUA 5C0YA 3LDSA 3SUOA 1RTDA 4EP4A 4XH4A 3TPQA 2P9KB 1TVRA 3V9UA 4E3SA 2QWOA 1IBKK 2OZMA 5AQIA 4A62A 4LH5A 2DFEA 5AQNA 2VYPA 4BREA 2YJFA 3LP2A 1T8EA 4DS4A 3M3ZA 3LP3A 1HMVA 2Z1GA 5JLFA 4GY2B 2UUBK 4JV5K 2P9IB 3T1HK 1TYQB 2P9SB 4B3MK 1FW6A 3VPZA 4CZEA 4M3WA 3MN9A 3O9SA 4F3OA 3DXKA 4O0JA 4K43A 3BP8A 1RDWX 3KZBA 4FLZA 3NF6A 3PV8A 4YOTA 4BDPA 3CHWA 3C94A 2AJQA 1T44A 3K0SA 5AQUA 3RMAA 3SZ2A 4HCCA 2FBTA 1NK5A 4MO4A 1JL1A 3ZYYX 2HW3A 1QQMA 5KRTA 4JKGA 4KB1A 2ZWHA 3VERA 5FPEA 5FPMA 3LP0A 3NDKA 4YOXA 4FXDA 4BQLA 3SQ1A 2HNDA 4O5FA 1ASUA 5KRSA 1VQ4N 4CJSA 3ZSYA 4DFPA 4I6MB 1C1AA 3E66A 4JLHA 1Q9XA 3DMJA 4FM0A 4DLEA 2Z1IA 3OHRA 5JMVA 2YNHA 1BOTO 4AF1A 1QSYA 4KPYA 1YJNN 1BGXT 2B5JA 3L2QA 2HHVA 1TUUA 1E3MA 1C6VA 3VTIA 4DV7K 1BIZA 3AY9A 2NNWA 4CEZA 4XEIA 4B9QA 3KIOA 4PKIA 4JRQA 4GMJB 1I3AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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