5AZJB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
b'FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 178
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB01
3U8XA 3CQXA 1RFQA 4FO0A 4IXCA 4BRIA 2A5XA 3HM8A 3BF1A 3CERA 5I9EB 2ZGZA 4CBXA 3IMXA 2NRHA 1MWMA 5AZIA 1QHAA 2QWPA 1KAYA 3A5MC 4CJ7A 4ISGA 1C0GA 4I6MA 1NGBA 3FLCO 1X9JA 1TUYA 5AR0A 4CD3A 4BGBA 1K8KB 4QS9A 3FFKB 3BP8A 5JMVA 3BUZB 2E2NA 2Q2RA 3CHWA 4CZJA 3CJ1A 1ATNA 1ATSA 4YDUC 5AQHA 3R9PA 3C7NB 3FR0A 4JHDA 1T6CA 3VEYA 3A5NC 1IG8A 3F9MA 2P9NA 2E2PA 2NLXA 3B8AX 2A3ZA 3AAPA 4CZMA 3BF3A 1G99A 3D7EO 1C0FA 2CH5A 4C23A 1S3XA 4CZKA 2ASOA 1HPMA 3MN5A 4E1JA 2CH6A 3CI5A 3VETA 3VF4A 4JD2A 4PL8A 4BR9A 2YHXA 2KHOA 3QDKA 4O8KA 2EWSA 3DXKB 3H45C 1ZBSA 3SMPA 3UE5A 1ATRA 3EO3A 3R8EA 1HUXA 4DQ8A 5BN8A 4FWOA 3IFRA 4BR5A 1YAGA 3WEEA 5BPMA 4XEIA 2D0OA 5BRHA 1XUPO 4A62A 4H5VA 3ULEA 2GWJA 2E20A 1Q18A 4DB3A 2FSNA 3O80A 2CGKA 3TU5A 2P9IB 4AM7A 2ASMA 3VF6A 1NM1A 1HKCA 1SZ2A 2QXLA 3A8YA 3ZEUA 4AM6A 3MCPA 4BVPA 5AQZA 1GLJO 3WUHA 5KPZA 2QWMA 5BR9A 3EZWA 1D4XA 1U2VA 5LJWA 5F2RA 3VESA 4BREA 4L3QA 1HKGA 2YJEA 3H3NO 3DXMA 4JHDB 3H6EA 3WXKA 4BVOA 1ESVA 5AQLA 3WXLA 2A41A 2ZGYA 5ELZA 2PBDA 3O4WA 4NB4A 1CZAN 2HOEA 5LY3A 3G25A 3HBTA 3WT0A 3ENOA 4CBUA 3LDOA 1P8ZA 3W3DA 4H0TB 4DCHA 5AQOA 3QICA 2QM1A 4B1XB 3QFUA 5LJVA 3VF2A 3VEOA 1NGFA 3GOIA 4FOIA 2E2OA 3WQUA 1X3MA 5AQSA 1NWKA 2ASPA 4WQ4A 5BREA 3VGKA 3QBWA 1NGGA 3SMSA 3UKUA 3UB5A 4A61A 2YHYA 3VEXA 2WUSA 2FF3B 4BRQA 3VERA 4H5TA 4B1YB 3SJHA 1KAXA 1OKJA 3MN7A 4FWSA 3O8MA 5JLHA 5AZJB 3U4LA 4M7XA 1DGKN 2P9KB 3VENA 5ADXH 1QZ6A 4BR2A 1H1VA 2A40A 3LL3A 4HTLA 5EXWA 3L0QA 4BG9A 4JN4A 3ENHA 2P9SB 4Y0WA 4IZ9A 1QQNA 4F9OA 1YVNA 2CGJA 3EL2A 3RSEA 3DXMB 4B1ZA 5AQMA 1TYQB 1NGDA 2BUPA 2P9LB 5F1XA 3GG4A 4FL9A 4MO4A 4BC4A 1BWFO 1ZC6A 1E4FT 3EKSA 1BA1A 3MDQA 3QBXA 4KBOA 1RGIA 4FWLA 3VEWA 4Z94A 5AQVA 2V7YA 4BQZA 4BRKA 2IVNA 4CZEA 3ZETA 2D1KA 4CZGA 1Z05A 1TUUA 1KAZA 3CJCA 4WYBA 3M1FA 4WQ4C 5AQKA 1GLBG 3H46O 3SLCA 2PAVA 4H0VB 2J4RA 5B8HA 1BA0A 2P9UA 4CI6A 2FSJA 4BRNA 2BTFA 3D2EA 2UYTA 4H0XB 1NGCA 1LCUA 1GLEG 4GNIA 3C0BA 2OANA 2P9PA 2A42A 5TKYA 3QMLA 2YCHA 1DEJA 4ISFA 2ZWHA 3KHYA 2Q36A 2GELA 3M3ZA 4MLEA 3D2FB 5AQPA 1GLLO 3WXJA 4K41A 5FPDA 2V7ZA 3AAQA 3KZBA 1JCEA 3CJAA 5KPTA 3LM9A 3P4IA 4IJAA 4BRDA 4CBWA 3A5OC 2I7NA 4XH4A 3LDQA 5AZIB 2Q97A 1IJJA 4EFHA 1BOTO 4I6MB 3LM2A 1JCGA 3LDPA 3IUCA 3HTVA 4XH1A 1NGHA 4PKGA 1MDUB 4LC9B 2Q0RA 4BR7A 4BRMA 3TPQA 5AQIA 3S41A 2FLOA 2P9NB 2NZTA 5F0XA 1XC3A 2IVPA 2HF4A 5AQXA 3AY9A 4M63C 3UKRA 2V52B 3HSCA 4JAXA 2Q0UA 3O08A 2F9WA 4EIAA 2QWLA 5BPLA 4H0OA 2D0PA 4PKIA 5ADXA 3ATVA 4ISEA 1GLCG 4JD2B 3J8AA 3ZX3A 3FZLA 3R6MA 3JXUA 1S22A 4H5WA 1HJOA 1T6DA 2F9TA 3H1QA 1K8KA 5E26A 3MMVA 3WQTA 3MK6A 5AQYA 4IO8A 5FPEA 4FWQA 1BO5O 4B1UB 4A2BA 4DHYA 4FSVA 4H0PA 1XQSC 4BRHA 5AQTA 4FWRA 3WEEB 4BC3A 2FSKA 1GLDG 3AARA 3C7NA 4J8FA 4EHTA 3ULEB 2GTDA 3ID8A 4RTFD 1BU6O 1R59O 2FXUA 1MWKA 2E8AA 1KXPA 3ZEUB 2VWBA 3DAWA 4RCHA 4BRFA 5AFUH 3A5LC 4IWVA 4K25A 2I7PA 3EKUA 1U2VB 3GBTA 4FWMA 2H3GX 4BRCA 4BC5A 3H3OB 4PL7A 4QS8A 2FF6A 3WXIA 3DXKA 4RWTA 2QWNA 3HI0A 3I33A 5EVZA 3U9ZA 4FWPA 2D4WA 4XH5A 5AQQA 3M6GA 5EY4A 2DPNA 3BEXA 3VGLA 3U9DA 1NLVA 2IVOA 1RDWX 3SK3A 3O6WA 5KQ8A 3QFPA 5BRDA 1JCFA 1YXQA 2GEMA 3O1BA 4K42A 4WQ5A 3GL1A 3CJ9A 5KQDA 4B1VA 2E1YA 1EQYA 3VEVA 4A2AA 2P9IA 2VCPA 4M7YA 2YHWA 3QB0A 1QQOA 5BN9A 5AQGA 3CJBA 5AQNA 4K43A 1MA9B 5FPNA 3KVGA 1V4SA 2AP1A 4FWNA 3JS6A 3ZX0A 3UKUB 4BR4A 1BUPA 3W0LA 1Z6RA 1HX1A 4FPAA 3A0IX 5JLFA 1HLUA 2AA4A 2E88A 3I8BA 3VEZA 1U6ZA 2ZF5O 3LDLA 1T44A 5AQWA 5AQRA 3VGMA 3EN9A 3HZ6A 4BRPA 4BROA 2Q31A 1J6ZA 4FWKA 4B9QA 3VPZA 3RSEB 4WQ5C 4QS7A 4NO7A 1NGIA 4FPBA 4BGAA 2QW9A 4CZHA 2HF3A 5AQFA 2E2QA 3ZETB 5FPMA 1QQMA 4H0YB 4EAHD 4CZIA 1SQKA 1YUWA 1BDGA 4FOEA 2YJFA 3DJCA 3LDNA 2V51B 4JNEA 4MO5A 2GUPA 3GDQA 2IIRA 1GLFO 1NGAA 2QWRA 2P9UB 5AZJA 3FZMA 2Q1NA 2P9KA 2YI1A 3D2EB 3H1VX 4B1WB 1LOTB 5KPRA 3FGUA 5AFUA 2CGLA 3FZHA 2P9PB 2P9SA 2E1ZA 2HMPA 3GE1A 3FE1A 3MN9A 4CZFA 1TYQA 2P9LA 5AQJA 3FZKA 1GLAG 1Y64A 4YDUA 4BRLA 1NGEA 3DWLA 4CD1A 5CE3A 4MLHA 1V4TA 1WUAA 2W40A 4PKHA 4BQLA 3O5BA 1ZXOA 3VOVA 5EX5A 1NBWA 5JICA 4BR0A 1WOQA 1SAZA 1BG3A 1E4GT 1QZ5A 3MN6A 3L6QA 4BRGA 3O1WA 1DKGD 4GY2B 3CIPA 2W41A 3IDHA 3CQYA 4H03B 3ATUA 3CJ7A 3CETA 4EHUA 4BRAA 3ZX2A 5BPNA 3FZFA 1NGJA 4O5FA 2VYPA 4IJNA 4BG8A 4H5RA 2A6AA 2QWOA 1X3NA 2GWKA 2QWQA 5BRFA 1HKBA 1NMDA 4BC2A 3OHRA 5E84A 4CZLA 2ITMA 5EOYA 5AQUA 4HWIA 3D2FA 4H5NA 3UKRB 3L4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FW6A 4IXCA 4BRIA 1Z26A 3PSIA 2A5XA 5GAGP 1OH8A 1ASWA 3IMXA 3C6AA 2NRHA 1NK0A 2QWPA 1BI4B 4Y1CA 3VQPA 4ILJA 4DU3A 1RNHA 3OYDA 1X9JA 4BDYA 4E19A 4RW8A 2WOMA 3ID6A 4KO0A 3QNNA 3P38A 1VQON 5J2QA 4LF4K 4JHDA 1VSDA 3F9MA 4DUYK 4OKJA 3M8RA 2A3ZA 1Z25A 1S6PA 3K58A 1HPMA 3O3GA 4A5BA 3ZCMA 3VETA 4PL8A 1QTMA 4IO9L 2EWSA 3TAFA 3H45C 3SMPA 4NLCA 1WB9A 3DI6A 4PA1A 4DQ8A 3IFRA 1RT4A 3CFRA 4WFBL 3WEEA 4XEIA 4Z4FA 4FJKA 4H5VA 4CIEA 3VQDA 4Y1DA 1Q18A 3O80A 5M1QA 4FLYA 4DU4A 3ZSOA 2P9IB 2JGUA 4Q5VA 1NM1A 1SZ2A 5AQZA 3WUHA 3NCIA 1NK9A 4W5TA 3TR8A 3QLHA 5F2RA 1T3VA 3VESA 4L3QA 4FM0A 3E1YA 2VWKA 1VRUA 3H6EA 4JLHA 4JHDB 4LSNA 5KRTA 4IEIA 5C12A 4ID1A 2PBDA 3NGZA 5KI6A 1DLOA 4NB4A 5LY3A 1VSEA 3HBTA 4LFCK 3ENOA 3LDOA 1Q81O 4JK7A 1VK0A 1NOZA 1P8ZA 2D0AA 3AO2A 3CC7N 2YHBA 3OS0A 4DCHA 4JKCA 4B1XB 1TVRA 4CECA 3OYCA 4J2DA 1IKYA 1NGFA 5M1KA 3SUQA 1A5VA 1D5AA 2E2OA 4FOIA 3WQUA 4E7HA 5AQSA 1NWKA 1RTIA 3V4IA 1NGGA 3UKUA 4AHRA 2YHYA 3VEXA 1YTUA 4LD0A 1Y97A 4BRQA 1HPZA 3L8BA 4DG1A 3CC2N 1KAXA 1OKJA 1OVQA 3CM5A 3DLHA 3O8MA 1M1KO 3MCAB 5AZJB 3TAGA 4PHTX 5J2MA 2O8CA 3TSUA 4BR2A 2WFBA 3J7ZO 2PFUA 1CLQA 1KD1O 1QQNA 3RSEA 1YVNA 3CC4N 4O5BA 3KIOA 4QAGA 3GG4A 4CHNA 1BWFO 3TAMA 1UA0A 3L2QA 3HSTB 1E4FT 1BA1A 3U3GA 4G1QA 3VEWA 2HHVA 2E4LA 4YHHK 1B9DA 1TK0A 2IVNA 1D8YA 4KKOA 5GIPA 4OGCA 1TUUA 3AVGA 1KAZA 4IOXA 4WYBA 4L8RB 1NJZA 4Z4GA 2PAVA 4B3TK 2GUIA 2J4RA 5B8HA 2P9UA 4CI6A 4DTJA 3D6RA 3D2EA 3IS9A 1LCUA 5LMNK 3V9XA 4DUZK 2O8DB 1U4BA 5KTQA 3OYIA 2ZWHA 3THVA 4NCBA 2HVIA 2R7YA 1JLFA 2X78A 4AILC 4AQYK 1MU2A 2BGGA 1K6YA 2Y1IA 3V1QA 1TV6A 4DV3K 3LDQA 4RW6A 1C0UA 4IOCL 2YNGA 3LM2A 1KQSM 4DQSA 1HYVA 4DQIA 1C0MA 1YF5L 1EXQA 3MECA 4PKGA 3K5MA 2G8UA 4B3RK 1IKXA 4KH6A 3CCVN 4BRMA 4CJUA 4Z4CA 1JJ2M 3Q7BA 2FLOA 5F0XA 2NZTA 4HUEA 3DMJA 1LV5A 4M63C 3UKRA 3TI0A 1P90A 1RT2A 1VQ8N 3O08A 1N33K 2F9WA 1KRPA 2O8BB 5BPLA 2D0PA 4PKIA 4A59A 3QEXA 3O4QA 5ADXA 3HJFA 4E1MA 4JD2B 1GLCG 3AVBA 1NK4A 3PLAA 1WSGA 1VQ6N 3BGRA 3R6MA 1HYZA 4H5WA 4DTSA 2YNFA 1FKOA 3HP6A 1K8KA 4E0DA 3HOSA 3WQTA 4QOZB 3CPEA 4IO8A 4OLAA 2G8WA 3SUOA 3QERA 1BO5O 1TL3A 3VTHA 4DHYA 5GIOA 5AQTA 4CK1A 5CZ1A 1GLDG 3C7NA 3V1OA 3ULEB 1BU6O 4YY3K 4JS4A 2FXUA 4E7IA 1MWKA 4JKHA 3L2RA 4KV8A 2HNYA 1HQEA 3ZYYX 1HNVA 5J1EA 4E7KA 5CY4A 4WE1A 4K25A 3R3LA 3VQEA 4BC5A 3AA5X 3DXKA 3G10A 2QK9A 3ASMA 4H4OA 3KLHA 4B8CA 1W0HA 2RKIA 3OBWA 4JKGA 3MXMA 4DTPA 1RDWX 4B9VA 3O6WA 4Z0UA 3QFPA 1JLEA 4JEPA 1YXQA 4HUGA 4K42A 2B6AA 4ID5A 5JVGL 4BWMA 4B1VA 2VQEK 1VQKN 4FZZA 2BANA 4IG3A 4A2AA 1ZBHA 2VCPA 4OLBA 4GW6A 2UUCK 4RW9A 1DT9A 3NF7A 3G71N 2P51A 3SYZA 1KSPA 3SV4A 3ZX0A 4BR4A 4M45A 4CF9A 3W0LA 1NK5A 1HX1A 4PUOA 2E6LA 3SZ2A 2E88A 4C1NK 4BDZA 4WFNL 1KC8O 1U6ZA 3O9RA 4BDPA 5J2NA 3S3OA 4BRPA 4FLUA 4IKFA 3VPZA 4WQ5C 4JKAA 4QS7A 4FPBA 3CYMA 3SBGA 2W6LA 4OKKA 1QE1A 3CD6N 1RT7A 4Q0BA 3QNOA 5HRSA 3ZETB 1RTJA 5FPMA 3RR8A 4N47A 3ALYA 4EAHD 1U45A 3P39A 1LWCA 4BY9C 1YUWA 1NG9A 4IEEA 3LAKA 3DJCA 4CGHA 2O4IA 1I3AA 2YKMA 4KHSA 3I0RA 3GDQA 4DR4K 3MAQA 1NGAA 2QWRA 3D0PA 4NLBA 3MWPA 3H1VX 1QS4A 3FGUA 1VQMN 5AFUA 4NXMK 2Z1GA 1YI2N 2E1ZA 3MN9A 3AVFA 4CZFA 3AO5A 4IFEA 2Y1JA 2HHTA 4YDUA 1Y64A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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