5B1FA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of hen egg-white lysozyme
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b1fA00
5LA8A 1B7OA 2YBNA 1P2CC 1WQOA 2EIZC 1IY3A 3AB6A 4II8A 1LAAA 4NGLA 1VDPA 1LZCA 1JKAA 1C43A 1LSAA 2EQLA 4LYMA 1B0DA 1LJNA 2H9JA 3CQLA 5DL9A 3W3EA 3LYOA 5IELA 1D6QA 2D6BA 1LSPA 1VAUA 3K3TA 5APDA 1JTTL 5HLLA 1CKGA 3SP3A 5K7OA 3WULA 4J7VA 2MEGA 4LYTA 1DI5A 2XJWA 1LZ8A 2HU3A 3LHMA 4P2EA 4WL6A 3TXJA 1HEPA 4NG1A 2Z2FA 4OWHA 1XEIA 1GFVA 2B5ZA 4NWEA 8LYZA 1N4FA 3CSZA 3WL2A 2Z12A 3A8ZA 1YANA 5KXTA 1LSFA 4DD1A 1AM7A 1OUAA 4PPOA 6LYTA 3WMKA 1GFGA 1PZYA 2DQDY 1WVUA 3A95A 4ZIXA 3A94A 2HUBA 4XJDA 1KXXA 2LZ2A 1REZA 2A7FA 134LA 1IP2A 1ZV5L 3TXFA 1LHHA 1LZ6A 4YM8A 1HEQA 1DPWA 1AT5A 1LZSA 5DLAA 3WUMA 4WLYA 3P66A 5FHWA 4B4IA 1GBZA 4YEMA 4ETCA 1QUTA 1GB6A 4H1PA 5KXKA 2DQGY 4NHQA 3CSQA 3CT1A 5APFA 193LA 1GD6A 1QDTA 1WTMA 1IY4A 3WUNA 3P64A 1B5VA 1D0KA 3RU5A 1VATA 5II3A 2W1MA 1JKDA 1C10A 1QSAA 2CGIA 3N9AA 2MEIA 4EMNA 5F9UA 1GFJA 4ETAA 1IP5A 4N8ZA 1YAOA 3A90A 4OWCA 4RLMA 1GXXA 4HTQA 4GN5C 4H9HA 1IP1A 208LA 3EO5A 1BB6A 2F2NA 1LSMA 1EQEA 1LZGA 1LSDA 5B07A 1T6VL 1H87A 1FLYA 4U3XB 3WW5A 5LVHA 5F16A 4XJGA 4ET8A 5KXLA 5LXWA 1DKJA 1IO5A 4GN3A 2LYZA 3FE0A 4H9IA 5HMJA 4DYGA 5F81A 1LYZA 1BB7A 3QNGA 1IP4A 4BAPA 1A4VA 2F4AA 1JSEA 1BGIA 3OK0A 4LFXA 4NIJA 4DD2A 1RI8B 1TEWA 4B49A 1IWXA 4H9FA 1TCYA 2DQIY 1IC7Y 1KIQC 3A34A 1FDLY 5DN4A 2MEDA 1NDGC 1BVXA 1D6PA 3W6AA 3ATNA 4IATA 2HEFA 1YL0X 1C08C 1B7SA 2MECA 3M3UA 1JISA 3B0OA 1HELA 3P68A 4FDYA 5HNCA 1JUGA 4AGAA 1JPOA 1RFPA 3IJUA 3TXKA 1FKQA 2BQHA 1OUHA 3AGIA 1D0LA 2PC2A 4NHTA 3TMUA 2C8OA 4TSCA 1LZ4A 1GBSA 4WO9A 4NGZA 1CKFA 1JJ1A 5KXZA 5A3EA 1UIEA 3N9EA 1LJKA 4G4BA 4H8ZA 4X3BA 1LZ1A 4FJRA 1UBZA 1AKIA 1HNLA 1YIKA 1GFRA 1VEDA 1LSZA 4H9CA 3TMXA 4PRUA 4UWNA 5FEKA 2HU1A 1QQYA 3AZ4A 4KT3A 4LT2A 4MCKA 4MR1A 4WM4A 5B05A 3WPKA 1BB4A 3A3RX 4MSTA 5F14A 4LGKA 3AJNA 4Z3MA 1INUA 5KXMA 1FLQA 2HEDA 5KXRA 1LZRA 4DD9A 1V7TA 1Z55A 1A2YC 4NSGA 5DM9A 4XADA 1FLUA 1I20A 2Z2EA 1WQMA 1LTMA 3AGGG 4LZTA 3WH1A 2ZYPA 4L41A 4QDNA 1B5UA 1UIDA 3RZ4A 4HV1A 2MEFA 4NFVA 1NHEA 2BQBA 5J7CA 2YBHA 4PHIA 4A7DA 1IP6A 5D5CA 1UIFA 5KXYA 4YF2A 1WQQA 3EXDA 1XSFA 4PJ2C 3TXBA 1IX0A 1NDMC 1XEJA 4GN4A 4QY9A 1BHZA 1NF5A 2LHMA 4XJHA 1HSWA 1CKDA 1YAPA 5I54A 1JKBA 1GEZA 3IWRA 2YBIA 4GCCA 4H9BA 2DQHY 3WW6A 1YKYX 1QIOA 4DD0A 1GFKA 4H92A 1JWRA 1G7IC 4PGJB 3T36A 3J4GA 4N1EI 1JTPL 2NWDX 3W6EA 1QUSA 2BQIA 1JITA 1GB9A 1IEEA 2ZIKA 4WG7A 1B7QA 2XBRA 4TWSA 4GLVA 1IORA 2DKVA 1YAQA 1YAMA 1UACY 2HEAA 4NG8A 1GAYA 4G4CA 4GLAA 1WQRA 1G7JC 1BQLY 4WG1A 5E9RA 4G9SA 1NKHA 1CKCA 5HNLA 1FBIX 1JKCA 4H8YA 4AXTA 1ZVYB 3AZ6A 4WLTA 4H93A 3W6BA 1LJ3A 1F10A 1OQMA 4XJFA 4LFPA 1GF9A 5AMYA 5EBHA 5LAFA 1W6ZA 3WXUA 1J1PY 1SLYA 4IJ4A 1B9OA 1IC4Y 3WU9A 153LA 1LSNA 4B4EA 3TMVA 5KY1A 1GFEA 1REXA 1IR9A 1GXV2 4WM6A 3D9AC 4LYOA 1B5YA 4NSHA 1F6SA 4NSIA 2BLYA 1GDXA 4OOOA 2W1YA 2FBBA 4HV2A 4LT3A 1DZBX 4ZEEA 4Z98A 5L3HA 1GB3A 1ALCA 1C45A 1XGRC 5LYTA 7LYZA 1B7RA 1CNSA 3LZ2A 2BAAA 2HEEA 1DI4A 2F4GA 1JSFA 1D0MA 1OUFA 4HTNA 1GB8A 4DDCA 2I26L 4HPEA 3B0IA 1XGTC 2ZNWY 1C46A 1HMKA 5KKJA 4H94A 4HPIA 1REMA 1CJ9A 4NGOA 1LKRA 1LZNA 3RT5X 1GF4A 1RE2A 4J0LA 4WL7A 1CJ6A 4CGEA 2YDGA 2N5ZA 3LYZA 1ZVHL 1BWIA 1HMLA 2ZWBA 5KXNA 1GFUA 3TXIA 4WLXA 1IOTA 1BWHA 3B0KA 2EKSC 1HHLA 1B5XA 2CJLA 1HFZA 4Z41A 5C6LA 1LZAA 1VDTA 1GPQC 1GF0A 2YBJA 1UICA 4IASA 5DN5A 3GXKA 3VWOA 1LHMA 5B1FA 4R6CA 1GDWA 1IWUA 1GEVA 1EQ5A 3AZ5A 4ZFPA 2Z37A 4NGJA 2DQCY 4BADA 4Z46A 5KXOA 1GB2A 1W08A 2C8PA 4LYBA 2MEBA 2VB1A 3QE8A 1H6MA 1LJEA 4HJZA 4CHXA 1YKXX 2RSCA 1LYOA 1TAYA 4TTDA 3ZVQB 1LOZA 2ZQ3A 4G4HA 4KXIA 2YBLA 1JJ3A 1YQVY 2Y8PA 5B06A 1LZTA 1HEMA 1DPXA 1IOSA 1VDQA 3RW8A 1LZEA 2G4NA 1LZ5A 3N9CA 1QSWA 3BKHA 4M6DA 1REYA 1EQ4A 5FSTA 5I4XA 4EOFA 4XJBA 4ETBA 4LYCA 1GF5A 5KXPA 4DD7A 2F30A 1JTOL 1B7LA 1WVVA 4N5RA 1LMNA 2GV0A 3WU7A 1D9UA 3CT0A 1GF8A 1DQJC 3W6FA 1LYSA 3A3QA 3G3AB 1V7SA 2FYCA 1LKSA 4OWBA 2W1LA 2BQEA 3ATOA 1LMOA 1KXWA 1NWGA 4NGVA 1B2KA 4WMGA 4C5FA 4H9EA 2MEHA 2YVBA 3G3BB 135LA 4ETDA 2H9KA 4NHIA 1GB5A 5IDDA 2IHLA 1F6RA 1LYYA 1LHKA 5LINA 1G7HC 3MGWA 1LHLA 5L9JA 2BQFA 3E3DA 1OUBA 4NHSA 4WM5A 5E4PA 5JENB 3ULRA 4ET9A 2ZIJA 1WTNA 2ZYCA 2BQJA 2XTHA 4QEQA 1FLWA 3T6UA 4NGKA 4OWAA 3A6CY 1AT6A 1B5WA 1XGUC 4HJVA 1NBZC 1QTEA 3AGHA 3EBAB 5KXSA 1YKZX 1GE4A 1RJCB 3TXDA 3LN2A 1EL1A 4XENA 5F9XA 2FBDA 4TX7A 4I8SA 1GE1A 5B1GA 2IFFY 4C3WA 1WQNA 1YL1X 5LYZA 5HMVA 1JHLA 3WPJA 3LYTA 4NGIA 5T3FA 2DQAA 4GCFA 1LMAA 4KPMA 5LAGA 1UCOA 5APEA 5LVKA 1VDSA 1UIHA 2I6ZA 4B4JA 1LJIA 2FYDA 1JIYA 1LHIA 4J1BA 4WLDA 2A7DA 133LA 207LA 3OJPA 1WQPA 1LSCA 2BLXA 4E3UA 4YENA 4BS7A 1LSGA 4WM3A 2DBTA 5I5QA 4LYZA 4N0JA 1HF4A 1I56A 3RNXA 1DXJA 2D91A 1GHLA 1BVKC 1IWVA 4GCEA 1KXYA 1GF7A 2BQAA 4NY5A 1LJGA 4XYYA 1GFAA 5L3IA 1BB3A 1UIGA 3GXRA 5I4WA 1ZMYL 5IHGA 1GWDA 4XJIA 1IWWA 4R0FA 3HBEX 4KL7A 1YILA 3HBHA 2YBMA 154LA 2ZNXY 4W94A 1B7MA 5I4YA 1HERA 1DI3A 2HEBA 1NQIA 2LZTA 4OWEA 4CFOA 4N1CC 1DKKA 2BPUA 4H8XA 1GF6A 2D4IA 2WARA 4H91A 2DQJY 2DQFC 1GBYA 2BQOA 2BQCA 2ZQ4A 1UIAA 3B72A 1OP9B 4PRQA 3TXEA 4DDBA 1UA6Y 1IOQA 3A93A 2ZILA 1E8LA 5KXWA 4NEBA 4RW1A 1JEFA 1NMMA 4D9ZA 1B5ZA 4HTKA 3W6DA 3W6CA 3WXTA 3A67Y 3CB7A 1LHJA 4H9AA 3TXGA 1LMCA 2G4PA 5APCA 3QY4A 5FELA 1LZBA 3A92A 1I1ZA 1HEOA 1J1XY 1NBYC 3M18B 4O34A 4M4OA 1OUDA 2EPEA 4NSJA 2AUBA 1GE3A 4RLNA 1B7NA 1O23A 1UIBA 3TMWA 5LVJA 4DWXA 2BQMA 4LT0A 1CJ7A 1OUCA 5LVGA 3A6BY 3BKVA 4GCDA 1VFBC 3AYQA 1IWTA 1HEWA 1LMPA 3KAMA 1IP7A 3HFMY 4GCBA 1KIRC 3WVXA 1XGQC 1TBYA 1IIZA 1GAZA 1RCMA 1YROA 4YOPA 2H5ZA 2XBSA 9LYZA 2Z38A 4WM2A 3ZVQA 1OUEA 4RW2A 3CT5A 2HECA 3AW7A 5C6JA 6LYZA 1HSXA 4QGZA 1PS5A 1AZFA 3CSRA 1GBXA 2MEAA 1LMTA 1GFHA 1OUJA 1BB5A 2W1XA 1LJ4A 3AW6A 4XN6A 1TDYA 3WVYA 4WM1A 1IVMA 1HC0A 1LPIA 1IOCA 4NGWA 1G7LC 4OW1A 5FCPA 1GE2A 4DC4A 1IP3A 4G49A 1CKHA 3P65A 4ML7A 3B6LA 3WUAA 4CFPA 4DDAA 2Z18A 5D5FA 1IR7A 1LJJA 1UUZC 4BAFA 4TSBA 4HSFA 4YEOA 1C7PA 3HBDA 1HFXA 1LZ9A 2Q0MX 1GB0A 5I53A 1GB7A 1MELL 1LSBA 4ANRA 5ILFA 1GBWA 4LT1A 1QDRA 1XEKA 3A96A 1JJ0A 1J1OY 1LCNA 1BWJA 1SQ2L 5KXXA 1LZDA 2HTXA 5HQ1A 3P4ZA 5A3ZA 2BQGA 4WO6A 4RDSA 3WPLA 2YSSC 3LYMA 4J1AA 5LYMA 1QTKA 1LJFA 5M1YA 3J6KA 1IC5Y 4B0DA 1B7PA 2CWIA 3A91A 4HP0A 3F6ZA 4B1AA 1IR8A 1UC0A 4NWHA 5LIOA 3EMSA 2Z19A 5LA5A 1XGPC 3AZ7A 1KIPC 1LJHA 4I0CA 4TUNA 4UWVA 1IWYA 4W96A 1XFPL 2DQEY 2CDSA 4HJYA 194LA 1GFTA 4WOAA 5FDJA 1LZYA 1CJ8A 1OUIA 4NGYA 2MEEA 3WYHA 4CJ2A 4NHPA 3TXHA 5KKIA 1GE0A 2LYMA 2D4KA 3FI7A 4DT3A 1GBOA 5LVIA 5B59A 1IWZA 1MLCE 1G7MC 1HENA 1OUGA 2X0AA 5C6IA 2BQLA 1FKVA 1LSYA 2I25L 2BQKA 2G4QA 1LMQA 4H90A 1T3PA 4OOTA 5ILCA 4N9RA 4DD3A 1F0WA 4UWUA 4ETEA 3ZEKA 5KJ9A 1GF3A 1HFYA 3LZTA 1FN5A 2Z39A 2D4JA 3D3DA 132LA 2LYOA 3IJVA 3WU8A 1LSEA 2BQDA 2BQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 1L67A 1JKAA 2IGCA 1LSAA 1LYIA 2RBNA 1LJNA 5DL9A 2H9JA 3LYOA 3GUJA 1LYEA 1LSPA 131LA 1G0LA 3K3TA 5APDA 1CU6A 5K7OA 4J7VA 3LHMA 4WL6A 1XEIA 2B5ZA 3CSZA 1LSFA 4DD1A 6LYTA 1GFGA 4ZIXA 197LA 1KXXA 2LZ2A 1REZA 3TXFA 1LZ6A 1HEQA 1G1WA 4I7OA 4ETCA 1JTMA 201LA 113LA 1L15A 3RU5A 4EXMA 1GFJA 1L19A 2O4WA 2OU8A 4HTQA 2Q9EA 2B6WA 208LA 1BB6A 2F2NA 1LZGA 1LSDA 1FLYA 4U3XB 5F16A 1OV5A 1IO5A 3F9LA 3FE0A 4DYGA 1BB7A 173LA 1A4VA 1JSEA 1BGIA 4DD2A 235LA 4H9FA 1C6BA 3A34A 2OE9X 1L37A 2MEDA 1G0PA 4IATA 1YL0X 1B7SA 2MECA 3M3UA 1L99A 1HELA 1CU2A 3GUOA 3IJUA 190LA 1L53A 2BQHA 3AGIA 251LA 1C6DA 1LZ4A 1G07A 1CKFA 5KXZA 1QTHA 250LA 4FJRA 1UBZA 217LA 1YIKA 1GFRA 1VEDA 4PRUA 2HU1A 4KT3A 4MSTA 5F14A 1INUA 1P7SA 3DMVA 1Z55A 1FLUA 1C6MA 3RZ4A 4NFVA 2MEFA 1PQJA 2BQBA 1L06A 240LA 1IP6A 5KXYA 4YF2A 253LA 4DAJA 2LHMA 1HSWA 3SBBC 1GEZA 3IWRA 1L28A 2RBSA 1L44A 1GFKA 1L23A 4PGJB 3HTDA 3DN2A 4N1EI 4LDEA 3W6EA 2ZIKA 1P64A 1UACY 2HEAA 1GAYA 4GLAA 3C7ZA 2OU0X 1CKCA 5HNLA 1JKCA 4H8YA 1ZVYB 3W6BA 145LA 108LA 1OQMA 2RBOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LA8 A;  1B7O A;  2YBN A;  1P2C C;  1WQO A;  2EIZ C;  1IY3 A;  3AB6 A;  4II8 A;  1LAA A;  4NGL A;  1VDP A;  1LZC A;  1JKA A;  1C43 A;  1LSA A;  2EQL A;  4LYM A;  1B0D A;  1LJN A;  2H9J A;  3CQL A;  5DL9 A;  3W3E A;  3LYO A;  5IEL A;  1D6Q A;  2D6B A;  1LSP A;  1VAU A;  3K3T A;  5APD A;  1JTT L;  5HLL A;  1CKG A;  3SP3 A;  5K7O A;  3WUL A;  4J7V A;  2MEG A;  4LYT A;  1DI5 A;  2XJW A;  1LZ8 A;  2HU3 A;  3LHM A;  4P2E A;  4WL6 A;  3TXJ A;  1HEP A;  4NG1 A;  2Z2F A;  4OWH A;  1XEI A;  1GFV A;  2B5Z A;  4NWE A;  8LYZ A;  1N4F A;  3CSZ A;  3WL2 A;  2Z12 A;  3A8Z A;  1YAN A;  5KXT A;  1LSF A;  4DD1 A;  1AM7 A;  1OUA A;  4PPO A;  6LYT A;  3WMK A;  1GFG A;  1PZY A;  2DQD Y;  1WVU A;  3A95 A;  4ZIX A;  3A94 A;  2HUB A;  4XJD A;  1KXX A;  2LZ2 A;  1REZ A;  2A7F A;  134L A;  1IP2 A;  1ZV5 L;  3TXF A;  1LHH A;  1LZ6 A;  4YM8 A;  1HEQ A;  1DPW A;  1AT5 A;  1LZS A;  5DLA A;  3WUM A;  4WLY A;  3P66 A;  5FHW A;  4B4I A;  1GBZ A;  4YEM A;  4ETC A;  1QUT A;  1GB6 A;  4H1P A;  5KXK A;  2DQG Y;  4NHQ A;  3CSQ A; 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 4DC4 A;  1IP3 A;  4G49 A;  1CKH A;  3P65 A;  4ML7 A;  3B6L A;  3WUA A;  4CFP A;  4DDA A;  2Z18 A;  5D5F A;  1IR7 A;  1LJJ A;  1UUZ C;  4BAF A;  4TSB A;  4HSF A;  4YEO A;  1C7P A;  3HBD A;  1HFX A;  1LZ9 A;  2Q0M X;  1GB0 A;  5I53 A;  1GB7 A;  1MEL L;  1LSB A;  4ANR A;  5ILF A;  1GBW A;  4LT1 A;  1QDR A;  1XEK A;  3A96 A;  1JJ0 A;  1J1O Y;  1LCN A;  1BWJ A;  1SQ2 L;  5KXX A;  1LZD A;  2HTX A;  5HQ1 A;  3P4Z A;  5A3Z A;  2BQG A;  4WO6 A;  4RDS A;  3WPL A;  2YSS C;  3LYM A;  4J1A A;  5LYM A;  1QTK A;  1LJF A;  5M1Y A;  3J6K A;  1IC5 Y;  4B0D A;  1B7P A;  2CWI A;  3A91 A;  4HP0 A;  3F6Z A;  4B1A A;  1IR8 A;  1UC0 A;  4NWH A;  5LIO A;  3EMS A;  2Z19 A;  5LA5 A;  1XGP C;  3AZ7 A;  1KIP C;  1LJH A;  4I0C A;  4TUN A;  4UWV A;  1IWY A;  4W96 A;  1XFP L;  2DQE Y;  2CDS A;  4HJY A;  194L A;  1GFT A;  4WOA A;  5FDJ A;  1LZY A;  1CJ8 A;  1OUI A;  4NGY A;  2MEE A;  3WYH A;  4CJ2 A;  4NHP A;  3TXH A;  5KKI A;  1GE0 A;  2LYM A;  2D4K A;  3FI7 A;  4DT3 A;  1GBO A;  5LVI A;  5B59 A;  1IWZ A;  1MLC E;  1G7M C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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