The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
101
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sequence length |
456
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structure length |
434
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Chain Sequence |
TAFTPNGTYLQHLARDPTSGTLYLGATNFLFQLSPGLQLEATVSTGPVLDSRDCLPPVMPDECPQAQPTNNPNQLLLVSPGALVVCGSVHQGVCEQRRLGQLEQLLLRPERPGDTQYVAANDPAVSTVGLVAQGLAGEPLLFVGRGYTSIPPITTRALWPPDPQAAFSYEETAKLAVGRLSEYSHHFVSAFARGASAYFLFLRRDLQAQSRAFRAYVSRVCLRDQHYYSYVELPLACEGGRYGLIQAAAVATSREVAHGEVLFAAFSSAGASALCAFPLDEVDRLANRTRDACYTREGRAEDGTEVAYIEYDVNSDCAQLPVDTLDAYPCGSDHTPSPMASRVPLEATPILEWPGIQLTAVAVTMEDGHTIAFLGDSQGQLHRVYLGPGSDGHPYSTQSIQQGSAVSRDLTFDGTFEHLYVMTQSTLLKVPVAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Allosteric Inhibition of a Semaphorin 4D Receptor Plexin B1 by a High-Affinity Macrocyclic Peptide
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Plexin-B1
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
101
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| structure length |
434
|
| sequence length |
456
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-04-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01403 | Sema | Sema domain |
| A | PF01437 | PSI | Plexin repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DWL C; 3SBP A; 2Q7Q A; 2AH0 A; 1FWX A; 3JAM g; 1GOT B; 5EM2 A; 4R7A B; 3PVW B; 4O9D A; 3JZH A; 1GP2 B; 4GMB A; 3L4O D; 2XL2 A; 4E54 A; 2H68 A; 2BBK H; 2H14 A; 2AGY A; 4I79 A; 2OVQ B; 2H6Q A; 5HE0 B; 3IJC A; 5THA A; 1A0R B; 2IUP A; 3IJ1 A; 3SVW D; 3J81 g; 1N6F A; 4J0X A; 3BG0 A; 4A08 A; 3DSM A; 2J57 G; 3EI2 A; 2IUQ A; 4A7J A; 3E0C A; 2OK4 A; 1XHM A; 2HJB A; 4JXM A; 2CN2 A; 2OJY A; 3UVN A; 3ODT A; 2CO0 C; 4J79 A; 1MG2 A; 5C9Z B; 3AL8 A; 4J77 A; 3PE7 A; 4CI1 A; 2H9N A; 2P9K C; 4FWW A; 4CZX A; 5C2V B; 5EM2 B; 2OVR B; 2Z2N A; 1YFQ A; 3RSE C; 4QQE A; 2YNN A; 2YMU A; 4GQ2 P; 1K32 A; 4E54 B; 4K3J B; 4JT6 C; 1VYH C; 3UVM A; 5H1M A; 1MG3 A; 3DXM C; 2PM6 B; 4J0W A; 3GFC A; 5TEE A; 2BCJ B; 4JSN C; 5B4W A; 3SBR A; 1JMZ B; 4A08 B; 3CFS B; 4J73 A; 4PSX B; 5HQG A; 3EI2 B; 4CY2 A; 4CZY A; 3K26 A; 3EWE A; 1XIP A; 2P9S C; 1MDA H; 3B7F A; 4QRJ A; 1JOF A; 3OW8 A; 4E5Z A; 4Y5R D; 2AGL A; 5GSA A; 4FHL A; 2P9P C; 4D6V A; 3EMH A; 3J80 g; 3AL8 B; 2J56 H; 4J8B A; 1N6E A; 2B5M A; 5IJ8 E; 2UZX B; 4JD2 C; 2GNQ A; 4CZV A; 4G56 B; 4GQB B; 4U7A A; 4O3U B; 2G99 A; 4GQ1 A; 5EAR A; 5SXM A; 4FAN D; 3DM0 A; 4X60 B; 1K8K C; 3GRE A; 4TZ4 A; 3BWS A; 2HJ4 A; 3ULE C; 3JRO A; 4FAV D; 1JMX B; 1OLZ A; 3EI3 A; 2CNX A; 5I5I A; 3OKT A; 1SHY B; 3SXT D; 1PGU A; 3SN6 B; 4ES0 A; 4A2L A; 3RMZ D; 5GXH A; 4X63 B; 4GM3 A; 2HKR A; 2PM9 A; 5EMM B; 3MZK A; 4GZ8 A; 4BUJ C; 3P4F A; 2IUV A; 4FA5 D; 3FGB A; 4QL1 A; 5TDH B; 1XKS A; 3NVN A; 4E5Z B; 4L3H D; 2W18 A; 3BG1 A; 5AFU 3; 3F3F A; 3RN0 D; 1OMW B; 5H17 A; 4J87 A; 4JSP C; 5EAP A; 4JT5 C; 4KFM B; 3SHF A; 3MZL A; 2H6K A; 1TYQ C; 2XL3 A; 2P9L C; 3EI1 A; 3RFH A; 1SQ9 A; 3UKR C; 4A0B A; 3AFC A; 5IJ7 E; 2B5L A; 2PM7 B; 4LGN A; 3I89 A; 3MXX A; 5CYK A; 3JZG A; 3C75 H; 4N14 A; 4JSV C; 4J86 A; 3I8E A; 4BH6 A; 4A2M A; 1Q47 A; 5EAM A; 2IWK A; 3EI3 B; 3W15 A; 4FA4 D; 3I7L A; 2XYI A; 3JB9 L; 4GGD A; 3ZWL B; 2B4E A; 4H5J A; 4ZOY A; 2PM9 B; 4CC9 A; 3VH0 A; 2AH1 A; 1U2V C; 4J78 A; 3PXT D; 2H9L A; 2CE9 A; 3V5W B; 4GGA A; 4GM9 A; 3F3G A; 3SJL D; 4XYH A; 4NSX A; 3ORV D; 1R5M A; 3AH8 B; 4J8G A; 4Y7R A; 5FKS A; 3OKY A; 4OWR A; 4ESG A; 4HDJ A; 5H14 A; 2AGZ A; 2I0T A; 4A11 A; 3CFV A; 4J81 A; 3V9F A; 1S4U X; 3EI1 B; 4A0B B; 2H6N A; 4ZOZ A; 3SLE D; 4L3G D; 3VA6 A; 4O1Q D; 2I3T A; 3RLM D; 5CYK B; 5EAL A; 3SMR A; 4MK0 B; 4D0K A; 3UVK A; 4FB1 D; 4O45 A; 2AGW A; 4PBY A; 1GXR A; 3C5M A; 4L1Q D; 4FA9 D; 1TBG A; 2P9I C; 5EMJ B; 5KDO B; 5FLX g; 3L4M D; 2H3X A; 3IJ0 A; 3DXK C; 1PEV A; 5FKR A; 3VGZ A; 5CXC A; 4LG8 A; 3UVO A; 2TRC B; 3IIY A; 4A0A A; 3NVX A; 2IWF A; 2EBS A; 1B9X A; 1PI6 A; 2H9P A; 3KRW B; 1ERJ A; 3I7P A; 5FKT A; 5FXY A; 2O9K A; 3I7H A; 2IAA A; 2XU7 A; 4J84 A; 3JRP A; 3UR4 A; 5HE2 B; 1QNI A; 3MKQ A; 3EG6 A; 5HE3 B; 4YVD A; 3RN1 D; 5IC7 A; 3OKY B; 4ZOX A; 4A11 B; 1NR0 A; 2OIZ A; 4LG9 A; 4ZN4 A; 3CIK B; 3PXW D; 3RFG A; 2J55 H; 4CI2 A; 4K3I D; 5TEF A; 4QT8 A; 3UVL A; 3SWS D; 3OL2 A; 2AGX A; 3MMY A; 5CXB A; 4XYI A; 3C99 A; 2QC5 A; 2YNO A; 4AEZ A; 3PSC B; 4H5I A; 3C9C A; 2P9N C; 2YNP A; 4CY1 A; 4CI8 A; 5CXC B; 2QXV A; 4UI9 R; 3SBQ A; 4A0A B; 1NEX B; 4ZOV A; 5A2Q g; 4ERZ A; 1RI6 A; 3RRM C; 1L0Q A; 3I2N A; 5TF2 A; 4AOW A; 2HYE A; 4Z8L A; 5IGQ A; 4L9O A; 4XEI C; 5AMS A; 2P9U C; 2I0R A; 2B5N A; 1N6D A; 4IMM A; 4CI3 A; 3UKU C; 2HKM A; 3EU7 A; 4IA9 A; 1P22 A; 4PC0 A; 3V7D B; 3A0F A; 3EI4 A; 2YB8 B; 2MTA H; 2UZY B; 4X61 B; 3AL9 A; 2YBA A; 3OKW A; 5I5J A; 3I7O A; 5GXI A; 4X3E A; 3U4Y A; 4J82 A; 4GM8 A; 4A09 A; 4FA1 D; 3SCY A; 3OL2 B; 5CXB B; 3K27 A; 4PXW A; 2CN3 A; 3F3P A; 5HE1 B; 2HES X; 4ERQ A; 5EML B; 4PNK B; 3PXS D; 3IKO A; 1JJU B; 1SQJ A; 3N0D A; 4JSX C; 5FKQ A; 2G9A A; 2AQ5 A; 3MKS B; 5FA5 B; 4ERY A; 5K19 A; 4BL0 A; 5EMK B; 3PSL A; 3FRX A; 2GC7 A; 2OVP B; 1U4C A; 5IGO A; 3KRX B; 3OTT A; 2HXC A; 2I0S A; 2CE8 A; 4CY5 A; 1GG2 B; 2H47 A; 3NVQ A; 5AJA A; 3I7K A; 3SFZ A; 3EI4 B; 3JZN A; 2H9M A; 5I5M A; 4EWR A; 1PBY B; 2OK6 A; 3IIW A; 4GGC A; 5IT9 g; 1B9Y A; 4CY3 A; 2Z2O A; 3N0E A; 5K1C C; 2GC4 A; 3I7N A; 3HFQ A; 4PSW B; 5HYN B; 4A09 B; 3FM0 A; 5C2W B; 4OZU A; 4PBZ A; 2H13 A; 4U1E I; 2CO0 A; 2I3S A; 4O3T B; 5JWZ A; 2Z2P A; 2PBI B; 3PVU B; 3I8C A; 2IUR A; 5FQD A; 5GMK n; 3JPX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DWL C; 3SBP A; 3NIF A; 2Q7Q A; 1H2W A; 2AH0 A; 4DNV A; 1FWX A; 3JAM g; 1GOT B; 4RE6 A; 5EM2 A; 4R7A B; 3PVW B; 4O9D A; 3JZH A; 1GP2 B; 4GMB A; 3L4O D; 2XL2 A; 4E54 A; 3VI3 A; 2H68 A; 2VDP A; 2BBK H; 2H14 A; 2AGY A; 4I79 A; 2OVQ B; 2H6Q A; 5HE0 B; 3IJC A; 4BCD A; 4O02 A; 5THA A; 1A0R B; 2IUP A; 3EQ8 A; 3IJ1 A; 3SVW D; 3J81 g; 3ZE0 A; 1N6F A; 4J0X A; 3BG0 A; 4A08 A; 3DSM A; 3IUQ A; 2J57 G; 3EI2 A; 2IUQ A; 4A7J A; 2VDR A; 3E0C A; 2OK4 A; 1XHM A; 3IUR A; 2HJB A; 3IJE A; 4JXM A; 2CN2 A; 2OJY A; 3UVN A; 3ODT A; 2CO0 C; 4J79 A; 1MG2 A; 3O4H A; 4BP8 A; 5C9Z B; 5M61 A; 3AL8 A; 4J77 A; 3PE7 A; 4CI1 A; 2H9N A; 2P9K C; 4FWW A; 1C9L A; 4CZX A; 5C2V B; 2VC2 A; 5EM2 B; 2OVR B; 2Z2N A; 1YFQ A; 3RSE C; 4QQE A; 4BP9 A; 2YNN A; 2YMU A; 4GQ2 P; 3NID A; 1K32 A; 4E54 B; 2XE4 A; 4MMY A; 5FFG A; 2EIC A; 4K3J B; 1A12 A; 4JT6 C; 1VYH C; 3UVM A; 5H1M A; 1MG3 A; 1JV2 A; 3DXM C; 4G1M A; 2PM6 B; 4NC4 A; 4J0W A; 3GFC A; 3IVM A; 5TEE A; 4AN0 A; 2BCJ B; 4JSN C; 2VDL A; 5B4W A; 3SBR A; 4AMZ A; 1JMZ B; 4A08 B; 3CFS B; 4J73 A; 4PSX B; 5HQG A; 1UOQ A; 3EI2 B; 4Z7O A; 4CY2 A; 4CZY A; 3K26 A; 3EWE A; 1XIP A; 2P9S C; 1MDA H; 2JKX A; 3B7F A; 4QRJ A; 1JOF A; 3OW8 A; 4E5Z A; 1QFM A; 4Y5R D; 2AGL A; 5GSA A; 4FHL A; 5M5T A; 2P9P C; 1GOG A; 4D6V A; 3EMH A; 3J80 g; 3AL8 B; 2J56 H; 4J8B A; 1N6E A; 2B5M A; 5IJ8 E; 2UZX B; 4JD2 C; 2GNQ A; 2WQ8 A; 4MMX A; 4CZV A; 4G56 B; 2VZ1 A; 4GQB B; 4U7A A; 4O3U B; 2G99 A; 2EID A; 4GQ1 A; 5EAR A; 5SXM A; 4FAN D; 3DM0 A; 3K72 A; 4X60 B; 1M1X A; 1K8K C; 3GRE A; 4TZ4 A; 3BWS A; 2HJ4 A; 1K3I A; 3ULE C; 3EQ9 A; 3JRO A; 4FAV D; 1JMX B; 1O6F A; 1OLZ A; 4O2W A; 3EI3 A; 2CNX A; 2VDO A; 5I5I A; 3OKT A; 1SHY B; 3SXT D; 1PGU A; 3SN6 B; 4ES0 A; 4A2L A; 3RMZ D; 5GXH A; 4X63 B; 4GM3 A; 2HKR A; 2PM9 A; 5EMM B; 3MZK A; 4GZ8 A; 4BUJ C; 3P4F A; 4UM8 A; 2IUV A; 3T3M A; 3FGB A; 4FA5 D; 1GOH A; 4QL1 A; 5TDH B; 1XKS A; 3NVN A; 4E5Z B; 4L3H D; 2W18 A; 3BG1 A; 5AFU 3; 3F3F A; 3RN0 D; 1OMW B; 5H17 A; 4J87 A; 3ZE2 A; 4JSP C; 5EAP A; 4JT5 C; 5M5S A; 4KFM B; 3SHF A; 3MZL A; 2H6K A; 1TYQ C; 4Z7N A; 3MVD K; 1UOP A; 5M5R A; 2XL3 A; 4AMY A; 3ZE1 A; 2P9L C; 3EI1 A; 1QFS A; 3RFH A; 1SQ9 A; 3UKR C; 4A0B A; 3AFC A; 2VDQ A; 5IJ7 E; 1O6G A; 1TYE A; 2B5L A; 2PM7 B; 4LGN A; 3I89 A; 3MXX A; 5CYK A; 3JZG A; 3C75 H; 4RE5 A; 4N14 A; 4JSV C; 4J86 A; 3I8E A; 4BH6 A; 4QAM A; 3K71 A; 4A2M A; 1Q47 A; 5EAM A; 2IWK A; 3EI3 B; 3W15 A; 4FA4 D; 3I7L A; 4UM9 A; 2XYI A; 3JB9 L; 4GGD A; 3ZWL B; 2B4E A; 4BCC A; 4H5J A; 3V4V A; 4ZOY A; 2PM9 B; 3VI4 A; 4CC9 A; 3VH0 A; 2AH1 A; 4JHN A; 1U2V C; 4J78 A; 3PXT D; 3NIG A; 2H9L A; 1VZ3 A; 2CE9 A; 3V5W B; 4GGA A; 4GM9 A; 3F3G A; 3SJL D; 4L1M A; 4XYH A; 4NSX A; 3ORV D; 1R5M A; 3AH8 B; 4J8G A; 4WK4 A; 4Y7R A; 1I2M B; 1VE7 A; 5FKS A; 3OKY A; 4OWR A; 4BCB A; 4ESG A; 4HDJ A; 5H14 A; 2AGZ A; 2I0T A; 4A11 A; 3CFV A; 4J81 A; 3V9F A; 1S4U X; 3EI1 B; 1UOO A; 2QZP A; 4A0B B; 2H6N A; 4ZOZ A; 3SLE D; 3FCS A; 4L3G D; 4O1Q D; 5E6U A; 3VA6 A; 2EIE A; 2I3T A; 3RLM D; 5CYK B; 5EAL A; 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