5B59A

Hen egg-white lysozyme modified with a keto-abno.
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Transition Metal-Free Tryptophan-Selective Bioconjugation of Proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 43
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b59A00
4NFVA 1B7RA 2HECA 3WPLA 4HV1A 1J1PY 4OWBA 3A67Y 5LYMA 1LJGA 3IJVA 4C5FA 3A92A 4NHIA 3TXKA 3AW6A 3WVYA 1HFXA 5LVKA 4NG8A 1PZYA 1CNSA 1IX0A 1CKCA 3EXDA 1XGQC 1GAZA 3ULRA 2ZYPA 2YBHA 5DL9A 3A96A 1IWXA 2ZWBA 1LTMA 4LT3A 4DDCA 1JKCA 4ET8A 5IDDA 3TMXA 1IY3A 1BWHA 5B1GA 4G4CA 1W6ZA 1LJIA 1ZV5L 3W6EA 4WO6A 1GXXA 4AXTA 2DQCY 4WLDA 2Z37A 1UIAA 1T6VL 3LZ2A 1UA6Y 4HV2A 4H93A 1UCOA 4R0FA 1IY4A 4XJFA 5B07A 1LZ1A 4NGYA 4DC4A 1FKQA 1GEZA 2F2NA 4H91A 5FEKA 4B0DA 1I1ZA 1BQLY 5F9XA 1JEFA 1HSWA 4HTQA 3TXDA 1UC0A 4Z98A 1GFJA 1GFHA 1XGRC 3CB7A 3TXJA 1JJ0A 4OOOA 4WM2A 1DI5A 1NBZC 5L3IA 5I4YA 2H9JA 1HMKA 1YAPA 2PC2A 3LYZA 1DI3A 3WXTA 1GFTA 1FLWA 1LOZA 1NDGC 1VDSA 1BB4A 4DD3A 2ZYCA 1D9UA 5HLLA 4WM4A 3A3RX 2CGIA 193LA 1WQRA 5F9UA 1SLYA 1LMTA 4NGVA 1TEWA 1W08A 154LA 3T6UA 3WUAA 4YF2A 4LYBA 1B5UA 1YL1X 3A34A 3CSRA 6LYZA 1IOTA 4QGZA 3TXGA 1GFRA 5LXWA 1IVMA 4NSJA 4WM3A 5A3EA 4GN4A 4WMGA 1LZYA 4H9CA 1NBYC 2X0AA 3OJPA 4NGJA 1VEDA 1IEEA 4NWEA 1LMCA 4CGEA 4DDBA 1GB0A 5B1FA 2LYZA 2LZTA 3LYMA 2DKVA 3LHMA 1GB7A 1XEJA 4HSFA 1D0KA 1G7LC 4LT1A 4WM5A 4NGKA 1BB5A 1D0MA 2HU3A 3CT1A 1GF8A 4CHXA 4H8XA 3AGGG 1QDRA 4WL7A 1LHMA 4J1AA 4NGOA 3RNXA 3LZTA 4O34A 153LA 1AT6A 2I25L 1A2YC 1UICA 3G3AB 4NGWA 4XENA 4NHPA 3WUMA 1VDPA 4I0CA 4W94A 4OWEA 1JTOL 1GF0A 2I26L 1GF6A 1GE2A 1T3PA 1XGUC 2BQHA 4PPOA 3AW7A 1HNLA 2YDGA 2MEBA 4NHTA 134LA 4LFXA 2Y8PA 1HELA 1SQ2L 4PRUA 4TUNA 1VAUA 1Z55A 1JJ3A 1C7PA 4AGAA 1GB3A 3W6DA 4D9ZA 1WQNA 1YKZX 4FJRA 1NF5A 3G3BB 3M3UA 1UBZA 1WVVA 3A6BY 1NDMC 4QY9A 4GN3A 4CFPA 4H8ZA 3A3QA 1C10A 2DQJY 1LSAA 3D3DA 1IP1A 1GAYA 4DD9A 3W6BA 2A7FA 5KXWA 2WARA 1UIHA 2CJLA 4OWHA 3GXKA 3HBEX 5HNLA 1BB3A 1LAAA 1EQ4A 1LSZA 4YEOA 1QSAA 4TWSA 1NQIA 1LZCA 1LMPA 3AB6A 4MCKA 1GFGA 1GXV2 133LA 2DQFC 2BLXA 1DQJC 4YOPA 4Z3MA 2N5ZA 1REZA 4XJIA 1IOCA 1JTPL 1GPQC 6LYTA 1BVKC 1LZ4A 3EBAB 1JKBA 4RLNA 1KIPC 4WM1A 4DDAA 1GB5A 1GWDA 4EMNA 4B1AA 1YKXX 1GB2A 1FLQA 2D91A 2D4KA 5HQ1A 3TXBA 4N9RA 1GE3A 4NWHA 1ZVYB 3RU5A 5FCPA 3OK0A 5KXPA 1KXXA 4X3BA 4ML7A 1LJ3A 2NWDX 3AYQA 4NIJA 4R6CA 5HMVA 5KJ9A 3CQLA 4BADA 4WLXA 3MGWA 1XFPL 2MEAA 4IJ4A 4NGIA 1IR9A 1CJ8A 4C3WA 4L41A 1IC7Y 3CT5A 208LA 2HEFA 3WH1A 4ZEEA 4H1PA 1LSCA 1IO5A 1AM7A 5LYTA 3EO5A 1UIFA 1IP7A 3ZVQA 5I4WA 4E3UA 1YROA 1LJ4A 1IORA 1B7LA 4U3XB 4NY5A 5KXYA 1JPOA 2BPUA 1LYYA 4GCDA 1WTNA 3WW5A 3WW6A 5B59A 7LYZA 2LYMA 1XEKA 1RE2A 2A7DA 3CSQA 4WG7A 2DQAA 2HUBA 1LZBA 4I8SA 1B0DA 1LJFA 4A7DA 2LYOA 1GF7A 5KKJA 1HFYA 3WMKA 4ETCA 2EKSC 1LYOA 1OUHA 4LYTA 2YBIA 4RW2A 1JWRA 5FELA 4NGLA 1JHLA 1LJJA 1CKFA 1KIQC 1AZFA 4NG1A 1HEPA 2Z12A 4RDSA 1LJNA 1JIYA 1GF9A 5KXLA 2MEGA 3A93A 1IWUA 4WOAA 5LVIA 2ZNWY 3BKHA 3M18B 4GCBA 4H8YA 1B7OA 1GFUA 4HPEA 4KXIA 1LZ6A 2BQDA 2BQLA 2DQIY 3F6ZA 4KL7A 4NEBA 4UWNA 3WU8A 4BS7A 4CJ2A 4BAPA 1LJKA 1CJ6A 1GE0A 2BQFA 4J1BA 4XYYA 3TMUA 4HJYA 1G7MC 5LAGA 1ZMYL 3TXHA 3AZ4A 1F0WA 4NHQA 1J1XY 1GBWA 2GV0A 4CFOA 1FDLY 3LN2A 4TX7A 1B7SA 4GLVA 2BAAA 3LYOA 3P65A 4NGZA 5E4PA 1BGIA 1XEIA 2DQHY 3P68A 5APDA 4WL6A 2HEDA 4H9EA 5IHGA 3SP3A 1XSFA 3RW8A 5M1YA 2YBLA 4WO9A 1YANA 1REMA 1BVXA 3IWRA 1B7QA 1F10A 5ILFA 1QTKA 2YSSC 1RJCB 2VB1A 1HSXA 2ZQ3A 1NKHA 2XBSA 4TSCA 4RW1A 5B06A 1GHLA 4GCEA 4P2EA 5DN4A 1B7MA 4HTKA 2FYDA 4H9FA 2MEFA 1OUGA 9LYZA 1EQEA 1CKHA 2BQBA 1GE4A 4DD1A 1DKJA 5F81A 1A4VA 1EQ5A 4PJ2C 1HENA 1HFZA 2BLYA 4G4HA 3TXFA 1D6PA 1LHJA 2Z38A 2Z18A 4OWCA 5LVHA 1YIKA 5F16A 1DI4A 1CKDA 1CJ9A 1F6RA 5B05A 2D4JA 1IIZA 1HERA 4HTNA 3WL2A 4DD7A 5II3A 5LVJA 1WTMA 3AGHA 1QQYA 1LZSA 2C8PA 2MECA 1GB8A 1B9OA 2BQAA 3P64A 4LT0A 5T3FA 1LZTA 5FSTA 1OUIA 1IP5A 1FBIX 1GB9A 4WLYA 4H9HA 1MELL 1UIGA 1LSPA 1WQMA 2BQOA 1B2KA 1REXA 3WU9A 1UACY 5ILCA 1ZVHL 2D6BA 5LA8A 4M6DA 4DT3A 1GFAA 5F14A 3B0KA 4FDYA 3TMWA 4LYOA 4ETEA 4J7VA 1YKYX 5FDJA 1LPIA 1LZDA 2XTHA 1NHEA 2ZIJA 1DZBX 2DQGY 1YAQA 3AZ5A 1LSMA 1OUBA 2D4IA 5KXSA 5IELA 1QSWA 3WYHA 1FLYA 1GE1A 2MEEA 4LZTA 4N1CC 4XJGA 1RFPA 1LHKA 3ATOA 2BQKA 1C46A 1JKAA 135LA 4PHIA 1O23A 4DD0A 1JTTL 3P66A 4YM8A 4N8ZA 5LA5A 3N9CA 4PRQA 5JENB 1C08C 4IATA 2XBRA 4NHSA 1OUDA 5DN5A 2MEIA 1BHZA 4HJVA 3QNGA 2W1LA 3WXUA 1VDTA 2DQEY 1H6MA 2G4QA 1TDYA 2F4AA 2FYCA 2HU1A 1YQVY 4G4BA 1KIRC 3A8ZA 194LA 1DPXA 4LFPA 1BB7A 5A3ZA 3ATNA 4GCCA 1LZRA 4B4EA 3T36A 1GBSA 1B5VA 3FI7A 5KXNA 1B7PA 1UIBA 3E3DA 2HEBA 2W1MA 5LINA 5APCA 5D5FA 3TMVA 2EQLA 2YVBA 1DKKA 3A95A 4DD2A 4XJBA 2BQMA 1DXJA 4MR1A 1GB6A 2BQNA 1IWTA 4H9BA 1IR7A 3CT0A 4Z46A 1GBXA 1LSEA 4UWUA 1H87A 3HBHA 2RSCA 1IP2A 2BQEA 4OWAA 4OW1A 4XADA 1IP4A 2AUBA 5KXZA 1HEQA 1FKVA 3A90A 3KAMA 1VATA 1GEVA 3GXRA 1N4FA 4H90A 1JUGA 1QIOA 1UUZC 1B7NA 5I4XA 2EPEA 2IFFY 1BWJA 1JKDA 1B5XA 1HEWA 1XGTC 4LGKA 1OP9B 3RT5X 5I53A 4II8A 5C6IA 5L3HA 1LSFA 1D0LA 4ET9A 3B6LA 4BAFA 3HBDA 1OUJA 4HPIA 4N1EI 2H9KA 3WVXA 2FBDA 1HC0A 4LYCA 1MLCE 5E9RA 1GBZA 1FN5A 1JSFA 4G9SA 4H9IA 5AMYA 3AGIA 1G7IC 1WQPA 1D6QA 1I56A 5LAFA 3W6FA 3N9AA 132LA 1IOSA 2G4PA 1LZGA 1OUFA 1KXYA 2BQGA 5D5CA 3LYTA 2Z2FA 5DLAA 5APEA 5LIOA 1INUA 1IP3A 3W3EA 1VFBC 5KKIA 1JITA 1LYZA 4ZIXA 2HEAA 1P2CC 1OUCA 2IHLA 4KT3A 2Z19A 4GLAA 4LYZA 4TTDA 5LYZA 3J4GA 2BQJA 5J7CA 1JJ1A 1RI8B 207LA 1LYSA 1B5ZA 4XN6A 2H5ZA 4H92A 3HFMY 1OUAA 1CKGA 2W1YA 2C8OA 1IR8A 2I6ZA 3AZ6A 1LMNA 1LSGA 3W6CA 3WUNA 5KXOA 1KXWA 4ETAA 1LHLA 1GBOA 2F4GA 1GF4A 4LYMA 4NSHA 3TXEA 1HF4A 1J1OY 1IC4Y 2F30A 1VDQA 3K3TA 4HP0A 2CDSA 1IWWA 4WM6A 2FBBA 5I5QA 3CSZA 1WQQA 4QDNA 3P4ZA 1C43A 1GFKA 1B5YA 1RCMA 2LZ2A 1LZ8A 3D9AC 1NMMA 1E8LA 1LJEA 1IWZA 4G49A 1LSYA 2LHMA 3AZ7A 1G7JC 4QEQA 3WU7A 2Z2EA 1AKIA 1G7HC 1LHIA 1EL1A 4RLMA 1GBYA 3EMSA 1CJ7A 1QUSA 1XGPC 3RZ4A 4DWXA 4ZFPA 4NSGA 4XJHA 1UIEA 1LZ5A 4B4IA 3B0OA 1IWYA 1WQOA 4B4JA 1DPWA 1QTEA 5C6LA 1TAYA 4W96A 1BWIA 4EOFA 1HHLA 2ZQ4A 5LVGA 4M4OA 2G4NA 1ALCA 3B72A 4PGJB 4H9AA 1HEMA 2MEDA 1JISA 2ZNXY 2YBMA 1IC5Y 4UWVA 1V7SA 5KXKA 5KXTA 1YL0X 1LZNA 1UIDA 2DBTA 5EBHA 8LYZA 1LKSA 1LMQA 3VWOA 4ETBA 1BB6A 3WPKA 1GDWA 4MSTA 4YENA 5KXRA 4OOTA 1WVUA 4LT2A 4TSBA 5HMJA 1OUEA 1LJHA 3ZVQB 2Q0MX 1V7TA 4H94A 2HTXA 1NWGA 1QUTA 1GF3A 4XJDA 1C45A 3W6AA 1OQMA 3J6KA 4NSIA 4B49A 1YAMA 5DM9A 3WULA 2CWIA 3TXIA 1GFVA 2Z39A 1LZ9A 4WLTA 1JSEA 1YAOA 3A94A 5KXMA 1TBYA 1LCNA 2W1XA 4HJZA 3BKVA 5APFA 1LHHA 4IASA 3QE8A 1F6SA 5K7OA 2EIZC 4YEMA 1LSDA 2ZILA 4ANRA 1IP6A 3N9EA 1TCYA 1LMOA 2YBNA 1QDTA 1B5WA 3QY4A 4GCFA 4ETDA 1GDXA 1LKRA 3B0IA 1FLUA 3FE0A 1PS5A 1REYA 2HEEA 4N0JA 1LMAA 4Z41A 3IJUA 1GFEA 5HNCA 5L9JA 2ZIKA 4KPMA 5I54A 2YBJA 3A91A 5KXXA 5C6JA 3WPJA 1LSBA 1LZEA 3A6CY 5FHWA 1GF5A 2BQCA 2B5ZA 1IOQA 1HEOA 2MEHA 4WG1A 1HMLA 4DYGA 2BQIA 1YILA 2XJWA 4GN5C 3ZEKA 1I20A 3AJNA 1LZAA 2DQDY 4J0LA 4N5RA 5KY1A 1LSNA 1IWVA 1AT5A 1GD6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
240LA 1LYDA 1CX7A 138LA 4W59A 4NG8A 1CNSA 2LC9A 3ULRA 1CKCA 1XGQC 2YBHA 5DL9A 3A96A 1IWXA 1CV5A 2ZWBA 1LTMA 5IDDA 1CV0A 1LI3A 1P37A 1GXXA 3NY8A 1I6SA 1UA6Y 4H93A 1IY4A 122LA 4NGYA 4DC4A 3C7WA 4EKQA 1BQLY 1C6KA 1PQDA 4HTQA 186LA 3TXDA 4Z98A 1GFHA 1JJ0A 3SB5A 1NBZC 5L3IA 149LA 2H9JA 198LA 213LA 1VDSA 1BB4A 4DD3A 2ZYCA 5HLLA 1WQRA 1LMTA 1TEWA 1W08A 168LA 3T6UA 4LYBA 1YL1X 3CSRA 1GFRA 3DN6A 4WMGA 3OJPA 2X0AA 4NGJA 1L87A 4DDBA 3SB8A 2LYZA 1GB7A 1D0KA 4LT1A 4WM5A 2HU3A 3CT1A 3DN4A 4NGOA 153LA 4O34A 1AT6A 1A2YC 1UICA 234LA 1L67A 1JTOL 1GF0A 1P56A 2BQHA 3AW7A 2MEBA 1D9WA 180LA 2Y8PA 1T8GA 253LA 1L28A 1Z55A 1C60A 1C7PA 4W57A 188LA 1L30A 4CFPA 2OEAX 1C10A 2DQJY 5KXWA 225LA 1UIHA 2CJLA 184LA 1L94A 1LSZA 1QSAA 1LMPA 3AB6A 1GXV2 3V2YA 2N5ZA 1JKBA 1L26A 4EMNA 1GWDA 4B1AA 175LA 2HUMA 4N9RA 1GE3A 5FCPA 4ML7A 1LJ3A 4WLXA 206LA 2MEAA 4IJ4A 1IR9A 208LA 4PJZA 1LSCA 1IO5A 1AM7A 5LYTA 137LA 5I4WA 3SB9A 4E3UA 3C8SA 4NY5A 3WW5A 3CSQA 1RE2A 4WG7A 1L00A 1L21A 1HFYA 1T97A 3WMKA 1LGUA 2YBIA 1LJJA 220LA 1L95A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NFV A;  1B7R A;  2HEC A;  3WPL A;  4HV1 A;  1J1P Y;  4OWB A;  3A67 Y;  5LYM A;  1LJG A;  3IJV A;  4C5F A;  3A92 A;  4NHI A;  3TXK A;  3AW6 A;  3WVY A;  1HFX A;  5LVK A;  4NG8 A;  1PZY A;  1CNS A;  1IX0 A;  1CKC A;  3EXD A;  1XGQ C;  1GAZ A;  3ULR A;  2ZYP A;  2YBH A;  5DL9 A;  3A96 A;  1IWX A;  2ZWB A;  1LTM A;  4LT3 A;  4DDC A;  1JKC A;  4ET8 A;  5IDD A;  3TMX A;  1IY3 A;  1BWH A;  5B1G A;  4G4C A;  1W6Z A;  1LJI A;  1ZV5 L;  3W6E A;  4WO6 A;  1GXX A;  4AXT A;  2DQC Y;  4WLD A;  2Z37 A;  1UIA A;  1T6V L;  3LZ2 A;  1UA6 Y;  4HV2 A;  4H93 A;  1UCO A;  4R0F A;  1IY4 A;  4XJF A;  5B07 A;  1LZ1 A;  4NGY A;  4DC4 A;  1FKQ A;  1GEZ A;  2F2N A;  4H91 A;  5FEK A;  4B0D A;  1I1Z A;  1BQL Y;  5F9X A;  1JEF A;  1HSW A;  4HTQ A;  3TXD A;  1UC0 A;  4Z98 A;  1GFJ A;  1GFH A;  1XGR C;  3CB7 A;  3TXJ A;  1JJ0 A;  4OOO A;  4WM2 A;  1DI5 A;  1NBZ C;  5L3I A;  5I4Y A;  2H9J A;  1HMK A;  1YAP A;  2PC2 A;  3LYZ A;  1DI3 A;  3WXT A;  1GFT A;  1FLW A;  1LOZ A;  1NDG C;  1VDS A;  1BB4 A;  4DD3 A;  2ZYC A;  1D9U A; 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 1HHL A;  2ZQ4 A;  5LVG A;  4M4O A;  2G4N A;  1ALC A;  3B72 A;  4PGJ B;  4H9A A;  1HEM A;  2MED A;  1JIS A;  2ZNX Y;  2YBM A;  1IC5 Y;  4UWV A;  1V7S A;  5KXK A;  5KXT A;  1YL0 X;  1LZN A;  1UID A;  2DBT A;  5EBH A;  8LYZ A;  1LKS A;  1LMQ A;  3VWO A;  4ETB A;  1BB6 A;  3WPK A;  1GDW A;  4MST A;  4YEN A;  5KXR A;  4OOT A;  1WVU A;  4LT2 A;  4TSB A;  5HMJ A;  1OUE A;  1LJH A;  3ZVQ B;  2Q0M X;  1V7T A;  4H94 A;  2HTX A;  1NWG A;  1QUT A;  1GF3 A;  4XJD A;  1C45 A;  3W6A A;  1OQM A;  3J6K A;  4NSI A;  4B49 A;  1YAM A;  5DM9 A;  3WUL A;  2CWI A;  3TXI A;  1GFV A;  2Z39 A;  1LZ9 A;  4WLT A;  1JSE A;  1YAO A;  3A94 A;  5KXM A;  1TBY A;  1LCN A;  2W1X A;  4HJZ A;  3BKV A;  5APF A;  1LHH A;  4IAS A;  3QE8 A;  1F6S A;  5K7O A;  2EIZ C;  4YEM A;  1LSD A;  2ZIL A;  4ANR A;  1IP6 A;  3N9E A;  1TCY A;  1LMO A;  2YBN A;  1QDT A;  1B5W A;  3QY4 A;  4GCF A;  4ETD A;  1GDX A;  1LKR A;  3B0I A;  1FLU A;  3FE0 A;  1PS5 A;  1REY A;  2HEE A;  4N0J A;  1LMA A;  4Z41 A;  3IJU A;  1GFE A;  5HNC A;  5L9J A;  2ZIK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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