5B7DA

Oxyr2 e204g mutant regulatory domain from vibrio vulnificus (sulfate-bound)
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
219
structure length
212
Chain Sequence
GAMELSMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
molecule tags Transcription
source organism Vibrio vulnificus
total genus 63
structure length 212
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b7dA01
3OD7A 2VD3A 2XXRA 3MUQA 1A8FA 2RF1A 3H6TA 2ABHA 3MZ1A 1LAGE 2UYEA 4ELPA 3G3GA 1FTJA 3VFJA 3CSGA 4OHNA 3SETA 2DWAA 5F7VA 3RT6B 1NNTA 2NVUB 1HSJA 3RTWB 1B5HA 3G3HA 1A99A 1FTOA 4JWXA 3K4UA 1B58A 4R2BA 5AA4A 1RYXA 1EH3A 3Q27A 5I2KA 4NTLA 2BJJX 4RXLA 3OO8A 1SW1A 1MRPA 2OWTA 5KCJB 3K00A 1MXZA 2O6AA 3IB2A 2B3BA 2A5TB 4DE8A 1SW4A 3UA8A 2Q89A 5CMMA 1H43A 2REJA 2GH9A 3C36A 1MQHA 4H5FA 3RGYA 4DDDA 4I8CA 5H8NA 1ZBMA 2DVZA 1B1HA 4Q8RA 4F18A 1TT1A 3O2AA 3TUSA 2Q2CA 3MBPA 1Z7ME 3GBBA 3LBSA 3BBRA 1DSNA 2DWHA 3C34A 2ONSA 3KJ7A 2DXYA 2G93A 2VOZA 1NH8A 3R26A 2WKYA 3T9HB 4U1OA 3PMWA 5AA2D 2M8CA 3IOTA 1ELJA 5CBRA 3IOUA 2XXXA 5L9OA 3M3LA 2F34A 1ZKBA 2CZLA 2Q9TA 3WAFA 3LSLA 5I56B 3PU5A 1N0TA 4LQ5A 5L9SA 4ZEKA 4IGTA 1SW5A 4WKMA 3PPPA 2OZZA 4UACA 5B7DA 1BTJA 4H6DA 4YAHX 4NWDA 3S9MC 3C33A 3DP6A 4Q5TA 2ZMBA 4I9DA 3IX1A 2F6PA 1H3DA 5ITPA 4PE5B 5TPAA 4ECFA 3TFLA 1NL5A 4H65A 1P1NA 2RCAA 2QSXA 3KSJA 4BLAA 5L9MA 2VHAA 2I3VA 3OENA 1MY3A 1I6QA 3IO4A 1QVSA 4C1UA 3M8UA 1YPNA 2G29A 4YB5A 3JV9A 1SQYA 3K1PA 2GHBA 3K1NA 4KQPA 5J1DA 3T22A 3LSXA 1Q35A 2OJTA 5ELVA 3T66A 2DWJA 4BDOA 1HSEA 3FV1A 1MQIA 1POY1 1FQFA 5I57B 1JEUA 3T9XB 2DE3A 1P1QA 5TP9A 2D5WA 3K01A 2XXQA 1MXXA 2X26A 2DSFA 3CG1A 5IAIA 5ITOA 3S4UA 3DP4A 3IB0A 3BFTA 1PB7A 3HHGA 1SYHA 4G77A 4G8MA 3F11A 1D3KA 1NNPA 4FATA 4R6KA 4LZ7A 1XT8A 4FAJA 2QS2A 3MZBA 4ND9A 1CB6A 3TZAA 1LAFE 2Z8EA 2I4CA 4U4XA 1PDAA 3ZKLA 2IA4A 3N26A 1DPPA 1EU8A 3PPOA 3FXUA 4E0WA 4PP0A 2PMSA 4ZEDA 1SDXA 3DP8A 2O69A 5BUUA 3OO7A 4QRZA 4ZECA 2ALUA 3OEKA 2HAUA 3V89B 3HSTA 2P2AA 3S9EA 1JVYA 1B2HA 3RTFB 4I62A 1MXYA 1TFAA 3MJNA 4GFRA 1XOCA 5CMCA 1WVJA 4FE8A 4PFTA 4OFLA 3ILTB 3LSFB 4BDLA 1LLSA 1MG1A 5KDTA 4GL8A 4XIGQ 4AB5A 3KN3A 4NEDA 1B40A 3MWBA 4EDPA 2XXTA 3H3GA 1JVXA 3N6UA 1CE2A 5HM4B 4NF8B 2QS1A 2I58A 2P1SA 4FORA 4X48A 4GIZA 3JZJA 4U22A 3RUMA 3KOTA 1IXCA 1BKAA 3CI8A 3KJTA 5I59B 4F1YA 3CSBA 3TAJA 1R6ZA 3VLVA 4NF6A 2QPQA 4IO2A 1Z7NE 4EUOA 4EQ9A 1LFIA 1VFDA 5ICQA 1FTMA 3TTKA 2ZNSA 2QS4A 3U93A 2XXWA 3KOSA 4OERA 4YKPA 4IY6A 4G68B 2ESNA 1MQDA 1ZIUA 1FQCA 3SEWA 2OLBA 1LAXA 5CRYA 4F3GA 3OELA 4HS7A 2OWSA 2IEEA 3THIA 5HPQA 4XTCQ 3KFMA 5JTYB 1EZPA 1QUKA 4X1DA 3C31A 1LBCA 4EXKA 3D4CA 1B52A 3QUJA 1B0LA 2DE2A 2Y7WA 4QSDA 1NNKA 2XX8A 3IJOB 3KSXA 2ONRA 3G3KA 5FHNA 5I2NA 5AA2B 5LOMA 5FHMA 4Z0IA 2O1MA 4FEBA 3T96B 5JK4A 3N94A 4F3BA 1AH5A 3TCFA 4ZEBA 4YU0A 1IXGA 3GLBA 3EN3A 2O51A 4TQUQ 2O1LA 2O84X 1PBQA 3SEXA 4KFQA 1GV8A 3W9VA 4F1UA 4ZZEA 4TLLB 3Q29A 1RYOA 3FVNA 3LSWA 1DPEA 4OQOA 4H67A 1YCJA 4Q0CA 1MH3A 5EYFA 3I6VA 3FZVA 3T9UA 4OESA 1URSA 4LA9A 3T93B 5H8QB 2RKMA 1B9JA 1D9YA 3ZKKA 1IITA 4MLQA 3SEUA 2ZNUA 3GZGA 4G2ZA 2ONKE 4LATA 1I6BA 4MLVA 3FATA 1MPBA 1N3XA 4ZE8A 2A5TA 2AIXA 2B3FA 1Y4TA 1BIYA 1URGA 3RLFE 3E3KA 4F31B 3FUZA 3A09A 4BDQA 4C0RA 2DP8A 5EHMA 1QKAA 2I6EA 3PUWE 1D9VA 2HZLA 2GFEA 1B7UA 3H6UA 1POTA 3U92A 3KN8A 3O66A 3FVGA 2THIA 4BDRA 1B46A 3H6WA 3HHFA 2PT2A 4U4SA 3K0VA 1N7XA 1B7HA 3G7WA 4LVQA 3E13X 3V83A 2F35A 4F39A 5M2VA 4YZZA 4GLIA 1LAHE 1AOVA 4IB2A 4IO6A 3S9NC 4QFLA 4OENA 3MPKA 4G8NA 3K6VA 2AL5A 4OZ9A 2O68A 4HCWA 4R75A 4ISUA 5K2YA 3VVDA 3QSLA 3E9XA 3CR9A 1QW0A 2QS3A 3B6QA 4KHZE 1QULA 2QRYA 4EXLA 2XXHA 1OMPA 4R73A 3EHUA 2DOJA 4EQBA 5H8FB 1MH4A 1OLAA 1JEVA 2AYSA 2D21A 4X1BA 4YMBA 2XXUA 1N76A 3O9PA 4QFOA 1ZJLA 2E0SA 4Z7EA 3PV0E 1Y20A 4F19A 3SKPA 4QFPA 1WODA 1B6HA 4JWYA 4R72A 2PBWA 1MQGA 4GOTA 2UXAA 4GQOA 1MY1A 3C32A 3Q28A 5I2KB 2NOOA 5F1QA 5CMKA 1B4HA 1B51A 4NF5B 2F7BA 2I0BA 3TPAA 4LZ5A 4ONYA 3N6TA 4R74A 4F2QA 4QFKA 1MXVA 2GRVA 3TTRA 1H76A 2Y7PA 5I57A 1IZ1A 1R9LA 3K2DA 3K6UA 5H8NB 3MP6A 1JQFA 3R7XA 1VFEA 1TFDA 3FJGA 3DLNA 1XHYA 3SERA 1ATGA 4NF4B 4KR5A 4FIMA 5A5XB 5DEXB 1MDQA 1Q1KA 3PUVE 4FJPA 3TQWA 1MS7A 4YKJA 1B32A 4ELQA 3TELA 4GD5A 4FECA 1AL3A 2XX9A 3PMVA 4TLMB 4I1DA 4OVJA 2VP1A 2HQ0A 3EHSA 3TDJA 4YMAA 1M5DA 2O7UA 4H1XA 1FW0A 2DXRA 2I4BA 1OLCA 1FQEA 3MQ9A 2R6GE 4GXAA 4WEDA 2QMWA 4L17A 4DLDA 4F29A 1N84A 3QXMA 3KG2A 3EPEA 3C35A 4RA1A 2AL4A 2REGA 3B6TA 3USDA 2XXPA 1O64A 2DYXA 4OXVA 3TCHA 4QSCA 5JEIA 2ZYKA 3RY3A 1N04A 2PX1A 1IUDA 4F3SA 4UA8A 1JETA 3P7IA 1NNFA 5I59A 1MM7A 4M4GA 1MY2A 4FEDA 4HTGA 3RQTA 1YTVA 4OWDA 3CFXA 4YB6A 3IR1A 4KYDA 1UTHA 4O3CA 1LBBA 4RPNA 3R6UA 4PQJA 2UVHA 3PUZE 1UTBB 3LUYA 4G8HA 3SDFA 4MF3A 4RJZA 2H4IA 3PPQA 3DELB 2RINA 2HFBA 2V93A 4OMBA 5EHSA 4O3AA 5TP9B 2DQVA 4GF8A 2KLFA 4G68A 2UVGA 2NWJA 5DVFA 4XKNA 5FHOA 1MQJA 4H0WA 3MPLA 4KYSA 1QUJA 4DXUA 2V84A 5AA1A 5CC2A 5CM6A 3CRBA 4ESXA 3IOVA 2FA7A 1FQBA 4MFIA 4R9FA 2Z8DA 5H8HB 1QUIA 5JTYA 4DCYA 2V3QA 3UORA 4U1ZA 1T0KA 4DIGA 1B1XA 3MVYA 3O28A 1MXUA 2HXWA 5AA2A 3M3KA 3OOAA 4YICA 4GWOA 3A3UA 1A7LA 3Q26A 3S2VA 1QJMA 2QMXA 1IXHA 3CFLA 5KDTB 1FCKA 4GXSB 3CFZA 3OSRA 2Q8JA 2Y7IA 1UIVA 4U23A 3LC8A 3O97A 3OEMA 2PYYA 4WXJA 1IEJA 3TQLA 3GXAA 3O29A 1NMUA 3E4RA 2XXIA 1OIBA 3UN6A 3TEPA 5I58A 2ZYOA 4HW8A 3T9VA 3PUXE 4XXUA 1A54A 1MY4A 1B05A 1WDNA 2I49A 1B5JA 4OFJA 3IL1B 1OQGA 4IO7A 3K02A 3S9LC 4R6YA 3KGCA 3VXBA 4ZE9A 4ZZAA 2ZXTA 3K6XA 4H8IA 4NMYA 3U72A 1OVTA 1UIUA 1Y1ZA 3MVWA 1DTZA 2B65A 3IOWA 1JW4A 4KCCA 1LSTA 1ZU0A 2PVUA 4OYVA 1RKMA 2R71A 3O6IA 2ZYMA 1LGBC 1AIVA 4R2FA 3VXCA 3OSQA 2H5YA 2QL3A 3M3FA 1MPCA 3I3VA 3HCQA 3U8QA 4OEUA 2I0CA 3ECRA 1M5EA 2YJPA 4IO3A 4F3PA 1DTGA 2F97A 3IO6A 3QAXA 3RPWA 5FTHA 1MXWA 1PB8A 2RCBA 5KCJA 1XVXA 3K6WA 1LFGA 2V3TA 2XXYA 5I2NB 1ZLQA 3MZ9A 1VR5A 4POWA 1ZTYA 3U94A 4PFUA 3TTMA 3VE1B 1Y9UA 1XVYA 1JNFA 4GRKA 5H8FA 2F5XA 4PETA 2HCAA 1SI1A 2RC9A 4XKQA 1VSOA 4G68C 4WEPA 4LP2B 3H7MA 3FJMA 3PD9A 3VV5A 4F2OA 4BDNA 3EQ1A 5DT6A 5HBCA 1A55A 3QUFA 4F22A 3BFUA 4N6PA 4YKKA 3MP8A 1Y3QA 3VLUA 2ANJA 2XD2A 1B3HA 3PPNA 2ZYNA 4F1VA 5ISUA 4X9TA 4QSEA 2DWIA 1NKXA 3IAZA 1QKBA 1SD3A 5I56A 2F7CA 4POXA 4JDFA 3HPIA 3OMBA 4NF5A 4KYEA 2OK2A 1FQAA 1ANFA 3OO6A 1DMBA 3W9WA 4ELRA 3UK4A 1R1NA 3TCGA 4JWOA 1JW5A 2FYIA 3ONMA 2H25A 4DXCA 5CI5A 1OVBA 4U2RA 3CG3A 3IORA 2UVIA 4Q30B 1UQWA 1GVCA 1USYH 4QHQA 3ZS6A 1XS5A 2VD2A 1Y1MA 1F9BA 3RNNA 3UP9A 3EF7A 3HV1A 3OO9A 1EZOA 3ODBA 1SYIA 4NF4A 2H9BA 4IGRA 4N13A 2GHAA 4BDMA 5A5XA 5DEXA 3DM0A 3VDFA 3U1OA 4IY5A 3VLWA 3H03A 1P99A 1M5BA 4C1TA 5AA4B 2OBGA 3MAMA 4P0GA 5L8DA 3W15C 1I6AA 4MH5A 3KBRA 3IK6B 2XXVA 1SW2A 1H45A 1LCTA 2Q2AA 2UYFA 3MC2A 3FASA 3N5LA 1MM6A 1BLFA 2W7YA 2O7IA 2NXOA 3D4GA 5BWJA 1TWYA 1A8EA 2X7PA 1OQHA 4ELOA 1P1UA 3PGFA 4ZS9A 4R6HA 4O3BA 1DOTA 1H44A 2Z8FA 5DVJA 4EF1A 3SEVA 4QF9A 1A40A 3B6WA 1S9TA 3FXRA 3QIMA 2UVJA 4K3FA 3MW0A 3FXQA 1GTKA 4HCYA 3G3JA 2RC7A 1B3GA 3PD8A 1IXIA 3MVZA 3MP1A 2XX7A 1MDP1 3KZGA 1UTBA 1IIWA 5DTBA 4YB7A 3ZSFA 1Y3NA 4M1VA 4KCDA 2Y84A 3JYRA 3SEYA 3VVFA 1M5CA 3WAEA 3BKIB 5TPAB 4IO4A 3HO7A 3RT8A 2RC8A 4RYAA 1L5TA 2HAVA 4RPOA 2QJEA 3O6GA 3H06B 1MPDA 4E0XA 3FGSA 3G3FA 4NF8A 1KWHA 3PMXA 1O63A 1B7ZA 1SI0A 4NE4A 4KPTA 3C4MA 1Y4CA 2A5SA 2F6GA 5H8SA 3L6GA 5H8HA 3KN7A 5AE4A 2YLNA 1M5FA 3TKDA 1NFTA 1LB8A 1FTKA 2H99A 1S50A 1S7YA 1N7WA 3FD3A 3FIRA 4JB7A 4P0IA 4OEVA 1TXFA 3QK6A 4MBPA 1B3EA 4RK2A 3B7DA 3L6HA 1MY0A 4KI0E 2DE4A 1ZMGA 4H8JA 1FTLA 4DZ1A 2H98A 4PFYA 3H4ZA 4THIA 4P11A 3SESA 5AA3A 2ZNTA 1XC1A 5K2XA 1D4NA 2V25A 1URDA 3PUYE 4ESWA 5FTIA 3I5OA 2HZKA 2Z22A 1B4ZA 1I69A 1IQ7A 1FQDA 4RNSA 1B3LA 5IKBA 3TMGA 1J1NA 1P1WA 4LZ8A 3GBAA 4LQ2A 1UTHB 4OETA 1GR2A 4KD5A 3ILUB 3TODA 4TOZA 3UGWA 1LFHA 4GL0A 4RY1A 1B5IA 4DCXA 2F78A 2HEUA 3UIFA 3EHTA 3A3CA 5I84A 3AXFA 2YPNA 5DVIA 5ICTA 4ZEIA 1BP5A 4NWCA 3CIJA 3G3IA 1VE4A 2VGQA 3VVEA 2PT1A 3PPRA 4EF2A 1PC3A 3C9HA 1LCFA 5B70A 1YAEA 3TYHA 4JSDA 2D3IA 5DYHA 3OXNA 2Y7KA 3FVOA 3IJXB 4LONB 5H8QA 1NH7A 4OFOA 4NF6B 2OCUA 2I3WA 3K1MA 2LAOA 1II5A 3MVXA 4AB6A 2XD3A 3H6VA 1AMFA 1Y3PA 5KZTA 4H5GA 1JW1A 1P1OA 2V3UA 2P0SA 4PFWA 4XKRA 3TTNA 4OTEA 3CVGA 1B3FA 1USYE 3KEIA 3FJ7A 2E1SA 4JSOA 3Q25A 5CBSA 4AQ4A 4GVOA 4G4PA 1PB9A 1LB9A 1N3WA 2R9JA 2F36A 4IO5A 4DXBA 1HSLA 2CMOA 3IB1A 2XHDA 1B0HA 5TU0A 4QFNA 4LUBA 3V8XB 2F8DA 1PEBA 4ZEFA 3V5AA 1EZ9A 3RN8A 2FNCA 2Y7RA 2NUVA 3FVKA 2F7AA 4ZDMA 4YKIA 2Q88A 3LR1A 4RK9A 5I58B 1GGGA 4N07A 4JBZA 1PBPA 2X7QA 1O7TA 5CMBA 4EQ7A 4XKPA 4JXIA 2DVCA 3O6HA 3QYTA 3HN0A 4R9GA 1SVXB 3FV2A 2Z23A 1R9QA 4U21A 1US4A 2I48A 2DS9A 1SBPA 1US5A 3TTLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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