5B7DA

Oxyr2 e204g mutant regulatory domain from vibrio vulnificus (sulfate-bound)
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
219
structure length
212
Chain Sequence
b'GAMELSMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
source organism Vibrio vulnificus
molecule tags Transcription
total genus 63
structure length 212
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b7dA01
3R7XA 1Y20A 4GL0A 3ONMA 4XKQA 3RLFE 3TTLA 2H98A 1AMFA 4RNSA 4C0RA 5LOMA 4R9FA 3M3FA 1GVCA 4OQOA 1P1NA 3AXFA 4FECA 3G3GA 4L17A 1B5HA 4ELOA 4H1XA 1AOVA 1MY2A 1ZLQA 1S50A 3USDA 3Q26A 1II5A 5HPQA 2DE4A 1DTZA 2ZNSA 3JV9A 4Q30B 4WEPA 2H5YA 1SYIA 4LQ2A 1S7YA 4I1DA 5CMMA 4LONB 3ODBA 3N6UA 4N07A 1YCJA 3S9LC 4Z0IA 1ZKBA 3RT6B 4POXA 3KGCA 3TTNA 3OEMA 4Q0CA 4MFIA 5KDTB 2RC8A 4YKIA 2DWIA 4RPOA 3OEKA 5AA4B 2HEUA 1MQJA 3MPKA 5DVFA 5L9SA 5KDTA 3KOSA 3DELB 1J1NA 2XXVA 2DXRA 1OVTA 4YKJA 3N6TA 3H6TA 3TDJA 1A54A 2DYXA 4U23A 1F9BA 1D3KA 2PBWA 4OEUA 4RJZA 1FTLA 1NH7A 4DZ1A 3RQTA 3UIFA 5BUUA 4NTLA 4YB6A 3T22A 5H8QB 1DPPA 4GXAA 3KEIA 4RPNA 3OXNA 4UA8A 3MVZA 1JW4A 3VLUA 2A5TA 3TAJA 1A55A 3FXQA 3V89B 2ONKE 4DDDA 3PGFA 2QJEA 3TMGA 1LBBA 1UTHB 5TPAB 2ZNTA 4U22A 4U2RA 3MAMA 3O6HA 1NNPA 5I84A 4F19A 4ISUA 2XHDA 2P1SA 4DCXA 2HFBA 1PB7A 3LSXA 1Y3QA 2F7CA 2R6GE 1JVYA 3MWBA 4OTEA 2REJA 3IORA 5FTHA 5A5XB 1JW1A 4GOTA 3DLNA 1IQ7A 2O6AA 1TFDA 4R6YA 3OENA 2Z8EA 4ELQA 4LP2B 3FVNA 3PUVE 3VXBA 5AA3A 3MVYA 2DP8A 4GQOA 1MDP1 5ISUA 3IO6A 1D9YA 1LFGA 1LAHE 3H4ZA 1XT8A 1FQAA 1R6ZA 3GZGA 3F11A 1OQHA 1B4ZA 3FVGA 2O1MA 1B5IA 4ZS9A 3RNNA 3VLVA 1WDNA 3E13X 4P11A 4G8HA 2X26A 2DS9A 1OMPA 3S2VA 4Q5TA 4KQPA 5I57B 3GXAA 4LZ8A 4YB7A 4MLQA 1BLFA 4JWOA 5H8HB 1XC1A 2RC7A 2D5WA 4H8IA 4PFWA 5AA2B 3V5AA 1MG1A 3LSFB 4R73A 1B9JA 4GF8A 1B7HA 3K02A 4O3CA 4NF6A 3I3VA 1PBPA 3SDFA 3TCGA 3MP6A 1LCTA 1N3WA 3N26A 1QULA 1MS7A 1FCKA 2OWSA 1URGA 2Q8JA 1PB8A 3K6VA 4YKKA 1LB9A 3LBSA 1P1OA 4IGRA 3UK4A 2AYSA 2UYFA 3HHGA 5JTYA 2V25A 5I56B 3K1MA 2QPQA 3E3KA 3OD7A 1QJMA 2XXXA 2HZKA 4BDNA 2OJTA 3CVGA 1RKMA 5I56A 1HSJA 3U93A 4LZ7A 2ABHA 5I2NA 3WAEA 4LUBA 1FTKA 2Q89A 4FATA 5KZTA 1GV8A 2GRVA 3RN8A 3G3IA 1YAEA 1N7WA 4WKMA 4JSDA 2XD3A 1PDAA 4YICA 2FNCA 2YJPA 5BWJA 3L6GA 4TLMB 4QF9A 1SYHA 2VGQA 3H6VA 1MXYA 3JYRA 1NH8A 1Y1ZA 5H8FB 4QSDA 4X1DA 3DP8A 3KOTA 3FJ7A 2GFEA 1P1WA 5IKBA 1H43A 3FVOA 2Y7IA 3VLWA 2GHAA 3KSXA 3SESA 4P0IA 3TPAA 2QS1A 5I59B 1EZ9A 1YPNA 4ZDMA 4ZZAA 1Y9UA 4ESWA 4BDRA 2ALUA 1A8EA 3C36A 3ZS6A 3IB1A 3OSRA 5H8SA 4UACA 5J1DA 1GGGA 2OWTA 3H03A 2H9BA 2OBGA 4IO5A 1ZBMA 1N76A 2O68A 4F3BA 2H25A 4YAHX 4BDLA 3PMXA 1XOCA 3RTWB 2P0SA 4TLLB 2PYYA 4ONYA 3CSGA 2DWJA 1B4HA 4X1BA 3IR1A 4XKPA 4OXVA 4ZEDA 3RUMA 3MZBA 3K6XA 4RK2A 3K6UA 2UYEA 1MY4A 4MLVA 4BDOA 1VSOA 3LSWA 4F1YA 4FAJA 1IXGA 4NF8A 3IK6B 2NVUB 4YB5A 4G77A 3EQ1A 3S9MC 4Z7EA 3Q25A 1JNFA 1Y1MA 1MXUA 2OLBA 4EUOA 2DVZA 4NEDA 5I58A 3SKPA 2VHAA 1VFEA 1UTBA 3RGYA 1ZU0A 2V93A 4OFOA 4G8NA 4ZEIA 3QUJA 2G29A 4R72A 1ANFA 4GIZA 1QUKA 1TWYA 4NF4A 5AA1A 4G68A 3GBBA 4RXLA 3HHFA 4TOZA 3ECRA 4H6DA 4F22A 1DOTA 3TQWA 4F2QA 3MZ9A 4U4XA 4AQ4A 2R71A 3UGWA 1QKAA 4P0GA 2DVCA 2OCUA 2HZLA 3T66A 1DSNA 2E0SA 3FATA 4R6HA 1QW0A 4ZE8A 2ONRA 4KYSA 1GTKA 4ECFA 3SEYA 1XS5A 4MF3A 3PPOA 5ELVA 4FEBA 2Z8FA 1NKXA 1B1XA 2Z22A 4EDPA 1I6BA 3ZSFA 3VFJA 2XX8A 3O29A 5TP9A 3RPWA 4ZECA 2I3VA 4JWXA 1FTMA 4LZ5A 1GR2A 3B6WA 1XVXA 3QK6A 2HCAA 3K00A 2UVHA 4YU0A 3PMVA 1B3LA 1LAXA 3PD9A 5CBRA 3IAZA 1H45A 2DQVA 3HSTA 3SEUA 4ZZEA 1URDA 1PEBA 3TELA 2ZYMA 1RYOA 1Z7NE 3CR9A 3FVKA 3O6GA 2DE3A 3H7MA 4H5GA 3C32A 3SETA 2F8DA 5L8DA 2UVJA 4DIGA 2A5TB 3BKIB 1O64A 3IOTA 1B7ZA 1FW0A 4PETA 1MXWA 1ZMGA 1EZPA 2HAUA 4RA1A 2RCBA 3QYTA 1D4NA 1PBQA 3LUYA 1OQGA 3V83A 3S9NC 4U21A 3HO7A 1JQFA 1UIVA 4F31B 3HCQA 2I58A 4HCWA 1N3XA 4DXCA 1POTA 1CB6A 2OK2A 1N84A 2Y7PA 2AL5A 3TKDA 3QIMA 2DXYA 4AB6A 3A3CA 3C33A 1A99A 4ESXA 4KHZE 3W15C 5CMKA 3DM0A 5FHMA 3OO7A 3TTRA 3RT8A 4Q8RA 4YZZA 2QSXA 1RYXA 1B2HA 2H99A 3KN7A 4R6KA 4EQBA 1ZTYA 4XIGQ 4BDMA 4F1UA 4F29A 3O66A 1A7LA 3EF7A 3KZGA 4HW8A 1JEUA 4OMBA 3K0VA 4KCCA 3PU5A 4IO2A 5CMBA 3DP6A 4RK9A 3KJTA 4KYEA 2E1SA 2XXTA 2XXRA 5DVIA 4QFKA 3ZKKA 3H6UA 4I62A 1FQEA 3VVFA 1XVYA 2RF1A 4DLDA 2Y84A 3EHTA 3KG2A 1JVXA 3QSLA 4R2FA 1EH3A 3HN0A 3O9PA 1NNFA 3K01A 3KN3A 3IOVA 3VE1B 5FHNA 4NF6B 3O6IA 2QMWA 3SEXA 1B6HA 1QVSA 4KI0E 1M5CA 1MY0A 3MVWA 4JB7A 3TFLA 3MP1A 1SW5A 2G93A 3PUYE 3MQ9A 4IO4A 4IY5A 1HSEA 1Q35A 5L9OA 2R9JA 4K3FA 5JTYB 4DCYA 5CC2A 3THIA 4C1TA 5HBCA 3N94A 4C1UA 3CFXA 3OOAA 5KCJA 4OERA 2IEEA 4WXJA 4QFLA 4PFTA 3G3JA 5AE4A 4KYDA 1A40A 5ICQA 3BFUA 4OENA 4N13A 5I2NB 4FJPA 4G68C 1NL5A 3FUZA 2V3QA 3IX1A 1VR5A 4OESA 4NF5A 1P1QA 1MXVA 2XX9A 4GVOA 4F18A 3IJOB 5H8NA 2RCAA 4JDFA 3CG3A 1JW5A 2ZYKA 1CE2A 3PUZE 3KFMA 2HQ0A 2XD2A 2O84X 5CRYA 2D21A 1MY1A 3U72A 4QFNA 1NNTA 1UQWA 3TZAA 4BLAA 3IB2A 1QUIA 2NXOA 3TEPA 4GD5A 1US4A 3B6QA 1FQFA 4ZEFA 1DPEA 3G3KA 2VP1A 2GH9A 4MBPA 1B7UA 3C31A 5DT6A 2XX7A 3OELA 3T9HB 4M1VA 4H67A 3MW0A 3LR1A 4IGTA 2P2AA 4GWOA 1NMUA 2F35A 1O63A 3R26A 2QMXA 3FXRA 3FGSA 4XXUA 1M5BA 3T9UA 4PFYA 2I49A 2F6PA 3K6WA 2DWAA 4LQ5A 3N5LA 2ZYNA 4PFUA 3DP4A 4AB5A 4QFPA 3ILUB 2XXYA 2Q9TA 5K2XA 5ICTA 3QUFA 1FQDA 2I4BA 4H65A 4EXLA 3L6HA 1Y4TA 2AL4A 1IITA 3IJXB 1EU8A 3FD3A 2VOZA 3VVEA 3IOUA 4POWA 3FIRA 2F7AA 1IUDA 3K2DA 4GL8A 3MJNA 2I4CA 3MZ1A 4U1ZA 2DE2A 1B3EA 3D4CA 1LGBC 3VVDA 4LA9A 4LVQA 2H4IA 1Y3NA 5DEXA 1B40A 4ZEKA 4NF8B 1AH5A 1MH3A 5I58B 4F1VA 1UTBB 3VXCA 1MQDA 1M5DA 3ILTB 2D3IA 5CM6A 5DVJA 3PPPA 1BP5A 2I0BA 4BDQA 4NF4B 4G68B 4H5FA 3CSBA 1H76A 3LC8A 3PPNA 1SQYA 4E0WA 4OETA 1LAFE 3I6VA 4OWDA 1JETA 2CMOA 1D9VA 3JZJA 2X7PA 3SEWA 1SD3A 1LAGE 5B70A 3G3HA 5CBSA 1FQCA 1Y4CA 1OIBA 2VD3A 4XKNA 2ONSA 4ZE9A 1US5A 3ZKLA 3SERA 3FJMA 3TCHA 1DTGA 3OO9A 3IO4A 3TODA 4HS7A 5I2KA 2V3UA 3TTMA 4EQ9A 2B65A 1NNKA 3PMWA 2RKMA 3PUXE 5F1QA 3U94A 4O3BA 3H06B 5M2VA 1FTOA 2Q88A 2F36A 1MH4A 3W9VA 2ZXTA 2ZNUA 2W7YA 1N7XA 2Q2CA 4NE4A 1ATGA 2XXIA 2QS4A 3OSQA 5FHOA 3FV2A 4G2ZA 5DYHA 1BKAA 5TP9B 3Q27A 1B46A 4OFJA 2QL3A 2I6EA 3K1NA 3G3FA 4NWDA 4G8MA 3KN8A 1H44A 2QRYA 4QHQA 3RY3A 1FTJA 4KPTA 1OLAA 3A3UA 4JSOA 2M8CA 1B0LA 3Q28A 1IXIA 2OZZA 2F7BA 3CRBA 2NWJA 4IO7A 3T9XB 2Z8DA 4KR5A 3LSLA 3M8UA 4OEVA 3PD8A 3EHUA 3H3GA 4X48A 2XXWA 1PC3A 3CG1A 5TU0A 2O7UA 2UVIA 3FV1A 4IO6A 4M4GA 5AA4A 2Q2AA 2CZLA 5AA2D 1R1NA 2XXUA 3PUWE 3KBRA 1N0TA 2V3TA 1SDXA 1YTVA 2O69A 2QS2A 4R74A 4GRKA 2XXPA 2Y7RA 3PV0E 2O51A 1B51A 3TTKA 5EHSA 2VD2A 1MPBA 4G4PA 1MXXA 2UVGA 2F34A 1AIVA 2O7IA 4EF2A 4I9DA 5H8QA 4NWCA 3M3LA 3KSJA 4QRZA 3CFLA 4LATA 3B7DA 3C35A 2KLFA 1ELJA 1PB9A 2IA4A 4GFRA 1UTHA 3OO6A 5TPAA 4YMBA 2QS3A 1VE4A 4EF1A 1M5FA 4HTGA 4I8CA 3TYHA 2ESNA 3MUQA 3MBPA 4DXBA 3C34A 3EHSA 2DSFA 3CFZA 3VV5A 3GLBA 1WVJA 1LFIA 1I6QA 3QAXA 1ZIUA 3EPEA 1MPDA 4F3GA 1M5EA 1B58A 3MC2A 1MM6A 3PPRA 2V84A 1OVBA 1B05A 1Q1KA 3FZVA 1TXFA 1Y3PA 5A5XA 1B1HA 2PMSA 5ITOA 4QFOA 3WAFA 4U1OA 3FJGA 4FE8A 1N04A 1MDQA 1SI0A 5ITPA 1NFTA 2YLNA 3A09A 4OYVA 3G7WA 3HV1A 3MPLA 1I69A 2NUVA 3W9WA 3KJ7A 5EHMA 1MXZA 1SW1A 3S4UA 1XHYA 5FTIA 4DXUA 2AIXA 1T0KA 1LB8A 4KD5A 2F5XA 3PPQA 5B7DA 4F39A 1FQBA 3R6UA 3VDFA 1KWHA 4O3AA 1LBCA 2B3FA 3M3KA 1S9TA 4JWYA 1R9QA 5I57A 4OFLA 1AL3A 1JEVA 1IXCA 5KCJB 5IAIA 5CMCA 5H8HA 4IB2A 1OLCA 4ELPA 4JBZA 2X7QA 3U92A 4OVJA 1SI1A 1IXHA 4RYAA 4F2OA 4JXIA 3K4UA 5AA2A 3E4RA 1BIYA 4NF5B 4FIMA 5H8NB 3UA8A 2BJJX 1LSTA 3E9XA 2ZMBA 3U1OA 2B3BA 4RY1A 4U4SA 3EN3A 1B3GA 2FYIA 5F7VA 4MH5A 2ZYOA 1Z7ME 4E0XA 2F6GA 3O28A 1I6AA 3QXMA 5CI5A 1B52A 3UP9A 4GLIA 2RC9A 1MRPA 2XXQA 3IL1B 3IOWA 1SVXB 5L9MA 2PT2A 4ELRA 2I3WA 3SEVA 1MQGA 2A5SA 1QKBA 4WEDA 5JK4A 3BFTA 4PE5B 1H3DA 3BBRA 1L5TA 1IEJA 3OO8A 4PQJA 4XKRA 2WKYA 3OMBA 4FEDA 1O7TA 1TT1A 4ND9A 3U8QA 2O1LA 3D4GA 3MP8A 1BTJA 1A8FA 2I0CA 1EZOA 2DOJA 3HPIA 4PP0A 1P99A 1WODA 2THIA 1VFDA 5H8FA 4QSCA 1SW4A 2YPNA 2PVUA 2RINA 4FORA 1SW2A 2Y7KA 1B32A 4EQ7A 4THIA 2PT1A 3FXUA 2XXHA 1ZJLA 4H8JA 4H0WA 5I59A 4X9TA 1QUJA 4ZEBA 4N6PA 3TQLA 5DEXB 1IIWA 4QSEA 1TFAA 3TCFA 4TQUQ 1URSA 1UIUA 2F78A 4R75A 2NOOA 1B5JA 3IB0A 5HM4B 3V8XB 2LAOA 1LCFA 2ANJA 3Q29A 1DMBA 5EYFA 4NMYA 3TUSA 4OHNA 4YKPA 4R2BA 3UN6A 3C9HA 3S9EA 2FA7A 2HXWA 4F3SA 3O97A 1IZ1A 3CI8A 2Z23A 3RTFB 3O2AA 3C4MA 1MQIA 4IY6A 5K2YA 1HSLA 1B3FA 2F97A 1B0HA 3FASA 1R9LA 3H6WA 4DE8A 4KCDA 1USYE 3GBAA 3T93B 1LLSA 1MM7A 2UXAA 2PX1A 1MY3A 2DWHA 4GXSB 4R9GA 3T9VA 1B3HA 2Y7WA 2I48A 4HCYA 1POY1 5DTBA 1USYH 1SBPA 3T96B 3P7IA 1MQHA 3I5OA 5JEIA 2REGA 4KFQA 4EXKA 1LFHA 1MPCA 1P1UA 2HAVA 3MVXA 3B6TA 4XTCQ 4OZ9A 3UORA 4IO3A 5I2KB 4F3PA 3K1PA 4YMAA 2GHBA 3CIJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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