5B8HA

Crystal structure of type iii pantothenate kinase (pank iii) from burkholderia cenocepacia complexed with pantothenate, imidodiphosphate, and amp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
SEPHLLIDAGNSRIKWALADARRTLVDTGAFGHTRDGGADPDWSRLPRPRGAWISNVAGADVAARIDALLDARWPGLPRTTIRSRPAQCGVTNGYTTPEQLGSDRWAGLIGAHAAFPGEHLLIATFGTATTLEALRADGCFTGGLIAPGWALMMRALGTHTAQLPTLTTDIASGLLAGAQAEPFQVDTPRSLSAGCLYAQAGLIERAWRDLVAAWQAPVRLVLAGGAADDVARALTIAHTRHDTLILSGLALIAAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Type III pantothenate kinase (PanK III) from Burkholderia cenocepacia complexed with pantothenate, imidodiphosphate, and AMP
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia cenocepacia (strain atcc baa-245 / dsm 16553 / lmg 16656 / nctc 132
molecule keywords Type III pantothenate kinase
total genus 74
structure length 256
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2015-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5b8hA01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5b8hA02
4BRLA 5BPNA 2IVPA 4DB3A 5AQQA 1IJJA 4JHDB 2GWJA 3U4LA 4B1UB 4NB4A 1OKJA 3BEXA 4DCHA 2AP1A 3C7NB 1JCFA 3ATUA 2P9KB 5BN8A 1BA0A 4CJ7A 2P9LB 1G99A 2V51B 4O8KA 1YUWA 2Q0UA 2UYTA 3SLCA 4FWKA 4CZMA 5AQTA 1HKGA 4HWIA 3GDQA 5AQPA 1NGIA 1V4TA 2E2PA 4BRPA 1X3NA 3VEOA 1RGIA 1TYQA 5BRDA 3O4WA 1S22A 3BF1A 4FPAA 2ASOA 3D2FA 4FWMA 1T6DA 1ATNA 4H0YB 3VENA 3FZKA 4CZKA 3EN9A 4HTLA 4BR2A 5LJVA 1ZC6A 4BQZA 4H0PA 4EAHD 3CI5A 3WXKA 4Z94A 4BR4A 5FPDA 4M63C 2V7ZA 5BN9A 5E26A 3P4IA 5AQRA 3ZX0A 3UE5A 3H1VX 2FF3B 4H0VB 5AQXA 3DXKB 1T44A 4WYBA 4AM7A 4A2AA 1ESVA 3QICA 3AAQA 4XH4A 3ULEB 3O08A 3ATVA 4FOIA 5EY4A 2P9IA 3J8AA 4FWNA 3WXJA 1GLAG 3DAWA 4M7XA 2E20A 4FWOA 2E2OA 4CZGA 5BREA 1YXQA 3VEYA 1BG3A 2W41A 4C23A 3GL1A 3H6EA 2DPNA 3FR0A 1NGCA 3H45C 3ZX2A 1BWFO 3IFRA 5AQYA 4EHTA 1ATRA 2ZGYA 2D4WA 3L4IA 4PL7A 3R9PA 2AA4A 3A5OC 1QQMA 1NGBA 2CH6A 1K8KA 4FSVA 4BGBA 2CH5A 1Z05A 2GELA 3CHWA 3MCPA 3QDKA 4DQ8A 1GLEG 1C0GA 1NGGA 1QZ5A 1D4XA 3WEEA 4MLEA 1MDUB 4FO0A 4H5RA 2ITMA 4BR9A 4IO8A 3WQUA 2GWKA 4XEIA 2FSNA 3DXMA 3CJ1A 1JCEA 3DWLA 5AQJA 3ZETA 3BP8A 5EVZA 3S41A 2E2NA 3H46O 2OANA 1E4GT 5EOYA 5ADXH 4BC5A 3UKRA 4BREA 1HKCA 3R6MA 3D2EB 4IXCA 3ENHA 1X3MA 3A5LC 1XUPO 3A8YA 4H0OA 2GTDA 5EX5A 3O6WA 4NO7A 1TYQB 3UB5A 4K42A 2ASMA 4BR7A 3L6QA 3HBTA 4BVOA 3LDOA 2YJEA 3U9ZA 1XQSC 1QZ6A 2H3GX 5CE3A 2E8AA 5AQFA 1QQOA 3GG4A 1NBWA 4JD2B 1KXPA 2FLOA 2HF3A 3IUCA 5I9EB 3F9MA 3FZFA 3FZHA 4MO5A 3VGLA 4E1JA 5BRFA 5KPZA 3LDQA 2FSJA 3VF2A 3R8EA 3LM2A 5AZIB 1HJOA 2ZGZA 3GE1A 3VGKA 4BRNA 5JLFA 5JMVA 2YCHA 4B1VA 3VESA 2VWBA 4EFHA 3QFUA 4RTFD 3A5MC 5AQGA 5AZJA 2P9NB 5AQWA 2VCPA 2E1YA 4BGAA 3RSEA 2I7PA 4BRFA 5ADXA 2Q31A 2A40A 3B8AX 5LY3A 4AM6A 4BRQA 4CZIA 1YVNA 1EQYA 2BUPA 4BG8A 2HF4A 2NLXA 1BOTO 2P9PB 2A41A 2CGLA 4L3QA 2QWRA 3VEXA 3CJAA 2YHYA 3M1FA 5EXWA 1WOQA 3WQTA 2QWQA 1U2VA 5F1XA 1NM1A 3KHYA 1WUAA 5AFUH 4ISFA 4PL8A 5LJWA 3CETA 3LDPA 1TUYA 2KHOA 3VF6A 5AQMA 3FE1A 3EL2A 3UKUA 2BTFA 4BRDA 3WEEB 5B8HA 2HMPA 4GY2B 2FF6A 2VYPA 3GBTA 1ZXOA 2HOEA 3HTVA 1C0FA 4MLHA 4CBXA 3QBXA 4CZHA 4BRMA 2NRHA 2P9UB 3EKSA 4JN4A 2F9WA 4H03B 1V4SA 2PBDA 3KVGA 3O8MA 2IIRA 2ZWHA 1HX1A 3W0LA 1T6CA 4I6MB 3C7NA 3UKRB 1KAYA 3LL3A 3BUZB 2P9KA 3MK6A 1QQNA 3HSCA 4CZLA 1E4FT 3IMXA 2P9LA 1NGHA 2NZTA 1H1VA 2V52B 5AQKA 1NMDA 3L0QA 3LDLA 4F9OA 4PKGA 4EIAA 4A62A 5AFUA 1Z6RA 3M6GA 4H5TA 3EZWA 1BA1A 1BU6O 3H1QA 2Q97A 3O80A 3MN7A 4B1ZA 3A5NC 1R59O 1HUXA 1GLJO 2EWSA 5E84A 1RFQA 4B9QA 5JICA 4IWVA 3QBWA 1GLCG 5AQHA 4BG9A 2QXLA 2IVNA 4WQ5C 5AQZA 3CQYA 4BRCA 2FXUA 2D0OA 3MDQA 4CBWA 2J4RA 3CJBA 4FOEA 5KPTA 3DXKA 5BPMA 3HM8A 2QW9A 2P9SA 3C0BA 4BROA 2E2QA 2YJFA 4QS8A 4PKIA 3O5BA 3VEVA 4BR0A 1Q18A 5BR9A 4BRGA 3HZ6A 5TKYA 1Y64A 1DEJA 1X9JA 2A5XA 2ZF5O 2YHXA 3D2FB 3LM9A 4M7YA 1QHAA 3JS6A 4H0XB 3MMVA 3MN9A 5BPLA 5FPMA 4IZ9A 4Y0WA 4K41A 1XC3A 4K43A 5KQ8A 2I7NA 2Q2RA 4ISGA 3SK3A 1S3XA 2YI1A 4CBUA 4B1WB 3WUHA 3OHRA 1NWKA 4FWRA 3QMLA 5KPRA 4BRHA 1KAXA 1YAGA 4FWPA 2Q1NA 3CIPA 3ENOA 4CD1A 3QFPA 2Q0RA 4B1XB 2QWOA 3AARA 4FL9A 1LOTB 2YHWA 3GOIA 3AY9A 2P9IB 3MN6A 2F9TA 1NGAA 1NGDA 3ZX3A 4CZEA 1SAZA 4BC4A 3W3DA 3M3ZA 3VGMA 2GEMA 2QM1A 1GLLO 3LDNA 3VPZA 3AAPA 3HI0A 4BQLA 3ZEUA 4WQ5A 4PKHA 4QS9A 5KQDA 5AQIA 4CI6A 4BR5A 3I33A 4JAXA 3KZBA 3VEZA 3FZMA 1NLVA 4A61A 2QWLA 3CJCA 3VEWA 4BRKA 3D2EA 1K8KB 3VERA 3EO3A 1U6ZA 4FWSA 4FPBA 2A6AA 4H5VA 4RWTA 2D0PA 5AR0A 4YDUC 3O1WA 1HPMA 2GUPA 5AQUA 1KAZA 4MO4A 3DXMB 1MWMA 2PAVA 4JD2A 1BUPA 3CERA 1DKGD 2E1ZA 1P8ZA 1HKBA 3CJ7A 2Q36A 3ZETB 4JHDA 3IDHA 3JXUA 5AQSA 4IJAA 5AQVA 1ZBSA 5AZIA 2ASPA 1NGFA 1NGJA 3U9DA 1NGEA 2P9SB 4EHUA 4K25A 1TUUA 2A42A 4WQ4C 3VOVA 2P9NA 1GLDG 5F2RA 1MWKA 4O5FA 5AQOA 5FPNA 3I8BA 4FWLA 3FLCO 4BRAA 3FGUA 1J6ZA 1RDWX 3CQXA 5AQLA 4FWQA 4GNIA 4J8FA 4BC3A 2CGKA 2QWPA 4JNEA 1SZ2A 2P9PA 2V7YA 1BO5O 4IJNA 4H0TB 1JCGA 4XH5A 2A3ZA 2CGJA 4ISEA 3WT0A 5ELZA 1IG8A 4A2BA 1GLFO 1CZAN 2FSKA 4CZJA 3SMSA 1ATSA 5F0XA 3DJCA 4KBOA 1MA9B 2QWMA 2IVOA 3TU5A 3D7EO 1HLUA 4H5NA 5AZJB 1SQKA 3O1BA 3RSEB 3ULEA 4RCHA 2W40A 4YDUA 3WXIA 3ID8A 1BDGA 4CZFA 3EKUA 1DGKN 2D1KA 3WXLA 3SJHA 3BF3A 4B1YB 4CD3A 2QWNA 3FFKB 2P9UA 3QB0A 4BVPA 3ZEUB 2E88A 1GLBG 5AQNA 4BRIA 3H3NO 5BRHA 4I6MA 1U2VB 3G25A 3SMPA 3FZLA 3A0IX 3VF4A 5JLHA 4H5WA 4WQ4A 3UKUB 4QS7A 2WUSA 4DHYA 3TPQA 4BC2A 5FPEA 4XH1A 1LCUA 3U8XA 4LC9B 3H3OB 3VETA 3MN5A 3CJ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HTUA 5TKWA 3TI0A 2IVPA 3AA2A 5AQQA 4JHDB 1HNXK 2KTQA 1MU2A 2AP1A 2IAJA 1W2BM 1JCFA 2HBJA 3LZJA 5IT9O 1BCOA 4B9UA 1G99A 3CG7A 2P5GA 2WBNA 4FWKA 4CZMA 1U47A 5AQPA 1VQON 1NGIA 1V4TA 3IKMA 4KV8A 3CC7N 4DFJA 2UXBK 3AGRA 2XO7A 3DRSA 3KIOA 5BRDA 3BF1A 3CCQN 4FWMA 3VENA 1T6DA 1ATNA 2GV9A 4CF9A 4ILJA 3CC2N 4HTLA 3AA5X 3CI5A 3T69A 5M1OA 3WXKA 5CYMA 5FPDA 3G6EN 5T7BA 5BN9A 3P4IA 5HP1A 4JKGB 3SAHA 3ZX0A 3UE5A 4ZTJA 4C1NI 3CCVN 3IS9A 5AQXA 4F8RA 3KD5E 4A2AA 3AAQA 3ULEB 1G15A 4Z4GA 4FOIA 1EWQA 5C0YA 5EY4A 2P9IA 3Q7BA 4BDPA 1YTAA 4M7XA 3CF5L 1N6QA 4B8AB 2O8EB 5CY4A 2FBYA 3VEYA 1S72N 4L8RB 4AQYK 3O9TA 3FR0A 1E3MA 3OVNA 2WFBA 3LWLA 2ZGYA 5GIPA 3BZKA 1RT7A 4PL7A 2PFUA 4KRFA 2AA4A 4H4OA 1R0AA 3HP9A 1U04A 2CH6A 4DG1A 4QOZB 4JI0K 2CH5A 4CEQA 3CHWA 3L2VA 3QDKA 4AHTA 4PUOA 3NGYA 3NGIA 1NGGA 3OA9A 1ZYQA 1D4XA 1UOCA 3TWHA 1Z25A 3OYEA 4BR9A 1X9MA 3P38A 2FSNA 3CJ1A 3MXJA 1JCEA 2Y1IA 1XWLA 3ZT2A 3NBPA 3AV9A 3AVNA 3DWLA 2QKBA 1REVA 5AQJA 5E41A 3S41A 3OYHA 2E2NA 2QTDA 3EEQA 4X64K 4ELUA 3CXCM 4G1QA 5EOYA 5ADXH 4BC5A 3CMEN 5FRNA 1ASVA 3LPTA 3NVMA 3C95A 4FLUA 3AVGA 3TSUA 3C65A 5EX5A 1ZBIA 3O6WA 4M41A 4OKEA 1IBMK 4KI4A 3PUFA 4BR7A 2IDOA 1EXQA 4LSLA 3LDOA 2YJEA 4DR6K 2R7YA 4CECA 1QZ6A 5I3UA 5KTQA 4LF8K 4M42A 3AGKA 1DTQA 5CZ1A 4BWJA 2FLOA 2HF3A 3KJVA 3IUCA 3M8QA 4MO5A 3QEWA 3VGLA 4E1JA 5BRFA 3I0SA 3R3LA 5EU7A 3R8EA 3LM2A 2OZSA 1O1WA 3NVKA 1VQLN 2G8KA 3EE9A 4B1VA 1JL2A 4RTFD 1T03A 3WXMB 3A5MC 5AQGA 4FJNA 1C0UA 4BE2A 5M1PA 4PWDA 3QERA 4ID1A 1TK8A 4BG8A 1M1KO 4CEFA 1WN7A 1VQ6N 1BOTO 5C15A 2NNWA 4NLCA 3VEXA 2OYQA 2HW3A 3SJJA 3M1FA 1HNIA 1EKEA 3OS0A 2OCEA 4OPKA 1NM1A 3KHYA 5LJWA 1L5UA 3LDPA 1TUYA 4CE9A 3TSQA 3THYA 3FE1A 1JLFA 3EL2A 2KKZA 3D0PA 1WAFA 1NJXA 1BIZA 4HUFA 4WCEL 2VYPA 1U45A 3GBTA 3HTVA 1C0FA 3DYAA 4FK0A 4B9LA 1TVRA 4CGDA 4DU3A 4BRMA 4WF9L 3TSPA 5LMNK 4M3WA 1V4SA 2PBDA 2RN2A 3O8MA 4WFBL 2A1SA 4CEBA 4KKOA 3UKRB 3AVKA 3CMAN 3CYMA 3MK6A 3OYMA 3PIOL 1HR0K 1NGHA 2NZTA 2HBMA 5AQKA 4A57A 2E6LA 3LDLA 2VWJA 4PKGA 3ZSYA 3M6GA 4H5TA 2QEXN 1C1CA 3MN7A 4GVEA 4KH5A 3VQCA 1R59O 2G8UA 3JAMO 5M1NA 2W6LA 3KLFA 2RPIA 4OGEA 4M45A 1GLCG 2VQEK 1S9GA 2YNIA 4DV0K 5JVGL 4WQ5C 5AQZA 3PIPL 2D0OA 3MDQA 2XY7A 1C0TA 1IKYA 2GBZA 1IBLK 3LALA 4YOWA 4B9VA 2J4RA 2HMIA 4DU1A 5GAEP 3NF8A 3THXA 4CHYA 1WBDA 3C0BA 4Q5VA 4CJFA 3NF6A 4DR4K 4BRGA 4YOYA 2G8HA 5TKYA 2A5XA 1TAQA 2ZF5O 5HRSA 3F73A 4PY5A 1JXEA 1QHAA 2DTUA 3PSIA 3MN9A 5CZ2A 4Z0UA 3VA0A 4Y0WA 4DTPA 4K41A 1XC3A 4E0DA 3SK3A 4BDZA 1RT2A 3NF9A 1TL1A 3VQEA 3RWUA 3BGRA 1SKSA 4O4GA 1YAGA 3CIPA 4AHSA 4B1XB 3V1QA 2D0CA 3VQBA 1N34K 3J7YP 1C1AA 1J54A 4QAGA 3T1HK 2HHXA 2F9TA 3DLHA 2YKMA 1SAZA 2KFZA 1LW0A 1CZBA 3HI0A 1RT3A 4BQLA 4DTSA 4GKJK 5DM6L 3THWB 4QS9A 5IWAK 3PX6A 4CI6A 4BR5A 4DFKA 1NOZA 4V19S 4ICLA 5JVHL 4A61A 3LP3A 3VEWA 2ZJRL 1U6ZA 1BI4A 4DSFA 1WSGA 2A6AA 1YVUA 1OH8A 1YJ9N 3KK1A 3DM2A 3RR7A 1YITN 1D9FA 1OH5A 2PAVA 2OPSA 3MECA 4B3RK 1BUPA 1UA0A 3VA3A 3ITHA 4OX9K 1HKBA 3IDHA 4IJAA 5AQVA 4FJXA 3P83D 2ATQA 3EY1A 4ELTA 5DM7L 2P9SB 3E01A 4CJVA 1NK5A 4K25A 1VQPN 4FLZA 5KGXA 2P9NA 1GLDG 4MFBA 2HHHK 3I8BA 3FLCO 1J6ZA 4JK7A 4FJKA 3MWPA 4FWQA 4GNIA 4J8FA 4BC3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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