5BRDA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor benz-glcn
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREGKNDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
molecule keywords Glucokinase 1, putative
total genus 124
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brdA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brdA02
4H0OA 4BRAA 1D4XA 3H3OB 4IO8A 4O8KA 3H45C 3A5NC 1Y64A 4BRFA 5AFUA 3LL3A 1SZ2A 4KBOA 3FZLA 5FPNA 3ENHA 1U2VB 1Z05A 3CHWA 5EXWA 2Q0RA 3GG4A 3VEWA 4L3QA 1KAXA 1YVNA 5KPTA 1NGDA 4JN4A 4BREA 3OHRA 4A61A 4H03B 4BC4A 2W41A 2IVNA 5FPMA 3ZX2A 3DAWA 4FWKA 3CERA 4BRPA 3VOVA 2WUSA 1NBWA 1NGFA 4AM6A 5AQUA 2I7NA 4LC9B 3WXLA 1H1VA 3TPQA 3H3NO 1LCUA 4CZIA 3I8BA 4K41A 1LOTB 3ZX3A 1NM1A 2ZF5O 3DJCA 4F9OA 3HZ6A 5AZIB 3FZMA 3MN7A 3CJ9A 3O6WA 3LDNA 3ATUA 3MN9A 3SLCA 1NGJA 4CZJA 2IVOA 3FR0A 2Q97A 5BN9A 2ITMA 2VCPA 5AZIA 3SK3A 3U8XA 1WUAA 3GDQA 3CETA 4NO7A 5AQGA 4BRCA 3TU5A 3S41A 2E2PA 3VF6A 1QHAA 3IDHA 1IG8A 5JMVA 1BWFO 5AQJA 2P9SA 4CZGA 2DPNA 2BUPA 3ZX0A 3AY9A 1J6ZA 3HI0A 4CZLA 3QMLA 1JCEA 5EVZA 2P9NA 1C0FA 5AZJB 4AM7A 3CJAA 2I7PA 2ZWHA 4I6MB 4EAHD 4IJNA 3A0IX 4PL8A 2NLXA 2E20A 3EZWA 4WYBA 4H5TA 4MO5A 5AQNA 5AQYA 1YXQA 4CBUA 3BF1A 4GY2B 5AQZA 4I6MA 5LJVA 4PKGA 4BVOA 5CE3A 4FWRA 4H0VB 5AQVA 3CI5A 3WXIA 3CIPA 3H1VX 4CZMA 3IMXA 2V52B 3KZBA 3UKUB 3IFRA 4H5NA 4YDUA 5BN8A 2VYPA 3A5MC 3RSEB 1Z6RA 3MN5A 1MA9B 4FWLA 4H5RA 3FLCO 4H5WA 4QS9A 2ZGYA 5AQRA 2F9TA 4XH4A 3G25A 4M7XA 1RFQA 3LDLA 3QFUA 2V7ZA 4XEIA 4BG8A 4BR5A 4DB3A 1DEJA 3RSEA 4BR7A 5KPRA 3ZETA 1HKBA 3B8AX 1HUXA 3WT0A 2BTFA 5FPDA 2E88A 3H1QA 2QWNA 3R9PA 4A2AA 3WQUA 2QWRA 1HKCA 3U9ZA 2QWQA 2E2NA 4BRKA 4FWPA 2P9PB 4BVPA 1KAYA 4DHYA 2HMPA 1XQSC 1BA0A 1TUYA 4BG9A 4BRDA 2FF3B 4CD1A 1ATSA 4BR9A 1X3MA 4H5VA 1GLAG 4DCHA 2GWKA 4BQLA 3FZHA 3VF4A 1MWMA 2E8AA 4BQZA 2P9PA 4BR2A 3FE1A 2PBDA 4XH1A 4C23A 3BF3A 2P9KA 1K8KA 3VETA 1TYQB 3VEZA 4BRNA 2D4WA 3ENOA 4BRGA 1GLEG 2ASPA 1NGCA 4B1WB 2A41A 4BGBA 1QZ6A 3DXKB 4RWTA 1TYQA 1JCGA 3QBWA 4EHTA 3DWLA 2V51B 1XC3A 1NLVA 3DXKA 1QQMA 2VWBA 2FSJA 3QB0A 5AQOA 5BREA 5AQFA 4PL7A 3WEEA 4CJ7A 3VEVA 1V4TA 4FOEA 5TKYA 4CZHA 3MDQA 4M7YA 2E2OA 2AA4A 3W0LA 1V4SA 1QQOA 3ID8A 5AFUH 3EO3A 3D2FB 3VEOA 3WQTA 4K25A 1T6DA 1NGGA 2YHWA 2GEMA 1GLFO 3CJCA 3R6MA 3SJHA 4EFHA 1NGIA 5AQSA 2A6AA 3D2FA 3H46O 4A62A 3L0QA 3H6EA 4FSVA 1DKGD 3LDQA 4JNEA 2P9SB 5AQHA 3I33A 2CH6A 1JCFA 2Q1NA 3C7NB 2P9NB 4PKHA 4E1JA 1S22A 1HJOA 1HX1A 5BPMA 2HOEA 5BRHA 3ULEB 4XH5A 1BG3A 3BEXA 5JLHA 2YHXA 3D2EB 3J8AA 4CI6A 3DXMB 1GLJO 2Q36A 1ZBSA 3C7NA 3EKSA 1NGAA 4BRIA 3WUHA 4B1XB 3MCPA 1OKJA 3O1BA 3ULEA 3GL1A 3UB5A 1NGEA 5AQXA 3D2EA 2P9UA 3DXMA 1BOTO 3QDKA 4Y0WA 4H0YB 2GELA 4PKIA 3P4IA 1NGHA 4BRQA 3VENA 1QQNA 1X9JA 1XUPO 1ZC6A 4GNIA 4A2BA 1HLUA 4FO0A 3CJ1A 1KAZA 2QM1A 3EN9A 3ZETB 2P9LA 1BDGA 1YUWA 3VEYA 5BRDA 1RDWX 2P9IA 5BRFA 4FOIA 5KQ8A 4IWVA 1YAGA 4CZEA 2HF3A 2QWOA 4BR0A 5E84A 5EOYA 3SMPA 4BR4A 2AP1A 4BRLA 1BA1A 5E26A 4FPAA 4B1UB 5ADXA 2FLOA 3KVGA 2A42A 3GBTA 2CGKA 2P9KB 1K8KB 2Q2RA 4B1VA 4JD2A 3QICA 4FWMA 3UKRB 4FWOA 2ASOA 3FZKA 2QWLA 3L4IA 4HWIA 5AQQA 3O80A 4J8FA 2CH5A 3EKUA 3UKRA 3VEXA 4ISFA 3AAPA 3LM9A 4WQ5C 2YHYA 4ISGA 5BR9A 4JAXA 4CZKA 4IZ9A 4FWNA 3WEEB 4FWSA 3M1FA 3MMVA 3UE5A 4JHDB 4RCHA 2QWMA 1CZAN 1C0GA 1ESVA 3CQXA 3LDOA 2A5XA 5ELZA 5JICA 2QW9A 4CBXA 1S3XA 2YJEA 3GOIA 1X3NA 4JHDA 1R59O 1GLBG 3W3DA 4RTFD 4WQ4C 4MLHA 5AQPA 1G99A 1ZXOA 3JXUA 1E4FT 1GLLO 5EY4A 1BUPA 3O8MA 3CJ7A 4EIAA 3U9DA 4K42A 3GE1A 2QXLA 1U2VA 2EWSA 3M3ZA 3O4WA 1SAZA 4FPBA 5F0XA 3O08A 3VPZA 1T44A 1NMDA 5AQIA 3BUZB 3U4LA 4FWQA 5AQKA 4H0TB 1NWKA 2GUPA 1ATRA 3HSCA 5KPZA 2F9WA 2FF6A 4B1YB 5LJWA 3CQYA 1WOQA 5AQLA 3BP8A 3VGLA 2E2QA 5F2RA 3A5LC 3EL2A 1IJJA 1EQYA 3KHYA 2FSNA 5I9EB 4IXCA 2ZGZA 2HF4A 2E1YA 2P9UB 4ISEA 5KQDA 2GWJA 3M6GA 3CJBA 3VF2A 4EHUA 1HKGA 2D0OA 3F9MA 1NGBA 1MDUB 3AAQA 4BROA 4CD3A 3VESA 4BC5A 2IVPA 5LY3A 2GTDA 2OANA 3FZFA 3HM8A 1GLDG 4BC2A 2Q0UA 1MWKA 3A8YA 3O5BA 2QWPA 1E4GT 1Q18A 2D0PA 1U6ZA 3MK6A 4BC3A 4QS8A 2P9LB 5F1XA 4QS7A 3WXJA 1ATNA 3SMSA 3VGMA 4CZFA 3WXKA 4B9QA 2P9IB 2H3GX 4DQ8A 3R8EA 1BO5O 3VERA 1RGIA 3AARA 1QZ5A 4NB4A 2NZTA 1TUUA 5AQMA 1P8ZA 3ZEUB 4MLEA 2V7YA 5AZJA 4H0PA 4WQ5A 2A3ZA 3D7EO 5JLFA 5FPEA 1T6CA 2E1ZA 3ZEUA 3IUCA 5BPLA 2D1KA 2FSKA 4B1ZA 3LM2A 1HPMA 4JD2B 5AQTA 2A40A 1GLCG 2CGLA 3MN6A 1DGKN 3HBTA 2UYTA 1KXPA 3O1WA 3VGKA 3UKUA 3ATVA 3QBXA 4IJAA 2IIRA 4WQ4A 2KHOA 5B8HA 5BPNA 5AQWA 2FXUA 2J4RA 3FFKB 1BU6O 3C0BA 2W40A 3A5OC 3HTVA 3FGUA 3QFPA 4H0XB 5EX5A 1SQKA 2Q31A 4K43A 4MO4A 4BRHA 2ASMA 4HTLA 2YJFA 2NRHA 5AR0A 4M63C 4Z94A 2PAVA 2YCHA 4BGAA 2CGJA 4O5FA 3L6QA 4FL9A 4CBWA 5ADXH 3LDPA 4YDUC 3JS6A 2YI1A 4BRMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGJA 4ID5A 3H3OB 2HHSA 1NOYA 4O8KA 1Y64A 3KK7A 4CEDA 1VK0A 3LL3A 4B08A 1SZ2A 3SZ2A 4WF9L 5CYQA 4KBOA 3ENHA 3WNFA 3OYNA 2KQ2A 2PYLA 1ZBIA 4L3QA 1KAXA 1YVNA 2E4LA 2OPQA 1IH7A 1L5UA 3PSIA 3NH0A 4BREA 4KI6A 1OH6A 2IVNA 1VSDA 1UWBA 4CJKA 3CERA 2HMIA 3R3LA 4BRPA 4DQQA 3OTOK 2HHWA 1NGFA 4I2QA 2XO7A 3SQ0A 3LALA 4E7LA 3O9QA 4E7IA 4KB0A 3OYEA 3H3NO 4K41A 3ZX3A 3DJCA 1T03A 4B9MA 4FJ8A 1A5WA 1BGXT 4JI5K 1BI4A 4M3YA 3CXCM 1YHQN 4OLAA 1ZBHA 3FZMA 5DM6L 4B9SA 1NGJA 2OZMA 4IG3A 3HXMA 1KD1O 2Q97A 1S5JA 5AZIA 2X78A 4C8LA 5C2FA 3C95A 4IKFA 1BL3A 4NO7A 3OY9A 4DV6K 4OJRA 5AQGA 1U04A 3PV8A 2FBXA 2GUIA 1I94K 2E2PA 4FZZA 4B9TA 1JKHA 2XRIA 1Z25A 5M1NA 4DUZK 1BWFO 3TAFA 1VQKN 2DPNA 4X62K 3ZX0A 3AY9A 2O8FB 1EETA 1U49A 4OLBA 3QMLA 4FCYA 1JCEA 3U6FA 3A0IX 4U67L 5HLFA 3NFAA 1RBVA 1C1AA 1YXQA 3RTVA 1IBKK 1VQ5N 4WFAL 4PKGA 4BVOA 5CE3A 5KTQA 4J2AA 4H0VB 1WSJA 1VRUA 5C15A 3MX5A 1ILYA 1TVRA 4CZMA 2V52B 3KZBA 1ASUA 4DTPA 4YDUA 3C6TA 1VSEA 3MN5A 3QNOA 1L3SA 2ZGYA 1I3AA 1WSGA 5M1QA 4PA1A 3T1YK 2E5LK 2Z1IA 4CK1A 4FLTA 3QFUA 4XEIA 1JLQA 3I55N 3RSEA 1RTHA 4ELUA 5HROA 3K57A 1W0HA 1LWFA 1CLQA 2FC0A 2RN2A 3WT0A 5FPDA 3KIOA 2A1SA 3KJVA 3E9OA 2QWQA 1WBBA 2E2NA 1KAYA 2HMPA 4CEAA 2OYQA 4WFNL 3ZSOA 1ATSA 5GADP 4EP4A 4O44A 4O0JA 1IKVA 3VF4A 1XNQK 1MWMA 3TARA 5C0YA 4FK0A 3FE1A 1RDAA 4C23A 4DQRA 3ZT3A 4CGGA 3VETA 4DS5A 2D4WA 1GLEG 1Z26A 2A41A 4BGBA 1YI2N 3KLHA 4PHTX 3TAQA 3KK2A 4N5SA 3QBWA 3CFPA 5CR4A 2V51B 2DY4A 2KZMA 3VN5A 1HJRA 1RBTA 4F2RA 1JXEA 4O0IA 2FSJA 4JKDA 4PL7A 4CJ7A 4ID1A 3ZSWA 1V4TA 4JK7A 2ZE2A 4CJUA 5HRNA 2O8EB 2BH1A 4B9LA 4JI1K 3LAKA 2FBVA 1QS4A 4QAGA 3HVRA 2A6AA 3L3VA 3L0QA 3AVNA 3SV3A 4CK3A 1DKGD 2G8HA 2CH6A 1JCFA 4JLHA 4FK4A 1XMOK 1S22A 4DS4A 5BPMA 4C8MA 4CJVA 1QSYA 4LFAK 3D2EB 3J8AA 1KVBA 1U4BA 4ILGB 3ULEA 5AQXA 2D0AA 2P9UA 3DXMA 1BOTO 4Q5VA 4Y0WA 2HHQA 1XI1A 4PKIA 3P4IA 2KFNA 1HQUA 4LF6K 3VENA 3LP0A 1N36K 1LWEA 1TK8A 4A2BA 2NRTA 1K9MO 5HP1A 1HNWK 3E9LA 1KFDA 1U47A 4JI2K 3O9SA 4KI4A 2Z1JA 4BE1A 3SUQA 1RDWX 4HUFA 3THWA 3QERA 4FOIA 3M8SA 4YOYA 1YAGA 2KTQA 4CZEA 4CF0A 4BR0A 5AJ3K 4OGEA 5EOYA 2AP1A 1EKEA 4CJ3A 3HPGA 5A2QO 4E7KA 3DRSA 4BY9C 4H4OA 1BA1A 4FYDA 1SKWA 3GBTA 2CGKA 4KHUA 3HVTA 4JD2A 4DTSA 1RDUA 1UOCA 5LL6Z 4FLWA 3AGRA 2QWLA 1BIUA 3TAEA 1TL1A 3KWIA 4JI6K 3CFRA 4UY8O 2HVHA 4J8FA 3EKUA 3AV9A 3AAPA 1S6PA 4DMNA 2UU9K 2UXBK 4CJTA 5BR8K 4FWNA 3AVKA 4LFBK 3IRXA 3M1FA 4FZXC 1ASWA 5JS2A 2PZSA 4NLBA 3NH1A 3LDOA 5ELZA 2YNGA 3GOIA 1HPZA 1J53A 3OYCA 3P38A 1NK7A 4IOXA 3SQ1A 3S9HA 4ZTJA 5AQPA 1JL1A 3RMBA 3F9KA 3ZYYX 4DV2K 1SKSA 2BE2A 4CJLA 3U9DA 4FPBA 1SAZA 3VPZA 1T44A 5AQIA 3O4QA 4CJPA 4CEBA 2VWJA 5HOOA 4H0TB 5HRRA 3LAMA 4B1YB 3CQYA 1WOQA 3T19A 2E6MA 4BWJA 4DTJA 3SUOA 2RE2A 1NK5A 1QQCA 4LY7A 1JXBA 1HQEA 1IJJA 1EQYA 3WXMB 4CEEA 1NKCA 4DFJA 2VG6A 1W97L 3M6GA 2D0OA 4FJ5A 1FKPA 3HYFA 1BCOA 3I0RA 3O9UA 2OANA 3AVLA 3FZFA 5M1KA 1XMQK 1XC9A 2Q0UA 4ZHRA 2YNIA 2O8BB 1WSEA 2QWPA 4BC3A 4QS8A 2P9LB 2QK9A 1QTMA 4F2SA 3ZT2A 4DLEA 3WXKA 3KK3A 2H3GX 3C94A 4CEOA 4DQ8A 4B3TK 4V19S 1BO5O 2WBNA 2O8FA 3AARA 3AO3A 3OS2A 3V81A 4K0KK 4LSLA 4H0PA 1NJIO 3KKRA 1RT7A 2ZJRL 4M3RA 3ZEUA 3K5NA 4RW6A 3LM2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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