5BRDA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor benz-glcn
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREGKNDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Glucokinase 1, putative
total genus 124
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brdA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brdA02
3EZWA 4CZEA 3WEEA 4H0PA 4BC2A 1WOQA 3EKSA 1NBWA 2E1ZA 2PBDA 3CJBA 3DXKA 4FWSA 4C23A 1V4SA 4B1UB 3R8EA 1NGAA 1QQOA 2P9LA 3U9DA 2CH6A 2Q1NA 5FPEA 3CI5A 4DB3A 3ZEUA 1YUWA 4J8FA 2CGKA 5AR0A 2FSNA 2V51B 2BTFA 5BPLA 3ATVA 3SJHA 4CD1A 1BUPA 2GTDA 2P9UA 4F9OA 5B8HA 3FZKA 1C0GA 2QW9A 4PKIA 3LDLA 4LC9B 4WQ5A 4B1YB 3CJ1A 3EL2A 3VF2A 4K43A 2V7ZA 4KBOA 3MK6A 2VCPA 4BRCA 5BPMA 3AAQA 2FXUA 3O1WA 3SLCA 2IVOA 4B9QA 2UYTA 1GLFO 4BQZA 4BRGA 1BO5O 3VPZA 1ESVA 4CZGA 1HKCA 2E2PA 3VEOA 4M63C 1GLLO 1RDWX 1NGHA 2NZTA 4B1XB 1MDUB 1TUYA 3CIPA 3RSEA 1P8ZA 1BDGA 3FR0A 2F9WA 3AY9A 5AQFA 4K41A 1HX1A 3VGLA 5AQSA 3HM8A 2GUPA 3ZETA 4BRQA 4I6MB 3KHYA 4CBWA 3H45C 5BRFA 1QQNA 3HZ6A 2FF3B 4FO0A 4H5VA 1RGIA 2P9SB 3H1VX 2YCHA 1JCFA 3WQUA 3U9ZA 4FWLA 4BR5A 2HMPA 4H5TA 4PL8A 2YHYA 1Q18A 3D2EB 5F2RA 2Q0UA 3UKUA 2YHXA 5CE3A 3QB0A 3O8MA 4CZJA 3WEEB 2Q2RA 3VOVA 3B8AX 2I7PA 5I9EB 3LL3A 4CI6A 4BRIA 2Q0RA 3EO3A 3HSCA 1K8KA 1DKGD 1X3MA 4JD2B 4M7YA 4L3QA 5AZJB 2A6AA 2W41A 1DGKN 3DAWA 1KAZA 1DEJA 4RCHA 4EIAA 4FWRA 5EVZA 4FL9A 3GDQA 2D4WA 1K8KB 3O08A 4CD3A 4DHYA 5AQXA 4B1ZA 2CGJA 4FOIA 3SMSA 3D7EO 1H1VA 4XH1A 3U8XA 4BG9A 4BROA 2IVNA 3AARA 3FZHA 3GL1A 3MN5A 1WUAA 5ADXA 4BC5A 4BRHA 3TPQA 3KVGA 2E20A 5AQYA 5KQDA 2NLXA 4CZIA 3AAPA 3CERA 5E26A 2CH5A 2FSKA 2GEMA 4WQ5C 4BVOA 4CBUA 3U4LA 1U2VA 2A41A 1CZAN 1NGEA 4CZLA 1HKBA 1MWMA 2HOEA 3WQTA 3O1BA 3O4WA 2PAVA 4H0XB 4IXCA 3MDQA 4H0TB 4NB4A 1MA9B 3ENHA 1ZXOA 4FSVA 1X9JA 3A5LC 5AQZA 2ZWHA 4H5WA 2E8AA 4MO5A 5LJVA 4BQLA 4ISFA 4H0YB 4A61A 4PKGA 3FGUA 3C7NB 1TYQB 4BVPA 1KAYA 2P9LB 2A40A 4WQ4C 3L4IA 3DXKB 2P9IA 1JCEA 3FFKB 4IZ9A 1NGGA 2V7YA 3F9MA 4MO4A 4BR0A 2ASOA 4BGBA 5AQNA 2F9TA 2P9IB 3CJ7A 1NMDA 2E2OA 4QS8A 4YDUC 3VESA 3GBTA 4H5RA 5BREA 5ELZA 3IUCA 2Q31A 5AQOA 1U2VB 3UKUB 1ATSA 1GLCG 2YI1A 4BC3A 4FPBA 4PKHA 2J4RA 3UB5A 4EFHA 2FLOA 2ZGYA 3VENA 1RFQA 4FWQA 4JNEA 2P9SA 4Z94A 4FWNA 4BRAA 1Y64A 4H0VB 4O5FA 3ID8A 5AQGA 5EY4A 1BA1A 5EOYA 1NGFA 1QZ6A 2QWPA 2VYPA 1GLEG 3CHWA 3HI0A 3GE1A 5AZIB 4H5NA 3H3OB 2A42A 3VGMA 3L6QA 4CJ7A 3BF1A 1T6DA 3EN9A 4CBXA 2QWRA 3QMLA 3KZBA 2ZF5O 2P9PA 4K25A 5F0XA 5JLFA 3L0QA 4XH5A 4A2BA 3EKUA 2ASPA 5EX5A 1XQSC 5LY3A 3J8AA 3ZX0A 1S3XA 2A5XA 2E88A 3M3ZA 2YJEA 4BGAA 3DXMB 5AQKA 1V4TA 2AP1A 2W40A 1XUPO 2YJFA 4RTFD 2A3ZA 1GLJO 2GWKA 4E1JA 3WXLA 5BN9A 3D2EA 1NGBA 1EQYA 1S22A 3M1FA 3BF3A 3W0LA 4BRDA 1GLDG 5AQVA 4AM6A 1GLBG 2D0PA 5FPNA 1J6ZA 3M6GA 1C0FA 1D4XA 4JN4A 5AQJA 4JHDA 3WXKA 3MN9A 3QDKA 1BU6O 1R59O 4CZKA 5KPRA 4XEIA 3FE1A 4MLEA 4K42A 3C7NA 3QICA 3VEXA 2WUSA 1HUXA 4EHUA 2E2NA 1T44A 2QWQA 2EWSA 4AM7A 3GOIA 3ENOA 4WYBA 4BR2A 2ZGZA 5AQLA 3W3DA 2ITMA 3A0IX 3IMXA 4FWMA 2FSJA 2QM1A 5AQRA 3VEVA 2E2QA 1Z05A 4CZMA 3A5MC 4FWPA 3UKRA 4FWKA 5EXWA 3S41A 1HPMA 2H3GX 1ATRA 1BOTO 4B1VA 4QS9A 1E4FT 2QWNA 5LJWA 1HLUA 2D1KA 3I33A 3R9PA 1YAGA 1SAZA 3CQYA 5AFUH 3JS6A 1HJOA 4I6MA 1NGIA 2KHOA 2HF3A 3A5NC 1QHAA 4M7XA 2BUPA 1NGDA 2ASMA 3VF4A 3IDHA 5AQUA 3CJ9A 1T6CA 3DWLA 3A5OC 3SK3A 4XH4A 3ZEUB 1IJJA 2VWBA 2QXLA 1HKGA 4IJNA 3H46O 2P9KB 1KAXA 1OKJA 4WQ4A 4BG8A 5BPNA 2P9PB 1GLAG 4ISEA 2D0OA 4BRLA 1BA0A 2P9NA 1U6ZA 3QBXA 3CJAA 1TUUA 1MWKA 4GNIA 1NM1A 4BR7A 4PL7A 4QS7A 4IJAA 3FZMA 3TU5A 5AZJA 2GELA 4BRPA 2V52B 3WUHA 4FWOA 3G25A 2HF4A 2E1YA 5KPTA 4A62A 4BR9A 5JMVA 2FF6A 2QWLA 4MLHA 5AQTA 2Q36A 4H0OA 1QZ5A 5AQPA 1LOTB 1XC3A 3LDPA 4EAHD 1YXQA 1Z6RA 2AA4A 1BWFO 1SQKA 4JHDB 3VERA 3VGKA 2IIRA 5KQ8A 2I7NA 4HTLA 5AQIA 3D2FB 3HTVA 3DJCA 1NGJA 3WXIA 3IFRA 3MMVA 3DXMA 5AQMA 1KXPA 5FPMA 1NLVA 3D2FA 1ZC6A 3VF6A 3VEWA 4NO7A 3ZX2A 3C0BA 3UKRB 2NRHA 4FPAA 4CZFA 3CQXA 5ADXH 3BP8A 4BRNA 4IWVA 5E84A 4RWTA 3UE5A 3GG4A 3MCPA 3SMPA 1JCGA 4B1WB 5FPDA 5KPZA 2CGLA 3CJCA 5BN8A 2QWOA 4O8KA 3I8BA 3QFPA 3O6WA 1YVNA 4ISGA 1TYQA 3LDOA 4DQ8A 3ULEA 3OHRA 1BG3A 5TKYA 3WT0A 1SZ2A 3LDNA 3R6MA 4H03B 4BREA 1NGCA 3CETA 4CZHA 4A2AA 5AZIA 2P9KA 3LM2A 4Y0WA 3ZX3A 4DCHA 3ATUA 3MN6A 3A8YA 1LCUA 2OANA 4BRKA 3FZFA 4EHTA 4GY2B 4BR4A 1E4GT 5AQWA 3QFUA 3O5BA 2P9UB 2GWJA 1ZBSA 1IG8A 5JLHA 5AQQA 5BRDA 3VETA 5F1XA 3LM9A 3P4IA 2YHWA 2DPNA 2IVPA 1X3NA 3O80A 3JXUA 2Q97A 5AQHA 3ZETB 2QWMA 3H3NO 1ATNA 3VEZA 3BEXA 4JAXA 3ULEB 3LDQA 3VEYA 4BC4A 5BRHA 5JICA 3RSEB 1NWKA 3FLCO 4IO8A 3HBTA 5AFUA 3H6EA 4HWIA 2P9NB 4JD2A 5BR9A 3H1QA 3MN7A 4BRMA 1QQMA 3BUZB 3QBWA 4FOEA 1G99A 4YDUA 4BRFA 3FZLA 3WXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QAGA 4H0PA 1FK9A 3M8SA 4C23A 3R8EA 1NGAA 2CH6A 2W6LA 1VQON 4O0IA 3DLLL 1EWRA 4J8FA 5C24A 2CGKA 4BWJA 5CYMA 1Q86O 2WOMA 4DSLA 4F3OA 3KWGA 4CK1A 3LAKA 1NNEA 1K6YA 3L4QA 2OZSA 3TSUA 4F9OA 3G4SN 2HNDA 1K9MO 4B9SA 1HRHA 4CJTA 1YT3A 2JWKA 2HNZA 4YOVA 2G8IA 4YOTA 3TAEA 4C8MA 1XMOK 3IS9A 5JS1A 1GOCA 3AVKA 3MK6A 2HHUA 4BRCA 5BPMA 4YOWA 2UYTA 4BQZA 1ESVA 3RMDA 1HQEA 1C0MA 3KK7A 4IDKA 2E2PA 4ID1A 2NZTA 3RSEA 4O5BA 1P8ZA 2F9WA 4FJJA 1HX1A 2P5OA 1X9WA 1Q9YA 3VQAA 1ITGA 2G8UA 1QSYA 5BRFA 1QQNA 3DOLA 2BGGA 1RGIA 3T1AA 4LF4K 3U9ZA 1EKEA 4DQSA 4DSIA 3D2EB 3AVBA 5IWAK 5SWMA 2QKKA 4FK4A 3MECA 3QB0A 2E5LK 4Z4IA 3VQ9A 3HSTB 1HNXK 2Q2RA 4CECA 3LALA 3J81O 5I9EB 3TAFA 3O3FA 5J2MA 4CI6A 4FJKA 2UXBK 3HSCA 1DKGD 3SI6A 1LAVA 2NRZA 5K14A 4L3QA 1IH7A 1NKBA 3DAWA 1DEJA 3NFAA 3KK2A 4CGFA 1VSDA 4FL9A 1K8KB 2X6SA 4B1ZA 1XNRK 4FOIA 4DKWA 3ENBA 4XH1A 2QKBA 1BQNA 4HTUA 3CC2N 3DRSA 3PIPL 3VN5A 4LH4A 2VQFK 3TPQA 3KVGA 3J7AP 2B4JA 4O0JA 4CZIA 1SL2A 2FBXA 2FSKA 3E01A 4RW7A 4GMJB 2GEMA 4WQ5C 1RDCA 4ILGB 3M5RA 3U3YA 4CBUA 4DTXA 3O4QA 5J2QA 4CZLA 4CJEA 2VQEK 4JEPA 3HVRA 5M1PA 1MA9B 3DMJA 1FXXA 3OBYA 4FSVA 4DTOA 5M1OA 1S9EA 3U3GA 2ZWHA 4H5WA 4MO5A 4H0YB 4A61A 3FGUA 1TYQB 4WFAL 5HRSA 4DTMA 2NNWA 4WQ4C 3WXMB 4DU4A 1UWBA 3L4IA 4Y1CA 2X6NA 4GV6A 1JCEA 4CEOA 4IZ9A 3SAFA 2DTUA 2V7YA 1W97L 4MO4A 3HOTA 3G71N 3NF7A 1KFSA 2E2OA 1S1TA 4C8NA 4JI4K 3NVKA 3KLGA 4H5RA 1JLGA 5ELZA 1YJ9N 3IUCA 4EZ9A 1U2VB 3UKUB 3U6FA 3CCJN 4E1MA 1NK5A 1SL0A 3I8DA 3MX2A 2FLOA 3G0ZA 1N6QA 4B9VA 1I94K 2FBVA 5HBMA 4W5QA 1A5WA 4BRAA 1Y64A 1C1AA 3BDPA 5AQGA 5EY4A 2G8KA 5JVGL 3OYJA 3SZ2A 3VQBA 1WAFA 4CJPA 2OPSA 1QZ6A 2LSNA 1VSKA 3AVNA 3QIOA 1VQPN 4V19S 1S6PA 1R0AA 2JGUA 4JI7K 2Z1HA 4HHTA 2HBJA 3BF1A 3EN9A 1JJ2M 2ZF5O 3TARA 2GBZA 1QQCA 3LANA 3CQ8A 1WSFA 3K9KA 4DU3A 5EX5A 1UOCA 1KVAA 3AA4A 4JRQA 4M3XA 1S3XA 2E88A 2YJEA 1IKYA 3DXMB 5AQKA 5KGXA 4OLBA 3SUNA 2YJFA 1XUPO 3LPUA 1SV5A 2KKZA 3E9LA 4LD0A 1IBLK 1WBDA 5C2DA 3DLEA 1GLDG 3HP6A 1GLBG 4X64K 3VQDA 1UA1A 3ZLJA 1D4XA 3OVNA 3WNEA 4IKFA 4FJLA 4M3TA 4LSLA 4CHQA 3LP1A 1D8YA 1RT2A 4PY5A 4J2BA 3QICA 3VEXA 4DSKA 5HL7L 2E2NA 1T44A 3LWLA 3PX4A 4H4OA 4Z4CA 3HJFA 3I56N 3HO1A 4LY7A 4M3WA 2ZJRL 4FWMA 2VGNA 4XIUA 5J2PA 4M41A 3DYAA 2E2QA 4CZMA 3A5MC 3UKRA 3AV9A 3WNFA 1ATRA 1BOTO 1TGOA 3T7ZA 5LJWA 3O3HA 3I33A 4HCCA 5BR8K 2G8WA 1BQMA 1HJOA 3OS2A 3A5NC 1QHAA 1TK5A 4AQYK 2BUPA 1NGDA 4CJFA 3IDHA 3LPTA 3RMAA 3CJ9A 4JKAA 1TKXA 1J9AA 4CW7B 1VSEA 4FLWA 3NF9A 1I39A 1O1WA 4KB1A 3H46O 1KAXA 1OKJA 3VQ7A 4KHYA 2UUAK 5BPNA 4ZHRA 4Q5VA 3SUQA 3V9WA 5M1KA 1U6ZA 1Q7YO 3P39A 4LFAK 3Q7CA 1N32K 4IG0A 3MX5A 2GELA 4BRPA 2V52B 4KTQA 3KLIA 3ZT2A 2EHGA 1K8AO 4BR9A 1T03A 1BISA 3NH2A 3QETA 3K59A 2QWLA 4CEQA 2Q36A 5HLFA 4GVEA 1QZ5A 1LOTB 1S1UA 3LDPA 3SPYA 1WSJA 4JHDB 4CEZA 4HTLA 5AQIA 3D2FB 3QEWA 1YITN 3C95A 3NF8A 1L3VA 1NGJA 3IFRA 2OTLN 3VMFB 3HXMA 5KRSA 4YOXA 3VEWA 4DSJA 1QHTA 4E19A 2NRHA 3CQXA 5I42A 3G6EN 4BWMA 4BRNA 5DM7L 5E84A 3KKSA 3UE5A 4RWTA 2NRTA 2ETJA 3CFRA 3OYIA 1JCGA 4JI1K 3HOSA 1Q9XA 4BY9C 3TR8A 4CHZA 4OPJA 3RR8A 3ZT4A 4OPKA 3PV8A 2ZJQL 4ISGA 1RT5A 3ULEA 1VRTA 1RT6A 1DTTA 3CPEA 3G10A 1KSPA 1NJZA 4H03B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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