5BREA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor cbz-glcn
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREGKNDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
molecule keywords Glucokinase 1, putative
total genus 119
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5breA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5breA02
4CZLA 1SQKA 4BRQA 1RDWX 2A3ZA 1S22A 3O1WA 1JCFA 5FPEA 1T6DA 2GEMA 4H5VA 3CJ9A 5BR9A 3U4LA 3LM2A 1YVNA 3WXLA 3EN9A 1OKJA 5AFUA 2V7YA 3FR0A 2YI1A 4A62A 4CZHA 3A5MC 3D2FA 4KBOA 1GLBG 1GLDG 2ZWHA 3EL2A 2P9KB 4JN4A 4AM7A 3CERA 2FF3B 4MO4A 4BC5A 3ZEUB 3H3NO 1U2VB 3BF1A 1NM1A 2GWKA 4EAHD 2V7ZA 2QWOA 5AQMA 4BRKA 2D0PA 2GTDA 2A5XA 1QQMA 1Z05A 2GWJA 4H5NA 2P9SB 2V52B 1YAGA 2ZGZA 3LDPA 3M3ZA 4HTLA 4L3QA 2GUPA 3VESA 3D2FB 3WQTA 5ADXA 5JMVA 5BRHA 2Q0RA 3MN6A 3VETA 3L4IA 1NGBA 4MLEA 5KPRA 4EFHA 5TKYA 1QQOA 3JS6A 3O6WA 3HZ6A 4BGAA 5BRDA 3CETA 3ULEB 4FWKA 2QXLA 4XEIA 3D7EO 1LCUA 3WUHA 3VEOA 4H03B 3HBTA 3VGMA 2QWLA 4FWLA 4M63C 4QS9A 2E20A 1DEJA 2E8AA 2ZGYA 3FLCO 3MMVA 5JLFA 3CIPA 4FO0A 3H1QA 4RTFD 4CJ7A 1NGJA 1X9JA 1MA9B 3TPQA 1XUPO 4AM6A 2GELA 5AQSA 4BC4A 1Y64A 2F9TA 2P9IA 3VGLA 5KQDA 3KHYA 4BG9A 4E1JA 2E2OA 3LDQA 2VWBA 4BRCA 2OANA 1TUUA 2I7PA 2YJEA 2V51B 1ZC6A 3CJ7A 4IJNA 1QZ5A 3MN5A 2Q1NA 3DJCA 2ITMA 3P4IA 5EX5A 1ESVA 1HUXA 2P9LB 1T44A 2P9PA 3CJCA 1S3XA 4B1UB 3O4WA 5AQPA 4BVOA 4CZKA 4YDUA 1BU6O 3MN9A 4FOIA 2QWNA 5AQGA 2Q0UA 1ATNA 4FWOA 1TUYA 2A41A 2ASMA 2UYTA 4HWIA 3W3DA 5LJVA 1NGIA 2IIRA 1JCGA 1NGAA 2BTFA 4MLHA 5F1XA 4BRAA 3FZFA 2WUSA 1HJOA 1H1VA 3VF4A 4H0VB 2VYPA 4XH5A 5EVZA 3QFUA 3O5BA 3WQUA 3QMLA 3L6QA 2AP1A 3LDNA 3HM8A 4C23A 1HX1A 3KVGA 5JLHA 5BN9A 3ATVA 2A40A 4BR0A 3O80A 1GLEG 5E84A 5LJWA 3ZETB 2YHXA 4H5RA 3WXKA 4BRNA 4ISFA 3QICA 4BRLA 2P9KA 3FFKB 2F9WA 1ATRA 3DWLA 3LDLA 4ISEA 4WQ5A 1C0GA 3ZEUA 1U2VA 2IVOA 5FPMA 2CH6A 3ATUA 4K25A 1BA0A 3CJAA 4IO8A 4PKHA 3VF6A 4BR7A 2FSNA 3MK6A 3MCPA 4O8KA 2QM1A 3AARA 2QWQA 3ID8A 3R6MA 5KQ8A 3DXKB 2P9SA 4B9QA 5I9EB 1BOTO 4M7YA 4Z94A 4CBWA 3WEEB 4H0OA 2Q2RA 4FWMA 2E2PA 4IJAA 4XH1A 1BG3A 4WQ4A 1V4TA 1NWKA 3DXMA 1P8ZA 5AQUA 3ULEA 2Q97A 1QHAA 1X3NA 3GBTA 1IJJA 1QQNA 2E2NA 5AZJA 3FZHA 4YDUC 2P9UA 5EY4A 3ZX2A 2NRHA 4B1XB 1NLVA 3H1VX 3M1FA 5AQOA 2AA4A 3EKUA 4H5TA 2YCHA 3CHWA 4J8FA 3BUZB 5AQLA 5AFUH 4FWNA 4WYBA 4CZFA 3WXJA 1WOQA 3DXMB 4JAXA 4BROA 1QZ6A 3VEWA 2YJFA 5AQHA 3VEYA 5AZJB 2P9UB 2CGLA 1BUPA 4B1WB 4H0XB 4BRIA 4MO5A 4I6MB 1YXQA 4B1ZA 3MN7A 5AQWA 3GG4A 2CGJA 3MDQA 3A5OC 2FF6A 2P9LA 5JICA 3QFPA 4FOEA 4WQ5C 4M7XA 5BREA 3EKSA 3RSEB 5ADXH 2PBDA 1YUWA 4Y0WA 5F2RA 2DPNA 1BDGA 3ENOA 1T6CA 1BA1A 5BPNA 3H46O 3O08A 3VOVA 4BC2A 1RFQA 1ATSA 3A5NC 4H0TB 4IZ9A 3G25A 2CH5A 1V4SA 5AQNA 3ENHA 1U6ZA 4FSVA 3M6GA 1CZAN 1NGEA 2IVPA 3UKRB 2FLOA 4A61A 4BRHA 1XC3A 5AR0A 5AQFA 4H0PA 1MWMA 3ZETA 3IFRA 3VPZA 2YHYA 1MWKA 4ISGA 5AQJA 3A0IX 2H3GX 3H6EA 4NO7A 2D0OA 4A2BA 2ZF5O 3I33A 3ZX0A 3FGUA 1KAZA 4H0YB 5ELZA 4CD3A 5AQKA 4BC3A 2HF4A 3O8MA 3OHRA 3F9MA 2PAVA 2VCPA 3IUCA 2P9NB 4B1VA 3HSCA 5AQVA 1GLAG 1HPMA 3DXKA 4FPAA 1GLCG 1K8KB 2Q31A 2ASOA 3VEZA 3WEEA 4FWQA 4BRPA 1TYQA 1WUAA 3UB5A 3IMXA 3ZX3A 4DHYA 1HKCA 1KAXA 4CBUA 5FPDA 5AQXA 1X3MA 3U9DA 3VGKA 3FE1A 5F0XA 3I8BA 3VENA 3L0QA 4CI6A 4CBXA 4CZMA 3BF3A 2YHWA 5AQQA 1MDUB 3S41A 1ZBSA 1TYQB 3LL3A 1NGHA 3A5LC 3EZWA 3VF2A 4CD1A 2J4RA 4GNIA 1R59O 3O1BA 1DGKN 3VEXA 4K41A 2BUPA 1Z6RA 2FSJA 5AQIA 2E1ZA 5BPMA 1J6ZA 3CJBA 1Q18A 4A2AA 4RCHA 4I6MA 2EWSA 5AQTA 5KPTA 3CQYA 2A42A 3WXIA 2W40A 4JNEA 1NGFA 3VERA 3HTVA 3KZBA 3BEXA 3AY9A 5E26A 1SZ2A 4K43A 4H5WA 4PL8A 5AZIA 3RSEA 4DQ8A 3BP8A 2KHOA 1GLLO 3QB0A 3W0LA 1HLUA 4BR9A 4LC9B 4BQZA 4BR5A 4BREA 4RWTA 3R8EA 1GLJO 3CQXA 2D1KA 3IDHA 3FZKA 1XQSC 4IXCA 4QS8A 1DKGD 5BPLA 1KAYA 2HOEA 3H45C 3SK3A 3U9ZA 1NGCA 4FWSA 3HI0A 4XH4A 5AZIB 3UKRA 2D4WA 2QWPA 5LY3A 1E4GT 3R9PA 4PKGA 3QDKA 4JD2A 4FPBA 3H3OB 3QBXA 3D2EA 5AQRA 2HMPA 1ZXOA 4BRDA 2HF3A 3LM9A 1RGIA 3SMPA 3C7NA 4BGBA 1NGDA 1C0FA 4BRFA 5BRFA 1G99A 4F9OA 4BR2A 5FPNA 2P9NA 4WQ4C 3TU5A 4BR4A 1EQYA 3LDOA 2FSKA 4PL7A 3C0BA 3VEVA 1IG8A 1HKBA 3GOIA 3SMSA 5CE3A 2QW9A 1K8KA 3A8YA 3FZLA 2IVNA 3JXUA 4FL9A 4BQLA 3AAPA 4JD2B 4K42A 4QS7A 3D2EB 3J8AA 4EIAA 4EHTA 5AQZA 4DB3A 3GDQA 3C7NB 4O5FA 2E1YA 4JHDA 4PKIA 1JCEA 2I7NA 3AAQA 4DCHA 3FZMA 2Q36A 2CGKA 2P9IB 3UKUA 3DAWA 2E2QA 1HKGA 4BRGA 1E4FT 1NBWA 3SLCA 3CI5A 4CZJA 4B1YB 5EXWA 4CZEA 2QWMA 2E88A 4FWPA 4BG8A 3WT0A 3QBWA 2NLXA 4BVPA 5B8HA 4FWRA 5KPZA 2ASPA 1NMDA 4JHDB 3EO3A 2A6AA 1SAZA 2NZTA 3GL1A 3U8XA 2P9PB 4CZGA 1D4XA 4BRMA 5EOYA 1BO5O 1KXPA 4CZIA 1GLFO 3UKUB 2W41A 1LOTB 4NB4A 4GY2B 3B8AX 3SJHA 1NGGA 4EHUA 5AQYA 3UE5A 5BN8A 1BWFO 3CJ1A 4IWVA 2FXUA 2QWRA 3GE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZLA 4FJ9A 3KKSA 1JCFA 3DLHA 2PZSA 5FPEA 3CJ9A 3I0SA 1NJZA 3WNEA 3WNGA 3SPZA 3O4NA 3ZT4A 4A62A 3D2FA 4JI4K 1SKWA 2B5JA 4KBOA 1VQ9N 1GLBG 3EL2A 4JN4A 4AM7A 1KLMA 3CERA 1RILA 4NCGA 4BC5A 3H3NO 3HO1A 1GOBA 4HCBA 3VA3A 3LP0A 4FJ8A 1VQ4N 4BRKA 3LP3A 3CM5A 3HJFA 3EEQA 3OYJA 4H5NA 2P9SB 5M1QA 3NGIA 5GAEP 3ZSYA 4CGHA 1Z25A 4L3QA 2X6SA 5JVGL 2GV9A 1TK8A 1RT5A 3SBTA 1N5YA 3O6WA 4J2EA 4BGAA 4B9UA 2A1SA 4FWKA 4DLEA 1LCUA 4CJRA 3VEOA 3HBTA 3S3NA 1XHZA 4EP4A 4M63C 5J1EA 4QS9A 2E4LA 4KHNA 2E8AA 3MMVA 3FLCO 5JLFA 3T1YK 3H1QA 4GV3A 1S6QA 4AHCA 4CJFA 4DSJA 1IH7A 4AM6A 2DFHA 4B3TK 5AQSA 4BC4A 2F9TA 2ZD1A 3BZKA 5KQDA 3KHYA 4BG9A 4E1JA 5KGWA 3LDQA 3THXA 2PFUA 3MXMA 3HK2A 3MEDA 2OANA 3ZT2A 4F3TA 1XI1A 4DS5A 3KIOA 4DSEA 4E3SA 1VSDA 1SL0A 1VSIA 5JVHL 5LL6Z 5EX5A 3ZT1A 2YNFA 1K8AO 3AVNA 1T44A 3CJCA 1QTMA 5AQPA 4YDUA 1BU6O 3CCRN 3MN9A 4HHTA 4CHNA 2EX3A 4OVLA 1EWQA 3P31A 2XRIA 3W3DA 1QHTA 5BR8K 4MLHA 1TV6A 3AV9A 1H1VA 4OO1J 4XH5A 1J5EK 4I9QA 4CK2A 1U45A 3HM9A 4N5SA 4BDYA 3L6QA 3HM8A 2YNIA 1HX1A 2NRVA 2UXBK 3DLEA 3E9PA 5CY4A 1QSSA 3WXKA 1JLFA 4KH4A 4J2AA 3MEGA 3DWLA 1RBVA 4WQ5A 4H4OA 2BGGA 1KC8O 3SCXA 2CH6A 4K25A 3V9XA 3VF6A 4FM1A 1L5UA 1NJXA 4O8KA 1N34K 4DR4K 2QM1A 4B9MA 1NK8A 4Z4IA 5I9EB 4B9QA 1BOTO 4W5TA 4FWMA 1FW6A 1EO1A 1RDCA 4WQ4A 3LDSA 3DLBA 3CCSN 4Y1DA 1YTUA 3DXMA 5AQUA 2Q97A 1QHAA 1N6QA 1X3NA 4M42A 4BDZA 4DTNA 1KQSM 5EY4A 2P9UA 4O0JA 3ZX2A 4HUGA 3OYAA 5AQOA 1KLNA 4J8FA 4JI8K 3IRXA 3AO3A 1NJWA 1N33K 4RW6A 3PIOL 3WXJA 1SS6A 4JKGA 3C6HA 3P5JA 5AQHA 1NK6A 5AZJB 1YHQN 2CGLA 1QSYA 3OYGA 4IDHA 1ZYQA 1YXQA 4NYNA 1SKRA 5AQWA 5CHIA 4DV7K 3CCLN 3MCAB 5GADP 4DTMA 5TKWA 4IDKA 3CC2N 4JI3K 4I7FA 1HRHA 4KI6A 3EKSA 3IS9A 3RSEB 1QSLA 1NKCA 1S6PA 4CEDA 4C8OA 2DPNA 2VGNA 3PSIA 5BPNA 3SQ0A 3O08A 4EP5A 3NF9A 3PUFA 4BC2A 1EKEA 1ATSA 4OX9K 3NGZA 1KCFA 3O9SA 1DTQA 1VQNN 3THVA 3AA4A 4FSVA 2FBYA 4BACA 3M6GA 4G1QA 1NGEA 3UKRB 1VQ5N 4BRHA 3M8RA 1XC3A 4AHRA 5AR0A 1HMVA 5C10A 2QEXN 1MWMA 3IFRA 2YHYA 1HJRA 4A2BA 3L8BA 2ZF5O 2PYLA 3OYEA 3G6EN 4CVNE 2WONA 4H0YB 2W6LA 1JL1A 5ELZA 5AQKA 1ITGA 3QINA 1I94K 1OH6A 3QO9A 1FKOA 4PQUA 1FK9A 1RCHA 4B1VA 4B3MK 4B8CA 1HPMA 1GLCG 3FFIA 2Q31A 4E0DA 3T3FA 3VEZA 3WEEA 2O4IA 2QKBA 2O8DA 1BQNA 3OVNA 4RG8A 5GINA 3IMXA 3ZX3A 3VQ7A 1VQLN 1G15A 1XHXA 5AQXA 1X3MA 2HVHA 4KB1A 3QIOA 4KTWA 4CE9A 3MWPA 5F0XA 4ILHA 2YV0X 4NXMK 3MWTA 1MU2A 4AHTA 1U47A 1NK7A 4C8KA 3MXJA 1JL2A 1OH8A 3AVLA 3TAMA 3VF2A 4CD1A 4AH9A 4GNIA 3O1BA 1SKSA 3VEXA 1ZBLA 4WF9L 4DTOA 5BPMA 3G10A 4DTPA 3O9QA 2O8EA 3CJBA 2D0CA 3CCEN 3P83D 2X74A 3SAFA 4M3WA 4GW6A 4H4MA 2EWSA 1TKZA 3CQYA 3WXIA 4IOAL 3VERA 2HVIA 1S9EA 3AY9A 3VTHA 3NFAA 4K43A 4J2BA 4KHYA 3AVGA 4CGIA 4FJKA 2FBXA 3T69A 4BR9A 4FK2A 4O55A 3CM6A 2OPPA 4JKEA 4LC9B 2B6AA 4BR5A 4DV2K 1S1WA 2WTUA 4A57A 3LWMA 4LD0A 4JYAK 2D1KA 3VQPA 3PO4A 3PX4A 3LZIA 1XQSC 4QS8A 2HOEA 3H45C 3U9ZA 2OTJN 3VQ8A 3ZSRA 1WBBA 1YF5L 1Y97A 5C2FA 4M3RA 3AA3A 4O44A 1D5AA 4YOYA 3TSUA 4B3OA 3QDKA 3QESA 3D2EA 1NOYA 2X78A 1ZXOA 1CZBA 1RGIA 3SMPA 4BGBA 1NGDA 4B9TA 4BRFA 1DTTA 4F9OA 1NU0A 5M1PA 1OVYA 3TAGA 2O8CA 4N56A 3C0BA 4FJJA 1IG8A 4UY8O 3SMSA 4CJUA 4C8LA 3L2RA 2HHHK 3RR8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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