5BRFA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor hpop-glcn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
364
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Glucokinase 1, putative
total genus 122
structure length 364
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brfA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brfA02
1J6ZA 4H0VB 1TUYA 4DQ8A 3FZKA 5AQGA 1P8ZA 4H5VA 3BEXA 1V4TA 2D0OA 4MLEA 4XH4A 3A5LC 3W3DA 5AQLA 4WQ5A 2FSKA 4MLHA 4H5RA 2P9NB 1QHAA 5AFUH 4BG9A 2QWRA 2W40A 3L6QA 3A8YA 5AFUA 2QXLA 5KPRA 5AQUA 2WUSA 3H3OB 3SJHA 4FOEA 1KXPA 5AZJA 2A42A 1QQNA 2E88A 1ESVA 4YDUA 5AQHA 3CHWA 1HLUA 3UKUA 3ZETB 4BROA 3EN9A 5BN8A 3BUZB 3TU5A 5AQJA 5CE3A 3ULEA 3QICA 4FL9A 2VWBA 3O80A 1HKCA 4ISEA 4CD1A 4K25A 3D2EA 4CZMA 3O4WA 5KQDA 2QWMA 4KBOA 5AQKA 2ITMA 4XEIA 3A5MC 4M7XA 4MO4A 3QDKA 1NBWA 5JLHA 4H0PA 4BRPA 2I7PA 3WXLA 4RCHA 1MWMA 4HWIA 4IXCA 1H1VA 1HJOA 2CH5A 2ZGZA 3OHRA 3ZX2A 2QWPA 1GLCG 3DAWA 1WOQA 2AP1A 1LCUA 3WXKA 4QS8A 1BUPA 4AM7A 1HKBA 1BO5O 3MCPA 4BR7A 4BRHA 4Y0WA 3KZBA 3QBWA 2GUPA 3W0LA 3P4IA 3IDHA 1GLJO 4B1WB 4I6MA 4EFHA 3O5BA 5AQXA 3L4IA 4PKGA 1GLEG 2BUPA 4JHDB 4NB4A 4FPBA 5FPNA 3CJCA 3QFPA 1Y64A 5EY4A 3H1VX 4H5NA 3CERA 4CBUA 5AZIA 1GLDG 3D2FB 4B1VA 2DPNA 4ISFA 5BRHA 2Q97A 1R59O 5AZJB 5LJWA 4BRFA 2P9UB 4QS7A 1K8KB 4L3QA 3QFUA 4BR2A 4BRDA 3GL1A 3DXMB 1GLAG 1QQOA 2A40A 2P9PB 5FPEA 3FZLA 3R9PA 2V52B 3MDQA 2PBDA 2D0PA 3HSCA 5JLFA 4FPAA 4BGBA 1TYQA 4WQ4C 3RSEA 4K43A 3A0IX 3U9DA 3VEYA 1Z6RA 2HF4A 1DKGD 2A5XA 3CQYA 3ATUA 4JD2B 4E1JA 3MMVA 4EHTA 1NGJA 4PL7A 4O5FA 1JCFA 3SMSA 3AY9A 5ELZA 3D7EO 3LL3A 4J8FA 1NGCA 4BR4A 5F1XA 3WEEA 1E4FT 2YI1A 3EZWA 1QZ5A 2P9IA 4B1UB 2I7NA 2OANA 3CJAA 4BRCA 1RDWX 4WQ4A 3VESA 2FLOA 3HTVA 4BRNA 3A5NC 4BVOA 1HUXA 3UKRA 5AR0A 3EO3A 5AQFA 3FZMA 3VGKA 4PKIA 4EAHD 4FWLA 4QS9A 5F2RA 5AQQA 2Q0RA 3EKSA 3VERA 2PAVA 3LDPA 1ATRA 1OKJA 1HX1A 1IG8A 3M6GA 2QM1A 3R8EA 3S41A 3IFRA 1C0FA 4JN4A 2Q31A 1JCEA 5AQVA 2ASPA 3VGLA 2FF6A 4Z94A 4FO0A 1CZAN 1U2VB 1YUWA 2W41A 4BQZA 2GWKA 2CGKA 3GE1A 4CZLA 1GLFO 4M63C 3O08A 2QW9A 2QWOA 4CZHA 5BR9A 2E2NA 3CJ7A 1Q18A 2ASMA 3BF3A 3G25A 2VYPA 3M1FA 3DJCA 3CJ1A 4FWQA 4O8KA 3CETA 5AQSA 1RFQA 4JAXA 3ZEUB 4IJNA 2IIRA 4LC9B 4BR0A 3B8AX 1RGIA 3O1WA 3FZFA 2Q1NA 3HI0A 1QQMA 2P9KA 2P9SA 4H0TB 1ATSA 3LM9A 1XC3A 1EQYA 1NWKA 3FR0A 1D4XA 4H0OA 4BRMA 4HTLA 1X9JA 3VOVA 3ATVA 3FGUA 2Q2RA 4B1XB 2YJFA 2GTDA 4RWTA 3H45C 1KAYA 4RTFD 3UB5A 4B1YB 5BRDA 1BU6O 2P9LA 1X3MA 2EWSA 3IMXA 2F9WA 2P9UA 4K42A 3M3ZA 4CBXA 4BR5A 4DCHA 4EHUA 3LDOA 3H3NO 3H6EA 5AQWA 1S22A 2YHXA 1NGFA 1QZ6A 3HM8A 3U9ZA 3ULEB 2ASOA 2CGLA 5B8HA 3D2EB 1NGGA 4CD3A 5LY3A 2ZF5O 4JHDA 2QWQA 5E84A 4BRIA 1JCGA 3EL2A 3I33A 4A2BA 1BG3A 2IVNA 4FOIA 4WQ5C 3VPZA 4BC5A 1T6CA 1ZC6A 3LM2A 2AA4A 1ATNA 1KAXA 2V7ZA 3MN9A 4IO8A 3FLCO 5AQIA 2UYTA 3D2FA 5BREA 4BG8A 3CJBA 5EXWA 5EVZA 4BVPA 3VGMA 1KAZA 3ZX3A 5AQTA 2P9NA 2NRHA 4FWSA 4I6MB 1GLLO 4IZ9A 3BP8A 1X3NA 1MA9B 1XUPO 3CJ9A 5ADXH 5AQYA 4BREA 3J8AA 1BA0A 1E4GT 5BPNA 2J4RA 5I9EB 5LJVA 5EOYA 3GBTA 3SLCA 3O1BA 2HF3A 2HMPA 5KPZA 4AM6A 3O8MA 4BC4A 3C7NB 2ZWHA 5AQPA 3LDLA 1TUUA 2GWJA 2E20A 2YCHA 3VENA 5JMVA 3IUCA 2P9IB 1NGHA 3JS6A 4DHYA 5KQ8A 2KHOA 4FWKA 4CJ7A 5EX5A 5F0XA 4YDUC 1YVNA 4H0YB 4H5WA 1YAGA 4CZJA 4FWOA 3DXMA 3UE5A 4FWNA 5AQNA 5AQZA 3U8XA 1NGAA 3AAQA 1BWFO 1U6ZA 5AZIB 1U2VA 3F9MA 1XQSC 1Z05A 1SQKA 4BGAA 2E1ZA 2YJEA 1TYQB 4C23A 4BRAA 5KPTA 1WUAA 4A61A 1BA1A 4A2AA 2E2OA 2A6AA 2GEMA 3GOIA 4EIAA 3L0QA 1NGIA 3ZX0A 3ID8A 3I8BA 5AQOA 4IWVA 1HPMA 4FWMA 1SAZA 1ZBSA 3AAPA 3AARA 2V7YA 3H46O 3WQUA 1SZ2A 2CGJA 2E1YA 5BPLA 4JNEA 4MO5A 4NO7A 4M7YA 3WQTA 4CI6A 2Q36A 4PKHA 4FWPA 3CI5A 3QBXA 4BRGA 1V4SA 3WUHA 4PL8A 4BRLA 2NZTA 4XH1A 2ZGYA 3U4LA 3WT0A 3GDQA 4BQLA 3BF1A 4CZEA 3VEWA 2P9PA 3C0BA 5AQRA 4XH5A 3KHYA 3FZHA 1NGBA 4BR9A 1MDUB 3DXKA 5FPMA 3KVGA 5JICA 1DEJA 3H1QA 4IJAA 4FWRA 3VEXA 2QWLA 4GNIA 2E8AA 3HBTA 4DB3A 4H03B 4F9OA 3R6MA 3VETA 2A41A 3VF4A 2V51B 2P9LB 3CQXA 3EKUA 3VEVA 5BN9A 3WEEB 1BOTO 2E2QA 1G99A 5BPMA 2QWNA 3VF6A 4K41A 3WXJA 4WYBA 2F9TA 1LOTB 1NMDA 1K8KA 1MWKA 5E26A 2NLXA 4CBWA 3UKRB 1IJJA 4BRKA 3MN5A 4B1ZA 4JD2A 1DGKN 4H0XB 3TPQA 5ADXA 4FSVA 3A5OC 2HOEA 1NLVA 3MN7A 1NGEA 4CZFA 1NGDA 5AQMA 2BTFA 3ENOA 3FFKB 3JXUA 3O6WA 4BRQA 3UKUB 3RSEB 2H3GX 4ISGA 3ZETA 2Q0UA 3QB0A 3SK3A 1T6DA 4CZIA 3DWLA 3GG4A 1C0GA 3ZEUA 2P9KB 2P9SB 1YXQA 2D1KA 2FF3B 2FSNA 1HKGA 5TKYA 2VCPA 3MN6A 2D4WA 4B9QA 3LDNA 4CZKA 2A3ZA 3VEZA 2CH6A 2IVOA 4GY2B 3SMPA 4A62A 3CIPA 1BDGA 3HZ6A 3WXIA 3VF2A 1T44A 3C7NA 4H5TA 4BC2A 3VEOA 3FE1A 3LDQA 5FPDA 2FXUA 3MK6A 5BRFA 2YHWA 4BC3A 3DXKB 1NM1A 4CZGA 3ENHA 2E2PA 1S3XA 2GELA 1GLBG 2FSJA 2IVPA 3QMLA 1ZXOA 2YHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C1BA 3O3FA 5AQGA 4JKGA 3O3GA 3DYAA 3W3DA 4CGGA 1SL1A 3AO4A 4MLHA 4H5RA 2PYJA 4ILHA 3C94A 4J2BA 1QE1A 4BG9A 2W40A 3CQ8A 1YT3A 3VA0A 2HHVA 1WSFA 3I8DA 5AZJA 2A42A 3NAEA 3O9QA 4FLUA 2A1RA 1KLNA 4Z4HA 5AQHA 3KJVA 3RRGA 4BROA 1N34K 1Z25A 3QICA 2NRZA 3O80A 5JVHL 1QS4A 4LSLA 2UXBK 1YITN 3TABA 4KBOA 2ITMA 4XEIA 4M7XA 1ASVA 4FJNA 2O8BA 1C1AA 2UU9K 4JI6K 3SV4A 3OYGA 3Q7BA 1UAXA 2B5JA 1GLCG 3TAPA 4ILJA 4OKEA 4M3YA 3LWMA 4QS8A 1D9FA 1BUPA 4KO0A 3G0ZA 3DM2A 4BRHA 1G15A 2G8IA 4B1WB 2NRTA 4EFHA 4DV2K 3O5BA 5AQXA 4R79A 5C24A 5GADP 5FPNA 3QFPA 3MX5A 3RWUA 3CC4N 3CERA 4DSIA 5HRPA 4PY5A 3AA5X 2ZE2A 5AZIA 3RVCA 3NMUA 4CGDA 3THXB 4KFBA 4B3RK 5AZJB 3ZSYA 2VQEK 4ICLA 1B92A 1S1TA 1CXUA 4BR2A 3CPEA 4O8UA 4OPJA 2A40A 2P9PB 5FPEA 3TARA 1TK8A 5M1NA 3J7ZO 4OGCA 2E6MA 1YIJN 4YOWA 3NH0A 4UY8O 1TYQA 3I56N 4MDAA 3O9TA 4O44A 3KKRA 1UOCA 2A5XA 2ZJQL 2D0BA 1K8AO 1N33K 1JCFA 1L3UA 4F3TA 1S6PA 3PY8A 4J8FA 1TKDA 2YKNA 3SQ1A 1QZ5A 2OANA 4RW4A 4WFAL 4CIFA 3O9UA 4CFAA 3SAGA 3HTVA 3ZSVA 4DQIA 4CHOA 2X78A 1ILYA 4AHRA 4ELVA 1VSFA 1BQNA 4FWLA 2FBTA 5AQQA 2Q0RA 4CGHA 3EKSA 3LDPA 4ZTFA 5IWAK 4N5SA 2PZSA 1HX1A 4BE2A 1D8YA 3VQCA 1C0FA 3DRPA 4CFBA 2IDOA 3VGLA 5C2DA 2QEXN 4N47A 1NJWA 1CZAN 4KHSA 3GE1A 4E7LA 4FLTA 3TSPA 1WSEA 4W5OA 3NFAA 1EKEA 1TL1A 4CJ5A 2ASMA 3HOSA 3JSMA 4JKFA 5AQSA 3QETA 4X66K 1BISA 3THYA 4LC9B 2HSTA 3B8AX 3O1WA 4JRPA 3N4PA 2VWKA 2VWJA 2P9SA 4CJKA 1ATSA 3LM9A 3OYJA 4FM2A 4E7IA 1XC3A 2HMIA 2F8SA 4CK1A 1D4XA 4BRMA 2OPSA 1UA0A 2BH1A 2Q2RA 4B1XB 4DSLA 3TR8A 2YJFA 3I0RA 4OKJA 4DSJA 3H45C 2KLAA 3ZT1A 1KAYA 4RTFD 4B1YB 2NRRA 1X3MA 4JKAA 4DCHA 4EHUA 4NXMK 5DM7L 1LAVA 3H6EA 3THWA 3C6UA 1N5YA 4JHDA 4HVJA 1XMQK 4OKKA 4V19S 5E84A 3EL2A 3ITHA 1ASWA 3MEGA 3ZT2A 3TTFA 1N6QA 2OYQA 4E0DA 4BC5A 3BDPA 5C0YA 1ZC6A 3AO1A 3J7AP 2D0CA 3ZT3A 3AV9A 3KWGA 4IO8A 1JJ2M 4Z4EA 4IO9L 2UYTA 5M1FA 5BREA 3UIQA 3KK3A 3AVNA 3QO9A 5AQTA 2P9NA 4I6MB 2WC9A 3D45A 3BP8A 1X3NA 1MA9B 1XUPO 5ADXH 4KHQA 5DMRA 3J8AA 2QXFA 1VQ7N 3T69A 2O8EB 4M3WA 5BPNA 2KW4A 5I9EB 2NNWA 4KPYA 4DTMA 5EOYA 2W6LA 4AHCA 3THXA 4AM6A 3CCLN 3O8MA 4BC4A 3HL8A 5AQPA 3LDLA 1VSEA 2GWJA 3ZT0A 4DFMA 1NJXA 3F9KA 4FWKA 4GVEA 2WBNA 4CJ7A 5EX5A 4DQRA 3SAFA 2ZM6K 3QERA 1T7PA 4FJHA 3DXMA 1GOCA 4FWNA 3U8XA 3AAQA 3QEXA 1BWFO 5AZIB 1U2VA 4AQYK 4WCEL 4X65K 5DK5A 2YJEA 5BR8K 4AILC 1BA1A 5TKWA 4FJ7A 4FJLA 3L0QA 4CHNA 4FM1A 4DS5A 1Q81O 1IG9A 1NKBA 1ZBSA 3AVBA 1HYSA 2E5LK 4FZXC 1SZ2A 1KQSM 3AVHA 4C1NI 2NRWA 4Q5VA 4JI0K 2E1YA 2E4LA 4IDHA 5BPLA 4MO5A 3OYKA 4KI6A 4CI6A 4CF2A 4F2RA 1V4SA 1L5UA 4BRLA 3KLGA 4CJQA 3HVTA 4XH1A 3WT0A 3GDQA 1HYZA 4BQLA 4DV4K 3BF1A 3TAGA 4CZEA 3OJUA 2F7TA 3TANA 5KRSA 2OZSA 1U4BA 3O9RA 1TK5A 3OY9A 1MDUB 4DSKA 1NKCA 4UQGA 3KVGA 5JICA 1VAZA 4DSEA 1QSLA 1L3VA 1RDBA 4FWRA 3SQ2A 3SCXA 3LP2A 4BE0A 1ZBLA 3AVIA 2A41A 2O4GA 2YHBA 3AA2A 1FKPA 4CJUA 3CQXA 4E7HA 3CCQN 3L2UA 3EKUA 5BN9A 3WEEB 4DTOA 5BPMA 1NOZA 1YTUA 4IDKA 1IKXA 3RMAA 4AH9A 3ALYA 3KLHA 2EX3A 1K8KA 2RKIA 2OA8A 5E41A 1UA1A 3UKRB 1IJJA 2GBZA 4CJRA 3V81A 4JD2A 4H0XB 3PX0A 3A5OC 3KIOA 4FJ9A 4CJPA 2HOEA 1NGEA 2DTUA 1JL1A 3FFKB 3JXUA 4YOUA 4BRQA 2F4VK 1O1WA 1NK7A 4KI4A 1NKEA 2H3GX 3ZETA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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