5BRFA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor hpop-glcn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
364
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase 1, putative
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
total genus 122
structure length 364
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brfA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brfA02
3L4IA 1BU6O 1SQKA 4RWTA 1MDUB 2FLOA 2EWSA 4Y0WA 3IDHA 1GLBG 1TYQB 2P9UB 3FZHA 4O5FA 3SJHA 5BREA 4JN4A 2QWPA 5BN8A 5EY4A 4FSVA 3O8MA 4BR7A 1HKGA 2D0OA 2FSJA 2FF6A 3EL2A 4WYBA 3BP8A 3W3DA 3C7NB 3FLCO 3H1QA 4ISFA 2ZGYA 4JHDA 3C0BA 2GWJA 3WXJA 4FWLA 3HI0A 3A5NC 5ADXA 3O4WA 4YDUC 5KQDA 5BR9A 4BR5A 5FPEA 2QWQA 3ENHA 3FZLA 4M63C 5LJVA 3H3NO 4WQ5C 5AQSA 1NGJA 3MMVA 5EOYA 2ZGZA 1EQYA 2Q97A 1Y64A 2E2OA 3A5MC 1KAZA 2YJFA 3GL1A 4A2AA 3H46O 4FWSA 5CE3A 4BRQA 4H03B 3S41A 3CJ7A 3QMLA 4CBWA 2ZWHA 4H0VB 3IMXA 1DGKN 2A41A 3BUZB 4FO0A 1NGIA 1XQSC 5AQJA 3BF1A 1T44A 1HKBA 1T6DA 3ENOA 4H5TA 2ITMA 4XH5A 3M3ZA 2FSNA 2V52B 4B1VA 4FWMA 1Z6RA 4H5VA 1U6ZA 4IJNA 3U9ZA 3ID8A 4E1JA 4BRPA 1NMDA 3AAPA 2H3GX 3LM2A 3ZX2A 5AFUH 4I6MB 4BRDA 2GELA 5EVZA 3ZEUA 4XH1A 4IXCA 4EHUA 4A2BA 4JHDB 1HUXA 3CQYA 2HOEA 3O80A 4FWRA 1HKCA 3HTVA 4F9OA 2P9IA 2V7ZA 4PKIA 3VOVA 5BN9A 2IVOA 4M7XA 4EHTA 4KBOA 3LDLA 1C0GA 3ULEB 2P9PB 2A3ZA 1RDWX 2A42A 3MN5A 4BRLA 3VGKA 4FOIA 2I7PA 3IFRA 3MDQA 1X9JA 4FWOA 3SK3A 1V4SA 4Z94A 4BRMA 1YUWA 1XUPO 5AQRA 4MO4A 4PKGA 2QM1A 4NB4A 4MO5A 5EXWA 2IIRA 4BGAA 5BRDA 1C0FA 3D7EO 4CZHA 3AAQA 4H0XB 4BG8A 1ATNA 3TPQA 4H0OA 4EFHA 4CZMA 5AZIA 1GLJO 1YAGA 3QBXA 5KPZA 2W40A 2D0PA 1BOTO 1NGGA 2P9LA 2QW9A 3RSEA 4BRCA 3D2EA 3I8BA 3VEOA 2GUPA 1OKJA 2P9SA 2W41A 2QWNA 3DXKB 3H6EA 2YHWA 5F1XA 4WQ4A 3CJAA 4FL9A 4BC4A 3BF3A 1JCFA 4QS7A 5JLFA 4K41A 1QQMA 2GTDA 1ZBSA 4BRIA 1RFQA 1NGCA 1HPMA 2YHXA 3EO3A 1MWKA 5F2RA 1HX1A 4JAXA 2FSKA 3QDKA 4FWQA 3MN9A 4C23A 2Q0UA 3EKSA 4A62A 4B1UB 2FF3B 2YJEA 2D4WA 1DKGD 1V4TA 4CBXA 4JD2A 5AQVA 4PL8A 1D4XA 3GDQA 1P8ZA 3O1WA 1NGFA 5BRFA 4CD1A 1Q18A 3DAWA 3GOIA 1LOTB 2Q31A 2QWRA 3LDQA 2DPNA 2V7YA 4ISEA 5AQOA 3R9PA 3VF4A 3WT0A 2YHYA 2E88A 3A5OC 3HBTA 2BUPA 3M6GA 4J8FA 5BPMA 2I7NA 3A0IX 4O8KA 1WOQA 5AQFA 3CIPA 4FWNA 3WQUA 2CH5A 1BUPA 2E1YA 4CJ7A 1BDGA 3L0QA 5AQYA 2WUSA 1WUAA 4GY2B 3VENA 1ZXOA 1K8KA 5E26A 2P9SB 2J4RA 3SMSA 1NGHA 5AQPA 3GE1A 3I33A 4GNIA 2GWKA 3U8XA 3FFKB 3H3OB 1Z05A 2GEMA 2IVPA 2VYPA 4FPAA 3MN6A 1HLUA 3CJBA 3VF2A 4H5NA 2F9WA 2QWLA 3CI5A 2A6AA 4EIAA 5BPLA 3GBTA 3HZ6A 2NZTA 4RTFD 3WUHA 3CJCA 3DWLA 4K25A 1S3XA 4DCHA 3JXUA 3MCPA 4LC9B 3VPZA 1JCEA 3DXMA 5AQUA 2IVNA 2QWOA 3BEXA 4CZJA 4CZIA 3G25A 3LDPA 4JD2B 4BGBA 3CERA 1GLLO 2BTFA 2F9TA 5FPDA 1R59O 4HTLA 2P9KA 4M7YA 5KPRA 3WXKA 5AR0A 1ESVA 3WEEA 2Q2RA 3D2FA 4EAHD 1TUYA 5KPTA 2A5XA 3O6WA 2E2QA 2QXLA 1U2VA 3QB0A 4BRKA 2ASMA 3U9DA 2E1ZA 4H5WA 4YDUA 2CGJA 2ZF5O 5ADXH 5FPMA 3HM8A 3C7NA 5B8HA 1T6CA 3VEVA 1G99A 3FE1A 4WQ5A 4CBUA 5LY3A 4B1ZA 3GG4A 4BROA 3FZFA 4CI6A 1LCUA 4K43A 3L6QA 1X3NA 5AQIA 1K8KB 3EN9A 4BC3A 4CZEA 1BA1A 5ELZA 3VGMA 4BQZA 1GLAG 1X3MA 4H5RA 3TU5A 3A8YA 4DQ8A 1E4GT 3CHWA 3H45C 1CZAN 2Q36A 3M1FA 4RCHA 4L3QA 1ATRA 2E8AA 5AQHA 3ZEUB 1YXQA 1NBWA 3FGUA 4XH4A 2P9IB 3DXMB 4BR9A 3UE5A 5AFUA 3QFUA 4B1WB 3J8AA 1KAXA 4BC5A 3CJ1A 2OANA 4ISGA 4H0PA 1JCGA 4BRNA 2P9KB 4BVPA 2QWMA 1QHAA 2CGKA 3D2FB 3SMPA 4BQLA 3WXIA 2HF4A 3CQXA 1BA0A 1S22A 1IJJA 1U2VB 2E20A 3W0LA 3FZMA 2KHOA 3JS6A 4BRAA 4IO8A 5JICA 2VCPA 4I6MA 3KHYA 4FPBA 3WXLA 4BR2A 3ZETA 3ATUA 3DJCA 3KVGA 3CJ9A 1NGBA 4PL7A 3FZKA 5I9EB 5AQZA 1GLFO 5AZIB 5BRHA 5JMVA 2ASPA 5LJWA 3LL3A 4IZ9A 5JLHA 2P9LB 5AQQA 2P9PA 3ULEA 1NGDA 1TUUA 2YI1A 3RSEB 2E2PA 3VEXA 3D2EB 4CZKA 3UKUA 3HSCA 4B9QA 1GLEG 3MN7A 3AARA 3VEYA 1BWFO 2A40A 4XEIA 1H1VA 1GLDG 4BC2A 1SAZA 2ASOA 1YVNA 4H0YB 3O1BA 4CZGA 1E4FT 2PAVA 3SLCA 4FOEA 4AM6A 3CETA 1RGIA 4WQ4C 4FWPA 2P9NA 3F9MA 1QZ6A 3O08A 2YCHA 4H0TB 4MLEA 3LDNA 2PBDA 3UKRB 4A61A 5TKYA 2NRHA 4BVOA 1QQOA 4K42A 5F0XA 1BG3A 3QICA 4NO7A 1BO5O 1DEJA 3WQTA 4BG9A 2VWBA 3B8AX 2UYTA 2CGLA 3DXKA 3QBWA 4MLHA 5AQNA 3MK6A 4BR4A 4BRGA 5BPNA 3R6MA 5EX5A 3UKRA 4HWIA 5AZJA 3P4IA 3VGLA 4CZLA 1J6ZA 3H1VX 3ATVA 3ZETB 4PKHA 3UB5A 1TYQA 1MWMA 2P9UA 3OHRA 2HMPA 4CD3A 1IG8A 5KQ8A 4IWVA 5AQKA 1XC3A 1GLCG 1ZC6A 3VF6A 4B1YB 3U4LA 3ZX3A 5E84A 5AQMA 2CH6A 3VETA 4AM7A 4JNEA 1SZ2A 2D1KA 2AA4A 2Q1NA 3UKUB 2NLXA 1NGAA 3A5LC 4QS9A 4FWKA 3VEZA 4IJAA 2HF3A 3R8EA 4QS8A 5AQGA 1MA9B 3QFPA 4BREA 3LDOA 3VESA 3O5BA 4B1XB 4DB3A 4BR0A 3IUCA 3ZX0A 1KXPA 4BRHA 2P9NB 1ATSA 1QQNA 3FR0A 1NLVA 3AY9A 3EZWA 3VERA 1KAYA 4CZFA 5AQTA 1NGEA 3VEWA 2Q0RA 3EKUA 1HJOA 2AP1A 3KZBA 5AQWA 3LM9A 5AQXA 4DHYA 1NWKA 1QZ5A 3WEEB 4BRFA 2FXUA 5AQLA 1NM1A 5AZJB 5FPNA 2V51B 2E2NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L4IA 2HBLA 5GIPA 3ITHA 4Y0WA 3OS0A 2KQ2A 1Z25A 2QWPA 4JN4A 3HM9A 4FSVA 3O8MA 3CQ8A 2FSJA 3RMBA 1Q81O 1N34K 4DUZK 3BP8A 3C7NB 3CYMA 2ZGYA 3WXJA 4F2RA 3HI0A 3J81O 4W5QA 5KQDA 1KTQA 5BR9A 3ENHA 5LJVA 3PUFA 2Z1GA 2XO7A 1EX4A 3O3FA 5JS2A 2JWLA 3V1RA 3NF9A 2YHAA 1WBBA 1S1WA 3AO2A 3GL1A 1IO2A 3CCVN 3H46O 2OZMA 3QMLA 3WNEA 3TARA 1BIUA 1IKWA 5AQJA 4CERA 3M3ZA 2FSNA 4DS4A 4CIEA 2HHHK 4FZYA 3SQ1A 3NF6A 1Z6RA 4H5VA 3M8QA 4JV5K 4CK1A 4E1JA 4G9ZA 3OBWA 1CZBA 1U4BA 3NHGA 2H3GX 3AVMA 3LM2A 3U6FA 3ZX2A 1NOZA 4BRDA 3ZT1A 4M41A 4JHDB 3O80A 4DTMA 3HTVA 4B9LA 4ELVA 2F8SA 2D5RA 3V9WA 2V7ZA 3K5LA 3V81A 3SPZA 3TANA 2O8CB 1TKDA 1C6VA 1YTAA 3VOVA 5BN9A 4JI2K 1RT3A 4B08A 3NBPA 4R79A 1RDWX 2A42A 1WSFA 3IS9A 3MN5A 4BRLA 1RDUA 4JRQA 2I7PA 1SKSA 3MDQA 3SK3A 2P1JA 5GINA 5AQRA 1RTHA 1U45A 4U7BA 3VTHA 3RRGA 4NB4A 4MO5A 4BGAA 4J2BA 4H0XB 4BG8A 4LSLA 4O8UA 3T19A 5AZIA 5KPZA 1NK6A 4GVMA 2D0AA 3AVGA 4FM1A 4CK2A 4HUGA 3ISNC 2P9LA 3RSEA 5HLFA 3D2EA 3VEOA 4PY5A 3H6EA 2YHWA 3U3YA 4KHPK 3RR7A 1J5OA 4F4KA 1S1XA 2HW3A 2HB5A 2HNZA 3CJAA 4FL9A 3BF3A 1JCFA 1UA1A 3CFOA 4PQUA 1HPMA 2YHXA 4I2QA 3T1HK 3MN9A 4KH6A 2E6LA 3NVMA 2YJEA 2HHQA 1Q8IA 3BGRA 4AHRA 4BWJA 2NNWA 2UU9K 4M45A 4PWDA 1D4XA 4CD1A 3K5MA 3PY8A 4CJ3A 1JJ2M 1IKXA 1RTJA 4FJ5A 2Q31A 2QWRA 3OYCA 5AQOA 3WT0A 4E19A 2YHYA 1KRPA 3A5OC 2YNIA 1UWBA 3S3MA 3A0IX 3CD6N 4IOXA 2KZMA 4O8KA 1WOQA 1NKBA 1BQMA 3CIPA 3WQUA 3LDSA 2ZJPL 1BUPA 1LV5A 4N76A 1BDGA 1CXUA 2BGGA 2G8FA 2P9SB 5C24A 3BZCA 1RT4A 1NGHA 4DR1K 3GE1A 4DV0K 3MXMA 3TAFA 3H3OB 1Z05A 4QAGA 3L4QA 4Z4EA 2KZZA 2IVPA 1W9HA 3LP0A 5KGXA 1TGOA 2F9WA 2RF2A 4JEPA 3CJCA 1S3XA 2HNDA 3MCPA 3EZ5A 1Q9YA 4YY3K 4OPKA 1TK0A 1HNXK 3LP1A 4CJQA 1JCEA 5AQUA 3CPEA 3G25A 1JLQA 3LDPA 1KCFA 4KV8A 4BE0A 5J2MA 2BTFA 1EWQA 3F2KA 1YTUA 3C6TA 5CYMA 3KKSA 2HHUA 4HTLA 3OJSA 3KJVA 1U04A 5KPTA 1VQKN 1VSFA 4B9SA 3CFRA 4BRKA 3VA0A 1IV0A 3U9DA 4KHNA 5FROA 2YKNA 4YDUA 2CGJA 3VTIA 4FLVA 3THWB 4JKGB 5FPMA 4DR7K 4B9UA 3VEVA 3VQ7A 4RW8A 4WQ5A 3PIPL 3FZFA 1XHXA 1X3NA 4FJKA 1K8KB 2B6AA 3EN9A 4BC3A 4CZEA 1S1TA 3VGMA 3CCSN 4DQQA 2IDOA 1GLAG 4LFBK 2G8HA 1X3MA 4IG0A 4DQ8A 3RRHA 4YFUA 3C95A 3ZCMA 1UOCA 4OPHA 1S6QA 4RCHA 2GX9A 4LH4A 5KTQA 4B9NA 1ATRA 3LZIA 3I55N 4HCCA 4XH4A 4DV2K 4FLWA 4B1WB 5I42A 3J8AA 1S1UA 3C6AA 3CJ1A 4ISGA 4EZ9A 1JCGA 2YNFA 4BRNA 5IWAK 1YVUA 4A5BA 1VSJA 4JKHA 3DI6A 4FLXA 4ILHA 3TSUA 4IFYA 3D2FB 1C0MA 1QSYA 1SL2A 1BA0A 4AHVA 4ID1A 3FZMA 2KHOA 1FK9A 2UUAK 4J2EA 4YOYA 4M42A 3V9UA 2VCPA 1QVGM 4ILJA 3HO1A 1NK0A 3OTOK 3DJCA 4JI4K 5AZIB 4KI4A 5JMVA 4CW7B 4CGJA 3LL3A 1RCHA 2P9LB 2P9PA 1NGDA 1Z26A 2YI1A 3RSEB 1BIZA 3D2EB 3UKUA 4DMNA 1S9GA 1N36K 1GLEG 5C25A 5HP1A 3AARA 2OZSA 1EO1A 4JI0K 2KKZA 2VQFK 4LF5K 1BWFO 5HROA 4GV6A 2A40A 4KAZA 2HHXA 3KKRA 2ASOA 2RKIA 5T7BA 4CGHA 3O1BA 1E4FT 3QEWA 1XMQK 1RBUA 3QIPA 3AA3A 1O13A 2QKBA 2PBDA 1SUQA 3WXMB 5TKYA 4B9TA 3CF5L 2NRHA 3DLGA 1X9SA 4C8KA 1HNWK 3QICA 3WQTA 3J7ZO 3K9JA 3SJJA 1WAFA 4KO0A 1B9DA 3DXKA 4MLHA 4CHPA 5AQNA 4BRGA 4FJLA 5C2DA 5BPNA 1SV5A 3NGZA 4WFNL 5EX5A 4HWIA 4JKCA 3TAPA 4CZLA 4AHCA 5EU7A 3ZETB 2O8FA 4DV1K 2HMPA 4CD3A 3PSFA 3P83D 3HXMA 4IWVA 2VG5A 4OKJA 3TTFA 1GLCG 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2YX6 A;  1L3V A;  2O4G A;  4DTU A;  4PA1 A;  1NBW A;  3FGU A;  1T7P A;  1YI2 N;  1L3S A;  3NVK A;  1IBM K;  3F5T A;  3PX6 A;  3UE5 A;  5AFU A;  3TWH A;  1BGX T;  1WBD A;  4BE1 A;  2BDP A;  4B9M A;  2QWM A;  3QIN A;  5CZ1 A;  3WXI A;  2X6S A;  1KSP A;  1IJJ A;  1OVQ A;  2E20 A;  3J7Y P;  1Y97 A;  3VQB A;  4DQP A;  3IRX A;  4C8M A;  4IO8 A;  1M90 O;  3KHY A;  3TI0 A;  3O4Q A;  2G8K A;  4OGE A;  3KVG A;  1NGB A;  2WTU A;  5I9E B;  3OW2 M;  5AQZ A;  3SUP A;  2O8C A;  3NH0 A;  3CCE N;  3O3H A;  1J9A A;  3E9O A;  4IZ9 A;  3L2W A;  5AQQ A;  1TUU A;  2E2P A;  4CZK A;  4B9Q A;  4LY7 A;  1FKO A;  1N5Y A;  3MN7 A;  4MFB A;  4HTU A;  3QNN A;  2HVI A;  4RW7 A;  2F4V K;  3LWM A;  4FVU A;  1EP4 A;  1SAZ A;  1YVN A;  1U49 A;  2WFB A;  4CEE A;  5KI6 A;  2VG6 A;  4CIF A;  3O08 A;  1RT7 A;  1VSE A;  3SAG A;  3VQ8 A;  4CJW A;  2X6N A;  3LDN A;  4A61 A;  4BVO A;  1QQO A;  4K42 A;  5F0X A;  5HRN A;  3NE6 A;  2PYL A;  2NUB A;  1DEJ A;  1N33 K;  4BG9 A;  3B8A X;  3MX5 A;  2CGL A;  4X66 K;  4LF9 K;  1NK7 A;  4IG3 A;  3R6M A;  3UKR A;  4CJ5 A;  1XNQ K;  3P4I A;  1C1C A;  1J6Z A;  2D0C A;  3ATV A;  4PKH A;  2P9U A;  1MWM A;  3OHR A;  3E66 A;  1IG8 A;  5CYQ A;  4CFA A;  3K5N A;  3K9K A;  1GOC A;  4A5A A;  4IO9 L;  1XC3 A;  2DTU A;  3VQA A;  3KD5 E;  1ZC6 A;  2Q3S A;  3U4L A;  5AQM A;  2CH6 A;  4E1N A;  4FJM A;  1LWF A;  4KRE A;  2NRW A;  3UKU B;  2NLX A;  4CJL A;  2WOM A;  4DSL A;  3MWP A;  4YOX A;  2F8T A;  4IJA A;  4KHQ A;  2HF3 A;  5AQG A;  4FCY A;  1IH7 A;  1GOB A;  4DKW A;  1HNZ K;  3QFP A;  2PFU A;  4BRE A;  1Q82 O;  4DWI A;  4W5N A;  3VES A;  3I8D A;  3DYA A;  4B1X B;  3QO9 A;  1WSH A;  3V1O A;  2UUB K;  3E1Y A;  3ZX0 A;  4MDA A;  1RDC A;  3FR0 A;  3VN5 A;  3AVJ A;  3EZW A;  4RG8 A;  1KAY A;  3NFA A;  3TAB A;  2Q0R A;  2AP1 A;  1RT2 A;  4IFV A;  1S9E A;  3LM9 A;  2HVH A;  1QZ5 A;  5CY4 A;  2QEX N;  3WEE B;  4BRF A;  4LH5 A;  5AQL A;  5HRP A;  4DU3 A;  2E2N A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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