5BRHA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor dbt-glcn
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
b'MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREGKNDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase 1, putative
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 123
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brhA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brhA02
3BEXA 1BO5O 3QB0A 2V51B 4YDUC 1GLEG 3SMSA 2A42A 1ATNA 2QXLA 2PBDA 5KPRA 1C0FA 3MN9A 4A2BA 1HKCA 4FWMA 2CH5A 4PKGA 3VEOA 3H1VX 1QQOA 2E1YA 1KAZA 4JHDA 3VF4A 2VCPA 4WQ4C 1NGJA 1NLVA 2E2NA 1U2VA 5AQTA 2Q97A 2YHXA 4CBXA 2P9IB 1E4GT 4KBOA 3A5NC 3O80A 3CQXA 4FPAA 3EN9A 5AQKA 2PAVA 3JS6A 5I9EB 3L0QA 3UB5A 4I6MB 1BDGA 1BOTO 1G99A 1TUYA 3DXKB 4CBUA 4PKHA 1DEJA 5AQJA 2CGKA 3AAPA 2QW9A 1KAXA 2AP1A 5EOYA 2P9NA 3CJ9A 3QICA 2HMPA 3G25A 2P9PA 1SQKA 3FZFA 4BR9A 4FWKA 1K8KA 4BRKA 5AQRA 3CI5A 2E1ZA 2CGLA 1NGGA 4MLHA 1HUXA 5FPEA 4K42A 3WEEA 4CD3A 1BWFO 3HBTA 4A61A 3CHWA 5BN8A 2IVNA 1IJJA 1YXQA 2QWOA 3A5OC 1NGEA 5AQYA 1GLAG 2I7PA 1ZBSA 5BR9A 2HF4A 3KHYA 2FXUA 4CZIA 1ATRA 4GNIA 4M63C 1XUPO 4K25A 5LJVA 1NGBA 3JXUA 1P8ZA 2Q0UA 3ATUA 1E4FT 3U8XA 2ASPA 4BRIA 1NMDA 1RDWX 3BUZB 3W3DA 4FOIA 4JHDB 4BRPA 1OKJA 5KQ8A 3EZWA 3A5LC 1U2VB 3MN7A 1S22A 3D2FA 3O1BA 2NRHA 4H5TA 3MK6A 4HTLA 4B1ZA 2Q0RA 2GELA 3AAQA 4M7YA 3VESA 4EIAA 3GDQA 4CZKA 4IXCA 3MMVA 5AQIA 1GLCG 5AQNA 3O8MA 5BPNA 3FE1A 2ITMA 3VEZA 4AM7A 2ASOA 2P9SA 4O8KA 3ENOA 4NO7A 1QZ6A 4BC4A 5BRFA 2P9NB 3IMXA 3VGKA 2NZTA 1T6DA 4B1UB 4CZFA 2P9PB 4QS8A 3LDPA 1K8KB 2E2OA 1IG8A 3FZKA 3CERA 3FFKB 2QWRA 3U9DA 1JCFA 2V7YA 3AARA 3VETA 3WEEB 1XQSC 4QS7A 1U6ZA 3QFUA 4CJ7A 3C0BA 5AFUA 1X9JA 3H6EA 3J8AA 4FWQA 4CI6A 4Y0WA 2HOEA 5KQDA 4CZJA 3EO3A 3MDQA 4FWOA 2GWJA 4PL8A 5BRDA 1YUWA 2A3ZA 1Z6RA 4H5VA 4QS9A 2AA4A 3CJ1A 3VPZA 3I8BA 1C0GA 4BRLA 4BVOA 3AY9A 3VEXA 5JLFA 3ATVA 3IFRA 2YJFA 2YHWA 4BGBA 1Q18A 3LDNA 1HLUA 5AQGA 5ADXH 3LM9A 4FL9A 1YVNA 4MO4A 2IVOA 3D2FB 1LCUA 3O08A 4BRAA 2DPNA 2P9LA 1HX1A 3BP8A 4CZHA 2D0PA 1NGIA 3LL3A 3HM8A 4BRHA 3IDHA 5AZJA 1R59O 4Z94A 2V7ZA 1MA9B 4RCHA 5E26A 4J8FA 5AQVA 1DGKN 4C23A 3HZ6A 2GWKA 2P9SB 2W41A 3UKUA 3UKRA 4FOEA 1SAZA 3CJAA 3S41A 3ZX3A 2Q36A 4JD2A 4B1YB 1J6ZA 1BU6O 2F9WA 3O6WA 5BN9A 3CIPA 4FWSA 4AM6A 3ENHA 1HKBA 1CZAN 4FO0A 3VF2A 1NWKA 5EY4A 5AZIA 4YDUA 4BR5A 3BF3A 3R6MA 5AQSA 5TKYA 2V52B 4K41A 4BROA 4BC3A 4BRFA 5F2RA 5BRHA 1WUAA 2KHOA 3KVGA 3KZBA 1GLDG 1KXPA 3QMLA 2ZWHA 3R8EA 1T6CA 3GE1A 3VEVA 5AQQA 4BRCA 5BREA 3O5BA 2QM1A 2BUPA 1JCGA 2GTDA 5FPNA 1YAGA 4BRMA 4RTFD 3EL2A 3QDKA 4BRQA 4F9OA 4XH4A 5AQMA 5AQZA 1QQMA 2D4WA 2NLXA 3TU5A 5EXWA 3H3OB 3RSEA 4IJAA 1JCEA 3FGUA 3VEWA 4IO8A 2YI1A 3C7NA 1GLFO 4BREA 3M6GA 1GLBG 2FLOA 3HSCA 1ATSA 2D1KA 2GEMA 2EWSA 2P9UA 3HI0A 5AZJB 4ISGA 4B1XB 4BC5A 3O1WA 4XH1A 3ULEA 4A62A 4BGAA 2P9KA 3QBXA 1EQYA 1NM1A 2A5XA 3UKUB 3M3ZA 3UKRB 5F0XA 4CZEA 3WQUA 3FZHA 1MWMA 5ELZA 4RWTA 1HPMA 3FR0A 4JD2B 5AQWA 1Y64A 1NGAA 3VENA 3H3NO 4FWNA 3H46O 1NGCA 5AZIB 4B1WB 1NGDA 5KPTA 4A2AA 2E88A 3M1FA 3ZEUA 4NB4A 5CE3A 2FF3B 4K43A 1ZXOA 3U9ZA 1D4XA 1RGIA 1TYQA 4LC9B 3FZMA 5KPZA 4FPBA 2QWPA 4IZ9A 3WXLA 3SJHA 4H0YB 3A0IX 3L4IA 3FZLA 2A6AA 3GG4A 4H03B 4ISEA 4BR7A 4H0PA 4EAHD 2YJEA 1HJOA 3CQYA 4CD1A 3VF6A 5ADXA 2H3GX 3SMPA 4B1VA 4BQZA 4WQ5A 4PL7A 3RSEB 4XEIA 2FSNA 3TPQA 2W40A 3C7NB 2HF3A 3LM2A 1Z05A 3SK3A 3ZETA 3VGMA 2QWMA 2CH6A 2F9TA 3WT0A 3H45C 1NGHA 2P9UB 3ULEB 3P4IA 2P9KB 1DKGD 3GL1A 4IWVA 2Q31A 2QWQA 3O4WA 5LY3A 3MN6A 4H0OA 3WXIA 2QWNA 1BA0A 4IJNA 3WXKA 2WUSA 5EVZA 4H5RA 3MN5A 4MO5A 1H1VA 3WUHA 4L3QA 4BRGA 4ISFA 3A8YA 1ESVA 4CZLA 4DB3A 4O5FA 1V4TA 3D7EO 4BC2A 2A41A 3DXMA 4H5WA 4JAXA 1MWKA 3ZEUB 1ZC6A 4H0VB 4BRNA 2Q1NA 1LOTB 1GLJO 1WOQA 3EKSA 1TYQB 5LJWA 3QFPA 4BG9A 3HTVA 3D2EA 4WQ4A 3ZX0A 1NGFA 3QBWA 2FSJA 1QHAA 4GY2B 2E20A 5AQFA 1QZ5A 3DJCA 3A5MC 3DWLA 5E84A 1S3XA 1V4SA 4XH5A 1KAYA 3FLCO 4BVPA 3CETA 2YCHA 5AQHA 1QQNA 4FWLA 1BUPA 3WXJA 3SLCA 5FPMA 4FWPA 4CZGA 2A40A 2FSKA 2QWLA 4H0XB 4JNEA 5JICA 2P9LB 2FF6A 3ZETB 2D0OA 5AQLA 3EKUA 3MCPA 5JLHA 2E2QA 2IIRA 4PKIA 4DHYA 4CBWA 2ZGYA 1BA1A 1MDUB 5AQPA 3OHRA 4WYBA 4DCHA 3VOVA 4B9QA 3ID8A 5B8HA 5BPLA 2J4RA 4BQLA 4BRDA 2OANA 5FPDA 4BR0A 4EHTA 3ZX2A 3LDQA 4FSVA 3BF1A 3VERA 2P9IA 1SZ2A 3I33A 4BG8A 3UE5A 2ZGZA 2VWBA 2ZF5O 3CJCA 1RFQA 2YHYA 4BR4A 2UYTA 1BG3A 4EHUA 2GUPA 3LDLA 4MLEA 2VYPA 3DXMB 4WQ5C 3L6QA 3VGLA 5AQUA 4H0TB 1NBWA 4I6MA 2Q2RA 3DXKA 4H5NA 4FWRA 3GBTA 2E8AA 2IVPA 3IUCA 5AQXA 3WQTA 3D2EB 1T44A 1TUUA 4HWIA 4JN4A 5JMVA 1XC3A 1GLLO 1X3MA 2I7NA 4BR2A 2ASMA 3GOIA 5AQOA 4DQ8A 3CJ7A 3DAWA 3B8AX 3W0LA 5EX5A 5F1XA 3F9MA 3H1QA 4CZMA 3LDOA 2BTFA 4EFHA 2CGJA 3R9PA 5AR0A 4E1JA 3U4LA 4M7XA 5BPMA 3CJBA 5AFUH 1HKGA 3VEYA 2E2PA 1X3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W2BM 3BEXA 2V51B 1WN7A 2A42A 1ATNA 4A2BA 3KLHA 3E9PA 4FWMA 3VEOA 1HNWK 3H1VX 4I7FA 4JHDA 3VF4A 2QXFA 4JI0K 3NGYA 4CEAA 2UXDK 5AQTA 2YHXA 2HVIA 5CR4A 2P9IB 3RMCA 1XHXA 4KBOA 3QETA 3I0SA 1T05A 3DLBA 3KKSA 3K58A 4A57A 4CF2A 3TAQA 3EN9A 1VSJA 4E3SA 3JS6A 3K9JA 3L0QA 1WBBA 4OVLA 1BDGA 1ASUA 1HMVA 3DXKB 3ZSRA 2HW3A 5C24A 1XMOK 1XI1A 1KAXA 3KK1A 2P9NA 3OW2M 1SQKA 4CJPA 3MCAB 4JKBA 4BRKA 2E6LA 2CGLA 1NGGA 3A2FA 4IEIA 4MLHA 3HP6A 4K42A 3WEEA 3HBTA 3L2RA 1OH6A 3V9SA 2QWOA 1NGEA 3PSIA 4LD0A 3VQQA 2HF4A 3ZSVA 2QK9A 4FW2A 4CZIA 2W6LA 1ATRA 4M63C 1RDBA 5LJVA 1NGBA 3JXUA 4JKAA 3NGIA 3FFIA 1EWRA 5C0YA 1RDWX 5HLFA 3W3DA 3VTHA 4TSXA 1QQCA 3A5LC 2F8TA 3LP2A 4HTLA 3EZ5A 3DM2A 2RHKA 4DS5A 5GIPA 4EIAA 3GDQA 2B4JA 4CGIA 4NXMK 5BPNA 4IG3A 3CCVN 3O3GA 1QZ6A 3AO5A 3CQ8A 4KRFA 3TAFA 2NZTA 5H1SQ 3SAHA 2P9PB 3PSFA 4QS8A 1K8KB 1IG8A 1DT9A 3ZLJA 3NH2A 4J2EA 2V7YA 3M8QA 3TWHA 3D45A 2KZMA 5AFUA 1X9JA 1ZBFA 4FWQA 3MAQA 4JKGB 5KQDA 3MDQA 4FWOA 2GWJA 4AQYK 1Z6RA 4H5VA 2HBLA 4RG8A 3NH1A 5FROA 1JKHA 2AA4A 2P51A 4DU4A 4OJRA 1C0GA 2D5RA 4YOYA 1WSGA 2ZJPL 2YHWA 4DLGA 5ADXH 4FL9A 1YVNA 4MO4A 4B3TK 3E66A 3D2FB 3O08A 5HP1A 4BRAA 2E4LA 4X64K 3ZT2A 2PFUA 5KGWA 4EP5A 2A1RA 4FM2A 4CZHA 4BRHA 3CC7N 4Z94A 2XY6A 3SAGA 4CJSA 2OA8A 1HNZK 1XNRK 3QEWA 2GWKA 3ZSWA 3UKUA 3OS0A 5C2DA 2Y1JA 1IBKK 3QESA 4FVUA 1RCHA 1A5WA 2Q36A 4DV6K 4DV5K 1S1XA 4FO0A 1NWKA 5AZIA 4BR5A 2YKNA 3BF3A 3R6MA 4DV1K 2HHSA 2V52B 2OZSA 4HUEA 1TKZA 1UA0A 2F96A 3R8EA 3OYDA 3VEVA 4BRCA 2HMIA 5A2QO 3K59A 3V9UA 1CZ9A 4CK1A 4KAZA 1JCGA 4I2QA 4OGEA 4R5PA 5FPNA 3HT3A 3RR8A 3QDKA 4I9LA 2IOCA 2D4WA 3H3OB 1TKXA 4IJAA 3J80O 4FJNA 4BREA 3WNFA 5DM6L 4HCBA 2KQ2A 2NNWA 3OYFA 2FLOA 1VQ8N 2O8EA 2D1KA 3KK2A 5LMNK 1DTQA 4ILJA 3C95A 2P9KA 4CF1A 3VQ9A 3S9HA 1RBUA 1VQ5N 2A5XA 1MWMA 4JD2B 2WTUA 1IKYA 1Y64A 4LSNA 3RRGA 4IDHA 1B9FA 4RW8A 4U7BA 4MQ3A 4CHZA 1NU0A 4B1WB 5GINA 3NH0A 3CCRN 1YI2N 3V9ZA 3VA0A 4KI6A 2DFEA 4CCHA 3U9ZA 1D4XA 2VG7A 3AA4A 3NF7A 3WXLA 2QWPA 4IZ9A 1BQNA 1N5YA 4LF4K 3SJHA 1ILYA 4FJHA 1VSMA 3VQPA 1VQ9N 4H0YB 4CERA 3A0IX 4H03B 3KD1E 4JKEA 4CHQA 3LAKA 3CYMA 2H3GX 3AGRA 5EU7A 4CESA 1WSJA 3AA2A 4CW7B 2B5JA 3TPQA 2W40A 1KLNA 1TK0A 3VGMA 2QWMA 5J2PA 3LZIA 3SNNA 4ILGB 2OZMA 1ZBIA 4QOZB 1XMQK 2P9UB 3THXA 3JSMA 3C6TA 4B9VA 4BE2A 2QWQA 4CIFA 3OYNA 4K8ZA 1LWEA 4DQSA 5J2NA 4WF9L 4DSKA 3O3HA 5GAHP 2KTQA 1L5UA 3HJFA 3MN5A 1H1VA 1NK8A 2XHBA 1ESVA 4CZLA 3CD6N 4O5FA 4BC2A 2A41A 4H5WA 4JAXA 1MWKA 2FBTA 3KK7A 2Q1NA 3EKSA 4AHRA 4M3XA 4WFAL 4WQ4A 3BDPA 1R0AA 3QBWA 2FSJA 1QHAA 4GY2B 5KGXA 4DTUA 2BANA 2E20A 3DOLA 1QZ5A 3DWLA 5E84A 3ZYYX 4XH5A 4N47A 2ZJRL 4HVJA 3CFPA 1U49A 3CG7A 4BY9C 4FWPA 1RDUA 3RRHA 2G8HA 5M1PA 1YJWN 5AQLA 1OVQA 3VQDA 3MCPA 1N8RO 1EP4A 4PKIA 4FK0A 4DHYA 2O8FA 4CGGA 3OYJA 2HNZA 2HHWA 2ZGYA 2NRVA 4CJEA 1SL0A 5B8HA 1ZYQA 1K8AO 4B9LA 4EHTA 3ZX2A 2ZM6K 2OPQA 4DSLA 3VERA 1SZ2A 4FJXA 3HYFA 5MLCQ 2O4IA 2HHQA 1KQSM 4EHUA 1I3AA 3L4QA 2PYJA 3PV8A 3OBWA 4H0TB 1J54A 3BY5A 4RW7A 3T69A 3GBTA 2E8AA 2OPPA 3IUCA 4FVMA 3VN5A 3CFOA 1T44A 5M1KA 4HWIA 4DU1A 3DLKA 5AQOA 2O8DA 3CJ7A 3NDKA 3HM9A 1SL2A 3OYMA 5EX5A 3LDOA 3IS9A 4KTZA 4CEFA 5I42A 4EZ9A 1FW6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5FPM A;  2A40 A;  4CHO A;  2QA4 N;  1WB9 A;  1RDC A;  5JIC A;  2P9L B;  3ZET B;  4ILH A;  1VQ7 N;  2VWK A;  3EKU A;  1L3V A;  5JLH A;  3NVM A;  2OPR A;  4O8U A;  3M8S A;  3THW B;  3DLR A;  4DV4 K;  4J2B A;  1BA1 A;  4O44 A;  1MDU B;  5AQP A;  3OHR A;  4WYB A;  3V1O A;  4DCH A;  2Z1H A;  4B9Q A;  3J7A P;  1NJX A;  3CPE A;  4PHT X;  1RT4 A;  5FPD A;  3QER A;  4JV5 K;  3BF1 A;  4Z4I A;  4HUG A;  2ZGZ A;  2ZF5 O;  3CJC A;  2YHY A;  2UYT A;  1HJR A;  4MLE A;  4JS4 A;  2VYP A;  3DXM B;  2QTD A;  4IFV A;  3L6Q A;  3DLG A;  4LH4 A;  2D0A A;  1NBW A;  4I6M A;  1RTI A;  5AQX A;  4GKJ K;  3HPG A;  5JMV A;  1XC3 A;  1X3M A;  4BR2 A;  1YF5 L;  2ASM A;  3GOI A;  4FM1 A;  3KLI A;  3QNN A;  1LWF A;  2YHB A;  3WXM B;  5GIO A;  3F9M A;  3H1Q A;  4CZM A;  2BTF A;  3L3U A;  2CGJ A;  4KRE A;  5AR0 A;  4E1J A;  3U4L A;  3R3L A;  1VHX A;  4N41 A;  4YOW A;  2E2P A;  4CIG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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