5BRTA

Crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase from pseudomonas azelaica with 2-hydroxybiphenyl in the active site
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
581
structure length
554
Chain Sequence
b'AETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGGSINIEFSADLSSLCEHKGDMYWMFGVAALRMIRPWNKWICVWGTKEEAKKIIHEIIGTDEIPVEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGTAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
source organism Pseudomonas nitroreducens hbp1
molecule tags Oxidoreductase
total genus 188
structure length 554
sequence length 581
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5brtA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 5brtA01
1H6VA 1PBCA 2A87A 1EL8A 2YWLA 1GEUA 5HHFA 3NNEA 5KVIA 2Q0KA 4KX6A 4XXGA 1VRQB 1CBOA 3UKQA 1H7WA 3UKPA 1N4WA 2I0ZA 1EBDA 1GRAA 4UDQA 2O9ZA 1BF3A 1H81A 1S3EA 1ZMCA 2CULA 2C67A 4GRTA 2FBWA 2YR5A 3LXDA 1MXTA 4H4WA 1CC4A 2WESA 4UDPA 1NPXA 2WOWA 3KA7A 4CCQA 4CNJA 5KWFA 3H4KA 1GV4A 1OJAA 1S2QA 2GAHB 3ALJA 1JNZA 2YM2A 3NK2X 5C2TA 2WOVA 4EQRA 1PBEA 2E4GA 4H2PA 2H89A 4PABA 2Y6RA 4E0VA 4X9NA 2VQ7A 3QFAA 3I3LA 1Y0PA 2XLSA 4Z2UA 3B6DA 3LJPA 4AP1A 1PXBA 3CNDA 5LV9A 2B9YA 2VOUA 2R4EA 1ELIA 5FS7A 1BGJA 4C74A 4JNQA 2AQJA 4EMWA 4J33A 2NVKX 5FS9A 1LPFA 2PYXA 3P4SA 4YSXA 4YTPA 3IHGA 2BCGG 4NEVA 2R9ZA 4JDRA 1NHSA 1Y56A 1N1PA 3BNMA 1FECA 4UDRA 3RHAA 1LQUA 1TDEA 3C4NA 4RG3A 4APNA 1IUXA 5IPYA 1L9CA 2BA9A 2JB3A 2OLOA 4U8LA 3DJGX 2BABA 3AEFA 2WU2A 5JCMA 2BACA 4J31A 1EL9A 1IUUA 1GRHA 3LB8A 3G5QA 3F8DA 4IVMB 2YLXA 3IHMA 4H2NA 2WP6A 3AD9B 2YLWA 3KLJA 4YWOA 4LA1A 2GV8A 3DJEA 3FPZA 3UKHA 2RABA 5JCLA 2GAGB 2GH5A 3AWIA 4H4SA 3VR8A 5CKUA 1NG3A 3SM8A 2BC1A 2YLTA 1CC6A 3C4AA 3NTAA 4PAAA 1JU2A 2XLTA 1TDKA 4BK3A 3GYIA 3T37A 2VVLA 1JRZA 1B5QA 1SEZA 4P9SA 1LTXR 4OPTA 4Z26A 3LADA 2YVFA 1YKJA 4IA6A 4NEWA 3BI2A 4A79A 4B64A 4DNAA 3NYFA 4KPRA 1L9DA 1F6MA 4H4VA 1DOBA 4OPCA 4TM1A 1FOHA 1NAAA 4JN9A 4GR1A 4N9XA 3QSMA 3CNJA 4NTCA 5KOWA 4HB9A 3LZXA 4H4XA 2TMDA 3BHFA 3GD4A 4A9WA 1LQTA 3V76A 3UP4A 3CPIG 3I6DA 4GF7A 3RP6A 1W4XA 1TYTA 4H4RA 4K22A 3S61A 1CJ4A 3HZLA 1O94A 4U8MA 2R4JA 3ZDNA 3BI5A 1L9EA 3UTEA 2QA1A 2BXSA 2C3DA 4EIQA 4CRTA 1X31B 4H4ZA 4Z2TA 1RYIA 2J3NA 2NPXA 1GSNA 3KD9A 3Q9TA 4D04A 2C3CA 3UTFA 5KXJA 4H4YA 1XDIA 3REDA 2Y6QA 3ICRA 3DK9A 5JCNA 1E7PA 2C7GA 1JNRA 2YLRA 3Q6JA 3IWAA 4OPDA 3IF9A 1AOGA 4FK1A 2R46A 2XVIA 4OPLA 2XLUA 1BWCA 2BCPA 4USQA 4Y4NA 3ADAB 1F8SA 4FX9A 3LZWA 4UP3A 3P1WA 4Z24A 4AOXA 3GDPA 1XPQA 1ZKQA 3ABVA 3URHA 4O5UA 3RNMA 3WE0A 2XLRA 3QFBA 3GMBA 4WCTA 1KSUA 4U8PA 1H83A 1KF6A 4U2TA 2WBAA 5GRTA 2FJBA 2Q0LA 2UZZA 3P9UA 4TM0A 2GR1A 1B8SA 3EANA 2VVMA 4YKGA 3ATRA 3NRNA 1ZMDA 2ZZCA 4TLXA 2OAMA 1CHUA 1PJ7A 3LOVA 4Y4LA 4EQWA 1Q1RA 5FMHA 1TDFA 3P4PA 1NDAA 1E1LA 3KU9A 4YSHA 1CJ2A 3R9UA 4NZHA 4TM3A 1GESA 1YQ3A 4YSZA 3AEBA 3M13A 2V3BA 3EPTA 3ATQA 1JEHA 4ZCCA 3NGCX 3COXA 3D1CA 2WPCA 4DSHA 4Z25A 3CGEA 2DKHA 4H2RA 1REOA 2OA1A 3GRTA 3UOVA 1LJ1A 1E39A 3NH3X 3VRBA 4U8KA 3L1RA 1BKWA 3UP5A 2YG3A 1IUTA 3P4RA 2EQ9A 2BXRA 2FJEA 3GDNA 3PS9A 4K7ZA 5HY5A 4CNKA 1L0VA 3UKKA 3GWFA 5EBKA 1N4UA 3D8XA 2CVJA 2Z5XA 3DK8A 3GRSA 3KPFA 4J34A 2RGJA 5FS8A 5BRTA 2RGOA 4A6NA 1B37A 3NLCA 4O5QA 2V60A 2XVFA 5J60A 2B7SA 3AE6A 3NK0X 1Q1WA 1IJHA 4B1BA 3AYJA 3VRDB 5JCKA 2WETA 1D7YA 2WU5A 3NKSA 2VQBA 5EB4A 1E1MA 2X8CA 2A8XA 3CTYA 4IA5A 2QA2A 1KDGA 1ZK7A 1IUWA 2FJDA 2C70A 2WP5A 2XDOA 4FK1C 3UTHA 5BVAA 2APGA 3KVEA 2XFUA 4RSLA 4EQXA 1DOCA 4BJZA 5FS6A 1EL7A 4MJWA 3V3NA 2EQ7A 1S3BA 4YSYA 3VR9A 1KFYA 1YY5A 5EB5A 4OPUA 4HA6A 4EIPA 3ZYXA 1B4VA 2OALA 1PDHA 2XVJA 4H4TA 3AEGA 3NK1X 3VQRA 1VG9A 4GDPA 1GRTA 4YTMA 4ADWA 2WDRA 1JRYA 3AEAA 2X3NA 1Q9IA 4IV9A 4C3XA 3QSEA 2ARDA 1GTHA 3CGBA 4NTEA 5U25A 2FJAA 1LVLA 3M0OA 1GT8A 3UCLA 2C64A 5TR3A 1H84A 2YVGA 4GUVA 2EQ6A 1RSGA 1BGNA 2C76A 5BUKA 3NIXA 4H50A 3OZ2A 3IC9A 1JOAA 3G5SA 4U8OA 2XFOA 2H88A 2GMJA 4CY8A 1H82A 2GMHA 4X9MA 2WPFA 1DXLA 1O5WA 1PXAA 2CDUA 2E1MA 3ALLA 2WPEA 3CGCA 3QJ4A 2XVHA 1GOSA 4J2WA 4XWZA 1KNRA 1GERA 1VDCA 1Y56B 3E1TA 1NHQA 4C3YA 2C72A 4AT0A 3AXBA 3AEEA 1Z6LA 1P2EA 2BS3A 1GPEA 3H8LA 3QVRA 3NG7X 3O0HA 3NN6X 1S2YA 5JCIA 1NEKA 2Q6UA 2WDQA 2BS2A 3CIRA 1TDOA 5HXIA 1K0IA 3UKLA 1YQZA 1OJTA 2PHHA 5M0ZA 4B67A 3CNPA 1PS9A 4C77A 2VRLA 3DJDA 2YVJA 1E1NA 2BK5A 4K8DA 2XFPA 2GEWA 1LV0A 2VZ2A 4B65A 3DGHA 1FEAA 1FCDA 2WHDA 2IVDA 5IQ4A 3UKAA 4YXDA 1DODA 3NTDA 3FIMB 4AP3A 3AE3A 3K7TA 4ECHA 4OCGA 3GYJA 2X50A 1DJQA 2ZBWA 1ZX9A 5KVHA 1QJDA 3V3OA 4ICYA 4Z44A 3AE8A 3M12A 4TLZA 3FMWA 2R0GA 1JRXA 2V61A 1E1KA 2R45A 2WEUA 5U63A 1ZDLA 4JY2A 3DA1A 2TPRA 2AR8A 3AE2A 2YR6A 2W0HA 3UOZA 2GF3A 1MOKA 4AOSA 4BV6A 4CBQA 3AE1A 2CFYA 2Z5YA 4U2SA 1NG4A 1D4EA 3AYIA 2YM1A 3CN8A 3RP7A 3S5WA 1CJ3A 3CPHG 3H8IA 4J57A 4CCRA 3FG2P 3EAOA 4JQ9A 2C65A 4H4PA 2JKCA 5IQ1A 1H7XA 2BK3A 2XYOA 3AB1A 2X8HA 1M64A 3PO7A 3EF6A 1DNCA 3DJJA 3ICSA 3NYCA 2ACZA 2YAUA 4H2QA 2WS3A 3K30A 2B9WA 3VRAA 4B66A 2VVLG 4DGKA 3UKFA 2YG4A 4LU6A 2EQ8A 2B9XA 1RP0A 2JK6A 3ITJA 4M52A 4K2XA 3UTGA 1ZP0A 2GB0A 4J36A 3AE4A 5BULA 3QSSA 1QLBA 2XLPA 2B76A 1K4QA 5EOWA 2Q7VA 4EMIA 1CJCA 3AD8B 1GRBA 4BJYA 1VG0A 1K0LA 2XVEA 1GETA 2IIDA 2QCUA 1XANA 1GXFA 4FDCB 1NHPA 5KRQA 1F8WA 2JB1A 4B69A 4BURA 2V6OA 4K5RA 2GQWA 1GRGA 3CNSA 1IUVA 2R0PA 1PN0A 1GTEA 5DBJA 4H4QA 1VQWA 2BC0A 3SQPA 2BS4A 3G5RA 4D03A 2XFQA 1PBDA 1OJCA 1PXCA 3ICTA 3NN0X 3OC4A 2JB2A 2YR4A 3F8PA 1GALA 1PBBA 3BI4A 4BK2A 4LIIA 3DH9A 2XFNA 3SGLA 1YQ4A 5L46A 3JSKA 4X4JA 3GWDA 1CL0A 4A65A 1TYPA 3PVCA 1F8RA 4B63A 2WDVA 4C5OA 3NHOX 3NYEA 2DKIA 2A89A 4H7UA 1BZLA 1PJ6A 1V59A 1CC2A 4ZN0A 1K0JA 1OJDA 3AD7B 5KOXA 2BYBA 2GRTA 4OVIA 5J7XA 3RP8A 1GRFA 5CQFA 5M10A 1ZOYA 1O95A 1D5TA 2GR2A 2GR3A 2GVCA 2YG7A 1HYUA 3AE9A 1D4DA 1ZOVA 3DK4A 3CNTA 1IUSA 3AE7A 1NHRA 1PBFA 4I58A 3ALMA 3UOXA 2YQUA 4K5SA 2GR0A 3DGZA 1TDNA 4EQSA 4YT0A 3BHKA 1M6IA 4A6NB 2JAEA 3C96A 3F8RA 5ER0A 5C3JA 2JBVA 4RG4A 4REKA 3KKJA 2WOIA 2WP9A 4Y4MA 3ISHA 3K7QX 2XCGA 2X8GA 4A99A 1D7LA 4I59A 5GSNA 4GDEA 1NENA 1XHCA 4USRA 4U8NA 2ZZBA 3SFEA 4EMJA 3GD3A 1DOEA 2E5VA 3CGDA 4A7AA 3II4A 2YLSA 1KNPA 2RGHA 1E6EA 4EM4A 4U8JA 1GREA 1KSSA 2GQFA 2VRMA 1FL2A 2C66A 1F3PA 2QAEA 4H4UA 1H86A 2BK4A 1DJNA 2OLNA 4DSGA 2IVEA 2X99A 1MO9A 1N4VA 3AECA 4U2LA 3BNUA 2YG5A 2AAQA 1COYA 2F5ZA 1FEBA 3L8KA 4OPIA 4B68A 3UOYA 4NTDA 1D4CA 2V5ZA 1OJ9A 1PHHA 1PJ5A 3GMCA 2V3AA 4EM3A 3B3RA 1UKVG 4JNAA 1EL5A 2YG6A 4Z43A 4J56A 2B7RA 3CPJG 2ZZ0A 4BK1A 1GNDA 4U8IA 3GSIA 3AYLA 5HYMA 3QVPA 1TRBA 4IVOB 4XWRA 5U1OA 4Z2RA 3NT6A 4TM4A 3DMEA 3SFDA 4AT2A 2YLZA 4YKFA 4GCMA 4A5LA 4YTNA 4OPGA 4CY6A 1ONFA 1CF3A 3P4QA 3AE5A 4ZCDA 2HQMA 2R0CA 1ZY8A 1QO8A 1P2HA 2WQYA 2C73A 4JY3A 2C75A 3FBSA 4WX1A 3K7MX 3AEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVXB 1PBCA 1PFOA 5JWRB 9GSSA 1EL8A 5KVIA 1H7WA 5GZZB 4BVYB 1H81A 1Z5YE 1HD2A 3LXDA 2WESA 2LQOA 4UDPA 2MZCA 1NPXA 4CNJA 3O3TA 5KWFA 3ALJA 4HJMA 2AV4A 1FB0A 2IPAA 3QCPA 1PBEA 1XPVA 4AGSA 4Q5FA 3A5IA 2Y6RA 3I3LA 3VWVA 1ZYNA 4JE1A 3B6DA 2B5EA 5C00A 2C3NA 3HXSA 2P5QA 1R26A 4ECJA 2GDRA 4AP1A 3LFLA 3H8QA 1B8XA 1EV4A 1ERVA 1ELIA 2DJ2A 4N11A 1T1VA 1ON4A 1LPFA 1UN2A 2PYXA 4QL7A 2R37A 3IHGA 11GSA 2R9ZA 4JDRA 1NHSA 5HR2A 5ABRA 1FECA 4UDRA 2WS2A 1A0RP 3RHAA 1TDEA 4RG3A 1WJKA 4APNA 4WF4A 1IUXA 1L9CA 2C0EA 2DJ0A 3IR4A 3DJGX 3WT1A 3WYWA 1KTEA 1GRHA 5H5RA 3LB8A 5KNLA 4IVMB 3HYPA 5ECHB 3IHMA 2WP6A 3AD9B 2WDUA 5GAND 4HU9A 2VD0A 3CSHA 4YWOA 5JCLA 2X64A 4YQVA 3T2ZA 3VR8A 5G30A 5CKUA 4K1FA 2LV3A 3SM8A 3TJFA 4HU7A 2YLTA 2IMFA 4PAAA 5ECIB 2E2GA 1SJIA 4ZXGA 4K0NA 2NTOA 5CYYA 3H93A 3DKSA 1ZOFA 5IMCA 2VVLA 1XG8A 1SEZA 1LTXR 3DYRA 3LADA 1YKJA 1OE7A 4IP1A 4B64A 4MPFA 3IRAA 2R6KA 1ILOA 1L9DA 3MSZA 1TRSA 4H4VA 1DOBA 2B6MA 1FOHA 3ZITA 4GR1A 4NMUA 5DQSA 4NTCA 3TOTA 4IKHA 3C1RA 1XWCA 1NHOA 4H4XA 3BHFA 4IP6A 1LQTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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