5BS4A

Hiv-1 wild type protease with grl-047-11a (a methylamine bis-tetrahydrofuran p2-ligand, 4-amino sulfonamide derivative)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Design of HIV-1 Protease Inhibitors with Amino-bis-tetrahydrofuran Derivatives as P2-Ligands to Enhance Backbone-Binding Interactions: Synthesis, Biological Evaluation, and Protein-Ligand X-ray Studies.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bs4A00
4YDGA 2J9KA 1W5YA 4AUCA 3T3CA 1DMPA 4Y5MA 4B1EA 3PMUA 3VG1A 3TPJA 4DQGA 3OUBA 3TL9A 3WZ7A 5COKA 1XDHA 1C6ZA 5DR7A 3PWWA 2B42A 3UQXA 2P3BA 3OHFA 2P3CA 4Y3LA 5KAOA 5P5XA 3OGPA 2WF4A 4D88A 5P7DA 4Y54A 5P2OA 3PHVA 1E82E 3A2OA 5P5QA 5P72A 4Y3GA 5AHCA 3K5CA 5P7YA 4YHQA 5P7VA 1T3RA 4TRYA 3L59A 4OBGA 5COPA 5P7QA 3OXWA 5P6BA 3OUDA 4JPEA 3LZYA 3KDDA 3PJ6A 5P8HA 1W5WA 3OOTA 3PSYA 5OZGA 3GGVA 4RYGA 1B6MA 5KQZA 2B7ZA 2FMBA 3IVHA 4Y5EA 5P8VA 1GVUA 4R93A 4FLGA 3OWNA 2P83A 5OZJA 1FMBA 1M0BA 3HBOA 1AJXA 3L5DA 1A30A 4I11A 2FGVA 5P04A 1YG9A 3S54A 1ER8E 5P29A 5P5NA 3I8WA 5P2XA 1AXAA 3EL9A 5P00A 2IQGA 5P43A 5KQXA 4Y4ZA 5P2DA 1EC3A 2V12C 3MWSA 1LF4A 4D83A 5P52A 3ZOVA 2RSPA 1FG6C 2AOGA 2ZHUA 4XKXA 2BQVA 5P4VA 4U8WA 1HEFE 4Y3DA 3RTHA 2SAMA 4YD6A 2QMDA 5OZHA 2OHMA 3O9DA 3QVCA 5OZ4A 4A6BA 2IKOA 4QGIA 5P4ZA 2QZKA 3ZLQA 5P7XA 5P7OA 1W50A 3NU3A 3O9BA 3LIVA 4PZWA 2BPYA 4DJWA 3UQUA 3KT2A 2AZCA 5P88A 3WZ8A 2XYFA 4Q1WA 3PMYA 1ZSRA 1BIMA 5P56A 4ZLSA 5E5JA 4OBFA 5P8BA 4B77A 4RVJA 5P8IA 2WF2A 5P0XA 4DJYA 4GJ6A 3VSWA 2XFJA 5OYZA 1LEEA 5P2UA 5HDVA 5P4LA 5P2QA 5P4WA 5P6LA 4CPRA 5OYTA 1WBMA 3CMSA 5DQ1A 3KA2A 4Y5AA 2OHNA 2VIEA 1GVTA 4NJTA 2VKMA 2HC0A 4A6CA 2PSUA 2QZXA 4RVIA 1TSQA 2VA5A 3NU6A 4AA9A 5P0ZA 5P42A 5P4XA 5P61A 3BUHA 3L5BA 3AIDA 4R95A 5P6QA 4DI2A 3UDJA 1U8GA 1HSGA 5P15A 2FDDA 2BB9A 2QD7A 3QBFA 1Z8CA 5P3AA 1YTHA 3NU5A 4YD7A 5SXNA 2AQUA 5P4HA 1GVWA 5C9FA 2QU2A 2FXEA 2RENA 4QJ7A 5P4UA 4J1CA 4DJRA 4J0YA 1AVFA 2R9BA 1UH8A 2V13A 3GW5A 2G1SA 1K2CA 1PPLE 5KR1A 1BBSA 1C70A 3HAWA 3TPRA 3T7PA 4B72A 5P66A 3EC0A 3DV5A 1NPAA 3KT5A 5P0NA 4YBIA 1RV7A 5JG1A 3UQWA 4HVPA 4WY1A 5DR8A 3IXJA 3TOHA 5J25A 1ZLFA 4R92A 2P4JA 3MSKA 3RSXA 4I0DA 3RTMA 3IA9A 4FSEA 1EPME 1LF3A 3OUDB 2O4LA 4Y5LA 3RTNA 5I3WA 4Q1XA 5OYVA 3FNUA 2PH8A 4X7IA 5P6FA 5OZZA 3MSLA 4DPFA 4OBJA 3HZCA 4EHCA 1XE6A 4ZPEA 4IVTA 5P5JA 4J1FA 4RVXA 4YD4A 5P3YA 5P3EA 3INHA 5P48A 3EKTA 1PROA 4KB9A 4EYRA 4E43A 1CMSA 3LIYA 2AOIA 1KJHA 3SKFA 4YA8A 2BPWA 1YTJA 2AOJA 2B7FA 3OK9A 5IE1A 5P6RA 5P2RA 5IS4A 5P5LA 2ZJIA 3VEUA 3OOZA 3VLBA 1FQ7A 3OXCA 2R5PA 2R3WA 5P23A 3CIBA 3S53A 4LXMA 3OUAA 4BELA 4DQCA 3B80A 1D4SA 3O99A 4FRSA 3UDNA 5P2TA 1JLDA 3UPJA 4DQEA 1PSNA 4Q5MA 3SO9A 4B05A 5P3SA 5KR2A 1B6KA 5ER2E 5HE5A 1K6CA 2NXLA 3INDA 2QHYA 1MEUA 5P7ZA 1TZSA 1MIQA 5IVQA 2ZJHA 5P6PA 2WEBA 2PH6A 1AJVA 1E81E 3O9IA 1T6GA 4HZTA 1HXWA 5OZNA 5P2EA 3L5CA 3LIZA 1D4YA 3VYFA 2I4WA 4B78A 2WJOA 2RKFA 5E5KA 4UPJA 5P2CA 5P4CA 4ZIPA 5P4TA 4ER1E 4I0IA 5P1GA 1MERA 5P70A 2JYSA 3NXNA 3UQRA 4DJPA 2AVQA 3N4LA 5P3OA 4Y3NA 2BPXA 3O9GA 1QRPE 4KE0A 5AH9A 3VV8A 2QI0A 5P3BA 5DR0A 1EAGA 2JXRA 4Y5KA 5I70A 1A9MA 1HRNA 3D91A 2APRA 5P5SA 3QROA 5OZMA 1W5VA 4Y3SA 3EKYA 4EWOA 5P4OA 4Y4UA 4FAEA 2IL2A 5P4KA 5P12A 5P0EA 4QJ9A 1NPVA 5P0WA 5OZ3A 5P3JA 5P6XA 4QJ6A 2OHTA 3NDWA 5P3GA 2I4VA 2V00A 4A4QA 1PSAA 4GYEA 5P7UA 2HB2A 1QBRA 5P7MA 3K4VA 2FNTA 5OZ7A 5P80A 5ISJA 5P4MA 3OQKA 5P1DA 1BILA 3URIA 2HS2A 1MTRA 3OU3A 2FGUA 3MXEA 4M8YA 5P6DA 1SP5A 2QMPA 1FFFC 4BFBA 1QBUA 4HDPA 2R38A 5P5AA 3VFBA 1BVEA 3UTLA 5SY2A 2P3AA 4NKKA 2OHPA 4FRIA 3SFCA 1UPJA 4I1CA 1APWE 3U6AA 2I4QA 3PCZA 4EXHA 3D20A 4XX3A 1BV9A 3AUPA 2Q54A 1IVPA 4Y5CA 4J1KA 3OQDA 4NJVA 4LAPA 3SA8A 5P4IA 1E5OE 4L7HA 4Y4JA 1C6XA 5PEPA 1LS5A 1MUIA 5SZ9A 5P32A 5P0TA 5P4JA 3IN4A 4OBZB 1MSNA 4U7VA 2Q5KA 5P0AA 4BEKA 5DGUA 5P4EA 2AVOA 2HIZA 3OQ7A 4ER4E 4K4PA 5P54A 5P8QA 2AODA 2A1EA 2ZHVA 2V16C 3ER3E 2ZHSA 4JECA 3BUFA 1T7KA 3CIDA 1BDLA 5P6SA 1BWAA 5P5UA 5P83A 3T6IA 5P63A 1G6LA 3LZVA 4DH6A 1LYWB 2J9JA 5P3FA 2FS4A 1EPOE 4Y3JA 5P5RA 2ER0E 5P2LA 2QZLA 5P3XA 5P4SA 4Y5PA 5P6NA 5P79A 3G72A 2G24A 2RMPA 5P82A 5P7HA 2FXDA 4FS4A 5P2FA 3S7MA 3KDBA 3SKGA 5P2JA 2ZJLA 3SA5A 3ST5A 1K6VA 7HVPA 3Q70A 1IDAA 4I12A 1VIKA 5OYSA 2G94A 3OXXA 1BXOA 3KF0A 4Y50A 1A8KA 3Q4BA 4RLDA 2AOFA 3S2OA 4K9HA 5P3VA 3ECGA 4H3IA 5APRE 3ZPSA 5P2WA 1HPVA 4EQ0A 5OZQA 5P6KA 1YM2A 1EBZA 5P01A 4ER2E 5P5IA 1W6HA 3L58A 3OGQA 3LIQA 5P4DA 2PK5A 4YOBA 4CPSA 3QRMA 2QD8A 5HE7A 4Y37A 1HWRA 5P5OA 4L1AA 3K5DA 2AOEA 3D1ZA 3EKVA 3PRSA 4QLHA 4DJUA 3SLZA 5HVPA 1HPSA 1T6EX 4ZSQA 5P33A 2PYNA 4NJSA 4JOOA 3NSHA 5P5GA 5P03A 2PC0A 1KJFA 5P0BA 4EJDA 3R1GB 3MSJA 3D3TA 4ZSRA 2Q11A 3EM6A 3Q5HA 5CLMA 5OZOA 5P0JA 5P8MA 4F75A 5HTZA 5OZTA 4FM8A 1SBGA 5P6AA 1HTRB 3UDKA 2B60A 3JVYA 5P67A 2QCIA 1ZPKA 5KOSA 1RL8A 2ZDZA 2G1OA 5JFUA 4I0FA 2HPFA 2OHUA 4K4QA 4CKUA 2WF0A 1D4LA 5P7AA 1FQXA 1IIQA 4Y57A 4J0ZA 3KN0A 1IZDA 3K4VC 1DW6C 4LXAA 4J1IA 3ZKMA 4X2LA 4Y3XA 2QNPA 1G35A 3I6OA 2QI5A 3PGIA 5P78A 2XFIA 5OZEA 5OZ2A 1ZSFA 5P64A 4DQHA 1HTFA 5P76A 4PHVA 1OEXA 2CEMA 1EBKC 4D89A 1BAIA 1ZTZA 5P1CA 4MC1A 4FSLA 3FX5A 3UFLA 5P3KA 4EJKA 5P44A 5P6GA 4J0TA 4YCKA 5P0FA 5P5KA 5P77A 3HVPA 5P7LA 3INFA 4CMSA 4FGXA 5P2YA 1NSOA 3SACA 2G1YA 3VUCA 5P8AA 1IBQA 3ZL7A 1SIVA 3VF5A 3CYXA 3OQAA 2J9JB 5P3IA 5OZ5A 5HU0A 1Z1HA 5P07A 4F76A 3O9FA 4Y5NA 4APRE 5P1HA 4FIVA 3ZMGA 4Y9WA 5P0RA 2AVMA 3QAAA 3TKGA 5P0MA 5AH7A 2BKTA 2OAHA 5P26A 1MPPA 3R0YA 2CENA 2ZHRA 5P6OA 5P0QA 2I0AA 2UXZA 3OUCA 5P14A 1WKRA 4Y3ZA 5KQYA 3LPJA 3S45A 3TKWA 5P8RA 1GVVA 5P8UA 5P8GA 3UDMA 5ENMA 5P1JA 2Q15A 4Y4TA 3APRE 2ZJMA 2A4FA 5OYQA 5P6HA 3INEA 3DCRA 1FQ4A 3CKPA 5IVTA 2PWCA 4MC2A 1DPJA 5IVSA 5P2ZA 2ZJJA 5P1NA 5P11A 4L1AB 5HDUA 5P8FA 1AAQA 1HVJA 2UY0A 5P7RA 1HVHA 5P36A 1FF0C 5P4YA 5HCTA 5P60A 2AZBA 1NPWA 1FKNA 2B8VA 1GKTA 4RRSA 5OYUA 2R5QA 3NXEA 2VA6A 3IN3A 2WL0A 4H1EA 2RKGA 3LPKA 1LYBA 2NMYA 3PEPA 5P1XA 4XXSA 2OHKA 5P73A 5P18A 2QI3A 5HE4A 2QU3A 4FAFA 2VIJA 4Y38A 1K1UA 3UHLA 2OHRA 5P7NA 5ER1E 3SA7A 5OZ9A 4LP9A 3ZKSA 5P7CA 1SGZA 4Y6MA 5P39A 2P8HA 3IAWA 3K5GA 5P8KA 1LYAA 2ANLA 5P5ZA 1HSHA 3U7SA 5HDXA 2FLEA 3U71A 3SA3A 5KQFA 3NR6A 5P05A 1PSOE 1FB7A 5P86A 1FMXA 1XE5A 3DCKA 5P3UA 2O4NA 4Y3FA 4EXGA 4I0JA 1GVXA 1FGCC 2VNNA 5P1MA 1EPQE 5OZRA 5P3HA 5EZZA 2IGXA 1XL2A 3G70A 2AZ9A 4AMTA 2WEDA 2HPEA 1IDBA 3L38A 5AHAA 4JP9A 2BJUA 2QHCA 2WECA 3ER5E 4YBFA 1K6PA 5P7FA 2I0DA 4Y4EA 3GI6A 2NXMA 3QVIA 4PZXA 4WTUA 3R0WA 5P41A 4RYCA 5P65A 5P08A 1MT9A 5P5MA 3VFAA 3VYDA 1UH7A 3B7VA 2F3EA 3SM2A 4NJUA 1ZBGA 1D4KA 5T4SA 3IXKA 5P2BA 5CONA 5OZUA 5P5HA 3EL4A 4OBDA 4EP2A 4ZPFA 1SIPA 4LHHA 5P85A 4B1CA 5P3NA 5P7SA 4OD9A 4J1EA 4OBZA 1EPRE 5OZDA 3CYWA 4L7JA 5P1QA 3F9QA 2ZJNA 5P09A 5P8PA 1XN2A 3HW1A 4B00A 5I3XA 5P1YA 2HAHA 3OADA 4GJ7A 4Y41A 2O4KA 5DPZA 4YD3A 1EC0A 3IVIA 4DVFA 1HVKA 1LYWA 3K5FA 2JE4A 4RCDA 1HPOA 5P4RA 4PEPA 3O9LA 3BGCA 3R2FA 5P7EA 2O4SA 5P0OA 4Y3WA 3H5BA 5OYRA 4H3JA 4OBKA 4LXKA 1IZHA 1MESA 2NNPA 5P1ZA 3ZKIA 2FNSA 5P8CA 3EL1A 4Q1NA 3DJKA 1BXQA 1XL5A 2HB4A 1LYBB 5P1IA 4F74A 4TRWA 4Z50A 4H3GA 1SDTA 1W6IA 1K1TA 4EJLA 4J5JA 4Y4AA 1ZPAA 2OHQA 4I0GA 4Y4BA 4H3FA 5P13A 4M8XA 4Z22A 3JVWA 3OAGA 4JPCA 1ODXA 4LC7A 1J71A 1ODYA 2AVSA 2QI1A 5P71A 4Y4DA 3OHHA 2IGYA 1T7IA 1LYAB 2FDEA 5P4PA 5P8NA 5P0UA 4Y5GA 4J54A 4RROA 2B8LA 5P3RA 4TRZA 5P5PA 3SABA 2ZYEA 4BFDA 5P3WA 1B6LA 2Z4OA 4I0EA 3VF3A 3PWMA 2V0ZC 3ZPUA 3O9HA 2ZE1A 4GZFA 4RRNA 4GIDA 4Y45A 2ER9E 3PSGA 5TOLA 2Q55A 5P17A 5P3QA 1MVPA 2CEJA 2EWYA 1HSIA 4KUPA 3UDRA 4ZE6A 3G6ZA 5HDZA 5KR0A 5OZWA 4I0HA 1XS7D 4GJBA 3VSXA 5P5BA 1DAZC 5EZXA 1IZIA 8HVPA 4D8CA 1YX9A 1B5FA 4QJ2A 2AIDA 3IXOA 5P27A 3N3IA 2OF0A 3T7XA 1YT9A 1K2BA 5P7KA 3T11A 1B11A 2IRZA 5P38A 2AVVA 1AM5A 4APEA 3TOFA 5ISKA 3WB4A 2QK5A 3EMYA 4Z4XA 2NR6A 1EPPE 4ZPGA 5OZ1A 1EPLE 4Y35A 3TTPA 3GI4A 4DQBA 4OD9B 5P8DA 3UDPA 4J55A 3QI1A 1ME6A 5DQCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YDG A;  2J9K A;  1W5Y A;  4AUC A;  3T3C A;  1DMP A;  4Y5M A;  4B1E A;  3PMU A;  3VG1 A;  3TPJ A;  4DQG A;  3OUB A;  3TL9 A;  3WZ7 A;  5COK A;  1XDH A;  1C6Z A;  5DR7 A;  3PWW A;  2B42 A;  3UQX A;  2P3B A;  3OHF A;  2P3C A;  4Y3L A;  5KAO A;  5P5X A;  3OGP A;  2WF4 A;  4D88 A;  5P7D A;  4Y54 A;  5P2O A;  3PHV A;  1E82 E;  3A2O A;  5P5Q A;  5P72 A;  4Y3G A;  5AHC A;  3K5C A;  5P7Y A;  4YHQ A;  5P7V A;  1T3R A;  4TRY A;  3L59 A;  4OBG A;  5COP A;  5P7Q A;  3OXW A;  5P6B A;  3OUD A;  4JPE A;  3LZY A;  3KDD A;  3PJ6 A;  5P8H A;  1W5W A;  3OOT A;  3PSY A;  5OZG A;  3GGV A;  4RYG A;  1B6M A;  5KQZ A;  2B7Z A;  2FMB A;  3IVH A;  4Y5E A;  5P8V A;  1GVU A;  4R93 A;  4FLG A;  3OWN A;  2P83 A;  5OZJ A;  1FMB A;  1M0B A;  3HBO A;  1AJX A;  3L5D A;  1A30 A;  4I11 A;  2FGV A;  5P04 A;  1YG9 A;  3S54 A;  1ER8 E;  5P29 A;  5P5N A;  3I8W A;  5P2X A;  1AXA A;  3EL9 A;  5P00 A;  2IQG A;  5P43 A;  5KQX A;  4Y4Z A;  5P2D A;  1EC3 A;  2V12 C;  3MWS A;  1LF4 A;  4D83 A;  5P52 A;  3ZOV A;  2RSP A;  1FG6 C;  2AOG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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