5BWJA

Structural characterization and modeling of the borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase hk1 periplasmic sensor
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
208
structure length
195
Chain Sequence
KDIFKFKLVDQFFPFYYKNNKGEYEGLIFSILDKWAKDNNADIMVEHIDNLNESEIEDEAIYLGLTYNVKLNDFFYFKSELARSISILFFKNSNFNIGVIKNTIYEDILRLKNVNTIFLADNSQELVLALKNDKVDYIYGDCKTLHYIANNFLSEDLVIFTGDVFYSIKNRVAISRNAPEIVKNLNLDLFSYLMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization and modeling of the Borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase Hk1 periplasmic sensor: A system for sensing small molecules associated with tick feeding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Borrelia burgdorferi
molecule keywords Sensory transduction histidine kinase, putative
total genus 54
structure length 195
sequence length 208
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5bwjA02
2F78A 1I69A 4EQ7A 4Q8RA 5KDTB 3V83A 3IB0A 4ZEFA 3GLBA 1GR2A 4ELOA 1MQIA 2ZNUA 5H8NA 3O2AA 3TCFA 3CG3A 3M3FA 3TKDA 1MDP1 3VFJA 1BKAA 1OIBA 3FJMA 3K6VA 3N26A 3MZ1A 4FJPA 3FV2A 3TZAA 2H4IA 2OWTA 3OELA 5CRYA 5I2NA 5CMCA 3VLUA 4FEDA 1MXWA 3IB2A 4RPOA 3OO7A 4H8IA 2M8CA 4NF8B 4ECFA 4DDDA 1N3WA 4F2OA 3K02A 4JWXA 1M5CA 3I6VA 3G3HA 3BBRA 4DCYA 3G3FA 4H67A 3H6VA 3H03A 3IJOB 4F1YA 4AB6A 3E9XA 3KGCA 3PMWA 3I5OA 2ZYOA 5CBRA 4IGTA 5HPQA 1PB7A 3FXUA 2QL3A 1EU8A 4KR5A 4XKRA 3PMXA 2PT1A 3RTFB 2R6GE 3QUFA 1WVJA 2QS2A 4U4XA 1I6AA 1B05A 4OHNA 3KEIA 4BDLA 2F7AA 3OMBA 3QIMA 1EH3A 4Z0IA 3DP6A 1B5HA 3M3LA 1MS7A 5HBCA 1MXXA 5TP9B 2B3FA 1D4NA 3O6GA 2DWJA 2Y7WA 3OENA 3FJGA 2I49A 1M5BA 3B6WA 4LZ8A 3C32A 3M8UA 2X7QA 4THIA 2F6GA 2F5XA 1FCKA 3Q27A 1ZKBA 1ZBMA 4MLVA 5AA2B 3K1MA 4NF4B 3VLVA 1B3EA 3K1PA 3VVFA 3AXFA 3SKPA 2FA7A 4PE5B 2XXUA 1WDNA 1B9JA 4HTGA 1FQFA 2GH9A 2RF1A 1ZU0A 4JWYA 4KQPA 2GFEA 2UYFA 3IB1A 3K1NA 3TQLA 3GXAA 1BIYA 3LSLA 4KI0E 3C36A 4I62A 1Y20A 3U72A 4MF3A 1FTLA 2X7PA 1POY1 2D3IA 3EQ1A 5JEIA 3FVOA 3K0VA 2IEEA 3KBRA 1LBCA 5I56A 1LAHE 1QUKA 4QHQA 2HFBA 3KN3A 3OEKA 4FECA 3D4GA 1MM6A 4H65A 4U4SA 3KSJA 1PB8A 3PD8A 3IOTA 1LB8A 3VVDA 4YICA 4IY5A 2O1MA 1B2HA 1SW4A 1B51A 1LSTA 3FVNA 3CFZA 2DE3A 3RT6B 1N7WA 5DVFA 4NF6A 5H8SA 3SETA 4JSOA 3TYHA 4YMAA 1N84A 3MZ9A 3VXCA 4LA9A 2I6EA 5AE4A 3V8XB 1B40A 2KLFA 5FHMA 4IO5A 3JZJA 1OLCA 1HSJA 3PUZE 5K2YA 1R9QA 1VE4A 4GLIA 4DIGA 3O9PA 5ICQA 1D3KA 3B7DA 1B5IA 2XXVA 4NMYA 2UVJA 3R7XA 4G8MA 1B5JA 2ONRA 1JW5A 2XX7A 1OQHA 4YKIA 4F1VA 5I2KB 2Q89A 4U2RA 3G3KA 3LSWA 2VHAA 1SYIA 2NVUB 3U1OA 2I0BA 5A5XA 2VD3A 3KN8A 3C31A 4R72A 4WKMA 3UIFA 1DTZA 2G29A 3U92A 5DVJA 4DZ1A 2F36A 4OXVA 3FATA 2Q8JA 3RT8A 4F22A 3MWBA 4WEPA 1JQFA 1NMUA 4KYSA 1UIVA 5EHSA 2UVIA 5ITOA 1FQDA 1MXVA 3I3VA 3SEYA 3ZS6A 2HZKA 4QFNA 1B3FA 4XKQA 3N5LA 2DVCA 3KJTA 3E13X 1GGGA 4NWDA 1N7XA 3TELA 3DP4A 2CMOA 3Q25A 5I59A 3U93A 5KZTA 3SEXA 1MXUA 1XVYA 5DEXB 1RYXA 3OO6A 3N94A 1M5FA 3MW0A 1QUJA 1FTOA 3RY3A 3THIA 1FQBA 3QSLA 3TTMA 4R74A 3FXQA 5H8FB 2I4BA 2F35A 3BKIB 2Y7RA 2QS4A 4JDFA 1OQGA 4BDMA 4ONYA 1XC1A 3USDA 3B6QA 3PPPA 1MY3A 3PPRA 1FTMA 5L9SA 1A55A 4FATA 3FIRA 5KCJB 3FJ7A 5TU0A 5H8QA 2XX8A 2DOJA 1UTHB 1MXYA 3T9VA 4OEUA 5JK4A 1MH3A 3EPEA 3PUVE 4F39A 2XD2A 1TT1A 1Y9UA 2Q2CA 2RINA 1DOTA 2F8DA 1MQHA 3UP9A 2FYIA 2DE2A 3LUYA 1YCJA 3MP8A 3SEVA 1ZMGA 3IOWA 4YB5A 3W15C 1JW1A 2OCUA 1LAGE 1B3GA 2ZNTA 4ELQA 3C34A 1MY0A 1IITA 1USYH 4GF8A 1FQAA 4LUBA 3U94A 2B65A 2O84X 2NOOA 1NH7A 4GXAA 2LAOA 3MQ9A 4WEDA 3MVWA 1P1NA 1R1NA 1AH5A 1IQ7A 3ECRA 4FEBA 2QRYA 3G7WA 3LSFB 1PEBA 3K6XA 4BDQA 3JYRA 5LOMA 3IO4A 5FTIA 2HXWA 1B46A 4H5FA 4DXBA 3T66A 3EHSA 4H1XA 4P11A 1ZTYA 2XXQA 1F9BA 4OVJA 1KWHA 3MUQA 3ILTB 1QW0A 2YJPA 4GFRA 5AA4B 2Z8DA 4QFLA 3MC2A 5ITPA 4RYAA 2QS1A 4LVQA 3Q26A 3Q28A 1IXCA 4U1ZA 4OYVA 1URSA 5BWJA 5TPAB 2AL5A 3A09A 5EHMA 4IY6A 3QK6A 4NF5A 2DWIA 3ZSFA 1L5TA 4ZE9A 1B52A 2UVGA 4KPTA 2W7YA 3KZGA 4QF9A 2V3TA 4KD5A 1MY1A 3H6TA 2UXAA 2F6PA 2H25A 4OZ9A 4F3GA 2DYXA 5I58B 1VSOA 1XS5A 5FHNA 2QSXA 2ZNSA 1CE2A 1TFAA 1Z7NE 3UA8A 4XXUA 4JWOA 2F7BA 3PGFA 3MPKA 4OFOA 1NH8A 4GOTA 1AIVA 4PFTA 3ONMA 3HHGA 4JBZA 5J1DA 3T93B 1QUIA 3VXBA 4YB6A 1QKAA 3MVZA 1MG1A 5CMMA 1ZLQA 3FD3A 4JB7A 1IXHA 3PPQA 4UACA 3TFLA 4ISUA 3FV1A 5CI5A 4MLQA 2ESNA 1ATGA 3RPWA 4YKJA 4KFQA 5TP9A 3MP1A 3TTKA 3K00A 4XTCQ 2XX9A 2DWHA 4DCXA 4G68B 4YKKA 3TPAA 2O6AA 4IO3A 2X26A 4LZ5A 1FTJA 3IORA 2ZYNA 4OENA 4LZ7A 3CFLA 5AA2A 1SYHA 3EN3A 1R6ZA 2I58A 4GQOA 5L9MA 2RCBA 1VFDA 3MJNA 4HS7A 1DTGA 4LQ5A 1B7HA 2O7IA 1MY4A 3ODBA 2P1SA 3S9LC 4GWOA 1POTA 4U21A 4R9GA 3R6UA 3G3JA 1FQCA 1GTKA 4ZDMA 3UORA 4RNSA 2O51A 3IO6A 3H4ZA 3CVGA 2HAVA 4GVOA 2PT2A 3VV5A 1MXZA 2Y84A 4I1DA 1QKBA 4F3SA 1Y1MA 2D21A 2E1SA 4ELPA 4RPNA 4F19A 2Z8FA 3SEWA 4RY1A 4KYEA 1Z7ME 1S9TA 1WODA 1A7LA 3OD7A 2F7CA 4O3BA 3IL1B 3KOTA 3A3CA 4X48A 1PBQA 1MDQA 3V89B 4MBPA 5B70A 1NNTA 2Q9TA 4M4GA 1FTKA 4ZEIA 4HW8A 3T96B 3PV0E 2AYSA 1LAXA 4TLMB 2XD3A 3KOSA 1BTJA 5I57B 3O6IA 4I8CA 4G68C 4RA1A 3R26A 2A5TB 5I2KA 2R71A 4POXA 3DM0A 1I6QA 4LP2B 3DLNA 1A54A 2OWSA 2I3WA 2QPQA 1LFHA 1VFEA 1OVBA 2H9BA 3O28A 3IJXB 2UVHA 4IO7A 5DYHA 2OBGA 4QFOA 3LC8A 2DVZA 4DXCA 5BUUA 3G3IA 2XXIA 3RQTA 3IR1A 3BFTA 2H98A 3IAZA 1H43A 3H3GA 3PUYE 3OXNA 1N04A 3C4MA 4YAHX 3SEUA 4NF6B 2YPNA 3M3KA 4PFWA 3MBPA 3GBAA 2DXYA 2XXRA 1Y3PA 3OO8A 2YLNA 1S7YA 3U8QA 2B3BA 1II5A 1N0TA 4XKPA 3WAFA 1H76A 1B1HA 2PBWA 5DEXA 3FGSA 4Q0CA 2PYYA 1UTBB 2V3QA 3S4UA 4EF2A 3CSBA 4Q30B 1URGA 5ISUA 1P99A 1O63A 3T9UA 3V5AA 3TUSA 5H8FA 1A40A 2RC9A 3TAJA 4QSCA 2Q2AA 4NEDA 1JVXA 4G8NA 2OJTA 1MPDA 3HSTA 1IZ1A 1HSLA 1AMFA 4BDNA 3CRBA 3RGYA 3IX1A 4ZECA 2V93A 2ALUA 2E0SA 3N6TA 3N6UA 5KCJA 4G8HA 3IOVA 2F34A 1B1XA 3VDFA 1IEJA 4LONB 3EHTA 1TXFA 4ZZAA 3RNNA 2O69A 2XXHA 5JTYA 4R6HA 2H5YA 2VD2A 1ZJLA 4ESXA 3C33A 4PP0A 1B0LA 3K6WA 3RTWB 2HCAA 2XHDA 1P1UA 2QMWA 1MM7A 3E4RA 2REJA 2O7UA 3KN7A 3T22A 4R9FA 4RK2A 3ZKKA 1US4A 4R73A 2H99A 3H6WA 2RC8A 4K3FA 3DP8A 2PVUA 5K2XA 3TEPA 1NFTA 3FXRA 3CG1A 3S2VA 3VE1B 2XXPA 1B7UA 4RJZA 4EF1A 4FE8A 1Y4TA 4OERA 4POWA 1US5A 3GZGA 1T0KA 1JW4A 1QJMA 4Z7EA 5H8HA 4ZEBA 4KCDA 1Y1ZA 1XHYA 2ZMBA 2DWAA 4LQ2A 3HHFA 5H8QB 2ONKE 4N13A 5KDTA 1J1NA 1IIWA 2NWJA 4QFKA 5L9OA 3QUJA 3O97A 2FNCA 5F7VA 1H45A 2HQ0A 3IK6B 4R2BA 1DPPA 2QMXA 4F29A 1XT8A 4GD5A 4IGRA 4UA8A 2V84A 1RYOA 1JEUA 1NNPA 4PETA 1MH4A 4FIMA 4TOZA 1B6HA 4EXKA 1SI1A 4WXJA 3TTRA 5CC2A 1LAFE 4NF8A 1LFGA 4C1TA 2Z23A 3KG2A 4X1BA 1IUDA 1BP5A 4ZEDA 1LCTA 1YPNA 4R2FA 3TODA 3FVGA 3A3UA 1H44A 1PC3A 4H5GA 3SERA 3TCGA 2O68A 2RC7A 4P0IA 4PFYA 4ZEKA 3RN8A 4GL0A 2ABHA 2UYEA 4O3CA 1I6BA 1MPBA 4N07A 1B3HA 2NUVA 2I48A 4OMBA 4G68A 4GL8A 1DMBA 2CZLA 4F3BA 1B7ZA 1R9LA 4P0GA 2VP1A 2I0CA 2HEUA 3OOAA 5H8NB 4G2ZA 4OFLA 4NF5B 1VR5A 1SVXB 3CI8A 4F18A 4YKPA 5CMKA 1MY2A 1GVCA 3VVEA 4G77A 3PUXE 1NNKA 1O64A 1LB9A 3BFUA 3L6HA 1XVXA 3L6GA 3VLWA 2DXRA 1P1QA 3O66A 5I2NB 5AA3A 1AOVA 4H8JA 4BLAA 1MQGA 3HPIA 3FZVA 1S50A 1RKMA 4EXLA 2VOZA 5HM4B 4YU0A 3H6UA 3KFMA 1USYE 2HZLA 3C9HA 4ND9A 1IXGA 5I84A 1Q1KA 2ZXTA 2ONSA 4NF4A 2G93A 3OSQA 4XKNA 1QVSA 1LFIA 4OFJA 4YZZA 3RUMA 4RK9A 5M2VA 1TWYA 2V25A 3K6UA 3GBBA 1SDXA 4IO2A 3OSRA 4OWDA 1NKXA 3PD9A 2I4CA 3PU5A 3FASA 5CM6A 1PDAA 3PUWE 3LBSA 2AL4A 1SBPA 4F2QA 3S9NC 2GHAA 3KSXA 3WAEA 3H06B 4IB2A 4H0WA 1B3LA 3IOUA 3ILUB 3CSGA 3K01A 3S9MC 3W9VA 5AA2D 4HCWA 1DSNA 2Q88A 2AIXA 1YTVA 4M1VA 2DE4A 3CIJA 3UK4A 4JXIA 1ANFA 5I57A 1YAEA 4NTLA 3HV1A 1FQEA 2A5TA 2RCAA 1MQDA 3MVYA 3T9HB 3T9XB 4NE4A 3SESA 1EZPA 2OZZA 3UN6A 3W9WA 2NXOA 4DXUA 1JETA 1TFDA 4PQJA 1P1OA 5F1QA 4RXLA 1FW0A 1SQYA 4AB5A 1DPEA 1P1WA 3HN0A 2V3UA 1ZIUA 1LCFA 1PBPA 4U1OA 1M5DA 3HO7A 3CR9A 3H7MA 4EDPA 1OVTA 1GV8A 5DTBA 3MZBA 4HCYA 3LSXA 3MVXA 3TDJA 4KHZE 3FUZA 1MQJA 3TCHA 2Y7PA 1SD3A 5I56B 5CMBA 3EF7A 5ICTA 1AL3A 1N76A 3LR1A 4OTEA 1B32A 2GHBA 2R9JA 4IO6A 1SI0A 4GRKA 4I9DA 1UTBA 3O29A 3K2DA 5FTHA 4ZS9A 3QYTA 1Y4CA 3EHUA 1EZOA 3P7IA 1Q35A 4EQBA 2RKMA 3TTLA 2XXXA 4E0XA 3QXMA 3MPLA 4FORA 2ANJA 1JNFA 1UQWA 4R6YA 2OK2A 4QSEA 1OMPA 3OO9A 2I3VA 4ELRA 3SDFA 1LGBC 4MFIA 5IKBA 3D4CA 2PMSA 1QULA 4C1UA 3OEMA 4GIZA 1Y3NA 1O7TA 4R75A 4N6PA 2XXYA 5ELVA 4OETA 1D9VA 1B0HA 1Y3QA 4BDRA 2OLBA 2VGQA 4U23A 2P0SA 1N3XA 4YMBA 1H3DA 3Q29A 1B4ZA 3B6TA 3JV9A 3PPOA 4OEVA 5A5XB 1URDA 3K4UA 3C35A 2IA4A 4X9TA 4PFUA 2QJEA 3KJ7A 4ZZEA 1B58A 4QRZA 1UTHA 3UGWA 3O6HA 3TTNA 2DSFA 1SW5A 3S9EA 3MAMA 4EUOA 2Y7KA 2HAUA 5DVIA 1ELJA 2XXWA 2F97A 2DS9A 1HSEA 4QSDA 3E3KA 4E0WA 5EYFA 1SW1A 4TLLB 2ZYKA 2GRVA 4MH5A 2DQVA 2Y7IA 4FAJA 1UIUA 2Z22A 3F11A 5AA1A 1NL5A 1XOCA 3PPNA 4KYDA 5I59B 3RLFE 3TMGA 2XXTA 3ZKLA 1A8FA 4LATA 2BJJX 4DE8A 4XIGQ 4AQ4A 4YB7A 1JEVA 4TQUQ 5DT6A 3HCQA 3CFXA 3QAXA 1IXIA 2QS3A 4Q5TA 1MPCA 2DP8A 1A99A 3TQWA 4KCCA 5JTYB 4L17A 2P2AA 3MP6A 4H6DA 4GXSB 5AA4A 4ZE8A 4F1UA 5B7DA 1LLSA 1A8EA 5IAIA 4OQOA 2ZYMA 4X1DA 4OESA 4G4PA 5TPAA 4C0RA 3DELB 5CBSA 4DLDA 4EQ9A 1SW2A 1D9YA 2WKYA 1EZ9A 4ESWA 4F3PA 4BDOA 2Z8EA 1OLAA 4F31B 4U22A 1NNFA 4NWCA 2REGA 2O1LA 1CB6A 1MRPA 1PB9A 5L8DA 1B4HA 3PMVA 4JSDA 4R6KA 5FHOA 2D5WA 1JVYA 2THIA 5I58A 1LBBA 4IO4A 1BLFA 3G3GA 3FVKA 4QFPA 5H8HB 2A5SA 2PX1A 1M5EA 4O3AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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