5BWYA

Structure of proplasmepsin ii from plasmodium falciparum, space group p43212
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
EHLTIGFKVENAHDRILKTIKTHKLKNYIKESVNFLNSGLTKTNYLGSSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Plasmepsin-2
publication title Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: the plasticity of proplasmepsins.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 81
structure length 376
sequence length 376
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2015-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bwyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bwyA01
1UH7A 5ER1E 1IBQA 3CYXA 5JFPA 2AVMA 1CMSA 3OXXA 2I0DA 4I0EA 2F3FA 2BB9A 3NU6A 4Y3RA 5P03A 4A6BA 2IKOA 3KF0A 4Y3AA 2Q3KA 1QDMA 2OHPA 4QJ7A 2I4XA 8HVPA 3ZKMA 3HZCA 4J0ZA 3GGVA 1BWBA 4EJLA 1PPME 5DR3A 3VYEA 5OZGA 3LZUA 5OYRA 2ER6E 1EPQE 2FIVA 1A8GA 2PC0A 2ZJNA 5KQYA 5P2TA 5P64A 4Y3NA 3INHA 1C70A 3EL5A 1GKTA 3NWQA 3ZPSA 3OU1B 1KJFA 5P7OA 1EEDP 5OZNA 3TKWA 4FGXA 5P6HA 3K5DA 3UQUA 4D89A 1HIVA 4Y3ZA 4B72A 2HS2A 3CKTA 5P0PA 5P0BA 1T7KA 3UDPA 3D20A 5BWYA 3UQXA 4YDGA 5OYTA 2XYEA 3ZKIA 5P5EA 3NDXA 4L7GA 4D8CA 4YD7A 3B80A 5P0KA 1TSUA 5OZ7A 2VA5A 1Q9PA 3FNSA 1IDAA 5DR8A 4KE1A 4EXHA 3S45A 4Y4ZA 4XX3A 2PK5A 2IEOA 5P3FA 1CPIA 5P5AA 2VNMA 2V10C 4Y5CA 4EP3A 5P4KA 4I0HA 1IZHA 1K6TA 4EJ8A 4HLAA 1EPLE 2G21A 2APRA 4D83A 1DMPA 3QAAA 2G1SA 3HAWA 3NU4A 4J54A 2FNTA 3PMUA 1XE6A 4B0QA 5APRE 1EPNE 1YTJA 3S43B 2Q5KA 1EPOE 3SO9A 5HE4A 5KQXA 3PBZA 3BC4A 1FKNA 1CZIE 5P4MA 5IVQA 3O9DA 6FIVA 4YCYA 5DGUA 5P5XA 1SMRA 3PLDA 2PSGA 2QI5A 1D4YA 5DQ4A 5P87A 5AH8A 2ZE1A 3VLBA 5P6MA 4KB9A 1ER8E 3S8IA 3O9BA 2QAKA 2FGVA 5P51A 4Y4BA 2QNQA 2RKGA 4D85A 2QI4A 5P4ZA 2F3KA 1B5FB 4TRZA 5P8MA 1TCXA 2P3CA 5P6PA 5P6KA 4NJSA 3SA7A 1SH9A 2HPFA 3KFPA 3VCMA 3K5FA 1YTGA 4OBHA 2V16C 3KDCA 3SPKA 1ZP8A 5P89A 2ZJKA 5OZ1A 3UHLA 1FFFC 5P75A 4GJ9A 5P14A 4DQCA 2AVSA 1DP5A 5P66A 4BEKA 5P5YA 4ZLSA 1HTRB 1WKRA 4H3GA 4I0IA 2A1EA 2ZYEA 5P09A 1EPPE 3JVWA 3G72A 3FNUA 5P3JA 2I0AA 5COPA 5P13A 1MT9A 3VLAA 4Q1NA 1BBSA 3SM1A 1W5YA 2AZ9A 3RTNA 2NXMA 4YD4A 3Q70A 5P2SA 2JE4A 2ER0E 3O9AA 1B6KA 1C6YA 3PSYA 3K5CA 5P5DA 3LIYA 4J0YA 2ZHVA 1FMXA 5P7XA 5P8DA 4ZPEA 5P2DA 1PPKE 3APRE 3EM4A 1G6LA 2VIYA 2PWRA 5P4UA 3UFNA 5P0RA 3TTPA 1LF2A 4OBFA 5P8IA 3CICA 4E43A 1RPIA 3TL9A 1D4HA 2XFJA 3L3AA 5P2AA 2O40A 2AZBA 5DGWA 5P2XA 3SA5A 3SLZA 5P0NA 3SKGA 4XXSA 1AAQA 2BKTA 2QI0A 4OBGA 3DCRA 4WY6A 4Y5AA 2AOEA 2ZHRA 3BGBA 2OAHA 5P4QA 3T7QA 5OZPA 4BFBA 4EJKA 4S1GA 3U71A 1AJVA 2PQZA 5P84A 4I0JA 1M0BA 2FDPA 5P5JA 3IXJA 4Y43A 1ZPAA 4L7HA 4WTUA 5HDXA 5DQ5A 5P4EA 1SGUA 4I11A 5P29A 3K4VC 3S2OA 1ZSRA 3UF3A 4FRJA 4TVGA 4Z22A 4Y35A 5P7BA 5P70A 2BPYA 3OUCA 2R3TA 3ZKQA 1A94A 4CKUA 1MERA 1M43A 4COEA 2VA7A 3R0WA 2QCIA 5FIVA 1BVGA 3A2OA 5P11A 2EWYA 5P7QA 4B00A 4R93A 3QVIA 3QPJA 2ANLA 4YA8A 4EPJA 4LXAA 5P74A 5DR0A 3TPJA 5P8HA 5SXNA 5HE5A 1FQ8A 5T4SA 2WL0A 3D1ZA 3ZKGA 5P0MA 5OZ4A 4K4QA 4FSLA 2IGXA 2BKSA 5UPJA 1MIQA 3C9XA 5AGZA 4FM7A 4UPJA 1SBGA 5P7ZA 2QNPA 5P88A 5P78A 5ISKA 5P1WA 4J1EA 1MESA 5P3PA 3EM6A 5P2UA 4Y3EA 4J1FA 5OZCA 5P3HA 4QLHA 4Y3XA 2AIDA 2Q55A 2ZJLA 2IENA 4YCKA 4Y47A 4JECA 2FXDA 5P6ZA 1W6HA 5OYUA 4RVIA 4GJBA 2OHSA 5P1HA 1KJGA 4YHQA 1T6EX 4Y3MA 1W5VA 5P5NA 4DJWA 3D91A 1BVEA 5P3YA 4Y5BA 3SQFA 5P5SA 3IVIA 5P1JA 5P8EA 3O9LA 2ER7E 5P6YA 4ER2E 5HU1A 4QJ6A 4Y57A 5P2WA 5P50A 5P2EA 1PFZA 4J1HA 2OHQA 4J1KA 5P72A 5OZOA 5KR2A 3GI4A 1FFIC 1B6PA 5P53A 3VF7A 4R92A 1EC0A 5I3XA 5J25A 5IVTA 3PWRA 1LS5A 5OZ3A 3QN8A 1MUIA 2G24A 3EKTA 5P1QA 3QBHA 3URLA 3OWNA 3FKTA 2QHCA 5P8OA 2FGUA 5P3UA 5BRYA 5P3MA 4RCFA 3OUBA 5P6CA 4QJ8A 1QS8A 3LIXA 3KMYA 3PMYA 3PSGA 3B7VA 2NXLA 5OYZA 2B7FA 1HIHA 3RTMA 3Q3TA 3CKRA 4K4RA 3FV3A 5P67A 1YG9A 3R1GB 5P2JA 2I4VA 5JODA 5OZ2A 2WKZA 4LAPA 4J1IA 1GVVA 2P3AA 5P7YA 4NPUA 3OY4A 1QBTA 2PYMA 5OZDA 5P82A 3S54A 2QI7A 1D4SA 2WF2A 2ASIA 3LZVA 5P58A 2NMZA 4R8YA 5P0HA 3HAUA 2CENA 2RSPA 1QBUA 2OHRA 4I0GA 5P42A 5P4GA 1DIFA 1LV1A 1EBZA 4JPCA 1W5XA 4GYEA 1B11A 3HVGA 1ME6A 2QZWA 4YD6A 5P6SA 3OU4B 4D88A 3GW5A 4XKXA 3RTHA 2QU3A 3EBZA 5OZIA 5P1MA 1D4IA 4Y3LA 5OYSA 2P3DA 1BAIA 5P1OA 4LXKA 3UDQA 3CMSA 1W5WA 4GMIA 4HZTA 3I8WA 5OZBA 1FGCC 4HA5A 3EC0A 3OTSA 3PCZA 2V13A 4KUPA 3GI0A 5P25A 3HW1A 4EXGA 1QRPE 1MRXA 1YX9A 5P49A 2HIZA 2BPXA 2PSVA 1F34A 5BS4A 1IZIA 2UPJA 1ZLFA 3T6IA 1W6IA 1MSMA 5P4CA 1IZDA 4K8SA 2JJIA 3D3TA 4YD3A 5B18A 3PCWA 3TLHA 2WHHA 4LL3A 2NTRA 3KMXA 5P6QA 5KR1A 4CPXA 3O9IA 2WJOA 1AM5A 4U7QA 4Y4XA 1AIDA 3OUAA 2FDEA 2QZKA 5P2YA 3WB5A 2RMPA 4DUSA 1AZ5A 3O9LB 3DUYA 5P1BA 2ZHUA 4Y4AA 5PEPA 2QMDA 4DQFA 5P0TA 5P26A 4U7VA 3ZKXA 2XFIA 4CPQA 4MC2A 5OZHA 4F73A 3SFCA 3SA3A 4N00A 5P59A 3MWSA 2Q54A 4Y3GA 3VF3A 2Q15A 3ZL7A 2IQGA 4J55A 1MT7A 4NPTA 5OZFA 3EL1A 3R4BA 2VA6A 4J0PA 5P7SA 3HBOA 4ACXA 5AH7A 4I0DA 1HEFE 3KFRA 5P3QA 5P6DA 4PYVA 5P4YA 5P5WA 2AQUA 5P2BA 3GGUA 5P1DA 4Y39A 1HPVA 4DJOA 4Y41A 3O9FA 2OF0A 3EL4A 3IAWA 5P80A 1G0VA 5I3WA 3LITA 5F01A 5P0WA 5EZXA 5KQZA 2I1AA 4ZSRA 4DQEA 5P0ZA 5SZ9A 2NNPA 5P7HA 1GVUA 4OC6A 5P1KA 2P4JA 5KQFA 5P8PA 2ZJHA 5P3LA 1U8GA 3DK1A 1IVQA 4TVHA 5P8RA 2H6SA 1ENTE 5AH6A 2R3WA 2R8NA 2I4QA 2J9KA 2PYNA 4DQBA 4MC6A 4YOAA 4I8ZA 2F81A 2P8HA 5P48A 3L5DA 2HC0A 5P7MA 5P23A 1C6ZA 4GB2A 1HXWA 1OEXA 5DR7A 5P85A 5P3KA 3ECGA 5P3NA 4HVPA 1XL2A 1TSQA 4OD9A 1BIMA 2I4DA 2O4NA 3CIDA 3L5FA 3BXRA 3G6ZA 5P2KA 5P38A 4B1EA 3L38A 4AUCA 4IVTA 1OEWA 3PWWA 3QS1A 4F74A 3OQFA 5P5FA 2AOCA 5P0DA 5P6NA 4ZE6A 1HVLA 4RZ1A 5P0SA 3OK9A 1G2KA 4DQHA 5COOA 3OQDA 3QRVA 1SDVA 5P24A 4NJVA 5P5HA 2WEAA 1BV7A 3HLOA 5P2LA 2FS4A 1AVFA 5DQCA 4FSEA 5P7FA 1HVIA 2OHLA 2IKUA 3N4LA 2G22A 5DR4A 5P71A 4AMTA 3BUFA 1PSNA 4Y54A 5P76A 5P0GA 3UDJA 4H1EA 5AHAA 2QZLA 4ZPFA 4FLGA 3UDMA 2JYSA 4DI2A 5P8QA 4XX4A 3LPJA 4Y37A 5P2VA 3PB5A 4DJVA 5HDZA 2FLEA 5P22A 3RSXA 4Z50A 3T11A 5E5KA 1E80E 4ZEAA 3VF5A 5P17A 3L5BA 5P3ZA 1PPLE 2V12C 3TPLA 3UDYA 3EKYA 2QHYA 2HB2A 2IRZA 5OZYA 1T7IA 4QJ9A 3VV7A 5P3VA 1ODWA 3GGXA 3I7EA 2BPZA 4GJAA 5P0JA 3H5BA 1LYWA 1FQ7A 2G94A 3LPKA 5OZTA 2HB3A 5ENMA 5ENKA 2ZJJA 4CPWA 4Q1WA 3T3CA 2AODA 4TRYA 2QMPA 5P7JA 5P8SA 5P02A 4CPUA 5P10A 3KFSA 3EKQA 3T7PA 4H3IA 5OZVA 3UDKA 3BVAA 3L58A 5P8NA 1UH9A 5P40A 2WEDA 3EL0A 3DOXA 3NXEA 2G27A 2OHNA 5P05A 3DCKA 2NPHA 3ST5A 4L7JA 2UXZA 1LF4A 5P3BA 1QBRA 3NDUA 4I10A 5P8VA 4HDFA 2AOIA 4EYRA 1C6XA 1APWE 4Y38A 3CYWA 4Z2ZA 2Q64A 4RYGA 5P4XA 4OC6B 5P04A 1LYAA 1HTFA 5DR1A 2ER9E 5DPZA 4DJRA 2VJ9A 4Y4GA 4ZSMA 3ZMGA 1FMUA 3NUJA 5P18A 5P00A 4NKKA 1XN2A 3OOZA 3EKXA 2MIPA 1EBWA 2AOGA 1APTE 3KM4A 5OZ5A 3FX5A 4OD9B 4FRKA 1AJXA 4RGHA 3OXWA 1ZBGA 4PHVA 2BBBA 2WECA 4F75A 5I70A 4Y53A 5AHCA 4GJ8A 5P8GA 1MSNA 1EC3A 4GJ5A 4Y5LA 3VFBA 4RVJA 2HAHA 3S56A 5P5RA 3IA9A 3BRAA 1BV9A 4Y3TA 4Y9WA 1EPME 5OZAA 1BDRA 5P7EA 3PWMA 4Q1YA 2B8VA 3ER5E 3TPPA 4FAEA 2QMGA 3ZKNA 4MC1A 5P56A 1SIVA 3PEPA 4Y3FA 4EQJA 4EHCA 3OU4A 3NDTA 1GNMA 1HXBA 3KFNA 5P52A 5IVSA 1K2BA 5OZ8A 1VIJA 2G1YA 5P4VA 3IVHA 3UPJA 5P4BA 1DW6C 5P0LA 5P4JA 4AZYA 5P83A 2ZJMA 3VV8A 5C9DA 3OQ7A 2XYFA 4EQ0A 3I6OA 1D4LA 5P4RA 1Z1RA 4DJYA 5AHBA 3NU9A 5C9FA 4JP9A 5P36A 5DQ2A 1SGZA 4DFGA 1KJ7A 3IXKA 1OD1A 4B77A 5P7WA 1WBKA 5P32A 2QI6A 5P08A 4L6BA 1IVPA 2VJ6A 3SM2A 5P0XA 3L59A 2JXRA 3TH9A 5P7VA 5P3OA 3NSHA 3F9QA 1LYWB 2OHUA 4Y3JA 4M8YA 4JOOA 2NMYA 5P8CA 2AVQA 5SY2A 2FMBA 2QNNA 5P4TA 3BVBA 1SDUA 3QROA 5P2IA 4APRE 1HSHA 4Y3PA 2O4LA 4ER1E 1E82E 1MT8A 5P8AA 3RVIA 5P8UA 3SA6A 2QD7A 2AOHA 1FB7A 4BELA 1B6JA 5SY3A 5P3IA 5OYVA 4GJ6A 5P2QA 3S85A 1UPJA 4F76A 1HVCA 2BPVA 1LYBA 4OBJA 2RENA 3PM4A 5CLMA 5P5KA 1E5OE 2A4FA 1DAZC 5P20A 5HCOA 4RRNA 3EKWA 2R9BA 2PH8A 7UPJA 3NYGA 3G70A 5HE7A 3IN3A 1LYAB 3DM6A 2G1NA 3S7MA 1PSOE 4R5NA 4ZPGA 1HVSA 3NLSA 4DQGA 1FIVA 1EC2A 5HTZA 2PMAA 1T7JA 2AZ8A 4Y4TA 3Q6YA 3PI0A 5HDVA 3OTYA 4Y3YA 5P2MA 2HM1A 3HDKA 4AA9A 2P3BA 3DJKA 3NR6A 3VEUA 2O4PA 5ISJA 5OZQA 2V11C 1MTRA 3BGCA 2HB4A 5P33A 2V0ZC 4PPHA 3UDRA 4J5JA 5P46A 4YDFA 4FE6A 4Q1XA 6APRE 1HWRA 4J17A 1D4JA 5P81A 3M9FA 5OZKA 5P3DA 1K1TA 1BILA 5KAOA 1GNNA 1MPPA 2FDDA 5P8TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH7 A;  5ER1 E;  1IBQ A;  3CYX A;  5JFP A;  2AVM A;  1CMS A;  3OXX A;  2I0D A;  4I0E A;  2F3F A;  2BB9 A;  3NU6 A;  4Y3R A;  5P03 A;  4A6B A;  2IKO A;  3KF0 A;  4Y3A A;  2Q3K A;  1QDM A;  2OHP A;  4QJ7 A;  2I4X A;  8HVP A;  3ZKM A;  3HZC A;  4J0Z A;  3GGV A;  1BWB A;  4EJL A;  1PPM E;  5DR3 A;  3VYE A;  5OZG A;  3LZU A;  5OYR A;  2ER6 E;  1EPQ E;  2FIV A;  1A8G A;  2PC0 A;  2ZJN A;  5KQY A;  5P2T A;  5P64 A;  4Y3N A;  3INH A;  1C70 A;  3EL5 A;  1GKT A;  3NWQ A;  3ZPS A;  3OU1 B;  1KJF A;  5P7O A;  1EED P;  5OZN A;  3TKW A;  4FGX A;  5P6H A;  3K5D A;  3UQU A;  4D89 A;  1HIV A;  4Y3Z A;  4B72 A;  2HS2 A;  3CKT A;  5P0P A;  5P0B A;  1T7K A;  3UDP A;  3D20 A;  5BWY A;  3UQX A;  4YDG A;  5OYT A;  2XYE A;  3ZKI A;  5P5E A;  3NDX A;  4L7G A;  4D8C A;  4YD7 A;  3B80 A;  5P0K A;  1TSU A;  5OZ7 A;  2VA5 A;  1Q9P A;  3FNS A;  1IDA A;  5DR8 A;  4KE1 A;  4EXH A;  3S45 A;  4Y4Z A;  4XX3 A;  2PK5 A;  2IEO A;  5P3F A;  1CPI A;  5P5A A;  2VNM A;  2V10 C;  4Y5C A;  4EP3 A;  5P4K A;  4I0H A;  1IZH A;  1K6T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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