5BXRA

Lnbase in complex with lnb-nhacdnj
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 234
structure length 634
sequence length 634
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxrA01
2J78A 3WDHA 1YHTA 1SYTA 3UR8A 5FZYA 3CH9A 4B16A 1NOFA 1XH1A 1E4IA 2ZUSA 2EBNA 1PX3A 1PEZA 1EOKA 1PAMA 3BA4A 1VJZA 5EG6C 7CGTA 1JT3A 5DUYA 1C8XA 4ATDA 1UD4A 3ZT7A 4TX8A 1ECEA 1JD7A 1V08A 1AVAA 1JYVA 3P6JA 4KGJA 4LO7B 1G9AA 3VM7A 4A7ZA 4GIAA 5I77A 5JBDA 2NTDA 1KXVA 3MPPG 1KFWA 4AWEA 1WCGA 4U5IA 4CGTA 4JRAA 3AH2A 3AROA 3GXMA 3DYPA 4ZBVB 4CD4A 3L4WA 4JHOA 2WVUA 4WKFA 3PZTA 1FH7A 4G9MA 2VCCA 1KBBA 2DPEA 3S8JA 4HU8A 5A1AA 1S0DA 3MS8A 1K9FA 4UTFA 1TIEA 1WO2A 3NSMA 1UWUA 1FHDA 1PX4A 4H41A 4MB3A 5ABGA 4UZSA 3VO0A 2WLYA 1UD3A 1MC9A 2E9MA 1KCKA 3NCOA 1EIBA 5DZUA 1ITCA 3AXIA 3HU7A 2RGLA 4Q91A 4TOQA 3VU2A 4OOUA 1BTCA 2EPLX 2VQTA 4PMQA 2KI4A 3ZIZA 4QBVA 4LO1C 4CVWA 7TAAA 1EVTA 3AYRA 5AC4A 1HCEA 2JEPA 1MQQA 1PZ2A 4KRUA 4TTGA 1MFUA 1M03A 3FJBA 4D6GA 3SCOA 1JZ8A 3WFLA 3A23A 1NH6A 1ODUA 2UY5A 3HMYA 3PZMA 4X38A 3MKKA 4H04A 1V3IA 2YBUA 3FJ9A 4W86A 1UUQA 1CZ1A 4OJYA 2NP0A 3O4CA 1JG9A 5JUVA 4GO9A 3FUQA 4D6JA 4Z2LA 1R86A 1LG1A 1CXLA 2BVTA 3SCUA 3KL3A 1TWMA 4ACZB 3RJXA 1N82A 2ZE0A 1HWPB 5ABEA 1E0XA 1HL9A 2BHZA 4ACYA 5M03A 4UFJA 3BAVA 2Y8KA 3VMOA 2WANA 5FOOA 2Y8VA 4P0KA 1OM0A 3AHTA 4XZBA 1W91A 3FJHA 2AOSA 2ZUMA 3VINA 3NSNA 5CG0A 2WC4A 1FP8A 1B1YA 2WHMA 3QHOA 3WENA 5F8YA 1V0KA 2OLHA 3T0AA 2VXRA 1G0CA 4DCKC 4PMXA 3I2XA 2XYLA 2MLLB 4FVVA 3ZXGA 1XG6A 3O3QA 1MD6A 3PHZA 2OWWA 4DWSC 3VT1A 4Q7NA 4EFRA 2CNCA 4FMVA 3NDYA 1G94A 3MV11 4JZ5A 4UFKA 3UERA 4CUCA 1EGZA 4D0ZA 4A7YA 3EDJA 2YL8A 4QD2C 1VCLA 3W4RA 5BRPA 2MANA 2YOCA 3A21A 4M1RA 3AFBA 2P39A 4L4PA 5FKYA 3LLPA 1QQKA 4TVCA 5E09A 4P7OA 5EB8A 3DHPA 2QPUA 2XFFA 5HNNA 4I4QA 2E4TA 1OSEA 3TTYA 1BARA 3VX0A 1EQCA 1FFRA 9CGTA 3CQAA 1OCQA 3IM7A 4UOJA 1IOBA 1CEOA 2W4XA 4PTVA 2D3LA 4I8MA 1WD4A 2QN4A 2K4AB 4JKLA 4XV0A 1NWSA 2XGIA 3T2OA 3OJVA 1H11A 4M82A 3ZXDA 2VCAA 4I0YA 2ZICA 3VSZA 4NF7A 3PTMA 2C8NA 2GZBA 1UKQA 2V5DA 3F4VA 1US3A 2GJXA 4HZ6A 2J7FA 1ZBCA 5GAQA 2OWXA 5FL1A 3VGGA 3FJAA 2VQUA 1HKKA 2ERMA 2J4GA 3HJEA 3OBTA 1JYXA 1FOBA 4HA2A 1DZDA 2BV9A 4IY8A 3UESA 31BIA 1VBUA 3LPGA 1M01A 2XHYA 2NM1A 4H8UA 3SNVA 1UQYA 1UD2A 2VR5A 4ZKTB 2FH8A 1HCDA 1CGUA 1CGTA 1V3KA 2Y9XE 1BGAA 1DHKA 4AC1X 1OD0A 3IM6A 1QVBA 3MV01 3UG4A 2ZX5A 1C8QA 3TTOA 1Q6CA 2Y2WA 4DUXA 4UR9A 4QC4A 5FNWA 1HN1A 5F8WA 1BVNP 1QXMA 3A4WA 3SUSA 3A07A 3T2QA 4AEEA 3BGAA 3SUWA 4AZ6A 3BAHA 1E6RA 3UD7A 1PZZA 1NOUA 4UZUA 1JTCA 2NZ9A 3QR5A 1HXJA 1LL4A 2RSTA 2DH3A 3AIVA 3ARUA 3AMLA 3AXXA 1JT5A 1PUUB 3VUPA 4UOQA 3SCSA 1HKJA 4NRSA 1BAGA 2KLLA 3BAIA 1L2HA 1YYNA 5CQ1A 4X0NA 3R4SA 3FUOA 2XG9A 4DWSB 1JZ4A 1BYCA 2E3ZA 4HA1A 3W6MA 3VDCA 3WD0A 3HSMA 4JCMA 5A94A 5HPZA 1NARA 2C7FA 2FDMA 1H41A 3FJCA 1NOWA 3P53A 3VD7A 5DF0A 2CHNA 1MWOA 2GDUA 2NT1A 5A6LA 1ZS2A 3MMDA 3AICA 3W6LA 1O6IA 3WH8A 4D6IA 3KEHA 2PWEA 3WQ5A 3QGVA 1F31A 3FFZA 2NVHA 5BROA 1NWUA 1D2KA 1H3GA 3FY1A 3TA9A 4XFTA 3VIPA 2EPOA 21BIA 5IFPA 1JZ6A 2CKSA 3VEQA 5CPSA 4AZBA 4I7IA 3UDAA 1ODZA 3PUBA 1BFCA 1UH3A 4UQBA 1WD3A 4I4VA 4W93A 1AQ0A 3VDAA 4MNKA 2WVVA 1BYAA 1DIWA 3K4AA 4GXPA 1HIZA 3TTQA 4QKRA 3DHUA 4I4OA 2VL4A 4IISA 4P7QA 3WQ6A 1WE5A 1J10A 1W32A 4LXFA 3QOKA 2VOTA 3GH5A 1W3KA 1KXTA 2WMGA 1D7FA 1AVXB 3OIHA 1QPKA 3WY1A 4F83A 1EH9A 4ZENA 4P8WA 2VVNA 4HA4A 4C7GA 1HJUA 1E15A 3ZR6A 5A6KA 3N9KA 1BASA 3GNPA 1MFVA 3VIKA 4JP0A 3PHAA 2DIJA 4URIA 2XJ7A 2QLYA 1UWQA 1IJTA 1ILR1 5CXPA 1JZ2A 3WFZA 1W9DM 3N7LA 4HMEA 1V6YA 5JBFA 4B9YA 1QBAA 5HPOA 4CJMA 2O9TA 3R4UA 4OZOA 3O4AA 3UD8A 4D1IA 3C9ZA 1R7OA 3A4XA 1XC6A 4IUGA 1Z2VA 1XCWA 6TAAA 2WMKA 4PMZA 4PC4A 1X1NA 5BRQA 2E9BA 3WF4A 1KBKA 4EFQA 3ARZA 1HWMB 1DFCA 4I2SA 3E1F1 1UA7A 1JZ7A 1GGPB 1HWNB 4U5KA 4LO1A 4DUWA 2VCBA 3A47A 1V6VA 1ZBKA 3WO4A 2YJQA 4AY1A 2WZHA 3W0KA 4P8XA 1BVZA 1H09A 4D0TA 2QHAA 1IRPA 1S46A 2X2SA 1E40A 3G6MA 4Y7EA 2CEQA 4XB3A 3IJ9A 4J7RA 1SR4C 1I75A 2KKIA 3CA0A 2WMHA 3OA5A 2DH2A 4LYRA 3LPFA 4GOVA 5BVPI 4P7LA 3RTJB 3NUKA 1G1YA 1B3ZA 2ZR1B 1JQZA 3OJ2A 1TMQA 4J3SA 1GJUA 2JALA 1M16A 3N0KA 2WPGA 4JIEA 5BP5C 4FK9A 2ZXQA 3VNYA 3K4DA 1W3GA 1TZ7A 2VZTA 2E40A 2O9OA 4QBCA 4ZXLA 3WMBA 2V3GA 3T2PA 4C91A 2EPNA 2WRYA 3BRGC 4UQCA 1GOKA 3CMGA 1ABRB 3RILA 4OOZA 3AIRA 1GPFA 1KCLA 5D9MA 4PMRA 3RM9A 4M56A 5E0CA 3OLGA 1J0HA 4L4OA 1FMMS 4K68A 1GZJA 5E9AA 3FJDA 3VIOA 3W37A 2G3IA 4JKQA 2QMJA 2W61A 3VGHA 2ZWYA 1KR0A 2G8ZA 4F66A 1DFQA 3VIFA 2X09A 3OLEA 2DSZA 4CD7A 3L4XA 2JFEX 4JL1A 4I4YA 4PTWA 2FFVA 4ZLBB 5A6BA 3G6LA 2DT1A 2NT0A 2DGAA 1FQ9A 2VNCA 4PMVA 2D43A 4FLRA 1G9BA 1E55A 3FXYA 1ZBVA 4NRRA 1CENA 2VRKA 1P63A 2Z1SA 2VX4A 1NWRA 4OEGA 3THCA 3N13A 4HOZA 1VFFA 3WH6A 1EYLA 4D1JA 8CGTA 3WBAA 1L8NA 1EV2A 1D3CA 4JHZA 5BCAA 4OW4A 3MALA 4IQPA 1LWHA 4W7UA 4CU8A 3M7SA 3WH5A 4IM4A 1LG2A 5BXRA 3S2CA 5C70A 3Q7XA 4MB5A 1QHOA 4Z2HA 1GOMA 3IJ7A 4QFUA 1TVNA 4MNJA 1E6PA 5I5RA 3ZX7A 1AVUA 2UY3A 1UZ1A 1WKYA 3N18A 1WBCA 3NYDA 2UY4A 4QCEA 2VU9A 4FGFA 4OEEA 3RM4A 5LA1A 3OZOA 2EPKX 2GUYA 4I4RA 3FN9A 3GYCA 2ZUTA 4M80A 1Q6FA 3GH4A 3BCFA 3UETA 3QHNA 4A3YA 4AIEA 3FJEA 1BFNA 3W27A 1R7AA 4D72A 3ARVA 3VGDA 3SUUA 4YOLA 3CZKA 3AS0A 4GI9A 3OZPA 1YTOA 4JQ0A 4I1EA 3BX1C 1DJSB 5BXTA 3RCNA 3FHQA 3KWXA 1BFFA 2XSBA 4ATLA 5CGTA 1MYRA 5CZKA 1JT7A 3T8SA 1GHRA 2V3EA 5A8MA 1SMDA 1W9XA 2CESA 1BLDA 3EMZA 1W9UA 3APGA 2BVDA 3VIMA 1QI0A 4X3AA 1V6WA 1I1XA 3VOCA 3BSHA 1PZ3A 2YIHA 3AS3A 1QI2A 1X6LA 4C7FA 1FMZA 2ZXBA 4J28A 1CXKA 2QPSA 5DT7A 2F2FC 2V5CA 2A3CA 4X9YA 1WBAA 3GNRA 1MXGA 1XSKA 3EDEA 3AKGA 2QMKA 4S3KA 1JI2A 1YBIA 4FLSA 1B3YA 1WZLA 2J7DA 1HJVA 4V28A 3PG0A 1DQGA 1PIGA 4IZXA 3PTKA 4EKJA 2WMJA 5C8BB 3QR3A 1H0IA 3MSGA 3SIMA 1MW2A 1WZMA 1CDGA 4UQDA 4J23B 3CGTA 5GNYA 3ARQA 5FCZA 2YA2A 1G5AA 5I79A 3SUVA 5E70A 5I23A 3UR7A 1LL6A 4AYSA 3S8KA 5JLVA 1B3XA 3L4TA 5ECUA 4GP3A 1UA3A 1BHGA 4ZOTA 4CN6A 3W26A 3ZC9A 2GJXB 1R8NA 4C90A 1JGIA 1OBAA 4MDOA 3H6QA 1GVYA 3Q7YA 1QNPA 1UPSA 1W1VA 3II1A 1ESWA 3BAOA 3V0BA 4TLPA 3BAUA 2FGLA 2WBKA 2DSWA 3CA5A 4J27A 1XSIA 4B15A 2A3BA 3IJ8A 3FGMA 3CUIA 2BNJA 4AIUA 4FLQA 1G9CA 2ZOXA 1DWGM 1HVXA 2OSWA 3O4OA 2D1ZA 1HL8A 2YLAA 3SCNA 4UCFA 4KC3A 4DENA 3NDZA 4D8HA 3OGGA 1MQPA 2BEAA 3FJFA 5FNXA 4H8VA 3WD3A 4BCEA 3Q7WA 2WLZA 1UWTA 1EPWA 1KNMA 2EO7A 1S0EA 2FHFA 5ABHA 5DSSB 2J7BA 1PPIA 4TXEA 3BSGA 4RE2A 3WUEA 4MJ4A 4BQ2A 1CGVA 2PWGA 1FGAA 2J47A 3AQUA 4GO8A 3SCWA 1WDQA 1JY0A 3ALFA 1E71M 1DQOA 4PTXA 3RJYA 4D71A 2X05A 2XVGA 2Q9XA 2WCSA 1S0GA 2AXMA 2ESUA 4LO2C 1J0KA 3I3BA 4B3KA 4PN2A 3HN1A 1QOXA 1HVQA 1UG6A 4J2YA 2CERA 2MIBA 1NM9A 3A4AA 2IWTB 3AHYA 1V3JA 3CLWA 1XHBA 9ILBA 4D6HA 3WNLA 3DECA 4UQAA 3RM8A 3VILA 1BGGA 2D0FA 3MANA 4DM1A 4PMYA 1QBBA 1CIUA 1JFHA 1B30A 3PZGA 1HJQA 3FJ8A 2OYMA 4WKHA 3W38A 3D3AA 1EO5A 1SR4A 3O49A 3DC0A 3OGSA 3NBDA 1XD0A 3O9NA 1JF6A 4HA3A 1F4AA 4I4SA 2WMFA 3A6OA 3VD9A 3LPOA 3QYDA 1YQ2A 5I6SA 3CRGA 1AVWB 1OD8A 1BSIA 1RP9A 3W25A 1E1FA 3ZM8A 2WVVB 1G9DA 3MU7A 2WVTA 5CLTA 2ZXDA 5GNZA 5BP5A 4JFWA 3AMGA 4AD0A 3VGEA 4DM2A 1E0OA 3WUGA 4QO3A 2DEPA 3OBRA 1E5NA 2VR4A 2G4FA 3ZJKA 1ISXA 3J7HA 4QDMA 1JDAA 1GW1A 4AZGA 1QI4A 1UH2A 4S3JA 4ATWA 2XUCA 2D7RA 3UG5A 3BLKA 5A3HA 5EC5A 5AYBA 5AC5A 2BHUA 3IM5A 3GM8A 1FH9A 2CIPA 2GJPA 1AF9A 4G6MA 4W85A 1K9EA 1Q1UA 4GQRA 2XM2A 1ZJAA 3ZSTA 1A8DA 1U33A 4JFTA 1JZ5A 4PUEA 2VLCA 1J0YA 1W3HA 1W3JA 2FH6A 3IAQA 4UFIA 1JZ3A 3DYMA 2WZEA 2W67A 2FO1A 1QHZA 2WMIA 1VBRA 1ZU8A 1W9PA 1MW0A 1B2YA 2D3NA 3WDRA 2Z48A 3GDBA 2G3MA 2ZX9A 3WQVA 3F5KA 3CA1A 4PTMA 3WQ4A 1K9TA 4H7VA 1OINA 3POKA 2VZUA 4IHZA 2WCAA 4GZEA 4JKKA 1Q6EA 2VTFA 3ALGA 3VMPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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