5BXTA

Lnbase in complex with lnb-nhacaus
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 238
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxtA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxtA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxtA01
4ZXOA 4R5EA 4B16A 4P8VA 3AJ5A 1QHPA 4PEEA 5HPZA 1E5JA 1VEMA 3K4AA 3G6LA 2EEXA 1E40A 3AS0A 3PG0A 4AEEA 1RD6A 4CGTA 3UEQA 3PZQA 1SR4C 1LL7A 4PC4A 4I4YA 4L4IA 1FA2A 4AD5A 3EDDA 4ATDA 2Y4SA 1T4QA 5E24E 4J2SA 1I75A 2KH2A 3FJDA 1R7OA 1IRPA 1HJVA 5CGMA 1AVWB 2DSWA 1S0GA 2GDUA 1J0SA 4A7YA 4GP3A 4AZ7A 1W2PA 1GHSA 1WBCA 3N12A 3CMJA 1WB0A 1JF5A 3AICA 3EMCA 2O9RA 1JT7A 1ODUA 1VEPA 2W91A 5GPRA 3DYMA 3CRIA 1E4MM 4WF7A 2UY3A 2RSTA 2XOAA 4D6FA 4C7FA 1BGAA 1CBGA 4M56A 3AS2A 8I1BA 1OB0A 2XG9A 2QLYA 4CD4A 4QBCA 5DZUA 3T0BA 1LJYA 3BAKA 4J3UA 5DEZA 2ZUMA 3WH5A 2J25A 3APGA 1VIWA 4GZJA 4ZLBB 3NJ5A 3MANA 3CBWA 1ZL1A 5JIPA 5AC4A 3W37A 1R7AA 1KXQA 3HBWA 3AIEA 4CKQA 1B3ZA 1F4HA 5BYWA 4GINA 3WUBA 3FAWA 2AAAA 5E6YA 2V3EA 2MC2A 4JFSA 4HMCA 4ZENA 2D22A 3VGEA 3ZT5A 4QDMA 2LIQA 3V0BA 4UQDA 4U33A 3P6IA 2WWDA 3AXIA 2WHMA 1QQLA 3WDJA 1JGIA 1GVIA 1HWNB 4W5ZA 5A8QA 3CAHA 4C7GA 1HVXA 3WBAA 2D1ZA 4UFJA 2YOCA 2D7IA 4KEIA 1HJXA 5A6LA 4TXEA 4HMDA 2ZUWA 4FLOA 2ZXBA 1XCWA 2X8RA 4H2CA 3VM5A 4EANA 2DH3A 1XYZA 1TWEA 2BFHA 1N82A 4HU0A 4FVVA 3VSFA 2J7FA 3BAUA 3WH7A 3AFBA 1XH1A 1U30A 3KEHA 1JDDA 1KQZA 3AYSA 2D43A 3VNZA 2Z48A 1BTCA 4GO9A 2J3PA 2Y8VA 3DYOA 2DH2A 4QLLA 3RJYA 2BY3A 3IJ7A 3MUAA 4HOZA 3AMLA 4I6IA 2A3BA 5A6SA 4XFTA 3OJVA 1SYTA 3PZUA 1BASA 4OWKA 5D62A 2QMKA 5M3WA 2BHZA 4HPGA 1AFCA 1UZ1A 2WCSA 2VZUA 5DMYA 3FXYA 1V08A 1NOWA 1BARA 1CXEA 1GCYA 1JLYA 4AD3A 1CLXA 1XGZA 4OEGA 3B9UA 1PC8B 1PZ2A 3N04A 1D7FA 1MWOA 2WVTA 1W9BM 3VVGA 2EBNA 2NW0A 1ZBWA 2DT3A 2YIHA 1JXKA 2YLAA 3AIRA 2D0HA 4D6IA 5A6MA 5D9NA 2P39A 1J9YA 2WLYA 3ZJ7A 2J8FA 4UQAA 1R8NA 5B2HA 1C91A 1G9HA 1IZJA 4CD8A 4PTMA 2F2FA 3VD5A 4J3WA 3AROA 1HP5A 2D7RA 1B3WA 2CITA 1V6VA 5IHSA 3VSZA 1K9FA 2WZEA 4ACYA 4GAFA 4EE9A 1FH7A 1IZKA 4I4VA 1S0EA 2NZ9A 1GZJA 3WQ4A 3BAOA 2ZQOA 2YDQA 2OSXA 3K46A 4URIA 4MB1A 2BVYA 1GQJA 3AH2A 3BCDA 1MD6A 5FZUA 3VIMA 3FJHA 1CIUA 1MW0A 2WMGA 2XJ7A 2ZXQA 5LA1A 3FJAA 2W5FA 3ZX7A 1L0PA 1TA3B 4W7VA 4MDPA 5BXPA 2FFVA 1CTNA 1UWQA 4B3LA 3O3QA 3WINA 1S0DA 3KE0A 1GOQA 4AIOA 2D23A 1W9UA 3IIRA 4Z2GA 5CG0A 3CA5A 5KEZA 1VRXA 1M04A 1GUVA 2J7HA 1S0BA 4EFRA 1ITXA 1I1WA 3AS1A 3BGAA 5BQUC 2CBVA 1JZ4A 2ZX9A 3WQWA 4IISA 3Q7XA 2OWWA 1DWJM 3RDKA 2G3IA 1QVBA 4IY9A 1GQIA 3IANA 3V0AB 3H6RB 2A3AA 2VVNA 4GQRA 4I4SA 2VL4A 4M81A 4OBRA 2JIWA 1N4KA 5FL1A 3PTQA 3ZT7A 1E6PA 4AIEA 1EYLA 3O2LA 4Z2HA 1AMYA 4A3YA 5D63A 1K9TA 1MVYA 1W1PA 4F79A 1UR8A 1DHKA 1TFMB 2GJXA 3KL0A 1II4A 1PUMB 2XWEA 1HP4A 1UD8A 7A3HA 1WD3A 1EPWA 1AVAC 3UD9A 1CZ1A 3F5KA 1GGPB 4WKHA 9ILBA 3UDAA 4LO3A 4P7QA 1ITCA 2DGAA 1J18A 1KXVA 3WF0A 4J7RA 1Q6GA 2WM0A 4I1EA 3FJCA 4G9MA 2WMJA 2WW5A 2XGIA 2VJXA 3W6MA 1TVNA 5FIPA 3NIYA 3K8MA 4QAWA 3WH6A 1PIFA 3K1XA 3AXXA 2ZR1B 1KCLA 3ZC8A 5EHAA 3GYCA 1E71M 3WF3A 3UR7A 4CCCA 3SNVA 4MADA 4NZCA 3WNLA 1SMDA 1XZZA 5AY7A 1ZBKA 3O4AA 1BAGA 1JT5A 1BLDA 2GJPA 3DHUA 4BQ5A 3T08A 2E40A 3W28A 1HKMA 5C71A 1KBBA 4G6JA 3WELA 2CPUA 3WSUA 2WYSA 1E3ZA 2C8NA 1BFCA 1MW3A 4Z9WB 2HVMA 4KH2A 1RZOB 2OSYA 1DP0A 4DEPA 3OB8A 1GOIA 2VLCA 1J0KA 1E70M 2W66A 5D9MA 1KXTA 1P63A 3IJ8A 4E4PA 1TR1A 1YHTA 5I77A 1XG6A 1E6XM 2WCGA 1E15A 2UWFA 4XUYA 1JI2A 5A2AA 1W91A 4DUXA 2J78A 5F8SA 2VZOA 1KR1A 3LMYA 4RE4A 2J8GA 3AZVA 4LX4A 1VAHA 2HWAA 3SCPA 4XKIA 1CXIA 1BFBA 3I3DA 5AYIA 1Y7VA 1TWMA 3ILAA 2BVTA 4DUVA 3ZC9A 1Q4NX 2WVVA 3POHA 1TIEA 21BIA 3ARZA 1EIBA 2FGLA 2R9KB 5A2CA 1DWHM 4ZEPA 1WAWA 3GM8A 1DZCA 4ZFYB 1VFUA 1ONKB 4AZBA 3QR5A 1V3JA 1SR4A 2BEBA 2E4MA 1G1YA 1A3HA 1FV2A 3VMNA 1M01A 1OGSA 1WZMA 2JEQA 4GQQA 2NTDA 1AQHA 3BAXA 4HOXA 3BLKA 5E09A 1BPLB 5A8OA 4GOVA 3KMVA 3FJIA 3MPPG 1XHGA 2A3CA 2W62A 3ARTA 3BSGA 3WNOA 2Z1KA 3ZIZA 1C90A 2OWXA 1E3XA 1M03A 3AZWA 1RPKA 2AQZA 3ARRA 3ARUA 3WEZA 2XM1A 4CVUA 1J12A 2VC9A 1KWKA 4PSRA 2E8ZA 3CUGA 4U3AA 3PTMA 2GFTA 3AIBA 1AVXB 1H11A 4U31A 1JL8A 2DT2A 1E5NA 1JLXA 5A8PA 7I1BA 2KLLA 4QD2C 1UD5A 4J3VA 4J3SA 5JMCA 1CNVA 3OZPA 3MUIA 5EFFA 1UA7A 3TTSA 3FJ9A 1JQZA 4ACZB 4S3JA 1VENA 4C91A 3DECA 4LYQA 1R87A 2PBGA 3EMQA 2XHYA 4ZBVB 3W25A 2CESA 1L2HA 5I23A 5HPCA 2CHOA 3V0BB 1UH4A 1AVUA 5JLVA 1UZ4A 4WKFA 1E1EA 2XVGA 1OWQA 3OBTA 1DWGM 2CIPA 1HL9A 5AYBA 3NBEA 3NBDA 2BEAA 1R8LA 5EB8A 3PZNA 31BIA 5D9PA 4LYPA 2WRYA 4M8UA 4HR6C 3O4CA 5M03A 1KB3A 4MNMA 1XHBA 2PWHA 2M49A 3L4UA 2WWCA 3SUSA 1OSEA 1YQ2A 5IXEA 1PJ9A 4MAVA 3AI0A 3A07A 3EMZA 1PWAA 5BWFA 4LO2C 1JZ8A 4GI9A 2L5XA 3P6JA 1CPUA 2W67A 3BCFA 1UG6A 1HWMB 3KWXA 1Q03A 4EFQA 3MS8A 1H2JA 3AIQA 1GPFA 5BXRA 2WB5A 2TAAA 3CZLA 3HSMA 1ILR1 4AD1A 2ESCA 2OSWA 1HJUA 4Q22A 1OM0A 2WHKA 1NM9A 3BAYA 3QHNA 4XZBA 1EDTA 1AXMA 4OZOA 1FN0A 1E1FA 2VQUA 2AFGA 3HN1A 5GNZA 4GXPA 1GOOA 4AY1A 4V2XA 2G41A 3QGVA 1B9ZA 3U57A 1HNYA 3L4YA 1V3LA 3D5HA 2IWTB 3EDKA 3TTYA 1E6QM 3E1F1 2ZQNA 1E73M 2YA2A 5GQBA 4Z2IA 2VQTA 2VTFA 1DJSB 3SUTA 2YL5A 3VGFA 1HJWA 3N11A 1VFMA 3NBCA 2UY5A 3WDQA 3WENA 3OIHA 3ZXGA 3MUZ1 3CZGA 3AS3A 3ALGA 3MMUA 1MYRA 2J62A 2K4AB 2EPNA 2E9MA 5JUVA 3I2AA 2CEQA 5I2UA 5A8MA 2MLLB 2WSPA 1QW9A 2B31A 3EDEA 4UZSA 3PMEA 2ZIDA 3FFZA 3MSDA 3OGFA 1Q6EA 1UH3A 1UH2A 3MUY1 1HKNA 1UWSA 3UERA 3OG2A 1IJTA 1SR0A 4OOUA 4D6JA 3BH4A 3CQAA 1W2VA 1E4NA 2XFRA 3AOFA 3OGSA 1DZDA 2DS0A 2NT0A 2YL8A 3OJ2A 1LWHA 1Q6CA 3VGBA 1NOFA 4CN4A 4BQ3A 4D6CA 4P7LA 3AKGA 4F34A 2FO1A 5FZZA 1E0WA 3WUEA 1EV2A 2WXDM 4R27A 4PMVA 41BIA 2O9PA 1VF8A 3VMOA 3VT2A 1W3FA 1BYBA 2J79A 1D3CA 2WMFA 2VU9A 4PUEA 1E4IA 2FH6A 3S8JA 1H41A 1XSIA 4I4PA 3F5LA 3WD0A 3AHZA 2YA0A 4II0A 4JCLA 4M24A 1GNXA 4DWSA 1VFOA 1B3VA 5EFDA 4AD2A 1CE7B 2JIEA 1LQ0A 3VOCA 2EO7A 1IHKA 2HW9A 3SCTA 5IFTA 2VZSA 3GTNA 1E43A 2ZX5A 1NWRA 1GOWA 2YJQA 1JYXA 4GO8A 4ZFMA 4AXNA 3IM7A 1CGTA 4BQ2A 2VXRA 1IT0A 4JKLA 2ZUUA 1GOMA 1HT6A 3AHXA 4C90A 1YTOA 1ZU8A 3A21A 5LA2A 5BQUA 1H1NA 1V3MA 3U7BA 2YDRA 8A3HA 4BF7A 2GJXB 4KRTA 4ZFWB 4LPCA 4I37A 3AHTA 1NARA 1NWSA 1QXMA 4X3AA 1B3YA 4Y7EA 4OBSA 3FUQA 1D0HA 3VINA 2JALA 3WL1A 2DREA 3O9NA 1V0NA 1PIGA 1G0CA 3BSHA 4ZKTB 2VRQA 3RSJA 4HP5A 3SUUA 3JRRA 3NDZA 2V5CA 1UD3A 3WUFA 1E0OA 3WMUA 2PBOA 1D2KA 1UD4A 1AF9A 1GJWA 1CYGA 3RTIB 1J0ZA 4M82A 1XRVA 5I0DA 3T2PA 1G01A 3HOMA 3BAVA 2GZBA 4KEJA 5A6BA 1LL6A 4GP0A 2G3NA 5CSYA 3TONA 1HN1A 2QPSA 4AZ6A 1ZS2A 2CKRA 4LO0A 4M1RA 4J2YA 2VR5A 4MPKA 1HKJA 1AVAA 1G9AA 1WD4A 1PX3A 3FHAA 1CECA 3M7SA 3OGVA 4HPHA 3PZGA 2XSBA 1NUNA 1JIBA 1G5AA 4D8HA 1PX8A 2QMJA 2ZXDA 1JNDA 4W85A 4MDOA 2BS9A 2WHJA 1K9DA 1JNEA 1HF6A 1OD8A 4GZEA 2LIEA 2ZUNA 1C3FA 4KRUA 4WKAA 3RJXA 2QYIB 1IOBA 1W3JA 2O9TA 3PHAA 3CA6A 3VMPA 3V79C 1X6NA 2NP0A 3M6DA 4UQBA 1K5VA 3J7HA 2OWCA 2DPEA 2EQDA 3WBEA 3KL5A 2FHCA 2RQ9A 1EQPA 4MNKA 1BSIA 4EFPA 2Y9WC 5ABGA 1HWPB 1X6LA 3PHZA 3UCQA 1ZBVA 5HPOA 4ZXLA 2DSVA 4LYRA 1Q6DA 3W0KA 4PTVA 4W88A 3DHPA 3CZKA 3MV01 4UOQA 2E8YA 5GAQA 4F66A 1E0VA 4H9WA 3CA3A 3ZM8A 2OYLA 2WSKA 3UJ4A 4X39A 1ECEA 5EG6C 1QI3A 4CD7A 3AMCA 4XZWA 4WSJA 3PZMA 4USPA 3K4DA 3WMBA 5EBAA 2IHOA 1B90A 3ZR6A 4G9NA 2V38A 3VKKA 3W53A 3AMDA 3ARQA 4JZ5A 3W29A 1V03A 5JBEA 1EDQA 4LO7C 5A6AA 3PZOA 5DUYA 1CEOA 1DLLA 1FH8A 2J7EA 5M17A 3VUOA 3N18A 5HOSA 1UKTA 4UFLA 3SCQA 1JY0A 3N9KA 4W8AA 3S6TA 1BFGA 3A6OA 4AZGA 2G3JA 3PN8A 3OZOA 4CD6A 2J74A 1BFFA 1EQCA 4UFIA 3D7WB 3BTAA 4GZIA 1CGVA 4GKLA 1OIMA 1JZ6A 2DQXA 1JFHA 3GXFA 5FL0A 4W5UA 2J7BA 4AN7B 1GONA 1MQRA 2DIJA 1XD1A 4Z8SB 3SUWA 4KBBA 2E4TA 5ECUA 1QNRA 3LTQA 1HJQA 4W93A 1ZB5A 4OUEA 3NSMA 3BX1C 1C8QA 1B3XA 1JFXA 4PBGA 2J77A 4XB3A 1FMZA 1E55A 2HISA 3QOKA 1TZ7A 4P7RA 4P8UA 5BXTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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