The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
110
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sequence length |
337
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structure length |
337
|
Chain Sequence |
TVSVLSAASALPGPTVDNATLGRRLGMDRLWEQWVDAFIGTRTRHLAVDLDSGEIRHTLADLAHQAGSRALDAAGVTPEEVDLVVLGTATPDRLMPTTATVVADRLGIDGVPAYQLQSGCSGAVQALAVTRSLLLGGTARTALVLGGDVVARFYDLTADLRKLPPAEFVNYVLFGDGVGAAVLRVGEVAGAAALRSVFTRLVGLGREPGATLEWFGPTEDRNRPAATEDYKAIERHVPDLAAEVVEELLGELGWARDDLDYVLPPQLSGRMTALIVERLKLPQATEVSCVAETGNNGNGIVFLQLERALARLAGGQRALGVSIESSKWIKSGFALEG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
|
| molecule keywords |
3-oxoacyl-ACP synthase III
|
| publication title |
The structure of AbyA1, a tetronic acid condensing enzyme from the Abyssomicin polyketide synthase.
rcsb |
| source organism |
Verrucosispora maris (strain ab-18-032)
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| total genus |
110
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| structure length |
337
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| sequence length |
337
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-06-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08541 | ACP_syn_III_C | 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal |
| A | PF08545 | ACP_syn_III | 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SVK A; 4DDO A; 1ULQ A; 3HO2 A; 4XL3 A; 2X3E A; 1U0W A; 4C6V A; 3VS8 A; 5HWO A; 5KP2 A; 2P0U A; 3KZU A; 4YXT A; 1M3K A; 4B7V A; 2WU9 A; 4WKY A; 4XOX A; 3S20 A; 1ZOW A; 1KAS A; 2WYA A; 1U6E A; 3OYT A; 1AFW A; 5KP7 A; 4JD3 A; 3A5R A; 4JB6 A; 4LS6 A; 3AWJ A; 4NA1 A; 4C73 A; 2H84 A; 4XL4 A; 3V7I A; 1EBL A; 1CHW A; 3ZBL A; 2IWY A; 1D6F A; 1MZS A; 4BIA A; 4C72 A; 2BYX A; 2WL4 B; 3TSY A; 2VZ9 A; 4F32 A; 1XPK A; 4N45 A; 3G0Y A; 4TKT A; 1FJ4 A; 4JAR A; 1M4S A; 4X0O D; 1M4T A; 5LOT A; 5AB4 A; 2BYW A; 1D6I A; 2D51 A; 5F38 C; 3GWE A; 5TT4 A; 5BQS A; 1XET A; 2HDB A; 1CGZ A; 3LEH A; 2VB9 A; 4C6X A; 3I8P A; 1MZJ A; 1W0I A; 3WD7 A; 1WL4 A; 4ZDN A; 2VB7 C; 1WDK C; 3EUO A; 4C6Z A; 1YSL A; 2IX4 A; 3IL6 A; 1HZP A; 1TEE A; 3WXZ A; 1G5X A; 2IB9 A; 3GOA A; 3IL3 A; 2VB7 A; 2AHB A; 4JPF A; 5AB6 A; 2QNY A; 2GQD A; 3AWK A; 3SS6 A; 1TVZ A; 3E1H A; 3U0E A; 2BYY A; 4NA3 A; 5F38 D; 3SQZ A; 1I88 A; 2C7Y A; 2IWZ A; 4B3I C; 4C71 A; 1B3N A; 3OIT A; 4O9C A; 4C2J A; 4KTM A; 1M3Z A; 2HG4 A; 3IL5 A; 4C70 A; 2WKV A; 1CGK A; 4JV3 A; 1H4F A; 2IB8 A; 4X9K A; 4Z8D A; 2GFV A; 2WL6 A; 3WD8 A; 4DD5 A; 2D3M A; 2EFT A; 1M1O A; 4JAT A; 3ZBK A; 5KP5 A; 4XL2 A; 3IL9 A; 2VU0 A; 3LED A; 5LP7 A; 3LRF A; 5KP8 A; 3HNZ A; 2IBW A; 5BY7 A; 1XPK C; 1QFL A; 4UBW A; 3S21 A; 4EGV A; 1M1M A; 3H77 A; 1HNJ A; 4QAV A; 4JAO A; 2IB7 A; 2WKT C; 4LS7 A; 3T5Y A; 3S23 A; 3WXY A; 1TQY B; 2EBD A; 2IBU A; 1U0M A; 1XES A; 3U0F A; 3A5Q A; 2WKT A; 2QO0 A; 1X9E A; 1BQ6 A; 3MQD A; 1DLV A; 4O9A A; 4JGA A; 5BNR A; 3ZBN A; 2AQB A; 2GP6 A; 4UBV A; 4QYR A; 3G11 A; 3ZBG A; 1I89 A; 3T6S B; 5BNM A; 4KC5 A; 4KU2 A; 1Z1E A; 1TED A; 4EWG A; 3E60 A; 2IBY A; 2C7Z A; 1TXT A; 4B0N A; 3ALE A; 4UBT A; 1WDL C; 2F82 A; 2GFY A; 4JRM A; 5SXO A; 2GYO A; 5C1J A; 4N44 A; 1EE0 A; 5F0V A; 2VTZ A; 2WL5 C; 2WGG A; 5HWR A; 1E5M A; 5AB7 A; 2WL4 C; 1Z1F A; 1NL7 A; 4UBU A; 4YZO A; 2WUA A; 4EFI A; 1I86 A; 2WL5 A; 4WYR A; 2ALM A; 2WL4 A; 5HWQ A; 1U0U A; 5LD8 A; 2P8U A; 2VB8 A; 3A5S A; 5F38 B; 5HWP A; 3T8E A; 2AQ7 A; 3S1Z A; 4XS7 A; 4YJY A; 1U6S A; 1YSL B; 1HNH A; 3HO9 A; 4NZS A; 4YLT A; 1BI5 A; 1JWX A; 3H76 A; 4JAP A; 1HNK A; 4XS9 A; 4JAQ A; 1I8B A; 1EK4 A; 4E1L A; 4Z19 A; 2F2S A; 2IIK A; 3VS9 A; 4JRH A; 4C2K A; 1XPM A; 2WL4 D; 2VBA A; 5BYV A; 4LS5 A; 3T6S A; 2QNZ A; 4WYS A; 3EUT A; 4RYB A; 4B3H C; 4X9O A; 4R8E A; 1UB7 A; 4KU5 A; 4WZU A; 1OU6 A; 4X0O A; 4XSA A; 2GFX A; 2FA0 A; 1M1T A; 1OX0 A; 5KP6 A; 2RJT A; 3O04 A; 4YXQ A; 3IL4 A; 1XPL A; 4YXV A; 2QO1 A; 2QO3 A; 4Z37 A; 2BZ4 A; 2D52 A; 2WGE A; 2VU2 A; 1F91 A; 2UV8 A; 4DFE A; 4W61 A; 2WGD A; 4OPF A; 1FJ8 A; 3IL7 A; 2QNX A; 4ZRC A; 2C9H A; 1CML A; 1HND A; 2GFW A; 3V4X A; 2WGF A; 1U0V A; 2F9A A; 1HN9 A; 5CBQ A; 4V2P A; 5DWZ C; 3GWA A; 3WY0 A; 5F38 A; 5BNS A; 4KU3 A; 4KTI A; 5BZ4 A; 4NHD A; 4NA2 A; 2WKU A; 3ROW A; 4EWP A; 4OPE A; 3T5Y B; 4LS8 A; 1DD8 A; 2AJ9 A; 2D3T C; 2BZ3 A; 1DLU A; 3OV2 A; 2BUI A; 1D6H A; 1OXH A; 1PXT A; 4YUF A; 3S3L A; 2BYZ A; 3V4N A; 4C6U A; 5LNQ A; 1QLV A; 1WL5 A; 5E5N A; 4B3J C; 4OQJ A; 2QX1 A; 4WUM A; 2VZ8 A; 3HHD A; 1J3N A; 3EUQ A; 3OV3 A; 1TQY A; 4YUC A; 1DM3 A; 4U4E A; 1WDM C; 4O99 A; 4BI9 A; 2FA3 A; 4C6W A; 4XSB A; 3FK5 A; 2VU1 A; 3H78 A; 2BUH A; 5AB5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SVK A; 4DDO A; 1ULQ A; 3HO2 A; 4XL3 A; 2X3E A; 1U0W A; 4C6V A; 3VS8 A; 5HWO A; 5KP2 A; 2P0U A; 3KZU A; 4YXT A; 1M3K A; 4B7V A; 2WU9 A; 4WKY A; 4XOX A; 3S20 A; 1ZOW A; 1KAS A; 2WYA A; 1U6E A; 3OYT A; 1AFW A; 5KP7 A; 4JD3 A; 3A5R A; 4JB6 A; 4LS6 A; 3AWJ A; 4NA1 A; 4C73 A; 2H84 A; 4XL4 A; 3V7I A; 1EBL A; 1CHW A; 3ZBL A; 2IWY A; 1D6F A; 1MZS A; 4BIA A; 4C72 A; 2BYX A; 2WL4 B; 3TSY A; 2VZ9 A; 4F32 A; 1XPK A; 4N45 A; 3G0Y A; 4TKT A; 1FJ4 A; 4JAR A; 1M4S A; 4X0O D; 1M4T A; 5LOT A; 5AB4 A; 2BYW A; 1D6I A; 2D51 A; 5F38 C; 3GWE A; 5TT4 A; 3LMA A; 5BQS A; 1XET A; 2HDB A; 1CGZ A; 3LEH A; 2VB9 A; 4C6X A; 3I8P A; 1MZJ A; 1W0I A; 3WD7 A; 1WL4 A; 4ZDN A; 2VB7 C; 1WDK C; 3EUO A; 4C6Z A; 1YSL A; 2IX4 A; 3LM6 A; 3IL6 A; 1HZP A; 1TEE A; 3WXZ A; 1G5X A; 2IB9 A; 3GOA A; 3IL3 A; 2VB7 A; 2AHB A; 4JPF A; 5AB6 A; 2QNY A; 2GQD A; 3AWK A; 3SS6 A; 1TVZ A; 3E1H A; 3U0E A; 2BYY A; 4NA3 A; 5F38 D; 3SQZ A; 1I88 A; 2C7Y A; 2IWZ A; 4B3I C; 4C71 A; 1B3N A; 3OIT A; 4O9C A; 4C2J A; 4KTM A; 1M3Z A; 2HG4 A; 3IL5 A; 4C70 A; 2WKV A; 1CGK A; 4JV3 A; 1H4F A; 2IB8 A; 4X9K A; 4Z8D A; 2GFV A; 2WL6 A; 3WD8 A; 4DD5 A; 2D3M A; 2EFT A; 1M1O A; 4JAT A; 3ZBK A; 5KP5 A; 4XL2 A; 3IL9 A; 2VU0 A; 3LED A; 5LP7 A; 3LRF A; 5KP8 A; 3HNZ A; 2IBW A; 5BY7 A; 1XPK C; 1QFL A; 4UBW A; 3S21 A; 4EGV A; 1M1M A; 3H77 A; 1HNJ A; 4QAV A; 4JAO A; 2IB7 A; 2WKT C; 4LS7 A; 3T5Y A; 3S23 A; 3WXY A; 1TQY B; 2EBD A; 2IBU A; 1U0M A; 1XES A; 3U0F A; 3A5Q A; 2WKT A; 2QO0 A; 1X9E A; 1BQ6 A; 3MQD A; 1DLV A; 4O9A A; 4JGA A; 5BNR A; 3ZBN A; 2AQB A; 2GP6 A; 4UBV A; 4QYR A; 3G11 A; 3ZBG A; 1I89 A; 3T6S B; 5BNM A; 4KC5 A; 4KU2 A; 1Z1E A; 1TED A; 4EWG A; 3E60 A; 2IBY A; 2C7Z A; 1TXT A; 4B0N A; 3ALE A; 4UBT A; 1WDL C; 2F82 A; 2GFY A; 4JRM A; 5SXO A; 2GYO A; 5C1J A; 4N44 A; 1EE0 A; 5F0V A; 2VTZ A; 2WL5 C; 2WGG A; 5HWR A; 1E5M A; 5AB7 A; 2WL4 C; 1Z1F A; 1NL7 A; 4UBU A; 4YZO A; 2WUA A; 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2IX4 A; 3LM6 A; 3IL6 A; 1HZP A; 1TEE A; 3WXZ A; 1G5X A; 2IB9 A; 3GOA A; 3IL3 A; 2VB7 A; 2AHB A; 4JPF A; 5AB6 A; 2QNY A; 2GQD A; 3AWK A; 3SS6 A; 1TVZ A; 3E1H A; 3U0E A; 2BYY A; 4NA3 A; 5F38 D; 3SQZ A; 1I88 A; 2C7Y A; 2IWZ A; 4B3I C; 4C71 A; 1B3N A; 3OIT A; 4O9C A; 4C2J A; 4KTM A; 1M3Z A; 2HG4 A; 3IL5 A; 4C70 A; 2WKV A; 1CGK A; 4JV3 A; 1H4F A; 2IB8 A; 4X9K A; 4Z8D A; 2GFV A; 2WL6 A; 3WD8 A; 4DD5 A; 2D3M A; 2EFT A; 1M1O A; 4JAT A; 3ZBK A; 5KP5 A; 4XL2 A; 3IL9 A; 2VU0 A; 3LED A; 5LP7 A; 3LRF A; 5KP8 A; 3HNZ A; 2IBW A; 5BY7 A; 1XPK C; 1QFL A; 4UBW A; 3S21 A; 4EGV A; 1M1M A; 3H77 A; 1HNJ A; 4QAV A; 4JAO A; 2IB7 A; 2WKT C; 4LS7 A; 3T5Y A; 3S23 A; 3WXY A; 1TQY B; 2EBD A; 2IBU A; 1U0M A; 1XES A; 3U0F A; 3A5Q A; 2WKT A; 2QO0 A; 1X9E A; 1BQ6 A; 3MQD A; 1DLV A; 4O9A A; 4JGA A; 5BNR A; 3ZBN A; 2AQB A; 2GP6 A; 4UBV A; 4QYR A; 3G11 A; 3ZBG A; 1I89 A; 3T6S B; 5BNM A; 4KC5 A; 4KU2 A; 1Z1E A; 1TED A; 4EWG A; 3E60 A; 2IBY A; 2C7Z A; 1TXT A; 4B0N A; 3ALE A; 4UBT A; 1WDL C; 2F82 A; 2GFY A; 4JRM A; 5SXO A; 2GYO A; 5C1J A; 4N44 A; 1EE0 A; 5F0V A; 2VTZ A; 2WL5 C; 2WGG A; 5HWR A; 1E5M A; 5AB7 A; 2WL4 C; 1Z1F A; 1NL7 A; 4UBU A; 4YZO A; 2WUA A; 4EFI A; 1I86 A; 2WL5 A; 4WYR A; 2ALM A; 2WL4 A; 5HWQ A; 1U0U A; 5LD8 A; 2P8U A; 2VB8 A; 3A5S A; 5F38 B; 5HWP A; 3T8E A; 2AQ7 A; 3S1Z A; 4XS7 A; 4YJY A; 1U6S A; 1YSL B; 1HNH A; 3HO9 A; 4NZS A; 4YLT A; 1BI5 A; 1JWX A; 3H76 A; 4JAP A; 1HNK A; 4XS9 A; 4JAQ A; 1I8B A; 1EK4 A; 4E1L A; 4Z19 A; 2F2S A; 2IIK A; 3VS9 A; 4JRH A; 4C2K A; 1XPM A; 2WL4 D; 2VBA A; 5BYV A; 4LS5 A; 3T6S A; 2QNZ A; 4WYS A; 3EUT A; 4RYB A; 4B3H C; 4X9O A; 4R8E A; 1UB7 A; 4KU5 A; 4WZU A; 1OU6 A; 4X0O A; 4XSA A; 2GFX A; 2FA0 A; 1M1T A; 1OX0 A; 5KP6 A; 2RJT A; 3O04 A; 4YXQ A; 3IL4 A; 1XPL A; 4YXV A; 2QO1 A; 2QO3 A; 4Z37 A; 2BZ4 A; 2D52 A; 2WGE A; 2VU2 A; 1F91 A; 2UV8 A; 4DFE A; 4W61 A; 2WGD A; 4OPF A; 1FJ8 A; 3IL7 A; 2QNX A; 4ZRC A; 2C9H A; 1CML A; 1HND A; 2GFW A; 3V4X A; 2WGF A; 1U0V A; 2F9A A; 1HN9 A; 5CBQ A; 4V2P A; 5DWZ C; 3GWA A; 3WY0 A; 5F38 A; 5BNS A; 4KU3 A; 4KTI A; 5BZ4 A; 4NHD A; 4NA2 A; 2WKU A; 3ROW A; 4EWP A; 4OPE A; 3T5Y B; 4LS8 A; 1DD8 A; 2AJ9 A; 2D3T C; 2BZ3 A; 1DLU A; 3OV2 A; 2BUI A; 1D6H A; 1OXH A; 1PXT A; 4YUF A; 3S3L A; 2BYZ A; 3V4N A; 4C6U A; 5LNQ A; 1QLV A; 1WL5 A; 5E5N A; 4B3J C; 4OQJ A; 2QX1 A; 4WUM A; 2VZ8 A; 3HHD A; 1J3N A; 3EUQ A; 3OV3 A; 1TQY A; 4YUC A; 1DM3 A; 4U4E A; 1WDM C; 4O99 A; 4BI9 A; 2FA3 A; 4C6W A; 4XSB A; 3FK5 A; 2VU1 A; 3H78 A; 2BUH A; 5AB5 A;
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