5C12A

Nuclease domain of the large terminase subunit gp2 of bacterial virus sf6
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
242
structure length
230
Chain Sequence
b'MAIIKREWLEAATDAHKKLGWKAKGAVVSAHDPSDTGPDAKGYASRHGSVVKRIAEGLLMDINEGADWATSLAIEDGADHYLWDGDGVGAGLRRQTTEAFSGKKITATMFKGSESPFDEDAPYQAVRTIGDVFRNKRAQFYYALADRLYLTYRAVVHGEYADPDDMLSFDKEAIGEKMLEKLFAELTQIQRKFNNNGKLELMTAVEMKQKLGIPSPNLADALMMCMHCPA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Gene 2 protein
publication title Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage sf6
molecule tags Metal binding protein
total genus 78
structure length 230
sequence length 242
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c12A00
3C6AA 4IDHA 3CPEA 5C2FA 4IEEA 5M1NA 5M1KA 5C10A 5M1OA 5C12A 5M1QA 3C6HA 5M1PA 5M1FA 4IEIA 5C2DA 5C15A 4IFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PO5A 1GOBA 2YHWA 4E3SA 3DLEA 3H1VX 4CEDA 4LSLA 4DR6K 3KZBA 3QBWA 3K57A 3GL1A 1BUPA 3OYLA 4BR7A 2Q0RA 5AQIA 2FSNA 1JLEA 4WE1A 4C1NI 4FPBA 1OKJA 3ZT3A 3TTCA 4CFBA 2XO7A 3OBYA 3ZSOA 4AHCA 3FE1A 3NBPA 2E1YA 4IO9L 4IOAL 3WT0A 3T1HK 2Z1IA 1HKCA 2WC9A 3AO3A 2HVHA 4A2AA 2OPSA 4B9UA 5AZJA 2BANA 4B9LA 4AHUA 3VQ4A 2HNZA 3SMPA 1J5EK 4FSVA 2GELA 4I9QA 1TVRA 4DFKA 5I3UA 2E8AA 4ZTJA 4JYAK 2LSNA 4FWOA 2QA4N 3GOIA 5AQTA 1HJOA 2HW3A 2F96A 3IFRA 1QSYA 3P1GA 3PX4A 1MU2A 1RGIA 3EZ5A 3M3ZA 1WSHA 4IEIA 1OVQA 2HBMA 2P9UA 2UUAK 4AHSA 2PYLA 4N5SA 4EP4A 1NKEA 1RTJA 2KZMA 5BPNA 1RBTA 4CF2A 1HJRA 4JS4A 3P39A 4M3WA 3CPWM 3QDKA 4W5RA 2YNGA 3MAQA 3TSQA 3HP6A 5AQVA 4K25A 2P9IB 1REVA 3VTIA 4R79A 3ATVA 4A5BA 4A5AA 3SUOA 1CXQA 1BA0A 3CCEN 1N6QA 4B3MK 4LFAK 5CY4A 1JL1A 1KRPA 3ISNC 2KZZA 2OTJN 4B3SK 4OPKA 2FC0A 5AJ3K 4KTQA 3MDQA 1ZYQA 3E66A 4I2QA 3SK3A 4B9SA 1TL3A 3ZSRA 1LWEA 5CE3A 2WUSA 2P9LA 3HPOA 4JI2K 1VQNN 4OO1J 3D45A 1HNWK 4FJGA 3EKSA 4CZFA 4YOWA 5J2NA 1WB9A 3HPGA 3S3MA 2O8FA 1J9AA 2P9NA 2DFEA 5C15A 4JKFA 4B9MA 2OYQA 1DEJA 4E19A 2KFNA 1YI2N 2Q0UA 1NM1A 1JLQA 2A3ZA 3M8RA 4PL7A 4H0TB 3AVIA 3FFKB 4L8RB 4KH5A 2HNDA 3RSEA 5CZ2A 3QETA 1U45A 3OYEA 3K2PA 3O9UA 3LDSA 3V81A 5CR4A 1S22A 2ETJA 3ZT1A 4FWNA 3C7NB 2E88A 3CERA 3D2EB 3HM9A 4KPYA 1BG3A 4FOEA 3WNGA 2O8BB 1KFSA 1RT1A 3ATUA 1VRTA 4DTNA 4ISGA 2KW4A 1BDGA 1X9WA 4H8KA 4EAHD 4M45A 3H3NO 3ULEB 1RDAA 5FPDA 3S41A 3LDNA 2ZWHA 1JCGA 1ESVA 1IBLK 3PSFA 5AQKA 3HTVA 3SQ4A 3MX5A 1ATSA 4W5QA 3TTFA 4MDBA 3VERA 3MCPA 3V1RA 3U9DA 1T05A 4WQ4A 4GMJB 1BHLA 4BQLA 3WEEB 1IKVA 1WSGA 4JKGB 3LZIA 3WNFA 1S1VA 3RVCA 2E6LA 1JLGA 3AA4A 1N8RO 5HRRA 4Z4FA 2YHBA 2VG6A 5MLCQ 1XNQK 3MEDA 3H45C 1VSMA 2GX9A 3D2FA 3CC4N 1GLFO 4V19S 4FLWA 3BF1A 2CH5A 3LWLA 1XNRK 5CYQA 1A5WA 4FYDA 3THVA 1EETA 5BPMA 3RMBA 1T03A 2EWSA 3K58A 3O1WA 1S1UA 1RDUA 2AP1A 3DMJA 4LD0A 4FK2A 4NYFA 1W97L 1MA9B 2YX6A 1TKDA 1BU6O 1QZ6A 3RMAA 3P5JA 2HHHK 2GTDA 1JL2A 4CGHA 1VQPN 3QEPA 3OHRA 4MLHA 4JV5K 1C0MA 4H5VA 4ELTA 4CJUA 1BISA 3OYMA 1RTIA 2D1KA 4O8UA 4FJ9A 3SI6A 3CPEA 3VQCA 1T6CA 4FM0A 3M6GA 3NMUA 4OPAA 1HNIA 1RBSA 3F73A 3OBWA 4QS9A 3PUFA 1QSLA 5HROA 5HRSA 3CCRN 4LF6K 4A57A 1VQON 4IZ9A 2ZM6K 4XH5A 1BCMA 3E9OA 1C0UA 2CGKA 4CE9A 4FWRA 2FSJA 3A5NC 4CJPA 5JS2A 3THWB 1QHTA 1N36K 3MECA 1LCUA 4CHPA 3VQAA 4C8OA 4H0XB 4H5WA 3VQ8A 2FBXA 3OYBA 1YJWN 3G10A 4JD2B 3DI6A 3KKSA 4GY2B 3LP2A 4BRPA 3V9SA 5J2QA 4CJQA 3L8BA 3U3YA 3C6TA 4NCAA 2O8EB 2V52B 5T7BA 3VEXA 4GV9A 4FPAA 3WXLA 3QEVA 3C0BA 1HX1A 4GV6A 4U7BA 3ID8A 2ZJRL 3D0PA 1RCHA 3KWIA 1IO2A 3CI5A 2KLAA 4WYBA 4DV6K 3CC7N 1IJJA 4FWSA 2PBDA 1ZBIA 2HVIA 4KB1A 4ILJA 3IS9A 1GLCG 3NVMA 2YJFA 4JI6K 2JLEA 3TAFA 4YDUA 5LMNK 1CZAN 3KLFA 1NK0A 4C8MA 3KWGA 4CJ7A 2HHXA 1RT5A 2O8CA 2D0CA 1RTDA 4X66K 3U9ZA 4PHTX 4NXNK 3MXJA 2UXCK 1RT2A 1VHXA 3LAKA 3O1BA 4B1ZA 3PIOL 1HRHA 4A61A 2P1JA 5CZ1A 4CGGA 4Y1DA 3WXIA 1SKWA 1B9FA 2ZJPL 3OYHA 3QEIA 2F9WA 3F9MA 4C8KA 3VN5A 3A5OC 1TAQA 3HJFA 4M3UA 3CMAN 3ZEUB 4O4GA 4M3TA 3KLIA 1NBWA 1SUQA 2ATQA 4CZJA 3FR0A 4YORA 4J2DA 4E7IA 1X3MA 4CJ5A 2QXFA 1ZC6A 2P5OA 3SV4A 2UXBK 4BC5A 4RW8A 1C6VA 3AVKA 4JI7K 4JI8K 2HBJA 3ZSQA 3DLHA 4C1NK 3ZX2A 1UWBA 4AM7A 3QLHA 3AVHA 4F2SA 1RDBA 3SMSA 4FWMA 3AV9A 5AQZA 2D5RA 2F7TA 1KSPA 4BG8A 2D0OA 5LJVA 3PV8A 4CJ3A 4ID5A 3PSIA 2V7YA 4I6MB 2HB5A 4OPHA 1CZ9A 2E5LK 1LAWA 1CXUA 4FOIA 2NRZA 5BN9A 4FK0A 1S6PA 5AQOA 3VQQA 5FRNA 4HHTA 1NGFA 3TU5A 2YNHA 2P9IA 1L3TA 3CCUN 4FVUA 1FKPA 3VGLA 4BR9A 3MEEA 2W6LA 3ENOA 1ZBFA 3NVKA 2RKIA 3O6WA 3KJVA 3UB5A 1H1VA 1J5OA 1Z26A 3K59A 3I33A 2BTFA 2JWLA 2OCEA 2VWBA 4DTMA 3TARA 2KTQA 2B6AA 1F21A 4BVOA 5LJWA 4X64K 3THYA 3VGMA 1ASVA 4DUZK 2IIRA 2G8IA 1NOZA 4FWLA 2OA8A 1KVBA 2OTLN 4CHYA 1XC3A 4IBNA 2ASPA 3A2FA 4MFBA 4JK7A 3VEVA 3SCXA 1SL1A 1WAJA 1FKOA 4O0IA 3NCIA 4GVMA 2DFFA 4CIFA 3THXB 2F8TA 4CZMA 1TK0A 2FLOA 3QBXA 4LF9K 5B8HA 1L3SA 1NGGA 5ELZA 2ZE2A 1VSHA 4NO7A 3L2RA 5LL6Z 4KHWA 4OKJA 1NGIA 3O3FA 4R5PA 4E0DA 1Z6RA 1XQSC 4H5NA 3LM9A 1ILYA 3C7NA 2G8HA 3D2EA 4BRIA 4FO0A 2O8BA 4DV3K 1YVNA 3OA9A 4DR5K 1DKGD 4JN4A 5BN8A 4Y0WA 2QKBA 3U8XA 5AQRA 3ULEA 3IAYA 4PA1A 1EX4A 4FWQA 4Z4HA 3RWUA 4GVEA 4DSLA 3WXJA 1ZBUA 3CJ7A 2UXDK 1Q8IA 4BQZA 4CW7B 3OS2A 5AQUA 4CJVA 4E7LA 4DTPA 1SL0A 1Q86O 2NRTA 4DTRA 1QZ5A 4O5FA 4H0YB 4KAZA 5EY4A 5TKYA 1D9DA 2QEXN 1GOAA 3J80O 3DAWA 4H5TA 1YVUA 1UA1A 1TK8A 4CGJA 4CJKA 4OLAA 1J53A 4E7KA 5KGWA 4KHNA 5AFUA 4N41A 5KQDA 5AQMA 3TWHA 3S3NA 4EHUA 4DV1K 1NK7A 2YV0X 1XMQK 4DV2K 2PY5A 2KQ2A 3D7EO 1EXQA 3VEZA 2Z1GA 2W42A 4PWDA 3G71N 3O3GA 4A62A 1RBVA 1EO1A 4ELUA 1YUWA 1QS4A 4MO5A 1K6YA 2HHWA 1JLBA 1RTHA 3TANA 1OH6A 4DFJA 1EKEA 3CJCA 4B1UB 3DLRA 2HMPA 2QWNA 4JNEA 4CF8A 4J2BA 4RG8A 4KHPK 4DFMA 1ATRA 3IMXA 1C1BA 1XUPO 3TSPA 4CF0A 4CF1A 1W9HA 1D4XA 3CJBA 1E4GT 4B3OA 4DS4A 1NGAA 2W6KA 5HP1A 3OYFA 2IAJA 3TAGA 3O8MA 1SAZA 4M3YA 1RDWX 4CJWA 2WOMA 4TSXA 3THWA 4JS5A 2IDOA 5KRTA 2ASMA 4Z4EA 3IKMA 5K14A 1NGDA 4KHYA 3AARA 4FVMA 4JD2A 4HUGA 1HMVA 4AILC 3OYGA 4N56A 3E01A 4H4MA 4CVNE 4IO8A 1FXXA 2ZGZA 3FZMA 1RT7A 3AVCA 3VF4A 3BP8A 4BE2A 3R9PA 1QVGM 4DQQA 3HL8A 1YJ9N 1EQYA 3VESA 5LY3A 1CLQA 4FLYA 3A5MC 3LL3A 5JVGL 4CJSA 4FLUA 3EL2A 1VK0A 3GE1A 4KRFA 4DTOA 3A8YA 4CESA 1YJNN 4UY8O 4XH4A 5EOYA 3LPTA 2Q97A 4W5TA 3ZCMA 4CEEA 4FK4A 4LSNA 2WFBA 4HTLA 3O3HA 1BL3A 4CD3A 1HPZA 1OH8A 1SL2A 4FJ5A 1QQMA 3ZSVA 5D3GA 3T3FA 3QIOA 4CZKA 3IDHA 2EX3A 4DFPA 4M41A 3S9HA 1S72N 1NK6A 2AA4A 4YFUA 3Q7CA 4WQ4C 3LPUA 4LC9B 2QWMA 3VA3A 3HM8A 4BWMA 3V9ZA 4BRAA 4GNIA 3CG7A 2HF3A 4PKHA 1N32K 2G8VA 3G6EN 2QM1A 2HBLA 3VQEA 2RF2A 4DSFA 2NRXA 4B1WB 4M7XA 3L6QA 3SJJA 3WQUA 5FPEA 3L3UA 1Q9XA 1ASWA 2GWJA 1LW2A 4QOZB 3AAQA 2ZQBA 3SJHA 4NYNA 4CZIA 2YJEA 3AO4A 4WQ5C 1D8YA 2DTUA 3EYZA 3VQ9A 3ZT2A 3TAMA 3KHYA 3HO1A 1NGEA 3CXCM 3WNHA 2X6NA 4M63C 5SWMA 1U6ZA 4OGCA 3U4LA 3NH2A 2XY6A 3K5MA 1BI4A 2QKKA 4NCBA 2NRWA 3D6RA 4FJXA 1SZ2A 1U2VB 3CJAA 3Q7BA 1YXQA 2Q36A 1UOCA 4DF4A 1NG9A 4DU1A 4M3XA 1S1TA 2E6MA 3BGRA 2HBKA 2Q31A 3QB0A 2GV9A 3L3VA 2BDPA 4Z4IA 4RTFD 4BRNA 5M1NA 3LP3A 4OKEA 4RW6A 4JKEA 3ZSYA 4WCEL 3E9LA 5AFUH 3VQBA 4Z4CA 3KK1A 2QI2A 4DTXA 3QNOA 4DQSA 3ZX3A 4BRDA 2HHTA 4FWKA 1Q18A 2IVPA 4OJRA 5FPMA 1O13A 2Y1IA 4KTWA 3MMVA 4BG9A 4OX9K 1XI1A 3O80A 5F1XA 1JLCA 1XHZA 4I2PA 3TABA 1QTMA 1BQMA 3KIOA 4OVLA 3WUHA 3P31A 2P9PA 5GIOA 1B9DA 2HHSA 4RWTA 1W2BM 5JICA 5EXWA 3SV3A 2XY7A 2UYTA 3NGYA 4O8KA 3ZSZA 4RCHA 2FF6A 1RFQA 3EO3A 2O4GA 3HI0A 4A59A 2A41A 3CCMN 3DJCA 2IVOA 2HHQA 4YHHK 4BDYA 3L2UA 3H08A 4BR5A 4LFBK 4PQUA 4KO0A 1RT6A 3ZT4A 4FLZA 3V9XA 1I94K 2B5JA 2UUCK 4RW4A 2DFHA 3PX0A 1IV0A 4CIGA 5AR0A 4CZEA 2VWJA 1X1PA 2Y1JA 3L2QA 3FZKA 3SUNA 4BRQA 4PKIA 1Q82O 3I0SA 1M90O 4Q0BA 1L3VA 5AQGA 4AHRA 1BGXT 3OVNA 5M1KA 1WSJA 3ZETB 2NZTA 5M1QA 1WSIA 3MWTA 3ZX0A 3MXIA 4KTZA 1T7PA 4DTUA 4CCHA 4YOXA 4PUOA 4RW9A 3VA0A 4E89A 4CK1A 4JRPA 3TPQA 3HXMA 4FZYA 2QWLA 3GG4A 1X9MA 2R7YA 3AA2A 4H5RA 3CCVN 1HQEA 3NH1A 2J4RA 4JKDA 2RN2A 3VQ6A 1GLBG 2Q1NA 3CFRA 3QICA 5C2FA 4CJFA 1JLAA 1KFDA 3DXMB 4BGBA 1K8KA 4BROA 3F5TA 4JHDB 4Y1CA 3P4IA 3JSMA 3A0IX 1SKSA 1D9FA 2YKNA 4B08A 4B9TA 1OH5A 2JWKA 4PKGA 5J1EA 4XEIA 4WFBL 5KGXA 1VRUA 4FZZA 3VF2A 4CEZA 1NWKA 4IKFA 3AGRA 5JLFA 5AZIB 1GLLO 4LY7A 4KH4A 5IWAK 3AVJA 3F9KA 2P9SA 1V4TA 1HPMA 4BRGA 3HVTA 3BUZB 3OW2M 1ZBHA 1DTTA 4BREA 1SS6A 1C0TA 2H3GX 4DG1A 4BACA 2F8SA 3HBTA 3SBTA 3FZFA 4CIEA 4YOTA 4ZTFA 1K9MO 1GLAG 5DK5A 2GUIA 4OPJA 4B3RK 4YOUA 4H0VB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3C6A A;  4IDH A;  3CPE A;  5C2F A;  4IEE A;  5M1N A;  5M1K A;  5C10 A;  5M1O A;  5C12 A;  5M1Q A;  3C6H A;  5M1P A;  5M1F A;  4IEI A;  5C2D A;  5C15 A;  4IFE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PO5 A;  1GOB A;  2YHW A;  4E3S A;  3DLE A;  3H1V X;  4CED A;  4LSL A;  4DR6 K;  3KZB A;  3QBW A;  3K57 A;  3GL1 A;  1BUP A;  3OYL A;  4BR7 A;  2Q0R A;  5AQI A;  2FSN A;  1JLE A;  4WE1 A;  4C1N I;  4FPB A;  1OKJ A;  3ZT3 A;  3TTC A;  4CFB A;  2XO7 A;  3OBY A;  3ZSO A;  4AHC A;  3FE1 A;  3NBP A;  2E1Y A;  4IO9 L;  4IOA L;  3WT0 A;  3T1H K;  2Z1I A;  1HKC A;  2WC9 A;  3AO3 A;  2HVH A;  4A2A A;  2OPS A;  4B9U A;  5AZJ A;  2BAN A;  4B9L A;  4AHU A;  3VQ4 A;  2HNZ A;  3SMP A;  1J5E K;  4FSV A;  2GEL A;  4I9Q A;  1TVR A;  4DFK A;  5I3U A;  2E8A A;  4ZTJ A;  4JYA K;  2LSN A;  4FWO A;  2QA4 N;  3GOI A;  5AQT A;  1HJO A;  2HW3 A;  2F96 A;  3IFR A;  1QSY A;  3P1G A;  3PX4 A;  1MU2 A;  1RGI A;  3EZ5 A;  3M3Z A;  1WSH A;  4IEI A;  1OVQ A;  2HBM A;  2P9U A;  2UUA K;  4AHS A;  2PYL A;  4N5S A;  4EP4 A;  1NKE A;  1RTJ A;  2KZM A;  5BPN A;  1RBT A;  4CF2 A;  1HJR A;  4JS4 A;  3P39 A;  4M3W A;  3CPW M;  3QDK A;  4W5R A;  2YNG A;  3MAQ A;  3TSQ A;  3HP6 A;  5AQV A;  4K25 A;  2P9I B;  1REV A;  3VTI A;  4R79 A; 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 3LDN A;  2ZWH A;  1JCG A;  1ESV A;  1IBL K;  3PSF A;  5AQK A;  3HTV A;  3SQ4 A;  3MX5 A;  1ATS A;  4W5Q A;  3TTF A;  4MDB A;  3VER A;  3MCP A;  3V1R A;  3U9D A;  1T05 A;  4WQ4 A;  4GMJ B;  1BHL A;  4BQL A;  3WEE B;  1IKV A;  1WSG A;  4JKG B;  3LZI A;  3WNF A;  1S1V A;  3RVC A;  2E6L A;  1JLG A;  3AA4 A;  1N8R O;  5HRR A;  4Z4F A;  2YHB A;  2VG6 A;  5MLC Q;  1XNQ K;  3MED A;  3H45 C;  1VSM A;  2GX9 A;  3D2F A;  3CC4 N;  1GLF O;  4V19 S;  4FLW A;  3BF1 A;  2CH5 A;  3LWL A;  1XNR K;  5CYQ A;  1A5W A;  4FYD A;  3THV A;  1EET A;  5BPM A;  3RMB A;  1T03 A;  2EWS A;  3K58 A;  3O1W A;  1S1U A;  1RDU A;  2AP1 A;  3DMJ A;  4LD0 A;  4FK2 A;  4NYF A;  1W97 L;  1MA9 B;  2YX6 A;  1TKD A;  1BU6 O;  1QZ6 A;  3RMA A;  3P5J A;  2HHH K;  2GTD A;  1JL2 A;  4CGH A;  1VQP N;  3QEP A;  3OHR A;  4MLH A;  4JV5 K;  1C0M A;  4H5V A;  4ELT A;  4CJU A;  1BIS A;  3OYM A;  1RTI A;  2D1K A;  4O8U A;  4FJ9 A;  3SI6 A;  3CPE A;  3VQC A;  1T6C A;  4FM0 A;  3M6G A;  3NMU A;  4OPA A;  1HNI A;  1RBS A;  3F73 A;  3OBW A;  4QS9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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