5C6IA

Crystal structure of gadolinium derivative of hewl solved using free-electron laser radiation
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Towards phasing using high X-ray intensity.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5c6iA00
1B5UA 1LSDA 1IP1A 1UIAA 4YEOA 5KKIA 1GXXA 1HNLA 1OUCA 1YKYX 1YKZX 2BLXA 1B9OA 4G4HA 3TXJA 2ZILA 1IWWA 2Z38A 4J1BA 4WLXA 1LHKA 1VAUA 3WUMA 3RNXA 4ETBA 1LMOA 1TCYA 1F6RA 4NGYA 1GF3A 3LYTA 2EIZC 4QDNA 2A7FA 4GCEA 1ZVYB 4H91A 2ZQ3A 1TEWA 2BQIA 5I5QA 3W6EA 1LSYA 3B0OA 4GLAA 1LCNA 3RU5A 1JTPL 1UUZC 1GE3A 4EMNA 2Z2EA 1GPQC 4H9IA 1INUA 1GFUA 135LA 1VDPA 3TXHA 1H6MA 2XJWA 3SP3A 4OWBA 1ZV5L 1WVVA 4NEBA 1G7MC 1N4FA 4HSFA 1IP4A 2D91A 1B7LA 2W1YA 4GCDA 4ET9A 2Q0MX 1WQPA 1DKKA 5LIOA 4CFOA 4ETDA 1LJHA 4NFVA 4NGLA 1WQOA 2HECA 3LYOA 1LZ8A 1BB7A 1GAZA 4HJVA 5HMJA 1A4VA 3J4GA 3P64A 1AZFA 3EXDA 1HMKA 4HPIA 4N8ZA 1LMNA 4KT3A 1YAMA 1D9UA 2G4QA 1IC7Y 2W1LA 1GB7A 3AB6A 3CSRA 4H93A 1LZEA 1LJNA 2EPEA 2MEGA 2MEDA 4BADA 153LA 1VATA 4DDBA 1WQMA 1IWTA 1J1XY 1LYOA 2G4PA 3J6KA 4ET8A 2HTXA 1I20A 1GFRA 3ATNA 3B0IA 1BB3A 3B6LA 4NIJA 1B5VA 2YSSC 2MEAA 3A3RX 3WL2A 4ZIXA 1LSMA 4IASA 1LJFA 4OWHA 4LYCA 1LTMA 2F4GA 4W94A 133LA 4DDCA 1NKHA 1IC4Y 2XBSA 3WW5A 4XN6A 1IP2A 3G3BB 1B7NA 1G7HC 4X3BA 1WVUA 4QEQA 4WG1A 5L3IA 3TMXA 2F30A 2HUBA 3K3TA 3W6AA 5B1GA 1YAPA 3WXTA 1XFPL 4NSHA 1G7LC 1CKCA 2AUBA 2DQJY 3IWRA 3M18B 5LVKA 1RI8B 1HSWA 4MSTA 1IR7A 4NWEA 5E4PA 4QY9A 4OW1A 5LVGA 1NMMA 1BB6A 1ALCA 1GFEA 5B07A 1GFKA 1JKCA 3E3DA 1LKSA 1VDSA 1GB9A 1LSNA 3RW8A 1HELA 1LHLA 1GB2A 1GD6A 4XJFA 1DZBX 2XBRA 3A96A 2I26L 4I8SA 4XJIA 5LYMA 5IDDA 5C6LA 1NDGC 2HEFA 1B5YA 4ETCA 2MEIA 1CNSA 1OQMA 2BPUA 3BKVA 4ML7A 3AYQA 3ZVQA 1HMLA 2HU3A 1JTTL 1LKRA 1V7SA 1FDLY 1JTOL 4J0LA 1GF7A 2Z37A 1LHHA 2ZIJA 2B5ZA 4WL6A 4NHIA 4B4IA 1JJ0A 4Z41A 8LYZA 2FBBA 1OP9B 3ULRA 1DI3A 1LZNA 1WTMA 4H8ZA 5F9UA 2D4JA 2HEEA 4FDYA 1REYA 3VWOA 2H5ZA 1QUTA 1IY4A 2YBHA 2Z12A 3WH1A 1GE0A 5LINA 4NSGA 1EQ5A 4XJDA 4B1AA 1F10A 1B7RA 1LZBA 1SQ2L 5DLAA 1XGRC 1IO5A 2BQKA 1LPIA 3WULA 1B5ZA 3LHMA 1IWXA 154LA 1FLYA 1UIEA 4KPMA 1IR9A 1IWUA 1GBYA 4R0FA 4XADA 5KJ9A 5IHGA 1VEDA 4M4OA 1NQIA 4TTDA 5LVJA 3AZ4A 2HEBA 1UA6Y 1NBZC 1C7PA 2G4NA 4FJRA 5ILCA 4NGIA 1C45A 4B0DA 2I6ZA 1JIYA 1CJ9A 3W3EA 4H9CA 5I4WA 4B4JA 2YVBA 1BGIA 5F14A 1GB3A 4WLTA 4CHXA 3WUNA 3WUAA 2BAAA 3P4ZA 2BQNA 3WXUA 1WQQA 1HC0A 3WVYA 1GFGA 2BQOA 3HBHA 4DT3A 3G3AB 3FE0A 5LA8A 5B05A 3TXBA 5T3FA 4OWEA 4RLMA 1AKIA 4H90A 2ZQ4A 3OJPA 2W1MA 3CQLA 1LSGA 4Z98A 5KXPA 2IHLA 3A91A 1GF4A 1XEIA 3A94A 134LA 4HJZA 1BWHA 4ANRA 1GB6A 5A3EA 1BWJA 2DQCY 4XJGA 1B7MA 1GBZA 4DD0A 1LJ4A 4RW2A 4BAFA 1XSFA 3P66A 1NWGA 4G49A 1IP7A 1RCMA 4G9SA 2EQLA 4HP0A 4HTQA 1LSZA 1UIFA 3EMSA 4KL7A 4LYBA 5HQ1A 3TMUA 1DI4A 1B5XA 3WW6A 3EO5A 5J7CA 2I25L 4PHIA 1CKGA 4HTNA 1D0LA 1SLYA 4YEMA 4BAPA 4C5FA 4XYYA 1IOTA 1QDRA 3LYZA 4NG1A 4NGVA 1IORA 2ZNXY 5APCA 1QQYA 1VDQA 1IP6A 3RT5X 2DKVA 4D9ZA 1JJ1A 1OUIA 5KY1A 2CWIA 4LFXA 2A7DA 3OK0A 3BKHA 1TDYA 4IJ4A 5EBHA 1UIHA 1LSAA 5FEKA 4ZEEA 5KKJA 4H9EA 1CJ8A 4H94A 4NHTA 3AGIA 2CGIA 4OWAA 2N5ZA 1QSWA 2F2NA 3AZ5A 1LHIA 2D4IA 1JSEA 4H9AA 3A92A 1AT5A 3TMWA 5APDA 1YQVY 1OUEA 2YBNA 1ZVHL 4NSIA 5L3HA 4ETAA 3EBAB 2MEHA 132LA 5ILFA 1LZYA 2BQDA 5B59A 1UIDA 1WQNA 3LZ2A 5F16A 2MEBA 1REXA 1LSFA 1I1ZA 2Y8PA 2DQHY 4WM2A 1IY3A 4WMGA 2NWDX 1HERA 2RSCA 2YBIA 5LAFA 1W08A 1CKHA 4KXIA 3CT0A 4O34A 1A2YC 2IFFY 1C10A 5I54A 1LHJA 4H8YA 4WM4A 4U3XB 5B1FA 1JUGA 2LYZA 4HV2A 3CT5A 1UCOA 4GCCA 4N1CC 1E8LA 3WU9A 1KIQC 4DYGA 4PPOA 1J1PY 3T36A 4J1AA 3HBDA 1JKAA 2Z39A 1UC0A 1LZSA 1LAAA 1OUFA 5D5FA 1IR8A 2YDGA 3F6ZA 3AGGG 5KXXA 1VFBC 2W1XA 1QDTA 2BQBA 4G4CA 5DN4A 1IWYA 1DPXA 5I4YA 1B0DA 5LXWA 4RW1A 2MECA 3TXGA 1DI5A 3ZVQB 1MELL 4PRQA 4HV1A 4R6CA 1GHLA 3AW6A 4GCBA 1GXV2 4CJ2A 3A93A 1T6VL 1GFVA 1B7OA 1HF4A 1JKDA 4I0CA 2VB1A 1YILA 3P68A 3CSQA 3WVXA 3ZEKA 1PS5A 5DL9A 1DKJA 1OUBA 4Z3MA 1HHLA 4TWSA 1C46A 1GE2A 1DPWA 4HTKA 1FKQA 1CKDA 1RE2A 2BQMA 1IWVA 5DN5A 1JJ3A 4LT2A 5KXKA 2HEDA 1DQJC 1AT6A 2ZNWY 1RJCB 2GV0A 193LA 1NBYC 5C6IA 4DD2A 5FDJA 1LZ5A 1EQEA 1AM7A 1LJIA 5LAGA 5KXLA 1QTKA 1IOQA 1XGTC 3D3DA 1IP3A 3TXFA 5APEA 4Z46A 1UIBA 1REZA 1EQ4A 4MR1A 4WLYA 1HEOA 4H9FA 4WG7A 2DQEY 4H9BA 4WLDA 3IJUA 2BQFA 2DQDY 1J1OY 4NGZA 2CJLA 1LYZA 1GDWA 4NSJA 3WU8A 5KXMA 3FI7A 2FYCA 4N9RA 1CJ7A 4NG8A 1OUDA 2D6BA 1BQLY 1OUGA 6LYTA 3QY4A 4YENA 2H9KA 4G4BA 2FBDA 5AMYA 5KXSA 1GB0A 5FHWA 1YROA 1O23A 1GF9A 1LSEA 1B7PA 1GF8A 3A34A 1JKBA 1LZTA 1GEVA 2ZIKA 3LZTA 1IEEA 4GN4A 4HPEA 4GCFA 1B2KA 4LT3A 5JENB 2LYOA 1LZRA 4P2EA 1HEWA 3TXDA 1GBXA 1VDTA 4EOFA 5IELA 5I53A 1HEMA 3A6BY 4OOOA 4PRUA 4DD3A 4LZTA 1REMA 2MEEA 3AJNA 4WM6A 5KXOA 2PC2A 2DQIY 3M3UA 5KXNA 5L9JA 2BQJA 1D0KA 1GBSA 1ZMYL 4AGAA 4LT0A 1YIKA 1UBZA 3RZ4A 1JHLA 1JITA 207LA 2ZYPA 4WL7A 3D9AC 4LYZA 4TSBA 3TMVA 1XGPC 1GFHA 4DC4A 2BQGA 4XENA 5APFA 1W6ZA 3AW7A 5E9RA 1WQRA 1LZ1A 1KIPC 1LZGA 1FBIX 1BVXA 1QIOA 1D6PA 3N9CA 4HJYA 4NGKA 1HEQA 3LYMA 3WPJA 3A8ZA 4H8XA 4RDSA 4ETEA 1JSFA 3B0KA 3TXKA 1F0WA 1IWZA 5F81A 1HEPA 5HMVA 1B7QA 1TAYA 4YOPA 3WMKA 1FLQA 1HFYA 1LYYA 2HU1A 1GAYA 4OOTA 3W6FA 1LZCA 4GN3A 4AXTA 5KXYA 4DD1A 5LYTA 1GB8A 1HSXA 1B5WA 4NHQA 5F9XA 4IATA 1EL1A 1GB5A 1LMTA 1BB4A 1YKXX 1YL1X 1OUHA 4E3UA 3P65A 5KXRA 1CKFA 1D6QA 1LJJA 1YAQA 4LYOA 1C08C 4RLNA 4WO9A 4DWXA 5II3A 1LHMA 1LMAA 3A6CY 1G7JC 3N9AA 3AZ7A 3HBEX 3TXIA 1LZAA 208LA 1BVKC 1GWDA 3GXKA 2BQEA 3IJVA 1GDXA 4UWNA 1IP5A 5M1YA 1LSBA 4DD7A 4B4EA 194LA 1YAOA 6LYZA 1JPOA 2LHMA 2LZ2A 2LZTA 3LN2A 1T3PA 9LYZA 1QSAA 4B49A 5K7OA 1YL0X 1GF5A 1NDMC 1HENA 5B06A 1OUAA 4XJBA 4OWCA 2C8PA 3HFMY 1GF0A 4WOAA 1GBOA 4WM3A 4C3WA 2ZWBA 2WARA 4LYTA 5KXZA 3W6DA 3WPLA 1MLCE 5I4XA 4LFPA 1FN5A 4ZFPA 2YBJA 1NF5A 4XJHA 4WM5A 1TBYA 1LZ9A 2BLYA 1BB5A 5HLLA 4BS7A 1F6SA 1IX0A 1BHZA 2DQFC 1UIGA 1QTEA 4H9HA 5DM9A 1KXWA 1WTNA 1KIRC 2X0AA 4H1PA 4L41A 4CFPA 5A3ZA 1RFPA 1KXYA 2BQLA 4PGJB 1GEZA 5FSTA 1GE4A 4UWVA 5KXWA 1LMPA 4GLVA 4II8A 1YANA 5C6JA 1LYSA 4M6DA 3WU7A 1I56A 2MEFA 4YF2A 2EKSC 3QE8A 1GF6A 1QUSA 1GFAA 2FYDA 1BWIA 1LJKA 1NHEA 2BQHA 1LJGA 4NGWA 3WYHA 5HNLA 4MCKA 1XEKA 4NGJA 1GBWA 1D0MA 4W96A 1GE1A 3CT1A 1LSPA 1V7TA 1KXXA 2F4AA 3W6CA 1LMQA 5LVHA 2YBLA 1UACY 2XTHA 3A3QA 5KXTA 2CDSA 3ATOA 1IIZA 3GXRA 1H87A 1FKVA 1OUJA 1IVMA 1GFTA 4TX7A 1UICA 5LYZA 4CGEA 3A95A 4UWUA 5HNCA 2H9JA 4LT1A 2Z2FA 1HFZA 1IC5Y 3CSZA 3MGWA 4TUNA 1IOCA 2D4KA 1JWRA 2C8OA 4LYMA 1CJ6A 1LJEA 2BQAA 4N5RA 5LVIA 3A90A 1IOSA 1LZDA 3B72A 1GFJA 4WO6A 1JISA 4TSCA 1XGQC 4NGOA 1LOZA 3N9EA 3TXEA 1FLUA 2Z18A 3KAMA 4GN5C 2Z19A 5FELA 3QNGA 1HFXA 1B7SA 4WM1A 1LSCA 5FCPA 4YM8A 3AZ6A 1XGUC 4N1EI 1JEFA 1LZ4A 4NY5A 1XEJA 4DD9A 1PZYA 4J7VA 2DQGY 2BQCA 1C43A 1DXJA 2DBTA 1P2CC 2ZYCA 4QGZA 3T6UA 3WPKA 4PJ2C 4DDAA 1LZ6A 1LJ3A 4H92A 4LGKA 3W6BA 4NHPA 7LYZA 3AGHA 1Z55A 3A67Y 2DQAA 1FLWA 5LA5A 1G7IC 4A7DA 1LMCA 2YBMA 3CB7A 2LYMA 4NHSA 2HEAA 5D5CA 4N0JA 4NWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5UA 4YEOA 3F8VA 1GXXA 1D2WA 3LZMA 1L44A 1YKZX 1L55A 4G4HA 4PK0A 2ZILA 2Z38A 3RNXA 4ETBA 1F6RA 3LYTA 4GCEA 1ZVYB 1PQIA 4GLAA 1JTPL 201LA 1GPQC 135LA 1L86A 3SP3A 1G7MC 1L13A 2W1YA 4GCDA 1EPYA 4ET9A 5LIOA 1BB7A 4HJVA 2B73A 3P64A 1C68A 1HMKA 4N8ZA 4KT3A 1D9UA 2W1LA 3AB6A 2EPEA 2MEGA 3SB5A 1QUHA 1J1XY 1L97A 1I20A 3B0IA 181LA 1DYCA 167LA 1L77A 2F4GA 133LA 120LA 4DDCA 1NKHA 3C7ZA 177LA 3WW5A 1G7HC 4I7OA 4X3BA 150LA 1WVUA 4WG1A 4NSHA 2AUBA 3IWRA 1HSWA 1D3JA 5B07A 1LSNA 1DYEA 1QUGA 3A96A 110LA 1B5YA 4ETCA 2MEIA 1L94A 1LYJA 1OQMA 3BKVA 1QTZA 164LA 1JTOL 1L59A 1LHHA 2LZMA 4B4IA 1WTMA 4H8ZA 5F9UA 2D4JA 2HEEA 1L11A 3GUIA 1KY1A 2YBHA 1GE0A 5LINA 4B1AA 1L48A 2NTHA 1FLYA 4KPMA 1GBYA 4R0FA 4YX7C 4XADA 5KJ9A 5IHGA 1DYDA 4M4OA 1NQIA 1L20A 2G4NA 4B0DA 2I6ZA 1JIYA 3W3EA 4GRVA 2LC9A 222LA 2QARC 138LA 4CHXA 3WXUA 1WQQA 1HC0A 190LA 3EMLA 1C6NA 1GFGA 3HBHA 4DT3A 5LA8A 3TXBA 4H90A 4Z98A 1LSGA 1LI6A 1GB6A 2DQCY 1GBZA 4BAFA 3P66A 1IP7A 119LA 1L0JA 1LSZA 3EMSA 4LYBA 1P37A 3TMUA 1DI4A 1C6FA 1B5XA 3WW6A 5J7CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B5U A;  1LSD A;  1IP1 A;  1UIA A;  4YEO A;  5KKI A;  1GXX A;  1HNL A;  1OUC A;  1YKY X;  1YKZ X;  2BLX A;  1B9O A;  4G4H A;  3TXJ A;  2ZIL A;  1IWW A;  2Z38 A;  4J1B A;  4WLX A;  1LHK A;  1VAU A;  3WUM A;  3RNX A;  4ETB A;  1LMO A;  1TCY A;  1F6R A;  4NGY A;  1GF3 A;  3LYT A;  2EIZ C;  4QDN A;  2A7F A;  4GCE A;  1ZVY B;  4H91 A;  2ZQ3 A;  1TEW A;  2BQI A;  5I5Q A;  3W6E A;  1LSY A;  3B0O A;  4GLA A;  1LCN A;  3RU5 A;  1JTP L;  1UUZ C;  1GE3 A;  4EMN A;  2Z2E A;  1GPQ C;  4H9I A;  1INU A;  1GFU A;  135L A;  1VDP A;  3TXH A;  1H6M A;  2XJW A;  3SP3 A;  4OWB A;  1ZV5 L;  1WVV A;  4NEB A;  1G7M C;  1N4F A;  4HSF A;  1IP4 A;  2D91 A;  1B7L A;  2W1Y A;  4GCD A;  4ET9 A;  2Q0M X;  1WQP A;  1DKK A;  5LIO A;  4CFO A;  4ETD A;  1LJH A;  4NFV A;  4NGL A;  1WQO A;  2HEC A;  3LYO A;  1LZ8 A;  1BB7 A;  1GAZ A;  4HJV A;  5HMJ A;  1A4V A;  3J4G A;  3P64 A;  1AZF A;  3EXD A;  1HMK A;  4HPI A;  4N8Z A;  1LMN A;  4KT3 A;  1YAM A;  1D9U A;  2G4Q A;  1IC7 Y;  2W1L A;  1GB7 A;  3AB6 A;  3CSR A;  4H93 A;  1LZE A; 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 1YAN A;  5C6J A;  1LYS A;  4M6D A;  3WU7 A;  1I56 A;  2MEF A;  4YF2 A;  2EKS C;  3QE8 A;  1GF6 A;  1QUS A;  1GFA A;  2FYD A;  1BWI A;  1LJK A;  1NHE A;  2BQH A;  1LJG A;  4NGW A;  3WYH A;  5HNL A;  4MCK A;  1XEK A;  4NGJ A;  1GBW A;  1D0M A;  4W96 A;  1GE1 A;  3CT1 A;  1LSP A;  1V7T A;  1KXX A;  2F4A A;  3W6C A;  1LMQ A;  5LVH A;  2YBL A;  1UAC Y;  2XTH A;  3A3Q A;  5KXT A;  2CDS A;  3ATO A;  1IIZ A;  3GXR A;  1H87 A;  1FKV A;  1OUJ A;  1IVM A;  1GFT A;  4TX7 A;  1UIC A;  5LYZ A;  4CGE A;  3A95 A;  4UWU A;  5HNC A;  2H9J A;  4LT1 A;  2Z2F A;  1HFZ A;  1IC5 Y;  3CSZ A;  3MGW A;  4TUN A;  1IOC A;  2D4K A;  1JWR A;  2C8O A;  4LYM A;  1CJ6 A;  1LJE A;  2BQA A;  4N5R A;  5LVI A;  3A90 A;  1IOS A;  1LZD A;  3B72 A;  1GFJ A;  4WO6 A;  1JIS A;  4TSC A;  1XGQ C;  4NGO A;  1LOZ A;  3N9E A;  3TXE A;  1FLU A;  2Z18 A;  3KAM A;  4GN5 C;  2Z19 A;  5FEL A;  3QNG A;  1HFX A;  1B7S A;  4WM1 A;  1LSC A;  5FCP A;  4YM8 A;  3AZ6 A;  1XGU C;  4N1E I;  1JEF A;  1LZ4 A;  4NY5 A;  1XEJ A;  4DD9 A;  1PZY A;  4J7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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