5C8GA

Crystal structure analysis of pp-brd20 from tb427tmp complexed with bi-2536
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
LPKNKHVFHSDQRLAPEIRDLYDCLYKLYAEESASEYFREPVDALRVGAWNYYSVITEPMSLRTVLDYIVQGGRYSHVEQIMNDVELIWKNCERYNGAESHLAADARRCRAILEKHRERLAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Gene regulation
molecule keywords PP-BRD20
publication title Crystal Structure Analysis of PP-BRD20 from Tb427tmp
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense (strain mhom/ci/86/dal972)
total genus 44
structure length 122
sequence length 122
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c8gA00
4TS8A 4N4FA 4QSVA 4QZSA 5CUDA 4F3IA 5H1TA 5H1UA 3P5OA 5A5PA 5CQ6A 4O74A 5DLXA 4X2IA 5KTUA 3LQJA 5G4SA 3DAIA 5EP7A 2E3KA 4UITA 4HXMA 4UIZA 4CUQA 3UVDA 1JSPB 3UW9A 5F1LA 4QY4A 5ENJA 4TT6A 4A9IA 5D25A 4BW3A 4YYJA 5EWHA 5A85A 5LVQA 3D7CA 2DWWA 5D3SA 5E9MA 2I8NA 4UYEA 4YBTA 4TYLA 5A82A 4Z6HA 5I80A 4YC9A 2R0VA 4YYHA 5ENBA 4TU6A 4XYAA 5DFDA 5E0RA 5DFCA 1F68A 4LYSA 4YK0A 5CQTA 1JM4B 4NUDA 2RNYA 4TTEA 5EPSA 4NR9A 4PY6A 4Y03A 2L85A 4QBMA 4YABA 5ENGA 3P1EA 4QB3A 5J0DA 2RNXA 2FSAA 4LC2A 3ONIA 5FFYA 2L84A 4AKNA 5EWCA 2R10A 3SVHA 4HXOA 4IOQA 4Q0NA 3MUKA 3UVXA 3UVYA 5I40A 5KU3A 5CUAA 4YBMA 2RFJA 4BJXA 4NR7A 5FE7A 5KTXA 5F36A 2R0SA 5E7DA 5ENCA 2GRCA 4QUUA 5EWDA 2F6JA 4UYDA 4YYMA 5FH8A 5AD3A 4NYWA 3S91A 4N3WA 3HMEA 1ZS5A 4KCXA 5ENHA 4A9KA 5D7XA 5FFVA 4OGIA 5D3TA 5CUEA 1EQFA 5CU8A 2RO1A 4HXNA 5HRWA 3LJWA 4O76A 4WHUA 3LQIA 5IGLA 5HLSA 5IBNA 2YQDA 5EU1A 4HXLA 4HXRA 4N4IA 4YADA 5E3DA 5AMFA 4CL9A 5FE5A 3JVLA 4ZQLA 4A9FA 3GG3A 5DW1A 5CQ4A 5L8UA 4CUPA 3DWYA 2RS9B 4KV1A 5CPEA 4QYDA 2WP2A 4HXSA 5D3NA 2YELA 5CUCA 4NR4A 5FBXA 4HBXA 3UV2A 4O70A 4TT4A 5I86A 5DBMA 4BW1A 5A5SA 4NUCA 3SVGA 4OUFA 4NQMA 3P1CA 4YYNA 4QEWA 4LZRA 2DKWA 3U5OA 5C4QA 3O33A 4RVRA 4Z6IA 5EK9A 2D82A 4XY8A 5DFBA 5G4RA 5EISA 5IIDA 2E7NA 2RI7A 5L98A 2DVSA 3I3JA 2OUOA 4BHWA 5ENIA 4QC1A 3MB4A 4QSUA 3UV5A 4TZ2A 5HEMA 5I88A 5D0CA 4LDFA 5F5ZA 5A5NA 4IR4A 4QSWA 4O7BA 4NXJA 4UIUA 5D3LA 4LRGA 5CQ7A 5A81A 4YH4A 4FLPA 2DVQA 5FG5A 4TU4A 5E74A 5EICA 4QC3A 5F63A 4A9HA 3MULA 3IU5A 4HXKA 4YYDA 5LKZA 5FG4A 2L5EA 4YY6A 4NS5A 4QEVA 2R0YA 4QSXA 2OSSA 5EQ1A 1WUGA 5II1A 4A9OA 5ACYA 2N9GA 4J0RA 2NXBA 2MJVB 5F25A 4TZ8A 2DVVA 4HBVA 5CZGA 4WHWA 5DYCA 5CQ8A 5ETBA 5EVAA 4MEPA 5D24A 5DYUA 4J3IA 3UVWA 5C89A 4ZW1A 4QR3A 4CLBA 5CRMA 5EWWA 5F2PA 4QSTA 4O7CA 5L8TA 4O75A 4J0SA 3O37A 4QR4A 5LKXA 2YDWA 5FE4A 3QZVA 5FG6A 4UIXA 5DLZA 4NRCA 3RCWA 4QSQA 3QZTA 1X0JA 5I83A 4O71A 4A9NA 2E7OA 5CUBA 5H1VA 4PCIA 3MXFA 5FH6A 2RNWA 5HFRA 2YEMA 4YAXA 3MB3A 5DKHA 5BT4A 3AADA 4UYFB 4QR5A 5JWMA 3O34A 3Q2EA 5E73A 5EPBA 5FB1A 4KV4A 4ZC9A 5C85A 5LVRA 5HJCA 5DY7A 4HXPA 4Z93A 5FDZA 5I29A 5EI4A 5C87A 4C67A 4MR3A 5HQ6A 5LJ1A 4QSSA 5DYXA 2D9EA 4IORA 5D3RA 5IGMA 5HRVA 5DKDA 4CURA 1WUMA 5FFWA 4BW4A 4A9LA 2KTBB 2OO1A 4YH3A 5TCMA 5COIA 5C7NA 5LKTA 4PKLA 5A83A 5F1HA 4YYGA 4QEUA 5CGPA 5JI8A 5CUGA 5HRXA 3AQAA 4O78A 4O7FA 4NR5A 3Q2FA 4YYIA 5FE2A 4NYXA 3P1DA 4QNSA 4XUAA 3O36A 4NQNA 5EA1A 5KTWA 5F3AA 3JVKA 5ENEA 5CS8A 5E9YA 3JVMA 4UYGA 5FE8A 5EV9A 5D3PA 5E3GA 5AMEA 4ALHA 4CFKA 4MENA 3G0JA 4OGJA 5CP5A 3S92A 3HMFA 5EM3A 3NXBA 4MR5A 4BW2A 4IOOA 4NUEA 3FKMX 5II2A 2WP1A 5ENFA 5CQ3A 4WIVA 1E6IA 3O35A 4LR6A 5LJ2A 4TT2A 5KO4A 5D26A 5HQ5A 5LUUA 2LSPB 2YW5A 5D3JA 5K29A 2G4AA 5A5RA 5AD2A 4UYFA 3JVJA 4UIVA 5CTLA 3U5KA 5FE6A 4IR3A 5L99A 2YEKA 3IU6A 4Z1SA 4YATA 5FE9A 4LZ2A 5HELA 4DONA 3SVFA 4UIYA 5C8GA 5IGKA 2I7KA 3U5NA 4NRBA 4O77A 4MR4A 3K2JA 3U5JA 4A9MA 4CFLA 5E9IA 5CFWA 4YY4A 5HCLA 3TLPA 2DVRA 2H60A 5DW2A 5TB6A 5EPRA 3U5MA 5F60A 5F61A 4Q0OA 5CQ5A 3U5PA 4NRAA 4YYKA 4UYHA 5CQAA 4N4GA 5A5OA 3HMHA 4NR6A 5F62A 5I89A 5FE1A 4N4HA 3U5LA 4PTBA 5E9LA 5L96A 4LZSA 5CY9A 5HFQA 5E9VA 4J1PA 4YBSA 4QSRA 5LJ0A 4XY9A 5A5QA 4MEQA 5FE3A 5HQ7A 5LKUA 4CUSA 4QUTA 3P1FA 4A9EA 5I1QA 5KHMA 4NR8A 5D3HA 5BT5A 4PCEA 5CRZA 4IR5A 4NYVA 5L97A 3UV4A 4O72A 4UIWA 5ETDA 5DYAA 2F6NA 5I7YA 3LQHA 5EWVA 5IG6A 4O7AA 4PS5A 5FH7A 2YYNA 4GPJA 4LYWA 4O7EA 4MEOA 2DATA 4ALGA 5H85A 3QZSA 4XUBA 4IR6A 5E9KA 3LXJA 3MQMA 4QSPA 4Z1QA 4LYIA 4CUTA 4CUUA 5A7CA 5DX4A 4E96A 4TQNA 5I7XA 1N72A 4QYLA 5FB0A 5IGNA 3ZYUA 5DKCA 3G0LA 5HM0A 4MR6A 5FE0A 4C66A 4A9JA 5HENA 5EGUA 5BT3A 4HBWA 4HBYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TS8A 4N4FA 4QSVA 4QZSA 5CUDA 4F3IA 5H1TA 5H1UA 3P5OA 5A5PA 5CQ6A 4O74A 5DLXA 4X2IA 5KTUA 3LQJA 5G4SA 3DAIA 5EP7A 2E3KA 4UITA 4HXMA 4UIZA 4AKHA 4CUQA 3UVDA 1JSPB 3UW9A 5F1LA 4QY4A 5ENJA 4TT6A 4A9IA 5D25A 4BW3A 4YYJA 5EWHA 5A85A 5LVQA 3D7CA 2DWWA 5D3SA 5E9MA 2I8NA 4UYEA 4YBTA 4TYLA 5A82A 4Z6HA 1ZKRA 5I80A 4YC9A 2R0VA 4YYHA 5ENBA 4TU6A 4XYAA 5DFDA 5E0RA 5DFCA 1F68A 5CQTA 4LYSA 4YK0A 1JM4B 4NUDA 2RNYA 4TTEA 5EPSA 4NR9A 4PY6A 4Y03A 2L85A 4QBMA 4YABA 5ENGA 3P1EA 4QB3A 5J0DA 2RNXA 2FSAA 4LC2A 3ONIA 5FFYA 2L84A 4AKNA 5EWCA 2R10A 3SVHA 4HXOA 4IOQA 4Q0NA 3MUKA 3UVXA 3UVYA 5I40A 5KU3A 5CUAA 4AKGA 4YBMA 2RFJA 4BJXA 4NR7A 5FE7A 5KTXA 5F36A 2R0SA 5E7DA 5ENCA 2GRCA 4QUUA 5EWDA 2F6JA 4UYDA 4YYMA 5FH8A 5AD3A 4NYWA 3S91A 4N3WA 3HMEA 1ZS5A 4KCXA 5ENHA 4A9KA 5D7XA 5FFVA 4OGIA 5D3TA 5CUEA 1EQFA 5CU8A 2RO1A 4HXNA 5HRWA 3LJWA 4O76A 4WHUA 3LQIA 5IGLA 5HLSA 5IBNA 2YQDA 5EU1A 4HXLA 4HXRA 4N4IA 4YADA 5E3DA 5AMFA 4CL9A 5FE5A 3JVLA 4ZQLA 4A9FA 3VKGA 3GG3A 5DW1A 5CQ4A 5L8UA 4CUPA 3DWYA 2RS9B 4KV1A 5CPEA 4QYDA 2WP2A 4HXSA 5D3NA 2YELA 5CUCA 4NR4A 5FBXA 4HBXA 3UV2A 4O70A 4TT4A 5I86A 5DBMA 4BW1A 5A5SA 4NUCA 3SVGA 4OUFA 4NQMA 3P1CA 4YYNA 4QEWA 4LZRA 2DKWA 3U5OA 5C4QA 3O33A 4RVRA 4Z6IA 5EK9A 2D82A 4XY8A 5DFBA 5G4RA 5EISA 5IIDA 2E7NA 2RI7A 5L98A 2DVSA 3I3JA 2OUOA 4BHWA 5ENIA 4QC1A 3MB4A 4QSUA 3UV5A 4TZ2A 5HEMA 5I88A 5D0CA 4LDFA 5F5ZA 5A5NA 4IR4A 4QSWA 4O7BA 4NXJA 4UIUA 5D3LA 4LRGA 5CQ7A 5A81A 4YH4A 4FLPA 2DVQA 5FG5A 4TU4A 5E74A 5EICA 4QC3A 5F63A 4A9HA 3MULA 3IU5A 4HXKA 4YYDA 5LKZA 5FG4A 2L5EA 4YY6A 4NS5A 4QEVA 2R0YA 4QSXA 2OSSA 5EQ1A 1WUGA 5II1A 4A9OA 5ACYA 2N9GA 4J0RA 2NXBA 2MJVB 5F25A 4TZ8A 2DVVA 4HBVA 3D1BA 4WHWA 5CZGA 5DYCA 5CQ8A 5ETBA 5EVAA 4MEPA 5D24A 5DYUA 4J3IA 3UVWA 5C89A 4ZW1A 4QR3A 4CLBA 5CRMA 5EWWA 5F2PA 4QSTA 4O7CA 5L8TA 4O75A 4J0SA 3O37A 4QR4A 5LKXA 2YDWA 5FE4A 3QZVA 5FG6A 4UIXA 5DLZA 4NRCA 3RCWA 4QSQA 3QZTA 1X0JA 5I83A 4O71A 4A9NA 2E7OA 5CUBA 5H1VA 4PCIA 3MXFA 5FH6A 2RNWA 5HFRA 2YEMA 4YAXA 3MB3A 5DKHA 5BT4A 3AADA 4UYFB 4QR5A 3VKHA 5JWMA 3O34A 3Q2EA 5E73A 5EPBA 5FB1A 4KV4A 4ZC9A 5C85A 4AKIA 5LVRA 5HJCA 5DY7A 4HXPA 4Z93A 5FDZA 5I29A 5EI4A 5C87A 4C67A 4MR3A 5HQ6A 5LJ1A 3ERRA 4QSSA 5DYXA 2D9EA 4IORA 5D3RA 5IGMA 5HRVA 5DKDA 4CURA 1WUMA 5FFWA 4BW4A 4A9LA 2KTBB 2OO1A 4YH3A 5TCMA 4AI6A 5COIA 5C7NA 5LKTA 4PKLA 5A83A 5F1HA 4YYGA 4QEUA 5CGPA 2EJNA 5JI8A 5CUGA 5HRXA 3AQAA 4O78A 4O7FA 4NR5A 3Q2FA 4YYIA 5FE2A 4NYXA 3P1DA 4QNSA 4XUAA 3O36A 4NQNA 5EA1A 5KTWA 5F3AA 3JVKA 5ENEA 5CS8A 5E9YA 3JVMA 4UYGA 5FE8A 5EV9A 5D3PA 5E3GA 5AMEA 4ALHA 4CFKA 4MENA 3G0JA 4OGJA 5CP5A 3S92A 3HMFA 5EM3A 3NXBA 4MR5A 4BW2A 4IOOA 4NUEA 3FKMX 5II2A 2WP1A 5ENFA 5CQ3A 4WIVA 1E6IA 3O35A 4LR6A 5LJ2A 4TT2A 5KO4A 5D26A 5HQ5A 5LUUA 2LSPB 2YW5A 5D3JA 5K29A 2G4AA 5A5RA 5AD2A 4UYFA 3JVJA 4UIVA 5CTLA 3U5KA 5FE6A 4IR3A 5L99A 2YEKA 3IU6A 4Z1SA 4YATA 5FE9A 4LZ2A 5HELA 4DONA 3SVFA 4UIYA 5C8GA 5IGKA 2I7KA 3U5NA 4NRBA 4O77A 4MR4A 3K2JA 3U5JA 1PUOA 4A9MA 4CFLA 5E9IA 5CFWA 4YY4A 5HCLA 3TLPA 2DVRA 2H60A 5DW2A 5TB6A 5EPRA 3U5MA 5F60A 5F61A 4Q0OA 5CQ5A 3U5PA 4NRAA 4YYKA 4UYHA 5CQAA 4N4GA 5A5OA 3HMHA 4NR6A 5F62A 5I89A 5FE1A 4N4HA 3U5LA 4PTBA 5E9LA 5L96A 4LZSA 5CY9A 5HFQA 5E9VA 4J1PA 4YBSA 4QSRA 5LJ0A 4XY9A 5A5QA 4MEQA 5FE3A 5HQ7A 5LKUA 4CUSA 3D1DA 4QUTA 3P1FA 4A9EA 5I1QA 5KHMA 4NR8A 5D3HA 5BT5A 4PCEA 5CRZA 4IR5A 4NYVA 5L97A 3UV4A 4O72A 4UIWA 5ETDA 5DYAA 2F6NA 5I7YA 3LQHA 5EWVA 5IG6A 4O7AA 4PS5A 5FH7A 2YYNA 4GPJA 4LYWA 4O7EA 4MEOA 2DATA 4ALGA 5H85A 3QZSA 4XUBA 4IR6A 5E9KA 3LXJA 3MQMA 4QSPA 4Z1QA 4LYIA 4CUTA 4CUUA 5A7CA 5DX4A 4E96A 4TQNA 5I7XA 1N72A 4QYLA 5FB0A 5IGNA 3ZYUA 5DKCA 3G0LA 5HM0A 4MR6A 5FE0A 4C66A 4A9JA 5HENA 5EGUA 5BT3A 4HBWA 4HBYA
chains in the Genus database with same CATH topology
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