5C9DA

Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from rickettsia conorii
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
127
structure length
115
Chain Sequence
MEVGEIIIARNRDGHFYINAFVNNVKIKFMVDTGASDIALTKEDAQKLGFDLTKLNKAAPITLNSVVIGKEFKNIKGHVGLGDLDISLLGMSLLERFKGFRIDKDLLILNYAAAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ApRick protease
publication title Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease
doi rcsb
source organism Rickettsia conorii
total genus 19
structure length 115
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13975 gag-asp_proteas gag-polyprotein putative aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5c9dA00
4YCYA 1D4LA 5P10A 4B0QA 4YD5A 3K5GA 3UQUA 2ANLA 5AGZA 3N3IA 2IENA 3K5CA 5OZ3A 1SBGA 2G1SA 3O99A 4Y6MA 1M4HA 2R3TA 4J0TA 4R5NA 4I8ZA 4YE3A 4NJTA 2I4XA 3PVKA 5E5JA 5P3DA 5P0WA 2PMAA 4CP7A 4PPHA 1ZJ7A 3IXJA 1PROA 3LNKA 3LIQA 2VA7A 1APUE 5P0EA 4LAPA 1N49A 2HB2A 2R3WA 1MSNA 2HAHA 4LXAA 5P6IA 2QZKA 1C6YA 5P4UA 1IBQA 1YTJA 5P06A 5P0QA 5P8TA 5OYSA 2QU2A 5P33A 3SA8A 3I2LA 3ZKMA 1LEEA 2F3EA 4Y50A 3R0YA 2O4PA 2O4NA 4XKXA 2QI7A 2IDWA 2ZDZA 4RZ1A 2UPJA 2WEZA 5P5SA 2I0DA 2PSUA 5P1MA 4BFBA 3PHVA 1HBVA 2PQZA 1YTHA 4DJQA 3EKXA 3IVIA 1C6ZA 5P7IA 5OYVA 5P3VA 5AH6A 3JW2A 4Q1XA 4DJRA 5P4EA 4RRNA 3Q6YA 5AHBA 1W51A 2P83A 3OADA 5KQZA 5P4TA 2FLEA 2FS4A 2IRZA 1FGCC 5P0SA 4Y3JA 4GJ6A 5P3AA 2ZJLA 1FQ4A 1PPLE 5OZMA 8HVPA 3UDYA 4Y41A 5P7DA 1SIVA 5P3OA 5OZQA 5P5PA 4DQBA 3D1YA 4ZSRA 4CPWA 5ISJA 4ZE6A 3RSXA 3DUYA 5P69A 2O40A 5P6CA 3Q4BA 5P0OA 5IVSA 3OTSA 2OHKA 4K4RA 2JJIA 3LIVA 5P50A 4JPCA 4ZLSA 1AJVA 3NUOA 2VJ6A 5P5UA 3EKVA 1HVLA 3BVBA 3EKPA 5DPZA 3NU4A 5P1JA 1F7AA 5AH9A 3PWMA 4B72A 2Q54A 4ZPGA 5P3NA 5P5HA 5P1TA 2G20A 1BWBA 5OZKA 1CPIA 2NMZA 4F76A 3G70A 5FIVA 4PZWA 3DCRA 4YOAA 4I0ZA 4I0HA 2OHLA 4Y48A 3OQ7A 5IE1A 2FIVA 5P3JA 3RVIA 3CKTA 5P7UA 1OD1A 3GI6A 3SA6A 4RCDA 2HPFA 3PWWA 1XS7D 1XN2A 3OU1A 4FL8A 1HPVA 3T6IA 5KQXA 3UQRA 4Y3PA 5HE5A 5P3XA 5P5GA 2ZGAA 2ZHTA 3K4VC 5KR2A 1G35A 2CENA 4YBFA 2AOGA 1SMEA 1AXAA 3NU9A 4Y3RA 4Y5CA 4I0FA 1OHRA 4HEGA 5P0BA 1QS8A 4B78A 3FNUA 5DGUA 3KDCA 5AHAA 1HXWA 1EAGA 4FGXA 4RVIA 1HWRA 3SA4A 2AIDA 4Y57A 5OZYA 3GI0A 1HIIA 4D85A 1LYBB 4CPXA 4NKKA 3D1XA 4QGIA 5P53A 3OGPA 4DVFA 4H1EA 1W50A 3L38A 4H3IA 3K5DA 1SDVA 5I3VA 3EKTA 5P6AA 5P5OA 5P8LA 1BWAA 3ER5E 1VIJA 5AH8A 1MT9A 4OBFA 3EKWA 1E81E 1GNOA 1D4SA 3PCWA 5P3QA 3PLDA 4FS4A 3KMXA 3VCMA 4DQFA 2Q3KA 4OC6B 4RLDA 4DI2A 4A4QA 5P32A 3QN8A 2AZ8A 5P6UA 4DJVA 1NH0A 5P0FA 5P70A 5P4IA 5APRE 3TKGA 3EL4A 3PI0A 4Y4ZA 4K9HA 5PEPA 5P7OA 2R5QA 3VSWA 5P7HA 2QHCA 5P80A 1Z8CA 4I12A 2QHZA 2G1RA 4OBDA 5HD0A 5P7NA 3OQAA 2PH8A 3A2OA 3O9BA 5HDVA 1MIQA 5OZEA 1B6PA 5P1OA 4YOBA 4DJWA 4EWOA 2QMGA 3O9EA 1G6LA 3NDUA 5P2TA 4QJ8A 4HDPA 5KQYA 3VG1A 4Y3ZA 5P56A 5P0CA 5P1IA 4A6BA 5P3LA 3UDQA 4Y3SA 1HIHA 3SQFA 4K4PA 1LF3A 2V12C 3DCKA 5C9BA 3HW1A 3S45A 3FSMA 4HLAA 5OYTA 4JP9A 3QIHA 1EEDP 5P1RA 1Q9PA 4RCEA 3NUJA 1MRWA 5HDZA 2NTRA 3PGIA 3FNTA 3SA7A 1LYWA 5OZ8A 2UY0A 5P38A 3UDNA 5P28A 3I25A 2OHQA 3K5FA 5P1AA 5I3XA 1RQ9A 5HU0A 3KM4A 3QVIA 4EP2A 1EPNE 4PEPA 4Y3NA 2I4VA 3VYDA 5OZRA 5P77A 3O9CA 3O9DA 1IVQA 1BILA 2NMYA 5P5NA 3UPJA 3UFNA 1QDMA 2QD8A 5P42A 2QNPA 3IGBA 3O9IA 4APRE 2V16C 1FF0C 3I8WA 3NYGA 2BB9A 5P1LA 5DGWA 5TOLA 4EPJA 2WHHA 2AOJA 1TSUA 1SP5A 5P31A 4QJ2A 2BBBA 2XFKA 6FIVA 4EXGA 5I70A 3EXOA 5P5LA 5P8JA 4Y54A 4YDGA 1MTRA 3WZ6A 4B05A 5P6TA 4FRIA 1QBSA 2WF4A 3EBZA 2B7ZA 1HTGA 5P60A 5OZ0A 1DW6C 1XDHA 2HS1A 2H6TA 3MSJA 3OOTA 1UH7A 3R4BA 2V11C 1YTGA 1PPME 3QP0A 3S56A 3QAAA 5P0NA 2OHUA 2F81A 2QI4A 5P03A 5P6EA 5P04A 1WBKA 2NR6A 2ZJKA 5P79A 5P8AA 5P4FA 5P8RA 5P2MA 4J0VA 3EL9A 5P2ZA 5P7AA 2B60A 5P2WA 1HVCA 7UPJA 5P76A 5HE7A 5P3KA 3ZL7A 4Y43A 4F74A 5P8QA 3TPPA 1SIPA 4Y3TA 3F9QA 4PYVA 4L7HA 4LC7A 3I6OA 5P5EA 5P07A 5P3PA 3VEUA 4X7IA 5P3FA 3IA9A 2QZXA 3BUHA 4FE6A 5P74A 4A6CA 1YX9A 4GJAA 1BDRA 1QBTA 4B1EA 3VV6A 3OGQA 3BXRA 5P8BA 1XN3A 2OAHA 4GB2A 5P3GA 3PBZA 1BDLA 2FGUA 1A30A 4YDFA 5OZAA 3T3CA 2P3BA 1G0VA 3SM1A 1YT9A 1EPPE 3TPJA 5P4SA 5OZPA 4GJ5A 5P82A 1EBKC 1CZIE 2ZJNA 4FSEA 4YHQA 1FMUA 1IDBA 4N00A 4Z2ZA 3UDJA 4Y3XA 1T6EX 3PJ6A 5OYUA 4Z50A 4I0EA 5OZIA 2B42A 5P5XA 5P5BA 3INDA 2QI3A 2IQGA 2G1NA 4AMTA 4LXMA 3NU3A 2VJ9A 4NJUA 1IZDA 1HXBA 5OZWA 1UH9A 4ZSQA 5P65A 3TPRA 3QBHA 2AOHA 4Y3LA 4J1CA 5P0TA 5CONA 4Q5MA 3OXXA 3NDXA 4FRSA 4RCFA 3UQXA 2RENA 4Q1YA 3VF3A 4WY6A 4TVHA 5P09A 1T7JA 2JXRA 5ISKA 1B6LA 1WKRA 2ZHUA 5JODA 3KDBA 5P0LA 1BBSA 3BGCA 4OD9B 3CIDA 5P7EA 1RL8A 3ZKQA 3KFRA 2PYNA 3CICA 3IVHA 2ASIA 5P40A 4R8YA 3SA9A 2QP8A 5P00A 3FIVA 1A9MA 5SXNA 4CPQA 1Z1RA 5DQ2A 5OZNA 1ZPAA 5P3CA 1GNNA 5P35A 5P6MA 1VIKA 4DH6A 2IL2A 5P6FA 5P71A 5IVRA 2AZ9A 4H3GA 4J0ZA 2O4SA 4I0DA 4Y5NA 2AOEA 4EJ8A 2BQVA 4JECA 5P5ZA 1AZ5A 5OZOA 5P0XA 5P7RA 2WEBA 5OZDA 3BHEA 5P5VA 1QRPE 5OZUA 5KR0A 2I1AA 2B7FA 3C9XA 1HEFE 3TOHA 3ECGA 1LYWB 1HSGA 4YCKA 5P3RA 1OEWA 5P8NA 1M0BA 4ACUA 3IN4A 1FIVA 2I4DA 3BVAA 4F73A 1AJXA 5HU1A 3LPJA 1T3RA 4Q1WA 5P27A 1EPLE 5OZJA 5P1SA 4I0IA 5P7BA 2AQUA 2G24A 5P4XA 5OZ5A 4XX3A 4DV9A 2QZWA 4FIVA 4FSLA 3LZSA 2R38A 5P67A 5P37A 4BFDA 3KN0A 3BC4A 3D20A 3L5FA 3KFPA 4CPTA 5P6GA 5P63A 3R1GB 4CPSA 4Y37A 1YM2A 2V0ZC 3BUFA 2UXZA 4QJ9A 5OZ6A 4EQ0A 1XL5A 5P48A 1HEGE 2NXLA 3BXSA 4OBGA 3O9GA 4D88A 5P0JA 2IEOA 2QD6A 5P7QA 2J9JA 1FQ7A 1W5WA 2G21A 3OTYA 2FGVA 2RKGA 1MT8A 3OK9A 1Z1HA 5P2AA 1LF2A 1TSQA 2JYSA 5P8EA 2RKFA 1LYAA 4F75A 4R92A 1IDAA 1ZSRA 2APRA 5P7LA 5P0AA 2V10C 1NSOA 4D89A 3TH9A 5P2NA 1LZQA 3EL0A 4RYGA 5P4VA 2VIEA 3T7XA 2P4JA 5P8CA 5P4HA 3SLZA 2OHTA 3L5BA 4Y5EA 5P26A 4Y36A 3UTLA 2I4QA 2P3DA 5P2XA 5P5QA 3TPLA 5P2JA 5P8GA 1D4YA 4Y53A 3D3TA 2QI0A 4YD4A 5P6XA 4U7QA 4B00A 5EZZA 4WTUA 4B70A 4Y3HA 2OHSA 4Y39A 2VKMA 2A1EA 3PCZA 2Q11A 5P4CA 4J54A 3OAGA 1EC3A 1QBRA 4ZSPA 3R2FA 5P2HA 1PPKE 3TKWA 3B7VA 2G27A 3HD8A 4Y3DA 4Y3EA 1IIQA 4UPJA 3SO9A 4IVSA 4L7JA 3CMSA 5KOQA 3LZUA 2O4KA 1C70A 4IVTA 3PBDA 5P5KA 6UPJA 5OZSA 5COOA 5P44A 5P5MA 5OZ2A 2EWYA 4DJYA 2P3BB 3S8IA 4CPUA 5P81A 3PI5A 4LL3A 5P73A 1MPPA 5P3HA 3PEPA 5P43A 5P24A 5BRYA 4Y56A 3UDMA 5ENMA 4FAEA 2AZBA 3ZPUA 3FV3A 4FRKA 1HTFA 5P52A 2P3AA 3HZCA 1EPME 5I3WA 1NPWA 5KR1A 3HAWA 5OZHA 3S2OA 5P1EA 1MSMA 2ZJMA 5P7XA 4NPUA 5P5IA 4BELA 3AUPA 4DJXA 1ER8E 4FLGA 3LPIA 5DR7A 1SMRA 5P62A 5OZ9A 1DAZC 5P46A 1GVWA 2ER7E 5J25A 4GJ8A 2VIZA 3S43B 4Y5AA 2WEAA 1LF4A 4GJDA 3OUAA 4Y5BA 4J17A 5JFUA 3GGUA 3I7EA 4D83A 1ZBGA 5P4NA 5SY2A 3SM2A 3LIZA 3OHFA 5CLMA 5OZ7A 3VF5A 3VYFA 3Q3TA 2ZHVA 3UQPA 4HA5A 4R95A 4Y3GA 1FB7A 5P4KA 5P83A 4J1HA 5OYXA 2AVQA 5OZGA 4Y3QA 1LS5A 5P20A 1APVE 1ZPKA 1DIFA 5P34A 3PRSA 3PMUA 2H6SA 1HVSA 5P72A 3NSHA 4Y5KA 3WZ8A 5P3EA 4B1DA 5OZ1A 1FEJC 2F80A 3WSJA 3QVCA 3GI5A 2WF2A 4Y45A 5P4AA 3RTMA 1EPRE 1HIVA 3PM4A 4Z22A 1UPJA 5HE4A 5P2QA 4TRYA 1FQ5A 5P12A 1FFIC 5EZXA 5SY3A 1CMSA 3EL1A 3JVYA 1EBZA 5P8IA 5P85A 3LINA 1KJ4A 1DP5A 5C9FA 2AVMA 5P11A 4QJ7A 2AODA 4RRSA 5P2BA 2CEMA 1HRNA 4MC1A 1FKNA 1U8GA 4EXHA 2J9KA 5P15A 5P0DA 5I3YA 5OZXA 1EBWA 2A4FA 2VNNA 3VFAA 3KA2A 1ODXA 2JJJA 3KT5A 2HM1A 3OADB 1ME6A 5P1NA 3OY4A 2BPXA 3VSXA 5P3TA 5P5DA 3EC0A 2PK6A 2Q55A 3G72A 1PSOE 3IXKA 4Y9WA 2P3CA 2XYEA 2VA5A 5P8OA 2G1OA 6APRE 5JFPA 2AZCA 2FDDA 2G69A 5P8DA 3NWXA 2J9JB 1K2BA 2OHRA 4B1CA 3NR6A 3MSKA 4D8CA 3UHLA 5P4RA 2ZJIA 5P5TA 2WF1A 5P0HA 2VIJA 3APPA 5P89A 3U71A 1XE5A 3SAAA 3OQFA 2R5PA 1ZAPA 4DQHA 5P1ZA 1HSIA 2VNMA 2VS2A 2FXEA 1PSAA 3CKPA 4BEKA 3AIDA 5P6VA 2FNTA 5P1CA 1K1UA 5P1KA 4GMIA 4Y5MA 1GKTA 1SDTA 1RNEA 3EKQA 3Q5HA 1IZIA 4FAFA 1C6XA 5P68A 5P8KA 2IGYA 2RMPA 3NDWA 5F00A 5P5RA 5P58A 5P19A 5P6PA 3OXVA 3PB5A 3CYWA 1MRXA 2BPYA 2HIZA 3OU1B 3S54A 5P4PA 4I0GA 1TZSA 3H5BA 4QLHA 4L6BA 3O9LA 4MC9A 4OBZA 2V13A 1A8GA 3FNSA 1W5YA 3UQWA 2WECA 1HTEA 3GGXA 5P4MA 3OAGB 2B8LA 4DJPA 1APTE 5P4ZA 4Y4XA 3CKRA 2XFIA 2XYFA 3S85A 1J71A 3R0WA 4PHVA 5P1XA 2G1YA 2Z4OA 5P39A 5P51A 4DJOA 2ZJHA 3INHA 5SZ9A 1WBMA 3U6AA 2G26A 4Y4UA 4ACXA 1MTBA 2FNSA 5P47A 3OXWA 3LZYA 2OHPA 3Q70A 4Q1NA 3MWSA 5HCTA 3KFSA 1ZLFA 5P49A 2QD7A 3ZKIA 4Y47A 2R9BA 4FM8A 5OYWA 2QAKA 1KJHA 4JOOA 4R91A 4R93A 3SKFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YCY A;  1D4L A;  5P10 A;  4B0Q A;  4YD5 A;  3K5G A;  3UQU A;  2ANL A;  5AGZ A;  3N3I A;  2IEN A;  3K5C A;  5OZ3 A;  1SBG A;  2G1S A;  3O99 A;  4Y6M A;  1M4H A;  2R3T A;  4J0T A;  4R5N A;  4I8Z A;  4YE3 A;  4NJT A;  2I4X A;  3PVK A;  5E5J A;  5P3D A;  5P0W A;  2PMA A;  4CP7 A;  4PPH A;  1ZJ7 A;  3IXJ A;  1PRO A;  3LNK A;  3LIQ A;  2VA7 A;  1APU E;  5P0E A;  4LAP A;  1N49 A;  2HB2 A;  2R3W A;  1MSN A;  2HAH A;  4LXA A;  5P6I A;  2QZK A;  1C6Y A;  5P4U A;  1IBQ A;  1YTJ A;  5P06 A;  5P0Q A;  5P8T A;  5OYS A;  2QU2 A;  5P33 A;  3SA8 A;  3I2L A;  3ZKM A;  1LEE A;  2F3E A;  4Y50 A;  3R0Y A;  2O4P A;  2O4N A;  4XKX A;  2QI7 A;  2IDW A;  2ZDZ A;  4RZ1 A;  2UPJ A;  2WEZ A;  5P5S A;  2I0D A;  2PSU A;  5P1M A;  4BFB A;  3PHV A;  1HBV A;  2PQZ A;  1YTH A;  4DJQ A;  3EKX A;  3IVI A;  1C6Z A;  5P7I A;  5OYV A;  5P3V A;  5AH6 A;  3JW2 A;  4Q1X A;  4DJR A;  5P4E A;  4RRN A;  3Q6Y A;  5AHB A;  1W51 A;  2P83 A;  3OAD A;  5KQZ A;  5P4T A;  2FLE A;  2FS4 A;  2IRZ A;  1FGC C;  5P0S A;  4Y3J A;  4GJ6 A;  5P3A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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