5CG7A

Leishmania siamensis triosephosphate isomerase
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
249
structure length
244
Chain Sequence
AKPQPIVAANWKCNGTTASIEKLVQVLNEHQIDHDVQCVVAPSFVHIPMVQAKLNPKYAVSAENAIAKSGAFTGEVSMPILKDLGVSWVILGHSERRTYYGETDGVVAQKVADAYNQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTAAIAAKLPKEAWSQIVLAYEPVWAIVATPEQAQEVHALLRQWVSEKIGNGVATKLRILYGGSVTAGNAKTLYMKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Leishmania siamensis Triosephosphate isomerase at 1.88 Angstroms
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Hydrolase
source organism Leishmania sp. 'siamensis'
total genus 89
structure length 244
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5cg7A00
3HPZA 4M6QA 2ZZ5A 3TJXA 2J9ZA 1RQHA 1GVSA 3PUDA 5KTLA 1GG1A 4FNRA 1JUKA 1OFPA 2ABAA 4N4PA 5ABTA 4K39A 4UFMA 3VE7A 2B0MA 2F84A 1P5BA 3T55A 5TBOA 4LS2A 2FPTA 5FESA 3I68A 3PBWA 2XN0A 2FIQA 5HQEA 3UWWA 3S1WA 1OX5A 1UUOA 3NPUA 1DORA 4DF1A 3F4WA 1AG1O 4P2VA 4IX2A 3W7QA 4UMBA 2E6AA 5D38A 1QPQA 3EKLA 4CQAA 2YCEA 3M41A 2EAWA 4JTFA 2ZZ4A 1TV8A 3QQ0A 1L6WA 5LNVA 3C4UA 3NDOA 3A5VA 1IXPA 4NJJA 1DV7A 3NQ2A 3P74A 3W9ZA 1M7PA 2C6QA 1O95A 4FNTA 4FO4A 4XBSA 2NXGA 2GPTA 5HWMA 3F1QA 3DKLA 4FNPA 4O12A 1I2OA 1W37A 2J24A 2CWNA 1A5SA 4LT9A 5F2GA 1KM1A 4XZ9A 5K4ZA 3THQA 2QDGA 1NF7A 5L9FA 4UFIA 3W7CA 4I9AA 3SJ3A 2ZYFA 4AEOA 2C14A 3NL5A 4AB4A 1R30A 3TC6A 4HPJA 1KM4A 3NM3A 4LY8A 3S5NA 3C61A 4FXRA 4MJZA 5LNSA 2VXNA 1B9BA 3UNDA 5LKYA 1YDVA 3IGXA 1FXPA 2J9XA 1TRIA 4TO8A 1TPUA 4W9TA 5CZTA 3W1UA 3TQKA 2BX7A 3MP5A 1GWJA 2X1TA 4FNUA 1IIHA 3GKAA 4FHAA 1TQJA 3NQ7A 3LBCA 1XL9A 3W23A 3TMLA 3W88A 3NVTA 3MYOA 3DFPA 4K6AA 2PRLA 1FWSA 3LHWA 1FCUA 2CLOA 1QNVA 1GVOA 3G22A 2CLHA 3NAVA 4UTWC 3RU6A 4E0CA 1SO3A 4ZQMA 4O53A 2ZRUA 1JCMP 1K02A 2A21A 2QEZA 5E0KA 2A0NA 5EPDA 1PHQA 3OHIA 1TYGA 4PCFA 1IGSA 4MPQA 2VEMA 3EX4A 5KZMA 4RK8A 5J5DA 4LVBA 1KM3A 4PH6A 4GC4A 4N6EA 4UTLA 5G5IA 2QAFA 3P5YA 2WKJA 2R14A 1I45A 1XDLA 4Y9AA 3BGGA 4O18A 3PVFA 4ONVA 4MZYA 1LORA 2CLLA 1TTPA 2YDAA 3NQDA 3M44A 2ZRVA 1O5KA 3W2MA 2H8ZA 3W2NA 3RF9A 1W3TA 5LHEA 3G1SA 1J2WA 5LNWA 3NQVA 2B7OA 2QCEA 2NX9A 4U4MA 4XKYB 3EWWA 2CLKA 5D2TA 2TYSA 5EYWA 2JBMA 5FF2A 3M7WA 4PEKA 1OYCA 1K8XA 3MP4A 4EVZA 1SU5A 1DL3A 1F76A 1H62A 4O28A 3W72A 5BW6A 4DF2A 2C1HA 3UWQA 4N2YA 3ABOA 3LLFA 3CPRA 1FDJA 4H3DA 2V2DA 1JQXA 4CCEA 3LOTA 3RNDA 3MP3A 3PWAA 2WQPA 1FWNA 7TIMA 4JDYA 1LCOA 3TSDA 3LM7A 3GZ3A 2YZRA 3S42A 1DKWA 1LLWA 6ALDA 4UTWA 3RFAA 2ABBA 4WQ6A 4AVFA 4RXFA 3CT7A 3GAKA 5CKSA 1VQTA 3TFCA 2I9EA 4RJEA 3UYCA 1H7RA 2Q8ZA 2W0UA 3WK3A 1RQEA 3PF3A 4LC6A 4HNUA 3R89A 4MJMA 3LLDA 5F4SA 1U83A 3TDFA 3B0PA 1LM1A 3MYPA 2WSYA 4GFSA 2A2IA 2Z6JA 1AW5A 5HULA 3NL2A 2DZUA 4O4WA 1ZCOA 3T40A 5F4WA 2RDUA 3CQ0A 3TJLA 3KVJA 1G4EA 1BWLA 5AHFA 3NL3A 4KFPA 3GDTA 1NAL1 2XN1A 5AB3A 1KM2A 1O60A 3PB0A 3O15A 5EL1A 4QSHA 4O17A 3STGA 1UBSA 2CZEA 3W1XA 4AWUA 1L6YA 3STEA 4JN6A 2PRHA 3TV8A 4CQ9A 4NNBA 4AAJA 4QQ3A 4Y8FA 3W7JA 4MUZA 4JICA 1T0OA 5LZLA 3HPSA 3N9RA 5DY3A 2VENA 1FCBA 1BWKA 1LROA 3QW3A 4UR7A 4JGDA 1SZGA 3MHGA 2VKZG 3ANYA 2G96A 3TNOA 2EHHA 5AC8A 3TXZA 1XI3A 3G0SA 4MIMA 4BI5A 5HINA 1Q45A 1W3NA 3LTYA 2G95A 1YLVA 1JCYA 3GNDA 5CSSA 1L6SA 1GT8A 1OX6A 3OVRA 4QNEA 3S1VA 3ATZA 2GOUA 3OA3A 2CFFA 4NNAA 1KBIA 2Y7FA 2X1SA 2FLIA 2E5BA 1FCVA 2ZBTA 5DCDA 3H55A 3FFSA 1ME8A 3NEVA 4GJ1A 5I3GA 2CW6A 1TTIA 1JCXA 1FDZA 1Q3NA 2FJKA 4Y96A 5KITA 3KRZA 1O94A 3ABQA 2QUUA 3W2LA 4LOCA 3IVUA 2R8WA 2NWRA 1JQVA 1OFRA 1SO6A 4PODA 3S0CA 3W7RA 4NZFA 1F6PA 4NVTA 3QZEA 2NV1A 5E93A 3WFAA 2B7PA 2VFHA 1KTBA 5K9XA 1HUVA 4K7VA 2QCDA 3W1QA 3UZ5A 4LV4A 2YW4A 2RH9A 1OYBA 4JTHA 3TQ0A 4HNNA 2VFFA 3PUOA 4JTIA 4JR5A 3M0ZA 1LRTA 5KMYA 1KFJA 4O1BA 3TC7A 1W5PA 2YR1A 3NYZA 5DXYA 2G97A 3EEGA 4UTHA 3LXCA 4O0KA 3LTSA 4EF9A 1ONRA 5J5RA 3IGSA 3W83A 3TAKA 1L2UA 1OFBA 4AMAA 5D2VA 4AF0A 1H60A 3MI2A 4UNLA 2HTMA 3PG9A 1Z42A 3EWZA 4NZJA 2TRSA 4QAIA 2VELA 1OX4B 1X1ZA 3P80A 1N55A 1RV8A 3BGJA 4ZMGA 4N4QA 1I8JA 5DBUA 2FTPA 1R47A 3DFTA 3P60A 1TPC1 3B03A 4Z1AA 3DBPA 3EX3A 4M7SA 4QIUA 3HO8A 2ZQ0A 3S9YA 2QF7A 1TPB1 3C2FA 3I7QA 3TCEA 5CPOA 3W1RA 5EKYA 1XBYA 2BZNA 4UXDA 4PTNA 3QEZA 3WJSA 4MLRA 3RMJA 3NM1A 3C56A 3QYQA 2ZTKA 4UNKA 1H7XA 4A29A 2ZDRA 1JJKA 1K8YA 1OVDA 3SY5A 3TW7A 3SI9A 4OU1A 3E9AA 5BMWA 4OGZA 1GPWA 1BKSA 3RLUA 3M16A 3H54A 4NT0A 4XQ6A 1I4NA 1R2TA 3N73A 3W1PA 5L6UA 2FDSA 1LBMA 4NX0A 2Y63A 1CX9A 2ZZ2A 3G1HA 1W31A 3LHTA 2RDTA 2WV8A 2ISVA 2ZZ3A 3ZWTA 3HG5A 4IWWA 3LBMA 3DZ1A 2E09A 1QWGA 3HMJG 1UB3A 3HGRA 3IIPA 3MHUA 2YGYA 5HUPA 4ZQRA 2DZPA 5U4NA 1TREA 1GVFA 1V5XA 3LCGA 1GTEA 3RK8A 3TA6A 2W79A 5F2LA 3EWYA 4GWEA 2Z6IA 1DBTA 4Q33A 2ZA1A 3BLEA 5EA9A 5AHMA 2YPIA 4MKNA 3UQNA 5LHFA 3VE9A 4IUOA 3LRKA 3S5OA 1TSIA 3W22A 4R34A 1KW1A 4MVAA 3W1LA 3L66A 1KA9F 2A6LA 3W86A 1W54A 4Y6GA 1TV5A 1VYPX 4DXVA 2TPSA 5CPLA 4YCPA 4LV9A 2CZFA 2WOQA 2R91A 3IVTA 2DJXA 2A1YA 2G5WA 1SW3A 4NJKA 3KRUA 1A5AA 3IVSA 1DVJA 4IMGA 2ZRWA 3NNTA 4O4VA 3NO5A 4UFHA 4WXZA 4WXYA 4JTGA 4NQ1A 2WNQA 3M43A 3TR2A 3QQ1A 2Y7DA 3SW6A 1DOSA 2BTMA 3MO7A 3CIXA 3GXTA 4K8HA 5C6MA 2QCMA 3G1XA 1OF6A 2R94A 1J5TA 3G8EA 4FX6M 4I7VA 4QJ1A 1A50A 4JX4A 1RQBA 3B8DA 1KM6A 4RZ4A 1C8VA 3TKFA 3OG3A 4IXXA 1QO5A 4K38A 1EIXA 1R2RA 4GUJA 4POCA 3QC3A 3G0UA 4JTEA 4TU1A 3L68A 3STFA 1Z44A 4JX5A 4IQLA 1GYNA 4Z1DA 5HJLA 3KVMA 3HQ1A 1LOLA 3PBUA 3PAJA 1SO4A 3UD6A 1EEPA 4YMZA 1JCNA 2NX1A 5DCEA 1CW2A 4TR9A 5BRBA 4AWSA 5DN1A 1DJNA 4HSNA 3DI1A 4R7JA 1GVRA 4Z08A 3S5YA 1LRQA 1T99A 2VEPA 3AJXA 3TFXA 1G69A 1RVGA 1A5CA 4E38A 3PSVA 2VC6A 1VLWA 2QCGA 4MY8A 1B57A 4DPQA 4EOUA 2BWGA 3BG5A 3SECA 3NR0A 3W7EA 3T78A 3P81A 2DORA 4JTTA 1S3HA 2VFIA 3HGSA 4QISA 4UTTC 5AC6A 1OX4A 1QPNA 2F7FA 1O5XA 4JYFA 4M7TA 2V8ZA 5F4XA 5AYZA 3NPWA 2DZWA 3FYOA 2X1RA 3HOJA 3N9SA 1XC4A 3IIXA 3M5VA 1S5WA 1IXOA 2Q3RA 1S5TA 2H3DA 4ZQCA 4ZQPA 2VEKA 4DF0A 5C54A 3LCIA 2FB2A 5I3HA 1FCQA 1LLZA 5FEZA 3TUUA 4OV4A 3T4CA 1W8SA 2Z2UA 5K7JA 1AW2A 2YFOA 4FXSA 3P62A 2I14A 1LBFA 1WOAA 2H8XA 5EMUA 1XUZA 2Y7EA 1QAPA 1PHWA 2QCNA 4IMEA 4HNTA 3N2XA 3HG3A 3JR2A 4M19A 3L0GA 2PCQA 5LGZA 3QMRA 3BO9A 2OMAA 1ZJIA 3NQFA 1VCVA 3THAA 3ZR4A 3ABRA 3HPXA 5AHLA 1NVMA 5FF7A 2BXVA 1VLIA 1F7BA 2GQ8A 3L67A 1LZOA 3G3DA 3VCRA 4MZ1A 1TPEA 1WV2A 2PRMA 1YADA 2GVGA 4UMAA 5K9CA 4K36A 1LP6A 1QFEA 2QCDB 4UFKA 1ZENA 4RKAA 1B4EA 4UTTA 5FEWA 2A7RA 1W56A 1XBVA 4JYDA 4PL2A 4FB7A 4Z0JA 3L5AA 4N02A 3NZRA 3PSWA 1IXNA 4WX2A 3DFSA 3G24A 1UJPA 2RDWA 1SO5A 2OZ0A 1HG3A 1KV8A 1SW7A 3LCLA 5CG7A 2H3BA 2E1DA 1IIGA 4ZQOA 4BI6A 1HO4A 2W6RA 3CIWA 2OX1A 4AF0B 5KZEA 2KZHA 3O6DA 3VI2A 4H4IA 3RLVA 2NUXA 3SGUA 1FX6A 4WY0F 2QDHA 1Z48A 4PFMA 3CU2A 3LCXA 2NX3A 2QUTA 1V7YA 1ZY9A 1ML1A 1KFKA 3U6WA 1T8XA 1TCDA 3UY7A 3V1PA 2WPBA 5E1QA 1PV8A 1S5VA 1LBLA 1W5OA 1YXCA 1EWDA 3W7HA 2DU2A 4I7WA 5U7SA 2HS8A 5DXXA 3W76A 3TAOA 3O16A 3C0JA 1MZHA 3DHDA 1M6JA 1VCFA 4QNWA 3A21A 4JTJA 2HSAA 3BW4A 4R53A 3TW6A 5C5YA 2Y7GA 4UFJA 3ABSA 1AW1A 1GTHA 3QPZA 4MLJA 5LNRA 1GG0A 3R2GA 4XWUA 3OVPA 4UTIA 2GVJA 3W1TA 3M9YA 4JS3A 3HG4A 3DFQA 3W2UA 1TPWA 1H61A 4OE7A 3UWVA 3NQGA 1X8FA 2ATSA 2QCCA 4DELA 5K3VA 3NG3A 4ZL1A 3PG8A 4S1FA 1UASA 4B5NA 5KINA 3H53A 1EPXA 2DZTA 3L0NA 1MXSA 5D09A 1LOQA 2CU0A 5F2MA 2XN2A 2ZA3A 1KFEA 3L21A 2AGKA 3W7KA 1TPFA 4UIOA 3LCFA 1EP1A 4JTUA 1N8FA 3PULA 2H90A 1OFAA 1IXQA 1ZALA 5I3IA 3E49A 2GVLA 1I2RA 4O1DA 1AL8A 3Q37A 1BEUA 1YXDA 2TSYA 2ZZ6A 2OJPA 1W5NA 4KFNA 3KXQA 4R33A 1KM0A 1F2JA 3UPWA 4NXKA 4U28A 3VKJA 5GVJA 4IMFA 2UV8G 3NQEA 4Z1CA 3G1YA 3EX2A 1MEIA 4A22A 1VRDA 1OK4A 3IV3A 3USBA 1FDYA 1SFLA 4FX7A 1PCWA 3M1ZA 4A2RA 4MY9A 2Y85A 1R2SA 4XBKA 3UPBA 1PIIA 3QH2A 2EKCA 3FKKA 2YYUA 5HMSA 4OWGA 2CLIA 3NQAA 4O57A 3B4UA 4IX0A 3I65A 1XFBA 1YDNA 2QAPA 3ATYA 2JK2A 1QPRA 1G6CA 3OBKA 5EBUA 2E6DA 3BG3A 1EUAA 3Q58A 1GQNA 3N3MA 5D37A 3W7LA 1G4SA 4O1AA 1H7PA 2VFDA 4MOZA 3KHJA 4LS1A 3M5ZA 1ME7A 3WJZA 3DH7A 1YYAA 1JCLA 1K7EA 4DBDA 3QMTA 3GK0A 3SGZA 1QPOA 3LTPA 3HGOA 4GUIA 1ALDA 3VFLA 3WJXA 3LV5A 2D73A 4TMBA 1VPXA 3A22A 1OG0A 3KFTA 3PC0A 1MEWA 3W7GA 5CZSA 4NJIA 5I3FA 5HR6A 4UUIA 3GYEA 4RLIA 1EP2A 4M6PA 4O15A 4N9DA 3DU0A 5AHNA 4O1CA 1AL7A 2YYTA 1RZMA 3UXAA 1VCGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QV9 A;  3TJX A;  4U5I A;  4IPP A;  1GVS A;  2PF0 A;  2CHO A;  4GA8 A;  5KTL A;  1OFP A;  1ITQ A;  4HK5 A;  1SGJ A;  4K39 A;  2B0M A;  3VX1 A;  3PBW A;  4GX8 A;  1A3W A;  3UWW A;  3S1W A;  1QNR A;  1W9P A;  1DOR A;  1UR8 A;  1P0B A;  4LEQ A;  3PWI A;  4P2V A;  4LAN A;  1W1I E;  2E6A A;  5CC3 A;  3EKL A;  4LXF A;  2YCE A;  2E0P A;  4JTF A;  1GOK A;  3WIJ A;  3MUC A;  1QAS A;  1L6W A;  2Z28 A;  3QPE A;  3FND A;  4AZH A;  5FA5 A;  3TCS A;  3C4U A;  1AQF A;  4NJJ A;  4ZOA A;  1JYV A;  4FNT A;  2BMB A;  1CNV A;  1NIU A;  4LAU A;  2WJD A;  3DKL A;  1K4H A;  1XLF A;  4O12 A;  2VC9 A;  1UC4 A;  2QJN A;  2J24 A;  1CXE A;  2J8G A;  2A79 A;  3GG7 A;  3DBN A;  5BYW A;  1T8Q A;  3VDB A;  4UFI A;  3W7C A;  1WZK A;  4HU4 A;  4DHG A;  2ZYF A;  2C14 A;  3NL5 A;  1R30 A;  5DML A;  3TC6 A;  4HPJ A;  1M7X A;  1UH2 A;  3C61 A;  3ITO A;  5C7V A;  1YDV A;  3IGX A;  4CGT A;  3H21 A;  5A8O A;  3W26 A;  2J9X A;  1TRI A;  1TPU A;  2C7F A;  4YHG A;  1NY1 A;  1K9D A;  1DID A;  2RGL A;  1J93 A;  3MP5 A;  1R86 A;  2OZ3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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