5CI5A

Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from thermotoga lettingae tmo (tlet_1705, target efi-510544) bound with alpha-d-tagatose
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
393
structure length
393
Chain Sequence
SKTLTIWIGGQVAELDETWNSVIKTFEEKYGISVEVQLFGFDTYYDKLVTALQAGKGPDLAFADLGGWVPTFAEKGWLEPMEEHLKNWEGTAQIWPNLWPTVTYKKIRYGLPWYTDCRLLLYNKAMFEKAGLNPDNPPKTWDELLDAALKITDTKNRIYGYGVSGTKTEHTTLGYMMFLYAAGGKLLTDDYSKAAFDSPEGLKALKFYTDLAKKYNVSPNAIQYHEDDYRNMMAQNRVAMAIGGPWSFPLIEAANPDIAGKYSVALHPYDAKPASVLGGWALVIPSSSPNKEDAWKLAEYLTSFDVWMKWVEEKGGPMPTRMDVCKKSKLANDVKWQIIFETFPHAVARPPIPQYPQISEQIQTMVQRVLLGELTPEEAIKIAAENVNKILGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Thermotoga Lettingae TMO (Tlet_1705, TARGET EFI-510544) bound with alpha-D-Tagatose
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Pseudothermotoga lettingae (strain atcc baa-301 / dsm 14385 / nbrc 107922 / tmo)
total genus 125
structure length 393
sequence length 393
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ci5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ci5A02
2E1SA 4NF4A 2RC7A 1P1OA 2OZZA 4WEDA 2YJPA 3FVOA 1MH3A 4U22A 2VD2A 2ANJA 1RKMA 3IJOB 4AQ4A 1A8EA 4WKMA 1XVYA 3TEPA 3QYTA 4G68A 1MY1A 3KN3A 2R71A 1PB9A 4YB5A 1TFAA 1QW0A 3IORA 4LA9A 3IOUA 3TUSA 2HFBA 1UIVA 2I4CA 1IUDA 1IITA 3CG1A 1MY0A 4NF5B 1JW1A 1N0TA 3TTRA 5EHSA 3K0VA 2ALUA 3IX1A 1QUJA 4JSOA 4JWXA 4RPNA 2XXRA 1B5HA 1AL3A 1SI0A 2HAUA 5F1QA 2DVCA 5AA2B 1MDQA 2A5TB 4OXVA 2I0CA 4ND9A 1M5BA 3QUJA 1B5IA 1VSOA 3IAZA 3PMWA 5DEXA 2XXQA 3IL1B 3TPAA 5TP9B 2XXHA 3UA8A 3K1PA 1DPPA 4H65A 1EH3A 4IY6A 5ICQA 2Z23A 3MQ9A 2QS4A 4C0RA 1GGGA 4R9GA 3V89B 1PBPA 3KN8A 4OQOA 3CSGA 2RF1A 1US5A 4OFOA 4FEDA 3ODBA 4M1VA 2PX1A 4H6DA 4H5FA 3RUMA 2F78A 2HZLA 2VD3A 4ZE9A 3MBPA 5I59A 1MPDA 3GZGA 4ZEKA 2P1SA 3EF7A 3OELA 3VVDA 3A3CA 4X48A 3JYRA 1M5DA 1Y1ZA 3ZKKA 1SYHA 2DE2A 3WAFA 2PT2A 1IXCA 5CMBA 4GWOA 3R6UA 3OOAA 1MRPA 3DLNA 1MXYA 1Y20A 5IAIA 1OQHA 3LSWA 5ITOA 1QUKA 4LONB 5H8NA 3HN0A 5I2NA 3QXMA 1ATGA 5DVIA 4ECFA 3G3IA 4I9DA 1MXUA 3OO6A 3CFLA 2ZYNA 5CRYA 3FD3A 1FQFA 1H44A 3LR1A 1Q1KA 1LFGA 4GFRA 1B51A 3B6WA 2G29A 4F2QA 4GD5A 3QSLA 2NVUB 1XOCA 1HSJA 4F3GA 3M3LA 2XX9A 3FXRA 2D21A 2CZLA 4R73A 3ECRA 3OSRA 4NF6B 2X7PA 4GLIA 3FASA 2XXTA 4IGTA 3KN7A 1NNFA 5IKBA 1FQBA 3TFLA 4GL0A 1II5A 1XVXA 4MFIA 1MQGA 2D5WA 3PUWE 4TQUQ 3C32A 1FQEA 4F19A 1NFTA 4P0GA 5BWJA 1GR2A 3R26A 1FQCA 1H43A 2QMXA 3K01A 1GTKA 5CMMA 2ZYMA 1LFHA 4C1UA 5EYFA 4KCCA 3H3GA 4U4SA 4ZEDA 4XKPA 3B6TA 5FHOA 4YKJA 4XKQA 1YPNA 4ELRA 2DWAA 2R9JA 1PB8A 1LBCA 1DPEA 5ICTA 1B0HA 4GVOA 1D9VA 2W7YA 1EZOA 1D3KA 1IXIA 1SYIA 3ZKLA 3PD9A 4DCXA 4DDDA 3E3KA 2THIA 4DLDA 4F1YA 4QSDA 5CM6A 4PETA 2XXYA 2RINA 4H8JA 1RYXA 1Y3NA 3E9XA 3C31A 3PUZE 2VGQA 2QS2A 1H45A 3H6WA 3VDFA 4ZECA 5KCJB 3FVNA 5JTYA 3LBSA 3CSBA 3LSXA 4QSEA 1JEVA 1O7TA 2O68A 5CC2A 4U4XA 5JEIA 2QL3A 2H4IA 4ZEBA 5AA3A 3HHGA 3G3FA 4GIZA 2AYSA 2Q89A 3TAJA 2V3QA 3Q25A 1UQWA 1MH4A 4LQ5A 2ONRA 3MZBA 4I8CA 3TQLA 5TU0A 2HQ0A 1J1NA 2QS1A 2NWJA 3UK4A 4DIGA 1VFEA 3C34A 4I62A 3I3VA 4DXUA 1OLAA 2DXYA 5I2NB 1PDAA 3T9VA 4GQOA 5H8QA 3EHTA 3F11A 2F7CA 2RKMA 2Y7PA 1LFIA 2GFEA 1MM7A 3KJTA 4TLLB 3W9VA 5FTIA 3U94A 3FXQA 1SD3A 4BDLA 1RYOA 2UVIA 1A99A 3TQWA 4KYDA 3FZVA 4BDNA 3IB0A 4OENA 4N07A 2OBGA 5TPAB 5DVFA 2XX8A 2Z8EA 1EU8A 3O28A 3PMVA 2DYXA 3U8QA 4EQ7A 4YMAA 3M3KA 1B3LA 4X1DA 3TTKA 2UVJA 4ESXA 1NNPA 3FJ7A 3PUXE 2PT1A 3FGSA 4C1TA 3S9EA 3I6VA 4MBPA 1JW4A 3H06B 1VR5A 4ZE8A 4UACA 1MS7A 3PUYE 1B1HA 4DCYA 4G8MA 1IZ1A 1UTHB 3HCQA 3MZ9A 1Y9UA 1FTOA 4M4GA 1FCKA 4E0XA 3U72A 5I2KA 1IIWA 4POWA 3SEWA 2RCAA 1MXXA 2RC8A 1MXVA 3VFJA 1Y4TA 4FATA 3K1NA 3S4UA 5DT6A 1US4A 4LATA 1LAGE 3HPIA 3OEKA 3Q27A 1NH8A 3OSQA 1JW5A 2A5SA 3BFTA 3TZAA 3VVEA 4ELOA 5I84A 1B9JA 4EQ9A 4F22A 1LLSA 3UN6A 3HSTA 1TWYA 1HSEA 1NNTA 4IO4A 4OERA 3ONMA 1B7UA 1D9YA 4OMBA 4AB6A 3RN8A 4GOTA 3ZSFA 1R1NA 2O6AA 5ELVA 1MQHA 3KG2A 1B4HA 1CE2A 4U2RA 3SERA 1B7ZA 1MXWA 1Q35A 4G4PA 2DSFA 1P99A 2OJTA 3A3UA 4LQ2A 2DOJA 1MY4A 4RJZA 2HCAA 5FHMA 1P1UA 1R9LA 2ZNSA 3H03A 3S9MC 2PBWA 3I5OA 4KYEA 5H8FB 2Q8JA 5I56B 2DWIA 3AXFA 4OYVA 4R9FA 5ISUA 3D4GA 1O64A 4BDOA 4Z7EA 3CIJA 1M5FA 2G93A 4GXAA 1S9TA 2YPNA 1DMBA 4ELQA 1FTKA 5L8DA 1TT1A 3TTLA 3KFMA 2XXWA 1SW2A 2XHDA 1SW4A 4DZ1A 3OO7A 2UVGA 3U92A 4KD5A 4H8IA 4F1UA 1F9BA 3OD7A 3EN3A 5I58A 4BDRA 3MWBA 3W9WA 2F7AA 2XXVA 4KI0E 3SEVA 3H6VA 2NOOA 2QSXA 2Z8DA 5K2XA 4JDFA 2O51A 1KWHA 1N76A 1B58A 3BFUA 3Q26A 3GBBA 2KLFA 5AA1A 4OFLA 3N26A 2HXWA 3PU5A 4FORA 3V8XB 3V5AA 1OMPA 3QAXA 1JQFA 4EXLA 3U93A 3S2VA 4U1OA 5I57A 5J1DA 4IO3A 1FTMA 2X26A 1A7LA 1TXFA 3GXAA 4IO5A 3T9UA 2ABHA 5JK4A 1UTBA 4ZEIA 3C9HA 5HBCA 3FVKA 4IGRA 4ZDMA 5L9SA 3EPEA 2WKYA 1ZLQA 3C33A 5AA4A 4KR5A 3FXUA 4R74A 4N6PA 1ANFA 1B3GA 4OZ9A 2Z22A 3RGYA 3H7MA 3ILTB 1DTGA 3G3JA 4R6HA 4QRZA 5HPQA 3U1OA 3UGWA 5FHNA 1SI1A 3MJNA 3SEYA 2UVHA 1CB6A 4ELPA 4XIGQ 3G7WA 2F7BA 5DTBA 1DTZA 4EUOA 1B40A 2FNCA 2I4BA 1NMUA 4ISUA 1IQ7A 4F3SA 3C35A 4NF4B 3MVWA 2GHAA 4PFTA 3K6WA 1OIBA 1I69A 1B3HA 3O29A 4F18A 3W15C 1MPCA 4G68B 1H3DA 4LZ5A 4OFJA 3MVYA 1B0LA 2H5YA 3K4UA 4PQJA 5DYHA 3FATA 3QIMA 1MG1A 3KBRA 4ONYA 3O66A 3PGFA 4JWOA 4OESA 4EQBA 3TELA 2IA4A 3CR9A 1IXGA 2DS9A 2VP1A 3RLFE 5A5XA 1B1XA 3G3GA 2OK2A 2QS3A 2AL5A 1ZTYA 4RK2A 3KZGA 4QFLA 3SKPA 4OHNA 2AL4A 3S9NC 3RQTA 3VVFA 4JBZA 5F7VA 4HTGA 1SW1A 3JZJA 1S50A 1HSLA 1Z7NE 4H67A 3VE1B 3O9PA 4KYSA 1B5JA 3OEMA 2Y7RA 1NNKA 2B3BA 5DEXB 4KPTA 2LAOA 3RT6B 4U1ZA 4U21A 2DWHA 2HAVA 4OEVA 1M5CA 3RT8A 2DE4A 5HM4B 2UYEA 4ZS9A 3SEXA 5LOMA 3K6UA 2O7UA 4YKIA 5H8HA 2ONSA 3PD8A 3SETA 3TCGA 5I58B 2DQVA 4F1VA 3DELB 5DVJA 4NF5A 3R7XA 2D3IA 4YKPA 3TCHA 3PPOA 2FA7A 1JVYA 5I59B 4UA8A 3IO6A 1I6BA 1ZIUA 4IB2A 5AA2A 2A5TA 4RXLA 4XXUA 3MVXA 3GLBA 3Q28A 4P0IA 5AA2D 4NEDA 3B7DA 4RNSA 3THIA 5TP9A 3RNNA 1H76A 2HZKA 4LUBA 5CMCA 2O84X 3O6GA 5H8NB 4ESWA 2OCUA 2F97A 4WEPA 4H1XA 4O3BA 3KGCA 4FIMA 5AA4B 1URDA 2ESNA 4LZ7A 3K02A 1A8FA 1I6QA 4IY5A 1L5TA 4FJPA 1IXHA 3MP1A 1LBBA 2Y84A 3CVGA 3E4RA 1B52A 3BBRA 1EZPA 3TMGA 1MM6A 2OWTA 3O97A 3OENA 4MLVA 4FECA 4PP0A 1AH5A 3IOTA 4XKRA 4Q5TA 4E0WA 4X9TA 4PFYA 4EF2A 1ELJA 4KFQA 3CFZA 1PBQA 3T66A 4R2FA 3ZS6A 1LCTA 2OLBA 1B7HA 1OQGA 4BDQA 4YZZA 2F34A 1BTJA 2DVZA 3IB2A 2F6GA 1MQDA 4RPOA 2PMSA 4THIA 1B3EA 1PC3A 2I0BA 4K3FA 4NE4A 2RCBA 1R6ZA 3O2AA 2I49A 3FV1A 2GH9A 4R72A 1GV8A 1JNFA 1N04A 1SQYA 1NH7A 3LSLA 5H8SA 3MPLA 1B4ZA 4G68C 2OWSA 5CI5A 4OETA 1URSA 4OTEA 1MQIA 4XKNA 3JV9A 1DOTA 1XC1A 1EZ9A 3VLWA 5AE4A 5KDTA 2PYYA 4EDPA 3G3HA 1S7YA 3K1MA 3HO7A 3VXBA 4DXBA 3A09A 3N6UA 1LAHE 4QFPA 1UIUA 3LUYA 5K2YA 2DP8A 2DXRA 4Q8RA 4YB7A 4H5GA 4L17A 2B65A 5B70A 3FVGA 1N84A 2QRYA 2XD2A 4RA1A 1B2HA 3LSFB 4QFKA 1VFDA 4F2OA 3FV2A 5L9MA 5KZTA 3MAMA 1QKBA 3L6GA 1FTLA 4QFNA 3Q29A 1AIVA 5H8HB 3PUVE 1JETA 4LZ8A 4YICA 1P1QA 2REGA 1BKAA 2UXAA 5JTYB 1B32A 3C36A 4F31B 3CG3A 1MQJA 1BLFA 4BLAA 1ZMGA 2XXXA 2GHBA 1N3XA 4Q30B 2Y7WA 1SW5A 3VLUA 3MZ1A 3H6UA 1ZKBA 1BP5A 3WAEA 3TYHA 3K6XA 3IB1A 1SBPA 3C4MA 2FYIA 5CBSA 1MY3A 4YB6A 1POY1 2Z8FA 1MY2A 2GRVA 1Y4CA 3N6TA 1URGA 1LB8A 4BDMA 3S9LC 3D4CA 2V84A 5FTHA 4RYAA 4Z0IA 1QJMA 5BUUA 1AOVA 4FEBA 5KCJA 1YTVA 3BKIB 5H8QB 1Y1MA 3TTNA 4JSDA 2VOZA 1MXZA 4NWDA 4YAHX 3DP8A 3MUQA 1GVCA 2P2AA 1LAXA 2Q88A 2O1LA 1O63A 2P0SA 1FTJA 3K6VA 4R6YA 5EHMA 4O3AA 1SDXA 3V83A 3OMBA 4FE8A 3ILUB 2B3FA 4TLMB 4GL8A 3LC8A 4GRKA 4NWCA 3OO8A 4NTLA 4G8HA 3RY3A 3TCFA 2V93A 1Y3PA 4Q0CA 3T9HB 4YMBA 1A55A 4GF8A 3CRBA 2Y7IA 1ZJLA 1YCJA 3PPPA 1MDP1 3MPKA 1B46A 1JVXA 2ZXTA 4R75A 2DE3A 4I1DA 2HEUA 4LP2B 4YKKA 3KSXA 5I2KB 3OXNA 5TPAA 1BIYA 3SDFA 4HW8A 2O1MA 3O6HA 1LB9A 2XD3A 1VE4A 2I3WA 2X7QA 3G3KA 3KSJA 3VV5A 4XTCQ 1I6AA 4IO2A 4G77A 2VHAA 1B6HA 2QJEA 4WXJA 3VXCA 1FQDA 3EHUA 1POTA 5KDTB 1OLCA 1PEBA 4KHZE 2H9BA 3T93B 2O69A 4KCDA 3KJ7A 4NF8A 2H98A 5CMKA 2DWJA 3T96B 3TTMA 1LCFA 3OO9A 2NXOA 3HV1A 3CI8A 2H25A 3L6HA 1UTHA 4ZZEA 1QUIA 2XXUA 4JWYA 3T9XB 3TDJA 3RTWB 2XX7A 3H6TA 2I6EA 1A40A 1AMFA 5ITPA 1WODA 3SEUA 4KQPA 4HCWA 1OVBA 5B7DA 2UYFA 4TOZA 4OWDA 1QVSA 3FIRA 4X1BA 2V3UA 4R2BA 1XHYA 4DE8A 3PPQA 3K00A 4LVQA 3M8UA 1QKAA 1LGBC 4NMYA 1JEUA 2Q2AA 2Q9TA 3IK6B 5L9OA 4F29A 3PMXA 4U23A 3H4ZA 2IEEA 1B3FA 3CFXA 2AIXA 1NL5A 2QPQA 1P1WA 3HHFA 1D4NA 2F6PA 3DP6A 3IOWA 2QMWA 1SVXB 3GBAA 2NUVA 1ZU0A 3UP9A 3FJGA 4PFUA 4H0WA 2V3TA 1Z7ME 2F35A 3MP6A 3M3FA 3IO4A 3MC2A 3QUFA 3RTFB 3K2DA 4QHQA 1IEJA 3UORA 1XT8A 2XXPA 4N13A 4YU0A 2F36A 1P1NA 1N3WA 4QFOA 4IO7A 3IOVA 1N7XA 1USYH 2F8DA 3MVZA 3KOSA 3VLVA 2I48A 2YLNA 3DP4A 3TKDA 4FAJA 2V25A 5H8FA 5I56A 4O3CA 1YAEA 3RPWA 4EF1A 1QULA 3IJXB 4F3BA 1WDNA 2ONKE 4G2ZA 2R6GE 3MW0A 2E0SA 1FW0A 1WVJA 1LSTA 4POXA 2Q2CA 4P11A 5I57B 1A54A 1UTBB 2ZNUA 2ZYOA 4RK9A 1XS5A 4MF3A 1T0KA 4F3PA 1LAFE 1B05A 4F39A 2H99A 3EQ1A 4G8NA 1R9QA 4R6KA 4AB5A 4HS7A 4QSCA 3O6IA 1PB7A 2XXIA 3MP8A 4ZZAA 3KEIA 4MLQA 4PE5B 5CBRA 3SESA 4DXCA 5M2VA 3DM0A 3EHSA 3KOTA 1NKXA 3PV0E 4MH5A 2M8CA 3N5LA 2O7IA 3P7IA 1USYE 1Y3QA 4HCYA 2BJJX 2RC9A 2ZYKA 3PPRA 3N94A 2ZMBA 4JXIA 2CMOA 4QF9A 4NF8B 3B6QA 1OVTA 2I3VA 2F5XA 4EXKA 2I58A 4ZEFA 4OEUA 3FUZA 2Y7KA 1N7WA 4OVJA 3QK6A 1FQAA 2PVUA 3FJMA 2REJA 3E13X 3UIFA 1MPBA 5A5XB 4RY1A 1M5EA 2ZNTA 4PFWA 4IO6A 1DSNA 3USDA 3T22A 3IR1A 4NF6A 4GXSB 1ZBMA 3TODA 4JB7A 1TFDA 3PPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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