5CI5A

Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from thermotoga lettingae tmo (tlet_1705, target efi-510544) bound with alpha-d-tagatose
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
393
structure length
393
Chain Sequence
SKTLTIWIGGQVAELDETWNSVIKTFEEKYGISVEVQLFGFDTYYDKLVTALQAGKGPDLAFADLGGWVPTFAEKGWLEPMEEHLKNWEGTAQIWPNLWPTVTYKKIRYGLPWYTDCRLLLYNKAMFEKAGLNPDNPPKTWDELLDAALKITDTKNRIYGYGVSGTKTEHTTLGYMMFLYAAGGKLLTDDYSKAAFDSPEGLKALKFYTDLAKKYNVSPNAIQYHEDDYRNMMAQNRVAMAIGGPWSFPLIEAANPDIAGKYSVALHPYDAKPASVLGGWALVIPSSSPNKEDAWKLAEYLTSFDVWMKWVEEKGGPMPTRMDVCKKSKLANDVKWQIIFETFPHAVARPPIPQYPQISEQIQTMVQRVLLGELTPEEAIKIAAENVNKILGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Thermotoga Lettingae TMO (Tlet_1705, TARGET EFI-510544) bound with alpha-D-Tagatose
rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Pseudothermotoga lettingae (strain atcc baa-301 / dsm 14385 / nbrc 107922 / tmo)
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
total genus 125
structure length 393
sequence length 393
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ci5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ci5A02
1DSNA 5K2XA 4GXAA 4U21A 3OENA 2QMWA 3E13X 5ELVA 2OCUA 1MQDA 3PPRA 4PFTA 1SDXA 4LATA 3BFTA 1VFEA 3MP6A 3S9NC 3IAZA 4RY1A 2RC9A 1OLAA 5CMBA 2P0SA 4F29A 1M5FA 3VFJA 3FIRA 1WVJA 4ZEFA 2D5WA 3TPAA 1IXCA 2XXWA 4GQOA 3L6HA 2UVHA 4OVJA 2R6GE 4U1ZA 4RYAA 4QFLA 2I0CA 4NF5B 1JEVA 3IO4A 1N3WA 3ODBA 1JW1A 5I59B 5HM4B 1IXGA 3EPEA 2ONRA 3PUZE 1AIVA 4YMAA 1Y1ZA 3U72A 1SI0A 2ZNUA 1EZPA 1GV8A 2QSXA 1HSJA 1POY1 1LFHA 3N6UA 1URSA 2XX9A 2O1LA 5H8FB 4KPTA 5AA3A 4XKQA 2Q89A 5L9SA 4R75A 2THIA 2V25A 3MVZA 4HCYA 3EHUA 3D4GA 3KN8A 4FATA 5I57B 3TTLA 3MVWA 2G93A 3DM0A 3CIJA 5ICTA 4GL0A 3JYRA 4WKMA 3CFXA 4H65A 1B3EA 5TU0A 3OSRA 2DS9A 1MQHA 2GHAA 1IIWA 1AOVA 3QUFA 4RXLA 3PD9A 2I4BA 4K3FA 2ZYKA 1DPEA 3N94A 3TQWA 5JK4A 4IY6A 5IAIA 1WDNA 3U8QA 1AMFA 4ELRA 4M1VA 3OEKA 5KDTB 4X9TA 1B2HA 3FZVA 1FQAA 3O28A 3RUMA 3PPQA 3BKIB 1A8FA 4OERA 1IXHA 4JB7A 3S9LC 3EHSA 1ZTYA 2FNCA 4GOTA 1LAFE 3RTFB 5ITPA 1B58A 4FEBA 1R9QA 1M5EA 2RC7A 1MQGA 5LOMA 1RYXA 2DVZA 3MQ9A 2O69A 1J1NA 3HPIA 4YB7A 2NVUB 1B46A 3RN8A 5EYFA 5JTYA 3TUSA 3N6TA 5H8QA 3GBBA 1B1XA 2Y7PA 2YPNA 1BKAA 3BFUA 1O64A 4JWOA 3G3HA 1FQFA 5CMMA 3K0VA 1OVTA 4FIMA 2DWAA 4YZZA 3WAEA 2RC8A 5DEXA 1MY0A 1NMUA 4O3BA 1B32A 3T93B 4GWOA 4NWCA 4U4SA 3E4RA 1EH3A 3W9VA 2XXIA 4F1VA 2CZLA 3H06B 2HXWA 3OELA 5CRYA 4EQ7A 2XXXA 1Z7ME 4YU0A 5CC2A 5I2KA 1MPCA 4HCWA 4JXIA 4QSCA 1R9LA 4FECA 4IGTA 3O66A 1MRPA 1GGGA 1N76A 1MDP1 2ZXTA 4ISUA 3U1OA 3MPKA 2F5XA 4U1OA 4YAHX 1UIVA 3USDA 3BBRA 3JZJA 2QS4A 4MF3A 3SEUA 4OQOA 3T22A 1XC1A 4THIA 3FUZA 3M3LA 3HSTA 1VE4A 4I9DA 4DLDA 1LLSA 1JVXA 5H8HA 4IO7A 1NL5A 2H4IA 2DXYA 3RTWB 5I84A 3IR1A 4LONB 2PBWA 2V3TA 4AQ4A 2HEUA 4C1TA 1FTOA 1H3DA 3KG2A 4EQBA 3GBAA 3MWBA 2Y7RA 4F22A 4ESXA 2RKMA 3P7IA 3HO7A 2H98A 1YPNA 3H3GA 1AL3A 4ONYA 5H8FA 1R6ZA 5BWJA 4GRKA 4MBPA 3QK6A 3EF7A 1FCKA 4ELPA 4PFWA 3S2VA 3OD7A 1ANFA 3T9HB 5I57A 1I6BA 2IEEA 4E0XA 3C35A 2PMSA 3CI8A 3G3JA 2HZKA 1XVXA 3TMGA 1TFAA 1UIUA 1M5CA 3RLFE 1MY2A 3H6UA 3TZAA 2X7PA 3E9XA 3RNNA 1SW5A 1LGBC 3MBPA 3RT6B 5AE4A 2D3IA 5KZTA 4R9FA 4ZEIA 4R6KA 1N3XA 5I56B 1SW2A 3IO6A 3HV1A 4UA8A 1GTKA 4TLMB 2DE3A 1XT8A 1QUJA 1TFDA 1SW4A 2P2AA 3FVOA 4F3SA 4GVOA 4EF1A 1RKMA 1TXFA 3MZ9A 3HHFA 2DSFA 3TYHA 3IOUA 4R73A 1XVYA 4IY5A 1IZ1A 4OWDA 1ELJA 2Y7IA 3SEWA 5TP9A 1YCJA 1LSTA 1BTJA 4M4GA 2PYYA 4RA1A 4EUOA 3I5OA 2VP1A 4FEDA 1M5DA 1MS7A 1ZMGA 3DP6A 3WAFA 1B7ZA 1I6QA 4OHNA 3K4UA 1XOCA 3ILTB 4X48A 2DWJA 3ZKKA 1Y20A 4TLLB 3DLNA 2X26A 3G3KA 5JTYB 1FTLA 5H8QB 1Y3QA 4ZEDA 1F9BA 1N84A 4Z7EA 4ZE8A 3GXAA 3IJXB 3IOTA 1FW0A 4C1UA 3PPNA 3UA8A 3VLVA 3TTKA 1PBQA 3O29A 3PMXA 1MXYA 1LBBA 1UTBB 3PPPA 3S4UA 3SDFA 2QL3A 3RGYA 4PETA 3FVKA 5DVIA 1S50A 4IO6A 3Q26A 4OFLA 4QHQA 1PB8A 3OMBA 1P1NA 3LSLA 4H8JA 3ECRA 3IOWA 1MH3A 2PX1A 1S9TA 4TOZA 5F1QA 1PEBA 3M3FA 5I2KB 1BLFA 4NF6A 5KCJA 4BLAA 2V84A 4XKNA 2BJJX 1B3HA 3VVFA 4YB5A 3DELB 1IQ7A 3PGFA 5M2VA 3TCGA 4XIGQ 5AA2A 1MXZA 3O6HA 2I3VA 3LSFB 4U2RA 2H25A 4R9GA 4LP2B 3QYTA 1USYE 1B7UA 3FVGA 1FTJA 2DOJA 3PD8A 4KFQA 2KLFA 4Q30B 3W9WA 3FXQA 5EHMA 3PU5A 2O84X 4DCYA 5H8HB 5H8SA 4WEDA 2XXPA 2M8CA 1FQEA 4WEPA 4OETA 5CM6A 3ZSFA 2QS3A 1PB9A 2XHDA 4PP0A 1ZU0A 4LZ5A 5CMKA 4G4PA 4LVQA 1H44A 1OVBA 4MLVA 2QJEA 4MH5A 2A5TA 2UVJA 2Z8DA 2XXQA 1OQHA 4N6PA 4JDFA 2F7AA 5FTHA 4OEUA 2A5SA 1LAGE 1LBCA 1OLCA 4OFOA 4Q8RA 2CMOA 4QSDA 4G8HA 4H1XA 3G3IA 4H5FA 1MH4A 1I6AA 5I56A 1QKAA 3UK4A 1B6HA 4I62A 1B4HA 1US5A 1A54A 1POTA 3FV2A 1MY3A 2FA7A 3JV9A 3KFMA 1AH5A 1N0TA 3IOVA 4WXJA 3K1PA 1OQGA 3SKPA 3KN3A 3K01A 3MZBA 3SEXA 3S9MC 4MLQA 2AIXA 5TP9B 3K6VA 2Y7WA 4YKIA 4PE5B 3MPLA 3MP1A 5ITOA 4C0RA 3Q25A 5I58B 4G77A 4KYDA 1FQCA 4IO2A 3H6WA 3C4MA 1SD3A 1B51A 2OWSA 4F39A 4F3GA 2GFEA 1B5IA 3KJTA 4HW8A 1S7YA 4G68B 3DP4A 3PMWA 1SW1A 5HPQA 1NNFA 1TT1A 1JVYA 2Y7KA 2XXYA 4R72A 3KGCA 3MAMA 1HSEA 4IGRA 2QS2A 3C32A 1B1HA 1CB6A 5DT6A 4H5GA 1JQFA 2ABHA 2I58A 2XX7A 1YAEA 4RNSA 1P1QA 1VSOA 2AL5A 1MM7A 1MM6A 1UTBA 3IX1A 4HTGA 4YKKA 3UP9A 5L8DA 3LBSA 4JWXA 3TDJA 1MY4A 2F7BA 2QPQA 2FYIA 4LQ2A 1P1UA 5J1DA 1YTVA 2OZZA 3GLBA 4IO3A 1LFGA 3VVEA 1LFIA 1ZKBA 4OMBA 4QFOA 1Y1MA 3K00A 4OZ9A 3M8UA 2HZLA 3H7MA 4NF6B 1BIYA 2VOZA 2D21A 5KCJB 3MJNA 3OO6A 2F97A 1QUKA 4KYSA 5H8NA 4F3BA 1P1OA 1SQYA 5AA2B 3N26A 4DE8A 3FVNA 1LCTA 1SYHA 5A5XA 4QSEA 2RCAA 1SI1A 4BDLA 2F78A 3U94A 3VV5A 2UYFA 3QXMA 3EQ1A 3T9XB 2VHAA 2I0BA 3HHGA 1PDAA 3OO9A 3O2AA 3B6QA 3PPOA 1QULA 1PB7A 3CG3A 2HCAA 3A09A 3VLWA 4YKPA 4LUBA 2O7IA 2QS1A 3CRBA 3K2DA 4QFNA 5DVJA 4R2FA 1B4ZA 1H45A 4BDQA 4NEDA 4DDDA 3H6VA 3KBRA 4H8IA 4ZEBA 4OFJA 4N07A 1IXIA 2A5TB 3T66A 1B3LA 1Y3NA 2H99A 2Z23A 3ZKLA 4QRZA 4NWDA 4DXCA 4XKRA 2DE2A 3VLUA 1FTKA 3FASA 2Q2AA 2REGA 5CMCA 4PFYA 2ESNA 2I48A 1OMPA 1WODA 1LCFA 4I1DA 2NWJA 1FQDA 4YICA 5TPAB 2ALUA 3K6XA 4EQ9A 3TEPA 1JNFA 3G3FA 1B9JA 2NOOA 2Y84A 4GL8A 4U4XA 1MQIA 2X7QA 2Z8FA 3UN6A 4F1UA 5BUUA 3RT8A 3QIMA 4KHZE 3VE1B 2HQ0A 3FJMA 1SBPA 5IKBA 4EF2A 1US4A 1JETA 3FD3A 1LAXA 1NNTA 3G3GA 3SEYA 4QFPA 4F1YA 1L5TA 2V93A 4PQJA 3O6IA 3IB1A 1XS5A 2I49A 3IB2A 4F19A 5L9OA 3HCQA 1B0HA 4FORA 3SERA 3IL1B 3C31A 3V8XB 4KR5A 3EN3A 4GIZA 5I58A 1B52A 1II5A 5FHOA 3H6TA 2QMXA 3MC2A 4AB6A 3SEVA 4FAJA 1JW5A 3LR1A 3K1MA 4POWA 4G68A 1IUDA 1T0KA 4P0GA 1QKBA 4KCCA 3A3UA 5I2NB 3M3KA 3K6UA 1N7WA 3PV0E 4FJPA 1URDA 3K02A 4YKJA 2F6GA 2UYEA 5B70A 4KI0E 3FJGA 1M5BA 2DP8A 3G7WA 3TAJA 5HBCA 2O68A 2RF1A 1FQBA 3OO7A 3T9UA 4AB5A 3C34A 3U92A 4ESWA 3VVDA 3QAXA 2DYXA 2PVUA 3I3VA 3TTNA 3S9EA 4IO5A 2R71A 3PUXE 1SVXB 3C36A 2Q88A 1MXVA 3UIFA 1IEJA 4LZ7A 4EXKA 2Q9TA 2F7CA 3Q27A 4KYEA 3TCHA 2I6EA 2F34A 4G2ZA 3R26A 3KZGA 4BDMA 2YLNA 1MY1A 3PMVA 5H8NB 2NXOA 3W15C 2OWTA 1D4NA 3V5AA 5AA2D 3V89B 4GF8A 3Q28A 4U22A 3DP8A 1MPBA 3HN0A 3FV1A 1MQJA 3CR9A 5A5XB 2XXRA 4OTEA 3ILUB 3MP8A 1LAHE 2RINA 1GVCA 1DTGA 3LC8A 2UVGA 1EU8A 2IA4A 4GD5A 4ECFA 2R9JA 3UORA 2OK2A 3UGWA 1JW4A 3MVXA 1NH8A 3TTRA 3CFLA 2ZNTA 2HFBA 1H76A 1B5HA 1Y4TA 2B3BA 3E3KA 4R74A 4XXUA 4JSDA 2H9BA 3TELA 2ZMBA 4EXLA 4GFRA 4JBZA 3RPWA 4DIGA 3PUYE 1D3KA 1RYOA 5DYHA 3C33A 3FJ7A 1Y9UA 1ZBMA 2Z8EA 1TWYA 4JSOA 4E0WA 3QUJA 4DCXA 3LUYA 1ZLQA 1B40A 3KJ7A 2OLBA 1JEUA 5AA4B 2XD2A 1B05A 3TCFA 4OENA 2V3UA 5TPAA 1Z7NE 4UACA 1KWHA 2E0SA 3MZ1A 3K1NA 3IORA 1CE2A 4Z0IA 4NF4A 3V83A 1NFTA 2ZNSA 4ZZAA 2HAVA 3KN7A 3KOTA 4IB2A 4ND9A 2Q2CA 2XXTA 1N04A 3IB0A 3SETA 4ELOA 2GH9A 3H03A 2WKYA 2ANJA 2W7YA 2F8DA 4BDNA 2ZYNA 2V3QA 3FXUA 4LA9A 4RJZA 5EHSA 2E1SA 4F31B 4LZ8A 4GLIA 3OOAA 1HSLA 4OYVA 3RQTA 1D9VA 2UXAA 4ZDMA 1B0LA 1Q35A 5I2NA 4NF8A 4RPNA 4Q5TA 2OBGA 4DXUA 4RK9A 1O63A 1Y3PA 3B7DA 1VR5A 3R6UA 4P11A 4YMBA 1H43A 3CG1A 3N5LA 2I4CA 2ONKE 3B6WA 3CSBA 4ELQA 3MVYA 3QSLA 2QRYA 1UTHA 3ONMA 4YB6A 4ZZEA 2LAOA 1DMBA 1P1WA 5AA1A 4HS7A 3OEMA 4OEVA 2REJA 4LQ5A 4PFUA 4H6DA 4JWYA 2P1SA 1UQWA 4G68C 3I6VA 4GXSB 2XXHA 1NH7A 5CBSA 3A3CA 4ZECA 3TODA 1DOTA 2DE4A 3CSGA 2UVIA 3B6TA 4XTCQ 2RCBA 1QJMA 4Q0CA 5F7VA 2VGQA 1D9YA 3D4CA 4RPOA 4KCDA 3R7XA 4H67A 4POXA 1QUIA 2Q8JA 1MXXA 3VDFA 4ZS9A 3TTMA 3T9VA 1NKXA 4ZEKA 2ONSA 2F6PA 3CVGA 3OSQA 3GZGA 1URGA 4OXVA 3O97A 1B5JA 4N13A 2PT2A 5FTIA 3MW0A 1N7XA 2O6AA 1EZ9A 4RK2A 4QFKA 3FGSA 1ATGA 1PBPA 3K6WA 1LB8A 2DQVA 1OIBA 3LSXA 2XD3A 2ZYMA 4NF5A 3O9PA 1VFDA 3CFZA 2PT1A 1R1NA 3C9HA 2B65A 5I59A 3MUQA 4R2BA 3FXRA 3ZS6A 1Y4CA 1A7LA 4IO4A 1NNPA 3AXFA 4F2OA 1MDQA 3VXBA 4DXBA 4R6YA 1FTMA 4DZ1A 4G8MA 5ISUA 1GR2A 1XHYA 4I8CA 3TQLA 1O7TA 1B3GA 5AA4A 4O3CA 3VXCA 1EZOA 3LSWA 2YJPA 5B7DA 1B3FA 3H4ZA 5JEIA 1MXWA 2DWHA 3IK6B 2VD2A 4G8NA 2VD3A 2O1MA 1Q1KA 4QF9A 2GRVA 4NF4B 3F11A 1ZIUA 4BDOA 1LB9A 2HAUA 2I3WA 4MFIA 2DWIA 5FHNA 1DPPA 4NMYA 1IITA 4X1DA 3SESA 3Q29A 3U93A 3PUWE 3FATA 2GHBA 2AYSA 1QVSA 4KQPA 4ZE9A 2H5YA 1MXUA 5L9MA 4EDPA 5KDTA 5CBRA 3KSXA 3PUVE 1DTZA 3IJOB 5CI5A 4NTLA 3EHTA 2XXVA 5DVFA 1PC3A 1A55A 2OJTA 4FE8A 4U23A 1QW0A 2O7UA 2ZYOA 4XKPA 3TKDA 5K2YA 1A8EA 3RY3A 4NF8B 2XX8A 1B7HA 2Z22A 5DTBA 1P99A 4R6HA 1I69A 3KOSA 2DXRA 1SYIA 4F3PA 1MPDA 1MG1A 4L17A 2AL4A 3KSJA 1UTHB 1USYH 2XXUA 2F35A 4NE4A 4H0WA 4F2QA 1BP5A 3TFLA 1ZJLA 1NNKA 5DEXB 3OXNA 4O3AA 3L6GA 3THIA 2NUVA 4KD5A 1A99A 2O51A 4F18A 1A40A 4OESA 3OO8A 4BDRA 4P0IA 5FHMA 2B3FA 3O6GA 4X1BA 2G29A 4TQUQ 5ICQA 2F36A 2DVCA 3T96B 3KEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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