5COOA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-085
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5cooA00
4CPTA 5P2ZA 1BDQA 2HS2A 5P6JA 3PSGA 5P5MA 3DV5A 2QD8A 1XS7D 1SDTA 5P2HA 4RYGA 5P2UA 3G6ZA 8HVPA 1RQ9A 1FQ4A 3SACA 2QZXA 3UDYA 3RTMA 5HE7A 1SMEA 3WZ6A 3ZKSA 5SZ9A 3PLDA 4ZSQA 3KFPA 5P4YA 3URIA 2AVSA 1LYAA 4I1CA 5P87A 4COEA 5P0AA 5P6YA 4GB2A 4JP9A 5P0SA 3R0YA 5P88A 4YOBA 5P1QA 5P2DA 2R43A 3EKWA 3KFSA 5DQ1A 1YG9A 3HD8A 4J17A 5P24A 5P8SA 1EPLE 5P0FA 3SABA 4TRWA 4GJBA 3ER3E 3TNEA 3IXKA 5P62A 1FMBA 4Y5CA 2QNQA 3PCZA 3DUYA 5OYWA 5OZZA 5P2TA 3INEA 2P4JA 2IEOA 2Q11A 4FRIA 3CYWA 3MXEA 4DUSA 2F3KA 5KR2A 4L7JA 4R92A 4Y3EA 3OQ7A 2CENA 2VIZA 5P3HA 2IENA 2QHCA 5DR8A 5P0KA 4GJ5A 4Y3WA 3S7LA 1D4SA 3KT5A 2ASIA 4HLAA 3EKYA 4HZTA 4KB9A 1NPWA 1FEJC 5P8FA 3URJA 3HLOA 3U71A 1XE6A 4Y54A 4YCKA 3OXWA 4CP7A 1ZLFA 1YTHA 5P0DA 5OZHA 2ZHSA 5DQCA 3S7MA 4X7IA 4Y9WA 3EM6A 5P6GA 5P82A 1QBSA 5P8BA 4J1EA 1K6VA 2AQUA 1HVCA 1FQ8A 4YD3A 2IQGA 3QBHA 3T3CA 4EP3A 1FF0C 3PI5A 2UY0A 2ZJHA 5P8PA 3EKVA 2NNPA 5OZ5A 4B1EA 1W50A 1K6CA 3NLSA 3LIXA 3L3AA 1DIFA 4EPJA 5ISKA 3IN4A 4EQJA 4L7HA 2IL2A 5E5JA 5P1XA 4GYEA 5P5OA 5P1IA 4Y57A 1B6KA 3SM1A 2VA7A 3BUGA 3PHVA 3QVCA 2JYSA 2ZHVA 3OUDB 2B7FA 2I0AA 5P8LA 5P3GA 4YCYA 1UPJA 5P5RA 3PB5A 3PEPA 2BPWA 4J0ZA 5P49A 3EKTA 1EC0A 2F3FA 1HSIA 2QCIA 4OBJA 2QZLA 4F73A 4J1IA 1HIHA 2FGUA 4DQBA 4Z4XA 5P7UA 5P3EA 4RVIA 5J25A 2V00A 3ER5E 2QZKA 3QROA 1LZQA 5P4UA 4DQHA 4Y4EA 3PSUA 1A8KA 5P3IA 3A2OA 3OUBA 1YTIA 4YHQA 3VYDA 1XE5A 2FXDA 3NU6A 2G1NA 4YD5A 4B1CA 5P1FA 5P5QA 3BXSA 1MT8A 3VG1A 5P5EA 3ZPSA 3O9LB 4HE9A 4DJVA 5P61A 4Y3RA 4YDFA 4Y3AA 4RCDA 4HDPA 5P1GA 2FGVA 1ODXA 4Q1XA 4Y3SA 4Y5MA 2BPVA 5P2RA 5P47A 3GGAA 3QIHA 5OZQA 3UDPA 2PMAA 5P4VA 5HU0A 3VSWA 4ZSMA 3K5DA 5P34A 4CMSA 5P66A 5P65A 3K1WA 3ZL7A 3O9EA 2IKOA 5P5NA 1AIDA 1HTGA 4KE1A 3KDBA 4F75A 5P2AA 5KR8A 5P15A 4Y53A 5P3OA 4FGXA 1BV7A 5OZPA 1CMSA 2R5PA 3EM3A 5P67A 3JW2A 4TRYA 3NU3A 4Y4TA 4Y35A 5OZAA 3ZOVA 1IDBA 5P8UA 2IGXA 2R5QA 4B05A 3GGVA 3OHHA 3S54A 4H1EA 4BFDA 2O4LA 4FSLA 5OZWA 5P2QA 4GJAA 5P36A 4Y47A 1PPLE 5P30A 4EHCA 4I11A 5IVRA 1DW6C 4F76A 3VLBA 4ACUA 5P0LA 5AHAA 3IVIA 3LITA 4BFBA 5P5FA 2VA6A 4B72A 1LF2A 1AAQA 1AVFA 2QZWA 3SM2A 4RROA 1PFZA 1BAIA 4Y5KA 5P2NA 5P5LA 1W5XA 3LIQA 1EBKC 5OYUA 1TSUA 5P11A 5P19A 4OBFA 1AXAA 4DJUA 1B6LA 1SIPA 3GW5A 3N3IA 2P3DA 4L7GA 3SO9A 5IVQA 3BVBA 4EP2A 3Q4BA 5IE1A 1HPOA 4R95A 3S85A 1K6TA 4Y3TA 5P0BA 5P28A 4NJUA 5P3VA 4B78A 4CPRA 5P8JA 4U7QA 1QBUA 2WF3A 3WB4A 1T3RA 4Y5BA 5DQ5A 2QMPA 5OZ3A 5P1NA 5P20A 5P38A 4QLHA 2R38A 5DR3A 5P2XA 3NYGA 3UF3A 4QGIA 3SA4A 4D85A 3HW1A 3G72A 5P4LA 2VNMA 3FKTA 5P29A 1T6GA 1YTGA 5DQ2A 5HD0A 5P22A 3KA2A 3UDNA 3CMSA 3SAAA 4JPEA 1MT7A 3S43B 2ANLA 5P5TA 5IS4A 5P7FA 2XFJA 1GVWA 4D88A 3VV6A 1HVLA 3VV7A 5KOQA 5KR0A 4Y5LA 3OWNA 1BVGA 4DQCA 2ZJIA 3L5CA 5P26A 2P3CA 3K5GA 1G6LA 5P56A 3NDUA 5P4AA 2ZHRA 5P4IA 4I0ZA 2RKFA 3F9QA 3D20A 4ZEAA 1PROA 3QVIA 3VYEA 5AGZA 5P72A 1FIVA 5HE5A 5P03A 5P60A 1EEDP 2O4NA 5HDXA 3NXEA 4FM7A 5P1SA 3DM6A 4YA8A 3UFNA 4FSEA 2Z54A 1PSOE 5P6AA 1DMPA 2NXMA 4Y56A 5HVPA 2H6TA 1TCXA 4ZIPA 2HIZA 4Z22A 5KQXA 2B7ZA 1W51A 5OZRA 5P2YA 2AOJA 4XX4A 5P13A 5KR1A 4R93A 1C70A 1HRNA 2G94A 1F34A 3OADB 3O9HA 5P2KA 4AMTA 5P1KA 4EQ0A 4CPQA 4Y3HA 4EYRA 4GJ6A 1BDLA 1ZAPA 3PBDA 5P57A 4AA8A 1LF4A 5AH7A 4ER1E 1A8GA 3VFAA 4OC6B 3OU4B 5P2FA 2VJ9A 4Y3GA 2WEZA 2IS0A 2PWRA 4U7VA 3UDQA 3QI1A 1FMUA 4FCOA 2ZHUA 5ER2E 3TTPA 4RVXA 3VFBA 3OQKA 2BPXA 2I4VA 2JJIA 2HAHA 2OHKA 5P0WA 3QRMA 2SAMA 1CPIA 1EBWA 5P5ZA 5P2JA 4D89A 5P7HA 3SA5A 1HIVA 3BXRA 3BGCA 5P0RA 5P5GA 5DPZA 1MEUA 4OBDA 4B00A 4GJCA 5P3FA 3UQXA 1NPVA 5P5XA 3UDHA 2NPHA 4NPTA 2OHPA 3OU3A 5P27A 1SMRA 3O9LA 3GI5A 3OXXA 1LEEA 3IGBA 1EC2A 3OTYA 4ZPEA 5HDVA 4TRZA 5P85A 2FXEA 3I8WA 5P7WA 5P78A 3PMYA 3TOGA 3OOTA 1HVJA 3EKPA 1BDRA 5P3XA 1EPQE 3MSLA 4RYCA 3UFLA 1M43A 2WEDA 5P1HA 5OZFA 1FQ5A 4D83A 1IVPA 1B11A 3QRSA 5OZXA 5P4MA 2PH6A 5P6BA 5P2LA 2BQVA 4H3FA 2HS1A 2Q15A 5P7XA 5P6EA 2VS2A 5P1YA 2ZJKA 4OBZB 5P7IA 1G0VA 4J1FA 1HPSA 1K2CA 2QAKA 3NU4A 5P8GA 4PHVA 3SKGA 5P0EA 1IZEA 3BHEA 3OOZA 5P5YA 5AH8A 5OZKA 4Y58A 1WKRA 3WZ7A 2PSVA 5OZGA 1GVVA 4EJDA 3O9BA 5P01A 2ZJNA 1HTRB 3D3TA 1Z1RA 5P42A 2Q54A 1TCWA 2FDPA 1RNEA 5OZ6A 5HCOA 3TPRA 2P8HA 5P4TA 5P55A 3KYRA 5P6UA 3L5EA 4Y4XA 3KN0A 3OXCA 4A6BA 1EPRE 3VLAA 3OUCA 3R0WA 2BKTA 5P79A 4OBHA 1PPKE 3CIDA 5DGWA 3URLA 5SY2A 4TVHA 3SA3A 5P63A 1Z8CA 5OZUA 2AOHA 5P05A 5OZEA 4FE6A 3S8IA 5P1WA 3U7SA 2I4UA 4Y50A 3O99A 5P6MA 5P7YA 3Q5HA 3S56A 1LYBA 5P6XA 3APPA 1PSNA 5P5VA 2G69A 4J55A 1AJVA 2BBBA 3S53A 3RTNA 4GMIA 5P02A 2VIJA 1GVUA 3TOHA 1W6HA 4EJLA 2Q64A 4MC1A 5TOLA 3SA7A 1D4YA 2XFIA 1D4JA 3BGBA 5P6ZA 2HB2A 5P39A 3FV3A 5P5WA 3S43A 3FNUA 5P6LA 3UDJA 5P1OA 2OHLA 1C6ZA 5P07A 3OY4A 2ER7E 3I7EA 5P3MA 4L6BA 1HVRA 4I0FA 5P73A 5P6NA 1G2KA 3OGQA 3OXVA 4Y36A 1HXBA 2VNNA 4H3JA 4DQFA 1FQ7A 3JVYA 3KMXA 4Y4GA 3PLLA 2QU2A 4GJ8A 5P14A 4RCEA 3INFA 4LAPA 1AM5A 5HDZA 1DAZC 4Y43A 3Q6YA 1GNMA 4CPXA 2O4PA 3OUAA 4DJPA 1GKTA 4Y38A 3SPKA 3T7PA 5P5AA 5OZYA 5P4XA 5P7LA 1ODWA 5P1MA 5P7ZA 4IVTA 2WF4A 3UCBA 5P12A 4M8XA 1B5FB 2F80A 4ZSRA 1F7AA 2AOEA 4NJTA 1EPME 3PWMA 3UQWA 4GJ9A 2Q55A 2UPJA 5P8DA 4GJ7A 5P18A 4J0YA 1SP5A 2QI4A 1G35A 5P8TA 3OADA 3EL0A 3MWSA 1SH9A 4GJDA 2O4SA 5P75A 1EPPE 3RSXA 3TH9A 4LBTA 4DH6A 2FIVA 2O4KA 3LIVA 4Y4BA 3O9AA 4LXKA 1HOSA 5P00A 4OC6A 3OU4A 4HEGA 3FNTA 4Y5PA 2IRZA 3HAUA 3QS1A 2PH8A 1EPOE 5P6CA 3BUHA 1BWAA 5P6RA 3L38A 2BJUA 1W5YA 4CKUA 4LP9A 4Y4UA 4B77A 5P71A 5P86A 5P53A 2PC0A 1UH8A 1VIJA 2QU3A 1XN2A 1T7JA 3UQPA 2FDDA 4AA9A 4LHHA 5P5SA 3KDDA 3IAWA 1IZIA 5I3VA 5P7OA 1QDMA 2AZ9A 5JG1A 5P6FA 2Q5KA 3OQFA 5P2VA 2R3WA 5P23A 5P7JA 3LINA 3TKGA 5P16A 5P4QA 2V11C 3ZPUA 2PK5A 4J0TA 5P1CA 5KOSA 4Y3DA 2VA5A 4L1AB 2F8GA 1QRPE 3NXNA 6UPJA 4Y6MA 5P3JA 1GNOA 2ER6E 3KF0A 3O9FA 4RLDA 5P3LA 5P8IA 2J9JB 3D1YA 3GI4A 3OAGA 5OZDA 4MC2A 1SIVA 2ZHTA 2AZ8A 3I2LA 5P58A 5P0XA 1N49A 4APEA 1HSGA 3WSJA 3WZ8A 4OBZA 2Q3KA 4B70A 2WF2A 1WBMA 3ZKQA 3D1ZA 5P1AA 3UHLA 4Y51A 4Z50A 5F00A 3UPJA 4JOOA 4OBKA 2OF0A 2QHZA 5OYTA 5P40A 5HDUA 5P45A 3RTHA 1MSNA 2XYEA 1FLHA 5I70A 4LC7A 4J1KA 2OHRA 3VSXA 4FAFA 1META 2IKUA 2H6SA 3L5BA 2OAHA 4DI2A 3MSKA 5P0PA 4MC9A 1ZP8A 7HVPA 5P7MA 5P41A 1YTJA 4I8ZA 2AVMA 5P51A 5P5IA 1HEFE 2OHSA 3LZVA 5P4CA 5P1TA 5P33A 5P32A 3ZKGA 3OGPA 3B80A 3IVHA 5P64A 1BXQA 4DJYA 3AUPA 4PYVA 1QBRA 5P5CA 5P8AA 5EZZA 5P3ZA 1IZHA 3L58A 2OHNA 5P25A 1HBVA 5P8VA 3O9CA 4N00A 5DR0A 2AOFA 5P83A 4Q5MA 3EKQA 4NJVA 4Y41A 4I0IA 1KJFA 4Q1YA 3UQUA 5P4NA 4AZYA 1EAGA 5P7AA 2B60A 3H0BA 3L5FA 2I4DA 2OHTA 2VIYA 1APTE 5OZOA 3NSHA 4Y4DA 4H3IA 3FIVA 4B0QA 1MVPA 5P0IA 5P3NA 5PEPA 3GI6A 3R4BA 3TPJA 1IZDA 1M4HA 3SA6A 1W6IA 4RCFA 3QBFA 4I8WA 5P3WA 4RRSA 4S1GA 5P5BA 2QI1A 2AVVA 3UDRA 5P17A 5P4KA 1BV9A 2G24A 4TVGA 5P59A 3LPJA 5CONA 5P7NA 3NU9A 5ENKA 1ENTE 2I4XA 4J1HA 3IXJA 3SQFA 9HVPA 1ZPAA 4R8YA 3EL5A 4DV9A 2I1AA 2FDEA 4Y4ZA 4Y44A 2A4FA 2G21A 3K5CA 1LYWB 5P1VA 3D1XA 4Y39A 5P8KA 1WBKA 1GNNA 3IA9A 5OZLA 3LIYA 4LXAA 4I0EA 4K4QA 5P6QA 4PZWA 5P7TA 3NWQA 4OD9B 2G1SA 2V0ZC 5P68A 4WY6A 2QI6A 4I10A 3R2FA 3OUDA 5P6WA 2V16C 4U8WA 4DQEA 1FG6C 4Y3FA 2PWCA 1SBGA 1LF3A 3PMUA 4YOAA 5C9BA 5BS4A 5P3DA 5P80A 2JJJA 1B6JA 5OZTA 5P4HA 3RU1A 4Y3MA 1MERA 2FLEA 2F3EA 1MRWA 2CEMA 5AH9A 1FQ6A 5P7SA 4Y5AA 5OZ8A 5P2MA 1K2BA 3QAAA 1U8GA 3EL4A 1XDHA 5E5KA 3OQAA 1NH0A 5P5HA 5KQZA 3SA8A 1HVHA 3T7QA 5APRE 3R1GB 1BBSA 2I4QA 3GGXA 4I0DA 3OHFA 4CPUA 5ISJA 5DR1A 5P4RA 1C6YA 2B8LA 3O9GA 4YBFA 4EJ8A 2QMFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPT A;  5P2Z A;  1BDQ A;  2HS2 A;  5P6J A;  3PSG A;  5P5M A;  3DV5 A;  2QD8 A;  1XS7 D;  1SDT A;  5P2H A;  4RYG A;  5P2U A;  3G6Z A;  8HVP A;  1RQ9 A;  1FQ4 A;  3SAC A;  2QZX A;  3UDY A;  3RTM A;  5HE7 A;  1SME A;  3WZ6 A;  3ZKS A;  5SZ9 A;  3PLD A;  4ZSQ A;  3KFP A;  5P4Y A;  3URI A;  2AVS A;  1LYA A;  4I1C A;  5P87 A;  4COE A;  5P0A A;  5P6Y A;  4GB2 A;  4JP9 A;  5P0S A;  3R0Y A;  5P88 A;  4YOB A;  5P1Q A;  5P2D A;  2R43 A;  3EKW A;  3KFS A;  5DQ1 A;  1YG9 A;  3HD8 A;  4J17 A;  5P24 A;  5P8S A;  1EPL E;  5P0F A;  3SAB A;  4TRW A;  4GJB A;  3ER3 E;  3TNE A;  3IXK A;  5P62 A;  1FMB A;  4Y5C A;  2QNQ A;  3PCZ A;  3DUY A;  5OYW A;  5OZZ A;  5P2T A;  3INE A;  2P4J A;  2IEO A;  2Q11 A;  4FRI A;  3CYW A;  3MXE A;  4DUS A;  2F3K A;  5KR2 A;  4L7J A;  4R92 A;  4Y3E A;  3OQ7 A;  2CEN A;  2VIZ A;  5P3H A;  2IEN A;  2QHC A;  5DR8 A;  5P0K A;  4GJ5 A;  4Y3W A;  3S7L A;  1D4S A;  3KT5 A;  2ASI A;  4HLA A;  3EKY A;  4HZT A;  4KB9 A;  1NPW A;  1FEJ C;  5P8F A;  3URJ A;  3HLO A;  3U71 A;  1XE6 A;  4Y54 A;  4YCK A;  3OXW A;  4CP7 A;  1ZLF A;  1YTH A;  5P0D A;  5OZH A;  2ZHS A;  5DQC A;  3S7M A;  4X7I A;  4Y9W A;  3EM6 A;  5P6G A;  5P82 A;  1QBS A;  5P8B A;  4J1E A;  1K6V A;  2AQU A;  1HVC A;  1FQ8 A;  4YD3 A;  2IQG A;  3QBH A;  3T3C A;  4EP3 A;  1FF0 C;  3PI5 A;  2UY0 A;  2ZJH A;  5P8P A;  3EKV A;  2NNP A;  5OZ5 A;  4B1E A;  1W50 A;  1K6C A;  3NLS A;  3LIX A;  3L3A A;  1DIF A;  4EPJ A;  5ISK A;  3IN4 A;  4EQJ A;  4L7H A;  2IL2 A;  5E5J A;  5P1X A;  4GYE A;  5P5O A;  5P1I A;  4Y57 A;  1B6K A;  3SM1 A;  2VA7 A;  3BUG A;  3PHV A;  3QVC A;  2JYS A;  2ZHV A;  3OUD B;  2B7F A;  2I0A A;  5P8L A;  5P3G A;  4YCY A;  1UPJ A;  5P5R A;  3PB5 A;  3PEP A;  2BPW A;  4J0Z A;  5P49 A;  3EKT A;  1EC0 A;  2F3F A;  1HSI A;  2QCI A;  4OBJ A;  2QZL A;  4F73 A;  4J1I A;  1HIH A;  2FGU A;  4DQB A;  4Z4X A;  5P7U A;  5P3E A;  4RVI A;  5J25 A;  2V00 A;  3ER5 E;  2QZK A;  3QRO A;  1LZQ A;  5P4U A;  4DQH A;  4Y4E A;  3PSU A;  1A8K A;  5P3I A;  3A2O A;  3OUB A;  1YTI A;  4YHQ A;  3VYD A;  1XE5 A;  2FXD A;  3NU6 A;  2G1N A; 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 3URL A;  5SY2 A;  4TVH A;  3SA3 A;  5P63 A;  1Z8C A;  5OZU A;  2AOH A;  5P05 A;  5OZE A;  4FE6 A;  3S8I A;  5P1W A;  3U7S A;  2I4U A;  4Y50 A;  3O99 A;  5P6M A;  5P7Y A;  3Q5H A;  3S56 A;  1LYB A;  5P6X A;  3APP A;  1PSN A;  5P5V A;  2G69 A;  4J55 A;  1AJV A;  2BBB A;  3S53 A;  3RTN A;  4GMI A;  5P02 A;  2VIJ A;  1GVU A;  3TOH A;  1W6H A;  4EJL A;  2Q64 A;  4MC1 A;  5TOL A;  3SA7 A;  1D4Y A;  2XFI A;  1D4J A;  3BGB A;  5P6Z A;  2HB2 A;  5P39 A;  3FV3 A;  5P5W A;  3S43 A;  3FNU A;  5P6L A;  3UDJ A;  5P1O A;  2OHL A;  1C6Z A;  5P07 A;  3OY4 A;  2ER7 E;  3I7E A;  5P3M A;  4L6B A;  1HVR A;  4I0F A;  5P73 A;  5P6N A;  1G2K A;  3OGQ A;  3OXV A;  4Y36 A;  1HXB A;  2VNN A;  4H3J A;  4DQF A;  1FQ7 A;  3JVY A;  3KMX A;  4Y4G A;  3PLL A;  2QU2 A;  4GJ8 A;  5P14 A;  4RCE A;  3INF A;  4LAP A;  1AM5 A;  5HDZ A;  1DAZ C;  4Y43 A;  3Q6Y A;  1GNM A;  4CPX A;  2O4P A;  3OUA A;  4DJP A;  1GKT A;  4Y38 A;  3SPK A;  3T7P A;  5P5A A;  5OZY A;  5P4X A;  5P7L A;  1ODW A;  5P1M A;  5P7Z A;  4IVT A;  2WF4 A;  3UCB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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