5COPA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-097
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5copA00
5P1NA 5P3KA 1HVIA 1KZKA 4Y3YA 2R9BA 3UDPA 3MWSA 3EKWA 5P73A 3PWRA 3MXEA 4I10A 4HZTA 3BUFA 5AHAA 5P52A 5P7YA 3TKWA 2A4FA 4ZIPA 3L58A 4PEPA 2I1AA 3LIYA 5P6GA 5P7PA 3T7XA 5P4PA 1C6XA 4Y5AA 5P7FA 1B6MA 5HU0A 4J1FA 4APEA 5AHBA 4WTUA 1GVVA 5P01A 2QNNA 5P4IA 1T3RA 3EMYA 4Y36A 5P2BA 3WZ8A 5P4GA 4E43A 4PPHA 3I2LA 1MPPA 4GJ9A 2O4NA 1HVHA 3FNUA 4DI2A 3OQFA 3QRVA 5P50A 4Y47A 5P7WA 1DP5A 3DV1A 4GIDA 2F8GA 3T7QA 1E5OE 2Q63A 3R0WA 4RRSA 5P6TA 5P6FA 5P36A 2ZJMA 2QMGA 3B7VA 5P0CA 7HVPA 1Z1HA 5P5UA 3SA5A 8HVPA 5SXNA 1W5YA 5P7OA 5P2FA 4RYGA 1D4IA 4R92A 3OADA 3MSKA 2H6SA 5P4AA 3Q70A 5I3YA 3PI0A 4J1CA 2G1SA 3UDNA 4L7JA 5P84A 4Y5NA 5P0LA 3O9AA 1DAZC 5DR7A 2HIZA 3PLDA 1D4JA 3G72A 2CEMA 4Y57A 2R5QA 2R38A 3IVHA 1AXAA 3B80A 1APWE 4Y45A 1W5WA 5P5TA 2VIEA 2Z54A 4K9HA 3SKGA 2AOIA 3O9IA 3SA6A 4L6BA 5P6LA 2ASIA 4RROA 1C6YA 1APTE 5P2NA 5P3XA 1BAIA 1SBGA 2AOJA 1XN2A 3OXWA 4Y3JA 3UDJA 3S7MA 5P8BA 2B8VA 5JFUA 2IRZA 4CP7A 1KJ7A 4D8CA 2V16C 1K6PA 5OYUA 5OZXA 3ZKSA 3L5BA 1ODWA 1BILA 1AVFA 3CYWA 5P1VA 4DJYA 3SA9A 3ZKMA 3TPPA 4Y5CA 2CEJA 5P57A 4FRJA 4RCEA 3PMYA 4U8WA 4LP9A 1U8GA 4ZPGA 3QPJA 5P3TA 5P7IA 4Z22A 4LXAA 5ER1E 1W6IA 1TW7A 1ZAPA 3LIVA 4EP2A 2O4PA 5KR1A 3LNKA 4Y51A 2I4WA 3PCZA 3ECGA 4TVHA 2QMDA 2ER0E 1IBQA 5T4SA 3KT2A 4APRE 2ZJIA 4YD5A 2NR6A 2QI6A 3UQUA 3INDA 5P3JA 3TH9A 5P61A 1PSOE 5P1EA 5P7RA 1VIKA 4DFGA 2PWCA 2RENA 5IVTA 5ISKA 4I8ZA 4EPJA 2OHKA 3EL0A 3DK1A 5P6ZA 1A8GA 1LYAB 2B7FA 3VV8A 1OEXA 1MRXA 4RCFA 4FRKA 4B78A 1YG9A 4GJDA 4ZSPA 3S56A 4YCKA 3EL5A 3FNSA 1PSNA 4ER1E 3IGBA 1KJHA 3OHHA 2AOFA 3NXEA 1FQ5A 3UDQA 2FIVA 5OZWA 3UDHA 3NR6A 3SPKA 2ZDZA 4DQFA 2NXLA 2XYEA 3K5CA 1YTGA 2FDDA 5OYYA 5P3UA 5P1ZA 5AH9A 2VKMA 3O99A 4X2LA 4A4QA 1TZSA 2Q5KA 1GVXA 2QD7A 5P2YA 5P2IA 4YOBA 5AH6A 4YBIA 3CKPA 2P3CA 3PCWA 4Y5KA 1QBTA 1EC0A 2HAHA 4CPWA 3O9BA 3Q5HA 3NXNA 5P5MA 2NXDA 5P6YA 1MTBA 2G22A 2AVOA 5P5NA 2VA5A 3SKFA 4Y50A 5P1BA 3L38A 3L5CA 3QVIA 3NUOA 1XL2A 1SGZA 5OZ8A 5P4QA 3K4VA 4B05A 4J54A 2HM1A 2I4DA 3OU3A 1FQ6A 2PMAA 1IVQA 2HS1A 4LXMA 4NKKA 5P83A 5P1DA 4JPEA 4FL8A 3NU5A 2RMPA 2F3KA 2VNMA 1FMXA 4Y3PA 2BPYA 3Q4BA 1MSMA 2G26A 3NUJA 5P37A 3TOHA 3R0YA 5AGZA 3SM2A 3TPRA 3ZKNA 5P1MA 3O9HA 5IS4A 3PSUA 4RVJA 5P82A 2VS2A 5P1TA 5P62A 5OZOA 5P3OA 2G21A 5AH7A 4YDFA 4I0GA 3PBZA 4Y54A 5P4OA 1HTFA 3Q3TA 1YM2A 5P1GA 2HPEA 3RVIA 5P60A 5KR2A 5P0QA 3L59A 1A30A 5C9FA 2PH6A 5P4JA 5P0GA 2IQGA 1YM4A 3PM4A 1XN3A 5P6IA 1EBZA 4Y4ZA 5P58A 4FLGA 3S43A 5DQ1A 5P5RA 2JJJA 3BVBA 3PEPA 5OYSA 2IGXA 3FV3A 4EXGA 1ZTZA 2XYFA 5OYQA 1ME6A 1SDUA 5P7CA 5P5XA 2ZHTA 3L5FA 5P3LA 2Q55A 1BVGA 1GNMA 3OU1B 2WEAA 1K1UA 1WBMA 4Y3TA 3L5DA 5P8OA 4YD7A 5F01A 3AIDA 2PSGA 5COPA 4Y58A 4ZSRA 4OBZA 4TVGA 2G1YA 3OGQA 4J0PA 5OZMA 5P5WA 5P0RA 4NJTA 5DR0A 3SA4A 2BPWA 5P69A 3ER3E 1GNNA 4U7VA 4I12A 2VA7A 4F76A 2F3FA 1SGUA 1EBKC 3KFPA 4A6BA 1TCXA 4PZXA 3HLOA 5P2RA 1RNEA 3MSLA 4OBGA 3GI5A 3OUBA 1SDTA 4L1AB 3PRSA 4YDGA 2ZJKA 4Y4TA 5P8HA 4B77A 4Q1NA 5P27A 2B7ZA 3BUHA 5OZPA 1M43A 1XE5A 2FDEA 5P6KA 5P15A 4RVXA 3BGCA 2QI7A 4Y4WA 3UDMA 2O4SA 3URLA 4AZYA 1ER8E 3L5EA 3SA7A 1LYWA 4FM7A 5OZ9A 4R95A 4Y3SA 4DQGA 3RU1A 5P10A 1FB7A 4LL3A 4RYCA 2FMBA 3K1WA 3LINA 4XXSA 5P7ZA 3APRE 2AZBA 6FIVA 5I70A 5P1HA 3IN4A 3OK9A 4NJVA 3D1XA 4ZSMA 3BRAA 2AOCA 5P78A 4DJUA 3PHVA 3BUGA 3CMSA 3NU9A 3JVWA 5P24A 5KOQA 4OBJA 3K4VC 3QP0A 5P44A 5P7GA 3VSWA 3EKPA 5COOA 6APRE 1WBKA 1UH9A 2BKSA 1HOSA 2WF3A 2PSVA 4HLAA 4IVSA 1HPOA 2IDWA 1B5FA 5OZQA 1IZIA 1UH8A 5P3NA 2QHCA 4HVPA 3FSMA 5P29A 1YTJA 1ODYA 2FXDA 1FFIC 1QRPE 5P5LA 5IVSA 5P81A 2OHUA 5OZZA 5OZBA 1HEGE 4EHCA 5P6DA 2UY0A 1LF3A 4YCYA 3C9XA 1W6HA 1D4HA 1EC3A 3U6AA 3INHA 4FM8A 5TOLA 2UXZA 5OYWA 4YE3A 5ENKA 5P6PA 5P55A 5P6QA 1DIFA 7UPJA 5ENMA 5JODA 4ACXA 3TPJA 2Q11A 5P6MA 1YX9A 5P02A 3IA9A 5E5JA 5OZLA 1HSHA 2WECA 3VG1A 1D4YA 3OAGB 1K2BA 4OC6A 5P6XA 5P4FA 2APRA 5P6EA 4J1HA 3GGAA 5P5CA 1T7IA 4QJ9A 1K2CA 1FGCC 5P0UA 3QN8A 4J55A 5OZ3A 4QJ7A 5P8CA 1K6TA 1XE6A 2OAHA 1YTHA 3R1GB 5P8MA 3KMXA 4J1IA 3ZLQA 3T7PA 1FMUA 1DW6C 4GJAA 4IVTA 2NPHA 5P22A 1HVSA 5P42A 3VFBA 4B70A 4QJAA 4JP9A 1PROA 1HVRA 2AVMA 5P2LA 1HXWA 5P77A 1EPNE 2ZHRA 4YD4A 4CKUA 3QIHA 5P34A 4DH6A 3PJ6A 1PPKE 3UFLA 3EKYA 1HXBA 2I0DA 5P4XA 5P7UA 1K6CA 1MIQA 5P0NA 2QAKA 2QZKA 4LXKA 1ZPKA 5P6UA 5KAOA 5P19A 1YT9A 1NSOA 2EWYA 4Y5MA 4DPIA 3BXRA 5P09A 2J9JA 3ZMGA 3PSYA 3UQRA 4Q1WA 1HSGA 3OU4A 1FEJC 1CMSA 2VJ9A 3EM3A 2G27A 1APVE 2VA6A 4BELA 2QI0A 1AIDA 5HE4A 3AUPA 1ZSFA 1AAQA 4FE6A 3WZ6A 4YHQA 5P48A 3S2OA 2PK5A 4J17A 1MESA 3KFSA 5P28A 5P38A 4AA8A 5HVPA 5P00A 3PWMA 4BFBA 3FIVA 4D89A 2R3WA 1C70A 2QU2A 1LYBA 1MUIA 5DR1A 3UCBA 5I3XA 5P1UA 2IEOA 2P8HA 5P6HA 3CYXA 3URJA 3INFA 4J0VA 3BVAA 2OHPA 4D83A 3QRMA 1HPXA 3EBZA 2ZYEA 1SMEA 3S53A 3WB5A 4N00A 4ZEAA 3UHLA 1HIHA 2OHQA 1Z8CA 5P76A 5P3SA 4Y3AA 4Y4XA 5P0DA 1MT8A 4JOOA 5P7BA 5KR8A 1W50A 3OTSA 2QCIA 5P89A 4Y44A 1BDQA 3O9LA 4ZSQA 1FQ4A 3KMYA 3BC4A 5DR3A 4DQEA 5P86A 1QS8A 4YCTA 2R8NA 1FFFC 5P7AA 4NPTA 4Z2ZA 4I8WA 3SA8A 3ZKXA 2I4VA 1HEFE 1WKRA 3EM4A 3NWXA 2NMZA 2BPZA 3OHFA 2BQVA 3T11A 3K5DA 3VF7A 1MSNA 5P18A 4CMSA 2AQUA 3GW5A 1APUE 2QZLA 4EJ8A 2ZJHA 4Q1YA 2QI5A 5KQYA 4EJKA 2PQZA 3ZKIA 5OZEA 5P3DA 2Q54A 1JLDA 4Y5GA 4FRIA 4UPJA 5P11A 2AVSA 1HVCA 2O4LA 5P5KA 3UDRA 4J1KA 5P8AA 4OD9B 5P4BA 4Y3LA 5P0OA 5P7SA 5P0XA 4I1CA 3ZPUA 4EJDA 5P4MA 1ZSRA 3HVPA 5EZZA 3A2OA 1ZLFA 3U7SA 3VFAA 3OUDA 1K1TA 3CIBA 4HDBA 3VLAA 1NPWA 5P8PA 5P1KA 5AHCA 5P6VA 3IXOA 2BKTA 5P51A 5I3WA 1EPLE 5OZDA 3UFNA 2OHLA 5P3MA 5P5FA 5P5DA 4DJXA 2H6TA 2QMPA 3UPJA 3G6ZA 5P79A 1W5VA 1MT9A 2G24A 4A6CA 5HE7A 2NMYA 4B00A 3URIA 1EC1A 2ZHSA 1EPOE 5P71A 1AJVA 1HIIA 1T7JA 5P3IA 5P31A 3HAUA 5P70A 5P4WA 5P8KA 3KT5A 4FGXA 3VSXA 5P8EA 2BBBA 5P40A 5P0HA 3KF0A 5P59A 5COKA 1EPME 4LAPA 5HD0A 3HBOA 5OZRA 5OZ1A 3EKXA 4J5JA 2HB2A 3VF3A 4U7QA 4YOAA 4H3GA 4I0EA 4XX3A 1FG8C 4ZPEA 9HVPA 5SY2A 1HIVA 3SACA 3EM6A 3LHGA 3PMUA 4Y4AA 5P53A 5P85A 2FGVA 3ER5E 5P88A 1YTIA 2P3BA 1FQ8A 4Y4BA 2V13A 2OF0A 1HVJA 1META 2VJ7A 3QBFA 2MIPA 5P45A 2AZCA 4OBFA 5P5PA 1W5XA 4QJ6A 4Y43A 5P7TA 5P08A 3LITA 1OEWA 3UTLA 1ZPAA 3LZVA 5P41A 2XFIA 2V00A 2ZGAA 5P1WA 3PI5A 5P0FA 3HDKA 3VLBA 2P3DA 1EPRE 5P5JA 5IVRA 2Z4OA 3WSJA 1HPSA 5ER2E 5UPJA 1SDVA 5P0YA 3RSXA 1SIPA 3NDXA 3NDWA 3QS1A 5KOSA 4NJSA 4GJBA 1HRNA 4Y3ZA 1EBYA 4Y5LA 5P3WA 1BBSA 4EJLA 3RSVA 4I0DA 3NDTA 1OHRA 5OZFA 5P23A 5P3EA 2ZHUA 1MEUA 3T6IA 5BWYA 4EYRA 1B6PA 2JYSA 2WL0A 4DJRA 5P0IA 3DV5A 4B72A 3H0BA 3OY4A 3R4BA 5P1FA 1EPQE 3APPA 4Y4GA 4NJUA 3OXXA 3OXCA 5P2AA 1D4KA 5P7LA 4CPTA 4K4QA 5P4KA 1UPJA 5HTZA 3F9QA 5P1XA 2ER9E 2I4UA 1CPIA 4DV9A 3CKTA 5P72A 3QAAA 5P25A 4FAEA 1ZP8A 2ZJNA 1IZDA 4RLDA 4AA9A 1EPPE 5SZ9A 3PVKA 1LZQA 3GI6A 4LBTA 4QLHA 2PYMA 5P1IA 4F73A 4WY1A 5P3RA 3CKRA 3EKTA 3JW2A 3OOTA 1EC2A 5OZCA 3EL1A 2QD8A 5P0PA 2AVVA 4Y3WA 5P0TA 5P30A 4R8YA 4HA5A 5OZIA 5P7XA 5P5IA 2B42A 2UPJA 5P2HA 5P2QA 4D88A 3OTYA 4Y35A 5P6JA 1E81E 3KFNA 4TRZA 2HB3A 4RZ1A 2G1NA 3DJKA 2I0AA 3O9EA 5P7VA 5P43A 3NSHA 3VUCA 4S1GA 1LYAA 5OZGA 3PWWA 3SABA 3VYDA 4DJOA 3OADB 3HZCA 5P35A 3LIZA 5C9DA 3NDUA 5P3HA 5OYZA 1QBRA 4Y3EA 5P4VA 4MC9A 4B1CA 1IZEA 4DJVA 3I25A 2AIDA 3PLLA 4DPFA 5P6NA 5E5KA 4DQHA 1FIVA 2ER7E 2XFKA 5P14A 4WY6A 1B6LA 5P6SA 3D1ZA 1B6JA 4K8SA 5SY3A 1BVEA 3OXVA 4HE9A 4PYVA 2JJIA 3O9CA 1GVUA 3LZSA 5P20A 5P32A 1B6KA 4H3FA 2I4XA 5HCTA 5DQCA 1BIMA 5P07A 5KQZA 2PK6A 1HHPA 1HWRA 1TCWA 1AM5A 5OZ2A 3KA2A 4Y4EA 2QNPA 5HDZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1N A;  5P3K A;  1HVI A;  1KZK A;  4Y3Y A;  2R9B A;  3UDP A;  3MWS A;  3EKW A;  5P73 A;  3PWR A;  3MXE A;  4I10 A;  4HZT A;  3BUF A;  5AHA A;  5P52 A;  5P7Y A;  3TKW A;  2A4F A;  4ZIP A;  3L58 A;  4PEP A;  2I1A A;  3LIY A;  5P6G A;  5P7P A;  3T7X A;  5P4P A;  1C6X A;  4Y5A A;  5P7F A;  1B6M A;  5HU0 A;  4J1F A;  4APE A;  5AHB A;  4WTU A;  1GVV A;  5P01 A;  2QNN A;  5P4I A;  1T3R A;  3EMY A;  4Y36 A;  5P2B A;  3WZ8 A;  5P4G A;  4E43 A;  4PPH A;  3I2L A;  1MPP A;  4GJ9 A;  2O4N A;  1HVH A;  3FNU A;  4DI2 A;  3OQF A;  3QRV A;  5P50 A;  4Y47 A;  5P7W A;  1DP5 A;  3DV1 A;  4GID A;  2F8G A;  3T7Q A;  1E5O E;  2Q63 A;  3R0W A;  4RRS A;  5P6T A;  5P6F A;  5P36 A;  2ZJM A;  2QMG A;  3B7V A;  5P0C A;  7HVP A;  1Z1H A;  5P5U A;  3SA5 A;  8HVP A;  5SXN A;  1W5Y A;  5P7O A;  5P2F A;  4RYG A;  1D4I A;  4R92 A;  3OAD A;  3MSK A;  2H6S A;  5P4A A;  3Q70 A;  5I3Y A;  3PI0 A;  4J1C A;  2G1S A;  3UDN A;  4L7J A;  5P84 A;  4Y5N A;  5P0L A;  3O9A A;  1DAZ C;  5DR7 A;  2HIZ A;  3PLD A;  1D4J A;  3G72 A;  2CEM A;  4Y57 A;  2R5Q A;  2R38 A;  3IVH A;  1AXA A;  3B80 A;  1APW E;  4Y45 A;  1W5W A;  5P5T A;  2VIE A;  2Z54 A;  4K9H A;  3SKG A;  2AOI A;  3O9I A;  3SA6 A;  4L6B A;  5P6L A;  2ASI A;  4RRO A;  1C6Y A;  1APT E;  5P2N A;  5P3X A;  1BAI A;  1SBG A;  2AOJ A;  1XN2 A;  3OXW A;  4Y3J A;  3UDJ A;  3S7M A;  5P8B A;  2B8V A;  5JFU A;  2IRZ A;  4CP7 A;  1KJ7 A;  4D8C A;  2V16 C;  1K6P A;  5OYU A;  5OZX A;  3ZKS A;  3L5B A;  1ODW A;  1BIL A;  1AVF A;  3CYW A;  5P1V A;  4DJY A;  3SA9 A;  3ZKM A;  3TPP A;  4Y5C A;  2CEJ A;  5P57 A;  4FRJ A;  4RCE A;  3PMY A;  4U8W A;  4LP9 A;  1U8G A;  4ZPG A;  3QPJ A;  5P3T A;  5P7I A;  4Z22 A;  4LXA A;  5ER1 E;  1W6I A;  1TW7 A;  1ZAP A;  3LIV A;  4EP2 A;  2O4P A;  5KR1 A;  3LNK A;  4Y51 A;  2I4W A;  3PCZ A;  3ECG A;  4TVH A;  2QMD A;  2ER0 E;  1IBQ A;  5T4S A;  3KT2 A;  4APR E;  2ZJI A;  4YD5 A;  2NR6 A;  2QI6 A;  3UQU A;  3IND A;  5P3J A;  3TH9 A;  5P61 A;  1PSO E;  5P1E A;  5P7R A;  1VIK A;  4DFG A;  2PWC A;  2REN A;  5IVT A;  5ISK A;  4I8Z A;  4EPJ A;  2OHK A;  3EL0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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