5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
b'RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords integrase
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
4ID1A 3V81A 4FJGA 4M3UA 2F8TA 1BI4A 1RBRA 1I3AA 4JLHA 3QEPA 3ITHA 4CF9A 3KLGA 5KGXA 1Z25A 5JS2A 1FK9A 3K57A 2XY5A 4G1QA 1QTMA 4KRFA 3MECA 3SUNA 4KHSA 3L8BA 3HK2A 4PY5A 3CM5A 3KKSA 1B9FA 4OKJA 4B08A 4PQUA 1QE1A 3KK1A 4E3SA 4HCCA 2ITGA 4KREA 4CGGA 1QHTA 1KFSA 1JL1A 4CIFA 1S5JA 5FRNA 3ZSRA 2QK9A 2VG7A 3BGRA 4E19A 2IS3A 3SCXA 1BI4B 1UA1A 3L2QA 1IH7A 1EETA 4R5PA 3LWMA 5J1EA 2QXFA 1KCFA 4BACA 1CXUA 2HHSA 4QAGA 3VQPA 3QNNA 2B4JA 1Z26A 4E7IA 3ZT3A 1Q9XA 4KTWA 2W42A 3PX4A 4W5TA 5E41A 4DTXA 3DM2A 4FXDA 4Y1DA 1SUQA 4BWMA 3KK3A 1BCOA 3DRRA 3VQAA 3TR8A 4IKFA 4KTQA 2PZSA 4DFKA 2HNZA 1S1TA 1S1XA 3L2UA 1U45A 4DSFA 4CF2A 2HHTA 3ISNC 3A2FA 4NCGA 2XY7A 1JL2A 3OS2A 4KPYA 4XIUA 1K6YA 3P5JA 3M8SA 1TV6A 1ASUA 4QOZB 1HNIA 3KK2A 3FFIA 4N5SA 4W5OA 3OYMA 4DS5A 1XWLA 1X9SA 1BIUA 4E7HA 4O5BA 4CHYA 1X9MA 4DG1A 1HYSA 1C1BA 4CEFA 5C42A 1YVUA 4KAZA 3O4QA 3JYTA 3I0RA 3CQ8A 3VQBA 1ZBUA 2WOMA 3K59A 4AILC 4O55A 2KZZA 2EHGA 2FBXA 3NBPA 3WNGA 3VQQA 4CJWA 3V9ZA 1NK4A 4FJLA 3SI6A 4EZ9A 1HRHA 1RT6A 1QQCA 4GMJB 3LDSA 3V6DA 5CZ1A 1TL1A 3OYAA 1RDAA 3RMBA 1U04A 4DU4A 1D5AA 4E0DA 1WLJA 2E6LA 3OYGA 4KHYA 3QO9A 1U47A 3PY8A 5C24A 4H8KA 3TAPA 5HRRA 5JS1A 1RBSA 2E6MA 3L3VA 3VA3A 4IBNA 2FBYA 1JLQA 4O44A 3EZ5A 3O3GA 4IG0A 4RW7A 1C1AA 1RT3A 1BISA 4RG8A 1WN7A 2ATQA 3MXJA 4JS4A 4LY7A 3ZSXA 2YNFA 4TSXA 3VQDA 1EXQA 2XO7A 2P51A 1ZBFA 4FJ9A 1WSGA 2A1SA 1VSHA 5FROA 4M3YA 1ASWA 5DK5A 3K58A 1N6QA 3S3MA 4B9TA 3RWUA 3KLIA 2KTQA 3TAGA 4HHTA 4N47A 1RCHA 4KV8A 3KD5E 3V1QA 3VQ7A 1B92A 4KFBA 4F8RA 1UAXA 4Q5VA 1NK9A 2G8KA 2ETJA 1FKPA 2RF2A 3CFRA 3V9UA 5C25A 5HLFA 4M3XA 4B3OA 1T7PA 4OLAA 3QESA 2X6SA 2ZD1A 3CFPA 4CJRA 4JS5A 3ZSOA 3QERA 4CJUA 1RDDA 1S6PA 1BQMA 1VSKA 3NH1A 1J5OA 2KW4A 4DWIA 1EKEA 4BWJA 4CJLA 1SL0A 4FJ7A 4MQ3A 4OVLA 4KHWA 4AH9A 2NUBA 1CLQA 4EP4A 3K5MA 4AHRA 4FJ5A 2G8WA 4ELUA 1YT3A 1KSPA 2YNIA 4E7KA 4FJ8A 3PO4A 1F21A 2YNGA 4GW6A 3QEWA 2Y1IA 1EP4A 1HJRA 2Q3SA 3TABA 4N76A 2YHBA 1KVAA 1RT1A 4IG3A 5CYQA 4M3WA 5EU7A 1D8YA 3DOKA 1TKTA 3SZ2A 5CY4A 3L2WA 1D9FA 1TK5A 1QS4A 3LWLA 4N56A 3NH2A 4E7JA 3U3YA 4HVJA 2OPPA 4H4MA 3OYDA 3DLEA 4B9MA 3CG7A 3SV3A 2XY6A 3QEVA 2HHXA 4WE1A 4DQRA 4CEOA 1B9DA 5SZTA 2RPIA 4W5NA 3C94A 3LP1A 1ZYQA 3NF9A 1W0HA 2IDOA 1A5WA 3G0ZA 3VQ4A 3VN5A 3SQ1A 4ICLA 2X6NA 3LZJA 1QSYA 4E7LA 3SYZA 1A5VA 1T05A 1BCMA 1RT7A 3TAMA 3ZCMA 1ZBHA 1W9HA 3NFAA 3AA5X 3V9XA 4CEEA 1LW2A 1X9WA 3K5OA 4KB1A 1VK0A 3C95A 3OYCA 3QEIA 1TK8A 3BDPA 1C6VA 2GUIA 1TKDA 3PUFA 3JSMA 3ZSVA 1RNHA 3VQ9A 4EZ6A 3LZIA 1LV5A 3ASMA 4DSKA 1QSSA 4O0JA 2G8UA 3ZT2A 4IFVA 4BE2A 4DQIA 3AV9A 3O4NA 3K5NA 3THVA 4K8ZA 4CFCA 3AVHA 2OA8A 3VQEA 3V9SA 2HHQA 1TVRA 1NK7A 3AVLA 2DFHA 4FJKA 3SPYA 1TKZA 1YTUA 1TKXA 1L3SA 4I9LA 1DTQA 4FLTA 1I39A 4B8AB 3OYJA 3T19A 4CFDA 4F2RA 1SKSA 4OGEA 4Z0UA 3OYHA 4FZXC 1RBTA 1O1WA 4FLYA 4FK0A 4CHZA 1L3VA 2G8HA 2G8IA 1IKVA 3HP6A 4FK2A 1IG9A 1BQNA 3KKRA 3ZSQA 3NCIA 1NKEA 2O4GA 3QNOA 4M42A 3HP9A 4DTJA 4RW4A 1BHLA 1NK6A 3MXMA 4DSIA 1EX4A 1HYZA 3HVRA 4E1MA 4DF8A 3S3OA 1ASVA 4C8LA 4NCAA 4LH5A 3MXIA 5HRNA 1RT2A 4RW9A 3S9HA 2VWKA 4C8NA 2O4IA 3KIOA 4DTMA 1J54A 3IRXA 2OYQA 4J2AA 4DQSA 2Y1JA 1NK8A 3NF6A 4FM1A 3AVAA 4Z4CA 3MEDA 4CEAA 4CJ4A 1TAUA 3NGIA 2X78A 4CHQA 3SQ4A 1C1CA 1U49A 3LANA 4OLBA 3OYBA 4KTZA 3LP0A 3T3FA 4LSLA 4AHCA 3AVFA 4CJEA 4CERA 4AHSA 5FRMA 3KLEA 1RT4A 2DFEA 3S3NA 1NOYA 3NGZA 5DMRA 1GOAA 1C0MA 4DSLA 4FJMA 4B9NA 3M8PA 4Y1CA 3AA4A 4FLVA 4K8XA 3WNEA 1L5UA 1HNVA 1S1WA 1SV5A 3LPTA 4FW1A 2A1RA 4L8RB 2D0AA 4EP5A 3RRGA 4FYDA 2JLEA 4C8KA 4ZTFA 3AVJA 3HPGA 2G8VA 3V4IA 3DLBA 3PX6A 4FK4A 5HRPA 3AVBA 3C6UA 3DYAA 3HXMA 3DMJA 2IOCA 3OVNA 2D0CA 4Z4EA 4CK2A 1VSLA 2ZE2A 2D0BA 3TAEA 1S1VA 4CFAA 3ZT0A 1KLMA 3M8RA 2OPSA 4I7FA 2PY5A 4IDKA 1IKWA 2P5GA 1NJXA 5I42A 1RTHA 3DOLA 3QIPA 3ZSZA 3NDKA 5J2MA 4Z4HA 4CIEA 1RBUA 3LPUA 4CJTA 3ZT1A 5KRTA 4AHTA 3L2RA 2LSNA 4N41A 3TANA 1WSIA 2HNYA 3DLHA 4J2EA 2DTUA 3CYMA 3QIOA 4I9QA 3E01A 1ITGA 2E4LA 3SUPA 2YKMA 3HSTB 2KQ2A 1JXEA 3LAKA 2PYJA 2FBTA 1ZBLA 2F96A 3TARA 4CF1A 3QETA 4FJJA 3AVIA 3DRSA 3QLHA 4F3OA 3DRPA 1VRUA 1G15A 4ID5A 5HP1A 1Q9YA 4CK3A 1D9DA 1SKWA 4O0IA 4CEZA 3HL8A 4OJRA 4RW6A 4CJFA 3O3FA 4M3ZA 4NYNA 2YNHA 1S9EA 4LD0A 3WNHA 1JLEA 4FLWA 3KTQA 4Q0BA 3HYFA 1GOCA 3QEXA 2GV9A 4Z4GA 5KRSA 1BIZA 4AHUA 2KFNA 3AO2A 1T03A 3L3UA 1JLCA 3SUOA 4Z4IA 1GOBA 4DQQA 1NKBA 1HQEA 1CZBA 3HVTA 3M8QA 3HM9A 4BE1A 3SV4A 4FJXA 2HVIA 4CK1A 3V1OA 4NYFA 4BE0A 1WNSA 1JLFA 4FM2A 3HJFA 4OPKA 3AVCA 2G8FA 3OJUA 4AHVA 3ZT4A 1TGOA 3D45A 4M41A 4CHOA 5SWMA 1S9GA 2HHUA 2AJQA 4CE9A 4DTNA 4DTUA 4W5QA 3AVNA 4I2QA 4CEQA 2IGIA 4CGIA 1XC9A 3T1AA 5D3GA 4M3TA 1JKHA 1VSDA 2WONA 1TK0A 3EY1A 1VSFA 4CGJA 4F3TA 3NAEA 4CF8A 4JRPA 3LAMA 4DTSA 3TAFA 4F4KA 4GVMA 3V1RA 2QKKA 3LP3A 4DF4A 3AA2A 5HROA 1KRPA 1NOZA 1MU2A 3IS9A 4DSJA 1RTJA 3P1GA 1WAFA 3TWHA 1BL3A 4HUGA 1LWEA 3HPHA 4DQPA 4Z4FA 4DTOA 5J2QA 3OYKA 2OZMA 4OKKA 4F2SA 5KI6A 1UWBA 1IO2A 3VQCA 1LW0A 3AVMA 2FBVA 3C6TA 3EYZA 2JGUA 4CJ5A 4FJNA 1KTQA 1JXBA 4H4OA 3DLRA 3H08A 3ZSWA 3RMDA 4HCBA 3NH0A 4B8CA 3RMAA 4YNQA 2HMIA 3WNFA 1RBVA 3LALA 4ZHRA 2R7YA 3K5LA 3RTVA 4FLZA 4FVMA 3NF8A 4DFJA 3CM6A 1RDBA 1FXXA 3OYFA 4FJIA 3P83D 4DU3A 2HHWA 1WSJA 5CZ2A 4CJQA 3OJSA 4HUEA 4ELVA 3PX0A 2QKBA 4CEDA 4CESA 1HPZA 5I3UA 4BDZA 1J53A 1LAWA 4DMNA 3TI0A 1TAQA 4CHPA 3MEEA 3ALYA 1NK0A 3B6OA 4E89A 4CJSA 3G10A 4HUFA 3PV8A 4DFPA 3SUQA 2HB5A 4KB0A 2GBZA 1LWFA 2VG6A 4FM0A 1S6QA 2X74A 3TAQA 1C0UA 1N5YA 3F9KA 4PWDA 3DLGA 3AVKA 1IKXA 1WSHA 2BDPA 1JLAA 3KLFA 5KGWA 3MAQA 3OYEA 4JRQA 1IKYA 4FLUA 3CFOA 3HT3A 4DTPA 2Z1IA 4PUOA 4RW8A 2XRIA 3AA3A 4KHUA 4DLEA 2RN2A 4CECA 4CHNA 2F8SA 4CJKA 4KHQA 2IC3A 1TL3A 1XHXA 4DLGA 4CEBA 4KI6A 3OS1A 4LH4A 3NE6A 1WSEA 3D0PA 4FW2A 1NJZA 1CZ9A 1KVCA 1U48A 3RR8A 4CJPA 3AO5A 1QSLA 4J2BA 1L3TA 4NCBA 1UA0A 1NJWA 1RT5A 2VG5A 4FLXA 4CJ3A 2Z1JA 1U4BA 4OKEA 1NK5A 3HO1A 3SJJA 4FZYA 4KHNA 2OPQA 5HBMA 2B5JA 3UIQA 3I0SA 3HPOA 5K14A 4QCLA 1RTIA 3I8DA 4C8MA 1SL2A 3OYIA 4CCHA 2Z1HA 1DTTA 2Z1GA 3IG1A 5HRSA 3O3HA 4CGHA 1JLGA 1DLOA 3SNNA 3QINA 4ELTA 3SPZA 1WAJA 3AO3A 2HW3A 2HHVA 3AVGA 2KFZA 1XHZA 2BGGA 3NGYA 4B9VA 4CIGA 4W5RA 4E1NA 2BE2A 5CYMA 3NHGA 1L3UA 4FCYA 1LAVA 2OZSA 4BDYA 1YTAA 4FJHA 1REVA 4C8OA 1HYVA 4CF0A 1XI1A 1VSJA 2YHAA 1RTDA 4KI4A 1NKCA 1X1PA 2DFFA 4DS4A 2HVHA 3ZSYA 1A5XA 3LP2A 4HTUA 2ZQBA 1SKRA 4BDPA 3PO5A 3B6PA 2FC0A 3DI6A 1T8EA 1UOCA 4LSNA 2VWJA 3RR7A 2OPRA 4PA1A 1WSFA 4M45A 1Y97A 4OGCA 2YKNA 2B6AA 1KFDA 1S1UA 3OS0A 3SQ0A 3ULDA 4B9UA 4ZTJA 3VQ8A 4M3RA 4CJVA 4FZZA 2HNDA 2I5JA 4DSEA 1KLNA 4CGDA 4CGFA 1JLBA 1LWCA 2XY8A 4J2DA 4OPJA 4B9LA 1C0TA 3KD1E 2YV0X 2KZMA 1J9AA 4DFMA 2DY4A 1BGXT 3VQ5A 3KLHA 2P5OA 1VSEA 1R0AA 3DLKA 2XHBA 2P1JA 4IFYA 3VA0A 2BANA 2D5RA 4I2PA 3K2PA 5FDLA 4YFUA 3OY9A 3KJVA 3MEGA 5KTQA 3U6FA 3RMCA 1VRTA 3OYLA 1VSIA 4KKOA 4DU1A 4B9SA 1VSMA 3NF7A 1FKOA 3AO1A 1HMVA 5T7BA 4CFBA 4KO0A 4UQGA 3V9WA 3U3GA 1NJYA 3VQ6A 1SL1A 1RILA 1KVBA 1HQUA 3AO4A 3L2VA 5J2NA 3SQ2A 3F73A 3IAYA 2EX3A 1ZBIA 5J2PA 2RKIA 2PYLA 1Q8IA 1RDCA 3RRHA 4DTRA 3OYNA 4MFBA 2IAJA 1CXQA 4O4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V81A 1C0GA 2NRHA 4FJGA 1XNQK 1I3AA 5KGXA 2ASMA 1QTMA 4H5RA 3L8BA 4B1ZA 3KKSA 2EWSA 3KK1A 5AFUH 1JL1A 4CIFA 1S5JA 4DKWA 2VG7A 3VEYA 4LF9K 3SCXA 3QDKA 3L2QA 1EETA 3SAHA 3L4IA 2A3ZA 2HHSA 2P9NA 4KTWA 3DXKB 2A5XA 3E66A 4FXDA 3LM9A 4IKFA 1NMNA 1S1TA 3BF1A 5AQQA 2YHWA 1K6YA 4IEEA 3M8SA 4DR2K 2P9NB 1YVNA 1HNIA 3KK2A 4N5SA 2ASOA 4WFAL 2O8BA 4DS5A 1BIUA 1HYSA 4O5BA 4CHYA 1ZC6A 4CEFA 1YVUA 4DR7K 4AILC 3VQBA 3K59A 2KZZA 1GLJO 4IDHA 4UY8O 1ZXOA 3WNGA 1IBLK 3O9QA 4Z94A 1RT6A 4BRDA 4GMJB 5CZ1A 2E2OA 3OYAA 2O8BB 5KPTA 1D5AA 4E0DA 3T1YK 5AQTA 3EKSA 3QO9A 4JK9A 3PY8A 4AM7A 4YORA 5GIPA 3O3GA 4CZIA 3P31A 1X3MA 1RT3A 5AQSA 3MXJA 4GVEA 3FLCO 4TSXA 4NLCA 3VQDA 3EN9A 3UE5A 1DT9A 4A5AA 2XO7A 1ASWA 1N6QA 3O9UA 3KLIA 4CZGA 4J8FA 4A2BA 4FPBA 1SQKA 4PHTX 2A42A 3KD5E 2AA4A 2G8KA 4IFEA 5C25A 4CJRA 4BG9A 5C2FA 1S6PA 3ZEUA 4WYBA 2YI1A 4DWIA 1EKEA 3CJ7A 3T1HK 4OVLA 4KHWA 1CLQA 5ELZA 1YT3A 3HBTA 4ELUA 3PO4A 2YNGA 2Y1IA 1EP4A 2P9PA 1RT1A 3WQTA 1E4GT 2V51B 3ZEUB 5I9EB 3L2WA 1D9FA 1QS4A 1VQ5N 4N56A 4E7JA 2F9TA 1HLUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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