5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
4BWMA 1VSJA 3VQ4A 4DFJA 4FJJA 4FLZA 2X78A 5FDLA 3KLHA 3HM9A 3AVJA 3SQ1A 1FK9A 1XC9A 1NJZA 1BQNA 4CEFA 4KB1A 1SUQA 3VA0A 2D5RA 2AJQA 5HLFA 5CYMA 4CFDA 1WSJA 3JYTA 4OKKA 3KLGA 1TAUA 4CCHA 2RN2A 4Q0BA 1KFSA 4ELVA 3SCXA 1QE1A 4CESA 4CJVA 1T7PA 1NKBA 1SKRA 1Q9YA 5JS1A 3S9HA 3AO2A 5SWMA 1EX4A 3I8DA 1NK9A 4Z4HA 1HQEA 4IG3A 1VRTA 4NYNA 4B9TA 4M3TA 4W5NA 4KHNA 1WNSA 4NYFA 3QEXA 5C42A 3PO4A 3SUNA 3OYMA 2HHUA 4DTRA 3OYEA 3M8SA 4B9SA 3M8QA 4DFKA 1SKWA 4I2PA 4CJSA 4DMNA 5HRRA 3SJJA 1CLQA 2YNFA 3OYLA 3F9KA 2P5GA 1C0TA 4HUFA 3VQDA 3L8BA 4J2EA 2IDOA 4PY5A 5JS2A 3LP3A 2IAJA 2DFFA 1TKTA 3G0ZA 3KK3A 3HYFA 3QEWA 4ICLA 3TARA 4KPYA 1WSHA 3P5JA 2XY5A 3C6UA 4OKJA 3K5LA 4DU3A 2Z1HA 4DQIA 1NOYA 3IRXA 3CM6A 1A5XA 1UOCA 1SL1A 5FRNA 2EHGA 3KLFA 1JLAA 1BHLA 1VSFA 3L3UA 4CEAA 1NK7A 4C8MA 1J54A 3SV4A 2HHQA 4CIEA 3K5MA 2DFEA 3ZSZA 2VG5A 2ZD1A 2G8WA 3AA3A 3QIOA 1BGXT 3NH0A 4DSKA 4CK3A 1YVUA 4FCYA 1RT5A 2FBXA 1CZ9A 2LSNA 3DYAA 5K14A 3LDSA 4DQQA 3PX4A 3DMJA 4DF8A 4DQPA 1SKSA 1MU2A 3WNGA 4DTOA 1I39A 3V9WA 4OPJA 4DS4A 1RTHA 2HHTA 5I42A 3L2RA 2OZMA 3TAEA 4RG8A 3HVRA 4XIUA 1NJWA 2FC0A 5HROA 4N56A 3OJUA 1TL1A 4AHRA 3SUOA 3MAQA 1DTQA 1X1PA 1TK8A 4O5BA 2QK9A 2KW4A 3HPHA 2XHBA 3QEVA 3NCIA 5HRPA 4JS4A 1RTIA 3TAGA 1T05A 4DU1A 4FJGA 2O4GA 4ID1A 4FZZA 1LV5A 3CQ8A 3I0SA 1VSEA 4KHYA 4FXDA 1S1VA 1S1WA 3L2WA 3CG7A 4CHYA 5J2MA 2HVIA 4DSJA 3HJFA 2EX3A 1KRPA 3HSTB 3L3VA 2DY4A 5J1EA 1NK0A 4R5PA 1U04A 4OJRA 1S1XA 3LAKA 3U3GA 4E7HA 1FXXA 3MEDA 4DTPA 4YFUA 1QS4A 1XHXA 4RW6A 3ZT3A 1SL2A 4CF1A 4FZYA 3PUFA 3TWHA 3O3FA 3SI6A 4J2DA 3K59A 4FJ7A 4CIFA 4N47A 2HHSA 3QLHA 3ISNC 5CZ1A 4KTWA 4DTUA 3ZSXA 3FFIA 1EETA 4GMJB 4JRPA 5KRTA 4I2QA 4FW1A 3QNNA 4CE9A 1RBRA 3WNEA 3DLRA 4DSEA 2ITGA 2OPQA 1QSLA 3HO1A 3T3FA 3OYGA 3OJSA 3OYAA 2PYJA 1W9HA 1XI1A 2GV9A 3SUQA 4OLAA 2Z1IA 3HL8A 3B6OA 4ZTFA 1A5VA 4EP4A 3QIPA 3ITHA 1XWLA 1BI4A 3H08A 1ZBLA 4EZ6A 4FJKA 1TVRA 4QCLA 5T7BA 4WE1A 3ZSRA 1NK5A 3KKRA 3RTVA 3HK2A 2PY5A 1VRUA 3AVCA 3AVGA 1HRHA 4ZHRA 4DTSA 1XHZA 3ZSVA 1N5YA 2YHBA 4CEQA 3V1OA 3QERA 1NK6A 1L3TA 3AVHA 4KKOA 3MXIA 1LAVA 4CK2A 1ZYQA 3CM5A 1BIUA 4W5RA 4I9QA 4FJ5A 3V1QA 4J2AA 3LPUA 2YKNA 4CEDA 4E7KA 3NDKA 1TAQA 3HXMA 3QEPA 3OYDA 1LAWA 3ZSYA 3NF7A 4M3YA 4CJ4A 3O3GA 4DFPA 1U4BA 4CF0A 4CJ3A 4CK1A 4ELTA 4K8XA 4M3UA 4ID5A 4FK4A 4CEBA 1C1CA 2BE2A 3AVKA 4HCBA 4W5OA 2QXFA 4CF8A 5CYQA 4DTXA 4Z4FA 5KRSA 3NH1A 1RT6A 4H4MA 1BIZA 4Q5VA 3BDPA 2RF2A 4F3TA 1C1BA 5J2QA 4RW9A 3MXJA 4B9VA 1YT3A 3OS1A 4FVMA 4DS5A 3AV9A 4HVJA 4PWDA 3DOLA 1D8YA 4K8ZA 4FJNA 4B3OA 1U47A 4B8AB 4LH4A 4CFAA 4NCAA 3DI6A 1A5WA 1JXBA 1EKEA 1JLFA 3P1GA 4RW8A 4CHZA 1L3UA 2Q3SA 4F8RA 3V81A 4FJXA 3L2QA 3HPGA 4CEEA 2YNGA 3OS0A 5C24A 3CFPA 3QEIA 1NJXA 1VSIA 2HNYA 4FJ9A 4CHNA 3HT3A 3M8PA 3SZ2A 3F73A 1WAFA 4CJRA 4IDKA 4OKEA 4KHQA 3AVNA 1KCFA 2P1JA 3MECA 2D0AA 4EZ9A 3VQ6A 1LWEA 4CHPA 4EP5A 3D0PA 1BISA 1HNVA 2VWJA 4DLGA 3SPYA 3V9UA 1RTDA 3ZT1A 2G8KA 3LWMA 4CJTA 4KHWA 2A1RA 2KFZA 1ASWA 4AH9A 4CJFA 4CEZA 1UA1A 3LP0A 3NF9A 3QNOA 1RT3A 3LZIA 5FRMA 1KVBA 3ZT4A 1NKCA 4CEOA 2ZQBA 3TR8A 3OYHA 3EZ5A 3WNFA 3RRHA 3PY8A 4F3OA 4M42A 3AVFA 3U6FA 4B9LA 4AHUA 1NKEA 3G10A 3UIQA 2HVHA 5HRNA 1KVCA 4CGIA 1DLOA 1RT1A 1JLBA 4C8NA 4B9NA 2Y1JA 1CXQA 2OPPA 2E6LA 3K57A 3RMCA 1SL0A 3NHGA 1EXQA 2X6NA 1Z26A 2A1SA 3DLBA 1B92A 4HUEA 3LP2A 4HUGA 4DU4A 3PX6A 3RRGA 5D3GA 5HP1A 4BACA 1ZBFA 1TK0A 1C0UA 2VWKA 3VA3A 4CIGA 2X6SA 1RNHA 1IKXA 3DM2A 4KO0A 4M3WA 4PA1A 4PUOA 1HMVA 1ASUA 1UWBA 3KIOA 3T1AA 3CFRA 3TI0A 1I3AA 1QHTA 5C25A 5KTQA 4CHQA 4M41A 3M8RA 4FLUA 2Y1IA 4DFMA 3SQ4A 3LZJA 1RDBA 3P83D 4DSFA 1WAJA 5DMRA 3KD5E 3A2FA 1L3SA 3RMDA 4Z4EA 4CJWA 4E7JA 3TANA 4AILC 2QKKA 1IH7A 4FJHA 3DRRA 1B9FA 2NUBA 5J2NA 2HNDA 4O55A 4E89A 5EU7A 1RDCA 4CGDA 1Z25A 4IBNA 3VQ7A 4H4OA 1RDAA 1ZBIA 1VSLA 4JLHA 2FBTA 1NJYA 4N5SA 1IKYA 1YTUA 4YNQA 1JXEA 3AO4A 1HQUA 1B9DA 2I5JA 1R0AA 1QTMA 3V6DA 3NGIA 3VQCA 3VQ8A 4AHCA 3KD1E 3ZSWA 2B5JA 3SPZA 3VQEA 1HYSA 1GOBA 2YNIA 1TL3A 1HYZA 4ELUA 3KK2A 3NFAA 3TAFA 4CHOA 2E6MA 1T03A 4FYDA 4NCBA 3RR8A 4RW7A 3B6PA 1S6QA 3IS9A 4CJEA 1KLNA 1JLCA 2IGIA 5DK5A 3RR7A 3I0RA 3NAEA 1WLJA 3PO5A 4HCCA 4FJMA 4M45A 1WSFA 1VSMA 2B4JA 3DLGA 4CGFA 4BDZA 5J2PA 4F2RA 4CJ5A 4KI4A 3VN5A 1L5UA 3OYIA 2F8TA 1S1TA 1J53A 3CYMA 1WSGA 4O44A 4F4KA 3V4IA 4KREA 1RBUA 1YTAA 2F96A 2G8FA 3IAYA 1S9GA 3RWUA 3VQBA 4C8LA 4IG0A 3QESA 3LALA 4E7LA 1QSSA 3VQAA 4I9LA 3O4NA 3ZT0A 2HW3A 3V1RA 1C6VA 3WNHA 4CF9A 1DTTA 3KLIA 3ZSQA 1X9MA 3RMBA 2XO7A 3MEGA 3THVA 1LWFA 3VQPA 4PQUA 5HRSA 4FLXA 4DQSA 1HPZA 4O0IA 2ZE2A 3L2VA 1ITGA 3SQ2A 5FROA 4KTQA 1RDDA 4FJIA 1S5JA 2KZZA 1J5OA 4GVMA 1FKPA 2OZSA 1TK5A 2P5OA 3NF8A 4OGCA 4AHTA 2F8SA 1JLQA 1C1AA 4OGEA 4Y1DA 4E1NA 1HYVA 4FM2A 4W5TA 3OS2A 4CJUA 4BE0A 1Q9XA 1SV5A 3DLHA 4BE2A 3OYBA 3OYCA 4Z0UA 4HTUA 3HVTA 4IKFA 1BCMA 2ETJA 3JSMA 4DTMA 2BDPA 3MXMA 4JRQA 3LWLA 1NK4A 4M3XA 3ZSOA 3ZCMA 2P51A 4UQGA 2OA8A 1TV6A 3S3NA 4B9UA 3NH2A 1U49A 2YV0X 1BQMA 5E41A 4F2SA 4AHSA 5I3UA 1W0HA 1LWCA 5KI6A 4CJKA 2R7YA 3TAQA 4CJQA 2IS3A 1KLMA 3AA2A 4DSIA 2FBVA 3AVMA 4FK2A 3KLEA 2KQ2A 3V9XA 4KI6A 3NGZA 4KAZA 4DG1A 3DRPA 3KK1A 1D9DA 2JLEA 2VG7A 2QKBA 5KGXA 4I7FA 3EYZA 4B9MA 3NGYA 4DTJA 2DFHA 4CJLA 4Y1CA 4CGGA 1RT7A 1TKDA 2BANA 4G1QA 2KFNA 1NOZA 4Z4GA 2Z1JA 3ZT2A 3DLEA 1CXUA 1IG9A 1HJRA 3QINA 2Z1GA 2W42A 2YHAA 4DQRA 3TABA 1RTJA 3SNNA 1ASVA 4N76A 2VG6A 3MEEA 3OY9A 3E01A 4KHSA 3VQ9A 2KZMA 4DTNA 3ULDA 3C6TA 3O3HA 3AO5A 3OYJA 4FM0A 4KB0A 2G8HA 4M3ZA 1EP4A 3LANA 4MQ3A 2KTQA 4E3SA 4LD0A 1HNIA 3SQ0A 3KTQA 3HPOA 3LP1A 5KGWA 1BCOA 2B6AA 3V9ZA 2E4LA 4O0JA 3TAPA 1JLGA 3PX0A 2GUIA 3CFOA 3VQ5A 1JL2A 4E19A 1U48A 1D5AA 1KVAA 4CJPA 4QOZB 2D0BA 4BWJA 3S3MA 1X9WA 4KHUA 4C8OA 4E0DA 3NF6A 1KFDA 1CZBA 1K6YA 4FM1A 1GOCA 1RCHA 3AVBA 3KJVA 4LSNA 1NK8A 2YKMA 3C95A 2RPIA 2XRIA 3OVNA 3DRSA 4NCGA 1GOAA 3K5NA 4FZXC 1D9FA 4FLWA 1IKWA 4RW4A 1VSDA 3HP6A 3LPTA 4M3RA 2GBZA 5SZTA 4KFBA 3OYKA 2G8IA 1J9AA 3OYFA 1WSIA 2IC3A 4FLYA 3U3YA 1WN7A 3QETA 2G8VA 1L3VA 2ATQA 4H8KA 2X74A 3QO9A 4HHTA 4DLEA 3SV3A 3AVAA 1RILA 3K58A 4CECA 1WSEA 4J2BA 4CFBA 4L8RB 2HNZA 2YNHA 3BGRA 4QAGA 4CERA 5HBMA 4OPKA 4ZTJA 2PZSA 4DWIA 3O4QA 2XY8A 1QQCA 3TAMA 3LAMA 1RT4A 1N6QA 4Z4CA 1T8EA 3IG1A 2HHXA 2HB5A 2O4IA 3AA4A 3C94A 4FW2A 1TKXA 3VQQA 4OLBA 1X9SA 3NBPA 1RBVA 4IFVA 3V9SA 4B08A 4E1MA 4BDPA 5CZ2A 3AVLA 1JLEA 4LSLA 3AA5X 1RBSA 3T19A 4LY7A 3AVIA 4E7IA 2OPRA 4CF2A 3DLKA 1RBTA 4OVLA 4AHVA 1JKHA 4FJ8A 1ZBUA 1S6PA 4BE1A 1ZBHA 1Y97A 5CY4A 2HHVA 4W5QA 3PV8A 1BL3A 3AO1A 4GW6A 1VSHA 1U45A 1VK0A 3SYZA 4BDYA 1TKZA 4C8KA 4DSLA 3KKSA 1S9EA 2D0CA 1VSKA 2IOCA 1FKOA 1S1UA 2JGUA 1O1WA 2RKIA 3DOKA 1IKVA 4LH5A 4CGHA 2WOMA 1KSPA 1C0MA 1LW2A 2OYQA 4N41A 3EY1A 3S3OA 1RT2A 3ASMA 3L2UA 4MFBA 2OPSA 3K2PA 4CGJA 3SUPA 4JS5A 3AO3A 4FLVA 2DTUA 4O4GA 2G8UA 2WONA 4Z4IA 1LW0A 3HP9A 4FLTA 4KRFA 1UAXA 4KV8A 3ALYA 4FJLA 2HHWA 2XY6A 3RMAA 1KTQA 1Q8IA 4B8CA 2PYLA 4DF4A 4IFYA 4FK0A 2FBYA 1G15A 4CFCA 2HMIA 1BI4B 2XY7A 2BGGA 4KTZA 1REVA 3OYNA 1QSYA 1IO2A 1F21A 3K5OA 3NE6A 1JL1A 3D45A 1TGOA 1UA0A 4TSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ISFA 4FJJA 5FDLA 3KLHA 3AVJA 4CEFA 1C0GA 2D5RA 2AJQA 4UY8O 2W6KA 5HLFA 4K41A 1WSJA 3JYTA 3P38A 4H0OA 3KLGA 1IG8A 2RN2A 1KFSA 4ELVA 4DR6K 4CESA 1T7PA 1Q9YA 3ENHA 4K43A 1EX4A 3I8DA 1KC8O 4IG3A 1U2VB 4JD2B 2HBLA 1GLAG 2V7ZA 5EX5A 2HHUA 4B3MK 4BC2A 5ADXA 5ELZA 3MK6A 3CC2N 1E4GT 4LC9B 4DMNA 3SJJA 3FZHA 4WFAL 3OYLA 4HUFA 2UXBK 3L8BA 4PY5A 3G0ZA 3BY5A 3KK3A 3G4SN 4KPYA 2YCHA 4NXNK 3VGMA 1BHLA 1VSFA 4CEAA 4DV1K 1NK7A 2F4VK 4H03B 1N36K 2G8WA 2P9NB 1YVUA 3A0IX 4FCYA 4A5BA 1RT5A 3LDSA 4DQPA 4GKKK 2P9UA 1SKSA 4DTOA 2HHTA 4H0YB 3TAEA 4RG8A 1DTQA 1X1PA 1KAXA 5F1XA 4ID1A 1LV5A 1S1VA 1ZC6A 1IJJA 4CHYA 5J2MA 3HJFA 2WBNA 5J1EA 1K73O 1W97L 5CR4A 5JLFA 5C2DA 1VQNN 4R5PA 1U04A 4OJRA 4DTPA 1FXXA 3EKSA 1WB9A 1QS4A 4RW6A 1VQLN 1SL2A 2YJEA 4CF1A 3SI6A 2FSJA 3K59A 5CZ1A 2KLAA 3FFIA 4Z94A 4JRPA 3QNNA 1HNWK 3DLRA 3U4LA 4B1ZA 1ATSA 3OJSA 3OYAA 2PYJA 4H5VA 3SUQA 3H1QA 2Z1IA 2FF6A 4XH4A 5CHIA 4ZTFA 3ITHA 1BI4A 3EKUA 1TVRA 2UXCK 5T7BA 4WE1A 3ZSRA 2FF3B 3HK2A 4OO1J 3AVCA 4DTSA 4DV4K 3I56N 4CEQA 1XNRK 4LF4K 2E88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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