5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords integrase
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
4KTWA 3QETA 2KFNA 3M8SA 3QLHA 4MQ3A 4HVJA 4FM2A 3LP0A 3ZSXA 1JLGA 3ZSZA 5I3UA 3NF8A 4DTSA 2GUIA 4H4MA 1J54A 1U49A 3V4IA 3VQ4A 1S9GA 3V9WA 3AA3A 4CGGA 1X9MA 4CIFA 4KAZA 3NFAA 4CK2A 4J2EA 3K5OA 2B6AA 3CM5A 3HVTA 4NCAA 1RT4A 4NYFA 4RW7A 4CF0A 2G8FA 4DS5A 3AO2A 2KFZA 3KLIA 1L3UA 4GW6A 3CG7A 3VQ5A 2OZSA 1LV5A 3ZT0A 2O4GA 3T1AA 1KRPA 2XO7A 1TAQA 4F3OA 3AVJA 4KTZA 2OPSA 4F3TA 1RBRA 3C6TA 1RT6A 1TV6A 4CHOA 4E7KA 1WSGA 3H08A 1QSSA 1RTJA 4W5TA 4FW2A 4QAGA 4FJKA 4AHSA 4CE9A 1JLBA 4ID1A 3OYNA 3VA0A 4CEFA 4KRFA 2HHSA 3AA4A 1LWFA 4CEQA 1WSHA 1ZBUA 4CIEA 3NE6A 1XHZA 3U6FA 3SV3A 1ITGA 3NF7A 3SYZA 4CCHA 4IG3A 1YVUA 3KKRA 3V9UA 4H8KA 3D0PA 1BIUA 2IOCA 3KK1A 2YNHA 1RDAA 3L2WA 4O4GA 4B8AB 3QEXA 1HYSA 1KFSA 4E19A 4B9VA 2VWJA 5KRSA 3VQBA 3VQEA 4N56A 4OGEA 1RT3A 1N5YA 3V9XA 4E7IA 3HXMA 1TVRA 4FK0A 2XY5A 3AVNA 3RMDA 2DY4A 1VSEA 2RF2A 2B5JA 1RTIA 4LSLA 5FDLA 3TANA 4F8RA 4FJXA 1B9DA 4HCBA 4FCYA 4DS4A 1C0TA 1NJZA 1WN7A 4IFYA 4FJLA 4CECA 3AVAA 3MAQA 3AVKA 3L2RA 1IKYA 1DTQA 3HVRA 4FYDA 2FBYA 1TKXA 2XHBA 2YV0X 5CZ1A 4FLXA 4CF1A 4J2BA 1HYZA 2OZMA 4KREA 1HQEA 3QEVA 1HMVA 3LP2A 5J2MA 4FLVA 1QSYA 4I2QA 2E6LA 4DSLA 4CHZA 2HHWA 4CIGA 1TKZA 4FM0A 1C1CA 2Z1GA 1A5XA 1S5JA 4B8CA 4CJWA 1IKVA 3K5NA 3RMCA 4B9LA 4FVMA 3V1QA 4EZ6A 2VG5A 5J1EA 4FJ9A 1MU2A 3OYHA 4CFBA 1X1PA 3MEDA 3MEGA 1Q9YA 4FZYA 4N76A 3O4NA 2PYLA 3RMAA 4KHSA 1RBVA 1IKWA 4Y1DA 4QOZB 4KI4A 3LALA 1C0MA 1NK6A 5CYMA 3AO3A 1CXUA 4CFAA 3AVMA 5SZTA 4PUOA 1I39A 3PO5A 3ALYA 5J2NA 2ETJA 3IAYA 1B92A 2A1SA 4FJ7A 4KI6A 2O4IA 2KQ2A 2GV9A 1TL1A 2OPPA 4ELVA 1ASUA 3VN5A 1J5OA 3QIPA 3HPOA 4OKJA 1LAWA 3PX6A 2BANA 4R5PA 2QK9A 3BGRA 4JS4A 3ITHA 2P5OA 1RT7A 3A2FA 4DF4A 4L8RB 3G0ZA 4NYNA 3L3VA 5KRTA 2PY5A 3DYAA 3NHGA 4FLZA 3QEIA 2PYJA 2IC3A 3VQ6A 1O1WA 4DWIA 4DSEA 4E3SA 1NKEA 1C1BA 3VQCA 3QEPA 4B9SA 2EX3A 1KVAA 2FBXA 1DTTA 4DTRA 1BI4B 1B9FA 4CJEA 1JLFA 4I2PA 3TAEA 4BDPA 5CY4A 3G10A 3EZ5A 4DTNA 3I8DA 4BE1A 3K5LA 4HUEA 2Q3SA 1EP4A 1FKOA 4KB0A 3S9HA 1YT3A 4O44A 4CJVA 4DSJA 4CGJA 4QCLA 4DTOA 4Z4GA 3LAMA 4CHPA 2QKKA 1GOAA 4Z4EA 1BISA 4Z0UA 4LSNA 3JSMA 3HSTB 1S6QA 4Z4CA 4DFPA 3V6DA 3TI0A 1F21A 1VRUA 4BWMA 1NKBA 4FLTA 5C42A 4JRQA 1HNIA 4BDYA 3AO5A 2Z1HA 2E6MA 1W9HA 4KB1A 1JLEA 3F9KA 4YNQA 3CFPA 3MXIA 1R0AA 3KIOA 1IG9A 2OA8A 3AVFA 5FROA 1L3TA 4C8LA 3HM9A 5HRPA 2G8IA 1HJRA 3HO1A 4DTXA 1C6VA 4DG1A 1TK0A 2EHGA 5KGXA 3NBPA 1WSEA 4DQSA 3AO1A 4O5BA 2QXFA 3OYKA 3L2VA 4DTMA 2R7YA 1FK9A 1WNSA 2HHXA 4FW1A 1U45A 2Z1IA 3KJVA 1RT2A 2D0BA 1RBUA 3CFRA 4KHYA 3AVGA 4E7LA 4DFKA 3TAFA 3SQ1A 3PY8A 3T3FA 3ISNC 4B9TA 2OYQA 1U4BA 1SV5A 3QNOA 2LSNA 4M3TA 2DTUA 3DRPA 4CJ4A 3SUNA 3V9ZA 2BE2A 3THVA 3DLHA 4EP5A 4M3WA 5FRNA 1D9DA 3D45A 3HK2A 4W5QA 1XC9A 1RCHA 3QO9A 3L3UA 3DI6A 4N41A 5HRSA 4OKKA 1NJWA 4E7HA 1Z25A 3HYFA 1FXXA 3S3MA 3BDPA 3MECA 4OPJA 2KTQA 4FK2A 1NOYA 4RW8A 4DQPA 1L5UA 2F96A 4CJUA 4CJPA 2IGIA 3U3GA 4ZHRA 1JL2A 3VQPA 3M8PA 3OYJA 1WSFA 4FJ5A 4CFCA 4N5SA 4OPKA 3OYGA 1JKHA 4BWJA 4CK1A 5J2PA 4ZTFA 2A1RA 4O0IA 4DF8A 1VSKA 1J53A 3JYTA 4HHTA 4CK3A 3ZT3A 3PX4A 4DU1A 3AV9A 3RR8A 1TKDA 4CEEA 3LDSA 2HHTA 2FBVA 3B6PA 3OS0A 3AVHA 1N6QA 2G8KA 4E1NA 3SPYA 2YHBA 1BCOA 1WAJA 3ZSYA 4E89A 2X74A 3ZSVA 4LH5A 1EX4A 1KFDA 4DFMA 2ZQBA 4I9LA 4CFDA 5HLFA 4C8OA 1ZBIA 2BDPA 3HL8A 1LAVA 1HRHA 2IS3A 2FC0A 2X6SA 4B08A 1S1TA 4AH9A 1NK9A 1NK7A 4HUFA 4B9NA 3DLEA 3AVIA 4F2SA 4CHNA 5EU7A 1S6PA 3HP9A 3LP1A 4AHCA 4CJSA 3B6OA 1BQMA 3O3HA 4DU3A 1U47A 5E41A 3K58A 4E7JA 3LPTA 4DSIA 4FJNA 2YNFA 4CHYA 2KZMA 4NCBA 3CFOA 5J2QA 4RW6A 3S3OA 1ZBLA 3SUOA 4CGIA 4FJMA 3HPGA 1UWBA 1KCFA 5DMRA 3DM2A 4ELTA 3ULDA 4M3ZA 3KK3A 3C6UA 4DTUA 3E01A 2KW4A 2X78A 3DRRA 4YFUA 4KHQA 4ZTJA 1EXQA 2I5JA 1HNVA 1TGOA 1HQUA 4WE1A 4CF8A 3NGZA 2FBTA 3KK2A 3DLGA 4KKOA 3HP6A 1YTUA 3V1RA 4CJQA 3DLBA 1KVCA 3DOLA 1TK8A 2XY8A 3OVNA 1RT5A 2WOMA 1YTAA 4CF9A 3V9SA 3HPHA 3P1GA 4DSKA 4EP4A 1NK5A 4C8NA 3OS2A 1U48A 4KHUA 3AVLA 1WLJA 3OYCA 3T19A 1UAXA 4CJTA 4KHWA 4FZZA 3OYEA 4CJLA 4KFBA 2ZD1A 3LP3A 1JLCA 5JS2A 1X9SA 1QTMA 1JLQA 1ZBFA 5HRRA 2ZE2A 3K5MA 1C0UA 2XY6A 3KD5E 4PQUA 1J9AA 2PZSA 3LWLA 3VQDA 3OJUA 4AHRA 3K57A 3RTVA 1I3AA 1VSJA 3DLRA 1TKTA 1S1XA 1XWLA 4RG8A 4AHVA 4UQGA 1QQCA 3KLEA 3QIOA 1WAFA 4DMNA 4DQIA 2HW3A 3AVBA 3SZ2A 1ASVA 3HJFA 2QKBA 2P1JA 3RR7A 3CQ8A 1ASWA 3NGIA 3SQ4A 2IAJA 3MEEA 1S1UA 1X9WA 1HPZA 4IG0A 4JLHA 3AA5X 4CJKA 1BL3A 1FKPA 2YNIA 2ITGA 4CGDA 4AHTA 3I0RA 4XIUA 4DU4A 1CZ9A 3FFIA 4LH4A 3VQQA 2JGUA 4CEBA 3O3GA 3F73A 3TAPA 4FLYA 1UA0A 1CZBA 1BIZA 4PA1A 1LW0A 5HRNA 3KLFA 4F2RA 4FZXC 4FJJA 4M3RA 1UOCA 1SUQA 4M3YA 2YNGA 2YKMA 4E1MA 2D0CA 3QESA 4FJHA 4W5RA 2RPIA 4GMJB 4FJIA 2VG7A 4FJGA 3OS1A 4CF2A 3WNEA 1SL0A 4N47A 1GOBA 1IH7A 2Z1JA 1K6YA 4F4KA 4CEOA 3QNNA 2HNZA 4Q0BA 3WNHA 4O55A 1NJXA 3K2PA 4HCCA 3ZSRA 3NGYA 3C94A 3OYBA 3UIQA 3O4QA 1L3VA 2HHUA 3QINA 1DLOA 4OVLA 3KLHA 3SUQA 3OJSA 1L3SA 2HNDA 3DMJA 1VSIA 2B4JA 3EY1A 1ZBHA 3ZSOA 1BI4A 1TK5A 1JL1A 3RRGA 1JXEA 3DLKA 4KHNA 4FK4A 4CHQA 2GBZA 1RTDA 1NK4A 3ZT1A 2HVHA 5DK5A 3KKSA 3OYIA 1D8YA 2P5GA 4RW4A 2X6NA 4CGHA 1NK8A 3I0SA 3TR8A 3VQAA 3IS9A 1KLMA 1VSMA 3ZT2A 1JLAA 1T8EA 3IRXA 1KVBA 1RTHA 1T05A 4Q5VA 4CEDA 5C24A 3AVCA 4AHUA 4Z4HA 5HP1A 3LPUA 4CJ5A 4CEZA 4HTUA 2F8SA 3AA2A 3QERA 3ZCMA 3SUPA 4K8XA 2D5RA 4DLEA 4DFJA 1VSFA 4OLBA 3NH1A 4NCGA 4Z4IA 2XRIA 5HBMA 3ZSWA 2Y1IA 4FXDA 4KO0A 1IO2A 4K8ZA 3NH0A 4ICLA 4DTPA 1CXQA 3LZIA 1EKEA 1RT1A 4M3XA 3VQ9A 3VQ8A 4FLUA 5JS1A 3TAMA 3C95A 1D5AA 3SNNA 2G8VA 1KSPA 3U3YA 2G8UA 4I9QA 2WONA 3ZT4A 3M8RA 5CYQA 5KI6A 1S1VA 3LWMA 2RKIA 3MXJA 4IBNA 1D9FA 4O0JA 3NCIA 3SI6A 3DOKA 3PV8A 2G8WA 1SL2A 1SKRA 4HUGA 1RDDA 2BGGA 5C25A 1NKCA 1UA1A 3EYZA 2RN2A 4J2AA 3SQ0A 1LWEA 4KTQA 5KTQA 3SV4A 1EETA 2JLEA 1W0HA 1A5WA 4ELUA 2OPQA 4CEAA 1VSLA 1RDBA 3OYDA 3K59A 5K14A 3TAQA 4PY5A 2HMIA 4M45A 1QHTA 3WNGA 3OYAA 3NDKA 2VWKA 2HNYA 4CERA 4BE0A 3V1OA 1Q8IA 5HROA 3RRHA 4J2DA 1RILA 3ZSQA 3P5JA 1C1AA 1RBSA 1VSHA 2D0AA 3PUFA 4OKEA 3VA3A 1Q9XA 4CJ3A 4W5NA 5SWMA 3TAGA 3P83D 4DQQA 4B9MA 3RWUA 1XHXA 2HB5A 3LANA 3TWHA 4FM1A 2NUBA 1T7PA 3HT3A 3OYLA 3LAKA 4LD0A 5T7BA 4OLAA 1RNHA 3L8BA 4Z4FA 4PWDA 3QEWA 4KPYA 2HHVA 3SJJA 1BQNA 5KGWA 3OYMA 2Y1JA 3S3NA 2G8HA 4C8MA 2DFFA 4IDKA 1BCMA 2DFHA 3SQ2A 4EZ9A 3WNFA 1KTQA 1VK0A 3KD1E 1SL1A 4GVMA 2ATQA 3CYMA 4M41A 4TSXA 3VQ7A 2AJQA 2YHAA 1WSIA 2IDOA 3MXMA 4I7FA 1NOZA 4JS5A 4FJ8A 3RMBA 1QSLA 1U04A 4CJRA 4B9UA 4B3OA 2KZZA 3PO4A 4OJRA 1NJYA 1A5VA 1QE1A 4LY7A 1CLQA 2DFEA 3DRSA 3O3FA 4C8KA 3L2UA 2W42A 3V81A 3IG1A 3NF6A 4DSFA 1T03A 1KLNA 1IKXA 4Y1CA 4CJFA 3AO4A 1Z26A 1RDCA 1VRTA 1TL3A 3TABA 2F8TA 2OPRA 3KLGA 3TARA 4M42A 4MFBA 3OYFA 4W5OA 4RW9A 3KTQA 1NK0A 4OGCA 3ASMA 2HHQA 4M3UA 1QS4A 1XI1A 4DLGA 4AILC 1SKSA 3L2QA 1LWCA 3PX0A 4ID5A 4CGFA 3NF9A 2E4LA 1BHLA 1G15A 2XY7A 4KV8A 4G1QA 4DQRA 1HYVA 5CZ2A 3SPZA 1ZYQA 4E0DA 5D3GA 4IFVA 1S1WA 4DTJA 3M8QA 4FLWA 3NH2A 3OY9A 3NAEA 4BACA 4IKFA 2HVIA 1BGXT 1REVA 1WSJA 2YKNA 1SKWA 3CM6A 1JXBA 1TAUA 1Y97A 1LW2A 1S9EA 2P51A 1RBTA 4CESA 4H4OA 1GOCA 3SCXA 3LZJA 4BDZA 5FRMA 1VSDA 5I42A 4JRPA 4BE2A 2VG6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CIPA 4MQ3A 4HVJA 4H0XB 1C0FA 2A40A 5I3UA 2HF3A 2GUIA 1EO1A 4I6MB 3AA3A 1X9MA 5JVGL 4YOUA 4NCAA 4NYFA 4CF0A 4AM6A 2KFZA 3CG7A 1LV5A 2IVNA 3ZT0A 3J7YP 2XO7A 4FWMA 2VCPA 3AVJA 4KTZA 1XMQK 3DAWA 3D2EB 1RT6A 1TV6A 1WSGA 3WEEA 4FJKA 1JLBA 3J7ZO 5M1NA 4PHTX 4CEFA 4KRFA 2HHSA 4CIEA 1XHZA 4IG3A 1YVUA 3M1FA 1FJGK 2YNHA 1RDAA 3L2WA 4B8AB 1E3MA 2OANA 3TPQA 4B9VA 4A5AA 3BZCA 3Q7BA 2P9LA 4E7IA 4MDAA 3MX2A 4ILHA 1Q81O 3AVNA 2RF2A 1X9JA 2W41A 3TANA 4FJXA 1B9DA 4HCBA 1T3VA 2HBMA 4ISEA 1C0TA 4JV5K 3AVAA 3OHRA 3L2RA 2FBYA 1TKXA 5CZ1A 4J2BA 4H0OA 4BRQA 5J2MA 2CGLA 4FLVA 4DSLA 4CHZA 3HZ6A 3K0SA 4FM0A 1S5JA 1KAZA 1IKVA 3CCMN 5BRDA 3RMCA 4B9LA 4FJ9A 3HSCA 3SMSA 4QOZB 4Y1DA 4PKHA 1C0MA 1NK6A 1CXUA 3AVMA 1I39A 3ALYA 3O8MA 3SAFA 1VHXA 5ELZA 3UKUA 2BANA 1NGJA 2P5OA 3FZFA 3LDLA 3ID8A 2PY5A 3DYAA 2PYJA 2IC3A 3HI0A 4E3SA 1C1BA 3QEPA 2JWKA 1KVAA 5AQIA 1BI4B 4LFCK 3CJBA 4BDPA 3BP8A 3EZ5A 3K5LA 4AF1A 1EP4A 1FKOA 4KB0A 3SK3A 3CCSN 4NO7A 3LAMA 4BVPA 4CHPA 2QKKA 4LSNA 3HSTB 4DFPA 1F21A 1N32K 2A41A 3AO5A 4DB3A 1W9HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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