5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords integrase
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
1Q9YA 1HNVA 3DLEA 2GUIA 3CG7A 1QE1A 2VG7A 4I2PA 3QNOA 3AA3A 4F3TA 2LSNA 4FK0A 5J2QA 3QEWA 3DOKA 3O3FA 1WAJA 4E89A 2P5OA 5FRMA 3BDPA 3NGIA 4CJWA 3SJJA 1NKCA 4MQ3A 1C1AA 1RT3A 4KREA 4RW9A 4DLEA 1TK8A 3HO1A 3DRSA 1A5WA 1DLOA 1GOCA 4CHZA 2IC3A 4FLXA 3SUPA 3AO4A 4LH4A 4CEOA 1EXQA 3K2PA 3S3MA 1D5AA 4DFMA 1U49A 4W5RA 1S1VA 4KTWA 1J54A 3QEPA 2OA8A 4LY7A 4M45A 4KPYA 3KKRA 4FXDA 5I3UA 2JLEA 2YV0X 4LH5A 3OYNA 3MXIA 3HVRA 3OYCA 4DFPA 4KTQA 2BANA 3VQBA 3SPZA 1U47A 2HHQA 4M3ZA 4E7JA 3DLKA 1SL2A 1YTUA 4NCBA 1VSJA 4RW8A 3PO4A 1RBVA 3DRRA 1KCFA 5CY4A 4B08A 3LWLA 1KTQA 1TK0A 4CJ4A 4IFVA 3AVAA 3PUFA 3OS2A 4G1QA 3FFIA 3RMAA 3DLRA 3OYHA 5C25A 4KV8A 3NH1A 5C42A 4J2EA 4DSEA 4FJLA 2DY4A 1HRHA 3SCXA 2D0AA 1BIUA 2X78A 3ASMA 1IKVA 2WONA 1NK0A 4W5NA 3ZT1A 4CIFA 1KSPA 4CGGA 5J2MA 4NCAA 3HYFA 3KLHA 3NHGA 2X74A 3L2QA 2DTUA 2BGGA 1JLEA 4AILC 3LALA 3I0RA 5CYMA 4CERA 1RTHA 4B9VA 3LAMA 2XY6A 4PY5A 2PYLA 1LAWA 1WLJA 3MXJA 4DTXA 3A2FA 5HRPA 3SYZA 5I42A 4F3OA 4M42A 3WNGA 3QIPA 1NK6A 3L8BA 3HPOA 3AVCA 1LV5A 3CYMA 1RTIA 1RTDA 3L2UA 3S3OA 1WSGA 3AA2A 3EYZA 3WNEA 2KFZA 3V81A 4CJFA 4BE0A 3LP1A 1MU2A 1C6VA 1RT1A 1S1WA 3CFRA 1EP4A 4CESA 3M8PA 1UOCA 3DRPA 4OJRA 4B9NA 2YNIA 4M3RA 3P83D 4HUEA 1S9GA 3KLIA 1VSHA 3H08A 4OLBA 2FBXA 3MXMA 3K58A 3NF8A 1BQNA 4WE1A 4CK3A 1ZBHA 4DTJA 4EZ6A 3CM6A 3AO2A 4M3XA 1Y97A 4EP4A 3NGZA 4I2QA 3HT3A 5FROA 1RT6A 2W42A 2RF2A 4HVJA 3LP0A 1L5UA 3L3VA 4E0DA 4E1MA 2XHBA 1IKYA 1NK7A 3DOLA 2F96A 5DK5A 4KKOA 1LWCA 2G8FA 3QINA 2IS3A 1IKXA 3K5NA 3SI6A 1VSIA 2A1RA 5FRNA 2HHTA 3O4NA 3VN5A 1XI1A 1RDCA 5SWMA 3QERA 3QESA 4JLHA 1HYZA 2YHAA 4W5OA 2X6NA 3G10A 3TAGA 4HHTA 1VK0A 2IAJA 4FW1A 2FBVA 1RCHA 4ID5A 3TR8A 3MAQA 1YT3A 2X6SA 1JXBA 4Z4CA 4O0IA 4CJ3A 3RMDA 1ZBLA 3DLHA 1KVAA 2YNGA 4RW7A 3CM5A 3RR8A 2VG5A 3O3HA 3SZ2A 3NF6A 3D0PA 3V9ZA 4DSJA 2QK9A 4FYDA 4CF8A 2RPIA 2VG6A 2XY8A 3ZSXA 2HNDA 3LAKA 5K14A 5HLFA 4QCLA 1UAXA 4CJRA 4CIEA 4K8ZA 1C1BA 2OPSA 1SKSA 3NE6A 4NCGA 4CF0A 4HTUA 4FCYA 2Y1IA 1XHZA 2G8UA 3OJUA 1SL0A 3VQDA 3AVIA 3OS0A 3I8DA 4F4KA 3PV8A 2KW4A 3OYLA 3KTQA 3KK1A 3SNNA 3C6UA 4DFKA 1HYSA 3SUNA 3VQ4A 1SKRA 4CEAA 4CJPA 4BDZA 1L3VA 2RKIA 1WNSA 5CYQA 4AHVA 4ELVA 3OJSA 2HHUA 2HVIA 4XIUA 2QXFA 2HNYA 1ITGA 3WNHA 3QEVA 3OS1A 1T05A 3M8RA 4DTUA 5KRTA 2DFHA 3OY9A 1RBUA 4DF8A 4CJEA 3TAFA 1SKWA 4E7IA 4AH9A 3QEIA 4OGEA 3AVBA 4CECA 2XRIA 3P5JA 3OYBA 3HJFA 4B3OA 3VA0A 4FK4A 1S5JA 1U04A 4CEDA 1VRTA 2IOCA 3V1RA 3RMCA 1UA0A 1ZYQA 1QS4A 3KK3A 4IKFA 1NK4A 1S1UA 1S6QA 3OYGA 1X9SA 4B9MA 3ZSYA 1HMVA 1EX4A 3P1GA 1X1PA 4OKEA 1BHLA 4CF2A 3HPGA 4DQRA 2XY7A 4Z4FA 1YVUA 1FKOA 3F9KA 5JS1A 4CJLA 3KK2A 3VQEA 3MEGA 1JXEA 3KJVA 4W5TA 4FM2A 2G8KA 4CJ5A 4Z4HA 4CFCA 1JL1A 1JLAA 3OYFA 4DWIA 5DMRA 4AHRA 1WSHA 3ZCMA 4EP5A 4CFBA 4CIGA 4FJMA 4KB0A 1KLNA 4CJQA 2HNZA 3SV4A 4DTSA 2D0CA 1NJXA 5JS2A 4ID1A 1U45A 1RDBA 3VA3A 1TL3A 1VSKA 3ZSOA 1R0AA 2ZQBA 1CZ9A 4C8KA 4C8LA 2E4LA 2ETJA 2BE2A 2FBTA 4KHUA 1TKXA 4C8OA 3AVHA 2NUBA 4AHTA 1VSDA 3THVA 2G8VA 4FZXC 1LWFA 1IG9A 1SUQA 3KLEA 1RDAA 4FJ9A 1RNHA 4KHYA 4CHYA 1KVBA 3HPHA 3AO1A 4ZTFA 1NKEA 4E3SA 1NOZA 3OYIA 5SZTA 2HMIA 2PZSA 2GBZA 4IBNA 4CHPA 4N5SA 2ATQA 1RDDA 3B6OA 2O4GA 1TVRA 3VQQA 3U3YA 1ZBFA 4YFUA 4N76A 1DTQA 1VSFA 5J2PA 3SQ1A 1NKBA 4ZHRA 4B8AB 4M3UA 4Z4EA 2Y1JA 3CQ8A 1HPZA 3M8SA 4I7FA 1TKTA 3HP9A 3B6PA 3IS9A 3JSMA 3NF7A 4OGCA 5T7BA 3HM9A 4DS5A 2B4JA 1EETA 5HP1A 1QTMA 2RN2A 3PY8A 4BE2A 2G8IA 4CGFA 3S9HA 4H8KA 4CEEA 2D5RA 4BE1A 2HHSA 1G15A 3K5OA 3NF9A 1X9MA 3IRXA 1O1WA 4FW2A 3SV3A 4KB1A 4Z4IA 4CFAA 3CFPA 4CHNA 2PYJA 4TSXA 1WSFA 4BDYA 2Z1JA 4DFJA 4DQIA 3L3UA 4DSKA 4B9UA 3KKSA 3RMBA 3PO5A 1Z25A 1BL3A 3SQ0A 3LPTA 4GMJB 4CJTA 3HSTB 3VQAA 3NBPA 4DSFA 2Z1IA 2Z1HA 4M3TA 3TANA 2EHGA 1HQUA 3ISNC 2WOMA 4E7LA 4O55A 4F2SA 2KZZA 1WAFA 2HB5A 1J5OA 5CZ1A 3TI0A 3ITHA 1TKZA 4FJXA 3NFAA 3NGYA 1GOBA 4FZZA 1RT4A 4R5PA 2Q3SA 3RTVA 1ASVA 1JLBA 2AJQA 3RRHA 1ASWA 4IFYA 4KTZA 1A5XA 3AVLA 4NYFA 4CGIA 1QSLA 3MEEA 2G8HA 4N41A 4OPJA 2R7YA 3LZIA 2Z1GA 2QKKA 4CGDA 3HXMA 3V6DA 3RWUA 3HP6A 3QETA 1ZBUA 4PQUA 4CEBA 3KLFA 1S9EA 4DTPA 1FXXA 4F8RA 2E6LA 1I3AA 1WSIA 5HRSA 4LSLA 5D3GA 1KVCA 4CK1A 2HHVA 4LD0A 4FLVA 4KAZA 1I39A 1UWBA 1EKEA 3HL8A 4LSNA 4OKJA 4JRPA 4OKKA 4Z0UA 4E7HA 3ZT4A 1VSEA 3K5MA 4BWJA 1RBSA 5HRRA 1YTAA 1XHXA 1NJWA 3JYTA 3TAQA 5HBMA 4RW6A 4OPKA 4I9QA 4H4OA 4CHQA 4KHSA 1JL2A 4NYNA 3ZSRA 4KHQA 4DTRA 3NAEA 3K57A 3ZT0A 3HK2A 4GVMA 4KI4A 4DQPA 3V9XA 3PX0A 4KFBA 3AV9A 1FK9A 1GOAA 1QQCA 3SQ4A 1J53A 4KRFA 4DLGA 2GV9A 5KRSA 4KHNA 4H4MA 4M41A 4FJGA 4KHWA 4YNQA 3SUQA 1NK8A 1U48A 1Q9XA 1CZBA 1T7PA 3AVJA 1T8EA 4DSIA 3QEXA 1BCOA 2IGIA 3F73A 4DMNA 1N6QA 4EZ9A 3UIQA 2YKMA 3ZSWA 2KQ2A 4DG1A 4I9LA 3OYKA 1D8YA 3LPUA 4FJNA 3ZSZA 1Z26A 4FJIA 1RT7A 3ZSQA 3DMJA 3VQ5A 4J2AA 3NDKA 2HW3A 4CFDA 1WSJA 4ZTJA 4Z4GA 4CGJA 4FLZA 4FJ7A 3KLGA 3AVFA 4CGHA 5J1EA 4K8XA 4OLAA 3DLGA 3CFOA 3C94A 3ALYA 1BCMA 4Q5VA 4DQQA 1BISA 4FLWA 1NOYA 4HCBA 3I0SA 4AHUA 4UQGA 1RBTA 2KFNA 3K59A 1JLGA 3KD1E 1K6YA 1L3TA 4CEQA 5KTQA 2B6AA 3TWHA 1JKHA 1SV5A 1TV6A 2OZMA 1HQEA 4FJHA 3ZT2A 3V1OA 3V9SA 3PX4A 3DLBA 4B8CA 4FLYA 2P1JA 2ZD1A 4DTNA 1HNIA 1TAQA 3DI6A 3VQ7A 1L3UA 4MFBA 2PY5A 4DSLA 4HUGA 1VRUA 1D9FA 3VQ8A 4RG8A 2HHXA 1VSMA 2A1SA 3AA5X 4C8MA 1BIZA 3T1AA 1HYVA 3RR7A 3NH0A 4CCHA 4ELUA 4DS4A 2FBYA 2YHBA 1X9WA 4FVMA 3SQ2A 1XWLA 1LWEA 1TK5A 2XO7A 4CJKA 3SPYA 1T03A 2DFFA 2YNHA 4FJ5A 2KTQA 1ZBIA 3MECA 4Y1CA 1TAUA 1SL1A 3D45A 3OYMA 3LP2A 4FLUA 1LW2A 4FJKA 1A5VA 1JLCA 1JLFA 2EX3A 2IDOA 3C95A 1DTTA 3NCIA 4JRQA 3HVTA 4O5BA 1REVA 2F8TA 4M3YA 1KLMA 3L2WA 5J2NA 1JLQA 4FZYA 4FK2A 1RT5A 4ICLA 3PX6A 1TL1A 4DF4A 2OPQA 2ZE2A 4IDKA 1CXQA 1RBRA 3LANA 4E1NA 3VQPA 1B9DA 3NH2A 3U6FA 1RT2A 3DM2A 4N47A 3TABA 3TARA 3S3NA 4CJVA 4Q0BA 4F2RA 3L2RA 1NK5A 1B9FA 2D0BA 1S1XA 3V9WA 3OYJA 1BGXT 4M3WA 3C6TA 4IG0A 4CHOA 4QAGA 3ZSVA 3LDSA 4FJ8A 5E41A 1J9AA 4FJJA 1C0UA 3OVNA 1NK9A 1IO2A 1IKWA 3KD5E 5HROA 1BI4A 3K5LA 2DFEA 4DU1A 1U4BA 1D9DA 1TGOA 3O4QA 2JGUA 3KIOA 4Y1DA 4CF1A 1BQMA 5HRNA 1RILA 2P5GA 3TAMA 5EU7A 1XC9A 3LP3A 3OYDA 4JS4A 2O4IA 4BACA 4O0JA 2YKNA 3LZJA 1S6PA 4PA1A 1QHTA 1B92A 1LW0A 3V1QA 3WNFA 2F8SA 4C8NA 3T19A 1FKPA 4CJSA 1Q8IA 1WSEA 1QSSA 2OYQA 1CXUA 1ASUA 3VQ9A 3AA4A 2I5JA 3IAYA 4KO0A 4J2BA 3AO5A 4CEFA 4J2DA 4FLTA 3ULDA 3OYAA 3E01A 3G0ZA 4E7KA 4DU3A 5FDLA 4CF9A 1C1CA 2QKBA 3QIOA 2ITGA 3L2VA 3RRGA 4HUFA 2P51A 1TKDA 4DTMA 3ZT3A 3EZ5A 4CEZA 1KFDA 2OPPA 2FC0A 4E19A 4JS5A 1NJZA 3V9UA 5KGXA 1N5YA 1LAVA 3QLHA 1WN7A 4OVLA 1L3SA 4HCCA 1C0TA 3AVKA 3EY1A 4PUOA 3V4IA 3LWMA 2XY5A 4CJUA 1QSYA 4B9TA 2OZSA 4AHCA 4FM0A 1W0HA 4DTOA 5C24A 2BDPA 3IG1A 1S1TA 4IG3A 3QNNA 2VWKA 3O3GA 2G8WA 4BDPA 4PWDA 1W9HA 2YNFA 3T3FA 1C0MA 3TAPA 4QOZB 2HVHA 4RW4A 4BWMA 2HHWA 1HJRA 1F21A 3MEDA 5CZ2A 4B9SA 1CLQA 4O4GA 1UA1A 4DQSA 1NJYA 3BGRA 1IH7A 5KGWA 1KRPA 2OPRA 3U3GA 2VWJA 3AVNA 4AHSA 4CE9A 3AO3A 1KFSA 3TAEA 4B9LA 4ELTA 4DU4A 1VSLA 4W5QA 1BI4B 4KI6A 3M8QA 4GW6A 4O44A 3DYAA 5KI6A 4CK2A 2E6MA 4N56A 3OYEA 3SUOA 3AVGA 3QO9A 3VQ6A 2KZMA 4L8RB 2B5JA 3VQCA 3AVMA 1RTJA 4FM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9IB 1HNVA 2O8CB 2GUIA 4I2PA 3QNOA 4F3TA 5JLFA 4CZLA 4CJWA 3JXUA 1RT3A 2NRVA 1I94K 1GOCA 4CHZA 1EXQA 1S22A 4X65K 4KH5A 3QEPA 4LY7A 3KKRA 4PKIA 2YV0X 3MXIA 4A62A 2F4VK 1U47A 2HHQA 5DM6L 3DLKA 4E7JA 3L6QA 4GKJK 4FSVA 4Y0WA 3CC4N 4BROA 3EN9A 2NRRA 3GBTA 4EAHD 2J4RA 5H1SQ 1VAZA 3O1WA 2X78A 1N32K 4KBOA 5MLCQ 3CMAN 2WONA 2JWLA 3MN5A 2OCEA 4A61A 4CIFA 4CGGA 1NG9A 3HYFA 3QBXA 2O8BB 3J8AA 1JLEA 4CERA 4IO9L 4PY5A 2PYLA 1WLJA 3SYZA 5CHIA 3UB5A 3THXB 4X66K 1HKGA 2D4WA 3L8BA 3THWB 3HPOA 3AVCA 3LDQA 3A5OC 3AA2A 2KFZA 3LP1A 1MU2A 1C6VA 4O5FA 3FGUA 1EP4A 3G25A 4CESA 4KHPK 1FJGK 3M8PA 3DRPA 2YHYA 1IJJA 4HUEA 3E1YA 1S9GA 4BR5A 2P9PB 4IDHA 3TSQA 4BRHA 3CM6A 3AO2A 4B9QA 4EP4A 4B1ZA 5FROA 3IDHA 4J8FA 3PIPL 3EL2A 3CIPA 4DV0K 1IKYA 4H0YB 2F96A 1HR0K 4MDBA 1LWCA 5AQQA 3QINA 1IKXA 1QZ5A 3K5NA 1VSIA 2A1RA 2HHTA 2D1KA 4JN4A 4K41A 4FWPA 1HYZA 2YHAA 3G10A 4JKAA 1VK0A 2FBVA 4ID5A 1QVFM 1YUWA 4Z4CA 3M5RA 4FWLA 4CJ3A 4DV6K 2ZJQL 1KVAA 2HBJA 5FPMA 2O8EB 5HLFA 4QCLA 4CJRA 5AQHA 4LF4K 1HUXA 2HBLA 4FOEA 1NNEA 2P9NB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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