5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
5KRSA 1W9HA 4CHZA 3KLIA 3CYMA 3RTVA 2P5OA 3CM5A 3VQ7A 4AH9A 4IFYA 4DFPA 1RT4A 4DS5A 3HSTB 1LAVA 4QAGA 3AA4A 3OVNA 1YVUA 2YNGA 4FW1A 4CEFA 2VWKA 5HRPA 2RF2A 4Z4FA 4I2QA 2Z1HA 3H08A 4CEAA 4CF1A 4CEZA 3NBPA 4KO0A 3KLHA 5HROA 3VQQA 1MU2A 3QESA 2YV0X 2ZE2A 4W5OA 1UA0A 4FZZA 2KTQA 4CJWA 1NKBA 4FJGA 2FBXA 1ZBUA 3VQPA 4CGJA 3AVMA 3NF6A 3V1OA 1WAJA 3OYNA 4DTRA 3OS2A 2A1RA 1TGOA 4MQ3A 1EP4A 4FZXC 2DFHA 4Z4EA 3TAFA 3T3FA 1NOZA 3V9UA 4EP4A 2HVIA 4HCBA 1RDBA 3I8DA 2WONA 3ALYA 1RT2A 3VQ6A 2DTUA 4CCHA 4DQRA 1G15A 2XRIA 4CJ3A 1JLEA 4RW6A 2XO7A 3TWHA 4CE9A 1LWCA 3AVCA 3DLBA 3WNFA 4DMNA 2ETJA 3MEGA 3ISNC 3L2RA 3DRSA 3PX6A 3ZSVA 1J9AA 4FVMA 3EY1A 4F3OA 4Z4GA 2G8VA 4DTPA 3DOLA 1NK5A 2ATQA 1NKEA 3HPOA 4KHWA 4M3ZA 3KKSA 2YNHA 1I39A 4DLGA 4M3TA 4M3RA 1XI1A 1RCHA 5HLFA 4KV8A 3RWUA 4DSKA 3QERA 3LALA 3T19A 4BWMA 3RMBA 4AHSA 3DLHA 3I0SA 3HVRA 4JS5A 3G0ZA 4IFVA 4DFKA 3SJJA 5I3UA 1SKRA 2IOCA 4LH5A 2HNYA 3O4QA 2FBYA 2ZQBA 2QKBA 1VSFA 1RILA 3QNNA 4KB0A 4CGIA 4KHUA 3AVAA 4H4MA 2Z1JA 4O0IA 3TAMA 3V9XA 3NFAA 1RT3A 4RW7A 1SKSA 3LWLA 4EZ9A 1X9MA 4E1MA 1NJZA 1X9SA 4OJRA 1T03A 4FJ8A 3ZSOA 1DTQA 4FM0A 3RMDA 1RDCA 3RMAA 3SPYA 1L3UA 1HYVA 4DQPA 1EXQA 5CYQA 3NGIA 1HNIA 1VSDA 2A1SA 4IDKA 3HPGA 4C8NA 4OLAA 3HP9A 4CJ4A 3SV3A 1A5VA 1NK7A 1XC9A 3K5OA 3ZT0A 1UWBA 1S1TA 3HO1A 1EETA 1WSHA 3AO1A 1JXBA 1WSJA 4KHYA 2D0BA 5CZ1A 3LWMA 3OYJA 4KKOA 4RW8A 3QNOA 3BDPA 3PO4A 4FZYA 3L2UA 1S1UA 3VQ5A 2PYLA 1C1AA 3K2PA 5FROA 4H8KA 3SQ0A 1REVA 2G8UA 3OYEA 4MFBA 3BGRA 4AHCA 4DTNA 1C0UA 4FK4A 1JLCA 1QS4A 4BDYA 3HK2A 1GOAA 3JSMA 3QINA 1U48A 1Q8IA 1GOCA 3AV9A 3AO2A 2YKMA 1D8YA 4PQUA 1BI4B 4W5RA 4DG1A 3DMJA 2IGIA 2X74A 4UQGA 4N56A 2G8WA 3OYAA 3HM9A 3TR8A 3S9HA 4RW9A 4EZ6A 2DFFA 1ASVA 2HHWA 3HT3A 1WSFA 3KLFA 4CEQA 5CYMA 2PYJA 3KKRA 1TKTA 4IG0A 1S9EA 1NKCA 5C24A 1U4BA 4LH4A 1CXQA 4M42A 1LWFA 4NYNA 1TVRA 2G8FA 4QCLA 3NAEA 4DTJA 1Z25A 1WN7A 1ZBIA 3U6FA 4CF2A 4M3YA 3SQ4A 3HYFA 1NOYA 2GUIA 1T7PA 2ITGA 2P1JA 4B9NA 4ZHRA 3AA5X 4FCYA 4CIFA 4N41A 3LAKA 5CY4A 4FLZA 3L8BA 3AVFA 1VSIA 3WNHA 4Z4CA 1RNHA 1RTIA 4CJ5A 3LAMA 1KVAA 1BCOA 1TAQA 4CJKA 3KK3A 4JS4A 1TK0A 4CJTA 4CHOA 1D9DA 1SUQA 4CJRA 3SUPA 1B9FA 1XWLA 5J2PA 1T05A 5DK5A 4KRFA 1RBTA 4B8CA 3QEIA 4E7KA 4HUEA 1HYZA 2YNIA 4BDPA 4TSXA 4ELVA 5C25A 3L2QA 3E01A 4KTWA 3AVGA 4CGFA 2HNDA 3MEDA 3V1QA 4DFMA 1BHLA 4ZTFA 3RR8A 1X1PA 4PUOA 3KK2A 5K14A 1XHZA 3SUOA 4Z4IA 1FKPA 1S1WA 1ZBFA 1RDAA 1U45A 1TL1A 1IKYA 4CK1A 3KJVA 4R5PA 4F8RA 2NUBA 3OJUA 3WNGA 2PZSA 4HHTA 3HP6A 3AA3A 1WSEA 2BE2A 4FLYA 2YKNA 2B5JA 4B9TA 4KB1A 3SZ2A 1EKEA 4J2AA 3M8SA 3ZSZA 3SV4A 1RTHA 5E41A 4CJVA 3QLHA 3S3MA 3LZIA 1KCFA 5J2NA 2BDPA 4KAZA 3UIQA 1XHXA 3LZJA 4FLTA 1X9WA 4NCGA 3T1AA 1YT3A 2DY4A 1JLQA 2XY6A 2HVHA 4DFJA 4C8MA 1SKWA 3ZT2A 2OPQA 2VG5A 1IO2A 3ITHA 1C0MA 1NJYA 2VG7A 4KHNA 1C1CA 3C6TA 1W0HA 4KFBA 3TAPA 3C6UA 4O4GA 1JLFA 3AVLA 4CEDA 4CK2A 1KVBA 1TKXA 4FJ7A 1N6QA 4FLXA 3FFIA 2D0AA 3IS9A 1BI4A 1B92A 2Y1JA 3RMCA 3P1GA 3QO9A 4AHRA 3K5NA 1ITGA 3D45A 4DSEA 3QEVA 4DSJA 5KI6A 1KFDA 4I9QA 4DTSA 1IG9A 3ULDA 3S3OA 1NK8A 1QE1A 3QETA 3KLGA 1VRTA 3HPHA 4CEEA 3OY9A 3IG1A 3LP2A 4O55A 4O0JA 4FLWA 3NGYA 3QIPA 4CFAA 3OJSA 2OZSA 4KTQA 1FKOA 3B6PA 2HHQA 1C0TA 3DLEA 4FM2A 1JL1A 1SV5A 2IAJA 4FJIA 4C8OA 3SQ1A 1ASUA 1UAXA 1GOBA 3CQ8A 1VSKA 3DOKA 4CF8A 1HYSA 1LWEA 4CHQA 3NF9A 1RBRA 1LV5A 4CJSA 4HCCA 1CZBA 1WSIA 3AVNA 4CGDA 4HUFA 1IKXA 3O4NA 4DS4A 2FBVA 2B4JA 1DLOA 3OYBA 2PY5A 1QQCA 4B9MA 4F4KA 1HNVA 2HMIA 3PO5A 1HQUA 3KD5E 2KW4A 4FJKA 1RT5A 2F96A 3OYCA 4IKFA 2EX3A 4PA1A 3AO3A 1CXUA 2OA8A 4OKKA 2VG6A 1Y97A 4ZTJA 3AVKA 1IKWA 4YFUA 4DQSA 4FJMA 4LY7A 3AVIA 2XY5A 4BE0A 2XY8A 3EYZA 5CZ2A 1RT1A 4FJNA 4CJLA 1IKVA 4GMJB 4XIUA 3TAEA 3LANA 1S5JA 3L2VA 4DSLA 3U3GA 3NF7A 4W5QA 3CFOA 1RTJA 4I7FA 3VQAA 3VA3A 4CFDA 4L8RB 1WSGA 3NH0A 2E6LA 4OKJA 3V81A 3DLGA 3QEWA 1L3VA 3MAQA 1NJWA 1IH7A 4RG8A 4CIGA 1LW0A 3K58A 3NH1A 1J53A 4BE1A 4DLEA 3AO4A 3P5JA 3VQ9A 3ASMA 1S1VA 2I5JA 2HHSA 3PV8A 1RDDA 2JLEA 4AHVA 3VQ8A 2HHTA 1C1BA 2OPSA 3L3VA 5KGXA 5HBMA 3OS0A 3OYMA 3RRHA 3SQ2A 3TAQA 4DU1A 1NK0A 4ID1A 3VN5A 3TAGA 3K5MA 1L5UA 4KI6A 3MEEA 1QTMA 3NDKA 1YTAA 4FK2A 1F21A 4CIEA 2R7YA 3V4IA 3QEXA 2WOMA 1WAFA 3NHGA 4KHQA 1QSLA 4YNQA 3MXJA 3OYIA 3SUQA 3TARA 4W5TA 5J2QA 3CM6A 4EP5A 2G8KA 4ID5A 3KK1A 1NK4A 3CFRA 3NE6A 3AVJA 1RBUA 1KLNA 4KREA 1HRHA 4FJHA 5FDLA 4E1NA 4FK0A 3DRPA 1TKDA 2IDOA 3F73A 1S9GA 3NH2A 1JLGA 1NJXA 4NCAA 2D0CA 1JLAA 5HRSA 3PUFA 1KFSA 4CEBA 2XHBA 4DF4A 4DQIA 2X6NA 4CJPA 1Q9YA 1A5XA 4KHSA 1DTTA 3OYDA 3V9SA 1O1WA 3IAYA 4CERA 4CHNA 1ZBLA 4LSLA 4DWIA 3LPTA 2KFNA 3JYTA 3KLEA 4B8AB 3HXMA 3OS1A 4M3XA 2X78A 1FXXA 5JS2A 2OPPA 2G8HA 3SUNA 1C6VA 4CJEA 4FJ9A 3DLKA 1I3AA 4B9LA 3DLRA 3TABA 2QXFA 1HJRA 1TK5A 3QIOA 2GBZA 4CJQA 1D9FA 1B9DA 5FRNA 1ZBHA 5J2MA 2G8IA 3HVTA 3PY8A 1BCMA 3AO5A 4CJFA 4DSIA 3O3FA 3V6DA 4J2BA 4W5NA 4FW2A 4DTXA 4G1QA 2EHGA 2E4LA 3CFPA 3SYZA 1T8EA 4OKEA 3LP0A 2RKIA 4FJXA 5C42A 3SCXA 4F2SA 4HVJA 3ZT1A 4M3UA 3ZSYA 2Z1IA 3MECA 4CGGA 2HW3A 3TI0A 4FM1A 4PWDA 5D3GA 4LSNA 2LSNA 4F3TA 2IS3A 3V9WA 3AA2A 4O5BA 4C8LA 1KLMA 3ZSXA 5KTQA 3SPZA 1NK9A 1YTUA 3K59A 4F2RA 3K57A 1SL1A 4KI4A 4AILC 3RR7A 4CHYA 2O4IA 3PX4A 3MXMA 1RBSA 4OLBA 4KPYA 4RW4A 2KZMA 4B9VA 4IBNA 3LDSA 1RTDA 1HMVA 1UA1A 1NK6A 3VQ4A 5KRTA 3O3HA 4DTOA 3B6OA 4H4OA 5HRRA 2X6SA 4JRQA 1Z26A 4I2PA 2D5RA 3ZT3A 1RT6A 3VQEA 5J1EA 1SL2A 3OYHA 1WNSA 4B9SA 4K8XA 1LAWA 2ZD1A 2QKKA 3U3YA 4B9UA 1BIZA 4N5SA 3DI6A 4QOZB 2O4GA 3KIOA 4CESA 1VSHA 5JS1A 4JRPA 5FRMA 1U04A 4LD0A 4BE2A 1VRUA 1S1XA 1LW2A 4WE1A 4NYFA 4Z4HA 1N5YA 4E89A 4FJ5A 2BGGA 1TAUA 4CF0A 4J2DA 1UOCA 4ELTA 3M8PA 1L3SA 2P51A 2W42A 3HL8A 4GVMA 4N47A 4BDZA 4E7HA 2VWJA 2KQ2A 4FYDA 2IC3A 3WNEA 4DQQA 4CK3A 1BIUA 4CHPA 2HB5A 1VSEA 3G10A 1VSJA 4N76A 4E7LA 3VA0A 3HJFA 4ELUA 3AVHA 3ZCMA 4AHTA 5EU7A 4M41A 3DM2A 5T7BA 3EZ5A 1BGXT 3LPUA 1CZ9A 1TK8A 4AHUA 3OYGA 4JLHA 4FXDA 2Q3SA 4CEOA 1ZYQA 2HHXA 4E3SA 1CLQA 3THVA 1JKHA 1WLJA 2HHVA 1BQNA 1RBVA 4OVLA 1U47A 5DMRA 2OZMA 1BQMA 1HQEA 1A5WA 3ZSWA 5SZTA 1D5AA 4B08A 4Z0UA 4CF9A 1R0AA 4OGEA 1J5OA 2KZZA 4CJUA 2RN2A 4HUGA 2FC0A 3C95A 1KVCA 1SL0A 4OPJA 4FJJA 2BANA 3V1RA 4DTUA 2QK9A 1TV6A 4M45A 3I0RA 3PX0A 3V9ZA 4O44A 2DFEA 3LP1A 2Z1GA 3VQDA 2F8TA 3NGZA 2YHAA 2JGUA 5SWMA 2F8SA 1VSMA 2KFZA 4DF8A 3F9KA 4IG3A 4Y1CA 4CGHA 1TKZA 1VSLA 4E19A 4Q5VA 3ZSQA 3M8RA 4DU3A 4DTMA 1KSPA 4FLVA 4GW6A 4BACA 3M8QA 1RT7A 1JXEA 4I9LA 4CFBA 3KTQA 5KGWA 3LP3A 1HPZA 1KTQA 2GV9A 1K6YA 4OPKA 5HP1A 2YNFA 3MXIA 3RRGA 2P5GA 4E0DA 5I42A 3CG7A 3IRXA 4HTUA 4Q0BA 3DRRA 2OPRA 1QHTA 2HNZA 3O3GA 4Y1DA 3OYFA 2YHBA 4CFCA 3D0PA 4DU4A 1FK9A 3KD1E 1VK0A 3S3NA 4DSFA 2HHUA 3NF8A 3C94A 4C8KA 2OYQA 4M3WA 4PY5A 1Q9XA 4J2EA 3ZT4A 3VQBA 1U49A 3ZSRA 3K5LA 3VQCA 4OGCA 3A2FA 4CECA 1QSSA 3P83D 4E7JA 5HRNA 1J54A 2XY7A 4E7IA 3TANA 4B3OA 3L2WA 2E6MA 3DYAA 2Y1IA 4BWJA 4NCBA 1BL3A 3AVBA 1EX4A 1JLBA 1S6QA 3L3UA 1JL2A 3NCIA 1S6PA 1TL3A 3QEPA 1BISA 3OYLA 4FLUA 1ASWA 1QSYA 1KRPA 4ICLA 3SI6A 4FJLA 2B6AA 3SNNA 1L3TA 2RPIA 4KTZA 3OYKA 2AJQA 2FBTA 4K8ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K43A 4CHZA 3RTVA 4U67L 2P5OA 2A6AA 4BR2A 1RT4A 4DS5A 4IOCL 1LAVA 4H0OA 4QAGA 3DAWA 1YVUA 4CEFA 4Z4FA 3SLCA 4JK9A 3H08A 3NBPA 3KLHA 3TTDA 1HNZK 4LF6K 3QESA 2ZE2A 1UA0A 4JD2B 2KTQA 4CGJA 2A1RA 3AVMA 1YJNN 1TGOA 3T3FA 3V9UA 4EP4A 1RDWX 1RDBA 3ALYA 3VQ6A 2DTUA 4CCHA 4DQRA 2XRIA 4UY8O 3GG4A 1R59O 1JLEA 2XO7A 4CE9A 1QHAA 3AVCA 4DMNA 2ETJA 2IVOA 3MEGA 5EVZA 1LOTB 3ZSVA 1T3VA 4Z4GA 1K8KA 2ATQA 2ZJQL 2NRZA 2YJEA 3ENOA 1RCHA 3RWUA 4BVOA 3QERA 3RMBA 4AHSA 1BWFO 4IFVA 3SJJA 4DFKA 3EL2A 3HSCA 4LH5A 2P9SB 2FBYA 1X9MA 1X9SA 4OJRA 1T03A 1DTQA 2A42A 3I56N 1EXQA 3C7NB 3MCAB 4JI7K 4OLAA 5EXWA 3HPGA 3CF5L 4DV1K 3SV3A 3ZT0A 2HSTA 1TUUA 4XH4A 3HO1A 1WSHA 3LDOA 5JLFA 1WSJA 3BP8A 3NVKA 2V7YA 1DKGD 3THYA 2AP1A 3ATVA 4B3TK 3U8XA 1NNEA 3BDPA 3PO4A 4A57A 1S1UA 3GL1A 3M5RA 4O8UA 2G8UA 2GELA 4KH4A 4YDUC 4MFBA 3BGRA 4AHCA 4DTNA 2E5LK 1YXQA 2BTFA 4BDYA 1I94K 4I6MB 4H5NA 1U48A 1GOCA 4JKCA 2P9KB 3VEXA 4FWPA 2X74A 5MLCQ 4LF4K 4UQGA 4N56A 2G8WA 1V4SA 4M63C 1N33K 3HT3A 3KLFA 5M1FA 3AARA 1KAYA 1NKCA 1U4BA 1CXQA 1YJWN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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