5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
b'RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
source organism Mouse mammary tumor virus
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
4IFYA 4FK2A 1QTMA 2ITGA 4H8KA 1REVA 2DFHA 4CGHA 4AHRA 4CHPA 3HXMA 4TSXA 3SV3A 1KCFA 1FK9A 2OPPA 4HUFA 4G1QA 3KK2A 4FYDA 3TAMA 4CEZA 3VQ4A 1L3SA 3ITHA 2KFZA 3HM9A 3DLRA 1GOAA 3VQPA 4B8CA 4FJHA 3AVIA 1VRUA 1YT3A 1UOCA 4Y1DA 3MAQA 5KTQA 1VK0A 1BCMA 1X9MA 1Q9XA 4KTQA 4KHUA 4OKEA 1EP4A 3ASMA 3HL8A 4FJNA 4OLBA 4HUEA 4NCBA 1RBVA 4CHNA 1U04A 4CEEA 4FLVA 2D0CA 3QERA 2Y1JA 1NK6A 3ZT4A 1HQUA 4CJLA 1U47A 3V9WA 3TAFA 3VQQA 4BE1A 5HROA 4M41A 4W5NA 4OJRA 4CFDA 2X78A 4FM0A 3LZIA 3PY8A 4PA1A 3HPOA 3OYHA 3DLGA 4KHQA 1Z25A 1RT3A 3JSMA 3HO1A 1NK9A 1HRHA 3NFAA 1T03A 3PUFA 3AVGA 5SZTA 3VQDA 4FJMA 2XRIA 1WSIA 4ID5A 3P1GA 1UA1A 3T1AA 3V9ZA 1WAJA 3C6TA 3BDPA 1JLFA 1RDDA 4FZZA 3VQ6A 1SL0A 2FC0A 4E7HA 5J2NA 4M3YA 4KB0A 4FJ9A 1CZBA 1YVUA 4NYFA 3MEGA 2YNIA 3TAGA 3TAEA 3TR8A 4AHVA 3DYAA 3QIPA 4NYNA 1L5UA 4KHSA 2XO7A 4MFBA 3AO3A 4CGIA 4DTUA 1SV5A 3S3MA 1VSMA 4I9QA 1NK8A 2Z1IA 1HYZA 3PO4A 4GW6A 1RTDA 3SQ2A 3B6PA 3KLIA 4OGCA 4M3ZA 1ASVA 1KLNA 4CF0A 4CJ3A 3TWHA 3WNEA 3TI0A 1IG9A 1IKXA 3D0PA 3CG7A 4DF4A 3IRXA 3O4QA 3OS1A 1FKOA 4JS4A 1B92A 4HUGA 4KI6A 4OPKA 1SKRA 4CK3A 4W5QA 4CEDA 5DMRA 4FJXA 1C0UA 4IDKA 1RILA 4RW8A 3DM2A 2DY4A 4M3TA 1VSFA 3I0SA 4ELVA 1GOBA 3HYFA 1HMVA 3B6OA 1SUQA 1ZBHA 3HP6A 4CHOA 3E01A 3AVBA 1TL1A 4PWDA 1BIUA 1KVBA 2IC3A 1TKZA 1C0TA 5SWMA 3NH1A 1RT7A 3DOKA 4KO0A 4O0IA 3AO4A 3SUOA 3OYFA 1WSGA 4CGDA 3V4IA 4KKOA 4ZHRA 4FLUA 1NKBA 1CXUA 2PY5A 3OS0A 1KVAA 4B9LA 3DLKA 1Q9YA 3KKRA 4XIUA 1BIZA 3OYGA 2G8KA 5FDLA 3SJJA 4BDZA 4Y1CA 2P51A 3ALYA 1RDAA 3V1RA 3VQCA 1SL2A 1VSKA 4UQGA 3NF9A 4M45A 4QCLA 4CJWA 1X9SA 3AA4A 3OJUA 3PO5A 1WSHA 2Z1JA 4CJRA 1NK0A 3AVJA 1TK0A 3L2UA 2ETJA 4BWMA 5JS2A 3AA2A 3NGYA 3DLBA 3TARA 2B5JA 2X6SA 4CJQA 2G8UA 3LP3A 3HVRA 1U48A 3RRHA 4OPJA 1IKVA 1RT1A 4YNQA 1XI1A 1TK8A 4F3OA 3VQ5A 3S9HA 1TKDA 4CE9A 5FRNA 3AO2A 1A5WA 5CYMA 2OA8A 1BQNA 2HMIA 1RTHA 4N47A 4CF9A 3NH0A 1EXQA 3HP9A 4CHZA 2HNZA 3BGRA 1S6QA 4ELTA 3K59A 1NJXA 4AHUA 5HRRA 4DFMA 1ZBUA 3SUQA 1Y97A 3G0ZA 3HSTB 1LWEA 1HYSA 1J5OA 4CFBA 5C25A 4B9SA 1QSLA 4PQUA 4JRQA 3SI6A 4CHYA 1UAXA 2R7YA 4DWIA 4N56A 4C8OA 3ZSWA 4B3OA 4OLAA 3VQ8A 3AO1A 4FLZA 1JL2A 3I8DA 3RTVA 2GUIA 4FXDA 3O3GA 2HHXA 2D0AA 4CK2A 1W9HA 3M8RA 4CECA 2P5OA 4B9VA 4BE2A 1ITGA 3A2FA 3PX4A 5CY4A 4KPYA 2G8FA 1W0HA 1HNIA 2BE2A 1A5XA 3EZ5A 1VSJA 4KHWA 3AVAA 3RR8A 4F8RA 1RDBA 3V9XA 2G8VA 3OYIA 4O44A 4JLHA 1LWCA 1S1TA 4CGFA 4DLGA 1CXQA 4DTNA 4FZXC 4CIGA 3LPTA 1L3VA 2HHSA 1LW0A 2DFEA 1L3TA 1KFSA 4DSFA 4FW2A 3V1QA 4CCHA 4E7IA 1JLQA 4M3XA 3ZSVA 3QO9A 4CEQA 1HYVA 3HPGA 3KLEA 2YNFA 2P5GA 3T3FA 4KI4A 2Q3SA 5EU7A 4CJKA 4Z4GA 4CESA 1TL3A 1WLJA 4ZTFA 3RWUA 4IG3A 4CJPA 1S5JA 1YTAA 3DRPA 4DTXA 3OS2A 5E41A 3QEWA 4DS4A 3KTQA 1B9DA 3LAMA 4GVMA 3EYZA 1NKEA 1L3UA 3QEXA 4CGJA 1N6QA 3VQ9A 3KLGA 3RMDA 4FJJA 1KTQA 3I0RA 4DTPA 1BI4B 1ASUA 1WSJA 2X74A 3F9KA 3LALA 4KAZA 4DSLA 1X1PA 1BISA 2BDPA 1QE1A 2OZSA 1DLOA 2IAJA 1NK4A 3MXJA 2EHGA 1B9FA 4I9LA 4FW1A 1ZBIA 4EP4A 2YKMA 4HVJA 1NOYA 3LANA 1J9AA 3QESA 3OY9A 1QSYA 4Z4EA 1DTQA 3L3VA 2B4JA 3ZSYA 4EZ6A 4ELUA 4KV8A 3L2QA 3MECA 3IS9A 2ZQBA 4HTUA 1I39A 4FJ8A 3QEVA 3V6DA 4WE1A 4DQPA 2RKIA 5HRSA 3L2RA 2HHWA 4DFJA 4DU1A 4DTJA 2Z1HA 3O4NA 3PX6A 4DSIA 3OYEA 4CJTA 1S1WA 1S9EA 4KTWA 4O55A 4AH9A 4AHCA 3KK3A 1C1BA 4CIEA 4CGGA 3NGIA 2JLEA 4Z4CA 4KREA 1KVCA 4FVMA 1VSHA 4RW7A 4NCAA 4JRPA 2KW4A 4Z4IA 3DRSA 1RBRA 2GV9A 2LSNA 5I3UA 1EKEA 4W5TA 3SPYA 4FJIA 4MQ3A 3C95A 2HHVA 4O5BA 2PZSA 5D3GA 4C8KA 1X9WA 3LAKA 1DTTA 4IG0A 4KFBA 3IAYA 2YV0X 3M8SA 2OYQA 1JLBA 3S3NA 2HHUA 2QKBA 1JXEA 3M8QA 3K5MA 3IG1A 3LZJA 4L8RB 2G8IA 2HW3A 2HHQA 3DLHA 1RT2A 1XC9A 1RTIA 4DSJA 1KFDA 4ID1A 3ZSZA 4FJ5A 4KHYA 4E7LA 4F2SA 5DK5A 3CFOA 3SQ4A 4LSLA 4H4OA 1KSPA 4E7KA 1YTUA 4Q0BA 4B08A 3NH2A 1A5VA 2F8TA 4FJLA 4OKKA 4C8MA 1GOCA 3OYMA 2VG6A 1BI4A 2OPRA 3ZT1A 3KJVA 4N5SA 3SZ2A 2A1SA 2YKNA 3P83D 4ZTJA 4Z4FA 1HQEA 1IKWA 1VSIA 5C42A 4M3RA 1UWBA 3HVTA 4I7FA 2HB5A 4M3WA 1TVRA 3KD5E 4KHNA 1XHZA 2YNGA 2X6NA 1UA0A 2RF2A 1RTJA 2IGIA 3ZT0A 4RW6A 1LAWA 1RBTA 1S9GA 1VRTA 1WNSA 3QETA 3KK1A 3HT3A 1IO2A 5J1EA 1N5YA 1JLAA 3AA5X 5C24A 5J2QA 4B9MA 3HJFA 2DTUA 3C94A 4Z4HA 4DTOA 3LP0A 3TAPA 3RRGA 4GMJB 1FXXA 3DRRA 4CEFA 2QK9A 3NCIA 1WN7A 1JXBA 1JLCA 1LWFA 4F2RA 4FLTA 1RT5A 4RW9A 2QKKA 1BCOA 3ISNC 1TKTA 4AHTA 4CK1A 3KLFA 2Z1GA 3ULDA 1LW2A 3WNFA 1RCHA 1Z26A 4CJSA 3OYBA 2O4IA 2VWKA 2B6AA 3L8BA 4AILC 1R0AA 3LWMA 4F3TA 1S1XA 2I5JA 3K5NA 3VQEA 5FRMA 3CQ8A 4J2AA 3KLHA 4FZYA 3CFRA 1XHXA 1JLGA 4H4MA 3TABA 1LV5A 3V9UA 1JKHA 4K8ZA 1T7PA 2FBTA 1KLMA 1RDCA 2YNHA 2F96A 2XY8A 3K5LA 4CF1A 3LP1A 1JLEA 4DS5A 3QNOA 4CEBA 3V81A 2EX3A 3H08A 1NK7A 3NE6A 4FJ7A 3D45A 4QAGA 4OVLA 4DQIA 1NKCA 3AO5A 4DSEA 4BACA 4O0JA 3RMCA 3OVNA 3AVNA 2IS3A 3AV9A 3L3UA 4N41A 3MXIA 2WOMA 3HPHA 1T8EA 3AVMA 2HNYA 4CFCA 4B9TA 1C1AA 1HPZA 4JS5A 1TV6A 2IDOA 4LY7A 1EX4A 2BANA 3FFIA 4DQRA 3QNNA 4BDPA 1CLQA 3L2WA 2VG7A 2OPSA 3K2PA 4ICLA 4DTMA 3KIOA 2RPIA 4E19A 3SNNA 4Q5VA 4DQSA 4PY5A 2HVHA 3U6FA 1RT6A 3SCXA 3SUPA 1BGXT 1BL3A 2E6LA 4CEOA 4HCCA 4FK4A 3T19A 3QIOA 2PYLA 3QEPA 3WNGA 4DFPA 4C8LA 2A1RA 4B9NA 1TAQA 1J54A 5I42A 1F21A 1QS4A 1NJWA 1TAUA 1TK5A 3M8PA 3JYTA 2W42A 2HNDA 3VQBA 3LDSA 4LSNA 3K5OA 1I3AA 3AVHA 5HRPA 5FROA 5KRSA 4FLYA 5J2MA 5J2PA 4OKJA 5T7BA 3EY1A 2E4LA 3NBPA 4DU3A 2D5RA 1ZBLA 1NK5A 2HHTA 4CJ5A 4DTRA 2FBYA 3NF8A 2XY7A 3WNHA 3NF6A 4EZ9A 2RN2A 4O4GA 1D8YA 2G8WA 1TKXA 5KGWA 4DFKA 4I2QA 5HLFA 3MEEA 2D0BA 3PV8A 1C1CA 2QXFA 1WSEA 1RBUA 4FCYA 4E3SA 3SUNA 4K8XA 3U3GA 4KRFA 3OYLA 3F73A 4DG1A 3SQ0A 1WSFA 3VN5A 4CJUA 3DMJA 1SKWA 3LWLA 1JL1A 1RT4A 4RG8A 3VQAA 1ASWA 4EP5A 5HRNA 3LP2A 2O4GA 4W5RA 1ZBFA 3O3HA 4DU4A 2KZMA 4YFUA 2AJQA 3K57A 4IFVA 3ZSQA 1K6YA 1D9FA 2F8SA 3DI6A 5KRTA 4FK0A 3OJSA 4FJGA 3TANA 4IBNA 2OPQA 1IH7A 1G15A 3AVLA 3C6UA 1S1VA 3CM5A 1Q8IA 3LPUA 3ZSOA 4CF8A 4E89A 4N76A 3AVCA 1RNHA 3DLEA 2XHBA 2NUBA 2FBVA 3NDKA 4HCBA 3AA3A 3CM6A 4NCGA 1NJYA 3P5JA 1VSEA 4CHQA 1HNVA 1C0MA 3ZSXA 4J2BA 2KFNA 3OYKA 4DMNA 3ZCMA 4CEAA 4R5PA 2VWJA 4CJEA 3S3OA 3QLHA 1SKSA 3HK2A 1S1UA 1VSLA 1NOZA 3CYMA 1TGOA 3OYJA 1NJZA 4DSKA 4CERA 3NHGA 4OGEA 3AVFA 4C8NA 3SV4A 4F4KA 4KB1A 1QSSA 4Z0UA 4J2DA 3MEDA 2XY5A 4KTZA 2FBXA 3G10A 3NGZA 1MU2A 2DFFA 1SL1A 4CIFA 3OYNA 1BQMA 4HHTA 3VA0A 4DTSA 5KGXA 2PYJA 2KZZA 4AHSA 4FJKA 4J2EA 4CJFA 3PX0A 4CFAA 4LH5A 3ZT2A 1KRPA 3KD1E 4IKFA 3V1OA 2WONA 4M3UA 1U45A 1C6VA 1S6PA 4B9UA 4CJ4A 4DQQA 1QHTA 2KQ2A 2VG5A 5CZ1A 3CFPA 1ZYQA 3VQ7A 4FLXA 4LD0A 1HJRA 3OYAA 3RMAA 4CJVA 1WAFA 2E6MA 4E0DA 2KTQA 2IOCA 5JS1A 3K58A 5CZ2A 4E7JA 3QEIA 2BGGA 2YHBA 4W5OA 3THVA 3L2VA 5CYQA 1U49A 4LH4A 3KKSA 3RMBA 2G8HA 4RW4A 3O3FA 4E1NA 2P1JA 1D9DA 1BHLA 3QINA 4FM2A 1FKPA 1D5AA 2GBZA 2XY6A 3MXMA 3OYDA 3TAQA 4E1MA 5K14A 5HP1A 3UIQA 1XWLA 5KI6A 4CF2A 4I2PA 2HVIA 1CZ9A 2JGUA 4BWJA 3SYZA 1O1WA 3SPZA 1U4BA 2ZE2A 3ZT3A 3ZSRA 5HBMA 4BE0A 2ATQA 4DLEA 3V9SA 3NAEA 1VSDA 1J53A 3NF7A 1T05A 4FLWA 3DOLA 3OYCA 3AVKA 3SQ1A 4FM1A 3VA3A 1RBSA 4B8AB 2OZMA 2Y1IA 2YHAA 1IKYA 4BDYA 1EETA 1QQCA 4DF8A 3U3YA 4QOZB 4PUOA 3RR7A 4M42A 2ZD1A 1LAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IFYA 4FK2A 3CD6N 3PLAA 2NNWA 4TSXA 2OPPA 4HUFA 2VGNA 3CCRN 3THWA 3J8AA 4ILJA 1GOAA 2DPNA 1Y64A 2ASPA 5AQTA 4KHUA 4CEEA 2Y1JA 4MDAA 3QERA 4H0TB 5M1NA 3ZT4A 1U47A 3TAFA 4BC4A 2OCEA 4PA1A 5GADP 1Z25A 3W0LA 3NFAA 1T03A 5SZTA 1XC3A 2P9KB 2YX6A 3C65A 4ID5A 3NMUA 3P1GA 4KHPK 4WCEL 4H5RA 5CHIA 1XMOK 4PKGA 3H1VX 4BC5A 1X9JA 3ZX2A 3TAGA 3TR8A 3QIPA 3AO3A 4DTUA 5BPLA 3FZFA 1VSMA 4JKCA 4I9QA 1NK8A 4GW6A 4NLBA 3SQ2A 2BUPA 5AQMA 1ASVA 3WNEA 2A41A 3QMLA 3IMXA 1VQLN 4DF4A 1NGIA 3O4QA 4HUGA 3AGKA 1RGIA 5DMRA 1NBWA 3M3ZA 4RW8A 4M3TA 3I0SA 5AQRA 4IEIA 3BZCA 3B6OA 4F9OA 1ZBHA 4BR9A 3HP6A 4CHOA 4PKIA 2IC3A 3F2KA 4FSVA 2P9NB 2PFUA 4H5NA 1J6ZA 1NKBA 2QWPA 4DR7K 2QWLA 4B9LA 2W41A 3OYGA 1BIZA 1QHAA 2G8KA 4BRCA 1WUAA 3VQCA 3ALYA 1RDAA 1E3MA 3T1HK 3D2FA 3KK7A 1NK0A 2O8CB 4DQ8A 1TK0A 3L2UA 3T7ZA 2ETJA 4BWMA 5JS2A 3AA2A 3NGYA 3ATUA 3DLBA 2B5JA 4B1WB 1E4FT 1OVYA 2X6SA 3HTVA 1RDWX 3HVRA 1U48A 4C1NK 2YCHA 3RRHA 1IKVA 4YNQA 1XI1A 4F3OA 2UXBK 1OH8A 3AGRA 2HMIA 4N47A 3K0SA 1OKJA 3WUHA 3BF3A 5HRRA 4DFMA 1Y97A 3G0ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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